조심 2021부3036 (2021.08.24)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2003.5.1. 설립되어 OOO 소재에서 자동차부품 제조업을 영위하고 있다.

나. OOO청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2019.7.9.부터 2020. 2.21.까지 청구법인의 2014∼2018사업연도에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 2014∼2018사업연도에 연구원이 아닌 직원에게 지급한 인건비 OOO원을 연구ㆍ인력개발비세액공제(이하 “ 쟁점세액공제”라 한다) 적용대상에 포함한 것으로, 2018사업연도 법인세 신고 시 직전 사업연도 대비 감소한 상시근로자의 수를 계산하지 않고 중소기업에 대한 특별세액감면(이하 “쟁점세액감면”이라 한다)을 적용한 것으로, 2018사업연도에 해외현지법인에게 OOO원을 대여하고 그 관련이자 OOO원(이하 “쟁점이자”라 한다)을 적게 수취한 것으로, 2017∼2018사업연도에 해외현지법인에 경영지원을 목적으로 소속직원을 파견하고 관련 경영지원수수료 OOO원(이하 “쟁점수수료”라 한다)을 미수취한 것 등으로 각각 보아 관련 자료를 처분청에 통보하였다.

다. 처분청은 이에 따라 2020.10.8. 청구법인에 2015∼2018사업연도 법인세 합계 OOO원(2015사업연도분 OOO원, 2016사업연도분 OOO원, 2017사업연도분 OOO원, 2018사업연도분 OOO 원)을 각각 경정ㆍ고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2021.1.4. 이의신청을 거쳐 2021.5.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 이 건 세무조사결과통지 시 ‘조사항목별 세부내역’에 기재하지 않고, 쟁점세액공제 및 쟁점세액감면을 각각 적용배제하여 이 건 법인세를 과세하였는바, 이는「국세기본법」상 과세예고통지를 생략한 것으로서 위법.부당하다.

(2) 처분청은 청구법인이 제기한 과세전적부심사청구내용 중에서 특수관계자에 대한 이익분여액과 관련한 청구를 채택결정하고, 쟁점이자의 과소수취분 및 쟁점수수료의 미수취분 해당 금액을 각각 변경적용하면서도 추가로 과세예고통지를 하지 아니한 채 이 건 법인세를 과세하였는바, 이는 위법ㆍ부당한 처분이다.

나. 처분청 의견

(1) 조사청은 이 건 세무조사 시 청구법인에 쟁점세액공제 및 쟁점세액감면의 적정여부에 대하여 소명할 기회를 주면서 소명되지 아니할 경우 동 상당액만큼의 법인세가 과세된다는 내용을 충분히 설명하였고, 세무대리인 입회하에 청구법인의 관리.지원팀 상무이사로부터 동 세액공제 및 감면의 적용배제를 포함한 확인서를 징취하였으며, 세무조사결과통지 상 예상고지세액에 동 내용이 포함되어 산출되었는바, ‘조사항목별 세부내역’에 단순히 기재되지 아니하였다는 이유만으로 중대한 절차적 하자가 존재한다고 볼 수 없으므로 청구주장을 받아들이기 어렵다.

대법원은 과세예고통지를 누락한 효과에 관하여, 과세예고통지는 과세관청이 조사한 사실 등의 정보를 미리 납세자에게 알려줌으로써 납세자가 충분한 시간을 가지고 준비하여 과세전적부심사와 같은 의견청취절차에서 의견을 진술할 기회를 가짐으로써 자신의 권익을 보호할 수 있도록 하기 위한 처분의 사전통지로서의 성질을 가지는바,「국세기본법」이 과세예고통지의 대상으로 삼고 있지 않다거나 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있는 등의 특별한 사정이 없는 한, 과세관청이 과세처분에 앞서 필수적으로 행하여야 할 과세예고통지를 하지 아니함으로써 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 하였다면, 이는 납세자의 절차적 권리를 침해한 경우에 해당하므로 그 과세처분은 위법하다고 보아야 할 것이나,

한편 절차적 하자의 중요도에 따라 과세처분에 미치는 영향을 달리 판단함이 상당한바, 하자의 중요도에 따른 구분은 그 하자가 행정처분의 상대방이 가지는 절차적 권리를 침해한 경우에 해당하면 중요한 절차적 하자로 보고, 그 정도에는 이르지 아니한 경우이거나 행정청의 자기통제를 위한 절차를 위반한 정도에 그친 경우는 사소한 부수적 절차상의 하자로 보아야 하며, 이러한 사소하고 부수적인 절차상의 하자는 행정처분의 효력에 영향을 미치지 않는다고 봄이 타당하다 할 것이다(대법원 2016.4.15. 선고 2015두52326 판결 참조).

(2) 조사청은 당초 특수관계자와의 거래에 대한 부당행위계산의 부인금액, 해외현지법인의 쟁점이자 과소수취분 및 쟁점수수료 미수취분 등을 반영한 예상고지세액에 대하여 세무조사결과통지를 한 후, 과세전적부심사결정(부당행위계산의 부인금액을 과세대상에서 제외)에 따라 쟁점이자 및 쟁점수수료 해당 금액은 변경적용하지 아니하고 이 건 법인세를 과세하였는바, 청구주장을 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 과세예고통지 시 조사항목별 세부내역에 일부내용이 단순 기재누락되었으나, 예상고지세액에 그 누락된 내용까지 포함되어 이미 계산된 경우 적법한 통지에 해당하는지 여부

② 위 과세예고통지와 달리 쟁점이자 과소수취분 및 쟁점수수료 미수취분의 금액변경에 대하여 추가적인 통지를 생략하였으므로 이 건 처분이 위법하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법률

＜국세기본법＞

제81조의15(과세전적부심사) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 “과세전적부심사”(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.

1. 제81조의12에 따른 세무조사결과에 대한 서면통지

2. 제1항 각 호에 따른 과세예고통지

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실들이 확인된다.

(가) 국세청 전산자료에 의하면, 청구법인의 각 사업연도별 법인세 신고내용 등은 아래와 같다.

(단위 : 백만원)

OOO

(나) 조사청의 청구법인에 대한 세무조사종결보고서 상 주요 적출내용은 아래와 같다.

1) 청구법인은 2015∼2018사업연도 법인세 신고 시 쟁점세액공제 적용대상에 연구개발업무를 전담하지 아니한 원가팀 직원 AAA, BBB 및 물류팀 직원 CCC의 인건비(OOO원)를 과다하게 포함한 것으로 나타난다.

(단위 : 원)

OOO

2) 청구법인은 2018사업연도 법인세 신고 시 쟁점세액감면의 한도를 계산하면서 직전 사업연도 대비 상시근로자 수의 감소분 OOO명을 누락한 것으로 나타난다.

(단위 : 명, 원)

OOO

3) 대출약정서 및 금전소비대차계약서에 의하면, 청구법인은 2018사업연도 OOO 소재 해외현지법인 OOO에게 대여한 OOO위안(이자율 OOO% 약정)에 대하여 조사종결일까지 이자율 대여조건이 적정한지의 입증자료를 조사청에 제시하지 아니하였다.

(단위 : 위안, 일, 원)

OOO

* 당좌대출이자율(OOO%) 적용

4) 청구법인은 2017∼2018사업연도에 OOO 소재 해외현지법인 OOO에 임원 DDD(제2공장장) 및 연구개발팀 과장 EEE을 각각 파견하고 급여 등을 지급한 것으로 나타난다.

(다) 조사청은 2020.3.9. 청구법인에게 이 건 세무조사결과통지를 하였고, 수입금액, 과세표준 및 세액의 산출내역, 조사항목별 조사결과 등을 각각 첨부한 것으로 나타난다.

(라) 조사청은 청구법인이 2020.4.8. 과세전적부심사청구를 제기하자, 2020.8.26. 부당행위계산의 부인을 적용하여 특수관계자에 대한 분여액으로 계산한 OOO원에 대하여는 청구주장을 받아들여 일부채택결정을 하고, 관련 법인세를 경정하도록 관련 자료(쟁점세액공제 및 쟁점세액감면의 부당공제 등에 대한 확인서 포함)를 처분청에 통보하였으며, 처분청은 이에 따라 2020.10.8. 청구법인에 아래와 같이 각각 경정ㆍ고지하였다.

(단위 : 원)

OOO

(2) 청구법인은 조사청의 담당자(FFF 조사관)와 송수신한 문자메시지 등을 제시하면서 처분청이 쟁점이자 과소수취분 및 쟁점수수료 미수취분의 해당 금액을 변경적용하면서 이에 대한 추가 과세예고통지 없이 법인세를 과세하였는바, 이 건 처분은 부당하다고 주장하고 있는 반면에 처분청이 제시한 당초 과세예고통지내용 및 경정결의서 등에 의하면, 쟁점이자 및 쟁점수수료의 해당 금액은 변경적용되지 아니한 것으로 확인된다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 처분청이 세무조사결과통지 상의 ‘조사항목별 세부내역’에 기재되지 아니한 쟁점세액공제 및 쟁점세액감면을 각각 적용배제하여 법인세를 과세하였는바, 이는「국세기본법」상 과세예고통지를 생략한 것으로서 위법.부당하다고 주장하나, 청구법인은 이 건 세무조사 시 쟁점세액공제 및 쟁점세액감면의 부당공제와 관련한 확인서를 스스로 제출하고, 부당공제에 따른 법인세 경정 등을 충분히 인지하고 있었던 것으로 보이는 점, 이 건 세무조사결과통지 상의 예상고지세액에 쟁점세액공제 및 쟁점세액감면을 적용배제하여 이미 계산되어 있는 것으로 확인되는 점,

「국세기본법」제81조의15

과세전적부심사청구 대상인 ‘같은 법 제81조의12에 따른 세무조사결과에 대한 서면통지’를 적법하게 발송한 것으로 확인되는바 청구법인에 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 중대한 절차적 하자가 존재한다고 보기는 어려운 점(조심 2018중999, 2018.6.28., 같은 뜻임) 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 처분청이 과세전적부심사청구 내용 중에서 일부 주장(부당행위계산의 부인금액은 과세대상에서 제외)이 받아들여진 후, 쟁점이자 과소수취분 및 쟁점수수료 미수취분의 해당 금액을 변경적용하면서도 이에 대한 과세예고통지 없이 법인세를 과세하였는바 이 건 처분은 위법ㆍ부당하다고 주장하나, 처분청은 쟁점이자 과소수취분 및 쟁점수수료 미수취분의 해당 금액 등을 반영한 예상고지세액에 대하여 당초 세무조사결과통지를 하고, 청구법인의 과세전적부심사결정 후 그 해당 금액에는 변경함이 없이 이 건 법인세를 각각 경정.고지한 것으로 확인되는 점, 이 건 과세처분에 있어서 청구법인의 권리를 침해하였다고 볼 만한 사실관계 등이 나타나지 아니하는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.