소득세과-383 (2010.03.26)

〔붙 임 : 관련자료〕

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

  - 「조세특례제한법」 제104의7조제2항에 의하면 재건축조합을 비영리내국법인으로 보아 법인세법을 적용하도록 하고 있으나

    ․ 2003.6.30. 이전에 구 주택건설촉진법에 의하여 조합설립 인가를 받은 재건축조합으로 도시및주거환경정비법의 시행에 따라 법인으로 등기한 정비사업조합(전환정비사업조합)은 정비사업조합과 그 조합원을 소득세법상 공동사업장 및 공동사업자로 보아 소득세법을 적용하도록 하고 있음

  - 비영리법인의 경우에는 수익사업과 기타사업을 구분경리 하는 경우 법인세법 시행규칙 제76조에 따르도록 되어 있으나

    ․ 상기와 같이 소득세법을 적용하는 경우 소득세법에 수익사업과 기타사업에 대한 구분경리 규정이 명확하지 않음

○ 질의내용

 - 「조세특례제한법」제104조의7에 따라 전환정비사업조합이 소득세법상 공동사업장에 해당하는 경우

     ․ 해당 전환정비사업조합이 기장시 소득세법을 적용할 것인지 법인세법을 적용하여야 하는지?

2. 질의내용에 대한 자료

 가. 관련 조세 법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

  ○ 조세특례제한법 제104조의 7 【정비사업조합에 대한 과세특례】

   ① 2003년 6월 30일 이전에 「주택건설촉진법」(법률 제6852호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제44조제1항에 따라 조합설립의 인가를 받은 재건축조합으로서 「도시 및 주거환경정비법」 제18조에 따라 법인으로 등기한 조합(이하 이 조에서 "전환정비사업조합"이라 한다)에 대해서는 「법인세법」 제2조에도 불구하고 전환정비사업조합 및 그 조합원을 각각 「소득세법」 제87조제1항 및 같은 법 제43조 제3항에 따른 공동사업장 및 공동사업자로 보아 「소득세법」을 적용한다. 다만, 전환정비사업조합이 「법인세법」 제60조에 따라 해당 사업연도의 소득에 대한 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다.

   ② 「도시 및 주거환경정비법」 제18조에 따라 설립된 조합(전환정비사업조합을 포 함하며, 이하 이 조에서 "정비사업조합"이라 한다)에 대해서는 「법인세법」 제1조에도 불구하고 2010년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지는 비영리내국법인으로 보아 「법인세법」(같은 법 제29조는 제외한다)을 적용한다. 이 경우 전환정비사업조합은 제1항 단서에 따라 신고한 경우만 해당한다.

   ③ 정비사업조합이 「도시 및 주거환경정비법」에 따라 해당 정비사업에 관한 공사를 마친 후에 그 관리처분계획에 따라 조합원에게 공급하는 것으로서 종전의 토지를 대신하여 공급하는 토지 및 건축물(해당 정비사업의 시행으로 건설된 것만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)은 「부가가치세법」 제6조에 따른 재화의 공급으로 보지 아니한다.

   ④ 정비사업조합이 관리처분계획에 따라 해당 정비사업의 시행으로 조성된 토지 및 건축물의 소유권을 타인에게 모두 이전한 경우로서 그 정비사업조합이 납부할 국세ㆍ가산금 또는 체납처분비를 납부하지 아니하고 그 남은 재산을 분배하거나 인도한 경우에는 그 정비사업조합에 대하여 체납처분을 집행하여도 징수할 금액이 부족한 경우에만 그 남은 재산의 분배 또는 인도를 받은 자가 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 이 경우 해당 제2차 납세의무는 그 남은 재산을 분배 또는 인도받은 가액을 한도로 한다.

   ⑤ 제2항을 적용할 때 정비사업조합에 대한 「법인세법」 제3조에 따른 과세소득의 범위에서 제외되는 사업의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

  ○ 소득세법 제87조 【공동사업장에 대한 특례】

   ① 공동사업장에서 발생한 소득금액에 대하여 원천징수된 세액은 각 공동사업자의 손익분배비율에 따라 배분한다.

   ② 제81조제1항 및 제3항부터 제11항까지와 제158조에 따른 가산세로서 공동사업장에 관련되는 세액은 각 공동사업자의 손익분배비율에 따라 배분한다.

   ③ 공동사업장에 대해서는 그 공동사업장을 1사업자로 보아 제160조제1항 및 제168조를 적용한다.

  ○ 소득세법 제43조 【공동사업에 대한 소득금액 계산의 특례】

   ① 사업소득이 발생하는 사업을 공동으로 경영하고 그 손익을 분배하는 공동사업[경영에 참여하지 아니하고 출자만 하는 대통령령으로 정하는 출자공동사업자(이하 "출자공동사업자"라 한다)가 있는 공동사업을 포함한다]의 경우에는 해당 사업을 경영하는 장소(이하 "공동사업장"이라 한다)를 1거주자로 보아 공동사업장별로 그 소득금액을 계산한다.

   ② 제1항에 따라 공동사업에서 발생한 소득금액은 해당 공동사업을 경영하는 각 거주자(출자공동사업자를 포함한다. 이하 "공동사업자"라 한다) 간에 약정된 손익분배비율(약정된 손익분배비율이 없는 경우에는 지분비율을 말한다. 이하 "손익분배비율"이라 한다)에 의하여 분배되었거나 분배될 소득금액에 따라 각 공동사업자별로 분배한다.

   ③ 거주자 1인과 그와 대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 자가 공동사업자에 포함되어 있는 경우로서 손익분배비율을 거짓으로 정하는 등 대통령령으로 정하는 사유가 있는 경우에는 제2항에도 불구하고 그 특수관계자의 소득금액은 그 손익분배비율이 큰 공동사업자(손익분배비율이 같은 경우에는 대통령령으로 정하는 자로 한다. 이하 "주된 공동사업자"라 한다)의 소득금액으로 본다.

  ○ 소득세법 제160조 【장부의 비치ㆍ기록】

   ① 사업자는 소득금액을 계산할 수 있도록 증명서류 등을 갖춰 놓고 그 사업에 관한 모든 거래 사실이 객관적으로 파악될 수 있도록 복식부기에 따라 장부에 기록ㆍ관리하여야 한다.

   ② 업종ㆍ규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 업종별 일정 규모 미만의 사업자가 대통령령으로 정하는 간편장부(이하 "간편장부"라 한다)를 갖춰 놓고 그 사업에 관한 거래 사실을 성실히 기재한 경우에는 제1항에 따른 장부를 비치ㆍ기록한 것으로 본다.

   ③ 제2항에 따른 대통령령으로 정하는 업종별 일정 규모 미만의 사업자는 "간편장부대상자"라 하고, 간편장부대상자 외의 사업자는 "복식부기의무자"라 한다.

   ④ 제1항이나 제2항의 경우에 사업소득에 부동산임대업에서 발생한 소득이 포함되어 있는 사업자는 그 소득별로 구분하여 회계처리하여야 한다. 이 경우에 소득별로 구분할 수 없는 공통수입금액과 그 공통수입금액에 대응하는 공통경비는 각 총수입금액에 비례하여 그 금액을 나누어 장부에 기록한다.

   ⑤ 둘 이상의 사업장을 가진 사업자의 경우에는 사업장별 거래 내용이 구분될 수 있도록 장부에 기록하여야 한다.

   ⑥ 법인(중소기업을 포함한다)의 대주주가 양도하는 주식 또는 출자지분에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종목별로 구분하여 거래일자별 거래명세 등을 장부에 기록ㆍ관리하여야 하며 그 증명서류 등을 갖춰 놓아야 한다. 다만, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 투자매매업자 또는 투자중개업자가 발행한 거래명세서를 갖춰 놓은 경우에는 장부를 비치ㆍ기록한 것으로 본다.

   ⑦ 제1항부터 제5항까지의 규정에 따른 장부ㆍ증명서류의 기록ㆍ비치에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

  ○ 소득세법 제161조 【비거주자등의 구분 기장】(2009. 12. 31. 제목개정)

    제59조의 2(2009.12.31 법 개정 전 제13조) 제1항 제2호에 따라 소득세를 감면받으려는 자는 그 감면소득과 그 밖의 소득을 구분하여 장부에 기록하여야 한다.

  ○ 소득세법 제59조의 2 【세액의 감면】

   ① 종합소득금액 중 다음 각 호의 어느 하나의 소득이 있을 때에는 종합소득 산출세액에서 그 세액에 해당 근로소득금액 또는 사업소득금액이 종합소득금액에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액 상당액을 감면한다.

    1. 정부 간의 협약에 따라 우리나라에 파견된 외국인이 그 양쪽 또는 한쪽 당사국의 정부로부터 받는 급여

    2. 거주자 중 대한민국의 국적을 가지지 아니한 자와 비거주자(이하 “비거주자등”이라 한다)가 대통령령으로 정하는 선박과 항공기의 외국항행사업으로부터 얻는 소득. 다만, 그 비거주자등의 국적지국에서 대한민국 국민이 운용하는 선박과 항공기에 대해서도 동일한 면제를 하는 경우만 해당한다.

   ② 이 법 외의 법률에 따라 소득세가 감면되는 경우에도 그 법률에 특별한 규정이 있는 경우 외에는 제1항을 준용하여 계산한 소득세를 감면한다.

  ○ 소득세법 시행령 제209조 【공통손익의 계산 등】

   ① 법 제13조 제1항(2009.12.31. 개정 후 법 제59조의 2) 또는 다른 법률의 규정에 의하여 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 경우에 감면사업과 기타의 사업의 공통필요경비와 공통수입금액은 기획재정부령이 정하는 바에 의하여 구분계산하여야 한다.

   ② 법 제161조의 규정에 의하여 구분경리를 함에 있어서 자산ㆍ부채 및 손익의 구분계산방법에 관하여는 기획재정부령으로 정한다.

  ○ 소득세법 시행규칙 제96조 【공통손익의 계산과 구분경리】

   ① 법 및 「조세특례제한법」 제3조 제1항에 규정하는 법률(이하 이 조에서 “「조세특례제한법」”이라 한다)에 의하여 소득세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 경우에 감면사업과 기타 사업의 공통수입금액과 공통필요경비는 다음 각호의 기준에 따라 구분계산한다. 다만, 공통수입금액 또는 필요경비의 구분계산에 있어서 개별필요경비(공통필요경비외의 필요경비의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 없거나 기타 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 이를 적용하는 것이 불합리한 경우에는 그 공통필요경비의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간, 사용시간, 사용면적등의 기준에 의하여 안분계산한다.

    1. 감면사업과 기타 사업의 공통수입금액은 당해 사업의 총수입금액에 비례하여 안분계산한다.

    2. 감면사업과 기타 사업의 업종이 동일한 경우의 공통필요경비는 당해 사업의 총수입금액에 비례하여 안분계산한다.

    3. 감면사업과 기타 사업의 업종이 동일하지 아니한 경우의 공통필요경비는 감면사업과 기타 사업의 개별 필요경비에 비례하여 안분계산한다.

   ② 법 및 「조세특례제한법」에 의한 경리의 구분은 당해 각 규정에 의하여 구분하여야 할 사업 또는 수입별로 총수입금액과 필요경비를 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하는 것으로 한다. 다만, 각 사업 또는 수입에 공통되는 총수입금액과 필요경비는 그러하지 아니하다.

  ○ 법인세법 제113조 【구분경리】

   ① 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다.

   ⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에 따른 구분경리의 방법, 동일사업을 영위하는 법인의 판정, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

  ○ 법인세법 시행령 제156조 【구분경리】

   ① 법 제113조 제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리 하여야 한다.

  ○ 법인세법 시행규칙 제76조 【비영리법인의 구분경리】

   ① 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다.

   ② 비영리법인이 구분경리를 하는 경우에는 수익사업의 자산의 합계액에서 부채(충당금을 포함한다)의 합계액을 공제한 금액을 수익사업의 자본금으로 한다.

   ③ 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우 자산가액은 시가에 의한다.

   ④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액 중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우 「조세특례제한법」 제74조 제1항 제1호의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다.

   ⑤ 비영리법인의 경우 법 제112조의 규정에 의한 장부의 기장은 제1항 내지 제4항의 규정에 의한다.

   ⑥ 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간ㆍ사용시간ㆍ사용면적 등의 기준에 의하여 안분계산한다.

    1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

    2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

    3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산

   ⑦ 제6항의 규정에 의한 공통되는 익금은 과세표준이 되는 것에 한하며, 공통되는 손금은 익금에 대응하는 것에 한한다.

 나. 관련사례(판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 소득46011-341, 1999.11.12

  소득세법 제161조의 규정에 의한 구분기장이란 소득세법 및 조세특례제한법 제3조 제1항에 규정하는 법률에 의하여 소득세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 경우 감면 소득과 기타의 소득을 구분하여 기장하는 것으로 주택재건축조합의 경우는 이에 해당하지 아니하는 것임.

○ 서면2팀-2056, 2007.11.12

  「법인세법」 제3조 제2항 각호에서 규정하는 수익사업에서 생기는 소득은 비영리법인의 각 사업연도 소득에 해당이 되어, 당해 소득에 대한 과세표준에 같은 법 제55조의 세율이 적용되는 것임. 아울러, 비영리법인의 수익사업과 기타사업은 같은 법 제113조에 의해 구분경리를 하여야 하는 것임.

○ 서면2팀-1128, 2005.07.19

 2. 재건축조합이 공통공사원가를 수입사업(일반분양)과 비수익사업(조합원 분양 분)으로 구분하는 경우 「법인세법 시행규칙」제76조 제6항 제2호에 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분 계산하는 것임.

○ 서면1팀-942, 2005.07.29

  도시및주거환경정비법에 의하여 설립된 전환정비사업조합으로서 조세특례제한법 제104조의 7 제1항의 규정에 의해 전환정비사업조합 및 그 조합원을 각각 소득세법 제87조 제1항 및 제43조 제3항의 규정에 의한 공동사업장 및 공동사업자로 보아 소득세법을 적용하는 경우, 동 조합이 조합원들로부터 종전의 건축물을 철거하고 신축한 주택 및 상가를 종전의 토지 등의 소유자인 조합원에게 관리처분계획에 의해 분양하는 주택에 대하여는 당해 공동사업장의 소득에 해당하지 않으나,

  자기지분을 초과하는 주택을 취득하는 조합원으로부터 조합의 규약 등에 따라 분양대금을 별도로 지급받는 금액과 당해 조합원이 아닌 일반인에게 분양하는 잔여세대주택 및 상가분양대금은 당해 공동사업장의 소득에 해당하는 것이며,

  위의 경우 동 공동사업장의 소득금액은 소득세법 제2조 및 같은법 제43조의 규정에 의하여 공동사업자의 지분이나 손익분배비율에 의하여 분배되었거나 분배될 소득금액에 따라 각 거주자별로 그 소득금액을 계산하여 납세의무를 지는 것임.

귀 질의의 경우, 「조세특례제한법」제104조의 7에 따른 전환정비사업조합이 과세표준과 세액을 「소득세법」을 적용하여 신고하는 경우 장부의 기장은 같은 법 제160조에 따라 기록하여야 합니다.