조심 2008중2583 (2010.03.08)

1. OOO세무서장이 2008.5.13. 청구인에게 한 2004년 제2기 부가가치세 56,541,680원의 부과처분은 청구인이 당초 신고한 수입금액과 신고누락한 수입금액을 합한 전체금액(7,406,943천원)에 대하여

「부가가치세법 시행령」 제48조의2

제4항 단서의 규정에 의한 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우로 보아 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

2. OOO세무서장이 2008.5.13. 청구인중 OOO에게 한 2004년 귀속 종합소득세 23,540원의 부과처분은 OOO을 공동사업자에 대한 명의자로 보아 공동사업자의 기납부세액으로 공제한 환급세액 상당액(114,210,743원)을 OOO에게 환급하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

1. 처분개요

가. OOO 외 12인(이하 “청구인”이라 한다)은 OOO 686㎡, 1609-2 550㎡ 합계 1,236㎡의 토지를 매입하여 OOO(지하 1층, 지상 5층의 28개 점포인 상업용 건물로서 이하 “쟁점상가”라 한다)를 신축하여 판매하고 분양수입금액 6,631,000천원을 장부가액의 공사원가(총공사원가에 대한 건물공사비의 비율)에 의하여 과세표준을 안분계산(과세비율 45% 적용)하여 2004년 제2기 부가가치세 61,914,720원을 신고.납부하였고, 청구인 중 OOO(이하 “OOO”이라 한다)은 OOO 지분(58.96%)에 해당하는 2004년 귀속 종합소득세를 신고.납부하였다.

나. 처분청은 쟁점상가에 대한 세무조사를 실시하여 쟁점상가의 분양수입금액 810,860천원(부가가치세가 포함된 금액임)을 과소신고한 사실을 확인하여 2008.5.19. 청구인에게 2004년 제2기 부가가치세 56,541,680원을 경정.고지하는 한편, OOO에 대하여는 실제 사업활동을 하지 않은 명의사업자로 보아 OOO이 신고.납부한 2004년 귀속 종합소득세 중 114,210,743원을 환급하는 것으로 결정한 후 공동사업자의 기납부세액으로 공제하여 청구인의 2004년 귀속 종합소득세를 각각 경정.고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2008.7.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 부가가치세 과세표준 안분계산은 하나의 과세물건에 대하여는 신고분과 경정분을 구분하지 아니하고 분양수입 전액에 대하여 하나의 통일된 방법에 따라 기준시가 또는 장부가액을 적용하여 정산되어야 하나, 처분청에서 신고분에 대하여는 장부가액을 세무조사에 따른 경정분은 기준시가에 의하여 안분계산한 가액을 부가가치세 과세표준으로 하여 과세한 처분은 부당하다.

(2) 처분청의 세무조사에 의하여 공동사업자의 투자비율이 변동되어 OOO의 지분이 “0”으로 확인된 것이므로 분배하여야 할 소득금액이 없는 바, 공동사업자 지분이 변동된 경우 그 내용에 따라 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용하여야 함에도 OOO을 공동사업자 전원의 단순한 명의위장 사업자로 보아 OOO이 당초 동업자 지분에 따라 납부한 종합소득세를 환급해 주지 아니하고 공동사업자 전원의 기납부 세액으로 공제함은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 신고분과 세무조사시 과세한 수입금액 누락액을 합한 총 매출액에 대하여 과세표준을 안분하여야 한다고 주장하고 있으나 청구인이 신고한 수입금액에 해당하는 거래금액에 대하여는 세무조사시 부인하지 아니하였고, 청구인이 계상한 장부가액을 기준으로 토지와 건물의 분양가격을 산정하여 거래한 내용이 합리성을 결여하고 있다고 볼 수 없으므로 청구인이 신고한 거래분까지

「부가가치세법 시행령」 제48조의2

의 규정에 의하여 기준시가로 재계산을 요구하는 것은 청구인이 신고한 금액 자체를 부인하는 결과를 초래하는 것이므로 분양수입금액 누락분에 대해서만 기준시가로 재계산하여 과세한 처분은 정당하다.

(2) OOO은 쟁점상가의 공동사업자로 실제 활동을 하지 않은 것으로 확인되어 OOO이 자진납부한 쟁점상가 관련 종합소득세를 모두 환급하고 나머지 공동사업자에게 과세하는 대신 OOO의 환급세액을 나머지 공동사업자의 기 납부세액으로 공제하였으므로 OOO이 납부한 종합소득세를 환급하는 경우 이중환급에 해당된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점상가 건물분에 대한 부가가치세 과세표준을 신고분과 경정분을 각각 다른 기준에 의하여 안분계산하여 과세한 처분의 당부

② 청구인 OOO을 공동사업자의 명의자로 보아 기납부한 종합소득세의 환급을 거부한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법

제13조【과세표준】① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

제17조【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액

(2) 부가가치세법 시행령

제48조의2【과세표준의 안분계산】④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

1. 토지와 건물 등에 대한

「소득세법」 제99조

의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다.

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다.

제61조【매입세액의 안분계산】① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.

면세사업에 관 면세공급가액

련된 매입세액 ＝ 공통매입세액 × ───────

총공급가액

③ 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 당해 재화의 매입세액은 공제되는 매입세액으로 한다.

1. 당해 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 100분의 5 미만인 경우의 공통매입세액

2. 당해 과세기간 중의 공통매입세액이 2만원 미만인 경우의 매입세액

3. 제48조의2 제3항 제3호의 규정이 적용되는 재화에 대한 매입세액

(3) 국세기본법

제14조【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 2 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

(4) 소득세법

제39조【총수입금액과 필요경비의 귀속연도 등】① 거주자의 각 연도의 총수입금액과 필요경비의 귀속연도는 총수입금액과 필요경비가 확정된 날이 속하는 연도로 한다.

② 거주자가 매입ㆍ제작 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 당해 자산의 매입가액이나 제작원가에 부대비용을 가산한 금액으로 한다.

③ 거주자가 각 과세기간의 소득금액을 계산함에 있어서 총수입금액과 필요경비의 귀속연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계의 기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 이 법 및 「조세특례제한법」에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 당해 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다. (2006.12.30. 개정)

④ 제1항의 총수입금액과 필요경비의 귀속연도, 제2항의 취득가액의 계산이나 기타 자산ㆍ부채 등의 평가에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(5) 소득세법 시행령

제55조【부동산임대소득 등의 필요경비의 계산】① 부동산임대소득과 사업소득의 각 연도의 총수입금액에 대응하는 필요경비는 다음 각 호의 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가격(매입에누리 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용. 이 경우 사업용 외의 목적으로 매입한 것을 사업용으로 사용한 것에 대하여는 당해 사업자가 당초에 매입한 때의 매입가액과 그 부대비용으로 한다.

1의2. 판매한 상품 또는 제품의 보관료, 포장비, 운반비, 판매장려금 및 판매수당 등 판매와 관련한 부대비용(판매장려금 및 판매수당의 경우 사전약정 없이 지급하는 경우를 포함한다)

2. 부동산의 양도당시의 장부가액(주택신축판매업과 부동산매매업의 경우에 한한다). 이 경우 사업용 외의 목적으로 취득한 부동산을 사업용으로 사용한 것에 대하여는 당해 사업자가 당초에 취득한 때의 제89조의 규정을 준용하여 계산한 취득가액을 그 장부가액으로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다.

(가) 청구인은 OOO를 취득하여 지하 1층 지상 5층, 28개 점포의 쟁점상가를 신축하여 2004년 12월 분양하였다.

(나) 청구인은 쟁점상가의 분양수입금액 6,631,000천원에 대하여 부가가치세를 신고하기 위하여

「부가가치세법 시행령」 제48조의2

제4항 제2호 단서에 의한 장부가액으로 부가가치세 과세표준을 안분계산하였는 바, 청구인이 제시한 쟁점상가의 공사원가에 대한 장부가액은 아래 ＜표1＞과 같고, 부가가치세 과세표준은 총 공사원가인 5,908,697천원에 대한 건물의 공사원가 2,620,544천원의 비율인 44.35%를 감안하여 쟁점상가의 분양수입금액인 6,631,000천원에 대하여 45%인 2,983,950천원을 부가가치세 과세표준으로 하여 신고.납부하였음이 청구인의 심리자료에 나타난다.

＜표1＞ 쟁점상가 공사원가에 대한 장부가액

(단위 : 원)

(다) 처분청은 쟁점상가에 대한 세무조사를 실시하여 쟁점상가의 분양수입금액 810,860천원(부가가치세 포함 금액임)을 신고누락한 사실을 아래 ＜표2＞와 같이 확인하고, 청구인이 당초 장부가액을 기준으로 토지와 건물의 분양가격을 산정하여 거래한 내용은 합리성이 결여되었다고 볼 수 없으며, 처분청이 조사하여 적출한 810,860천원에 대하여만 청구인이 신고한 내용과 실지 거래내용이 다르고 토지와 건물가액의 구분이 불분명하므로

「부가가치세법 시행령」제48조의2

제4항 단서의 규정에 의한 기준시가에 의하여 부가가치세 과세표준의 안분계산을 하여야 한다고 판단하여 청구인이 당초 신고한 수입금액 6,631,000천원에 대한 부가가치세 과세표준은 장부가액에 의한 안분가액을 그대로 인정하고 신고누락한 수입금액 810,860천원에 대하여는 기준시가에 의한 비율(토지 67%, 건물 33%)을 적용하여 부가가치세 과세표준을 계산하였음이 처분청의 심리자료에 나타난다.

＜표2＞ 신고누락 분양수입금액 내역

(단위 : 천원)

(라) 이에 대하여 청구인은 쟁점상가는 동일한 과세물건으로서 부가가치세 과세표준을 계산함에 있어 신고분과 경정분을 각각 다른 기준에 의하여 계산하는 것은 부당하므로 처분청의 세무조사에 의하여 확정된 분양수입금액 7,406,943천원에 대하여 기준시가 또는 장부가액에 의한 비율을 동일하게 적용하여 부가가치세 과세표준을 계산하여야 한다는 주장이다.

(마) 살피건대,

「부가가치세법 시행령」 제48조의2

의 규정을 보면, 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의하되, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 기준시가.감정평가가액 또는 장부가액 등에 의하여 안분계산하도록 하고 있는 바, 청구인은 당초 신고한 분양수입금액 6,631,000천원에 대하여 쟁점상가의 공사원가에 대한 장부가액을 기준으로 토지와 건물의 가액을 안분계산하여 신고하였으나 처분청의 세무조사에 의하여 쟁점상가 중 일부상가에 대한 분양수입금액 및 필요경비를 누락한 사실이 나타나므로 청구인이 당초 장부가액을 기준으로 안분계산하여 신고한 가액을 적정한 기준에 의하여 신고한 가액으로 보기는 어렵다고 판단되므로 처분청의 세무조사에 의한 확정된 분양수입금액 7,406,943천원에 대하여

「부가가치세법 시행령」제48조의2

제4항의 규정에 의하여 부가가치세 과세표준을 계산함이 타당하다고 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 본다.

(가) OOO은 쟁점상가에 대한 지분 58.96%를 적용하여 분양수입금액 6,631,000천원 중 수입금액 3,929,638천원, 소득금액 345,966천원에 대한 2004년 귀속 종합소득세를 신고하였다.

(나) 처분청은 쟁점상가에 대한 세무조사 결과 수입금액 누락분 810,860천원을 공동사업자 지분에 따라 아래 ＜표3＞과 같이 종합소득세를 경정.고지하면서 OOO에 대하여는 실제로 사업활동을 하지 아니한 다른 공동사업자의 명의자에 불과하다고 하여 당초 신고납부한 종합소득세를 감액 경정한 후 환급하지 아니하고 다른 공동사업자의 기납부세액으로 차감하였음이 심리자료에 나타난다.

＜표3＞ 공동사업자 지분에 따른 소득금액 분배내역

OOO

(다) 이에 OOO은 당초 OOO의 공동사업에 대한 지분은 토지 매입대금에 따른 지분으로 쟁점상가 신축을 위한 토지는 OOO로서 1609-1은 2002.12.11. OOO이 1,781,500천원에 취득하고, OOO는 공동사업자인OOO외 8명이 2003.8.13. 1,240,000천원에 취득한 토지로서 토지의 매입대금 비율에 따라 OOO의 지분을 58.96%로 한 것이고,

토지 매입후 쟁점상가의 신축 및 분양과정에서 OOO이 탈퇴하고 OOO 주식회사 OOO이 새로이 가입함에 따라 2003.7.18. 쟁점상가의 분양과 관련한 정관을 작성하여 공동사업자 지분이 변동된 것이므로 OOO은 공동사업자의 명의위장사업자가 아니라 실지사업자이므로 OOO이 신고.납부한 종합소득세를 OOO에게 환급하여야 한다고 주장하며 OOO가 분양한 OOO 토지의 최초 분양자 OOO로부터 2002.12.2. OOO이 취득하였다는 부동산매매계약서 사본, 위 토지의 매입대금 납부를 위하여 2003.8.19. OOO지점으로부터 1,247,000천원을 대출받았다는 통장사본OOO, 토지대금을 OOO이 2003.8.20. 완납하였다는 OOO의 토지대금완납확인서 사본을 각각 제출하였다.

(라) 이상과 같은 사실관계를 살펴보면,

「국세기본법」 제14조

의 실질과세의 규정은 소득의 형식적인 귀속자가 아닌 실질적인 귀속자에 조세부담의 의무를 부과하려는 것이므로 OOO이 쟁점상가의 분양사업과 관련한 공동사업자의 단순한 명의위장사업자인 경우라면 OOO이 신고.납부한 2004년 귀속 종합소득세를 경정하면서 발생한 환급세액은 실질사업자의 기납부세액으로 공제함이 타당하나, 쟁점상가의 신축을 위한 토지매입과 관련하여 OOO 명의로 부동산매매계약을 체결한 후 토지 구입대금 중 1,247,000천원을 대출받아 토지매입 대금에 사용한 사실 등으로 볼 때, 쟁점상가 신축토지 2필지 중 OOO에 대하여는 OOO이 취득하였다고 보이므로, OOO을 제외한 다른 공동사업자에게 기납부세액으로 공제한 환급세액 상당액을 공제하지 아니하는 것을 변론으로 하고 위 토지의 구입대금 및 OOO이 신고.납부한 종합소득세를 OOO의 자금이 아닌 다른 공동사업자의 자금이라는 증거없이 OOO의 다른 공동사업자의 단순한 명의위장사업자라고 보아 OOO이 신고.납부한 2004년 귀속 종합소득세의 환급세액을 OOO에게 환급하지 아니한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.