서면-2018-법령해석법인-1674 (2018.10.08)

1. 사실관계

○◈◈종중은 ’18.2.5. 인천광역시 서구 소재 부동산(이하 “쟁점토지”)을 양도하고 ’18.4.3. 양도소득세를 예정신고․납부한 후

  -’18.5.1. 관할 세무서장으로부터 ‘법인으로 보는 단체’로 승인(이하 “◈◈종중법인”)받고 쟁점토지의 양도손익을 ◈◈종중법인의 최초사업연도(1.1.~12.31.)의 손익에 귀속시켜 ｢법인세법｣제62의2조에 따른 자산양도소득에 대한 과세특례를 적용하고자 함

○◈◈종중법인은 ◈◈종중의 양도소득세 예정신고․납부세액에 대해 환급을 청구하는 경정청구서를 ’18.5.8. 제출하였음

2. 질의내용

○종중이 양도한 부동산에 대해 거주자로서 양도소득세를 예정신고･납부하고 법인으로 보는 단체로 승인받은 후, 당해 양도손익을 법인에 귀속시킨 것이 있는 경우

  -종중의 양도소득세 예정신고․납부세액에 대해 법인으로 보는 단체의 법인세 정기신고 시 기납부세액으로 공제하는지 여부

3. 관련법령 및 관련사례

○소득세법 제105조【양도소득과세표준 예정신고】

 ①제94조제1항 각 호(같은 조 같은 항 제5호는 제외한다)에서 규정하는 자산을 양도한 거주자는 제92조제2항에 따라 계산한 양도소득과세표준을 다음 각 호의 구분에 따른 기간에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. <개정 2017.12.19>

  1.제94조제1항제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월. (단서 생략)

 ②제1항에 따른 양도소득 과세표준의 신고를 예정신고라 한다.

 ③제1항은 양도차익이 없거나 양도차손이 발생한 경우에도 적용한다.

○법인세법 제3조【과세소득의 범위】

 ③비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. <개정 2017.12.19>

  5.고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

○법인세법 시행령 제2조【수익사업의 범위】

 ②법 제3조제3항제5호 단서에서 "대통령령으로 정하는 수입"이란 해당 고정자산의 처분일(「국가균형발전 특별법」 제18조에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다.

○법인세법 제55조의2【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】

 ①내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이조 및 제95조의2에서 “토지 등”이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다.(이하 생략)

○법인세법 제60조【과세표준 등의 신고】

 ①납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

 ③제1항은 내국법인으로서 각 사업연도의 소득금액이 없거나 결손금이 있는 법인의 경우에도 적용한다.

○법인세법 제64조【납부】

 ①내국법인은 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 산출세액에서 다음 각 호의 법인세액(가산세는 제외한다)을 공제한 금액을 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 제60조에 따른 신고기한까지 납세지 관할 세무서등에 납부하여야 한다.

  1.해당 사업연도의 감면세액

  2.제63조에 따른 해당 사업연도의 중간예납세액

  3.제69조에 따른 해당 사업연도의 수시부과세액

  4.제73조에 따라 해당 사업연도에 원천징수된 세액

○법인세법 제62조의2【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】

 ①비영리내국법인(제3조 제3항 제1호에서 규정하는 수익사업을 하는 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제3항 제4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 “자산양도소득”이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 소득을 제14조에 따른 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다.

  2.토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)

 ②제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는「소득세법」제92조를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조 제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다.

    이 경우 같은 법 제104조 제4항에 따라 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의 2를 적용하지 아니한다.

 ⑦제2항에 따라 계산한 법인세는「소득세법」제105조부터 제107조까지의 규정을 준용하여 양도소득 과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우「소득세법」제112조를 준용한다.

○법인세법 시행령 제99조의2【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】

 ⑤비영리내국법인이 법 제62조의2제7항의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 한 경우에도 법 제60조제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 할 수 있다. 이 경우 예정신고납부세액은 법 제64조의 규정에 의한 납부할 세액에서 이를 공제한다.

○ 국세기본법 통칙 51-0…1【국세환급금의 환급대상자】

 ②명의위장임이 확인되어 「국세기본법」 제14조에 따라 실질소득자에게 과세함에 있어 당초 신고한 명의자의 소득금액을 결정취소함에 따라 발생하는 환급세액은 실질소득자의 기납부세액으로 공제하고 잔여 환급세액이 있는 경우 「국세기본법」 제51조 및 같은 법 제52조에 따라 실질소득자에게 환급한다.

  ⇨실질과세원칙에 따라 실지 납세의무자가 납부할 세액을 명의위장자가 납부한 경우 실지 납세의무자가 납부한 것으로 보아 기납부세액으로 공제

종중이 법인으로 보는 단체로 승인받기 전 거주자로서 「소득세법」 제105조제1항에 따라 예정신고․납부한 양도소득세는 법인으로 보는 단체로 승인을 받아 해당 양도손익에 대해 「법인세법」 제60조제1항 또는 같은 법 제62조의2제7항에 따라 법인세로 신고․납부하는 경우 공제되는 기납부세액에 해당하지 않는 것입니다.