서면-2018-법령해석부가-2693 (2018.11.06)

1. 사실관계

 ○ ☆☆역사(주)(이하 “질의법인”)는 영등포 민자역사의 건립 및 운영을 위하여 1988.9.30. 철도청장으로부터 1987.7.1.부터 2017.12.31. 까지 서울시 영등포구 영등포동 000-00 및 인근토지(이하 “본건토지”)에 대한 점용허가(이하 “본건 점용허가”)를 받았음

  - 철도청장은 「국유철도재산의 활용에 관한 법률(1995.12.6. 법률 제5027호로 공포되어 1996.1.1. 시행된 국유철도의 운영에 관한 특례법 부칙 제2조로 폐지되기 전의 것, 이하 “국활법”)」 제6조제1항에 의하여 본건 토지에 대한 점용허가를 하였음

 ○ 질의법인은 본건 점용허가 조건에 따라 본건 토지에 영등포 민자역사를 건설하여 그 중 역무시설(이하 “본건 역무시설”)을 1991.4.11. 준공과 동시에 무상으로 국가에 귀속시키고

  - 본건 역무시설이 아닌 영업시설(이하 “본건 영업시설”)을 1991.5.4. 개점하여 상가 및 주차장 등으로 운영하였음

 ○ 한국철도시설공단(구 철도청)은 관계 법령 및 산정기준에 따라 매년 점용료를 산출하여 질의법인에 고지하였으며 질의법인은 고지된 점용료를 납부하였으며

  - 점용료는 점용허가를 할 철도시설의 가액을 기준으로 산출한 금액(이하 “재산료”)과 점용허가를 받아 행하는 사업의 연간 매출액을 기준으로 산출한 금액(이하 “영업료”)을 참고하여 계산하되, 구체적인 점용료 산정기준에 대해서는 국토교통부장관이 정하도록 규정하고 있음

 ○ 질의법인은 본건 점용허가 기간이 2017.12.31.에 만료됨에 따라, 2017.9.21. 국토교통부와 한국철도시설공단(이하 “국토부등”)에 본건 점용허가 기간의 연장을 신청하였고 국토부등은 본건 점용허가 기간 연장신청과 관련하여

  - ① 국유철도 운영에 관한 특례법(2003.12.31. 법률 제7052호로 공포되어 2005.1.1. 시행된 「한국철도공사법」부칙 제2조로 폐지되기 전의 것, 이하 “국운법”) 제30조제1항에 따라 질의법인에 본건 토지의 원상회복을 명할 것인지,

  - ② 같은 조 제3항에 따라 질의법인의 원상회복의무를 면제하고 본건 영업시설을 국가에 귀속시킬 것인지,

  - 또는 ③ 같은 법 시행령 제23조제2항에 따라 본건 점용허가 기간을 연장할 것인지를 결정하기 위하여, 2017.9.13. 이해관계자 대상 간담회를, 2017.9.22. 본건 영업시설 임차업체 점주 및 종사자 대상 설명회를 개최하였음

 ○ 국토부등은 2017.11.10. 본건 점용허가 기간을 연장하지 아니하고, 만료 시 본건 영업시설을 국가에 무상으로 귀속하며, 「국유재산법」에 따른 사용허가를 통하여 질의법인에 2년 이내의 정리기간을 제공하기로 결정하였고(국토교통부 철도 민자역사 점용기간 만료시 처리방안)

  - 질의법인은 한국철도시설공단과 ‘사용허가기간을 2018.1.1.부터 2019.12.31.까지로 하고, 사용허가기한 만료일 6개월 이전까지 본건 영업시설 운영 신규 사업자 선정’을 골자로 하는 협약을 체결하였음(영등포 민자역사 국가귀속 이행 및 사용허가를 위한 협약서)

 ○ 질의법인은 위 협약에 따라, 2017.12.22. 본건 영업시설의 소유자를 국가(관리청 : 국토교통부)로 하는 소유권 이전등기를 경료하였으며(이하 “본건 국가귀속”)

  - 본건 국가귀속을 부가가치세 과세대상 거래로 보아 본건 영업시설의 감정평가금액인 1,391억원(부가가치세 139억원)을 공급가액으로 기재한 세금계산서를 국토교통부에 발행하였음

   1) 기부채납 시 해당 영업시설에 대한 장부가액은 “0”임

   2) 질의법인은 해당 매출부가세를 납부하고 세금과공과금 처리

   3) 국토부는 해당 세금계산서상의 매입세액을 불공제처리함(무상취득)

   4) 국토부는 해당 건물을 부동산임대사업(과세사업)에 사용 중임

 ○ 질의법인은 2017.12.22. 국토부등에 「국유재산법 시행규칙」제14조제1항에 따라 본건 영업시설에 대한 사용허가를 신청하였고

  - 한국철도시설공단은 「국유재산법」제32조 및 같은 법 제29조에 따라 본건 영업시설에 대한 2018년도 사용료를 196억원(부가가치세 19억원)으로 계산하여 2017.12.26. 질의법인에 고지하였으며

  - 질의법인의 사용료 납부 확인 후 2018.1.15. 「국유재산법」제30조에 따라 질의법인에 본건 영업시설 사용을 허가하였음

 ○ 본건 영업시설에 대한 사용료는 본건 토지의 개별공시지가와 본건 영업시설의 시가표준액을 합한 금액에 「국유재산법 시행령」제29조제1항에 따른 요율을 곱하여 산출되었음

2. 질의내용

 ○ 사업자가 철도용지 점용허가기간 만료에 따라 민자역사 내 영업시설을 국가에 무상귀속시키는 경우 부가가치세 과·면세 여부

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제9조【재화의 공급】

 ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

○ 부가가치세법 시행령 제18조【재화 공급의 범위】

 ① 법 제9조제1항에 따른 재화의 공급은 다음 각 호의 것으로 한다.

  3. 재화의 인도 대가로서 다른 재화를 인도받거나 용역을 제공받는 교환계약에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것

○ 부가가치세법 제11조【용역의 공급】

 ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

  1. 역무를 제공하는 것

  2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

○ 부가가치세법 제12조【용역 공급의 특례】

 ② 사업자가 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다. 다만, 사업자가 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)에게 사업용 부동산의 임대용역 등 대통령령으로 정하는 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 본다.

○ 부가가치세법 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

 ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

  20. 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합 또는 대통령령으로 정하는 공익단체에 무상(無償)으로 공급하는 재화 또는 용역

○ 국유철도재산의 활용에 관한 법률(1995.12.6. 법률 제5027호로 공포되어 1996.1.1. 시행된 국유철도의 운영에 관한 특례법 부칙 제2조로 폐지되기 전의 것)

 제6조【점용허가】

 ① 철도청장은 철도재산에 건물 기타의 영구시설물(이하 “시설물”이라 한다)을 설치하고자 하는 자에게 국유재산법 제24조제3항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 의하여 시설물의 종류 및 기간등을 정하여 점용허가를 할 수 있다.

 제9조【점용료】

 ① 점용권자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 철도청장에게 점용료를 납부하여야 한다.

 제12조【원장회복의무】

 ① 점용권자는 점용허가기간이 만료되거나 점용을 폐지한 때에는 점용허가된 재산을 원장으로 회복하여야 한다. 다만, 철도청장은 원장으로 회복할 수 없거나 원장회복이 부적당하다고 인정되는 경우에는 원장회복의무를 면제할 수 있다.

 ③ 제1항 단서의 규정에 의하여 원장회복의무가 면제된 때에는 당해 시설물은 국가에 귀속된다. 이 경우 그 시설물은 철도청장이 관리한다.

○ 국유철도재산의 활용에 관한 법률 시행령(2004.11.3. 대통령령 제18580호로 공포되어 2005.1.1. 시행된 「한국철도공사법 시행령」부칙 제2조로 폐지되기 전의 것) 제7조【점용허가기간】

 ① 철도재산의 점용허가기간은 다음 각 호의 기간이상으로 한다.

  1. 철골조·철근콘크리트조·석조 또는 이와 유사한 견고한 건물의 축조를 목적으로 하는 경우에는 30년

○ 국유철도의 운영에 관한 특례법(2003.12.31. 법률 제7052호로 공포되어 2005.1.1. 시행된 「한국철도공사법」부칙 제2조로 폐지되기 전의 것)

제24조【점용허가】

 ① 철도청장은 철도재산에 건물 기타의 시설물(이하 "시설물"이라 한다)을 설치하고자 하는 자에게 국유재산법 제24조제3항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 의하여 시설물의 종류 및 기간등을 정하여 점용허가를 할 수 있다.

 제27조【점용료】

 ① 점용허가를 받은 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 철도청장에게 점용료를 납부하여야 한다.

 제30조【원장회복의무】

 ① 점용허가를 받은 자는 점용허가기간이 만료되거나 점용을 폐지한 때에는 점용허가된 철도재산을 원장으로 회복하여야 한다. 다만, 철도청장은 원장으로 회복할 수 없거나 원장회복이 부적당하다고 인정되는 경우에는 원장회복의무를 면제할 수 있다.

 ③ 철도청장은 제1항 단서의 규정에 의하여 원장회복의무가 면제되는 시설물을 국가의 소유로 할 수 있다. 이 경우 그 시설물은 철도청장이 관리한다.

○ 부칙(법률 제5027호, 1995.12.6.)

 제2조(다른 법률의 폐지) 한국철도공사법 및 국유철도재산의활용에관한법률은 이를 각각 페지한다.

 제5조(출자등에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 국유철도재산의 활용에 관한 법률 제3조 및 동법 제6조의 규정에 의하여 철도청장이 출자하거나 점용허가한 재산은 이 법 제21조 및 동법 제24조의 규정에 의하여 철도청장이 출자하거나 점용허가한 것으로 본다.

○ 국유재산법(법률 제14841호, 2017.8.9. 시행)

 제30조【사용허가】

 ① 중앙관서의 장은 다음 각 호의 범위에서만 행정재산의 사용허가를 할 수 있다.

  1. 공용·공공용·기업용 재산 : 그 용도나 목적에 장애가 되지 아니하는 범위

  2. 보존용재산 : 보존목적의 수행에 필요한 범위

 제32조【사용료】

 ① 행정재산을 사용허가한 때에는 대통령령으로 정하는 요율과 산출방법에 따라 매년 사용료를 징수한다. 다만, 연간 사용료가 대통령령으로 정하는 금액 이하인 경우에는 사용허가기간의 사용료를 일시에 통합 징수할 수 있다.

 제35조【사용허가기간】

 ① 행정재산의 사용허가기간은 5년 이내로 한다.

사업자가 국가소유 철도용지에 대한 점용허가(이하 “본건 점용허가”)를 받아 민자역사(역무시설과 영업시설)를 건설하여 역무시설은 국가에 귀속하고 영업시설은 점용허가기간 동안 점용료를 지급하면서 사용·수익하였으나, 점용기간이 만료되어 구 「국유철도의 운영에 관한 특례법」제30조 및 본건 점용(변경)허가조건 제17조제2항에 따른 원상회복의무 면제로 해당 영업시설이 국가에 무상귀속됨에 따라 해당 영업시설을 감정평가하여 세금계산서를 발급하고 해당 영업시설을 임대하는 국가는 매입세액을 공제받지 아니한 경우로서 해당 영업시설의 기부채납이 경제적 또는 실질적 대가관계 없는 무상이전에 해당하는 경우, 해당 영업시설의 기부채납은 「부가가치세법」제26조제1항제20호에 따라 부가가치세가 면제되는 것입니다.