조심 2019인1925 (2020.07.14)

OOO세무서장이 2019.3.15. 청구법인에게 한 법인세 2013사업연도 OOO각 부과처분은

1. 청구법인이 2013.7.26. 취득한 OOO대 1,927.6㎡ 및 건물 653㎡의 취득에 사용한 금액OOO당초부터 고유목적사업준비금의 사용이 없었던 것으로 하고(수정신고 시인),

청구법인이 OOO2013～2017사업연도까지 지급한 쟁점상표권 사용료에 대하여 청구법인과 유사한 업종?규모?특성 등을 갖는 법인들의 상표권 사용요율을 처분청이 재조사하여 쟁점상표권에 적용할 적정요율을 재산정하며,

청구법인이 OOO2013～2017사업연도까지 지급한 쟁점광고선전비 및 쟁점임차료의 경우에는 처분청이 쟁점광고선전비 및 쟁점임차료의 적정성 여부에 대하여 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하고,

2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 관절 및 척추 수술 전문병원으로 전(前) 이사장 OOO2007.7.24. 설립하여 현재 재단산하에 총 5개의 병원OOO운영하고 있는 비영리의료법인이다.

나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2018.9.5.부터 2018.10.30.까지 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, 다음과 같이 과세자료를 처분청에 통보하였다.

(1) 청구법인은 2013.7.26. OOO분원 설치를 위해 경기도 용인시 소재 부동산(이하 “쟁점토지”라 한다)을 OOO취득하고 고유목적사업준비금을 사용한 것으로 회계처리하여 2011～2014사업연도 법인세 신고를 하였다가,

2017년 쟁점토지를 OOO처분한 후 쟁점토지가 병원 신축에 사용되지 않았으므로 고유목적사업준비금 사용대상이 아닌 것으로 보아 당초부터 고유목적사업준비금 사용이 없었던 것으로 하여 2011～2016사업연도 고유목적사업준비금 사용실적에서 쟁점토지를 제외하고 2011사업연도까지 손금산입된 고유목적사업준비금으로서 5년 내에 사용하지 못한 OOO환입하는 내용으로 하여 2018.3.28. 2016사업연도 법인세를 수정신고하였으나,

이와 관련하여 청구법인이 병원건물을 신축하기 위하여 쟁점토지를 취득한 후 적법하게 고유목적사업준비금 사용실적으로 회계처리하였으므로 쟁점토지의 취득 및 처분은 고유목적사업준비금 사용 및 의료발전준비금 환입에 해당하고, 따라서 2016사업연도 고유목적사업준비금 환입액 OOO손금산입(수정신고 부인)하고, 쟁점토지를 처분한 2017사업연도에 의료발전준비금 OOO을 환입하여 익금산입하여야 한다.

＜표1＞ 청구법인 법인세 수정신고 내역

(단위 : 백만원)

＜표2＞ 고유목적사업준비금 사용실적 변경내용

(단위 : 백만원)

(2) 청구법인은 특수관계법인인 OOO2013～2017사업연도까지 OOO상표권(이하 “쟁점상표” 또는 “쟁점상표권”이라 한다) 사용료로 OOO지급하였는바,

청구법인이 OOO지급한 쟁점상표권 사용료 OOO에 대하여 시가를 산정하기 어려운 점을 감안하여 국내 주요대기업의 통상적인 상표권 사용료인 매출액의 0.2%를 시가로 보아 그 초과액인 OOO부당행위계산 부인하여 손금불산입하여야 한다.

＜표3＞ 쟁점상표권

(단위 : 천원)

(3) 청구법인은 OOO2013～2017사업연도까지 광고대행계약과 관련한 광고선전비(이하 “쟁점광고선전비”라 한다) 및 OOO옥외광고탑 임차료(이하 “쟁점임차료”라 한다)로 OOO지급하였으나,

이는 쟁점상표권 사용료에 해당(위 쟁점상표권 사용료와 합산하여 시가를 초과한 것으로 보아)하므로 OOO손금불산입하여야 한다.

＜표4＞ 쟁점광고선전비 및 쟁점임차료

(단위 : 천원)

(4) 청구법인은 2016년초 OOO사업양수하면서 의료장비를 장부가액OOO높게 평가증하여 매입하였으나, OOO영업권(이하 “쟁점영업권”이라 한다) 평가시 이를 순자산가액에 반영하지 않고 OOO으로 평가하여 인수하였는바,

쟁점영업권 양수도계약서에 근거하여 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다)에 따라 평가시 쟁점영업권은 OOO평가되므로 그 130%에 해당하는 정상가액을 초과한 OOO비지정기부금으로 보아 세무조정하고 동 영업권 상각액 중 한도초과액 OOO손금불산입하여야 하며, 그 밖에 조사시 발견된 복리후생비 등을 손금불산입하여야 한다.

다. 이에 따라 처분청은 2019.3.15. 청구법인에게 법인세 2013사업연도 OOO각 경정?고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2019.4.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 의료법인의 고유목적사업준비금 사용 규정의 입법취지, 문리적·합목적적 해석 및 유권해석 등을 고려할 때, 쟁점토지는 병원 건물 신축에 사용되지 않은 상태에서 단순히 보유만 하다가 양도되었으므로 쟁점토지의 취득은 고유목적사업준비금 지출 또는 사용에 해당하지 않는다.

(가) 의료법인은 의료업 자체가 고유목적사업인 동시에 세법상 수익사업에 해당하여 적립한 고유목적사업준비금을 시설투자 등 의료발전에 사용할 수 없는 문제점이 있는바, 이를 해소하고자 의료법인이 의료기기 등 세법상 열거된 고정자산을 취득하는 경우에 한하여 예외적으로 고유목적사업에 지출한 것으로 간주된다.

이러한 입법취지에 비추어 의료법인에 허용되는 고유목적사업준비금 사용 규정은 수익사업에는 적용하지 아니한다는 원칙에 대한 예외규정으로서 의료법인에 부여되는 일종의 과세이연 혜택이다. 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는 것(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결)이라는 점에서 보더라도 이건 관련규정은 그 적용범위를 판단함에 있어서도 세법에 열거된 범위 내에서 엄격해석 해야 한다.

(나) 「법인세법 시행규칙」제29조의2 제1항 제2호 및 제3호에 열거된 의료기기 및 정보시스템 설비는 그 자체로 취득 즉시 보건업에 사용이 가능한 고정자산에 해당하고, 특히 동 시행규칙에서는 당해 항목을 열거함에 있어 「의료기기법」 및 「보건의료기본법」에서 정의하는 개념임을 명시하고 있는바, 보건업의 테두리 내에서 사용되는 고정자산임을 명확히 하고 있다.

이에 같은 항 제1호에 규정된 ‘병원 건물 및 부속토지’ 역시 이와 동일한 맥락에서 해석되어야 할 것인바, 원칙적으로 ‘이미 건축이 완료된 병원과 그 병원에 부속된 토지’로 한정하여 해석하는 것이 원론적인 해석이라 할 것이고, 다만 실무적으로 인허가 등의 문제로 병원 신축에 장기간이 소요되어, 병원 신축 목적으로 취득한 부동산이 이후 실제 병원 건물로 신축된 경우도 그 대상으로 해석할 여지가 있을 수 있다. 그러나 ‘병원 건물로 사용할 목적으로 취득하는 부동산’으로 그 대상을 확대해석할 경우 제2호 및 제3호와 비교하여 지나치게 고정자산의 범위가 광범위해질 뿐만 아니라, 입법론적 관점에서 예외적인 지출 또는 사용 간주 규정에 해당하는 의료법인의 고유목적사업준비금 제도에 대하여 엄격 해석해야 할 필요성까지 고려한다면, 확장해석의 타당성을 찾기 어렵다.

따라서 쟁점토지는 문리적으로 ‘병원 건물 및 부속토지’에 해당하지 아니하므로 당초부터 고유목적사업에 지출 또는 사용된 것으로 볼 수 없다. 비록 쟁점토지는 청구법인이 병원 건물 및 부속토지로 사용할 목적으로 취득하였으나, ㉠ 취득 당시에 쟁점토지의 건물은 자동차 전시장으로 쓰이던 일반 건물로 그 용도상 병원이라 할 수 없어 취득 당시에도 병원 건물 및 부속토지라 할 수 없는 점, ㉡ 이후 단순히 토지 및 토지상 일반건축물을 보유만 하였을 뿐 환자치료를 위한 병원용으로 사용하지 않았고, 의료용으로 용도변경이나 건축허가도 받지 않은 상태에서 그대로 매각하여 처분 시에도 병원 건물 및 부속토지에 해당된 사실이 없는 점 등을 고려할 때, 「법인세법 시행규칙」제29조의2 제1항 제1호에 해당되지 아니하므로 다른 요건에 관계없이 「법인세법 시행령」제56조 제6항을 적용할 수 없다.

만약, 당초부터 고유목적사업준비금의 사용 대상에 해당하지 아니함에도 납세자의 대외적 취득 목적과 의료발전회계 처리만으로 사용 대상으로 보는 것은 문리해석에 어긋나는 동시에 ‘병원 건물 및 부속토지’로 규정한 「법인세법 시행규칙」제29조의2 제1항 제1호 자체를 형해화하는 것이다. 즉 조사청의 논리라면 어떠한 자산이라도 납세자의 자의적 기준에 따라 병원으로 사용할 의도를 대외적으로 표방하고 의료발전회계로 구분경리만 하면 고유목적사업에 사용한 것으로 처리 가능하여 해당 자산을 처분하지 아니하는 방법으로 영구적인 과세회피가 가능할 수 있어서 더 큰 문제가 야기되므로 위와 같이 엄격히 해석함이 합목적적 해석이라 할 것이다.

(다) 국세청 유권해석에서도 ‘병원 건물 신축(증축)용 토지 및 주차장용 토지를 취득하기 위하여 지출하는 금액’은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보지 않는 것이며, 병원 건물의 건축공사에 착공하기 위하여 병원회계로 당해 토지를 전입하는 때에는 그 전입하는 시점에서 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보는 것(법인세과-498, 2009.4.24)이라 하여 단순히 토지의 취득만으로는 고유목적사업에 지출된 것으로 인정하지 않고 있다.

또한, 의료법인이 ‘병원 인근 부지를 매입하여 주차장용 건물을 신축하는 경우’에도 건물 신축비용은 고유목적사업에 지출한 것으로 보지 아니한다(서면2016-법령해석 법인-3048, 2016.12.7.)고 하였고, ‘환자치료용 건물 및 그 부속토지’만을 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 본다(서면인터넷상담2팀-2215, 2004.11.2.)고 하여 과세당국은 일관되게 환자를 치료하기 위한 목적의 건물 및 동 건물에 부속하는 토지 이외에는 어떠한 용도의 건물이나 토지도 고유목적사업에 지출된 것으로 보지 아니하는 일관된 입장을 표명하고 있다.

(라) 그러함에도 국세청은 이 건 과세전적부심사결정에서, ‘청구법인은 OOO분원 설치를 위해 쟁점토지를 취득하기로 이사회에서 의결한 점, 인천광역시로부터 분원설치 승인을 받았고, 쟁점토지 취득 후 기본재산목록에 추가하고 정관을 변경한 점, 쟁점토지 취득시점에 의료발전회계로 구분경리한 점 등에 비추어 내·외부적으로 쟁점토지 취득이 병원 건물 및 부속토지를 위하여 지출하는 금액임이 명백히 확인되므로 쟁점토지 취득금액은 고유목적사업준비금의 지출 또는 사용한 금액에 해당한다’고 하여 고유목적사업준비금 사용 규정의 입법취지와 문리적·합목적해석 및 선례 등에 반하는 결정을 하였다.

(2) 쟁점상표권 사용료는 행위 또는 계산의 부당성이 없고, 시가에 부합하며, 경제적 합리성을 결한 것이 아니므로 부당행위계산의 부인 규정 적용대상이 아니다.

(가) 처분청은 청구법인이 비영리법인이라 배당을 할 수 없으므로 청구법인의 이사장 OOO그의 남편인 청구법인의 병원장 OOO청구법인의 수익을 배당받아 가기 위한 방안으로 변칙적으로 사용료를 고가로 지급하고 있다는 의견이나,

OOO등의 배당금 대부분은 청구법인의 고유목적사업비에 충당할 기부금으로 지출되었는데 이는 곧, OOO등이 OOO배당을 많이 받아 가기 위해 상표권 사용료를 고가로 지급하였다는 것은 성립될 수 없음을 입증하는 것이다.

(나) 처분청이 쟁점상표권 사용료 시가로 산정한 값(0.2%)은 대기업집단의 상표권 사용료 중위값을 적용한 것으로, 이는 기업의 규모.업종.특성 등 제반사정을 전혀 반영하고 있지 않아 시가 적용기준인 상거래관행과 특수관계가 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격이 아니므로 시가로 볼 수 없다.

조사청은 쟁점상표권 사용료가 시가에 부합하지 아니함을 구체적으로 입증하지 아니한 채 단순히 대기업집단 간에 적용된 상표권 사용료의 중위값(매출액*0.2%)을 시가로 단정하였는바, 이는 과세관청에 거래가격이 시가와 부합하지 아니함을 입증하도록 하는 의무를 부여한 부당행위계산 부인 과세의 절차상에도 위배되고, 조사청이 시가로 본 중위값 또한 「법인세법」상 특수관계자간 거래에 적용된 것이어서 시가의 정의에 부합하지 않으며, 기업의 규모?업종?특성에 대한 고려 없이 제조업 중심의 대기업집단에 적용되는 상표권 사용요율(0.2%)을 서비스업을 영위하는 중소기업인 청구법인에게 적용한 것이어서 부당하다.

(다) OOO비특수관계자인 OOO에게도 청구법인과 동일한 기준으로 사용료를 수취하고 있고, 규모.업종.특성이 유사한 OOO이 적용하고 있는 상표권 사용요율도 0.5%～1.5%이며, 의료업계 통상적 상표권 사용요율이 0.5～3%로 알려져 있는바, 쟁점상표권 사용료는 시가에 부합한다.

(라) 또한 쟁점상표권 거래로 인해 오히려 법인세, 부가가치세, 배당소득세가 증가하였으므로 조세의 부당한 감소가 없었다.

(3) 쟁점광고선전비 및 쟁점임차료를 청구법인이 부담하는 것은 경제적 합리성에 위배되지 않고, 청구법인이 부담할 손금에 해당한다.

(가) 옥외광고탑을 이용한 광고선전을 통해 발생하는 환자유입으로 인한 매출증가의 경제적 이익은 대부분 해당 병원에만 귀속되는 것이므로 청구법인이 쟁점광고선전비 및 쟁점임차료를 부담한 것은 경제적 합리성에 위배되지 않는다.

(나) 옥외광고탑을 이용한 광고선전은 청구법인이 자신의 매출증대를 위해 한 행위이지 쟁점상표권의 가치를 증가시키기 위함이 아니다.

(다) 또한, 쟁점광고선전비 및 쟁점임차료의 지급으로 인해 오히려 법인세, 부가가치세, 배당소득세의 증가하였으므로 조세의 부당한 감소가 없었다.

(4) 쟁점영업권 평가를 착오로 잘못 산정하고 거래하였을지라도 당사자가 거래를 취소하는 등으로 동 거래를 부인하지 아니한 이상 사인간의 거래를 과세관청이 이를 부인하는 즉, 계약내용대로 이행되지 않았다고 하여 자산 취득가액을 부인하는 것은 부당하다.

(가) 「법인세법」제41조 제1항 제1호에서 타인으로부터 매입한 자산의 취득가액은 매입가액에 부대비용을 더한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 일반기업회계기준상으로도 「법인세법」과 동일하게 취급하고 있다.

(나) 그러하다면 쟁점영업권의 경우 특수관계가 없는 자간에 거래된 것이므로 부당행위계산 부인대상에도 해당하지 않아 세법상으로나 회계기준상으로 당연히 취득가액은 실제로 대금을 지급한 가액인 매입가액으로 함이 타당하다.

(다) 설령, 쟁점영업권 평가액보다 그 매입가액이 높아 차액에 대하여 양도자에게 증여세를 과세할 수 있음은 별론으로 하더라도 쟁점영업권의 취득가액은 실제 대금을 지급한 매입가액이 되는 것이므로 상증세법에 따라 평가한 가액보다 그 취득가액이 높다하여 그 차액에 해당하는 쟁점영업권의 가액을 부인하여 과세처분한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점토지 취득금액은 병원 건물 및 부속토지를 취득하기 위해 지출한 금액으로 고유목적사업준비금 사용에 해당된다.

(가) 「법인세법 시행령」제56조 제6항 제3호에서는 ‘의료기기 등 기획재정부령으로 정하는 고정자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액’을 고유목적사업준비금의 사용으로 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제29조의2 제1항에서는 ‘병원 건물 및 부속토지’를 고정자산의 하나로 정하고 있다.

1) 청구법인은 고유목적사업준비금 사용에 대한 세법 규정이 ‘의료법인이 즉각적인 보건업에 사용할 수 있는 상태의 고정자산에 대한 지출을 의미’한다고 주장하면서 국세청 유권해석(서면2016-법령해석 법인-3048)을 들고 있으나, 질의내용은 ‘주차장용 건물을 신축할 경우 동 신축비용을 고유목적사업에 지출한 것으로 볼 수 있는지’로서 병원건물이 아닌 주차장용 건물을 목적으로 한 토지취득은 당연히 「법인세법 시행규칙」제29조의2 제1항에 따른 고정자산이 아니므로 청구주장의 근거가 될 수 없다.

2) 의료법인이 손금계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 인정받기 위해서는 손금으로 계상한 고유목적사업준비금 상당액을 의료발전회계로 구분 경리하여야 하는 바(「법인세법 시행령」제56조 제6항 및 제10항), 청구법인의 경우 내·외부적으로 쟁점토지 취득이 “병원 건물 및 부속토지를 취득하기 위하여 지출하는 금액”임이 명백히 확인되고, 고유목적사업준비금을 사용한 것으로 회계처리 및 의료발전회계로 구분경리하였으므로 고유목적사업에 지출한 것으로 봄이 타당하다.

(나) 고유목적사업준비금의 사용실적 소급수정은 불가하며, 해당 준비금의 일부 또는 전부를 환입하여 익금으로 계상하여야 한다.

1) 대법원은 “고유목적사업준비금의 사용의무를 위반한 경우에 해당한다고 판단되는 경우 고유목적사업준비금 지출 5년의 기한까지 기다릴 필요 없이 곧바로 해당 사업연도 익금에 산입할 수 있다”라고(대법원 2016두36154, 2016.7.7.)판단하였고, “법인이 이를 고유목적사업준비금으로 계상하여 5년 이내에 고유목적사업에 사용할 것임을 약속하는 경우 이를 손금에 산입시킬 수 있도록 하여 그에 관한 법인세를 면제하되, 법인세를 면제받은 고유목적사업준비금에 관하여 고유목적사업에 사용하겠다는 당초 약속을 지키지 아니하는 경우, 그에 관한 법인세 면제를 철회하고 다시 그에 관하여 법인세를 부과”하는 것으로 판단(대법원 2015두60198, 2016.4.12.)하여 비영리법인의 고유목적사업준비금 사용목적이 변경된 경우 ‘고유목적사업준비금 사용실적 수정’이 아닌 환입으로 판단하고 있다.

2) 또한, “법인 자신의 의사에 의하여 결정되는 것들은 법인의 회계처리를 통한 결산 반영에 의하여 최종적으로 확정”되는 것으로 “해당 사업연도 종료에 따른 회계처리 결산과 이에 근거한 과세표준 신고가 이루어진 이후에 회계처리 내용의 사후적 변경을 통하여 의료기기 등 고정자산의 취득을 위한 고유목적사업준비금 사용 여부에 관한 의료법인의 의사 결정 내용이 달라지게 될 수는 없다”고 판단(인천지방법원 2017구합50533, 2017.8.18., 대법원 2018두51409, 2018.11.8.)하여, 법인의 의사결정에 따라 고유목적사업준비금 사용으로 적법하게 회계처리한 경우 사후 의사결정 변경으로 고유목적사업에 사용하지 않았다고 하여 사후적으로 환원(무효)할 수는 없다는 취지로 판단된다.

(다) 청구법인은 2018년 3월 쟁점토지에 대해 ‘병원 건물 및 부속토지’가 아니라는 취지로 고유목적사업준비금 사용실적에서 제외하는 수정신고한데 반하여, 2018년 말까지도 나대지 상태인 논현토지는 고유목적사업준비금 사용으로 신고하였다(2017사업연도).

병원건물 신축목적으로 토지만 취득한 상태에서 계속적으로 고유목적사업준비금 사용으로 회계처리해 온 청구법인이 쟁점토지만 ‘병원건물 및 부속토지’가 아니어서 고유목적사업준비금 사용이 아니라는 주장은 쟁점토지 처분으로 인한 세부담(환입)을 회피하기 위한 것으로 판단된다.

(2) 쟁점상표권 사용료 관련

(가) 청구법인은 다양한 중소기업 및 지방자치단체 등이 매출액의 1～3%를 상표사용료로 수취한다고 주장하고 있으나, 타 용역 포함 여부 및 광고선전비 지출규모에 따라 달리 판단되어야 한다.

1) 통상 프랜차이즈 등은 상표 사용 뿐 아니라 일정한 품질기준에 따라 상품 또는 용역을 판매하도록 하고, 이에 따른 경영 및 영업활동 지원, 교육 등의 타 용역제공을 포함하고 있다.

2) 또한, 통상 프랜차이즈 가맹점주는 로얄티를 지급하는 대신 고액의 광고선전비 부담 없이 사업을 하는 것에 반해 청구법인은 상표사용료 외 연간 매출액 대비 4～6%의 광고선전비를 지출하고 있다.

＜표5＞ 상표권 사용료 검토

(나) 쟁점상표 사용료 지급은 청구법인의 기여도 및 사용료 관행 등을 고려해볼 때, 경제적 합리성이 없는 부당한 거래로 판단된다.

1) OOO2010년 OOO으로부터 상표권을 매입하였으나, 비의료법인으로 쟁점상표와 사업의 영역을 달리하고 있어 쟁점상표를 영업에 이용한 사실이 없고, 상표 브랜드 가치를 위한 광고선전비를 전혀 부담하지 않는 등 쟁점상표 가치 상승에 기여한 바가 없다.

2) 전국적인 지점을 가진 OOO등은 상표권 사용료 수수가 없고, 공정거래위원회가 보도한 대기업집단의 상표 사용료가 매출액의 0.2%로 수수되는 사례를 볼 때, 2007년 설립 이후 현재까지 지점확대를 통해 쟁점상표를 계속하여 사용하였고, 매년 OOO 정도의 광고선전비를 부담하면서 쟁점상표 경제적 가치의 대부분을 형성하였음에도 OOO매출액 대비 1.38%를 상표 사용료로 지급한 것은 과도한 지급으로 판단된다.

3) 통상 상표권 사용요율 산정시 전년도 수입금액에서 광고선전비를 차감하고 있으나, 청구법인은 지출한 광고선전비를 고려하지 않고 사용료를 지급하고 있다.

※공정거래위원회 2018.3.29. 보도자료 「공시 대상 기업집단, 올해부터 매년 5월 상표권 사용료 수취 내역 공개해야」공시내용

상표권 사용료 = (매출액-광고선전비)×0.**%

4) 청구법인은 상표권 사용료를 수취한 OOO부가가치세 및 법인세, 주주의 배당소득세가 납부되었으므로 조세의 부당한 감소가 없었다고 주장하나, 이는 법을 오인한 것으로 부당행위계산부인의 판단은 ‘과세처분을 받은 당사자(청구법인)’를 기준으로 판단해야 하고, 별개의 법인격인 거래상대방OOO또는 그 주주의 조세부담 감소 여부 등은 고려 대상이 아니다.

5) 청구법인은 의료재단으로서 배당이 불가능한 청구법인의 소득을 쟁점상표권 사용료 형식으로 특수관계법인에게 유출한 것으로 청구법인에 대한 조세의 부담이 부당하게 감소된 경우에 해당된다.

(다) 청구법인이 시가라 주장하는 OOO상표권 사용료’는 실질적으로는 서로 대립된 이해관계가 형성되지 않은 상태에서 이루어진 내부인 사이의 거래로 불특정 다수인 사이의 자유로운 거래를 통한 객관적 시장가치가 반영된 것으로 볼 수 없으므로 OOO간의 거래를 쟁점상표 사용료 시가로 인정할 수 없다.

(라) 쟁점상표권 사용요율 0.2%를 시가로 보는 것이 합리적이다.

1) 청구법인은 조사청이 주장하는 상표권 사용료 산정방법은 기업의 규모·업종·특성을 반영하고 있지 않아 부당하다고 주장하나, 주요 기업집단의 상표 사용자는 제조업뿐만 아니라 서비스업 등도 포함되어 업종 및 매출규모를 불문하고 이들 대기업집단 상표사용료는 독점사업권 등과 같은 타 계약 또는 용역의 제공 없이 단순 상표사용료에 대한 대가라는 공통점이 있으며, 상표사용료 지급에 관해 공정거래위원회에 공시하도록 하여 그에 관한 관행 또한 확립된 것으로 보인다.

2) 업종별 상표사용료, 즉 이 건처럼 의료업종에 국한된 상표사용료 지급 관행이나 그 시가를 찾을 수 없고, 청구법인이 주장하는 OOO사용요율은 재무관리, 노무관리, 인력관리 등 타 용역이 포함되어 있는지 불분명하며, 포함되어 있다면 그 부분을 제외하여야 하는데 이를 제시하지 못하고 있어 OOO수치는 합리적 기준으로 삼기 어렵다.

3) 신고소득율이 1%도 안되는 청구법인이 연간 OOO광고선전비를 지출하면서도 OOO상표사용료로 신고소득율을 초과하여 지급하는 것은 쟁점상표권 사용요율의 부당성을 반증하는 것이다.

4) 앞서 살펴본 바와 같이 국내주요기업 상표사용요율인 0.2%는 서비스업을 포함하고 있고, 타 용역 제공 없는 순수 상표 사용요율에 관한 수치로서 대표성과 일반성이 있는 시가로 볼 수 있으며, 상표사용료 지급여부 및 그 요율에 관한 관행이 확립되어 있어 합목적성이 있다고 판단되므로 0.2%를 쟁점상표 사용료로 적용함이 합리적이다.

(마) 「법인세법 시행령」제89조 제4항에서 시가가 불분명한 경우로서 감정가액 등을 적용할 수 없는 경우에는 ‘당해 자산시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액’으로 시가를 규정하고 있는바, 사용요율 0.2%를 시가로 인정할 수 없다고 판단되는 경우 이에 따라 시가를 계산하여야 한다.

(3) 옥외광고비 지급액의 상표권 사용료 포함 여부

(가) 통상 ‘상표권 사용료’란 브랜드 관리비용으로서 브랜드 가치를 높이기 위하여 마케팅 및 인력관리 비용으로 소요되는 비용을 말하고 있으나 OOO광고선전비 등을 부담한 사실이 전혀 없고, 오히려 옥외광고탑을 설치하여 청구법인으로부터 그 임대료를 받고 있으므로 OOO수취한 연간 임대료 OOO임차료 지급액OOO대비 평균 360%의 수익률에 해당한다.

이는 건전한 사회통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되는 경제인의 입장에서 볼 때 다른 광고업체에 광고대행을 위탁하거나 과다한 임차료의 감액을 요청하는 것이 상식적인 경제인의 판단일 것이므로 이는 부자연스럽고 불합리한 행위계산으로서 경제적 합리성이 결여된 비정상적인 거래로 봄이 타당하다.

(나) 청구법인은 옥외광고탑으로 하여 효익을 보는 것은 청구법인이므로 소요된 광고선전비를 청구법인이 부담하는 것이 당연하다고 주장하나, 상표권 사용료를 그 사업목적으로 하는 OOO옥외광고탑으로 하여 효익을 보고 있음에도 오히려 비용부담 없이 임대료 형태로 수익을 창출하고 있어 부당하다.

(다) 따라서 쟁점상표를 표시한 옥외광고탑은 상표 사용료를 사업목적으로 하는 OOO수행해야 할 광고선전 활동의 일환이나, 오히려 OOO옥외광고탑을 통해 청구법인으로부터 임대료를 수취하고 있으므로 옥외광고탑 임차료는 청구법인이 상표권 사용료를 추가 지급한 것에 해당되고 상표 사용 계약금액을 초과한 것으로 보아 손금불산입한 당초 처분 정당하다.

(4) 쟁점영업권 평가시 의료기기 시가 반영의 적정 여부

세법에서는 특수관계인 외의 자에게 자산을 정상가액보다 높은 가액으로 매입하였더라도 정당한 사유가 있는 경우 기부금 의제규정을 적용 제외하도록 하고 있으나, 청구법인은 OOO양수도시 장부가액이 OOO인 의료장비를 OOO평가증하여 매입하면서 영업권 평가시 순자산가액에 반영하지 않은 것으로, 이는 영업권을 고가매입한 불가피하거나 정당한 사유로 볼 수 없다.

따라서 의료장비 시가를 반영하여 순자산가액을 계산한 영업권 매입가액과 정상가액과의 차액에 대해 자산을 감액하고 관련 상각비를 손금불산입한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 고유목적사업준비금으로 취득한 쟁점토지를 처분한 경우와 관련하여 그 처분시점에 고유목적사업준비금을 환입하여 익금산입한 처분의 당부

② 청구법인이 OOO지급한 상표권 사용료를 과다지급한 것으로 보아 부당행위계산부인하여 과세한 처분의 당부

③ 광고 또는 임대차계약에 따라 지급한 쟁점광고선전비 및 쟁점임차료가 OOO상표가치를 증가시키는 브랜드 광고비로서 상표권 사용료에 해당하는지 여부

④ 양수도계약을 체결하면서 착오로 영업권을 실제보다 고가로 평가하여 지급하였을 경우, 영업권의 취득가액을 재계산하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 법인세법

제29조[고유목적사업준비금의 손금산입] ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액(제4호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호부터 제3호까지의 소득금액을 합한 금액에서 그 결손금을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다.

④ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.

4. 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다)

제41조 [자산의 취득가액] ① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다)은 매입가액에 부대비용을 더한 금액

제52조[부당행위계산의 부인] ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

(2) 법인세법 시행령

제35조[기부금의 범위] 법 제24조 제1항의 규정에 의한 기부금은 제36조의 규정에 의한 지정기부금과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

2. 법인이 제87조에 따른 특수관계인 외의 자에게 정당한 사유없이 자산을 정상가액보다 낮은 가액으로 양도하거나 정상가액보다 높은 가액으로 매입함으로써 그 차액 중 실질적으로 증여한 것으로 인정되는 금액. 이 경우 정상가액은 시가에 시가의 100분의 30을 가산하거나 100분의 30을 차감한 범위안의 가액으로 한다.

제56조[고유목적사업준비금의 손금산입] ⑥ 법 제29조 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다.

3. 의료법인이 지출하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액

가. 의료기기 등 기획재정부령으로 정하는 고정자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액

⑨ 법 제29조 제1항의 규정을 적용받고자 하는 비영리내국법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고와 함께 기획재정부령이 정하는 고유목적사업준비금조정명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

⑩ 제6항 제3호의 규정을 적용받고자 하는 의료법인은 손금으로 계상한 고유목적사업준비금상당액을 기획재정부령이 정하는 의료발전회계로 구분하여 경리하여야 한다.

제59조[무체재산권의 평가] ② 영업권의 평가는 다음 산식에 의하여 계산한 초과이익금액을 평가기준일 이후의 영업권지속연수(원칙적으로 5년으로 한다)를 감안하여 기획재정부령이 정하는 방법에 의하여 환산한 가액에 의한다.

제72조[자산의 취득가액 등] ② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산 : 매입가액에 취득세, 등록면허세, 그 밖의 부대비용을 가산한 금액[법인이 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 호에서 "건물등"이라 한다)을 함께 취득하여 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우 법 제52조 제2항에 따른 시가에 비례하여 안분계산한다]

제88조[부당행위계산의 유형 등] ① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자 받았거나 그 자산을 과대 상각한 경우

2. 무수익 자산을 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우

3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우. 다만, 제20조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권 등의 행사 또는 지급에 따라 주식을 양도하는 경우는 제외한다.

3의2. 특수관계인인 법인 간 합병(분할합병을 포함한다)·분할에 있어서 불공정한 비율로 합병·분할하여 합병·분할에 따른 양도손익을 감소시킨 경우. 다만, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제165조의4에 따라 합병(분할합병을 포함한다)·분할하는 경우는 제외한다.

4. 불량자산을 차환하거나 불량채권을 양수한 경우

5. 출연금을 대신 부담한 경우

6. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

가. 제20조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권 등의 행사 또는 지급에 따라 금전을 제공하는 경우

나. 주주 등이나 출연자가 아닌 임원(소액주주 등인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 사택(기획재정부령으로 정하는 임차사택을 포함한다)을 제공하는 경우

제89조[시가의 범위 등] ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1. 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등을 제외한다.

2. 「상속세 및 증여세법」 제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제64조까지의 규정 및 「조세특례제한법」 제101조를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조 제1항 제1호 다목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며, 「상속세 및 증여세법」 제63조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항·제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식 등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다.

(3) 법인세법 시행규칙

제29조의2[의료기기 등의 범위] ① 영 제56조 제6항 제3호 가목에서 “의료기기 등 기획재정부령으로 정하는 고정자산”이란 다음 각 호의 자산을 말한다.

1. 병원 건물 및 부속토지

2.「의료기기법」에 따른 의료기기

3.「보건의료기본법」에 따른 보건의료정보의 관리를 위한 정보시스템 설비

④ 영 제56조 제10항에서 “기획재정부령이 정하는 의료발전회계”라 함은 고유목적사업준비금의 적립 및 지출에 관하여 다른 회계와 구분하여 독립적으로 경리하는 회계를 말한다.

※법인세법 기본통칙 29-56…6[의료발전회계의 처리방법] ① 의료법인이 의료기기 등 규칙 제29조의2에서 규정하는 고정자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액은 당해 법인의 선택에 따라 고유목적사업준비금을 사용한 것으로 경리할 수 있다.

② 제1항의 규정에 따라 지출하는 금액은 영 제56조 제9항의 규정에 따라 의료발전회계로 구분경리하여야 하며, 이에 대한 세무상 처리방법은 아래와 같다.

(4) 상속세 및 증여세법 시행령

제59조[무체재산권의 평가] ② 영업권의 평가는 다음 산식에 의하여 계산한 초과이익금액을 평가기준일 이후의 영업권지속연수(원칙적으로 5년으로 한다)를 감안하여 기획재정부령이 정하는 방법에 의하여 환산한 가액에 의한다. 다만, 매입한 무체재산권으로서 그 성질상 영업권에 포함시켜 평가되는 무체재산권의 경우에는 이를 별도로 평가하지 아니하되, 당해 무체재산권의 평가액이 환산한 가액보다 큰 경우에는 당해 가액을 영업권의 평가액으로 한다.

(5) 상표법

제2조[정의] ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "상표"란 상품을 생산ㆍ가공 또는 판매하는 것을 업으로 영위하는 자가 자기의 업무에 관련된 상품을 타인의 상품과 식별되도록 하기 위하여 사용하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것(이하"표장"이라 한다)을 말한다.

2. "서비스표"라 함은 서비스업을 영위하는 자가 자기의 서비스업을 타인의 서비스업과 식별되도록 하기 위하여 사용하는 표장을 말한다.

제3조[상표등록을 받을 수 있는 자] ① 국내에서 상표를 사용하는 자 또는 사용하려는 자는 자기의 상표를 등록받을 수 있다. 다만, 특허청 직원과 특허심판원 직원은 상속 또는 유증(遺贈)의 경우를 제외하고는 재직 중에 상표를 등록받을 수 없다.

제23조[상표등록거절결정 및 거절이유통지] ① 심사관은 상표등록출원이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 상표등록출원에 대하여 상표등록거절결정을 하여야 한다.

제50조[상표권의 효력] 상표권자는 지정상품에 관하여 그 등록상표를 사용할 권리를 독점한다. 다만, 그 상표권에 관하여 전용사용권을 설정한 때에는 제55조 제3항의 규정에 의하여 전용사용권자가 등록상표를 사용할 권리를 독점하는 범위 안에서는 그러하지 아니하다.

제57조[통상사용권] ① 상표권자는 그 상표권에 관하여 타인에게 통상사용권을 설정할 수 있다.

② 제1항의 규정에 의한 통상사용권의 설정을 받은 통상사용권자는 그 설정행위로 정한 범위 안에서 지정상품에 관하여 등록상표를 사용할 권리를 가진다.

③ 통상사용권은 상속 기타 일반승계의 경우를 제외하고는 상표권자(전용사용권에 관한 통상사용권에 있어서는 상표권자 및 전용사용권자)의 동의를 얻지 아니하면 이를 이전할 수 없다.

④ 통상사용권은 상표권자(전용사용권에 관한 통상사용권에 있어서는 상표권자 및 전용사용권자)의 동의를 얻지 아니하면 그 통상사용권을 목적으로 하는 질권을 설정할 수 없다.

⑤ 제54조 제5항·제55조 제2항 및 제4항의 규정은 통상사용권에 관하여 이를 준용한다.

제71조[상표등록의 무효심판] ① 이해관계인 또는 심사관은 상표등록 또는 지정상품의 추가등록이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 무효심판을 청구할 수 있다. 이 경우 등록상표의 지정상품이 2 이상 있는 경우에는 지정상품마다 청구할 수 있다.

1. 상표등록 또는 지정상품의 추가등록이 제3조, 제5조의24, 제6조부터 제8조까지, 제12조 제2항 후단, 제5항 및 제7항부터 제10항까지, 제23조 제1항 제4호부터 제8호까지의 규정에 위반된 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점1(고유목적사업 준비금) 관련

(가) 청구법인은 2011.1.28. 이사회 회의를 열어 OOO분원 신축을 위한 사업계획을 의결하였고, 회의록에 따르면 OOO소재지(자동차 전시장 건물)에 대지면적 1,927.6㎡, 건물연면적 9,800㎡, 지하 3층∼지상 9층, 30병실 180병상 규모의 병원으로서 2012년 12월 개원예정으로 확인되며, 투자비용은 건축비 및 설계비 OOO포함하여 OOO예상하고 부족금액 OOO부동산 담보대출을 받을 것으로 기록되어 있다.

(나) 청구법인은 2011.7.1. 인천광역시로부터 분원설립 승인을 받았고, 2014.10.27. OOO분원설치에 관한 정관변경 허가를 받은 것으로 확인된다.

＜표6＞ 쟁점토지 관련 정관변경 내역

(다) 2012.2.3. 및 2013.2.14. 이사회에서 사업계획 및 예산사용 안건으로 OOO부지 잔금지불 건을 의결한 바, 쟁점토지를 2011.5.6. 계약하여 2011.8.5. 중도금 지불, 2011.11.4. 잔금을 지불할 예정이었으나, 매도인 측에서 세입자를 명도하지 못한 상태로 잔금지불 일자가 몇 개월 지연될 예정으로 되어 있다.

＜표7＞ 쟁점토지 매매계약 변경내역

(단위 : 백만원)

(라) 2013.12.3. 이사회에서 쟁점토지를 기본재산에 편입하기로 의결하고 2013.12.11. 인천광역시로부터 승인받아 처분 전까지 쟁점토지는 청구법인의 기본재산으로 등재되어 있었다.

(마) 2014.5.31. 청구법인은 OOO신축공사를 위한 측량 및 지반조사’ 명목으로 전자세금계산서를 수취하였다.

(바) 청구법인은 2014년 당시 진료수입이 급감한데다가 원주지청 검찰조사 및 소송 중에 있어 OOO분원 신축공사시 자금압박을 우려하여 2014.8.27. 이사회 결의를 통해 분원 설치 사업계획을 취소하였고, 쟁점토지를 2016.9.12. 매도계약 하여 2017.2.28. 처분한 것으로 확인된다.

(사) 청구법인은 쟁점토지의 계약금·중도금을 지급한 시점인 2011년 및 잔금 지급시인 2013년, 취득세를 추가 납부한 2014년의 각사업연도 법인세 신고시 쟁점토지 취득금액 OOO대해 「법인세법 시행령」제56조에 따라 의료발전회계로 구분경리하고, 고유목적사업준비금 조정명세서를 제출하였다.

＜표8＞ 2011사업연도 법인세 신고시(고유목적사업준비금 OOO)

＜표9＞ 2013사업연도 법인세 신고시(고유목적사업준비금 OOO)

＜표10＞ 2014사업연도 법인세 신고시(고유목적사업준비금 OOO)

(아) 청구법인의 고유목적사업준비금 전입 및 사용내역은 ＜표11＞과 같다.

＜표11＞ 청구법인의 2010～2017년 의료발전회계 구분경리 내역

(단위 : 백만원)

(자) 청구법인은 쟁점토지를 처분한 이후인 2018.3.28. 2016사업연도 법인세 과세표준을 수정신고 하였고, 쟁점토지 관련 고유목적사업준비금을 처음부터 사용하지 않은 것으로 하여 2011년까지 손금산입된 고유목적사업준비금으로서 5년 내에 사용하지 못한 OOO을 환입한 것으로 확인된다.

(차) 창원토지는 OOO신축을 위해 2010년 취득하여 2013년 병원을 신축(2012.7.24. 착공)하였고, 논현토지는 2017년 OOO이전을 위해 취득 후 현재까지 나대지 상태로 확인된다.

(2) 쟁점2(쟁점상표권 사용료) 관련

(가) OOO에서 근무하다가 2002년 OOO을 개원하였고, 이때 OOO상표를 출원하여 2010년 OOO에게 매각OOO하였으며, OOO쟁점상표 외 6개의 OOO상표권를 보유하고 있고 OOO(배우자, 현 이사장)이 주식 100%를 소유하고 있다.

(나) OOO2008년 개업하여 청구법인을 비롯한 3개의 OOO에게 상표권 사용료, 홍보대행용역 및 의료기기를 판매하였고, 아래 ＜표12＞와 같이 현재까지 OOO에게 OOO을 배당하였으며, OOO등이 청구법인에 기부한 금액은 OOO이다.

＜표12＞ OOO배당금 및 OOO등의 기부금

(단위 : 백만원)

(다) OOO청구법인의 5개 병원(본점1, 지점4)과 3개의 OOO개인사업자와 쟁점상표권 사용계약을 하고 있으며, 쟁점상표권 사용자와의 특수관계자 여부는 아래 ＜표13＞과 같다.

＜표13＞ OOO쟁점상표권 사용자의 특수관계자 여부

(라) OOO아래 ＜표14＞와 같이 상표권을 사용하는 병원의 전년도 매출규모에 따라 정액으로 상표권사용료를 산정하고 있다.

＜표14＞ 쟁점상표권 사용료 산정기준

＜표15＞ OOO상표권 사용 계약서

* OOO변경전 상호

(마) 청구법인이 지급한 “연도별 수입금액 대비 쟁점상표권 사용료 비율”은 아래 ＜표16＞과 같이 1.11%～1.98%로 확인되고, 척추관절병원의 증가로 병원들의 수익성이 악화되기 시작하자, 상표권이용 병원들이 사용료인하 요청을 하였으며, 아래 ＜표17＞과 같이 가격협의를 통해 매출액 대비 약 1% 수준까지 인하조정하였고, 현재는 병원의 매출규모에 따라 ＜표14＞와 같이 정액으로 사용료를 수수하고 있다.

＜표16＞ 연도별 상표권 사용료 지급내역

(단위 : 백만원)

＜표17＞ 상표권 사용료 조정요청 및 협의사항

(바) 청구법인은 설립 이후 OOO사업을 양수하거나 지점병원을 신규 개업하는 방식으로 현재 5개의 병원을 운영하고 있다.

＜표18＞ 병원현황

(사) 청구법인과 OOO신고수입금액과 신고소득율은 아래＜표19＞와 같다.

＜표19＞ 수입금액 및 신고소득율 (단위 : 백만원)

(아) 공정거래위원회는 2014.1.1.～2016.12.31. 3년간 상표권 사용거래가 있는 20개 대기업집단 소속 회사를 대상으로 상표권 사용료 지급 및 수취 현황 등의 실태를 점검하고, 2018.1.30. 아래 ＜표20＞과 같이 “2016년 기업집단별 상표권 사용료 수입현황”을 발표하였다.

＜표20＞ 2016년 상표권 사용료 산정기준 및 상표권 사용료

(단위 : 백만원)

(자) 보건복지부로부터 관절·척추 전문병원 지정을 받은 네트워크 병원의 상표권 등록과 사용료 수취여부는 아래 ＜표21＞과 같다.

＜표21＞ 관절?척추 전문병원 및 기타 병원의 상표권 사용료 수취 현황

(3) 쟁점3(광고선전비 지급액의 상표권 사용료 포함 여부) 관련

(가)청구법인과 OOO광고선전비 계상액을 보면, 아래 ＜표22＞와 같이 청구법인은 매년 OOO정도의 광고선전비를, OOO광고선전비 지출액이 없는 것으로 나타난다.

＜표22＞ 광고선전비 부담내역

(단위 : 백만원)

(나)OOO경인고속도로변에 위치한 OOO건물옥상을 임차하여 OOO옥외광고탑(이하 “쟁점옥외광고탑①”이라 한다)을 설치하여 매년 OOO임차료를 지급하는 한편, 수도권지역의 OOO6개 병원과 광고대행계약을 체결하여 옥외광고탑 임대료 명목으로 ＜표23＞과 같이 연간 OOO을 수취하고 있다.

＜표23＞ OOO쟁점옥외광고탑① 관련 임대료수입과 임차료

(단위 : 백만원)

[그림1] 쟁점옥외광고탑①(경인고속도로변 옥외광고탑)

(다) OOO소유 건물은 대로가 교차하는 오거리에 위치하고 있어 시인성이 뛰어나 옥상에 OOO옥외광고탑(이하 “쟁점옥외광고탑②”이라 한다)을 설치하고, 청구법인으로부터 아래 ＜표24＞와 같이 임대료를 수취하고 있다.

＜표24＞ OOO쟁점옥외광고탑② 관련 임대료수입

(단위 : 백만원)

(4) 쟁점4(영업권 평가시 의료기기 시가 반영의 적정 여부) 관련

(가) 청구법인이 OOO체결한 쟁점영업권 양수도계약서에 의하면 "양수도 대상병원의 경우 개인사업자로서 영업권 가액을 시가로 산출하기 어려워 상증세법상 보충적 평가방법에 준하여 평가한 OOO영업권으로 산정한다"라고 하여 거래 당시 상증세법에 따라 평가하였으나, 평가과정에 착오가 있음을 발견하지 못하고 당시 산정된 평가액대로 영업권을 양수도하였다.

(나) OOO2002년～2010년까지 OOO에서 근무하다가 2010년 OOO으로부터 OOO양수한 자로 청구법인의 이사를 역임하였으며 OOO폐업 후 청구법인의 지점병원장으로 근무하고 있다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 「법인세법」제29조 제1항, 같은 법 시행령 제56조 제6항 제3호, 제9항 및 제10항에서는 의료업을 영위하는 의료법인의 경우 의료산업의 발전을 위해 수익사업에 사용되는 고정자산의 경우에도 고유목적사업에 사용한 것으로 본다고 규정하고 있고, 위 규정은 의료법인에게 예외적으로 부여되는 특별한 혜택을 주는 것이므로 적용범위를 판단함에 있어 이를 엄격하게 해석하여야 하는 것인바, 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 의료법인이 「법인세법 시행규칙」제29조의2 제1항 제1호에 열거된 ‘병원 건물 및 부속토지’를 취득하기 위하여 지출하는 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보는 것이나, 병원 건물 신축(증축)용 토지 및 주차장용 토지를 취득하기 위해 지출하는 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보지 않는 것이고, 병원 건물의 건축공사에 착공하기 위해 병원회계로 당해 토지를 전입하는 때에 비로소 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보는 점, 청구법인은 병원 건물 신축을 위해 쟁점토지를 취득하였으나, 쟁점토지의 건물은 자동차 전시장으로 쓰이던 건물로 이를 병원이라 할 수 없고, 청구법인은 쟁점토지를 취득한 이후 의료시설로 용도변경이나 건축허가를 받지 아니하고 단순히 보유만 한 상태에서 이를 처분한 점, 국세청도 기존에 유권해석을 통해 병원건물 신축(증축)용 토지를 취득하기 위하여 지출하는 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보지 않는다고 하여 단순히 토지의 취득만으로는 고유목적사업에 지출된 것으로 인정하지 않고 있는 점, 쟁점토지의 취득에 사용된 금액을 고유목적사업준비금의 사용(지출)으로 볼 수 없다고 보이는 이상, 청구법인이 한 2018.3.28.자 법인세 수정신고와 동일하게 고유목적사업준비금의 5년내 미사용 잔액을 환입하여 익금산입하는 것이 「법인세법」제29조 제4항 제4호에 규정된 환입방법에 부합하는 점, 2018.2.13. 개정된 「법인세법 시행령」제56조 제6항에서 “의료법인이 유형자산 취득 후 보건업에 3년 이상 자산을 직접 사용하지 아니하고 처분하는 경우에는 유형자산 취득비용을 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보지 아니한다”라고 단서규정이 신설된 점 등에 비추어 고유목적사업준비금의 사용실적과 관련하여 청구법인이 제출한 수정신고에 달리 잘못이 없어 보이므로 처분청이 설정된 고유목적사업준비금별로 5년내 미사용 잔액을 고려하지 아니한 채 쟁점토지를 처분한 2017사업연도에 의료발전준비금 OOO환입으로 익금산입하여 청구법인에게 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이라고 판단된다.

(나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점상표권 사용료의 시가를 대기업집단의 상표권 사용료 중위값을 적용하여 산정한 값이 타당하다는 의견이나, 처분청이 적용한 시가는 개별 기업의 규모?업종?특성 등 제반사정을 전혀 반영하지 못하고 있고, 시가 적용기준인 상거래 관행과 특수관계가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격에도 부합하지 않아 이를 시가로 보기 어려운 점, OOO비특수관계자인 OOO에게도 청구법인과 동일한 기준으로 사용료를 수취하고 있는 점, 청구법인과 업종?규모?특성이 유사한 OOO적용하고 있는 상표권 사용요율이 0.5%～1.5%로, 일부 병원에서는 매출액의 3%로 나타나는 점 등에 비추어 처분청에서 청구법인에게 적용한 쟁점상표권 사용요율(0.2%)은 부당하다고 판단된다.

따라서 처분청은 청구법인과 유사한 업종?규모?특성을 갖는 법인들의 상표권 사용요율을 재조사하여 청구법인에게 적용할 적정한 상표권 사용요율을 재산정하고 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

(다) 다음으로, 쟁점③에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점광고선전비 및 쟁점임차료가 쟁점상표권 사용료에 해당한다는 의견이나, 경인고속도로변의 쟁점옥외광고탑①에는 수도권 소재 6개 병원이, OOO소유 건물의 쟁점옥외광고탑②에는 청구법인만 광고선전비를 부담하고 있고, 쟁점옥외광고탑①·②를 이용한 광고선전은 환자유입으로 인한 매출증가의 경제적 이익을 향유하기 위한 것으로 대부분 청구법인에 귀속된다고 보이므로 청구법인이 쟁점광고선전비 및 쟁점임차료를 부담한 것은 경제적 합리성에 위배되지 않고, 쟁점상표권의 가치를 증가시키기 위한 것으로 보기도 어려우므로 쟁점광고선전비 및 쟁점임차료를 쟁점상표권의 사용료로 보기 어렵다고 판단된다.

다만, 위 거래는 특수관계자간 거래에 해당하므로 쟁점광고선전비 및 쟁점임차료의 적정성 여부에 대해 처분청이 재조사하고, 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

(라) 마지막으로, 쟁점④에 대하여 살피건대, 특수관계인 외의 자에게 자산을 정상가액보다 높은 가액으로 매입하였더라도 정당한 사유가 있는 경우에는 기부금 의제규정을 적용 제외하도록 하고 있으나, 청구법인은 OOO양수할 당시 장부가액이 OOO인 의료장비를 OOO평가증하여 매입하면서 영업권을 상증세법상 평가액으로 양수하기로 하였음에도 쟁점영업권 평가시 순자산가액에 반영하지 않은 것으로, 이는 쟁점영업권을 고가매입한 불가피하거나 정당한 사유로 볼 수 없는바, 처분청이 영업권의 정상가액을 초과한 금액을 비지정기부금으로 보아 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.