조심 2018서0559 (2018.07.09)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. OOO 주식회사(이하 분할하기 전을 “분할법인”이라 한다)는 2012.9.1. 분할존속법인인 청구법인과 OOO 주식회사(이하 분할된 후를 “분할신설법인”이라 한다)로 인적분할 하였고, 청구법인은 2012사업연도 법인세 신고시「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제10조 제1항 제3호 나목의 당기발생액(OOO백만원)기준에 따라 연구·인력개발비세액공제 OOO원을 신청하였다. 나. 청구법인은 2016.1.13. 연구·인력개발비세액공제에 대하여 조특법 제10조 제1항 제3호 가목의 초과발생액기준을 적용해 2012사업연도 법인세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 처분청에 제기하였고, 처분청은 초과발생액기준을 적용하면서 당기발생액을 OOO백만원(OOO백만원을 감액함)으로 보고 분할존속법인인 청구법인의 ‘2012사업연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구·인력개발비’는 우선 분할신설법인에게 귀속될 금액을 계산(월할계산)한 후 총발생액에서 분할신설법인에게 귀속될 금액을 차감하여 계산하는 것이라고 하여 2012사업연도 법인세 OOO원만을 환급하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.11.24. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 청구법인의 2012사업연도 연구·인력개발비세액공제액은 아래 <표1>과 같이 계산하는 것이 타당하고, 이는 조세심판원 선결정례(조심 2014전3113, 2015.1.15.)와 같은 방식이다. <표1> OOO 나. 처분청 의견 청구법인의 2012사업연도 연구·인력개발비세액공제액은 기획재정부 예규(조세특례제도과-724, 2017.9.25)에 따라 아래 <표2>와 같이 계산하는 것이 타당하다. <표2> OOO 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 분할존속법인인 청구법인의 ‘해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구·인력개발비’는 우선 분할신설법인에게 귀속될 금액을 계산(월할계산)한 후 총발생액에서 분할신설법인에게 귀속될 금액을 차감하여 계산하는 것이라고 하여 법인세 경정청구를 거부한 처분의 당부 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제10조[연구·인력개발비에 대한 세액공제] ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다. 1.·2. (생 략) 3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니한 경우에는 나목에 해당하는 금액 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액 나. 해당 과세연도에 발생한 일반일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액 1) 중소기업인 경우: 100분의 25 2) 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 : 다음의 구분에 따른 비율 가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지 : 100분의 15 나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지 : 100분의 10 3) 1) 및 2)의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우 : 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다) 100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1 ② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제9조[연구 및 인력개발비에 대한 세액공제] ④ 법 제10조 제2항 에 따른 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액의 계산은 다음의 계산식에 따른다. 이 경우 해당 내국인의 일반연구·인력개발비가 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 해당 과세연도 개시일까지의 기간이 48개월 미만인 경우에는 그 기간에 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액을 48개월로 환산한 금액을 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액으로 본다. (해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액/4) × (해당 과세연도의 개월 수/12) ⑤ 제4항의 계산식 중 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액을 계산할 때 합병법인, 분할신설법인, 분할합병의 상대방법인, 사업양수법인 또는 기획재정부령으로 정하는 현물출자를 받은 법인(이하 이 항에서 "합병법인등"이라 한다)의 경우에는 합병, 분할, 분할합병, 사업양도 또는 기획재정부령으로 정하는 현물출자(이하 이 항에서 "합병등"이라 한다)를 하기 전에 피합병법인, 분할법인, 사업양도인 또는 현물출자자(이하 이 항에서 "피합병법인등"이라 한다)로부터 발생한 일반연구·인력개발비는 합병법인등에서 발생한 것으로 본다. 다만, 피합병법인등이 운영하던 사업의 일부를 승계한 경우에는 피합병법인등에서 합병등을 하기 전에 발생한 일반연구·인력개발비에 각 사업연도의 승계사업의 매출액이 총매출액에서 차지하는 비율과 각 사업연도말 승계사업의 자산가액이 총자산가액에서 차지하는 비율 중 큰 것을 곱한 금액을 피합병법인등에서 발생한 일반연구·인력개발비로 본다. ⑥ 제4항의 계산식을 적용할 때 개월 수는 월력에 따라 계산하되, 과세연도 개시일이 속하는 달이 1개월 미만인 경우에는 1개월로 하고, 과세연도 종료일이 속하는 달이 1개월 미만인 경우에는 산입하지 아니한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 분할법인은 2012.9.1. 분할존속법인인 청구법인과 분할신설법인으로 인적분할 하였다. (2) 청구법인은 2012사업연도 법인세 신고시 조특법 제10조 제1항 제3호 나목의 당기발생액(OOO백만원)기준에 따라 연구·인력개발비세액공제 OOO원을 신청하였다. (3) 청구법인은 2016.1.13. 연구·인력개발비세액공제에 대하여 조특법 제10조 제1항 제3호 가목의 초과발생액기준을 적용해 2012사업연도 법인세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 처분청에 제기하였다. (4) 처분청은 초과발생액기준을 적용하면서 연구·인력개발비 당기발생액을 OOO백만원(OOO백만원을 감액함)으로 보았고, 분할존속법인인 청구법인의 ‘2012사업연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구·인력개발비’는 우선 분할신설법인에게 귀속될 금액을 계산(월할계산)한 후 총발생액에서 분할신설법인에게 귀속될 금액을 차감하여 계산하였으며, 이에 따라 청구법인의 연구·인력개발비세액공제액을 계산하면 위 <표2>와 같이 OOO백만원이라고 보아 2012사업연도 법인세 OOO원만을 환급하였다. (5) 청구법인은 2012사업연도 연구·인력개발비세액공제액을 상기 <표1>과 같이 OOO백만원으로 계산하는 것이 타당하다고 주장하며, 이 건 심판청구를 제기하였다. (6) 분할법인(청구법인)의 2012년 1월부터 2012년 8월까지의 연구·인력개발비 발생액은 OOO백만원이고, 청구법인의 2012년 9월부터 2012년 12월까지의 연구·인력개발비 발생액은 없으며, 청구법인의 2012사업연도 연구·인력개발비 발생액이 OOO백만원이라는 사실에 대하여는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없다. (7) 분할신설법인의 2012년 9월부터 2012년 12월까지의 연구·인력개발비 발생액은 OOO백만원이고, 조특법 제10조 제1항 제3호 가목의 초과발생액기준을 적용하여 연구·인력개발비세액공제 OOO백만원을 신청하였다. (8) 처분청의 위 <표2>의 계산방식에 의하면 청구법인과 분할신설법인의 연구·인력개발비세액공제액이 각각 OOO억원, OOO억원이고 그 합계액 OOO억원은 분할법인이 2012.9.1. 인적분할하지 아니하였다고 가정할 경우의 연구·인력개발비세액공제액 OOO억원과 같다. (9) 청구법인의 주장과 같이 상기 <표1>의 계산방식에 의하여 청구법인이 연구·인력개발비세액공제를 받으면 청구법인과 분할신설법인의 연구·인력개발비세액공제 합계액은 OOO억원(청구법인 OOO억원, 분할신설법인 OOO억원)이고, 이는 분할법인이 2012.9.1. 인적분할하지 아니하였다고 가정할 경우의 연구·인력개발비세액공제액(OOO억원)보다 OOO억원이 많고 그 비율이 약 3.8배(=OOO억원/OOO억원)에 달한다. (10) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적인 해석을 하는 것은 허용되는바(대법원 2008.2.15. 선고 2007두4438 판결, 같은 뜻임), 조특법 시행령 제9조 제5항에 따라 분할신설법인에 배분된 직전 4년 평균 연구·인력개발비는 1년을 온전히 사업했을 경우를 상정하여 계산된 금액이고, 분할된 경우에 분할신설법인의 당해 사업연도에 발생한 연구·인력개발비는 분할 이후 사업연도에서 발생한 것이므로 이에 차감되는 분할신설법인의 직전 4년 평균 연구·인력개발비도 분할 이후의 사업연도 개월 수에 상당하는 분만 산정하는 것이 논리상 타당한 점, 따라서 분할법인의 직전 4년 평균 연구·인력개발비를 산정함에 있어 분할신설법인의 2012사업연도 개월 수(4개월)에 해당하는 직전 4년 평균 연구·인력개발비에 상당하는 금액만 분할신설법인 귀속금액으로 산정하여 이를 직전 4년 평균 연구·인력개발비에서 차감하는 것이 합리적인 점, 조특법 시행령 제9조 제5항에서 분할신설법인의 경우 제4항의 계산식 중 ‘해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액’에 관하여 규정하고 있고, 같은 조 제4항의 계산식 후단에는 ‘해당 과세연도의 개월 수/12’를 곱하도록 별도로 규정하고 있으므로 분할신설법인의 직전 4년 평균 연구·인력개발비 산정과 관련하여 제4항의 계산식 후단 부분이 분할 이후의 개월 수로 안분하는 규정이라는 해석이 가능해 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 분할존속법인인 청구법인의 ‘해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구·인력개발비’는 우선 분할신설법인에게 귀속될 금액을 계산(월할계산)한 후 총발생액에서 분할신설법인에게 귀속될 금액을 차감하여 계산하는 것이라고 하여 청구법인의 법인세 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2017서4327, 2018.6.29., 조세심판관합동회의, 같은 뜻임). 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.