서면-2021-법령해석소득-3480 (2021.08.31)

 ○ 질의법인은 벤처기업의 인증을 받기 위한 서류제출 후 심사 중에 있음

2. 질의내용

 ○벤처기업의 임직원이 벤처기업육성에 관한 특별조치법§2①에 따른 벤처기업(이하 ‘벤처기업’)으로부터 부여받은 주식을 행사할 때, 그 주식을 부여한 법인이 벤처기업에 해당하지 않게 된 경우,

-그 주식매수선택권 행사이익에 대하여 조특법상 비과세특례(§16의2), 납부특례(§16의3), 과세특례(§16의4) 규정이 적용되는지

3. 관련법령 및 관련사례

○조세특례제한법 제16조의2【벤처기업 주식매수선택권 행사이익 비과세 특례】

 ① 벤처기업의 임원 또는 종업원(이하 이 조 및 제16조의3에서 "벤처기업 임원 등"이라 한다)이 해당 벤처기업으로부터 2021년 12월 31일 이전에 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권 및 「상법」 제340조의2 또는 제542조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권(코넥스상장기업으로부터 부여받은 경우로 한정한다)을 행사(벤처기업 임원 등으로서 부여받은 주식매수선택권을 퇴직 후 행사하는 경우를 포함한다)함으로써 얻은 이익(주식매수선택권 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액을 말하며, 주식에는 신주인수권을 포함한다. 이하 이 조부터 제16조의4까지 "벤처기업 주식매수선택권 행사이익"이라 한다) 중 연간 3천만원 이내의 금액에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다.

②제1항을 적용하는 경우 특례 신청절차, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○조세특례제한법 시행령 제14조의2【벤처기업 주식매수선택권 행사이익 비과세 특례 신청】

 원천징수의무자는 법 제16조의2제1항을 적용하는 경우 기획재정부령으로 정하는 비과세특례적용명세서를 벤처기업 주식매수선택권 행사일이 속하는 연도의 다음 연도 2월 말일까지 원천징수 관할 세무서장에게 제출해야 한다. 다만, 법 제16조의3에 따른 벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부특례 또는 법 제16조의4에 따른 벤처기업 주식매수선택권 행사이익 과세특례를 적용받기 위하여 제14조의3에 따른 특례적용대상명세서 또는 제14조의4에 따른 특례적용대상명세서를 원천징수 관할 세무서장에게 제출한 경우에는 그렇지 않다.

○조세특례제한법 제16조의3【벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부특례】

 ①벤처기업 임원 등이 2021년 12월 31일 이전에 부여받은 주식매수선택권을 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익(제16조의2에 따라 비과세되는 금액은 제외한다)에 대한 소득세는 다음 각 호에 따라 납부할 수 있다. 다만, 주식매수선택권의 행사가격과 시가와의 차액을 현금으로 교부받는 경우에는 그러하지 아니하다.

  1. 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대하여 벤처기업 임원 등이 원천징수의무자에게 납부특례의 적용을 신청하는 경우 「소득세법」 제127조, 제134조 및 제145조에도 불구하고 소득세를 원천징수하지 아니한다.

  2. 제1호에 따라 원천징수를 하지 아니한 경우 벤처기업 임원 등은 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 과세기간의 종합소득금액에 대한 「소득세법」 제70조 및 제76조에 따른 종합소득과세표준 확정신고 및 확정신고납부 시 벤처기업 주식매수선택권 행사이익을 포함하여 종합소득 과세표준을 신고하되, 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 관련한 소득세액으로서 대통령령으로 정하는 금액의 5분의 4에 해당하는 금액(이하 이 항에서 "분할납부세액"이라 한다)은 제외하고 납부할 수 있다.

  3. 제2호에 따라 소득세를 납부한 경우 벤처기업 임원 등은 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 과세기간의 다음 4개 연도의 「소득세법」 제70조 및 제76조에 따른 종합소득과세표준 확정신고 및 확정신고납부 시 분할납부세액의 4분의 1에 해당하는 금액을 각각 납부하여야 한다.

 ②벤처기업 임원 등이 제1항에 따라 소득세를 납부하는 중 「소득세법」제74조제4항의 사유가 발생한 경우에는 해당 규정을 준용한다.

 ③제1항과 제2항을 적용하는 경우 특례 신청절차, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○조세특례제한법시행령 제14조의3【벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부특례】

 ①법 제16조의3제1항제2호에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 다음 계산식에 따라 계산한 금액을 말한다. 이 경우 해당 과세기간의 종합소득금액과 주식매수선택권 행사이익에 따른 소득금액을 계산할 때 법 제16조의2에 따라 비과세되는 금액은 제외한다.

 ②법 제16조의3제1항에 따라 소득세를 납부하려는 벤처기업의 임원 또는 종업원(이하 이 조에서 "벤처기업 임원 등"이라 한다)은 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 달의 다음 달 5일까지 기획재정부령으로 정하는 특례적용신청서(이하 이 조에서 "특례적용신청서"라 한다)를 원천징수의무자에게 제출하여야 한다.

 ③제2항에 따라 특례적용신청서를 제출받은 원천징수의무자는 기획재정부령으로 정하는 특례적용대상명세서를 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 원천징수 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

 ④제2항에 따라 특례적용신청서를 제출한 벤처기업 임원 등은 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 과세기간의 종합소득금액에 대한 「소득세법」제70조에 따른 종합소득과세표준 확정신고를 할 때 특례적용신청서의 사본을 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

 ⑤제2항부터 제4항까지의 규정에도 불구하고 제2항의 기간 내에 특례적용신청서를 제출하지 아니한 벤처기업 임원 등으로서 법 제16조의3제1항에 따라 소득세를 납부하려는 자는 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 과세기간의 종합소득금액에 대한 「소득세법」제70조에 따른 종합소득과세표준 확정신고를 할 때 특례적용신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

○ 조세특례제한법 제16조의4【벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례】

 ① 벤처기업의 임원 또는 종업원으로서 대통령령으로 정하는 자(이하 이 조에서 "벤처기업 임직원"이라 한다)가 2021년 12월 31일 이전에 해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권으로서 다음 각 호의 요건을 갖춘 주식매수선택권(이하 이 조에서 "적격주식매수선택권"이라 한다)을 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대해서 벤처기업 임직원이 제2항을 적용받을 것을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청한 경우에는 ｢소득세법｣ 제20조 또는 제21조에도 불구하고 주식매수선택권 행사시에 소득세를 과세하지 아니할 수 있다.

  1.｢벤처기업육성에 관한 특별조치법｣ 제16조의3에 따른 주식매수선택권으로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖출 것

  2.해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권의 행사일부터 역산하여 2년이 되는 날이 속하는 과세기간부터 해당 행사일이 속하는 과세기간까지 전체 행사가액의 합계(이하 이 조에서 "전체 행사가액"이라 한다)가 5억원 이하일 것

 ②적격주식매수선택권 행사시 제1항에 따라 소득세를 과세하지 아니한 경우 적격주식매수선택권 행사에 따라 취득한 주식(해당 주식의 보유를 원인으로 해당 벤처기업의 잉여금을 자본에 전입함에 따라 무상으로 취득한 주식을 포함한다)을 양도하여 발생하는 양도소득(제16조의2에 따라 비과세되는 금액은 제외한다)에 대해서는 ｢소득세법｣ 제94조제1항제3호 각 목에도 불구하고 주식등에 해당하는 것으로 보아 양도소득세를 과세한다.

 ③ 제2항에 따라 양도소득세를 과세하는 경우에는 적격주식매수선택권 행사 당시의 실제 매수가액을 ｢소득세법｣ 제97조제1항제1호에 따른 취득가액으로 한다.

 ④ 제1항에 따라 소득세를 과세하지 아니한 경우(주식매수선택권 행사 이후 제5항에 따라 소득세를 과세한 경우를 포함한다)에는 해당 주식매수선택권의 행사에 따라 발생하는 비용으로서 대통령령으로 정하는 금액을 ｢법인세법｣ 제19조, 제20조 및 제52조에도 불구하고 해당 벤처기업의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

 ⑤벤처기업 임직원이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 제1항에도 불구하고 ｢소득세법｣ 제20조 또는 제21조에 따라 소득세로 과세하며(제2호의 경우에는 제1항제2호에 따른 기간 내에 주식매수선택권을 행사함으로써 얻은 모든 이익을 대상으로 한다), 이 경우 소득의 귀속시기는 다음 각 호의 구분에 따른 날이 속하는 과세연도로 한다.

  1.적격주식매수선택권 행사로 취득한 주식을 증여하거나 행사일부터 1년이 지나기 전에 처분하는 경우(해당 벤처기업의 파산 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우는 제외한다) : 증여일 또는 처분일

  2.전체 행사가액이 5억원을 초과하는 경우 : 전체 행사가액이 5억원을 초과한 날

 ⑥적격주식매수선택권을 부여하는 벤처기업 및 ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣ 제8조제1항에 따른 금융투자업자는 적격주식매수선택권의 부여 및 행사와 관련한 자료, 적격주식매수선택권의 행사로 취득한 주식의 이체자료 등 제1항부터 제5항까지를 적용하기 위하여 필요한 자료로서 대통령령으로 정하는 자료를 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제14조의4【벤처기업 주식매수선택권 행사이익 에 대한 과세특례】

 ①법 제16조의4제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 자"란 ｢벤처기업육성에 관한 특별조치법｣ 제16조의3제1항에 따른 주식매수선택권을 부여받은 임직원(｢벤처기업육성에 관한 특별조치법｣ 제16조의3제1항에 따른 주주총회의 결의가 있는 날 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외하며, 이하 이 조에서 "벤처기업 임직원"이라 한다)을 말한다.

  1.부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 해당 법인의 발행주식 총수의 100분의 10을 초과하여 보유하게 되는 자

  (중략)

  4. 제3호의 주주와 ｢국세기본법 시행령｣ 제1조의2제1항 및 같은 조 제3항제1호에 따른 친족관계 또는 경영지배관계에 있는 자

 ②법 제16조의4제1항을 적용받으려는 벤처기업 임직원은 ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣ 제8조제1항에 따른 금융투자업자(이하 이 조에서 "금융투자업자"라 한다)를 통하여 기획재정부령으로 정하는 계좌(이하 이 조에서 "주식매수선택권 전용계좌"라 한다)를 개설하고, 기획재정부령으로 정하는 특례적용신청서(이하 이 조에서 "특례적용신청서"라 한다)에 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권 전용계좌개설확인서를 첨부하여 주식매수선택권 행사일 전일까지 해당 벤처기업에 제출하여야 한다.

 ③ 제2항에 따라 특례적용신청서를 제출받은 벤처기업은 주식매수선택권 행사로 지급하는 주식을 주식매수선택권 전용계좌로 입고하고, 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권 행사주식지급명세서(이하 이 조에서 "주식매수선택권 행사주식지급명세서"라 한다)와 기획재정부령으로 정하는 특례적용대상명세서(이하 이 조에서 "특례적용대상명세서"라 한다)를 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 원천징수 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

 ④ 금융투자업자는 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권 전용계좌거래현황신고서(이하 이 조에서 "주식매수선택권 전용계좌거래현황신고서"라 한다)를 매분기 종료일의 다음 달 말일까지 본점 또는 주사무소 소재지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

 ⑤법 제16조의4제1항제1호에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 다음 각 호의 요건을 말한다.

  1.벤처기업이 주식매수선택권을 부여하기 전에 주식매수선택권의 수량ㆍ매수가액ㆍ대상자 및 기간 등에 관하여 주주총회의 결의를 거쳐 벤처기업 임직원과 약정할 것

  2. 제1호에 따른 주식매수선택권을 다른 사람에게 양도할 수 없을 것

  3. 사망, 정년 등 기획재정부령으로 정하는 불가피한 사유가 있는 경우를 제외하고는 ｢벤처기업육성에 관한 특별조치법｣ 제16조의3제1항에 따른 주주총회의 결의가 있는 날부터 2년 이상 해당 법인에 재임 또는 재직한 후에 주식매수선택권을 행사할 것

  4.｢벤처기업육성에 관한 특별조치법 시행령｣ 제11조의3제3항에 따라 부여받은 주식매수선택권이 아닐 것

 ⑥ 법 제16조의4제2항에 따라 양도소득세를 납부하려는 벤처기업 임직원은 ｢소득세법｣ 제105조 및 제110조에 따라 양도소득과세표준을 신고하는 경우 제2항에 따른 특례적용신청서 제출에 대하여 해당 벤처기업이 발급하는 기획재정부령으로 정하는 특례신청확인서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

 ⑦법 제16조의4제4항에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 약정된 주식매수시기에 약정된 주식의 매수가액과 시가의 차액을 말한다.

 ⑧법 제16조의4제5항제1호에서 "해당 벤처기업의 파산 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유"란 다음 각 호의 사유를 말한다.

  1. 주식매수선택권을 부여한 벤처기업이 파산하는 경우

  2.｢채무자 회생 및 파산에 관한 법률｣에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 주식을 처분하는 경우

  3.합병ㆍ분할 등에 따라 해당 법인의 주식을 처분하고 합병법인 또는 분할신설법인의 신주를 지급받는 경우

 ⑨법 제16조의4제6항에서 "대통령령으로 정하는 자료"란 주식매수선택권 행사주식지급명세서, 특례적용대상명세서 및 주식매수선택권 전용계좌거래현황신고서를 말한다.

○벤처기업육성에관한특별조치법 제2조【정의】

 ① "벤처기업"이란 제2조의2의 요건을 갖춘 기업을 말한다.

○벤처기업육성에관한특별조치법 제2조의2【벤처기업의 요건】

 ① 벤처기업은 다음 각 호의 요건을 갖추어야 한다.

  1. 「중소기업기본법」제2조에 따른 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다)일 것

  2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당할 것

 가. 다음 각각의 어느 하나에 해당하는 자의 투자금액의 합계(이하 이 목에서 "투자금액의 합계"라 한다) 및 기업의 자본금 중 투자금액의 합계가 차지하는 비율이 각각 대통령령으로 정하는 기준 이상인 기업

  (1) 「벤처투자 촉진에 관한 법률」 제2조제10호에 따른 중소기업창업투자회사(이하 "중소기업창업투자회사"라 한다)

  (2) 「벤처투자 촉진에 관한 법률」 제2조제11호에 따른 벤처투자조합(이하 "벤처투자조합"이라 한다)

  (3) 「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업금융업자(이하 "신기술사업금융업자"라 한다)

  (4) 「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업투자조합(이하 "신기술사업투자조합"이라 한다)

  (5) 삭제 <2020.2.11>

  (6) 「벤처투자 촉진에 관한 법률」 제66조에 따른 한국벤처투자

  (7) 중소기업에 대한 기술평가 및 투자를 하는 자로서 대통령령으로 정하는 자

  (8) 투자실적, 경력, 자격요건 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 개인

 나. 다음의 어느 하나를 보유한 기업의 연간 연구개발비와 연간 총매출액에 대한 연구개발비의 합계가 차지하는 비율이 각각 대통령령으로 정하는 기준 이상이고, 제25조의3제1항에 따라 지정받은 벤처기업확인기관(이하 "벤처기업확인기관"이라 한다)으로부터 성장성이 우수한 것으로 평가받은 기업. 다만, 연간 총매출액에 대한 연구개발비의 합계가 차지하는 비율에 관한 기준은 창업 후 3년이 지나지 아니한 기업에 대하여는 적용하지 아니한다.

  1) 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의2제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서

  2) 「문화산업진흥 기본법」 제17조의3제1항에 따라 인정받은 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서

 다. 벤처기업확인기관으로부터 기술의 혁신성과 사업의 성장성이 우수한 것으로 평가받은 기업(창업 중인 기업을 포함한다)

○중소기업기본법 제2조【중소기업자의 범위】

 ① 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 “중소기업시책”이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업 또는 조합 등(이하 “중소기업”이라 한다)을 영위하는 자로 한다. 다만, 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조제1항에 따른 공시대상기업집단에 속하는 회사 또는 같은 법 제14조의3에 따라 공시대상기업집단의 소속회사로 편입ㆍ통지된 것으로 보는 회사는 제외한다.

  1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖추고 영리를 목적으로 사업을 하는 기업

 가. 업종별로 매출액 또는 자산총액 등이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것

 나. 지분 소유나 출자 관계 등 소유와 경영의 실질적인 독립성이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것

 2. 「사회적기업 육성법」 제2조제1호에 따른 사회적기업 중에서 대통령령으로 정하는 사회적기업

 3. 「협동조합 기본법」 제2조에 따른 협동조합, 협동조합연합회, 사회적협동조합, 사회적협동조합연합회, 이종(異種)협동조합연합회(이 법 제2조제1항 각 호에 따른 중소기업을 회원으로 하는 경우로 한정한다) 중 대통령령으로 정하는 자

4. 「소비자생활협동조합법」 제2조에 따른 조합, 연합회, 전국연합회 중 대통령령으로 정하는 자

5. 「중소기업협동조합법」 제3조에 따른 협동조합, 사업협동조합, 협동조합연합회 중 대통령령으로 정하는 자

 <이하 생략>

○ 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제16조의3【벤처기업의 주식매수선택권】

 ①주식회사인 벤처기업은 ｢상법｣ 제340조의2부터 제340조의5까지의 규정에도 불구하고 정관으로 정하는 바에 따라 주주총회의 결의가 있으면 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자 중 해당 기업의 설립 또는 기술ㆍ경영의 혁신 등에 기여하였거나 기여할 능력을 갖춘 자에게 특별히 유리한 가격으로 신주를 매수할 수 있는 권리나 그 밖에 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 기업의 주식을 매수할 수 있는 권리(이하 이 조에서 "주식매수선택권"이라 한다)를 부여할 수 있다. 이 경우 주주총회의 결의는 ｢상법｣ 제434조를 준용한다.

○ 벤처기업육성에 관한 특별조치법 시행령 제11조의3【주식매수선택권의 부여방법 등】

 ③주식매수선택권의 행사가격으로 새로 주식을 발행하여 주는 방법으로 주식매수선택권을 부여하는 경우로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우에는 제2항제1호에도 불구하고 주식매수선택권의 행사가격을 부여 당시 시가보다 낮은 가액으로 할 수 있다.

  1.주식매수선택권의 행사가격이 해당 주식의 권면액 이상일 것

  2.부여 당시 시가보다 낮은 행사가격으로 부여받았거나 부여받을 각 주식매수선택권에 대하여 다음 계산식에 따라 계산한 금액의 합계가 1명마다 5억원 이하일 것

○소득세법 제20조【근로소득】

 ③근로소득의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○소득세법 시행령 제38조【근로소득의 범위】

 ① 법 제20조에 따른 근로소득에는 다음 각 호의 소득이 포함되는 것으로 한다.

 <중략>

 17. 법인의 임원 또는 종업원이 해당 법인 또는 해당 법인과 「법인세법 시행령」제2조제5항에 따른 특수관계에 있는 법인(이하 이 호에서 "해당 법인등"이라 한다)으로부터 부여받은 주식매수선택권을 해당 법인등에서 근무하는 기간 중 행사함으로써 얻은 이익(주식매수선택권 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액을 말하며, 주식에는 신주인수권을 포함한다)

○소득세법 제21조【기타소득】

 ① 기타소득은 이자소득·배당소득·사업소득·근로소득·연금소득·퇴직소득·금융투자소득 및 양도소득 외의 소득으로서 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

 <중략>

 22. 퇴직 전에 부여받은 주식매수선택권을 퇴직 후에 행사하거나 고용관계 없이 주식매수선택권을 부여받아 이를 행사함으로써 얻는 이익

「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제2조제1항에 따른 벤처기업(이하 ‘벤처기업’)으로부터 주식매수선택권을 부여받았으나 이를 행사할 때 그 주식매수선택권의 부여법인이 벤처기업에 해당하지 않게 되었다 하더라도, 「조세특례제한법」제16조의2, 제16조의3, 제16조의4에 규정된 각각의 요건을 충족한 경우라면 해당 특례를 적용받을 수 있는 것입니다.