조심2012서5115 (2013.04.26)

OOO세무서장이 2012.4.25. 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 OOO원(가산세)의 부과처분은 이를 취소하고, 나머지 청구는 기각한다.

1. 처분개요

가.

청구인은 1996.4.23. 서울특별시 OOO 단독주택(이하 “종전주택”이라 한다)을 OOO원에 취득하여 보유하

다가 OO

OOOO 재건축사업(사업계획승인일 : 1999.6.5.)이 시행되자 조합원으

로 참여하여

2002.7.30. 서울특별시 OOO(이하 “쟁점신축주택”이라 한다)를 취득(분양가액 OOO원)하

였으며, 2006.3.30. 쟁점신축주택을 OOO원에 양도한 다음 2006.4.28. 양도

소득세 신고시 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라

한다) 제99조의3

의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례에 해

당된다고 보아 양도소득금액 OOO원에 대한 산출세액 OOO원

전부를 감면세액으로 하고, 감면세액에 대한 농어촌특별세 OOO원을 신

고·납부하였다.

나.

처분청은

조특법 제99조의3

소정의 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례를 적용함에 있어

종전주택의 취득일로부터 쟁점신축주택의 취득일 전일까지 발생한 소득은 감면소득에 해당하지 아니하고 쟁점신축주택의 취득일로부터 양도일까지 발생한 소득만 감면

된다고 보고, 그 감면되는 양도소득금액을

조특법 제99조의3

제2항에 의하여 준용되는

조특법 시행령 제40조

제1항의 규정에 따라 산정한 후 과세대상소득금액에서 차감하여 2012.4.25. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다(농어촌특별세 환급액 OOO원은 충당).

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.19. 이의신청을 거쳐 2012.8.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) (주위적 청구)

조특법 제99조의3

은 신축주택을 취득하여 5년 이내 양도하는 경우 발생하는 소득에 대하여 양도소득세를 감면한다고 규정하고 있고, 청구인이 양도한 쟁점신축주택은 취득일로부터 5년 이내에 양도한 주택에 해당하므로 양도소득세 전액이 감면되어야 한다. 쟁점신축주택과 동일한 재건축아파트 내의 신축주택에 대하여 양도소득세를 전액 감면하다가 청구인의 경우 부과제척기간이 경과하지 아니하였다고 하여 본세는 물론 과중한 가산세까지 과세하는 것은 신의성실의 원칙에 위배되고 과세의 형평성 및 법적 안정성이 심하게 훼손한 처분이다.

처분청은 아래와 같은 산식을 적용하여 감면소득을 계산하였는바, 법에 규정된 산식 중 ‘취득당시의 기준시가’를 종전주택 취득당시의 기준시가와 신축주택 취득당시의 기준시가로 근거없이 다르게 적용한 것은 세법에 어긋나는 것이며, 쟁점신축주택은 취득일로부터 5년 이내 양도하였으므로 양도소득세액 전액을 감면하여야 함에도 5년이 지난 후에 양도하는 경우 감면대상 양도소득금액을 계산하는 산식을 이 건에 적용한 것은 잘못된 법적용이다.

청구인은 1996.4.23. 종전주택을 OOO원에 취득하고 재건축조합으로부터 종전주택을 OOO원으로 평가받아 추가 부담금 OOO원을 납부하고 분양가액을 OOO원으로 하여 분양받았으나, 처분청은 양도소득 OOO원 중 OOO원(85.3%)이 재건축 전에 발생하였고, 나머지 OOO원(14.6%)가 준공후 4년동안 발생한 것으로 산출하였는바, 이는 당시 부동산시장 및 물가 등을 고려할 때 상식에 어긋난 불합리한 결과로서 법 취지에 맞지 않는 과세권의 행사이다.

과세관청은 2009.1.20. 종전예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.외 다수)가 종전주택 취득일로부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득도 과세특례 적용대상에 해당한다고 회신한 것으로 보기는 어렵다고 판단하였으나, 이는 행정편의적 해석이고 이로 인하여 납세자에게 심각한 불이익을 초래하고 있으며, 청구인은 위 새로운 해석이 나오기 전에 이미 신고·납부하였으므로 새로운 해석으로 과세하는 것은 소급과세에 해당한다.

(2) 처분청이 적용한 감면소득계산 산식을 적용함에 있어, 쟁점신축주택은 종전주택이 주택건설촉진법 및 도시 및 주거환경정비법에 의하여 환지된 것으로 보아야 하므로, 처분청이 신축주택 취득 후 최초 고시된 공동주택 공시가격을 토지 건물 기준시가 변동 비율을 적용하여 ‘신축주택 취득 당시 기준시가’를 산정하였다면, 아래와 같이 같은 방식으로 ‘종전주택 취득 당시 기준시가’도 산출하여야 한다.

(3) 과세관청은 그 동안 충분히 서면검토를 하여 청구인의 감면신청이 적법하다고 판단하고 신고후 5년이상 경과하기까지 추가납부에 대한 권고나 과세전예고통지 등이 전혀 없었던 점을 고려한다면 신고기한내에 신고·납부한 납세자가 정당한 이유없이 납세의무를 위반하였다고 볼 수 없으므로 납부불성실가산세 부과는 부당하여 취소하여야 한다.

(4) 납세고지서에 기재된 가산세의 산출내역이 납세자로서는 확인할 수 없는 금액이므로 가산세 부과를 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 종전주택을 취득하여 보유하다가 주택재건축사업에 따라 신축주택을 취득한 후 5년 이내에 신축주택을 양도한 경우,

조특법 제99조의3

제1항에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 위 규정의 전체 문언을 고려할 때 ‘신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득’에 한정되는 것으로 보아야 할 것이지 종전주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대 해석할 수는 없으므로 청구인의 주장은 이유 없다.

또한 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일(완공일) 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 않으므로 당초 처분은 종전주택의 취득일로부터 신축주택 양도일까지 전체기간의 기준시가에 의한 양도소득을 구한 후, 신축주택 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 구하는 것은

조특법 제99조의3

및

조특법 시행령 제40조

에서 규정하고 있는 산식{양도소득금액× (취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시 기준시가 - 취득당시 기준시가)}을 적용하고, 이 경우 분자의 ‘취득당시 기준시가’는 신축주택의 취득당시(완공일)의 기준시가를, 분모의 ‘취득당시 기준시가’는 종전주택의 취득당시 기준시가를 적용하는 것이 감면대상 소득을 구하는 적법한 방법이다.

(2) 종전 국세청 예규가 과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득으로 본다고 명확히 답변하지 않아 소급과세나 신의칙에 위배되지 않으며, 납세지 관할 세무서장은 “예정신고를 한 자 또는 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다”고 규정하고 있으므로 부과제척기간내의 경우 경정처분이 가능하여 소급과세에 해당하지 아니하고, 가산세 부과 또한 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

①

종전주택이 재건축되어 신축주택을 취득하고

신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도한 경우,

조특법 제99조의3

에 의하여 양도소득세 전부가 감면된다고 볼 수 있는지 여부

② 납부불성실가산세 부과처분의 적법여부

나. 관련 법령

(1)

조세특례제한법 제99조의3

【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는

신축주택

(동 주택에 부수되는 토지로서 해당 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)

을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득

에 대하여는

양도소득세의 100분의 80(2009년 12월 31일까지의 양도분에 대하여는 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면

하고, 해당 신축주택의 취득일부터

5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감

한다. 다만, 해당 신축주택이

「소득세법」 제89조

제1항 제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간

”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가

취득한 신축주택

(주택법에 의한 주

택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함

한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간

발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다

.

(2)

조세특례제한법 시행령 제99조의3

【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】② 법 제99조의3 제1항 각 호 외의 부분을 적용함에 있어서

당해 신축주택의 취득일부터

5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산

한 금액

으로 한다.

③ 법 제99조의 3 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

2. 조합원(「도시 및

주거환경정비법」 제48조

의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일(주택재건축사업의 경우에는 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일을 말한다. 이하 이조에서 같다) 또는

「주택법」제16조

의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은

「소득세법」제95조

제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는

「법인세법」제99조

제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

(3)

국세기본법 제47조의5

【납부ㆍ환급불성실가산세】① 납세자가 세법에 따른 납부기한까지 국세를 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미치지 못하는 경우에는 다음 계산식을 적용하여 계산한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 다만,

「인지세법」 제8조

제1항에 따라 인지세를 납부하지 아니하였거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미치지 못하는 경우에는 그 납부하지 아니한 세액 또는 부족한 세액의 100분의 300을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.

납부하지 아니한 세액 또는 부족한 세액 × 납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다.

(가)

조특법 제99조의3

제1항 제2호,

조특법 시행령 제99조의3

제2항은 “자기가 건설한 신축주택(「주택법」에 따른 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업조합을 통하여 관리처분계획인가일 또는 사업계획승인일 현재의 조합원이 취득하는 주택을 포함)으로, 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함)를 받은 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 80(2009년 12월 31일까지의 양도분에 대하여는 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다.”는 취지로 규정하였고,

조특법 시행령 제99조의3

제2항은 "당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은

조특법 시행령 제40조

제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다"고 규정하였으며,

조특법 시행령 제40조

제1항은 아래와 같은 산식에 의하여 감면되는 양도소득금액을 산정하도록 규정하였다.

(나) 재개발사업 등으로 인하여 종전에 소유하던 주택을 조합에 양도하고 조합원 주택을 취득한 뒤 양도한 경우 감면되는 양도소득의 범위에 대하여 살피건대, 앞서 언급한

조특법 제99조의3

제1항 제2호에서 재개발사업 등으로 조합원이 취득하는 신축주택의 경우도 그 신축주택 취득일부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액을 감면대상 소득금액으로 한다고 규정하고 있으므로, 종전주택의 취득일부터 재개발사업 등으로 신축된 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상 양도소득에 해당하지 아니한다 할 것

(조심 2010부415,

2010.9.17., 조심 2011서4975, 2012.4.9 외 다수 참고)

이어서, 종전주택 취득일로부터 쟁점신축주택 취득일 전일까지의 양도소득에 대하여도 세액을 감면해야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(다) 또한,

조특법 시행령 제99조의3

제2항은

조특법 제99조의3

에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상소득인 ‘당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은

조특법 시행령 제40조

제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 명시하고 있으므로, 이러한 법령의 규정과 다른 계산식을 이용하여 감면대상소득을 산출하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 할 것이다(조심 2011서1349, 2011.6.30.,

조심 2010

서3102, 2011.8.9. 외 다수 참고).

(2) 다음으로 쟁점②에 대하여 본다.

(가) 청구인은 쟁점종전주택의 취득일로부터 쟁점신축주택의 취득일 전일까지의 양도차익에 대하여 양도소득세가 감면되는 것으로 알고 해당 세액을 납부하지 아니한 것에 대하여 정당한 사유가 있는 것이므로 납부불성실가산세 부과가 부당하다는 주장을 하고 있으나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하는 것이며(대법원 2005두3714, 2006.10.26., 조심 2011서2, 2011.2.15., 외 다수 같은 뜻임), 특히, 납부불성실가산세는 납부기한 내 납부한 자와의 형평을 고려하여 미납부한 세액에 대한 지연이자를 징수하는 성질도 있는 것이므로, 과세관청이 일응 납세자의 신고를 용인하였다가 추후 세법에 따라 납부하여야 할 세액을 다시 계산한 결과 납부하지 아니한 세액이 확인되었다면 이에 대하여 납부불성실가산세를 부과하는 것은 세법에 따른 정당한 과세권의 행사라고 할 것이다. 따라서 청구인이 세법에 따라 납부하여야 할 세액을 납부하지 아니한 것이 사실로 확인되었고, 법령의 무지 또는 오인 등은 미납부에 대한 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없으므로 이 건 납부불성실가산세 부과대상이 아니라는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(나) 다음으로 청구인은 납세고지서를 보고 가산세 산출내역을 확인할 수 없으므로 가산세 부과처분이 위법하다는 주장을 하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다.

처분청의 납세고지서에 의하면, “가산세 OOO원”으로만 기재되어 있을 뿐 어떤 가산세가 어떻게 산출되어 부과되었는지는 나타나지 않으며, 처분청이 청구인에게 가산세 산출근거 및 내역을 별도로 통보하였다는 사실 등은 제시된바 없는 것으로 나타나는 바,

가산세는 본세의 세목별로 그 종류가 매우 다양할 뿐 아니라 부과기준 및 산출근거도 제각각이므로 납세고지서에 가산세의 산출근거 등이 기재되어 있지 않으면 납세의무자로서는 무슨 가산세가 어떤 근거로 부과되었는지 파악하기가 쉽지 않다 할 것이어서 납세고지에 관한

「국세징수법」 제9조

제1항의 규정이나 개별 세법의 규정 취지는 가산세의 납세고지에도 그대로 적용되어야 마땅하다 할 것이며, 본세 이외에 가산세를 함께 부과하면서 납세고지서에 산출근거는 물론 종류조차도 따로 밝히지 않고 단지 가산세의 합계액만을 기재하고는 납세의무자가 스스로 세법 규정을 잘 살펴보면 무슨 가산세가 부과된 것이고 산출근거가 어떻게 되는지를 알아낼 수 있다고 하는 것으로 그 기재의 흠결을 정당화할 수는 없다고 할 것이다.

따라서 납세고지서를 받는 납세의무자가 따로 법률 규정을 확인하거나 과세관청에 문의해 보지 않고도 무슨 가산세가 부과되었고 세액이 그렇게 된 산출근거가 무엇인지 알 수 있도록 본세와 마찬가지 수준으로 그 형식과 내용을 갖추어 세액의 산출근거 등을 밝혀서 고지하여야 할 것이며, 가산세 부과처분이라고 하여 그 종류와 세액의 산출근거 등을 전혀 밝히지 않고 가산세의 합계액만을 기재한 경우에는 그 부과처분은 위법함을 면할 수 없다 할 것이다. 다만, 납세의무자에게 보낸 과세예고통지서 등에 의하여 납세의무자가 불복신청 등에 전혀 지장을 받지 않았음이 명백하다면 그러한 납세고지서의 흠결이 보완되거나 하자가 치유될 수 있다 할 것이다(대법원 2010두12347, 2012.10.18. 참조). 이 건은 처분청이 납세고지서에 가산세의 산출근거 및 내역 등을 구분 기재하지 아니하고 통지하여 하자가 있는 점, 처분청이 부과제척기간의 종료가 임박하여 이 건 과세처분을 하면서 청구인에게 과세예고통지를 하지 아니한 것으로 보이고, 그 밖에 처분청이 조사과정에서 청구인에게 상세한 설명을 하는 등 납세고지서의 흠결이 보완되거나 하자가 치유되었음을 뒷받침하는 증빙제시가 없으므로, 가산세 산출근거 및 내역 등을 기재하여 다시 과세하는 것은 별론으로 하더라도, 이와 같은 잘못이 있다고 할 것이다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.