조심2009중3383 (2010.11.12)

OOO세무서장이 2009.9.2. 청구법인에게 한 2006년 제1기 부가가치세 618,884,950원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 2005.12.25. OOO로부터 OOOOO OOO OOO OOOOO 소재 주유소용지 1,219.3㎡ 외 4필지 2,785.85㎡, 같은 곳 지상 건물 778.2㎡(이하 주유소용지와 건물을 합하여 “쟁점부동산”이라 한다) 및 기계설비의 소유권을 3,147,000천원에, OOO로부터 쟁점부동산에 소재하는 OOOOOOOO(이하 “쟁점사업장”이라 한다)의 영업권을 4,253,000천원(이하 “쟁점영업권가액”이라 한다) 각각 매수하기로 약정하고, 2006.1.25. 쟁점사업장의 영업권에 대한 세금계산서 1매 4,253,000천원(공급가액, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)을 교부받아 2006.2.25. 매입세액 425,300천원에 대한 2006년 1기 월별 조기환급 신고를 하였다(처분청은 당초 쟁점세금계산서에 대하여 사업의 포괄양수도에 해당하는 것으로 보아 매입세액을 불공제하는 것으로 과세예고 통지하였으나, 국세청의 2006.6.17.자 과세전적부심사결과 사업의 포괄양수도에 해당하지 아니한다 하여 부가가치세 환급 결정을 하였다) . 나. OO지방국세청장은 2008.4.24.～2008.6.30.까지 주식회사OOOOOOOOO O OOO, OOOOOOOO OOO에 대한 법인통합조사 결과, 쟁점부동산 및 쟁점사업장 등의 양도가액 중 쟁점영업권의 가액이 과다하게 산정된 것으로 판단하고 매매계약서상의 개별자산별 구분은 세부담 완화를 목적으로 부당하게 구분한 것에 지나지 아니하므로 당해 거래는 개별자산별로 거래가액을 알 수 없는 경우에 해당한다 하여, 쟁점부동산 및 쟁점사업장 등의 양도가액을 기준시가로 평가하여 총 양도가액 7,400,000천원에 기준시가비율로 안분계산한 영업권가액을 148,444천원으로 계산하고, 영업권 과다배분액 4,104,556천원에 대하여 2008년 11월 처분청에 과세자료로 통보하였다. 다. OO지방국세청장으로부터 과세자료를 통보받은 처분청은 영업권 감액평가액 4,104,556천원에 대한 매입세액 410,455천원을 매출세액에서 불공제하여, 2009.9.1. 청구법인에게 2006년 제1기 부가가치세 618,884,950원을 경정·고지하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2009.9.2. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점부동산과 쟁점사업장 등의 소유자가 분리되어 있어 계약자유원칙에 따라 쟁점사업장을 영위하던 OOO로부터 충전소 영업의 향후 수익가치, 충전소허가권가치, 지리적 이점, 대외적 신용과 명성, 권리금 등 여러 가지 요인을 총괄하여 쟁점영업권가액에 상당하는 쟁점세금계산서를 교부받은 것으로서, OO지방국세청장이 쟁점영업권가액을 부인하고 영업권의 시가를 63,258천원으로 평가한 것은「상속세 및 증여세법」상의 보충적평가방법에 의하여 산출한 것에 해당하여, 청구법인이 독립된 당사자간에 합리적인 판단과 거래의사에 의하여 매입한 쟁점영업권가액은 시가에 해당되는 무체재산권의 가액임에도, OO지방국세청장이 자기창설에 의한 영업권의 평가방법에 의하여 기준시가를 산정하여 쟁점영업권가액을 감액하고 그 매입세액을 매출세액에서 불공제하여 부가가치세를 부과한 처분은 부당하다. 나. 처분청 의견 OOO은 주식회사OOOOO, OOOOOOOO, OOOOOOOOOOOOO 소유자로서, 3개의 가스충전소 양도가액 결정방법이 상이한 것은 세부담 등을 고려하여 형식상 세분화한 것에 불과하여 당해거래는 개별자산의 가액을 알 수 없는 경우에 해당되는 것으로, 「부가가치세법 시행령」제48조의2 제4항의 규정에 따라 개별자산의 기준시가 및 장부가액,「상속세 및 증여세법」상 영업권평가액을 기준으로 안분계산하여 영업권가액을 148,444천원으로 하고, 이에 따라 감액된 영업권 가액에 대한 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 불공제하여 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 청구법인이 쟁점부동산과 쟁점사업장을 인수하면서 수취한 영업권가액에 대한 세금계산서상의 매입세액이 과다계상된 것으로 보아 처분청이 영업권가액을 재평가 감액하여 해당 매입세액을 불공제하고 부가가치세를 과세한 처분의 당부 나. 관련 법령 (1) 상속세 및 증여세법 (2006.12.30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것) 제64조 (무체재산권 등의 평가) ① 매입한 무체재산권의 가액은 매입가액에서 매입한 날부터 평가기준일까지의 법인세법상의 감가상각비를 차감한 금액으로 평가한다. ② 제1항외의 공업소유권 등 기타 무체재산권의 평가는 당해 재산의 취득을 위하여 소요된 가액 또는 장래의 경제적 이익 등을 감안하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한다. (2) 상속세 및 증여세법 시행령 (2007.2.28. 대통령령 제19899호로 개정되기 전의 것) 제59조 (무체재산권 등의 평가) ① 매입한 무체재산권의 가액은 매입가액에서 매입한 날부터 평가기준일까지의 감가상각비상당액을 차감한 가액에 의한다. ② 영업권의 평가는 다음 산식에 의하여 계산한 초과이익금액을 평가기준일 이후의 영업권지속연수(원칙적으로 5년으로 한다)를 감안하여 재정경제부령이 정하는 방법에 의하여 환산한 가액에 의한다. 다만, 매입한 무체재산권으로서 그 성질상 영업권에 포함시켜 평가되는 무체재산권의 경우에는 이를 별도로 평가하지 아니하되, 당해 무체재산권의 평가액이 환산한 가액보다 큰 경우에는 당해 가액을 영업권의 평가액으로 한다. [최근 3년간(3년에 미달하는 경우에는 당해 연수로 한다)의 순손익액의 가중평균액의 100분의 50에 상당하는 가액 － (평가기준일 현재의 자기자본×1년만기 정기예금이자율을 감안하여 재정경제부령이 정하는 율)] ③ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액은 제56조 제1항의 규정을 준용하여 평가한다. 이 경우 동조 제1항 중 “1주당 순손익액 및 1주당 추정이익”은 “순손익액”으로 본다. ⑦ 제2항의 규정에 의하여 영업권을 평가함에 있어서 제시한 증빙에 의하여 자기자본을 확인할 수 없는 경우에는 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액 중 많은 금액으로 한다. 1. 사업소득금액 ÷ 「소득세법 시행령」 제165조 제10항 제1호에서 규정하는 자기자본이익률 2. 수입금액 ÷ 「소득세법 시행령」 제165조 제10항 제2호에서 규정하는 자기자본회전율 (3) 상속세 및 증여세법 시행규칙 (2006.12.28. 재정경제부령 제534호로 개정되기 전의 것) 제19조 (무체재산권등의 평가) ① 영 제59조 제2항 산식에서 “재정경제부령이 정하는 율”이라 함은 100분의 10을 말한다. ② 영 제59조 제5항 전단의 규정에 의한 특허권ㆍ실용신안권ㆍ상표권ㆍ의장권 및 저작권 등의 가액은 다음의 산식에 의하여 환산한 금액의 합계액으로 한다.

n : 평가기준일부터의 경과연수 ③ 제2항의 산식을 적용함에 있어서 평가기준일부터의 최종 경과연수는 당해 권리의 존속기간에서 평가기준일 전일까지 경과된 연수를 차감하여 계산한다. 이 경우 평가기준일부터의 최종 경과연수가 20년을 초과하는 때에는 20년으로 한다. ④ 영 제59조 제5항 후단의 규정에 의하여 특허권ㆍ실용신안권ㆍ상표권ㆍ의장권 및 저작권 등의 권리에 의한 각 연도의 수입금액이 확정되지 아니한 경우에는 평가기준일전 최근 3년간(3년에 미달하는 경우에는 그 미달하는 연수로 한다. 이하 이 항에서 같다)의 각 연도의 수입금액의 합계액을 평균한 금액을 각 연도의 수입금액으로 하되, 최근 3년간 수입금액이 없거나 저작권(저작인접권을 포함한다)으로서 평가기준일 현재 장래에 받을 각 연도의 수입금액이 하락할 것이 명백한 경우에는 법 제6조 제1항 본문의 규정에 의한 세무서장 등이 2 이상의 공신력 있는 감정기관(「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인을 말한다) 또는 전문가의 감정가액 및 당해 권리의 성질 기타 제반사정을 감안하여 적정한 가액으로 평가할 수 있다. (4) 법인세법 (2006.12.30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것) 제41조 (자산의 취득가액) ① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다. 1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 부대비용을 가산한 금액 2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산은 제작원가에 부대비용을 가산한 금액 3. 제1호 및 제2호외의 자산은 취득당시의 대통령령이 정하는 금액 ② 제1항의 규정에 의한 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제52조 (부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다. (5) 법인세법 시행령 (2007.2.28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것) 제72조 (자산의 취득가액 등) ① 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다. 1. 타인으로부터 매입한 자산 : 매입가액에 취득세ㆍ등록세 기타 부대비용을 가산한 금액 2. 자기가 제조ㆍ생산ㆍ건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산 : 원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액 제89조 (시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다. ② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다. 1.「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등을 제외한다. 2. 「상속세 및 증여세법」제38조 내지 제39조의 2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」제63조 제2항 제1호 및 동법시행령 제57조 제1항ㆍ제2항의 규정을 준용함에 있어서 “직전 6월(증여세가 부과되는 주식 등의 경우에는 3월로 한다)”은 이를 각각 “직전 6월”로 본다. (6) 소득세법 (2006.12.30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것) 제100조 (양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다. ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다. ③ 양도차익을 산정함에 있어서 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (7) 소득세법 시행령 (2007.2.28. 대통령령 제19890호로 개정되기 전의 것) 제166조 (양도차익의 산정 등) ④ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 「부가가치세법 시행령」제48조의2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산한다. (8) 부가가치세법 시행령 (2007.2.28. 대통령령 제19892호로 개정되기 전의 것) 제48조의2 (과세표준의 안분계산) ④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물 등" 이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다. 1. 토지와 건물 등에 대한 「소득세법」 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다. 3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 다. 사실 관계 및 판단 (1) 2005.12.9. 청구법인과 OOO O OOO 사이에 작성된 쟁점부동산 및 쟁점사업장 등에 대한 매매계약서를 보면, 제1조 매매목적물로 ① OOOOO OOO OOO OOOOO 외 4필지 2,785.85㎡, ② 같은 곳 소재 4개동 건물 778.2㎡, ③ 저장탱크 1기, Dispenser 4기, 자동세차기 1기, 엘피지 저장 및 충전시설 일체, ④ 액화석유가스충전사업허가권(OOOOO OOOO OOOOOOOOOO)로 되어 있고, 제2조 매매대금에서 총 7,400,000천원으로 하여, 토지분 2,500,000천원, 건물분 400,000천원, 기계장치분 247,000천원, 영업권(충전소허가권) 4,253,000천원으로 되어 있으며, 제3조 매매대금의 지급에서 계약금은 740,000천원으로 계약 체결시 지급하는 것으로, 중도금은 3,000,000천원으로 2005.12.15. 지급하는 것으로, 잔금 3,660,000천원은 2006.1.25. 지급하는 것으로 되어 있고, OOO O OOOO OOOOO주식회사(이하 “OOOO”이라 한다)로부터 지원받은 대여금 2,000,000천원은 잔금에서 공제하여 이를 청구법인이 승계하는 것으로 되어 있다. (2) 쟁점부동산 및 쟁점사업장 등에 대한 대금지급 내용을 보면, 청구법인은 2005.12.9. 계약금 740,000천원, 2005.12.14. 중도금 1,500,000천원, 2006.1.25. 잔금 907,000천원 합계 3,147,000천원을 OOO에게, 2005.12.14. 영업권 중도금 1,500,000천원, 2006.1.25. 영업권 잔금 2,753,000천원 2006.2.3. 영업권 부가가치세 425,300천원 합계 4,678,300천원을 지급한 사실이 OOO O OOO(OOO의 영수증은 OOO이 대리 영수한 것으로 되어 있다)가 작성하여 청구법인에게 교부한 영수증에 의하여 나타난다. (3) 2006.1.25. OOO가 발급한 쟁점세금계산서를 보면, 공급자는 OOOOOOOO OOO로 되어 있고, 공급받는 자는 청구법인으로 되어 있으며, 공급가액 4,253,000천원, 세액 425,300천원으로 되어 있고, 2006.2.25. 청구법인은 쟁점세금계산서에 대한 매입세액을 매출세액에서 공제하여 2006년 제1기 부가가치세 월별조기환급신고를 한 것으로 나타난다. (4) 2006.10.17. 국세청 과세전적부심사위원회의 과세전적부심사결정서를 보면, 처분청이 청구법인의 2006년 제1기 부가가치세 월별조기환급신고에 대한 현지확인 결과 청구법인이 쟁점부동산과 쟁점사업장 등을 OOO O OOO로부터 취득한 것은 사업의 포괄적 양도양수에 해당하는 것으로 보아, OOO가 쟁점세금계산서에 대한 부가가치세를 기한내에 신고납부하지 아니하여 「부가가치세법 시행령」제17조 (담보제공·사업의 양도 및 조세의 물납) 제3항의 규정에 따라 매입세액을 불공제하고 2006년 제1기 부가가치세 467백만원을 과세하겠다는 과세예고통지를 한 것으로 되어 있으며, 처분청의 과세예고 통지에 대하여 청구법인은 쟁점부동산과 쟁점사업장을 취득한 것은 사업을 포괄적으로 양도양수한 것이 아니라는 주장으로 과세전적부심사를 한 것으로 되어 있고, 과세전적부심사결정에서 청구법인이 쟁점부동산을 OOO로부터 매수하였고 쟁점사업장 영업권은 OOO로부터 인수하였다고 봄이 타당한 반면, 청구법인이 쟁점사업장을 포괄적으로 양수하였다고 인정하기 어려운 것으로 보아, 청구법인이 적법하게 부가가치세를 부담하고 OOO로부터 교부받은 쟁점세금계산서의 매입세액을 매출세액에서 공제하는 것이 타당한 것으로 되어 있다. (5) OO지방국세청장은 2008.4.24.～2008.6.30.까지 주식회사OOOOOOOOO O OOO, OOOOOOOO OOO에 대한 법인통합조사 결과, 쟁점부동산 및 쟁점사업장의 양도가액 중 영업권의 가액이 과다하게 산정된 것으로 판단하여 매매계약서상의 개별자산별 구분은 세부담 완화를 목적으로 부당하게 구분한 것에 지나지 아니하므로 당해 거래는 개별자산별로 거래가액을 알 수 없는 경우에 해당한다 하여, 쟁점부동산과 쟁점사업장의 양도가액을 기준시가로 평가하여 총 양도가액 7,400,000천원에 기준시가비율로 안분계산한 영업권가액을 148,444천원으로 계산하고, 영업권 과다배분액 4,104,556천원에 대하여 2008년 11월 처분청에 과세자료로 통보하였으며, OO지방국세청장이 영업권가액을 안분계산한 내역은 다음 <표1>과 같다. <표1> 영업권 가액 안분계산 내역 (OOOOO) O OOOO OOOOOO OOOOO, OOOOO OOOOOO, OOOO 「OOO O OOOO」O OOOOO OOOOO (6) OO지방국세청장이 「상속세 및 증여세법 시행령」제59조 (무체재산권 등의 평가) 제2항의 규정에 근거하여 영업권을 평가한 방법은 다음 <표2>와 같다. <표2> 영업권 평가조서 (OOOOO) (7) 2004.2.20. 체결된 OOOO을 채권자로 하고 OOOO OOO를 채무자로 하는 자금대여계약서를 보면, 채권자는 채무자에게 20억원을 대여하는 것으로 되어 있고, 동 대여금은 채권자가 인정하는 주유소 또는 충전소 건설자금 등 채권자 석유제품의 판매촉진을 위한 자금으로만 사용하는 것으로 되어 있으며, 채무자는 채권자에 대한 채무이행을 담보하기 위하여 주유소 및 충전소 등 영업장 부동산을 담보로 제공하는 것으로 되어 있고, 쟁점부동산에 대한 등기부등본을 보면, 2004.2.21. 채권최고액 24억원으로 근저당권 설정이 된 것으로 되어 있으며, 쟁점부동산을 공동담보로 제공하고 있는 것으로 되어 있다. (8) 쟁점부동산 중 주유소용지에 대한 개별공시지가는 다음 <표3> 과 같다. <표3> 주유소용지별 개별공시지가 (OOOOOO OO) (9) 청구법인이 심리자료로 제시한 OOOOOOOOO의 감정평가서를 보면, 감정의뢰인은 OOOO, 채무자는 OOO, 평가목적은 담보목적으로 되어 있고, 그 내용은 다음 <표4>와 같다. <표4> OOOOO이 감정의뢰한 OOOOOOOOO의 감정평가서 내용 (OOOOO) (10) 위의 사실관계를 종합하여 살피건대, 일반적으로 매매계약서상의 매매가액이 실지거래가액임이 확인되고, 동 계약서상에 토지와 건물가액이 구분표시되어 있으며, 구분표시된 토지와 건물가액이 당해 토지ㆍ건물의 규모와 형태, 이용도와 효용도, 인근토지 및 건물의 공급가액 등에 비추어 합당하다고 인정되는 경우에는 동 계약서상의 가액을 공급가액으로 보아야 하고, 부동산매매계약서상에 기재된 매매금액이 실지거래가액임이 확인되지만 토지와 건물가액의 구분이 불분명하거나 그 구분표시된 가액이 당해 토지 및 건물의 규모와 형태, 사회통념 등에 비추어 합당하지 아니한 경우에는 부득이 국세청 기준시가에 따라 계산한 가액에 의해 안분계산한 가액을 공급가액으로 하는 것이라 할 것이다(OOOOOOOOO, OOOOOOOOOO OO). 이 건의 경우, 쟁점부동산 및 쟁점사업장 등의 매매계약서상 매매가액 7,400,000천원이 실지거래가액임이 확인되고, 토지분 2,500,000천원, 건물분 400,000천원, 기계장치분 247,000천원, 영업권(충전소허가권) 4,253,000천원으로 구분표시되어 있는 점, 토지 및 건물 등 사업용 자산의 양도자와 쟁점사업장 영업권의 양도자가 OOOO OOO로 각각 다른 점, 2006.2.25. 청구법인의 2006년 제1기 부가가치세 월별조기환급신고에 대한 2006.10.17. 국세청의 과세전적부심사결정에서 청구법인이 쟁점영업권가액에 상당하는 쟁점세금계산서를 수취한 것은 적법하게 부가가치세를 부담하고 수취한 것으로 판단하고 있는 점, 2004.2.11. 및 2004.11.8. OOOO이 담보목적으로 OOOOOOOOO에 감정의뢰한 평가내용에서 쟁점부동산 중 주유소 용지의 평균단가는 1㎡당 790천원인 것으로 되어 있고 이를 적용하여 보면, 주유소용지의 가액은 약 2,200,821천원(2,785.85㎡×790천원)인 것으로 볼 때, 비록 감정평가일이 쟁점세금계산서를 수령한 2006.1.25. 전 6월 내의 가액은 아니라 할 것이나 매매계약서상 토지분 가액 2,500,000천원이 감정가액 보다 높은 점, 주유소 영업권의 가액은 미래의 수익가치 등을 감안하여 「상속세 및 증여세법 시행령」제59조 (무체재산권 등의 평가)에 규정된 무체재산권의 평가방법에 의하여 평가한 가액과 다르게 산정할 수 있는 점 등을 종합하여 볼 때, 이 건 토지 및 건물 등 사업용 자산의 양도가액과 쟁점사업장 영업권의 양도가액은 청구법인이 매매당사자와의 합의에 따라 각각 결정된 실지거래가액으로 판단되므로, 처분청이 쟁점부동산 및 쟁점사업장 등 매매계약서상의 개별자산별 구분가액이 불분명한 것으로 보아 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 4 . 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.