조심 2017지0713 (2018.02.19)

OOO구청장이 2017.2.13. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 국가(해양수산부) 소유의 OOO 토지 331,661㎡에 투입된 조성공사비, 포장공사비 및 OOO레일공사비를 재조사한 후 그 금액을 취득가액에서 제외하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2009.4.30.부터 2014.5.31.까지 실시한 OOO Ⅰ-1단계 컨테이너터미널 하부공 축조공사(이하 “하부공축조공사”라 한다)가 2015.4.14. 준공확인됨에 따라 OOO토지 146,910㎡(이하 “법인매립토지”라 한다)를 원시취득한 후, 2015.6.5. 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고, 「OOO광역시 시세 감면조례」제9조에 따른 감면율(75%)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

나. OOO컨테이너터미널 주식회사(이하 “임차법인”이라 한다)는 2013.6.27. 청구법인과 체결한 ‘OOO Ⅰ-1단계 컨테이너부두(A터미널) 상부기능시설공사 및 운영사업 실시협약’에 따라 2014.4.25.부터 2015.12.24.까지 법인매립토지와 국가(해양수산부) 소유의 OOO 토지 331,661㎡(이하 “국가매립토지”라 하고, 법인매립토지를 포함하여 “이 건 매립토지”라 한다)상에 OOO신항 Ⅰ-1단계 컨테이너부두(A터미널) 상부기능시설공사(이하 “상부기능시설공사”라고, 하부공축조공사를 포함하여 “이 건 공사”라 한다)를 실시하였고 해당공사는 2016.2.19. 준공확인되었다.

다. 처분청은 임차법인이 상부기능시설공사를 진행하면서 투입한 공사비 중 부지조성공사비, 포장공사비 및OOO레일공사비(이하 “쟁점공사비”라 한다) 총 OOO원이 법인매립토지의 취득원가에 포함되어야 함에도 당초 취득세 신고 시 누락된 것으로 보아 2017.2.13. 청구법인에게 쟁점공사비를 과세표준으로 하고 「OOO광역시 시세 감면조례」제9조에 따른 감면율(75%)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 부과·고지(이하 “이 건 부과처분”이라 한다)하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2017.5.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 임차법인이 지급한 쟁점공사비는 청구법인이 취득한 법인매립토지와 무관한 비용임에도 법인매립토지의 취득가액으로 보아 과세한 이 건 부과처분은 부당하다.

(가) 청구법인은 2015.4.14. 하부공축조공사가 준공확인됨에 따라 법인매립토지를 원시취득하고, 2016.2.26. 임차법인과 법인매립토지와 접안시설(안벽) 길이 800M를 목적물로 하여 임대차계약을 체결하였는바, 그 임대차계약서에 임차법인이 상부기능시설공사와 관련된 시설물을 취득하도록 하는 내용들이 나타나므로 청구법인은 해당 공사와 관련하여 취득한 시설물 등이 없음이 명확하다.

(나) 청구법인이 하부공축조공사를 진행하여 법인매립토지를 원시취득한 후 OOO신항 Ⅰ-1단계 컨테이너 A터미널과 임대시설물(이하 “임대부두”라 한다)을 운영함에 있어 효율적으로 하역장비를 설치하기 위하여 운영사인 임차법인으로 하여금 상부기능시설공사를 건설하게 한 것과 관련하여 처분청은 상부기능시설이 법인매립토지에 정착되어 있어 법인매립토지와 일체를 이루고 있으므로 쟁점공사비가 토지의 취득원가에 포함되어야 한다는 의견이나, 상부기능시설공사 중 부지조성공사, 포장공사 및 OOO레일공사는 컨테이너 야적을 위하여 수반되는 야적장의 기반시설로 컨테이너 장치공사에 포함되는 시설물의 일부이고, 하물하역용 기계장비인 타워크레인을 설치하기 위한 기초공사 등으로 해당 공사의 비용인 쟁점공사비는 법인매립토지의 취득가액으로 볼 수가 없다.

(다) 청구법인은 이 건 공사에 대하여 실시계획승인을 받은 후 OOO원의 공사비를 지급하여 법인매립토지를 원시취득하고, 법인매립토지의 상부를 임대부두 운영사인 임차법인이 이용하도록 임차법인과 임대차계약을 체결하였는바, 이 건 공사 중 상부기능시설공사는 임차법인의 계산에 의하여 진행되어 청구법인이 취득한 법인매립토지의 취득원가와는 무관한 지출이므로 대법원에서 판시OOO한 바와 같이 청구법인은 상부기능시설의 취득자에 해당하지 아니하여 쟁점공사비에 대한 취득세 납세의무가 없다.

또한, 처분청이 과세근거로 제시한 조세심판원 결정OOO은 청구법인과 달리 하부공소유권자가 하부공축조공사는 물론 안벽 및 호안공사 등을 직접 시공하여 소유한 반면, 이 건의 경우 하부공, 안벽 및 호안공사는 청구법인이, 쟁점공사(부지조성공사, 포장공사 및 OOO 레일공사)는 임차법인이 실시한 것이므로 그 사실관계를 달리한다 할 것이다.

(2) 설령, 쟁점공사비를 법인매립토지의 원시취득과 관련한 취득가액의 일부로 인정한다고 하더라도 쟁점공사비는 청구법인 소유 법인매립토지(30.7%) 및 국가(해양수산부) 소유 국가매립토지(69.3%)의 전체에 걸쳐 발생하였으므로, 법인매립토지에 해당하는 구성 비율을 초과하는 부분에 대한 취득세 등은 감액되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1)

「지방세법 시행령」 제18조

제1항에서 취득가격은 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다고 규정하고 있고, 각 호의 규정 중 제5호에서 ‘취득 대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액과 채무인수액’을 취득가격의 범위로 보아 취득세 과세표준에 포함된다고 규정하고 있으며, 「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 제2조 제4호 및 제18조 제1항에서 ‘공유수면매립’이란 공유수면에 흙, 모래, 돌, 그 밖의 물건을 인위적으로 채워 넣어 토지를 조성하는 것(간척을 포함한다)을 말한다고 규정하고 있다.

(가) 청구법인과 임차법인은 2013.6.27.

상부기능시설공사 및 운영사업 실시협약을 체결하고, 임차법인이 상부기능시설공사에 대한 공사비를 투입하기로 약정(실시협약 제2조)하여 그 투입한 공사비에 대한 대가로 관리 운영권을 갖게 되었으므로 그 비용은 법인매립토지의 간접비용으로 보아야 한다.

(나) 청구법인이 시행한 하부공축조공사와 임차법인이 시행한 상부기능시설공사는 일련의 과정을 이루어 일체를 구성할 때 본래의 매립토지로서 완성되는 것이고 그 매립토지의 완성과정에서 투입된 일련의 비용은 매립토지의 효용을 증가시키기 위한 추가비용에 해당하며, 법인매립토지의 취득은 항만시설 운영을 목적으로 한 원시취득으로 상부기능시설공사 없이 항만운영이라는 매립의 목적을 달성할 수 없으므로 쟁점공사비는 법인매립토지의 취득과 관련되어 있다.

(다) 임차법인이 공사비를 투입하였다 하여 상부기능시설을 시공업체인 임차법인이 별도로 취득할 수 없을 뿐만 아니라 배타적 권리를 주장할 수 없고 임대차계약서에 임대기간 만료일에 해당 시설은 청구법인으로 귀속되도록 규정되어 있는 점 등을 볼 때 쟁점공사비는 법인매립토지의 취득가액에 포함되어야 한다.

(2) 원시취득 후의 추가 공사비용을 취득세 과세표준으로 포함하는 것과 관련하여 국가매립토지의 원시취득자는 국가(해양수산부)이므로 청구법인에게 국가매립토지와 관련하여 발생한 공사비를 포함하여 취득세를 부과한 처분은 일부 잘못이 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 공유수면매립을 통하여 시행한 하부공축조공사의 준공으로 원시취득한 법인매립토지의 취득원가에 상부기능시설공사비의 일부인 쟁점공사비(부지조성공사비, 포장공사비 및 OOO레일공사비)가 포함되는지 여부(주위적 청구)

② 쟁점공사비 중 국가소유 매립토지의 원시취득과 관련하여 발생한 공사비는 법인매립토지 취득세 과세표준에서 제외되어야 한다는 청구주장의 당부(예비적 청구)

나. 관련 법령 등 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 확인된다.

(가) 청구법인이 진행한 OOO신항 I-1단계 컨테이너터미널 하부공축조공사의 준공 경위 등은 아래와 같다.

1) 국토해양부장관은 2009.4.24. 청구법인을 사업시행자로 하여 ‘OOO신항Ⅰ-1단계 컨테이너터미널 하부공축조공사’ 실시계획을 승인하였다.

2) OOO지방해양수산청장은 2015.4.14. 아래와 같이 ‘OOO신항Ⅰ-1단계 컨테이너터미널 하부공축조공사’에 대하여 준공확인하였는바, 준공확인증명서 등에 의하면 준공된 사업면적 중 A터미널부지인 OOO 146,910㎡(법인매립토지)와 B터미널부지인 같은 동 409번지 156,000㎡ 합계 302,910㎡는 청구법인이, A터미널부지인 같은 동 406번지 331,661㎡(국가매립토지)를 포함한 나머지 B터미널부지는 국가가 공유수면매립을 원인으로 각각 취득하였으며, 이 건 매립토지는 2015.12.31. 지목을 잡종지로 하여 신규등록된 것으로 나타난다.

OOO

(나) 임차법인이 이 건 매립토지상에 진행한 상부기능시설공사의 준공 경위 등은 아래와 같다.

1) 청구법인은 2013.6.27. 임차법인과 아래와 같이 ‘OOO신항 Ⅰ-1단계 컨테이너 부두(A터미널) 상부기능시설공사 및 운영사업’과 관련한 실시협약을 체결하였다.

OOO

2) OOO지방해양수산청장은 2014.2.5. 청구법인을 사업시행자로 하여 ‘OOO신항 Ⅰ-1단계 컨테이너부두(A터미널) 상부기능시설공사’ 실시계획을 승인하였다.

3) OOO지방해양수산청장은 2016.2.19. OOO신항Ⅰ-1단계 컨테이너부두(A터미널) 상부기능시설공사(1단계, 2단계)에 대하여 아래와 같이 준공확인증명서를 발급(제2016-4호, 5호)하였다.

OOO

(다) OOO지방해양수산청장은 청구법인이 임대부두의 효율적인 관리운영을 위해 요청한 국유재산인 항만시설 사용·수익 허가(신규) 및 전대승인(신규) 건에 대하여 2016.2.26.

「항만공사법」제27조

및 제28조에 따라 다음과 같이 허가(승인, 항만물류과-1075)하였다.

OOO

(라) 청구법인이 2016.2.26. 임차법인과 임대부두에 대하여 임대기간을 1단계 구간(2016.3.18.∼2046.3.17.)과 2단계 구간(2017.10.31.～2046.3.17.)으로 나누어 체결한 임대차계약의 주요내용은 다음과 같다.

OOO

(마)

임차법인이 시공한 상부기능시설공사는 건축시설과 건축시설 이외의 공사로 구분되고 건축시설 외의 공사로는 부지조성공사, 포장공사, OOO레일공사, 컨테이너장치공사, 옥외배전선로공사 등으로 나누어지며 이 중 임차법인의 장부상에 나타난 쟁점공사비와 관련된 부지조성공사, 포장공사 및 OOO레일공사의 세부내역은 다음과 같다.

1) 부지조성공사비는 상부기능시설공사를 하기 위한 준비과정에서 지출된 공사비로 그 내역으로는 터파기, 성토, 터파기 유용 및 잔토 등에 해당한다.

2) OOO 레일 및 기초공사비는 토지 위에 OOO레일을 설치하기 위하여 지출된 비용으로 그 내역으로는 기초공사, 구체공(레일,선로)·레일설치공· 악세사리공(지상과 레일고정장치) 공사 등에 해당한다.

3) 포장공사비는 레일 설치 후 아스콘포장을 위해 지출된 공사비에 해당한다.

(바) 청구법인이 법인매립토지를 취득한 후 2015.6.5. 취득가액을 OOO원으로 하여 산출한 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였으나, 처분청은 임차법인이 이 건 매립토지 전체에 상부기능시설공사를 진행하면서 투입한 공사비 중 쟁점공사비(부지조성공사비, 포장공사비 및 OOO레일공사비) OOO원이 법인매립토지의 취득원가에 포함되어야 함에도 당초 취득세 신고 시 누락된 것으로 보아 2017.2.13. 청구법인에게 쟁점공사비를 과세표준으로 하고 「OOO광역시 시세 감면조례」제9조에 따른 감면율(75%)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 부과·고지하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가)

「지방세법 시행령」 제18조

제1항에 규정하고 있는 취득세 과세표준이 되는 “취득가격”에는 과세대상 물건의 취득 시기 이전에 거래상대방 또는 제3자에게 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 당해 물건 자체의 가격(직접비용)은 물론 그 외에 실제로 당해 물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나(취득자금이자, 설계비 등) 그에 준하는 취득절차비용(소개수수료, 준공검사비용 등)도 간접비용으로서 이에 포함된다OOO 할 것이다.

(나) 청구법인이 2013.6.27. 임차법인과 체결한 ‘OOO신항 Ⅰ-1단계 컨테이너 부두(A터미널) 상부기능시설공사 및 운영사업’과 관련한 실시협약서에 의하면

이 건 매립토지의 취득과 관련한 공사를 하부공축조공사와 상부기능시설공사로 구분한 후 청구법인이 하부공축조공사를 통하여 기본적인 토지매립만 하고 부두시설을 운영하는 임차법인으로 하여금 사용편의에 따라 매립된 토지를 조성하여 상부기능시설공사를 진행하도록 한 것으로 보이는바

비록 하부공축조공사가 준공되고 그 이후 쟁점공사를 포함한 상부기능시설공사가 준공되었으며 쟁점공사비를 임차법인이 지급하였다하더라도 이는 형식적인 구분에 불과하고 이 건 매립토지가 부두하역시설 부지인 잡종지로서의 기능을 하기 위해서는 부지조성공사, 레일공사 및 포장공사 등의 일련의 과정을 거쳐야만 본래의 매립토지로서의 목적이 완성되어지는 것이므로 쟁점공사비는 이 건 매립토지의 완성과정에서 투입된 비용으로 보이는 점, 더욱이 쟁점공사비가 발생된 부지조성공사, OOO레일공사, 포장공사의 내역을 보면 기 매립된 토지에 레일을 깔기 위하여 성토 및 절토 등을 통하여 부지를 조성하고 레일을 설치한 그 위에 아스콘 포장 공사 등을 한 것으로 나타나는바, 그 실질적인 공사 내용도 이 건 매립토지가 부두하역시설로서의 기능을 다하기 위한 공사에 해당되는 점, 또한 시기상으로도 하부공축조공사의 사실상 준공이 2014.5.31. 이루어졌고 상부기능시설공사는 2014.4.25. 시작되었는바, 쟁점공사에 대한 원인행위가 이 건 매립토지 준공 전에 이루어졌으므로 해당 공사는 이 건 매립토지의 원시취득과 일련의 과정에 있었다 할 것인 점 등에 비추어 쟁점공사비는 이 건 매립토지를 취득하기 위하여 지출한 비용에 해당된다 할 것이다.

(3) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

쟁점공사비가 이 건 매립토지의 취득원가에 포함되는 것은 위에서 설시한바와 같고, 다만, 이 건 매립토지는 법인매립토지와 국가매립토지로 구성되어 있으므로 이 건 매립토지에 지출된 쟁점공사비 중 청구법인이 취득한 것이 아닌 국가매립토지 취득분에 대한 공사비는 법인매립토지의 취득가격에서 제외하는 것이 타당하므로 쟁점공사비 중 국가매립토지에 지출된 공사비를 차감한 금액을 취득가액으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하여야 할 것이다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「지방세기

본법」제96조

제4항과

「국세기본법」제81조

, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에

의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령 등

(1) 지방세법

제9조(비과세) ① 국가 또는 지방자치단체(다른 법률에서 국가 또는

지방자치단체로 의제되는 법인은 제외한다. 이하 같다), 지방자치단체조합, 외국정부 및 주한국제기구의 취득에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대한민국 정부기관의 취득에 대하여 과세하는 외국정부의 취득에 대해서는 취득세를 부과한다.

제10조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한

다. (단서 생략)

② 제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.

⑤ 다음 각 호의 취득(증여ㆍ기부, 그 밖의 무상취득 및

「소득세법」 제101조

제1항 또는

「법인세법」 제52조

제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.

3. 판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에 따른 취득세의 과세표준이 되는 가액, 가격 또는 연부금액의 범위 및 그 적용과 취득시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

(2) 지방세법 시행령

제18조(취득가격의 범위 등) ① 법 제10조 제5항 각 호에 따른

취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으

로 한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지급하여 일정액을 할인받은 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.

1. 건설자금에 충당한 차입금의 이자 또는 이와 유사한 금융비용

2. 할부 또는 연부(年賦) 계약에 따른 이자 상당액 및 연체료. 다만, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우는 취득가격에서 제외한다.

3.

에 따른 농지보전부담금,

에 따른 대체산

림자원조성비 등 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용

4. 취득에 필요한 용역을 제공받은 대가로 지급하는 용역비·수수료

5.

취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액과 채무인수액

7. 제1호부터 제6호까지의 비용에 준하는 비용

제20조(취득의 시기 등) ⑧

관계 법령에 따라 매립·간척 등으로 토지를 원시취득하는 경우에는 공사준공인가일을 취득일로 본다.

다만, 공사준공인가일 전에 사용승낙·허가를 받거나 사실상 사용하는 경우에는 사용승낙일·허가일 또는 사실상 사용일 중 빠른 날을 취득일로 본다.

(3) 항만공사법

제27조(국·공유재산의 무상대부 등) ① 국가 또는 지방자치단체는 제8조 제1항 제1호·제2호·제2호의2·제2호의3, 제3호 및 제4호에 따른 사업을 효율적으로 시행하기 위하여 필요하다고 인정하는 경우에는 「국유재산법」 및 「공유재산 및 물품 관리법」에도 불구하고 해당

사업에 필요한 국·공유재산을 공사에 무상으로 대부하거나 사용·수익하게 할 수 있다.

② 공사는 제1항에 따라 대부를 받거나 사용·수익의 허가를 받은 국·공유재산에 건물이나 그 밖의 영구시설물을 축조하지 못한다. 다만, 그 시설물이 준공된 후 해당 국·공유재산을 공사에 출자하려는 경우에는 그러하지 아니하다.

(4) 공유수면 관리 및 매립에 관한 법률

제2조(정의)

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

4.

"공유수면매립"이란 공유수면에 흙, 모래, 돌, 그 밖의 물건을 인위적으로 채워 넣어 토지를 조성하는 것(간척을 포함한다)을 말한다.

제18조(준공검사 등) ① 제17조 제1항에 따라 점용ㆍ사용 실시계획의

승인을 받은 자는 해당 공사를 완료하면 지체 없이 대통령령으로 정하는 바에 따라 공유수면관리청에 준공검사를 신청하여야 한다.

(5) OOO광역시 시세 감면 조례

제9조(OOO항만공사에 대한 감면) 「항만공사법」에 따라 설립된 OOO항만공사가 같은 법 제8조 제1항에 따른 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산, 선박 및 기계장비에 대해서는 2016년 12월 31일까지 취득세 및 법인등기에 대한 등록면허세의 100분의 75를 각각 경감한다. 다만, 부동산, 선박 및 기계장비 취득일로부터 2년 이내에 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 부동산, 선박 및 기계장비 취득일부터 2년 이상 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세와 등록면허세를 추징한다.