서면-2025-자본거래-3234 (2025.12.24)

1. 사실관계

○ 신청인은 소유하고 있는 주식회사 ○○ 주식(이하 ‘대상회사 주식’)을 □□ 주식회사와 △△ 주식회사에 ’2X.XX.XX. 양도하면서,주식매매계약서에 ‘매수인의 차액보전청구권’ 조항을 기재하여 매매계약을 체결하고,

  - 주식양도 이후 주가 하락 시 매수인에게 지급해야하는 차액보전 상당의 채무를 담보하기 위하여, 매수인들과 추가로 대상회사 주식에 대하여 근질권설정계약을 체결함

○ 신청인은 대상회사 주식 양도와 관련하여 양도소득세 신고･납부하였으나 대상회사 주식의 주가가 현저히 하락하여 매수인 회수금액이 기준 회수금액에 미달하여 매수인들의 차액보전청구권 실행이 확실시될 것으로 예상됨

《 기준회수금액과 현재 주가 차이 비교표 》

2. 질의내용

○ 주식매매계약 체결시 매수인이 향후 주식을 매각하여 회수할 금액이 매도인과 매수인이 사전에 약정한 특정금액(기준회수금)에 미달하였을 경우,

  - 주식매매계약에 포함된 차액보전지급 약정에 따라 매도인이 매수인에게 지급한 차액보전금을 당초 주식의 양도가액에서 차감할 수 있는지 여부

3. 관련법령

□ ｢소득세법｣ 제94조【양도소득의 범위】

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 양도로 발생하는 소득

  가.주권상장법인의 주식등으로서 다음의 어느 하나에 해당하는 주식등

   1)소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주가 양도하는 주식등

   2)1)에 따른 대주주에 해당하지 아니하는 자가 증권시장에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 주식등. 다만, 「상법」제360조의2 및 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 교환ㆍ이전 또는 같은 법 제360조의5 및 제360조의22에 따른 주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 주식매수청구권 행사로 양도하는 주식등은 제외한다.

  나.주권비상장법인의 주식등. 다만, 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권비상장법인의 대주주에 해당하지 아니하는 자가 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제283조에 따라 설립된 한국금융투자협회가 행하는 같은 법 제286조제1항제5호에 따른 장외매매거래에 의하여 양도하는 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 중견기업의 주식등은 제외한다.

  다.외국법인이 발행하였거나 외국에 있는 시장에 상장된 주식등으로서 대통령령으로 정하는 것

□ ｢소득세법｣ 제96조【양도가액】

① 제94조제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다.

□ ｢소득세법｣ 제98조【양도 또는 취득의 시기】

자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

4. 관련예규

○ 사전-2024-법규재산-0846, 2024.11.21.

(제목)주식매매계약 시 약정에 따라 양도일 이후 추가로 수령한 금액이 당초 양도한 주식의 양도소득에 해당하는지 여부

(요지)주식매매계약 체결 시 매수자가 향후 주식을 매각하여 일정 수익률을 초과하는 수익을 얻는 경우에 매도자에게 해당 초과수익의 일부를 추가적으로 지급하는 약정에 따라 양도일 이후 매도자가 추가 수령한 대가는 당초 양도한 주식의 양도소득에 해당

○ 사전-2021-법령해석재산-1605, 2021.11.29.

(제목)주식매매계약 시 약정에 따라 양도일 이후 추가 수령한 대가의 양도가액 포함 여부

(요지)주식매매계약 체결 시 약정에 따라 추가로 수령한 대가의 양도시기는 잠정합의된 양도가액을 수령한 날이며, 양도일 이후 추가로 수령한 대가에 대해서는 그 대가를 받은 날에 양도가액을 증액하여 수정신고 하는 것임

주식매매계약 체결 시 약정에 따라 양수자가 향후 해당 주식을 매각하여 일정 수익률을 달성하지 못하는 경우 양수자에게 해당 미달수익금을 추가적으로 지급하는 조건으로 양도하는 경우, 양도일 이후 추가로 지급하기로 한 대가에 대해서는 그 대가를 지급하기로 한 날에 양도가액을 경정하는 것입니다. 다만, 귀 질의내용의 ‘차액보전금’이 해당 자산의 양도와 대가관계가 있는지 여부는 주식양도 경위 및 주식매매계약, 추가지급 약정내용 등을 종합적으로 고려하여 사실판단할 사항입니다.
귀 질의는 기해석사례(사전-2024-법규재산-0846, 2024.11.21., 사전-2021-법령해석재산-1605, 2021.11.29.)를 참고하시기 바랍니다.