사전-2021-법령해석재산-1605 (2021.11.29)

1. 사실관계

 ○신청인은 현재 코스닥시장 상장법인인 甲 주식회사^* 발행주식 26,***,***주(지분율 26.**%)를 보유하고 있음

  * 코스닥시장 상장법인인 乙 주식회사가 2021.3.**. 비상장법인인 甲 주식회사를 흡수합병한 뒤 상호를 甲 주식회사로 변경함

 ○신청인은 2020.6.**. 당시 비상장법인인 甲 주식회사(이하 “甲”)의 발행 주식 6,***,***주(지분율 39.**%)를 보유하고 있었는데,

  - 2020.6.**. 주식회사 丙은행(‘□□ △△△ 전문투자형 사모증권투자신탁 제3호’의 신탁업자에 해당, 이하 “본건 매수인”)과 사이에 甲 발행 주식 1,***,***주(지분율 10.**%, 이하 “대상주식”)를 약 ***억원(1주당 10,***원)에 양도하는 내용의 주식매매계약(이하 “본건 주식매매계약”)을 체결하였고, 2020.6.**. 본건 매수인에게 대상주식을 양도하고 양도소득세를 신고․납부함

 ○ 甲은 2021.2.**.을 합병기일로 하여 乙 주식회사에 흡수합병되었고,

  - 본건 매수인은 위 합병 과정에서 대상주식을 반납하고 합병신주 9,***,***주(합병비율 = 1:5.*******)를 교부받았고, 위 합병신주는 2021.3.**. 코스닥시장에 상장됨

 ○ 한편, 본건 주식매매계약 제9조에 따르면, 본건 매수인이 대상주식을 매수 후 장래 매각하여 얻은 최종 수익률이 투자원금 대비 일정 수익률(IRR 12%)을 초과하는 경우, 본건 매수인은 위 수익률을 초과하는 수익의 50%에 해당하는 금원(이하 “쟁점금원”)을 신청인에게 지급하여야 함

2. 질의내용

 ○거주자가 비특수관계자에게 비상장주식을 양도하고 잠정합의된 양도가액을 수령한 경우로서, 주식매매계약 체결 시 약정에 따라매수자가 향후 주식을 매각하여 일정 수익률을 초과하는 수익을 얻는 경우에 매도자에게 해당 초과수익의 일부(50%)를 추가적으로 지급하는 조건으로 양도하는 경우,

  - 추가 지급받은 초과수익을 소득세법상 주식 양도가액에 포함되는 것으로 보아 양도소득세를 수정신고하여야 하는지 여부

3. 관련법령

○ 소득세법 제88조【정의】

 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. <개정 2018.12.31, 2020.6.9, 2020.8.18, 2020.12.29>

 1. "양도"란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 말한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 부담부증여 시 수증자가 부담하는 채무액에 해당하는 부분은 양도로 보며, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 양도로 보지 아니한다.

 가. ｢도시개발법｣이나 그 밖의 법률에 따른 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 보류지(保留地)로 충당되는 경우

 나. 토지의 경계를 변경하기 위하여 ｢공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률｣ 제79조에 따른 토지의 분할 등 대통령령으로 정하는 방법과 절차로 하는 토지 교환의 경우

 다. 위탁자와 수탁자 간 신임관계에 기하여 위탁자의 자산에 신탁이 설정되고 그 신탁재산의 소유권이 수탁자에게 이전된 경우로서 위탁자가 신탁 설정을 해지하거나 신탁의 수익자를 변경할 수 있는 등 신탁재산을 실질적으로 지배하고 소유하는 것으로 볼 수 있는 경우

 5. "실지거래가액"이란 자산의 양도 또는 취득 당시에 양도자와 양수자가 실제로 거래한 가액으로서 해당 자산의 양도 또는 취득과 대가관계에 있는 금전과 그 밖의 재산가액을 말한다.

○ 소득세법 제94조【양도소득의 범위】

 ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

  3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 양도로 발생하는 소득

  나. 주권비상장법인의 주식등. 다만, 소유주식의 비율․시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권비상장법인의 대주주에 해당하지 아니하는 자가 ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣ 제283조에 따라 설립된 한국금융투자협회가 행하는 같은 법 제286조제1항제5호에 따른 장외매매거래에 의하여 양도하는 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 “중소기업”이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 중견기업의 주식등은 제외한다.

○ 소득세법 제96조【양도가액】

 ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다.

○ 소득세법 제98조【양도 또는 취득의 시기】

 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

○소득세법 시행령 제162조【양도 또는 취득의 시기】

 ① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

  1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부․등록부 또는 명부 등에 기재된 등기․등록접수일 또는 명의개서일

  2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부․등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

귀 사전답변 신청의 경우, 거주자가 비특수관계자에게 비상장주식을 양도하고 잠정합의된 양도가액을 수령한 경우로서, 주식매매계약 체결 시 약정에 따라 양수자가 향후 해당 비상장주식을 매각하여 일정 수익률을 초과하는 수익을 얻는 경우 양도자에게 해당 초과수익의 일부를 추가적으로 지급하는 조건으로 양도하는 경우, 추가로 수령한 대가의 양도시기는 잠정합의된 양도가액을 수령한 날이며, 양도일 이후 추가로 수령한 대가에 대해서는 그 대가를 받은 날에 양도가액을 증액하여 수정신고 하는 것이나, 이에 해당하는지 여부는 주식양도 경위 및 주식매매계약․추가지급 약정내용 등을 종합적으로 고려하여 사실판단할 사항입니다.