예규판례 — TaxHub 조세법령

제목: 방산 계약에 따른 업체간 납품 관련 연구·인력개발비의 공제 대상 여부
요지: 방위산업 분야에서 부체계업체가 주체계업체와의 납품계약 충족을 위해 수행한 연구개발은 실질적인 연구 수행의 책임과 위험, 결과의 귀속에 따라 공제대상을 판단하는 것임. 또한, 주체계업체가 부체계업체의 제품을 구입하여 연구용으로 사용하였다면 이는 공제 대상에 해당하나 연구용으로 사용하였는지 여부는 연구의 목적, 재료의 사용방식 등을 고려해 사실판단할 사항임

질의

1. 사실관계

○㈜OO(이하 “질의법인”이라 함)는 19XX년 X월 설립된 내국법인으로, 미래창조과학부 장관의 인정을 받은 기업부설연구소를 보유하고 있음

○질의법인은 방위산업부문의 무기개발 시제업체로 선정되어 무기체계의 상세설계 및 시제제작 업무를 하거나(이하 이러한 업무를 하는 업체를 “주체계업체”라고 함) 시제업체로 선정된 타 업체와 물품공급계약을 맺어 물품을 공급하는 업무를 수행함(이하 이러한 업무를 하는 업체를 “부체계업체”라고 함)

○질의법인은 방위사업청과 주체계업체로서 XX 개발 계약을 맺고 부체계업체인 ㈜□□□에 XX에 장착할 △△의 납품을 의뢰함

2. 질의내용

○주체계업체와 부체계업체가 물품공급계약을 맺고 부체계업체가 계약 제품을 공급하기 위한 제품개발 연구를 진행할 경우

-(질의1)부체계업체가 주체계업체에 물품을 공급하기 위해 수행하는 연구개발 관련 비용이 연구·인력개발비 세액공제 적용을 받을 수 있는지

-(질의2)주체계업체가 무기체계의 개발을 위해 부체계업체의 물품을 공급받으면서 지급한 구입비가 연구·인력개발비 세액공제 대상에 해당하는지

3. 관련법령

○조세특례제한법 제2조【정의】

① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

11. "연구개발"이란 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하며, 대통령령으로 정하는 활동을 제외한다.

○ 조세특례제한법 제10조【연구･인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호는 2021년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.

○조세특례제한법 시행령 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

① 법 제10조제1항 각 호 외의 부분 전단에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. (단서 생략)

○ 조세특례제한법 시행령 별표 6 【연구인력개발비 세액공제를 적용받는 비용】(제9조제1항 관련) <2020.2.11.>

구분

비용

1.연구개발

가. 자체연구개발

1) 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 "전담부서등"이라 한다)에서 근무하는 직원(연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정 사무를 담당하는 자는 제외한다) 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비. 다만, 다음의 인건비를 제외한다.

가)~다) (생략)

2) 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 연구용으로 사용하는 견본품ㆍ부품ㆍ원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다) 및 소프트웨어(「문화산업진흥 기본법」 제2조제2호에 따른 문화상품 제작을 목적으로 사용하는 경우에 한정한다)ㆍ서체ㆍ음원ㆍ이미지의 대여ㆍ구입비

3) 생략

나. 위탁 및 공동연구개발

1) 다음의 기관에 과학기술 및 산업디자인 분야의 연구개발용역을 위탁(재위탁을 포함한다)함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비, 판매시점 정보관리 시스템 설비 등 기업의 사업운영ㆍ관리ㆍ지원 활동과 관련된 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용

가) 「고등교육법」에 따른 대학 또는 전문대학

나) 국공립연구기관

다) 정부출연연구기관

라) 국내외의 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다)

마) 「산업기술혁신 촉진법」 제42조에 따른 전문생산기술연구소 등 기업이 설립한 국내외 연구기관

바) 전담부서등(전담부서 등에서 직접 수행한 부분에 한정한다) 또는 국외기업에 부설된 연구기관

사) 「국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별법」에 따른 연구개발서비스업을 영위하는 기업 또는 영리목적으로 연구ㆍ개발을 독립적으로 수행하거나 위탁받아 수행하고 있는 국외 소재 기업

아) 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단

자) 한국표준산업분류표상 기술시험ㆍ검사 및 분석업을 영위하는 기업

차) 「산업디자인진흥법」 제4조제2항 각 호에 해당하는 기관

카) 「산업기술연구조합 육성법」에 따른 산업기술연구조합

(이하 생략)

○ 조세특례제한법 시행령 별표 7 【신성장·원천기술의 범위】(제9조제2항 관련)<2020.2.11.>

구분	분야	대상기술
7. 바이오ㆍ헬스	가. 바이오 ㆍ화합물의약	5) 혁신형 개량신약(화합물의약품) 개발 및 제조 기술: DDS(Drug Delivery System, 약물전달시스템), 염변경, 이성체 제조, 복합제 제조 및 바이오ㆍ나노기술과의 융합 등의 기술을 통해 기존 신약보다 안전성, 유효성, 유용성(복약순응도, 편리성 등), 효능 등을 현저히 개선시킨 개량 신약을 개발ㆍ제조하는 기술
		6) 임상약리시험 평가기술(임상1상 시험): 바이오 신약[바이오 베터(Bio Better)를 포함한다], 백신, 혁신형 신약(화합물의약품) 후보물질의 초기 안정성, 내약성, 약동학적, 약력학적 평가 및 약물대사와 상호작용 평가, 초기 잠재적 치료효과 추정을 위한 임상약리시험 평가기술
		7) 치료적 탐색 임상평가기술(임상2상 시험): 바이오 신약[바이오 베터(Bio Better)를 포함한다], 백신, 혁신형 신약(화합물의약품) 후보물질의 용량 및 투여기간 추정 등 치료적 유용성 탐색을 위한 평가기술
		8) 치료적 확증 임상평가기술(임상3상 시험): 바이오 신약[바이오 베터(Bio Better)를 포함한다], 백신, 혁신형 신약(화합물의약품) 후보물질의 안전성, 유효성 등 치료적 확증을 위한 평가기술

4. 관련사례

○기획재정부 조세특례제도과-990, 2011.10.28.

제조업을 영위하는 내국인이 기술개발활동을 위하여 연구개발 전담부서에서 지출하는 인건비, 부품ㆍ원재료비 등의 비용은「조세특례제한법」제10조의 규정에 의한 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받을 수 있는 것이며, 이 경우 동 기술개발활동이 거래처의 납품의뢰에 따른 경우에도 동일하게 적용하는 것이므로 납품업체가 자기책임과 비용으로 납품조건을 충족하기 위해 선행개발된 기술을 바탕으로 자체기술에 의한 상품화 개발 및 Application 개발을 수행하는 과정에서 발생한 연구개발 전담부서의 연구개발 관련비용은 「조세특례제한법 시행령」 별표6 1. 기술개발란 가목의 자체기술개발비용에 해당하는 것임

○기획재정부 조세특례제도과-177, 2017.02.09.

납품업체가 자기의 책임과 비용으로 거래처의 납품의뢰에 따라서 선행개발된 기술을 바탕으로 자체기술로 상품화개발 등을 수행하는 과정에서 발생한 연구개발 전담부서의 연구개발 관련비용은 「조세특례제한법 시행령」【별표 6】제1호 연구개발란 가목의 자체연구개발 비용에 해당하는 것임. 이 경우 연구・인력개발비에 해당하는 비용 중 조세특례제한법 시행령 제8조 제1항 단서규정에 해당되는 비용이 있는 때에는 동 비용을 차감하는 것이나, 납품업체가 자체연구개발에 따른 특허권 등을 소유・사용하면서 납품조건을 충족시키는 개발품(시제품)만을 공급하고 받은 대가는 연구・인력개발비에 해당하는 비용에서 차감하지 아니하는 것임

○국심2007서1000, 2008.08.29.

본 건의 경우 용역대가의 수령과정을 보면, 원칙적으로 대금수령은 납품 및 검사가 완료된 후 또는 계약이 완전히 이행된 후에 가능한 것이며, 예외적으로 청구에 의하여 소정의 금액을 계약체결시 수령은 가능하지만 이 금액은 선수금일 뿐이다. 또한 연구개발 도중 ○○○는 청구법인이 연구개발의 실패 등의 사유로 계약을 이행할 능력이 없다고 판단 될 때는 계약을 해제 또는 해지 할 수 있는데 계약이 해제 또는 해지 되는 경우에는 기납품 및 계약보증금등의 처리는 ○○○의 지시에 따라야 하고, 이 경우 계약공무원은 “물품구매계약일반조건”을 준용하여야 하므로 ○○○에 인수되지 않은 연구개발 중인 시제품 또는 인수되었지만 검사를 통과하지 못한 시제품에 대해서는 방위산업체가 연구개발의 대가를 지급받지 못하므로 청구법인의 연구개발의 실패로 계약을 해제 또는 해지 당하면 투입되는 연구개발비용은 온전히 손실로 처리된다.

이러한 연구개발에 따른 책임과 위험이 청구법인에게 귀속되는 것과 아울러 방위산업물자는 대중의 수요를 위해 개발하는 것이 아니라 국가가 요구하는 무기 등의 특정물품을 만드는 것이므로 국가의 요구에 맞춰서 기술개발이 이루어질 수밖에 없는 방위산업의 특수성을 감안하였을 때 비록 계약의 형식은 위탁의 형식을 띠고 있지만, 기술개발내용은 자체기술개발로 봄이 타당하다 할 것이다.

○기준-2016-법령해석법인-0002, 2016.02.05.

귀 과세기준자문의 경우, 내국법인이 납품의뢰 받은 제품을 개발하기 위해 연구개발활동을 수행하는 과정에서 시제품의 제작과 관련하여 발생하는「조세특례제한법 시행령」[별표6] 1.연구개발란 가목(자체연구개발)의 비용은 같은 법 제10조의 연구・인력개발비에 대한 세액공제를 적용받을 수 있는 것으로, 자체연구개발을 위한 비용에는 전담부서에서 사용하는 사무용품비 등 소모품비와 복리후생비는 포함하지 않는 것이나, 시제품 제작에 사용하기 위한 부품구입비는 이미 개발되어 기존제품에 사용되고 있는 부품인지 또는 범용성 있는 부품인지 여부에 관계없이 포함하는 것임

회신

방위산업 분야에서 부체계업체가 주체계업체와의 납품계약 조건을 충족하기 위해 수행하는 연구개발은 실질적인 연구 수행의 책임과 위험, 결과의 귀속에 따라 공제 대상이 달라지는 것으로 업체의 연구개발이 공제 가능한지 여부는 업체가 맺은 계약의 조건, 권리의무의 귀속 등을 살펴 사실판단할 사항입니다.
또한, 주체계업체가 연구개발을 수행하는 과정에서 시제품의 제작에 사용하고자 연구용으로 구입한 부체계업체의 제품은 연구·인력개발비 세액공제 대상에 해당합니다.다만, 질의법인의 지출 재료비가 연구용으로 시제품의 제작에 사용되었는지 여부는 연구의 대상 및 목적, 재료의 사용방식 등을 종합적으로 고려하여 사실판단할 사항입니다.

질의

회신

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