조심 2013중4419 (2014.09.12)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가.

청구법인은 운수관련 서비스업을 영위하는 내국법인인 사업자로, 2000년 중 아래〈표1〉과 같이 OOO 등(이하 “쟁점임차인”이라 한다)과 인천국제공항 국제업무지역내 업무용시설(이하 “쟁점건축물”이라 한다)의 설계·시공·분양과 관련하여 “쟁점임차인이 위 지역 내에 쟁점건축물을 신축하여 사용하되 토지사용기간이 경과한 이후에는 이를 청구법인에게 기부채납(

Built-Own-Transfer,

이하 “BOT시설”이라 한다)

하고, 토지의 사용에 대한 대가로 쟁점건축물의 사용승인일 이후부터 쟁점건축물이 점유하는 토지 부분의 개별공시지가에 대한 1000분의 50을 토지임대료로 지급한다”라는 내용의 실시협약을 체결한 다음, 2003년 제2기～2008년 제1기 부가가치세 및 2003～2007사업연도 법인세 신고시 토지에 대한 임대료 부분을 부가가치세 과세표준 및 법인세 수입금액에 산입하면서, 쟁점건축물의 임대와 관련한 부분은 포함하지 아니하였는바,

OOO은 2008.7.14.부터 2008.9.23.까지 청구법인에 대한 법인제세통합조사를 실시하여, 쟁점임차인이 쟁점건축물을 신축하여 일정기간 사용한 이후 이를 청구법인에게 기부채납하는 경우, 쟁점건축물의 신축가액인 OOO원(총 투자금액 OOO원으로 2004년부터 2008년 제1기까지 안분가액, 이하 “쟁점신축가액”이라 한다)이 토지사용에 대한 후불임대료에 해당한다고 보아, 과세표준 산정시 임대개시당시 시가(쟁점신축가액)를 임대기간으로 안분 계산한 후 토지임대료 징수액을 차감하여 이를 청구법인의 각 과세기간별 부가가치세 과세표준 및 각 사업연도 법인소득금액 계산시 익금에 산입하여하여야 한다는 내용의 과세자료를 처분청에 통보하였다.

나. 처분청은 이에 따라 쟁점신축가액을 기준으로 하여 2003년 제2기～2008년 제1기 부가가치세 과세표준 및 2003～2007사업연도 법인소득금액 산정시 익금에 산입하는 등 하여 아래〈표3〉과 같이 2009.10.12. 청구법인에게

2008년 제1기 부가가치세 OOO원, 2005～2007사업연도 법인세 OOO원(2005사업연도분 OOO원, 2006사업연도분 OOO원, 2007사업연도분 OOO원)을 각 경정·고지하였는바, 청구법인은 이에 불복하여 2009.12.28. 심판청구를 제기하였다.

다.

이에 우리 원은 2013.4.24. 아래〈표1〉에 기재된 쟁점건축물 중 OOO의 건물가액은 법인세 수입금액 및 부가가치세 과세표준에서 제외하고, OOO를 제외한 나머지 8개 건축물은 각 임대차계약기간 만료 시의 각 건축물의 시가를 평가한 후, 그 가액을 임대차계약기간 동안 각 사업연도 및 과세기간별로 임대료를 안분계산하여 그 과세표준과 세액을 경정하도록 결정하였는바, 처분청은 위 결정의 주문에 따라 2013.5.13.～2013.6.11.(30일)의 기간동안 재조사를 실시하여 2013.6.21.OOO건물가액을 법인세 및 부가가치세 과세표준에서 제외하고, 나머지 8개 건축물에 대하여 각 임대차계약기간 만료 시의 시가를 OOO원으로 감정평가한 후, 그 가액을 임대차계약기간을 기준으로 안분하여 각 부가가치세 과세기간별·각 법인세 사업연도별로 임대료를 계산(과세표준을 임대종료시점 시가로 평가한 후 임대기간으로 안분 계산, 이 경우 당초처분과는 달리 토지임대료 징수액을 미차감)하여 아래〈표3〉과 같이 부가가치세 및 법인세의 과세표준과 세액을 재경정하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2013.9.16. 불복을 제기하였다.

〈표1〉당초 쟁점이었던 건축물 내역

(단위: ㎡)

〈표2〉각 사업연도, 과세기간별 쟁점신축가액 산출내역

(단위: 원)

〈표3〉재경정내역

<부가가치세>

(단위: 백만원)

<법인세>

(단위: 백만원)

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 BOT시설의 후불임대료 과세표준 결정방식이 2008년 세무조사 당시와 다르게 결정한 것은 조세심판원의 결정사항과 별도로 새로운 처분을 한 것이며, 이로 인하여 청구법인에게 불리하게 작용하여「국세기본법」상 불고불리·불이익변경금지에 위배되며, 이와 같이

세무조사시 처분청이 적용한 처분방식을 심판청구결정일 이후 변경할 경우 청구법인은 납세자로서의 권리 또는 이익을 침해받게 되는 것이므로 부당하다.

○

당초 : (BOT시설물의 설치가액/임대기간) - 현금수취 토지사용료

○

재조사 : (BOT시설물의 약정기간만료시 시가(감정가액)/임대기간

(2) 토지임대용역의 법인세 수입금액 및 부가가치세 과세표준은 대가관계가 있는 부분의 시가이므로, BOT시설 후불임대료 과세표준 결정시 토지사용기간 종료시 감정가액을 토지사용기간으로 안분한 금액에서 기 수취한 토지사용료를 차감한 금액을 기준으로 법인세와 부가가치세를 재경정하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 청구한 심판청구와 관련하여 조세심판원에서는 BOT시설에 대하여 후불임대료에 해당하므로 부가가치세 과세대상이며, 다만 과세표준을 결정하는 방법을 임대기간 종료시점의 시가를 후불임대료로 보고 동 금액을 임대기간으로 안분한 금액을 각 과세기간의 과세표준으로 할 것을 결정함에 따라 처분청은 임대기간 종료시점의 시가를 평가(감정평가법인의 평가액을 시가로 함)하고, 이를 임대기간으로 안분계산하여 과세표준을 경정한 것으로, 처분청은 조세심판원의 결정사항과 별도로 새로운 처분을 한 사실이 없으며,

당초 세무조사시 설치가액을 임대기간으로 안분한 금액에서 토지임대료를 차감하여 결정하였다 하더라도 이를 임대기간 종료시점의 시가를 임대기간으로 안분하여 과세표준을 결정하는 것이 법적용에 부합한다는 법률해석을 조세심판원에서 결정한 것이며, 동 처분으로 비록 당초 보다 세액이 증가한다 하더라도 이는 당초 법령에 위반된 처분을 바로잡는 처분으로 불이익변경금지 규정에 반하는 처분으로 볼 수 없고, 또한, 처분청이 심판청구 재조사시 BOT시설 후불임대료 계산방식을 변경한 것은 처분청이 임의로 변경한 것이 아니며, 청구법인이 조세심판원에 제기한 불복청구 결과에 따라 결정문 내용대로 과세표준을 재경정한 것일 뿐 처분청이 청구법인의 납세자로서 권리 또는 이익을 침해한 사실이 없다.

(2) 청구법인은 행정소송 판결서를 근거로 BOT시설 후불임대료가 토지임대용역의 대가관계가 있는 부분의 시가이므로 처분청은 시가에서 토지사용료를 차감한 금액을 기준으로 법인세와 부가가치세를 재경정하여야고 주장하나, 제시한 판결문이 청구법인의 BOT시설 관련 판결문이 아니며, 조세법상으로도

「부가가치세법」제29조

제3항에 “부가가치세 과세표준은 금전적 가치가 있는 모든 것으로 포함한다”라고 규정하고 있고, 청구법인은 BOT시설을 설치한 사업자로부터 토지임대료를 금전으로 수취할 뿐 아니라 임대기간 종료 후에는 건물의 소유권을 이전받는 것이므로 이들 모두의 금전적 가치가 과세표준이 되는 것이며, 청구법인의 BOT시설 후불임대료는 임대기간 종료시점 시가를 임대기간에 안분한 금액으로 과세표준을 결정함이 타당한 것으로 조세심판원에서 기 결정을 결정하였는바 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 조세심판원의 결정내용과 달리 결정한 것으로 납세자의 권리침해 및 불이익변경금지원칙에 위배되는 것인지 여부

② BOT방식의 기부채납의 경우 기부채납재산을 후불임대료로 보아 과세표준 산정시 토지사용기간 종료시의 감정가액을 토지사용기간으로 안분한 금액에서 같은 과세기간에 임차자가 현금으로 지급한 토지사용료를 차감하여야 하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제15조【신의·성실】 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다

제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】① 세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

제79조【불고불리, 불이익변경금지】① 조세심판관회의 또는 조세심판관합동회의는 제81조에서 준용하는 제65조에 따른 결정을 할 때 심판청구를 한 처분 외의 처분에 대해서는 그 처분의 전부 또는 일부를 취소 또는 변경하거나 새로운 처분의 결정을 하지 못한다.

② 조세심판관회의 또는 조세심판관합동회의는 제81조에서 준용하는 제65조에 따른 결정을 할 때 심판청구를 한 처분보다 청구인에게 불리한 결정을 하지 못한다.

(2) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것)

제7조【용역의 공급】 ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.

제9조【거래시기】 ② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

제13조【과세표준】① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

(3) 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것)

제50조【시가의 기준】① 법 제13조 제1항 각호에 규정하는 시가는 다음 각 호에 정하는 가격으로 한다.

1. 사업자가 특수관계에 있는 자(

「소득세법 시행령」제98조

제1항 각호 또는

「법인세법 시행령」제87조

제1항 각호에 규정된 자를 말한다. 이하 같다)외의 자와 당해 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자간에 일반적으로 거래된 가격

2. 제1호의 규정에 의한 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는

「소득세법 시행령」제98조

제3항 및 제4항 또는

「법인세법 시행령」제89조

제2항 및 제4항의 규정에 의한 가격

제48조【과세표준의 계산】⑤ 기부채납의 경우에는 당해 기부채납의 근거가 되는 법률에 의하여 기부채납된 가액(부가가치세가 포함된 경우에는 이를 제외한다)을 과세표준으로 한다.

⑥「공유수면매립법」에 의하여 매립용역을 제공하는 경우에는 동법에 의하여 산정한 당해 매립공사에 소요된 총사업비를 과세표준으로 한다.

제49조의2【부동산임대용역에 대한 과세표준계산의 특례】④ 사업자가 2과세기간 이상에 걸쳐 부동산임대용역을 공급하고 그 대가를 선불 또는 후불로 받는 경우에는 당해 금액을 계약기간의 월수로 나눈 금액의 각 과세대상기간의 합계액을 그 과세표준으로 한다. 이 경우 월수의 계산에 관하여는

「소득세법 시행령」제51조

제2항의 규정을 준용한다.

제22조【용역의 공급시기】법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각 호의 규정에 의한다. 다만, 폐업 전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

4. 제49조의2 제1항ㆍ제2항 및 제4항의 규정에 의하여 계산하는 공급가액의 경우에는 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일

(4) 법인세법

제40조【손익의 귀속사업연도】① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제41조【자산의 취득가액】① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산은 제작원가에 부대비용을 가산한 금액

② 제1항의 규정에 의한 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제43조【기업회계기준과 관행의 적용】내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행을 계속 적용하여 온 경우에는 이 법 및「조세특례제한법」에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 그 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다.

(5) 법인세법 시행령

제72조【자산의 취득가액 등】① 법 제41조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

2. 자기가 제조ㆍ생산ㆍ건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산 : 원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액

제89조【시가의 범위 등】④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각 호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.

1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액

2. 건설 기타 용역을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 용역의 제공에 소요된 금액(직접비 및 간접비를 포함하며, 이하 이 호에서 “원가”라 한다)과 원가에 당해 사업연도 중 특수관계자 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서의 수익률(기업회계기준에 의하여 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈 율을 말한다)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 쟁점임차인 간의 쟁점건축물 관련 기부채납계약을 보면, 청구법인은 아래〈표4〉와 같이 쟁점임차인과 OOO 국제업무지역내 업무용시설인 쟁점건축물의 설계·시공·분양과 관련하여 “쟁점임차인이 위 지역 내에 쟁점건축물을 신축하여 사용하되 토지사용기간이 경과한 이후에는 이를 청구법인에게 BOT시설을 기부채납하고, 토지의 사용에 대한 대가로 쟁점건축물의 사용승인일 이후부터 쟁점건축물이 점유하는 토지 부분의 개별공시지가에 대한 50/1000을 토지임대료로 지급한다”라는 내용의 실시협약을 체결한 사실이 확인되며, 실례로 쟁점건축물 중 OOO 국제업무단지 호텔시설(H1)사업 실시협약변경을 보면, 동 약정 제5조에서 “본 시설의 소유권은 본 시설의 준공과 동시에 사업시행자에게 주어지며 그 시설소유기간은 운영개시일부터 50년이 경과하는 날의 전 날까지로 하는 것”으로 약정되어 있고, 제7조에서 토지사용기간은 제5조에서 정한 시설소유기간과 동일하며, 제6조에서는 “본 시설의 소유권은 본 협약 제5조에서 정한 기간이 종료됨과 동시에 공사에 귀속되는 것”으로 하고, 제11조에서 “사업시행자는 본 협약 제9조에서 정한 토지사용기간 동안 산정기준일 현재의「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 당해 토지의 공시지가에 1000분의 50을 곱한 금액(VAT별도)을 연간 토지사용료로 매년 12월 20일(휴무일인 경우 은행 익일 영업일)까지 공사에서 지정한 계좌에 선납부(다만, 산정기준일 현재의 공시지가가 전년대비 9.5%를 초과하여 증감하는 경우 9.5%만 증감된 것으로 적용)하는 것”으로 규정하고 있다.

〈표4〉쟁점건축물 및 쟁점임차인 내역

(단위: ㎡)

(2) 청구법인의 부가가치세 등 신고내역을 보면, 2003년 제2기～2008년 제1기 부가가치세 및 2003～2007사업연도 법인세 신고시 토지에 대한 임대료 부분을 부가가치세 과세표준 및 법인세 수입금액에 산입하면서 쟁점건축물의 임대(기부체납)와 관련한 부분은 포함하지 아니하였으나, 처분청은 쟁점임차인이 쟁점건축물을 신축하여 일정기간 사용한 이후 이를 청구법인에게 기부채납하는 경우 쟁점건축물의 신축가액인 OOO원(총 투자금액 OOO원으로 2004년부터 2008년 1기까지 안분가액)이 토지사용에 대한 후불임대료에 해당한다고 보아 과세표준 산정시 임대개시당시 시가(쟁점신축가액)를 임대기간으로 안분 계산한 가액에서 토지임대료 징수액을 차감한 가액을 청구법인의 각 과세기간별 부가가치세 과세표준 및 법인세 각 사업연도 소득금액 계산시 익금에 산입하여 과세하였고,

이에 대하여 청구법인이 심판청구를 제기한데 대하여 우리 원은 2013.4.24. 월드게이트를 제외한 나머지 8개 건축물은 각 임대차계약기간 만료 시의 각 건축물의 시가를 평가한 후, 그 가액을 임대차계약기간 동안 각 사업연도 및 과세기간별로 임대료를 안분계산하여 그 과세표준과 세액을 경정하도록 결정하였는바, 이에 따라 처분청은 8개 건축물에 대하여 각 임대차계약기간 만료 시의 각 건축물의 시가를 OOO원으로 감정평가한 후, 그 가액을 각 건축물의 임대차계약기간으로 안분하여 산출된 금액을 각 사업연도 및 과세기간별 임대료(이 경우 당초처분과는 달리 토지임대료 현금수취액을 미공제함)로 하여 당초보다 감액경정한 것으로 확인된다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대. 청구법인은 처분청이 BOT시설의 후불임대료 과세표준 결정방식을 2008년 세무조사 당시와 다르게 결정한 것은 우리 원의 결정사항과는 달리 새로운 처분을 한 것으로, 이로 인하여 청구법인에게 불리하게 작용하여「국세기본법」상 불고불리·불이익변경금지에 위배되며, 이와 같이 세무조사시 처분청이 적용한 처분방식을 심판청구결정일 이후 변경할 경우 청구법인은 납세자로서의 권리 또는 이익을 침해받게 되는 것이므로 부당하다고 주장하나, 처분청의 처분내용을 보면 청구법인이 제기한 심판청구 결정(조심 2010중322, 2013.4.24.)의 주문내용(쟁점건축물에 대한 각 임대차계약기간 만료 시의 각 건축물의 시가를 평가한 후 그 가액을 임대차계약기간 동안 각 사업연도 및 과세기간별로 임대료를 안분계산하여 그 과세표준과 세액을 경정)과 같이 2013.5.30.에 쟁점건축물을 2053.7.31. 등 6개 기준일로 하여 한국감정원 등 2개의 감정평가법인으로부터 감정가액OOO원)을 받아 이를 근거로 임대료를 산정한 것이라는 점에서 새로운 결정을 한 것이 아니라고 보여 납세자의 권리를 침해한 것으로 볼 수 없고, 처분청의 재조사경정내역을 보면 부가가치세 및 법인세가 감액경정된 사실로 나타나고 있어 불이익변경금지원칙에 위배된다고도 볼 수 없다.

(4) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 토지임대용역의 법인세 수입금액 및 부가가치세 과세표준은 대가관계가 있는 부분의 시가이므로, BOT시설 후불임대료 과세표준 결정시 토지사용기간 종료시 감정가액을 토지사용기간으로 안분한 금액에서 기 수취한 토지사용료를 차감한 금액을 기준으로 법인세와 부가가치세를 재경정하여야 한다고 주장하나,

「부가가치세법」제29조

제3항에 “부가가치세 과세표준은 금전적 가치가 있는 모든 것으로 포함한다”라고 규정하고 있고, 청구법인은 BOT시설을 설치한 사업자로부터 토지임대료를 금전으로 수취할 뿐 아니라 임대기간 종료 후에는 건물의 소유권을 이전받는 것이므로 이들 모두의 금전적 가치가 과세표준이 되는 것이라는 점에 비추어 처분청이 BOT시설과 관련한 후불임대료 과세표준 을 산정함이 있어 쟁점건축물 및 토지사용기간 종료시 쟁점건축물의 감정가액을 사용기간으로 안분한 각 과세기간별 금액에서 동일 과세기간에 기 수취한 토지사용료를 가산하여 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.