서면-2020-법인-2898 (2020.09.28)

1. 사실관계

○ 질의법인은「국세기본법」제13조 제2항에 따라 승인을 받은 법인으로 보는 단체임(승인일 : 2019.4.3.)

- 질의법인은 법인으로 보는 단체의 승인을 받기 전인 2018.12.31. 00소재 임야를 양도하고 2019.2.28. 「소득세법」제105조에 따라 양도소득세 예정신고를 함

2. 질의내용

○ 종중이 법인으로 보는 단체의 승인을 받은 후 부동산의 양도소득에 대하여 법인세 기한후 신고를 하는 경우

- 승인 받기 전 종중의 거주자로서 예정신고 납부한 세액을 기납부세액으로 공제받을 수 있는지 여부

3. 관련법령

○ 법인세법 제4조【과세소득의 범위】

③ 제1항제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

○ 법인세법 시행령 제3조【수익사업의 범위】

② 법 제4조제3항제5호 단서에서 "대통령령으로 정하는 수입"이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일(「국가균형발전 특별법」 제18조에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다. 이 경우 해당 자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 보며, 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산한다. <개정 2018.2.13., 2019.2.12.>

○ 법인세법 제60조【과세표준 등의 신고】

① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월(제60조의2제1항 본문에 따라 내국법인이 성실신고확인서를 제출하는 경우에는 4개월로 한다) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. <개정 2018.12.24.>

○ 법인세법 제62조의2 【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 신고 특례】

① 비영리내국법인(제4조제3항제1호에 따른 수익사업을 하는 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제4조제3항제4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 "자산양도소득"이라 한다)이 있는 경우에는 제60조제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 자산양도소득은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다. <개정 2018.12.24>

1. 「소득세법」 제94조제1항제3호에 해당하는 주식등과 대통령령으로 정하는 주식등

2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)

3. 「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호의 자산

② 제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 「소득세법」 제92조를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 같은 법 제104조제4항에 따라 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의2를 적용하지 아니한다.

③ 제2항을 적용할 때 「소득세법」 제92조를 준용하여 계산한 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 이 조에서 "양도가액"이라 한다)에서 필요경비를 공제하고, 공제한 후의 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 「소득세법」 제95조제2항 및 제103조에 따른 금액을 공제하여 계산한다.

④ 제3항에 따른 양도가액, 필요경비 및 양도차익의 계산에 관하여는 「소득세법」 제96조부터 제98조까지 및 제100조를 준용한다. 다만, 「상속세 및 증여세법」에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연(出捐)받은 비영리내국법인이 대통령령으로 정하는 자산을 양도하는 경우에는 그 자산을 출연한 출연자의 취득가액을 그 법인의 취득가액으로 하며, 「국세기본법」 제13조제2항에 따른 법인으로 보는 단체의 경우에는 같은 항에 따라 승인을 받기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다.

⑤ 자산양도소득에 대한 과세표준의 계산에 관하여는 「소득세법」 제101조 및 제102조를 준용하고, 자산양도소득에 대한 세액계산에 관하여는 같은 법 제93조를 준용한다.

⑥ 제2항에 따른 법인세의 과세표준에 대한 신고·납부·결정·경정 및 징수에 관하여는 자산 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고·납부·결정·경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 그 밖의 법인세액에 합산하여 신고·납부·결정·경정 및 징수한다. 이 경우 제75조의3을 준용한다. <개정 2018.12.24>

⑦ 제2항에 따라 계산한 법인세는 「소득세법」 제105조부터 제107조까지의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 「소득세법」 제112조를 준용한다. <개정 2015.12.15>

⑧ 비영리내국법인이 제7항에 따른 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. 다만, 「소득세법」 제110조제4항 단서에 해당하는 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다.

⑨ 제1항부터 제8항까지의 규정에 따른 자산양도소득에 대한 특례의 적용방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제99조의2 【비영리내국법인의 자산양도소득 신고 특례】

⑤ 비영리내국법인이 법 제62조의2제7항의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 한 경우에도 법 제60조제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 할 수 있다. 이 경우 예정신고납부세액은 법 제64조의 규정에 의한 납부할 세액에서 이를 공제한다.

○ 법인세법 제64조【납부】

① 내국법인은 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 산출세액에서 다음 각 호의 법인세액(가산세는 제외한다)을 공제한 금액을 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 제60조에 따른 신고기한까지 납세지 관할 세무서등에 납부하여야 한다. <개정 2018.12.24>

1. 해당 사업연도의 감면세액·세액공제액

2. 제63조의2에 따른 해당 사업연도의 중간예납세액

3. 제69조에 따른 해당 사업연도의 수시부과세액

4. 제73조 및 제73조의2에 따라 해당 사업연도에 원천징수된 세액

○ 국세기본법 제13조 【법인으로 보는 단체 등】

① 법인(「법인세법」 제2조제1호에 따른 내국법인 및 같은 조 제3호에 따른 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연(出捐)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리할 것

3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

○ 소득세법 제2조【납세의무】

③ 「국세기본법」 제13조제1항에 따른 법인 아닌 단체 중 같은 조 제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다) 외의 법인 아닌 단체는 국내에 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 경우에는 1거주자로, 그 밖의 경우에는 1비거주자로 보아 이 법을 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 소득구분에 따라 해당 단체의 각 구성원별로 이 법 또는 「법인세법」에 따라 소득에 대한 소득세 또는 법인세[해당 구성원이 「법인세법」에 따른 법인(법인으로 보는 단체를 포함한다)인 경우로 한정한다. 이하 이 조에서 같다]를 납부할 의무를 진다. <개정 2010.12.27, 2013.1.1, 2018.12.31>

1. 구성원 간 이익의 분배비율이 정하여져 있고 해당 구성원별로 이익의 분배비율이 확인되는 경우

2. 구성원 간 이익의 분배비율이 정하여져 있지 아니하나 사실상 구성원별로 이익이 분배되는 것으로 확인되는 경우

4. 관련예규 등

○ 서면-2018-법령해석법인-1674, 2018.10.08

종중이 법인으로 보는 단체로 승인받기 전 거주자로서 「소득세법」 제105조제1항에 따라 예정신고·납부한 양도소득세는 법인으로 보는 단체로 승인을 받아 해당 양도손익에 대해 「법인세법」 제60조제1항 또는 같은 법 제62조의2제7항에 따라 법인세로 신고·납부하는 경우 공제되는 기납부세액에 해당하지 않는 것입니다.

○ 서면-2018-법인-2352, 2018.12.13

비영리법인인 종중이 법인세를 신고·납부하는 경우 종중의 대표자가 거주자로서 ｢소득세법｣ 제105조 제1항에 따라 신고·납부한 양도소득세는 ｢법인세법｣ 제60조 제1항 또는 같은 법 제62조의2 제7항에 따라 법인세로 신고·납부하는 경우 공제되는 기납부세액에 해당하지 않는 것입니다.

귀 질의의 경우 아래 회신사례를 참조하시기 바랍니다.
◇서면-2018-법령해석법인-1674, 2018.10.08
종중이 법인으로 보는 단체로 승인받기 전 거주자로서 「소득세법」 제105조제1항에 따라 예정신고․납부한 양도소득세는 법인으로 보는 단체로 승인을 받아 해당 양도손익에 대해 「법인세법」 제60조제1항 또는 같은 법 제62조의2제7항에 따라 법인세로 신고․납부하는 경우 공제되는 기납부세액에 해당하지 않는 것입니다.