서면-2026-원천-0018 (2026.06.08)

1. 사실관계

○ 질의 법인은 「국립대학병원설치법」에 따라 설립된 국립대학병원으로, 소속 임직원 및 그 가족이 당해 법인(분원 포함)에서 진료받는 경우 내부 규정에 따라 진료비의 일정액을 감면해주는 복리후생제도를 운영하고 있으며,

- ’24년까지 감면액 전액을 임직원의 과세대상 근로소득으로 구분하고 있었으나, ’25년 할인금액의 일정액을 비과세소득으로 본다는 세법 개정에 따라 비과세 대상 범위 및 계산방식 해석 필요함

2. 질의내용

○ 질의1. 소득세법 시행령 제38조 제4항에서 ‘시가’는 법인세법 제52조 제2항에 다른 ‘시가’를 준용하는데, 대학병원의 진료비에서 ‘시가’의 기준이 되는 금액은 무엇인지?

가. 진료비총액 : 공단부담금 + 본인부담금 + 비급여금액

나. 환자 본인 부담총액 : 본인부담금 + 비급여금액

○ 질의2. 소득세법 제12조 제3호 처목에서 규정한 ‘종업원 본인이 소비하는 목적으로 제공받는 경우’란 종업원 본인의 진료비 감면액만 비과세 대상으로 적용하고 배우자 및 직계존비속 등 가족에 대한 진료비 감면은 기존과 동일하게 근로소득으로 전액 과세대상인지?

○ 질의3. 연간 직원A의 본인진료비 20백만원, 진료비 감면율 50%로 10백만원을 감면받은 경우, 직원A의 ‘임직원 할인금액 비과세금액’은?

○ 질의4. 질의3의 경우 비과세금액은 직원A의 연말정산 시 의료비 세액공제 대상 의료비에서 제외되는 것인지?

3. 관련법령

○소득세법 제12조【비과세소득】

다음 각 호의 소득에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다.

 3. 근로소득과 퇴직소득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득

처. 제20조제1항제6호에 따른 소득 중 다음의 요건을 모두 충족하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 금액 이하의 금액

 1) 임원 또는 종업원(이하 이 조, 제20조 및 제164조의5에서 "임원 등"이라 한다) 본인이 소비하는 것을 목적으로 제공받거나 지원을 받아 구입한 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 기간 동안 재판매가 허용되지 아니할 것

 2) 해당 재화 또는 용역의 제공과 관련하여 모든 임원 등에게 공통으로 적용되는 기준이 있을 것

○소득세법 제20조【근로소득】

① 근로소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

 6. 사업자나 법인이 생산ㆍ공급하는 재화 또는 용역을 그 사업자나 법인(「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 계열회사를 포함한다)의 사업장에 종사하는 임원 등에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가보다 낮은 가격으로 제공하거나 구입할 수 있도록 지원함으로써 해당 임원 등이 얻는 이익

○소득세법 제59조의4【특별세액공제】

② 근로소득이 있는 거주자가 기본공제대상자(나이 및 소득의 제한을 받지 아니한다)를 위하여 해당 과세기간에 대통령령으로 정하는 의료비를 지급한 경우 다음 각 호의 금액의 100분의 15(제3호의 경우에는 100분의 20, 제4호의 경우에는 100분의 30)에 해당하는 금액을 해당 과세기간의 종합소득산출세액에서 공제한다.

○소득세법 시행령 제17조의5【임원 등이 지급받은 할인금액의 비과세 범위】

① 법 제12조 제3호 처목 1) 및 2) 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 다음 각 호의 금액 중 큰 금액을 말한다.

1. 임원 또는 종업원(이하 제38조 및 제55조에서 "임원 등"이라 한다)이 해당 과세기간 동안 법 제20조제1항제6호에 따라 시가보다 낮은 가격으로 제공받거나 지원을 받아 구입한 재화 또는 용역의 시가를 합한 금액에 100분의 20을 곱한 금액

 2. 연간 240만원

② 법 제12조제3호처목1)에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 말한다.

1. 「소비자기본법 시행령」제8조제3항의 품목별 소비자분쟁해결기준에 따른 품목별 내용연수가 5년을 초과하는 재화: 2년

2. 「개별소비세법」제1조제2항제2호에 해당하는 재화: 2년

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 않는 재화: 1년

○소득세법 시행령 제38조【근로소득의 범위】

④ 법 제20조제1항제6호에 따른 시가는 「법인세법」제52조제2항에 따른 시가로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 임원 등이 해당 재화 또는 용역을 구입하거나 제공받을 때 지급한 가격을 시가로 한다.

 1. 재화의 파손 또는 변질로 인해 임원등이 아닌 자에게 판매할 수 없는 경우

 2. 탑승권 및 숙박권 등 사용시기가 제한되는 재화 또는 용역의 사용 기한이 임박하여 임원 등이 아닌 자에게 판매 또는 제공하는 것이 현저히 곤란한 경우

○법인세법 제52조【부당행위계산의 부인】

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

4. 관련예규·판례

○사전-2025-법규소득-0512(2025.08.18.)

○기획재정부 소득세제과-1037(2025.12.09.)

- 소득세법 시행령 제38조 제4항에 따른 시가는 의료용역의 경우 ‘환자 본인 부담 총액’입니다.
- 임원 또는 종업원이 자사(또는 계열사)로부터 지급받은 할인금액은 임직원 본인이 소비하는 것을 목적으로 제공받거나 지원을 받아 구입한 재화‧용역에 대해 대통령령으로 정하는 일정금액을 비과세 적용하는 것으로, 해당 비과세 적용 상당액은 소득세법 시행령 제17조의5에 따른 금액이며, 의료비 세액공제 대상 의료비에 해당하지 않습니다.
- 임‧직원 본인의 진료비 감면액 중 비과세 대상 금액을 초과하는 진료비 감면 상당액과 임‧직원의 가족(배우자 및 직계존‧비속 등)에 대한 진료비 감면액 전액은 임직원의 과세대상 근로소득에 해당합니다.