조심 2020중7416 (2020.12.08)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구인은 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 2004.9.24. OOO원에 취득하였고 2018.4.25. OOO원에 양도하면서 1세대1주택 고가주택으로 보아 일반세율 및 장기보유특별공제를 적용하여 2018.5.11. 양도소득세 OOO원을 신고.납부하였다. 나. OOO지방국세청 감사관실에서는 처분청에 대한 종합감사를 실시하면서 2018.4.1. 이후 조정대상지역에 소재하는 1세대3주택이상에 해당하는 주택을 양도하는 경우 장기보유특별공제를 배제하고 세율의 100분의 20을 가산한 중과세를 적용하여 과세할 것을 지시하였고, 이에 처분청은 2020.5.15. 청구인에게 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 고지하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2020.8.5. 심판청구를 제기하였다 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 청구인의 양도소득세 신고와 결정 이후 국세청 질의해석에 따라 종전 신고내용을 경정하여 과세한 것은 소급과세로 부당하다. 청구인은 2018.5.11. 양도소득세 신고를 하였고 처분청에서도 신고 내용이 적정한 것으로 보아 2018.8.9. 신고한대로 세액을 결정하였으나, 처분청에서 서면-2018-부동산-3457(2019.2.14.)의 새로운 질의해석을 근거로 장기임대주택특례와 일시적 2주택 특례가 동시에 적용되는 경우 9억 초과분에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고 세율의 100분의20을 가산하여 처분을 한 것은 신고내용 결정 후 9개월이 지나 생산된 질의해석을 근거로 과세하는 명백한 소급과세이며 처분청의 신뢰저하와 납세자의 재산권 침해, 나아가 법적 안정성을 저해하는 위법 부당한 처분이라고 할 것이다. (2) 양도소득세를 신고.납부한 후 2년이나 지난 후 가산세까지 부과하는 것은 청구인에게 가혹하다. 청구인은 양도소득세 납부를 위해 장기임대주택특례와 일시적 2주택 특례가 동시 적용되는 경우 OOO 초과분 양도소득에 대한 계산 방법에 대해 세무서, 인터넷 상담사례, 국세청 전화상담 등의 여러 확인절차를 거쳤고 그 결과 어디에서도 OOO 초과분에 대해 장기보유특별공제가 배제되고 중과된 세율을 적용해야 한다는 답변을 받지 못했고 청구인은 그동안 1세대1주택 고가주택 계산방법에 준하여 성실하게 신고.납부하였는데 2년이라는 시간이 지난 후에 과세를 하면서 가산세까지 납부하게 하는 것은 너무 가혹하다. 나. 처분청 의견 (1) 개정된 「소득세법」은 주택시장이 과열되자 주택시장 안정화 방안에 따른 “8.2 대책”(2017.8.2.)의 후속조치로 2017.12.14. 개정되어 다주택자가 조정대상지역 내에 있는 주택을 2018.4.1. 이후 양도하는 경우 양도소득세를 중과하도록 한 것으로 청구인의 쟁점주택 양도시기(2018.4.25.)는 개정 법률이 적용되므로 양도소득세를 중과한 것으로 국세청 해석례에 따라 과세하여 소급과세금지 원칙에 위반된다는 청구인의 주장은 사실이 아니다. “소급과세금지의 원칙”이란 조세법령의 개정이나 과세관청의 법령에 대한 해석 또는 처리지침의 변경이 있는 경우 그 효력 발생 전에 종결한 과세요건사실에 대하여 당해 법령 등을 적용할 수 없다는 것 일 뿐 법령개정 이후 발생한 과세요건 사실에 대하여 새로운 법령 등을 적용하는 것을 제한하는 것은 아닌 바OOO, 청구인이 1세대3주택 이상에 해당하고 쟁점주택을 2018.4.25. 양도하였으므로 관련 법령에 따라 중과를 적용하여 양도소득세를 결정함은 타당하며 과세관청에서 법령개정 이후 장기임대주택 외에 일시적인 1세대2주택자에 대하여 OOO원 초과분에 대하여 양도소득세 중과를 배제한다는 법령해석 등을 한 바 없고 2019.2.14.과 2019.11.1. 법령해석은 개정된 법률에 대하여 해석을 명확히 한 것일 뿐이다. (2) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 법에 규정된 신고?납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 납세자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시할 수 있는 사정이 있는 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 그 부과를 면할 수 있다고 할 것이나 청구인의 고가주택 양도차익에 대한 양도소득세 계산내역 잘못에 대하여 사전 안내가 없었다는 이유가 납세자의 신고?납부의무 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유로 볼 수 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 다주택 보유 청구인에 대하여 중과세한 처분이 국세청 해석례를 근거로 소급과세하였다는 청구주장의 당부 ② 가산세 감면의 정당한 사유가 있는지 여부 나. 관련 법령 (1) 국세기본법 제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다. 1. 제6조 제1항에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우 2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우 3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 (2) 소득세법 (2017.12.19. 법률 제15225호로 개정된 것) 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다. 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택 제95조(양도소득금액) ② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. ＜표 생략＞ ③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. 제104조(양도소득세의 세율) ⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다. 1. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택 2. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다. 3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택 4. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다. ＜부칙＞ 제1조(시행일) 이 법은 2018년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 각 호의 구분에 따른 날부터 시행한다. 1. 제64조 제1항(제104조 제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 세율을 적용받는 자산에 한정한다), 제95조 제2항 각 표 외의 부분 본문, 제104조 제4항 제1호 및 제2호, 같은 조 제5항 제2호, 같은 조 제7항ㆍ제8항 및 제104조의2 제2항의 개정규정: 2018년 4월 1일 (3) 소득세법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28637호로 개정된 것) 제155조(1세대1주택의 특례) ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하고 그 다른 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. ＜이하 생략＞ (20) 제167조의3 제1항 제2호에 따른 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 다음 각 호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. ＜이하 생략＞ 제167조의3(1세대3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제7항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다. 2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일"이라 한다) 현재 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 에 따른 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 않은 거주자가 2004년 6월 30일까지 같은 조에 따른 사업자등록을 한 때에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다. 가. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 않고 임대보증금 또는 임대료(이하 이 조에서 "임대료등"이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않는 주택(임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조 제4항의 전환 규정을 준용한다). 다만, 2018년 3월 31일까지 사업자등록등을 한 주택으로 한정한다. 10. 1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(이하 이 조에서 "일반주택"이라 한다) 제167조의10(양도소득세가 중과되는 1세대2주택에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제7항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다. 8. 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택을 소유하게 되는 경우의 종전의 주택[다른 주택을 취득한 날부터 3년이 지나지 아니한 경우(3년이 지난 경우로서 제155조 제18항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 포함한다)에 한정한다] 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인은 쟁점주택을 2018.4.25. OOO원에 양도하고 1세대1주택 고가주택에 해당하는 것으로 보아 OOO원 초과분 양도차익에 대하여 장기보유특별공제 80%(10년 이상 보유)를 공제하고 일반세율을 적용하여 2018.5.11. 양도소득세를 신고하였다. (2) 처분청은 2020.2.21. 감사 처분지시에 따라 청구인의 쟁점주택 양도는 조정대상지역에 소재하는 1세대3주택에 해당하는 고가주택의 양도로서 「소득세법」 제95조 및 제104조를 근거로 장기보유특별공제를 배제하고 같은 법 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 20을 더한 세율을 적용하여 청구인에 대한 양도소득세를 경정결정 하였으며 청구인의 양도소득세 신고사항 및 양도소득세 경정결정(요약) 내용은 아래의 ＜표1＞과 같다. OOO (3) 청구인이 쟁점주택을 2004.9.24. 취득하여 2018.4.25. 양도한 사실, 2016년 2월 OOO 아파트를 취득하고 3년 이내에 쟁점주택을 양도한 사실, 청구인 세대원 중 배우자 서OOO, 자녀 강OOO, 강OOO이 2018.3.16. 보유 주택 6채에 대하여 OOO세무서에 주택임대사업자 등록을 한 사실에 대하여 처분청과 청구인 간 다툼은 없다. (4) 청구인 세대가 소유하는 임대사업자 등록 주택에 대한 임대개시일 현재 오피스텔 기준시가 조회사항은 아래의 ＜표2＞와 같고 임대주택의 표준임대차계약서 사항은 아래의 ＜표3＞과 같다. OOO (5) 청구인은 2020.11.10. 심판관회의에 출석하여 2018년 담당 세무사나 국세청 등에 문의를 거쳐 양도소득세를 신고.납부 완료하였는데 처분청이 이후의 해석례에 근거하여 소급하여 과세하는 것은 너무나 부당하며 특히 양도소득세 신고납부가 종결된 것으로 알고 납부를 하지 않고 있었던 것에 대하여 가산세까지 부과하는 것은 가혹하다는 취지로 진술하였다. (6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대해 살펴보면, 청구인은 쟁점주택에 대한 양도소득세 중과세가 국세청의 해석례를 근거로 하여 「국세기본법」에 따른 소급과세금지원칙에 위반된다고 주장하나, 이 건 양도소득세 과세는 우리 원 결정OOO에서 「소득세법」상 1세대1주택 비과세 규정과 다주택자에 대한 중과세 규정은 각각 입법취지가 달라 별개로 적용되어야 하는 점, 「소득세법」제104조 제7항 제3호에서 조정대상지역 내 1세대3주택 이상 주택 소유자에 대하여는 기본세율에 100분의 20을 더한 세율을 적용하도록 규정하고 있고 1세대3주택 이상에 해당하는 주택의 범위에 대하여 규정하고 있는 「소득세법 시행령」제167조의3 제1항 각 호 및 같은 항 본문에서 ‘장기임대주택’을 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니하도록 하는 규정이 없는 점 등에 따라 중과세가 타당하다고 판단한 점, “소급과세금지의 원칙”이란 조세법령의 개정이나 과세관청의 법령에 대한 해석 또는 처리지침의 변경이 있는 경우 그 효력 발생 전에 종결한 과세요건사실에 대하여 당해 법령 등을 적용할 수 없다는 것일 뿐 법령개정 이후 발생한 과세요건 사실에 대하여 새로운 법령 등을 적용하는 것을 제한하는 것은 아니라고 할 것OOO인 바, 개정 법률의 시행시기는 2018.4.1.이고 법률 시행일 이후 2018.4.15. 청구인의 쟁점주택 양도가 이루어져 양도소득세 납세의무가 성립되었기에 소급과세금지원칙을 위반했다고 할 수 없는 점, 국세청 질의해석은 개정 법률을 명확하게 해석한 것일 뿐이며 이에 따라 처분을 달리 했다고 볼 수 없는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대해 살펴보면, 청구인은 쟁점주택의 양도소득세에 대한 상담과 문의를 여러 차례 하였음에도 양도소득세가 중과된다는 것을 몰라서 납부를 안했던 것이므로 가산세까지 부과되는 것은 부당하다고 주장하나, 가산세 감면의 정당한 사유가 있는지에 대해서는 개정 법률의 적용여부를 몰랐다는 것은 가산세를 감면 또는 면제의 사유가 될 수 없다는 점, 청구인의 고가주택 양도차익에 대한 양도소득세 계산내역의 잘못에 대하여 사전 안내가 없었다는 이유가 납세자의 신고?납부의무 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유라고 볼 수 없는 점, 해당 유사 건에 대해 납부기한 내에 납부한 사람과의 형평을 고려해야 하는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.