조심 2018중2626 (2018.09.19)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 2013.6.5. 개업하여 비철 및 고철금속 도·소매업을 영위하다가 2017.5.24. 폐업하였다. 나. 중부지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인에 대해 세금계산서 거래질서 조사를 실시한 결과, 청구법인이 2014년 제1기～2016년 제1기 과세기간 동안 아래 <표1>과 같이 실물거래 없이 가공으로 세금계산서를 발급하고, OOO로부터 가공으로 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취한 것으로 확인하였으며, 「조세범처벌 절차법」에 따라 청구법인을 검찰에 고발하면서 처분청에 과세자료를 통보하였고, 이에 따라 처분청은 청구법인에게 가공세금계산서 발급 및 수취와 관련하여 부가가치세를 경정·고지(가산세 2%)하였다. OOO 다. 청구법인은 2017.12.22. 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제106조의9 제11항에 따라 2014년 제1기～2016년 제1기 과세기간 동안 청구법인이 쟁점매입처들에게 입금한 부가가치세액 중 과오납금 OOO의 환급을 청구하는 경정청구서를 처분청에 제출하였고, 처분청은 위 경정청구를 검토한 결과 청구법인이 과오납한 부가가치세액이 없는 것으로 보아 2018.3.22. 청구법인에게 경정청구 거부를 통보하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2018.5.18. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인이 실물거래 없이 쟁점세금계산서를 발급받고 매입자납부특례에 따라 부가가치세를 납부한 이상 이는 과오납금에 해당하고, 과오납금은 원칙적으로 「국세기본법」제51조 제1항에 따라 납세의무자에게 즉시 환급결정하여야 한다. 조사청은 쟁점매입처들을 청구법인에게 실물거래 없이 세금계산서만을 발급한 자료상으로 확정하여 고발하였고, 부가가치세 경정 시 쟁점매입처들이 신고한 매출세액을 전액 감액하였으며, 감액한 가공매출세액을 과오납금으로 하여 쟁점매입처들에게 환급하지 않은 채 쟁점매입처들에게 관련 가산세만을 고지하였는바, 청구법인과 쟁점매입처들간 가공거래로 인하여 납부된 과오납금이 존재한다. (2) 처분청은 부가가치세 실시간 정산과 별개로 청구법인이 실물거래 없이 쟁점세금계산서를 수취하고 매입자납부특례에 따라 실제 납부한 부가가치세를 환급해야 한다. 지정금융회사에서 청구법인에게 입금한 부가가치세는 청구법인의 외상매출금 중 부가가치세 매출채권에 속하는 금액이고, 청구법인이 기 지급한 외상매입금 중 부가가치세 매입채무에 속하는 금액이 아니다. 지정금융회사가 입금한 부가가치세 매출채권(부가가치세 예수금)은 부가가치세 신고시 청구법인이 지급한 부가가치세 매입채무(부가가치세 대급금)와 상계되고, 지정금융회사가 청구법인에 미입금한 부가가치세 매출채권은 매입자납부특례 기납부세액 공제로 하여 납부세액과 상계하여 줌으로써 부가가치세 매출채권을 회수하게 해 준 것일 뿐, 청구법인이 지급한 외상매입금 중 매입부가가치세를 환급해 준 것이 아니다. 또한, 처분청은 지정금융회사가 청구법인에게 입금해준 부가가치세 매출채권을 부가가치세 경정 시 청구법인의 기납부세액에서 차감함으로써 결과적으로 환수해 간 사실이 있다. (3) 구리 스크랩 등 매입자는 2014.1.1. 이후 공급받는 분부터 조특법 제106조의9 제2항 및 제3항에 따라 부가가치세를 매입자가 직접 구리 스크랩등 거래계좌를 사용하여 납부하고 있고, 최근 조세심판원은 조특법 제106조의9 에 따른 부가가치세 매입자납부특례 과오납금의 환급대상은 매출자가 아닌 실납부자인 매입자로 보인다고 결정OOO한바 있다. 또한, 조특법 개정법률은 매입자납부특례에 따라 공급받은 자가 입금한 부가가치세액 중 과오납금은 공급받은 자에게 환급하도록 규정OOO하고 있다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인은 쟁점매입처들로부터 쟁점세금계산서를 수취한 후 매입자납부특례에 따라 쟁점거래처들의 전용계좌에 입금한 부가가치세는 과오납금에 해당한다고 주장하나, 조특법 시행령 제106조의3 및 ‘부가가치세 매입자 납부특례제도를 운영하는 금융회사 지정 등에 관한 고시’에 따라 쟁점매입세액은 지정금융회사에서 청구법인의 매출세액의 범위 안에서 청구법인에게 환급되었고, 매출세액을 초과하는 매입세액은 신고 후에 환급이 되었기 때문에 쟁점매입세액을 과오납금이라 할 수 없다. 또한, 처분청에서 청구법인의 부가가치세 경정 시 쟁점매입세액을 매입세액에서 차감하는 동시에 청구법인의 기납부세액에 가산하여 결과적으로 가산세만 고지하였기 때문에 쟁점매입세액은 추가로 고지된 사실도 없다. (2) 청구법인의 스크랩 등 거래계좌로 입금된 금액은 매출에 대한 부가가치세이며, 매입에 대한 부가가치세는 환급받지 아니하였다고 주장하나, 이는 사실과 다르다. 스크랩 등 거래계좌에는 별도의 부가가치세 관리 계정이 있으며, 이는 임의로 입·출금이 불가능하다. 청구법인이 스크랩 등을 매입하고, 스크랩 등 거래계좌를 통하여 매입처에 공급가액(매입처의 스크랩 등 거래계좌)및 세액(매입처의 부가세 관리계정)을 입금한 후, 청구법인의 매출이 발생한 경우, 매출처가 입금한 공급가액은 청구법인의 스크랩 등 전용계좌에, 부가가치세는 청구법인의 부가가치세 관리계정에 입금되며, 부가가치세 관리계정에 입금된 매출세액의 한도 내에서 청구법인이 실제 부담한 매입세액은 청구법인의 스크랩 등 거래계좌로 환급된다. 청구법인의 스크랩 등 거래계좌로 실제 매입에 대한 부가가치세가 환급되었음이 확인되고, 청구법인은 스크랩 등 거래계좌로 환급 받은 매입에 대한 부가가치세액을 매입대금, 직원 급여 등으로 사용하였다. (3) 청구법인이 쟁점매입처들과 가공거래로 인하여 납부한 과오납금이 있다면 「조세특례제한법」제106조의9 제11항 및 관련 부칙에 의해 청구법인에게 환급되어야 하나, 청구법인은 쟁점매입세액과 관련하여 과오납한 금액이 없으므로 쟁점매입세액을 청구법인에게 환급하여야 한다는 주장은 이유 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 매입자납부특례에 의하여 청구법인이 납부한 매입세액을 환급해달라는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 등 (1) 국세기본법 제51조[국세환급금의 충당과 환급] ① 세무서장은 납세의무자가 국세·가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액이 있거나 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액(세법에 따라 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있을 때에는 공제한 후에 남은 금액을 말한다)이 있을 때에는 즉시 그 잘못 납부한 금액, 초과하여 납부한 금액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다. 이 경우 착오납부·이중납부로 인한 환급청구는 대통령령으로 정하는 바에 따른다. (2) 조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 일부개정된 것) 제106조의9[스크랩등에 대한 부가가치세 매입자 납부특례] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 물품(이하 "스크랩등"이라 한다)을 공급하거나 공급받으려는 사업자 또는 수입하려는 사업자(이하 "스크랩등사업자"라 한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 스크랩등 거래계좌(이하 "스크랩등거래계좌"라 한다)를 개설하여야 한다. 2. 구리가 포함된 합금의 웨이스트 및 스크랩으로서 구리함유량이 100분의 40 이상인 물품 ② 구리 스크랩등사업자가 구리 스크랩등을 다른 구리 스크랩등사업자에게 공급하였을 때에는 「부가가치세법」제31조 에도 불구하고 부가가치세를 그 공급받는 자로부터 징수하지 아니한다. ③ 구리 스크랩등사업자가 구리 스크랩등을 다른 구리 스크랩등사업자로부터 공급받았을 때에는 그 공급을 받은 때나 세금계산서를 발급받은 때에 구리 스크랩등거래계좌를 사용하여 제1호의 금액은 구리 스크랩등을 공급한 사업자에게, 제2호의 금액은 대통령령으로 정하는 자에게 입금하여야 한다. 다만, 기업구매자금대출 등 대통령령으로 정하는 방법으로 구리 스크랩등의 가액을 결제하는 경우에는 제2호의 금액만 입금할 수 있다. 1. 구리 스크랩등의 가액 2. 「부가가치세법」제29조 에 따른 과세표준에 같은 법 제30조에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 이 조에서 "부가가치세액"이라 한다) ⑧ 제3항에 따라 공급받은 자가 입금한 부가가치세액은 구리 스크랩등을 공급한 구리 스크랩등 사업자가 납부하여야 할 세액에서 공제하거나 환급받을 세액에 가산한다. (2)-2 조세특례제한법(2017.12.19. 법률 제15227호로 일부개정된 것) 제106조의9[구리스크랩 등에 대한 부가가치세 매입자 납부특례] ⑪ 제3항에 따라 공급받은 자가 입금한 부가가치세액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액은 「국세기본법」제51조 제1항에도 불구하고 공급받은 자에게 환급하여야 한다.<신설 2017.12.19> ※ 부칙 <제15227호, 2017.12.19.> 제1조[시행일] 이 법은 2018년 1월 1일부터 시행한다. 제32조[스크랩등에 대한 부가가치세 매입자 납부특례에 관한 적용례] ② 제106조의9 제11항의 개정규정은 이 법 시행 전에 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 분에 대해서도 적용한다. (3) 부가가치세 매입자 납부특례제도를 운영하는 금융회사의 지정 등에 관한 고시 제4조[지정금융회사에 입금된 부가가치세액의 관리] ① 지정금융회사는 사업자의 매입세액을 매출세액의 범위에서 환급한다. 다만, 「조세특례제한법」제106조의4 제1항의 금거래계좌와 같은 법 제106조의9 제1항의 스크랩등 거래계좌는 각각 관리하고 양 거래계좌를 통합하여 환급해서는 안된다. ②지정금융회사는 제1항에 따라 환급하고 남은 부가가치세액을 부가가치세 예정 및 확정 신고기한까지 국고에 입금한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인이 2014년 제1기～2016년 제1기 과세기간 동안 <표1>과 같이 쟁점매입처들로부터 실물거래 없이 공급가액 OOO의 세금계산서(쟁점세금계산서)를 수취하였고, 「조세특례제한법」제106조의9 에 따라 거래대금을 쟁점매입처들의 스크랩등 거래계좌에 입금한 사실에 대해서는 청구인과 처분청 모두 이견이 없다. (2) 조사청의 청구법인에 대한 자료상 조사 결과, 청구법인이 2014년 제1기～2016년 제1기 동안 실물거래 없이 세금계산서를 교부·수취한 것으로 보아 OOO에 고발하고, 처분청은 아래 <표2>와 같이 부가가치세를 경정한 것으로 나타난다. OOO (3) 기획재정부는 2017.12.19. 부가가치세 매입자납부특례 과오납금 환급대상을 명확화하기 위해 조특법 제106조의9 제11항을 아래와 같이 신설한 것으로 나타난다. OOO (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인이 쟁점매입처들에게 지급한 거래대금은 쟁점매입처들의 스크랩등 거래계좌에 입금되었고, 그 중 쟁점매입세액은 부가가치세 관리계정에 입금되어 지정금융회사에서 청구법인의 매출세액의 범위 내에서 청구법인이 지급한 매입세액이 실시간으로 환급이 되며, 매출세액을 초과하는 매입세액은 부가가치세 신고 후에 이미 환급이 되었기 때문에 쟁점매입세액을 과오납금이라 보기 어려운 점, 청구법인은 전부 자료상으로 가공매출과 가공매입이 동시에 발생하여 가공매출과 가공매입에 대한 기납부세액이 동시에 경정되었고, 결과적으로 청구법인에게 세금계산서 관련 가산세만 과세된 점, 부가가치세 경정 시 쟁점매입세액을 기납부세액에 가산한 것은 최종고지세액에서 쟁점매입세액만큼 차감되어 결과적으로 청구법인에게 쟁점매입세액을 환급한 것과 동일한 결과를 초래하는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인에게 이 건 경정청구에 대해 과오납한 부가가치세액이 없는 것으로 보아 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.