조심 2009서3173 (2009.10.30)

OOO세무서장이 2009.6.24. 청구법인에게 한 부가가치세 13,158,086원(2006년 제1기 예정분 4,716,035원, 2006년 제1기 확정분 3,374,956원, 2006년 제2기 예정분 3,101,957원, 2006년 제2기 확정분 1,965,138원)의 환급 경정청구에 대한 거부처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 2006년 제1기 과세기간부터 2006년 제2기 과세기간 동안(이하 “이 사건 과세기간”이라 한다) 주식회사 OOO렌탈 등으로부터 소형승용자동차를 임차하고 해당 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아, 위 임차와 관련하여 발생한 매입세액 13,158,086원(2006년 제1기 예정분 4,716,035원, 2006년 제1기 확정분 3,374,956원, 2006년 제2기 예정분 3,101,957원, 2006년 제2기 확정분 1,965,138원으로, 이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 매출세액에서 공제하지 아니하고 부가가치세를 신고하였다. 나. 이후 청구법인은 소형승용자동차의 임차와 관련된 매입세액은 「부가가치세법」(이하 “「법」”이라 한다) 제17조 제2항 제3호의「비영업용 소형승용자동차의 구입과 유지에 관한 매입세액」에 해당하지 아니한다고 보아 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하여야 한다고 하면서 2009.4.28. 이 사건 과세기간의 부가가치세 13,158,086원의 환급을 요구하는 경정청구를 하였다. 다. 처분청은 2009.6.24. 쟁점매입세액이「법」제17조 제2항 제3호의 비영업용 소형승용자동차의 구입과 유지에 관한 매입세액에 해당한다고 보아 경정청구를 거부하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2009.7.27. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 개정 전「법」규정에서는 비영업용 소형승용자동차의 ‘임차’ 관련 매입세액에 대하여 매입세액 불공제한다는 명문의 규정이 없어 동법 기본통칙 17-60-1 제3항 규정에 의거 매입세액 불공제하다가 대법원에서 매입세액 공제대상이라는 판결(대법원 2006두10559, 2006.8.25.)을 수용하여 2007.12.31.「법」개정시 법 규정에 명문으로 ‘임차’를 매입세액 불공제대상으로 규정하였다. (2) 위 대법원 판결 이후에 「법」이 개정되어 비영업용 소형승용자동차의 임차 관련 매입세액을 매입세액 불공제대상으로 규정한 사실과 동 개정법 부칙에서 2008.1.1. 이후 최초로 공급하거나 공급받는 분부터 적용한다고 그 시행시기를 규정한 것으로 볼 때, 「법」이 개정되기 이전인 2008.1.1. 이전에 청구법인이 매입세액 불공제한 쟁점매입세액은 매입세액 공제대상에 해당하므로 처분청이 쟁점매입세액을 매입세액 불공제대상으로 보아 경정청구를 거부한 이 건 처분은 부당하다. 나. 처분청 의견 비영업용 소형승용자동차의 임차비용 매입세액에 대한 재정경제부 질의회신(부가가치세과-17, 2008.1.11.) 및 국세청 예규 등에서 소형승용자동차의 임차와 관련한 매입세액은 공제하지 아니하고 있으므로 처분청이 쟁점매입세액을 매입세액 불공제대상으로 보아 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 쟁점매입세액이 「법」제17조 제2항 제3호의 비영업용 소형승용자동차의 구입과 유지에 관한 매입세액으로 매입세액 불공제대상인지 여부 나. 관련법령 (1) 부가가치세법(2007.12.31. 법률 제8826호로 개정되기 전의 것) 제17조【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액" 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다. 1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액 ② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 3. 비영업용 소형승용자동차의 구입과 유지 에 관한 매입세액 (2) 부가가치세법(2007.12.31. 법률 제8826호로 개정된 것) 제17조【납부세액】 ② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제 하지 아니한다. 3. 비영업용 소형승용자동차의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액 부칙(2007.12.31. 법률 제8826호) 제1조(시행일) 이 법은 2008년 1월 1일부터 시행한다. 제2조(비영업용 소형승용자동차에 관한 적용례) 제17조 제2항 제3호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 공급하거나 공급받는 분 또는 수입신고하는 분부터 적용한다. (3) 부가가치세법 시행령(2007.12.31. 대통령령 제20516호로 개정 되기 전의 것) 제60조【매입세액의 범위】 ④ 법 제17조 제2항 제3호에 규정하는 소형 승용자동차는 「특별소비세법」제1조 제2항 제3호에 규정하는 승용자동차로 한다. (4) 특별소비세법(2007.12.31. 법률 제8829호로 개별소비세법으로 개정 되기 전의 것) 제1조【과세대상과 세율】② 특별소비세를 부과할 물품(이하 “과세물품”이라 한다)과 그 세율은 다음과 같다. 3. 다음 각목의 승용자동차 (지프형의 것을 포함한다)에 대하여는 그 물품가격에 당해 각목의 세율을 적용한다. 가. 배기량이 2천씨씨 초과의 것과 캠핑용 자동차 에 대하여는 그 물품가격의 100분의 14 나. 배기량이 1천500씨씨 초과 2천씨씨 이하의 것 에 대하여는 그 물품가격의 100분의 10 다. 배기량이 1천500씨씨 이하의 것 (배기량이 800씨씨 이하의 것으로서 대통령령이 정하는 규격의 것을 제외한다) 과 이륜자동차 에 대하여는 그 물품가격의 100분의 7 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인은 이 사건 과세기간 중 소형승용자동차를 임차하고 쟁점세금계산서를 교부받아 위 임차와 관련하여 발생한 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하고 부가가치세 신고를 하였다. (2) 비영업용 소형승용차의 임차에 관한 매입세액에 대하여 청구 법인은「 법」제17조 제2항 제3호의 비영업용 소형승용자동차의 구입과 유지에 관한 매입세액이 아니므로 매출세액에서 공제하여야 한다는 주장이고, 처분청은 비영업용 소형승용자동차의 구입과 유지에 관한 매입 세액에 포함되므로 매입세액 불공제대상이라는 의견이므로 이에 대하여 살펴본다. (3) 비영업용 소형승용자동차에 대한 매입세액 불공제 제도와 관련 하여는 1976.12.22.「법」제정 당시부터 계속하여 같은 법 제17조 제2항 제3호의 규정에 의하여 비영업용 소형승용자동차의 “구입”과 “유지”에 관한 매입세액을 매출세액에서 불공제하는 것으로 하였다가, 2007.12.31.「법」개정으로 비영업용 소형승용 자동차의 “구입”과 “유지”에 관한 매입세액은 물론, “임차”에 관한 매입 세액도 불공제하는 것으로 하였으며, 동 법은 그 부칙에서 당해 규정에 대한 시행일에 대하여 2008.1.1. 이후 공급분부터 적용하는 것으로 규정 하고 있다. (4) 기획재정부가 2007.12.31.「법」제17조 제2항 제3호를 개정하기 까지의 과정을 살펴보면 다음과 같다. 1976.12.22. 제정하여 2007.12.31.까지 시행하였던「법」제17조 제2항 제3호에서 “비영업용 소형승용자동차의 구입과 유지에 관한 매입세액은 매출세액 에서 공제하지 아니한다”고 규정하고 있어 과세당국과 납세의무자 간에 소형승용차의 임차와 관련한 매입세액의 공제여부에 대한 소송이 제기되어 대법원 및 서울 고등법원의 판결에서 “소형승용차의 임차와 관련한 매입세액은 그 구입과 유지에 관한 매입세액이 아니므로 공제 하는 것이 타당하다”고 판시(대법원 2006두10559, 2006.8.25./ 서울고등법원 2005누16507, 2006.5.18.)하자, 기획재정부는 2007.12.31. 위 규정을 “비영업용 소형승용자동차의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다”고 개정하면서 “그 간 비영업용 소형 승용자동차의 임차비용에 대하여「부가가치세법 기본통칙」17-60-1에 따라 매입세액을 불공제하였으나, 최근 법원의 판결과 법률 적용의 형평성 제고 및 세무행정의 혼란을 방지하기 위하여 법령의 개정을 통하여 기존의 매입세액을 불공제한다는 입장을 명확히 하고자 한다”고 그 개정이유를 밝히고 있다(기획재정부 2007년 간추린 개정세법 참조). (5) 위 대법원의 판결(2006두10559, 2006.8.25.)에 따라, 피고인 남양 주 세무서장은 당해 사안에 대하여 원고인 중부전기전자(주)에 대한 부가가치세 부과처분을 취소(2006.9.21.)한 것으로 확인되고 있다, (6) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살피건대, 이 건과 유사한 사건에 있어 대법원 판결(2006두10559, 2006.8.25.) 및 서울 고등법원 판결(2005누16507, 2006.5.18.)에 의하면, 비영업용 소형승용 자동 차의 ‘임차’를 ‘구입과 유지’에 포함되지 아니한다고 하여 ‘임차’ 관련 매입세액을 불공제함이 위법하다는 판결을 하였는 바, 이는 비영업용 소형승용 자동차의 ‘임차’에 대하여 매입세액 불공제 대상인 ‘구입’과 ‘유지’와는 다른 것으로, 2007.12.31.「법」개정시 제17조 제2항 제3호에서 소형승용자동차의 ‘임차’를 매입세액 불공제 대상으로 추가하여 이를 명확히 하였으며, 그 부칙에서 2008.1.1. 이후 공급분부터 적용한다고 하였으므로 동 규정은 이를 장래에 향하여 효력을 가지는 것으로 봄이 상당한 것으로 판단된다. 한편, 비영업용 소형승용자동차의 ‘구입’과 ‘임차’는 매매를 통하여 그 소유권의 이전이 있는지 여부에 따른 차이가 있으므로 이를 동일한 것으로 보기 어려우며,「법」상 매입세액 불공제 대상은 납부세액을 결정하는 중요한 요소로서 그 공제 여부를 엄격히 해석 하여야 하고 부가가치세 매입세액 불공제 대상에 관한 규정은 이를 제한적·열거적 사항으로 보아야 할 것이므로, 사업관련성이 인정되는 매입세액은「법」제17조 제2항에서 얼거하고 있는 것 외에는 동 법 제17조 제1항에 따라 모두 공제되어야 하며, 이러한 특별규정이 없이 그 공제를 부인할 수 없는 것인 바(대법원 2006.8.25. 선고 2006두 10559 판결과 같은 뜻), 2007.12.31.「법」개정 이전의 비영업용 소형승용자동차의 임차비용은 매입세액 불공제 대상에서 제외함이 타당한 것으로 판단되므로 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 타당하지 아니한 것으로 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.