서면-2023-법규법인-0396 (2023.06.27)

1. 사실관계

○질의법인은 ’**년에 ｢****법｣에 따라 설립된 해양수산부 산하 공공기관이며 영리법인^*임

 ○***********재단(이하 ‘재단법인’)은 ｢*** 특별법(이하 ‘특별법’)｣에 의해 ’**년에 설립된 비영리법인임

 ○’**.**월 특별법의 개정에 따라 질의법인은 재단법인의 모든 권리와 의무를 ’**.*월 포괄승계할 예정임(특별법 부칙§3①)

   -포괄승계하는 재산의 가액은 동법 시행 이전 6개월 이내의 감정평가액으로 하며, 질의법인은 재단법인의 직원을 우선 임용할 수 있음(특별법 부칙§3②, §4)

2. 질의요지

 ○(질의 1)특별법 개정에 따라 ***********재단의 재산 및 모든 권리･의무가 *******공사에 포괄승계되는 경우 ｢법인세법｣ 제78조에 따른 조직변경에 해당하는지 여부

 ○(질의 2)(조직변경에 해당하는 경우)*******공사가 승계받은 자산･부채의 세무상 취득가액 산정방법 및 이월결손금 승계 여부

3. 관련 법령

○ 조세특례제한법 제100조의16【동업기업 및 동업자의 납세의무】

①동업기업에 대해서는 「소득세법」 제2조제1항 및 「법인세법」 제3조제1항에도 불구하고 「소득세법」 제3조 및 「법인세법」 제4조제1항 각 호의 소득에 대한 소득세 또는 법인세를 부과하지 아니한다.

② 동업자는 제100조의18에 따라 배분받은 동업기업의 소득에 대하여 소득세 또는 법인세를 납부할 의무를 진다.

③내국법인이 동업기업과세특례를 적용받는 경우 해당 내국법인(이하 "동업기업 전환법인"이라 한다)은 「법인세법」 제79조제1항의 "해산에 의한 청산소득"의 금액에 준하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 과세표준에 「법인세법」 제55조제1항에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세(이하 "준청산소득에 대한 법인세"라 한다)로 납부할 의무가 있다.

○ 조세특례제한법 제100조의17【동업기업과세특례의 적용 및 포기신청】

① 동업기업과세특례를 적용받으려는 기업은 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장에게 신청을 하여야 한다.

② 동업기업과세특례를 적용받고 있는 동업기업은 대통령령으로 정하는 바에 따라 동업기업과세특례의 적용을 포기할 수 있다. 다만, 동업기업과세특례를 최초로 적용받은 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지는 동업기업과세특례의 적용을 포기할 수 없다.

○ 조세특례제한법 시행령 제100조의16【동업기업과세특례의 적용 및 포기신청】

② 동업기업과세특례를 적용받고 있는 동업기업이 동업기업과세특례의 적용을 포기하려면 동업기업과세특례를 적용받지 아니하려는 최초의 과세연도의 개시일 이전에 동업자 전원의 동의서와 함께 기획재정부령으로 정하는 동업기업과세특례 포기신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

○ 조세특례제한법 제100조의18【동업기업 소득금액 등의 계산 및 배분】

① 동업자군별 배분대상 소득금액 또는 결손금은 각 과세연도의 종료일에 해당 동업자군에 속하는 동업자들에게 동업자 간의 손익배분비율에 따라 배분한다. 다만, 동업기업의 경영에 참여하지 아니하고 출자만 하는 자로서 대통령령으로 정하는 동업자(이하 이 절에서 "수동적동업자"라 한다)에게는 결손금을 배분하지 아니하되, 해당 과세연도의 종료일부터 15년 이내에 끝나는 각 과세연도에 그 수동적동업자에게 소득금액을 배분할 때 배분되지 아니한 결손금을 그 배분대상 소득금액에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제하고 배분한다.

② 제1항에 따라 각 동업자에게 배분되는 결손금은 동업기업의 해당 과세연도의 종료일 현재 해당 동업자의 지분가액을 한도로 한다. 이 경우 지분가액을 초과하는 해당 동업자의 결손금은 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일 이후 15년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 배분한다.

③ 동업자는 동업기업의 과세연도의 종료일이 속하는 과세연도의 소득세 또는 법인세 과세표준을 계산할 때 제1항에 따라 배분받은 소득금액 또는 결손금을 대통령령으로 정하는 구분에 따른 익금 또는 손금으로 보아 계산한다. 다만, 수동적동업자(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조제19항제1호에 따른 기관전용 사모집합투자기구의 수동적동업자 중 우리나라와 조세조약이 체결된 국가에서 설립된 연금ㆍ기금 등으로서 배분받는 소득이 해당 국가에서 과세되지 아니하는 대통령령으로 정하는 수동적동업자는 제외한다)의 경우에는 배분받은 소득금액을 「소득세법」 제17조제1항, 제119조제2호 및 「법인세법」 제93조제2호에 따른 소득으로 본다.

④ 동업기업과 관련된 다음 각 호의 금액은 각 과세연도의 종료일에 동업자 간의 손익배분비율에 따라 동업자에게 배분한다. 다만, 제4호의 금액은 내국법인 및 외국법인인 동업자에게만 배분한다.

 1. 「법인세법」 및 이 법에 따른 세액공제 및 세액감면금액

 2. 동업기업에서 발생한 소득에 대하여 「법인세법」 제73조 및 제73조의2에 따라 원천징수된 세액

 3. 「법인세법」 제75조 및 제75조의2부터 제75조의9까지의 규정에 따른 가산세 및 이 법 제100조의25에 따른 가산세

 4. 「법인세법」 제55조의2에 따른 토지 등 양도소득에 대한 법인세

⑤ 동업자는 동업기업의 과세연도의 종료일이 속하는 과세연도의 소득세 또는 법인세를 신고ㆍ납부할 때 제4항에 따라 배분받은 금액 중 같은 항 제1호 및 제2호의 금액은 해당 동업자의 소득세 또는 법인세에서 공제하고, 같은 항 제3호 및 제4호의 금액은 해당 동업자의 소득세 또는 법인세에 가산한다.

⑥ 손익배분비율의 결정, 동업기업 소득금액 및 결손금 등의 계산 및 배분, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○조세특례제한법 시행령 제100조의18【동업기업 소득금액 및 결손금의 계산 및 배분】

④ 법 제100조의18제2항 후단을 적용할 때 지분가액을 초과하는 해당 동업자의 결손금(이하 이 절에서 "배분한도 초과결손금"이라 한다)은 이월된 각 과세연도에 배분하는 동업기업의 각 과세연도의 결손금이 지분가액에 미달할 때에만 그 미달하는 금액의 범위에서 추가로 배분한다. 이 경우 배분한도 초과결손금에 해당하는 금액은 「소득세법」 제45조 및 「법인세법」 제13조제1항제1호에 따라 이월결손금의 공제를 적용할 때 해당 배분한도 초과결손금이 발생한 동업기업의 과세연도의 종료일에 발생한 것으로 본다

   (중략)

⑦ 법 제100조의18제3항을 적용할 때 동업자가 배분받은 결손금은 동업자군별로 다음 각 호의 구분에 따른다.

 1. 거주자군: 「소득세법」 제19조 및 제94조에 따른 각 소득에 대한 필요경비

 2. 비거주자군: 「소득세법」 제119조제3호부터 제6호까지, 제9호부터 제11호까지에 따른 각 소득에 대한 필요경비(같은 법 제121조제2항 및 제5항에 따른 비거주자에 한정한다)

 3. 내국법인군: 「법인세법」 제19조에 따른 손금

 4. 외국법인군: 「법인세법」 제92조제1항에 따른 손금(같은 법 제97조제1항에 따른 외국법인에 한정한다)

○ 법인세법 제13조 【과세표준】

① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호의 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 제1호의 금액에 대한 공제는 각 사업연도 소득의 100분의 60[「조세특례제한법」 제6조제1항에 따른 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다)과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 100분의 100]을 한도로 한다.

  1. 제14조제3항의 이월결손금 중 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 금액

   가. 각 사업연도의 개시일 전 15년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금일 것

   나. 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나 「국세기본법」 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금일 것

1. ｢조직변경 여부｣에 관하여는 기획재정부 회신(기획재정부 법인세제과-350, 2023.06.22.)을 참조하시기 바람

「여수세계박람회 기념 및 사후활용에 관한 특별법」의 개정에 따라 2012여수세계박람회재단의 모든 권리와 의무를 동 개정법률에 따른 여수광양항만공사가 포괄승계하는 경우 법인세법 제78조에 따른 조직변경에 해당하는 것임 2. 더불어, ｢여수세계박람회 기념 및 사후활용에 관한 특별법｣의 개정으로 인하여 2012여수세계박람회재단(이하 “재단”)이 여수광양항만공사(이하 “공사”)로 조직변경하는 경우 재단의 자산･부채가액과 이월결손금 등은 공사에 그대로 승계되는 것임