서면-2025-소득-2541 (2026.04.06)

1. 사실관계

 ○질의인(신AA)은 질의인의 아버지(신BB) 및 신BB의 아들 및 손자 총 10인과 서울시 강남구 ○○○(이하 “쟁점토지”)를 공유하고 있음

  - 질의인 등 10인은 소득세법상 공유사업자로 쟁점토지를 이용하여 부동산임대업을 영위하고 있음

 ○ 주식회사 △△자산개발은 쟁점토지를 임차하여 사용중이며, 주식회사 △△자산개발의 주주는 신BB, 신CC, 신DD임

  - □□토지개발과 주식회사 △△자산개발의 공동사업자는 소득세법 제41조 및 동법 시행령 제98조 제1항에 의한 특수관계인임

 ○ □□토지개발과 주식회사 △△자산개발의 토지임대차계약서 제5조는 쟁점토지 임대료를 다음과 같이 규정하고 있음

 ○ 질의인이 △△자산개발에 제기한 부당이득반환 청구소송과정에서 재판부에 촉탁에 의해 ’24.6.14.자로 쟁점토지의 질의인 보유 공유지분에 대한 토지임대료에 대한 감정평가서가 생성됨

  - 쟁점토지와 유사한 위치 및 면적의 토지만을 대상으로 한 제3자간의 거래내역 또는 임대료는 존재하지 않는 것으로 파악됨

2. 질의내용

 ○ 특수관계인 간 부동산 임대료 산정 방법

3. 관련법령

 ○ 소득세법 제41조 【부당행위계산】

 ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 배당소득(제17조제1항제8호에 따른 배당소득만 해당한다), 사업소득 또는 기타소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자와 특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다.

 ② 제1항에 따른 특수관계인의 범위와 그 밖에 부당행위계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 ○ 소득세법 시행령 제98조 【부당행위계산의 부인】

  ① 법 제41조 및 제101조에서 "특수관계인"이란 「국세기본법 시행령」제1조의2제1항, 제2항 및 같은 조 제3항제1호에 따른 특수관계인을 말한다.

 ② 법 제41조에서 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로 한다. 다만, 제1호부터 제3호까지 및 제5호(제1호부터 제3호까지에 준하는 행위만 해당한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우만 해당한다.

  1. 특수관계인으로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계인에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 경우

  2. 특수관계인에게 금전이나 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율 등으로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 직계존비속에게 주택을 무상으로 사용하게 하고 직계존비속이 그 주택에 실제 거주하는 경우는 제외한다.

  3. 특수관계인으로부터 금전이나 그 밖의 자산 또는 용역을 높은 이율 등으로 차용하거나 제공받는 경우

  4. 특수관계인으로부터 무수익자산을 매입하여 그 자산에 대한 비용을 부담하는 경우

  5. 그 밖에 특수관계인과의 거래에 따라 해당 과세기간의 총수입금액 또는 필요경비를 계산할 때 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우

 ③ 제2항제1호의 규정에 의한 시가의 산정에 관하여는 「법인세법 시행령」제89조제1항 및 제2항의 규정을 준용한다.

 ④ 제2항제2호 내지 제5호의 규정에 의한 소득금액의 계산에 관하여는 「법인세법 시행령」제89조제3항 내지 제5항의 규정을 준용한다.

 ○ 법인세법 시행령 제89조 【시가의 범위 등】

 ① 법 제52조제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다.

 ② 법 제52조제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

  1. 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등 및 가상자산은 제외한다.

  2. 「상속세 및 증여세법」제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」제63조제1항제1호나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가할 때 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 거래소 최종시세가액으로 하며, 「상속세 및 증여세법」제63조제2항제1호ㆍ제2호 및 같은 법 시행령 제57조제1항ㆍ제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다.

 ③ 제88조제1항제6호 및 제7호에 따른 금전의 대여 또는 차용의 경우에는 제1항 및 제2항에도 불구하고 재정경제부령으로 정하는 가중평균차입이자율(이하 "가중평균차입이자율"이라 한다)을 시가로 한다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 해당 각 호의 구분에 따라 재정경제부령으로 정하는 당좌대출이자율(이하 "당좌대출이자율"이라 한다)을 시가로 한다.

  1. 가중평균차입이자율의 적용이 불가능한 경우로서 재정경제부령으로 정하는 사유가 있는 경우: 해당 대여금 또는 차입금에 한정하여 당좌대출이자율을 시가로 한다.

  1의2. 대여기간이 5년을 초과하는 대여금이 있는 경우 등 재정경제부령으로 정하는 경우: 해당 대여금 또는 차입금에 한정하여 당좌대출이자율을 시가로 한다.

  2. 해당 법인이 법 제60조에 따른 신고와 함께 재정경제부령으로 정하는 바에 따라 당좌대출이자율을 시가로 선택하는 경우: 당좌대출이자율을 시가로 하여 선택한 사업연도와 이후 2개 사업연도는 당좌대출이자율을 시가로 한다.

 ④ 제88조제1항제6호 및 제7호에 따른 자산(금전은 제외한다) 또는 용역을 제공할 때 제1항 및 제2항을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각 호에 따라 계산한 금액을 시가로 한다.

  1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액

  2. 건설 기타 용역을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 용역의 제공에 소요된 금액(직접비 및 간접비를 포함하며, 이하 이 호에서 "원가"라 한다)과 원가에 해당 사업연도 중 특수관계인 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래 또는 특수관계인이 아닌 제3자간의 일반적인 용역제공거래를 할 때의 수익률(기업회계기준에 따라 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈 율을 말한다)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액

4. 관련 사례

 ○ 서면-2017-법인-1784, 2017.09.14.

 아래 회신사례를 참고하시기 바랍니다

 <법인세과-1212, 2010.12.30.>

 특수관계 있는 거주자와 내국법인간에 부동산 임대차 거래를 함에 있어, 임대료의 시가는 임대차 계약체결 시점의「법인세법 시행령」 제89조제1항 및 제2항, 제4항을 순차적으로 적용하여 산출한 가액으로 하여 임대차계약기간이 속하는 사업연도에 계속하여 적용하는 것으로, 귀 질의의 경우 계약에 의하여 수수한 임대료가 시가에 해당하는 지는 인근 부동산의 임대실례, 부동산 위치・이용상황・노후정도 등 당해 부동산의 개별요인 등을 참작하여 사실판단할 사항임

귀 질의의 경우, 서면-2017-법인-1784, 2017.09.14. 참고하시기 바랍니다.
○ 특수관계 있는 거주자와 내국법인간에 부동산 임대차 거래를 함에 있어, 임대료의 시가는 임대차 계약체결 시점의「법인세법 시행령」 제89조제1항 및 제2항, 제4항을 순차적으로 적용하여 산출한 가액으로 하여 임대차계약기간이 속하는 사업연도에 계속하여 적용하는 것으로, 귀 질의의 경우 계약에 의하여 수수한 임대료가 시가에 해당하는 지는 인근 부동산의 임대실례, 부동산 위치・이용상황・노후정도 등 당해 부동산의 개별요인 등을 참작하여 사실판단할 사항임