서면-2025-원천-4059 (2026.04.28)

사실관계

○ ’22.4.29. 오전 아파트 잔금을 지급하여 취득하면서 당해 아파트를 담보로 대출 실행하였으며, 연말정산 시 장기주택저당차입금 이자 상환액 소득공제를 하였음

 - ’22.4.29. 당해 아파트의 공동주택가격이 5억원 초과되는 금액으로 공시되었고 ’21년 공시가액은 5억원 미만인 걸로 확인되는데,

취득일에 고시된 기준시가를 적용해 장기주택저당차입금 이자 상환액 공제 대상이 아니라는 답변을 들었음

질의내용

○ ’22.4.29. 오전에 주택 양수도 거래를 완료한 납세자에게도 동일하게 ’22.4.29. 공시가격을 적용하여 공제를 배제하는 것인지 여부

관련법령

○소득세법 제52조【특별소득공제】

⑤ 근로소득이 있는 거주자로서 주택을 소유하지 아니하거나 1주택을 보유한 세대의 세대주(세대주가 이 항, 제4항 및 「조세특례제한법」제87조제2항에 따른 공제를 받지 아니하는 경우에는 세대의 구성원 중 근로소득이 있는 자를 말하며, 대통령령으로 정하는 외국인을 포함한다)가 취득 당시 제99조제1항에 따른 주택의 기준시가가 5억원 이하인 주택을 취득하기 위하여 그 주택에 저당권을 설정하고 금융회사 등 또는 「주택도시기금법」에 따른 주택도시기금으로부터 차입한 대통령령으로 정하는 장기주택저당차입금(주택을 취득함으로써 승계받은 장기주택저당차입금을 포함하며, 이하 이 항 및 제6항에서 "장기주택저당차입금"이라 한다)의 이자를 지급하였을 때에는 해당 과세기간에 지급한 이자 상환액을 다음 각 호의 기준에 따라 그 과세기간의 근로소득금액에서 공제한다. …

○소득세법 제99조【기준시가의 산정】

① 제100조 및 제114조제7항에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다.

 1. 제94조제1항제1호에 따른 토지 또는 건물

라. 주택

「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격. 다만, 공동주택가격의 경우에 같은 법 제18조제1항 단서에 따라 국세청장이 결정ㆍ고시한 공동주택가격이 있을 때에는 그 가격에 따르고, 개별주택가격 및 공동주택가격이 없는 주택의 가격은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사주택의 개별주택가격 및 공동주택가격을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 한다.

○소득세법시행령 제164조【토지ㆍ건물의 기준시가 산정】

③ 법 제99조제1항제1호가목부터 라목까지의 규정을 적용함에 있어서 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하는 경우에는 직전의 기준시가에 의한다.

관련예규·판례

○ 서면-2025-원천-4362(2025.12.11.)

○ 소득세법 집행기준 기준시가(개별공시지가)의 한계 : 토지의 기준시가인 개별공시지가는 공시일 당일부터 적용한다.

회신문안

1. 항상 국세행정에 협조해 주셔서 감사드리며, 귀하께서 ’25.11.12. 제출하신 서면질의사항에 대하여 다음과 같이 회신합니다.

2. 소득세법 제52조 제5항 주택의 기준시가는 소득세법 제99조 제1항 제1호 라목, 소득세법 시행령 제164조 제3항에 따라, 아파트 취득일인 ’22.4.29.에 새로운 기준시가가 고시되었으므로, 동 아파트의 기준시가는 ’22.4.29. 고시된 기준시가를 적용합니다.

소득세법 제52조 제5항 주택의 기준시가는 소득세법 제99조 제1항 제1호 라목, 소득세법 시행령 제164조 제3항에 따라, 아파트 취득일인 ’22.4.29.에 새로운 기준시가가 고시되었으므로, 동 아파트의 기준시가는 ’22.4.29. 고시된 기준시가를 적용합니다.