조심 2018전0178 (2018.03.29)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구인은 ‘OOO’이라는 상호로 원양 및 연근해 어업을 영위하는 복식부기의무자로, 2016년 귀속 종합소득세 신고시 기준경비율로 소득금액을 추계하여 과세표준을 신고하면서 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제7조에 따른 중소기업에 대한 특별세액감면(이하 “중소기업특별세액감면”이라 한다)을 신청하였다. 나. 처분청은 복식부기의무자인 청구인이 추계로 소득금액을 신고하면서 「소득세법」 제70조 제4항 제3호의 서류를 제출하지 아니한 것은 같은 항 단서에 따라 종합소득 과세표준확정신고를 하지 아니한 것으로 간주되므로 조특법 제128조 제2항에 따라 중소기업특별세액감면을 적용받을 수 없는 것으로 보아 이를 배제하여 2017.9.7. 청구인에게 2016년 귀속 종합소득세 OOO을 결정·고지하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2017.12.6. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 종합소득세를 추계의 방법으로 법정신고기한 내에 신고납부하였으므로 무신고로 보아 감면을 배제한 처분은 부당하다. (가) 청구인은 2016년 귀속 종합소득 과세표준확정신고시 소득금액을 추계의 방법으로 하여 법정신고기한 내에 신고하였는데, 추계신고 역시 「소득세법」에서 인정하는 신고방법이다. 조특법 제128조 제2항을 적용하기 위해서는 납세자의 신고행위가 없어야 하는데, 청구인은 추계의 방법으로 종합소득세를 신고하였고, 처분청은 무신고로 보아 어떠한 결정의 처분을 하지 아니하였으므로 감면을 배제한 이 건 처분은 결정이 아닌 경정에 해당된다. 따라서, 청구인에게 조특법 제128조 제2항이 아닌 제3항이 적용되어야 할 것이고, 청구인은 부정하게 과소신고한 과세표준이 없으므로 제3항 또한 적용될 여지가 없는바, 중소기업특별세액감면을 배제하는 처분은 부당하다. (나) 청구인은 추계의 방법으로 종합소득세를 신고하면서 무기장가산세를 자진하여 신고·납부하였는데 감면까지 배제하는 것은 이중의 불이익으로 납세자의 권익을 훼손하는 것이다. (2) 이 건 처분은 신의성실의 원칙 또는 비과세관행에 반하는 처분 이다 . (가) 국세청에서 2016년 4월 발간한 「소득세 확정신고 안내 및 실무(2015년 귀속)」책자 268쪽을 보면 중소기업에 대한 특별세액감면이 추계시에도 적용가능하다고 설명되어 있는데, 이는 처분청의 공적인 견해표명에 해당되므로 이에 반하는 부과처분을 하는 것은 신의성실의 원칙에 어긋난 처분이다. 또한, 청구인이 2017.5.24. 2016년 귀속 종합소득세 확정신고시 국세청 홈택스 프로그램에서 중소기업특별세액감면이 입력되었던 점, 신고서 전송시 전송오류가 없었던 점 등에서 국세청 프로그램 역시 과세관청의 공적인 견해표명이므로 이를 믿고 신뢰한 청구인에게 귀책사유가 없다. (나) 과거 여러 차례의 유권해석(소득46011-526, 1993.3.4., 소득 46011 -1158, 1997.4.25., 소득 46210-3666, 1998.11.28.)에서 추계신고의 경우 중소기업특별세액감면을 인정하였는데, 이러한 해석은 가산세를 적용할 때 종합소득세를 신고하지 아니한 것으로 보아 무신고 가산세를 적용하라는 것일 뿐이다. 이와 같이 그동안 복식부기의무자가 추계로 종합소득 과세표준확정신고를 한 경우에 중소기업특별세액감면을 적용해야 하는지 여부에 대한 명쾌한 유권해석 없이 동 감면이 적용된다는 취지의 해석만 있다가, 2016.7.13. 국세청이 중소기업특별세액감면을 배제한다는 유권해석을 생성하였으나, 이는 과세기간 중에 개정된 세법이 아닌 유권해석에 불과하고, 통상적으로 납세자가 실시간으로 이를 인지하기는 어렵다. 나. 처분청 의견 국세청 유권해석(2016-법령해석소득-139, 2016.7.13.)에서는 ‘복식부기의무자가 종합소득 과세표준 및 세액을 추계하여 신고한 경우 「소득세법」 제70조 제4항에 의해 종합소득 과세표준확정신고를 하지 아니한 것으로 간주되므로 같은 법 제80조 제1항에 따라 종합소득 과세표준 및 세액을 결정하여야 하고, 조특법 제128조 제2항에 의하여 중소기업특별세액감면의 적용은 배제되는 것’이라고 해석하였고, 조세심판원의 심판례(조심 2016전4308, 2017.5.23.)에서는 ‘복식부기의무자가 추계신고시 무신고로 간주되므로 조특법 제128조 제2항에 따라 감면을 받을 수 없으나, 2016.7.13. 국세청 유권해석이 있기 전까지 비과세 관행이 성립된 것으로 보아 소급과세는 부당하다’고 판단하였다. 이와 같이 복식부기의무자가 종합소득 과세표준확정신고시 복식부기에 의해 종합소득세를 신고하지 아니하고 추계로 신고하는 경우, 「소득세법」제70조 의 규정에 따라 종합소득 과세표준확정신고를 하지 아니한 것으로 보아 「소득세법」제80조 제1항을 적용받게 되는 것이며, 또한, 조특법 제128조 제2항의 규정에 따라 중소기업특별세액감면을 적용받을 수 없는 것인바, 복식부기의무자인 청구인이 2016년 귀속 종합소득세를 추계신고하여 법정 서류를 제출하지 아니한 것을 종합소득세를 무신고한 것으로 보아 중소기업특별세액감면의 적용을 배제하여 종합소득세를 과세한 이 건 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 복식부기의무자인 청구인이 종합소득 과세표준을 추계신고하여 법정 서류를 제출하지 아니한 것을 종합소득 과세표준확정신고를 하지 아니한 것으로 보아 중소기업에 대한 특별세액감면의 적용을 배제하여 종합소득세를 과세한 처분의 당부 ② 신의성실의 원칙 또는 비과세관행에 반하는 처분이라는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 : <별지> 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인은 2016년 귀속 종합소득세 확정신고시 기준경비율로 소득금액을 추계하여 종합소득세 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출하였으나, 재무상태표 등 「소득세법」제70조 제4항 제3호에서 규정한 서류는 제출하지 아니한 것으로 나타난다. (2) 처분청은 청구인의 추계신고를 무신고로 보아 중소기업특별세액감면을 배제하여 아래 <표1>과 같이 종합소득세를 결정하였다. <표1> 청구인의 신고내용 및 처분청의 결정내용 (3) 복식부기의무자의 종합소득 과세표준확정신고와 관련된 법률 개정사항은 다음과 같다. (가) 「소득세법」 제70조 제4항 및 제81조가 2006.12.30. 아래 <표2>와 같이 개정되었는바, 같은 법 제81조 제3항의 규정이 같은 법 제70조[종합소득 과세표준확정신고]로 이동하면서 가산세에 한하여 무신고로 간주하는 내용이 삭제되었다. <표2> 2006.12.30. 「소득세법」 개정내용 (나) 2006.12.30. 「소득세법」 제70조 [종합소득과세표준확정신고] 개정에 대하여 ‘간추린 개정세법’이나 재정경제부(現, 기획재정부)의 보도자료에 개정이유 등 관련 내용이 나타나지 아니한다. (4) 종합소득세를 추계로 신고하거나 결정하는 경우 조특법 제128조 제2항의 세액감면을 적용받을 수 있는지 여부에 관한 유권해석을 살펴보면, 2006.12.30. 「소득세법」 개정 전에는 <표3>과 같이 세액감면을 적용받을 수 있는 것으로 해석하였고, 2006.12.30. 「소득세법」제70조 가 개정된 이후 약 10년간 관련 유권해석이 없었다가 2016.7.13. 이후 세액감면을 적용받을 수 없는 것으로 해석하고 있다. <표3> 2006.12.30. 「소득세법」 개정 전 유권해석 <표4> 2006.12.30. 「소득세법」 개정 후 유권해석 (5) 국세청 고객만족센터에서 발간한 「소득세 확정신고 안내 및 실무)」 책자에 기재된 내용은 다음과 같다. (가) 2016년 4월 발간된「소득세 확정신고 안내 및 실무(2015년 귀속)」 책자 268쪽에는 ‘중소기업특별세액감면이 추계시에도 적용가능’하다고 기재되어 있으나, 같은 책 366쪽에는 ‘무신고시 감면배제’ 대상으로 ‘중소기업특별세액감면’이 기재되어 있다. (나) 반면, 2017년 4월 발간된「소득세 확정신고 안내 및 실무(2016년 귀속」 책자 271쪽에는 ‘중소기업특별세액감면은 무신고(복식부기의무자가 간편장부신고·추계신고·법 제70조 제4항 제3호 서류를 미제출한 경우 포함)하는 경우 감면배제’라고 기재되어 있고, 같은 책 370쪽에는 ‘무신고시(복식부기의무자가 간편장부신고·추계신고·법 제70조 제4항 제3호 서류를 미제출 한 경우 등에도 감면배제) 감면배제’ 대상으로 ‘중소기업특별세액감면’이 기재되어 있다. (6) 「소득세법 시행규칙」 [별지 제40호 서식(1)]의 「종합소득세 과세표준신고서」 등에는 기준경비율에 따른 추계신고를 신고유형의 하나로 기재하고 있다. (가) 종합소득세 신고서의 앞면에는 신고유형의 하나로 “추계－기준율”, “추계－단순율”이라고 기재되어 있다. (나) 종합소득세 신고서의 부속서류 중 하나인 추계소득금액계산서의 작성방법에는 “이 서식은 기준경비율에 따라 추계신고하는 경우에만 작성”이라고 기재되어 있다. (7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대해 살피건대, 청구인은 종합소득세를 추계의 방법으로 법정신고기한 내에 신고하였으므로 무신고로 보아 감면을 배제한 처분은 부당하다고 주장하나, 2006.12.30. 「소득세법」이 개정되면서 제81조[가산세]에 있던 복식부기의무자의 관련서류 미제출시 무신고로 간주하는 조항이 제70조[종합소득 과세표준확정신고]로 이동하였고, 그 과정에서 “제1항의 적용에 있어서”라는 가산세 적용에 한하여 무신고로 간주하는 부분이 삭제되어, 그 밖에 조특법을 포함한 세법 적용의 전반에 있어서 무신고로 간주하는 것으로 해석되는 점, 청구인이 종합소득세 과세표준신고시 제70조 제4항 제3호에 규정된 서류를 제출하지 아니하여 같은 항에 따라 종합소득 과세표준확정신고를 하지 아니한 것으로 간주되고, 처분청이 2016년 귀속 종합소득세액을 결정하여 조특법 제128조 제2항의 감면배제 요건을 충족한 점 등에 비추어 처분청이 중소기업에 대한 특별세액감면의 적용을 배제하여 청구인에게 종합소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2016전4308, 2017.5.23., 조세심판관합동회의 같은 뜻임). (8) 다음으로 쟁점②에 대해 살피건대, 청구인은 이 건 처분이 신의성실의 원칙 또는 비과세관행에 반하는 처분이라고 주장하나, 2016.7.13. 이후 유권해석을 통해 복식부기의무자가 종합소득 과세표준을 추계하여 신고하는 경우 중소기업특별세액감면을 적용하지 아니하고, 2016.7.13. 이전 신고한 자에 한하여 납부불성실가산세를 부과하지 아니한다고 해석하고 있는 점, 2017년 4월 국세청 고객만족센터에서 발간한 「소득세 확정신고 안내 및 실무(2016년 귀속)」책자에 ‘중소기업특별세액감면은 무신고(추계신고·법 제70조 제4항 제3호 서류를 미제출한 경우 포함)하는 경우 감면배제’라고 기재되어 있는 점 등에 비추어 2016.7.13. 이후 더 이상 추계로 확정신고하는 때에도 중소기업특별세액감면을 적용할 수 있다는 해석 또는 관행이 성립한다고 보기 어렵다고 판단된다. 따라서, 2016년 귀속 종합소득세 신고에 관한 이 건 처분은 새로운 해석에 의한 소급과세에 해당하지 아니하므로 처분청이 위 세액감면을 배제하고 종합소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 소득세법 제70조 【종합소득과세표준 확정신고】① 해당 과세기간의 종합소득금액이 있는 거주자(종합소득과세표준이 없거나 결손금이 있는 거주자를 포함한다)는 그 종합소득 과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. ③ 제1항에 따른 신고를 "종합소득 과세표준확정신고"라 한다. ④ 종합소득 과세표준확정신고를 할 때에는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 제160조 제3항에 따른 복식부기의무자가 제3호에 따른 서류를 제출하지 아니한 경우에는 종합소득 과세표준확정신고를 하지 아니한 것으로 본다. 3. 사업소득금액을 제160조 및 제161조에 따라 비치·기록된 장부와 증명서류에 의하여 계산한 경우에는 기업회계기준을 준용하여 작성한 재무상태표·손익계산서와 그 부속서류, 합계잔액시산표(合計殘額試算表) 및 대통령령으로 정하는 바에 따라 작성한 조정계산서. 다만, 제160조 제2항에 따라 기장(記帳)을 한 사업자의 경우에는 기획재정부령으로 정하는 간편장부소득금액 계산서 제80조【결정과 경정】① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 해당 과세기간 과세표준과 세액을 결정한다. ② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 한 자(제2호 및 제3호의 경우에는 제73조에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정한다. ③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득금액을 추계조사결정할 수 있다. 제160조 【장부의 비치·기록】① 사업자(국내사업장이 있거나 제119조제3호에 따른 소득이 있는 비거주자를 포함한다. 이하 같다)는 소득금액을 계산할 수 있도록 증명서류 등을 갖춰 놓고 그 사업에 관한 모든 거래 사실이 객관적으로 파악될 수 있도록 복식부기에 따라 장부에 기록·관리하여야 한다. ② 업종·규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 업종별 일정 규모 미만의 사업자가 대통령령으로 정하는 간편장부(이하 "간편장부"라 한다)를 갖춰 놓고 그 사업에 관한 거래 사실을 성실히 기재한 경우에는 제1항에 따른 장부를 비치·기록한 것으로 본다. ③ 제2항에 따른 대통령령으로 정하는 업종별 일정 규모 미만의 사업자는 "간편장부대상자"라 하고, 간편장부대상자 외의 사업자는 "복식부기의무자"라 한다. (2) 소득세법 시행령 제143조 【추계결정과 경정】① 법 제80조 제3항 단서에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우 2. 기장의 내용이 시설규모·종업원수·원자재·상품 또는 제품의 시가·각종 요금 등에 비추어 허위임이 명백한 경우 3. 기장의 내용이 원자재사용량·전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우 ③ 법 제80조 제3항 단서에 따라 소득금액의 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 방법에 따른다. 다만, 제1호의2는 단순경비율 적용대상자만 적용한다. 1. 수입금액에서 다음 각 목의 금액을 공제한 금액을 그 소득금액(이하 이 조에서 "기준소득금액"이라 한다)으로 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다. 다만, 기준소득금액이 제1호의2에 따른 소득금액에 기획재정부령으로 정하는 배율을 곱하여 계산한 금액 이상인 경우 2018년 12월 31일이 속하는 과세기간의 소득금액을 결정 또는 경정할 때까지는 그 배율을 곱하여 계산한 금액을 소득금액으로 결정할 수 있다. 가. 매입비용(사업용고정자산의 매입비용을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업용고정자산에 대한 임차료로서 증빙서류에 의하여 지출하였거나 지출할 금액 나. 종업원의 급여와 임금 및 퇴직급여로서 증빙서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액 다. 수입금액에 기준경비율을 곱하여 계산한 금액. 다만, 복식부기의무자의 경우에는 수입금액에 기준경비율의 2분의 1을 곱하여 계산한 금액 1의2. 수입금액에서 수입금액에 단순경비율을 곱한 금액을 공제한 금액을 그 소득금액으로 결정 또는 경정하는 방법 1의3. 법 제73조 제1항 제4호에 따른 사업소득(이하 "연말정산사업소득"이라 한다)에 대한 수입금액에 제201조의11 제4항에 따른 연말정산사업소득의 소득률을 곱하여 계산한 금액을 그 소득금액으로 결정 또는 경정하는 방법 2. 기준경비율 또는 단순경비율이 결정되지 아니하였거나 천재·지변 기타 불가항력으로 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일업종의 다른 사업자의 소득금액을 참작하여 그 소득금액을 결정 또는 경정하는 방법. 다만, 동일업종의 다른 사업자가 없는 경우로서 과세표준확정신고후에 장부등이 멸실된 때에는 법 제70조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하고 과세표준확정신고전에 장부등이 멸실된 때에는 직전과세기간의 소득률에 의하여 소득금액을 결정 또는 경정한다. 3. 기타 국세청장이 합리적이라고 인정하는 방법 (3) 조세특례제한법 제7조 【중소기업에 대한 특별세액감면】① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2017년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다. ② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 중소기업의 경우에는 제1항 제2호의 규정에도 불구하고 제1항 제2호에 따른 감면 비율에 100분의 110을 곱한 감면 비율을 적용한다. 1. 해당 과세연도 개시일 현재 10년 이상 계속하여 해당 업종을 경영한 기업일 것 2. 해당 과세연도의 종합소득금액이 1억원 이하일 것 3. 「소득세법」 제59조의4 제9항에 따른 성실사업자로서 제122조의3 제1항 제1호, 제2호 및 제4호의 요건을 모두 갖춘 자일 것 제128조【추계과세 시 등의 감면배제】① 「소득세법」 제80조 제3항 단서 또는 「법인세법」 제66조 제3항 단서에 따라 추계(推計)를 하는 경우에는 제5조, 제7조의2, 제7조의4, 제10조, 제11조, 제12조 제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제13조의2, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의6까지, 제26조, 제29조의2부터 제29조의5까지, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의25, 제122조의4 제1항 및 제126조의7 제8항을 적용하지 아니한다. 다만, 추계를 하는 경우에도 제5조 및 제26조(투자에 관한 증거서류를 제출하는 경우만 해당한다)는 거주자에 대해서는 적용한다. ② 「소득세법」 제80조 제1항 또는 「법인세법」 제66조 제1항에 따라 결정을 하는 경우와 「국세기본법」 제45조의3 에 따라 기한 후 신고를 하는 경우에는 제6조, 제7조, 제12조 제1항·제3항, 제12조의2, 제31조 제4항·제5항, 제32조 제4항, 제33조의2, 제62조 제4항, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제85조의6 제1항·제2항, 제96조, 제102조, 제104조의24 제1항, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항, 제121조의20 제2항, 제121조의21 제2항, 제121조의22 제2항을 적용하지 아니한다. ③ 「소득세법」 제80조 제2항 또는 「법인세법」 제66조 제2항에 따라 경정(제4항 각 호의 어느 하나에 해당되어 경정하는 경우는 제외한다)을 하는 경우와 과세표준 수정신고서를 제출한 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 제출한 경우에는 대통령령으로 정하는 과소신고금액(過少申告金額)에 대하여 제6조, 제7조, 제12조 제1항·제3항, 제12조의2, 제31조 제4항·제5항, 제32조 제4항, 제33조의2, 제62조 제4항, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제85조의6 제1항·제2항, 제96조, 제102조, 제104조의24 제1항, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항, 제121조의20 제2항, 제121조의21 제2항, 제121조의22 제2항을 적용하지 아니한다. (4) 국세기본법 제15조 【신의·성실】납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】① 세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다. ② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다. ③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.