서면-2020-법령해석부가-1491 (2020.05.25)

 질의요지

○갑, 을이 공동소유중인 부동산에서 병원을 공동으로 운영하면서 병원 확장을 위한 건물 증축 시 관련 매입세액을 공제하지 아니하고 건물의 일부는 부동산임대업을 영위하던 중, 갑, 을 각각 가족에게 부동산 지분의 일부를 증여하여 갑, 을을 포함한 7인의 공동임대사업자를 구성한 후 해당 부동산에서 임대용역을 제공하는 경우 건물 증축과 관련하여 면세사업자번호로 발급받은 세금계산서상 매입세액을 7인의 공동사업자의 매입세액으로 공제 받을 수 있는지

 사실관계

○ 의료인인 갑과 을은 공동으로 소유중(지분율 각1/2)인 부동산(이하 “쟁점부동산”)에서 병원을 운영하는 공동사업자(이하 “면세사업자”)로, 병원 사업장을 확장하기 위해 ’15.10.~’18.6. 기간 동안 7층 건물(이하 “쟁점 건물”)을 9층으로 증축하고 이와 관련된 세금계산서를 수취한 후 매입세액을 공제받지 아니하였음

○ 이후 쟁점 건물의 1층 일부에서 임대사업을 영위하기 위해 공동으로 임대사업자 등록을 하고 ’18.7.부터 임대업을 영위하다가, ’19.10. 갑, 을 각각 배우자와 자녀 총 5명에게 쟁점부동산의 일부를 증여함에 따라 기존의 임대사업자를 폐업한 후 갑, 을을 포함한 7인이 동업계약서^*를 작성하고 공동사업자(이하 “공동임대사업자”)를 구성하여 부동산임대사업자 등록(사업개시일 : 2019.10.15.)을 하였음

* 동업계약서 상 공동사업지분은 갑(49.5%), 을(49.5%), 병(0.25%), 정(0.25%), 무(0.1%), 기(0.2%), 경(0.2%)으로 하며, 모든 수익과 비용은 지분에 따라 분배하는 것으로 규정함(병·정 : 갑 가족, 무·기·경 : 을 가족)

○ 공동임대사업자는 면세사업자 및 건물 1층의 기존 임차인과 임대차계약을 체결하여 부동산임대용역을 제공하고 있음

 관련 법령

○ 부가가치세법 제10조【재화 공급의 특례】

① 사업자가 자기의 과세사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화(이하 이 조에서 "자기생산ㆍ취득재화"라 한다)를 자기의 면세사업을 위하여 직접 사용하거나 소비하는 것은 재화의 공급으로 본다.

2. 제9항제2호에 따른 사업양도로 취득한 재화로서 사업양도자가 제38조에 따른 매입세액, 그 밖에 이 법 및 다른 법률에 따른 매입세액을 공제받은 재화

○ 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액

○ 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

○ 부가가치세법 제43조【면세사업등을 위한 감가상각자산의 과세사업 전환 시 매입세액공제 특례】

사업자는 제39조제1항제7호에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 면세사업등을 위한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제할 수 있다.

○ 부가가치세법 시행령 제85조【면세사업등을 위한 감가상각자산의 과세사업 전환 시 매입세액공제 특례】

① 사업자가 법 제39조제1항제7호에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비하는 경우 법 제43조에 따라 공제되는 세액은 다음 각 호의 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제66조제2항 후단을 준용한다.

1. 건물 또는 구축물

⑤ 사업자가 법 제43조에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비할 때에는 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간에 대한 확정신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 과세사업전환 감가상각자산 신고서를 작성하여 각 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

○ 민법 제703조【조합의 의의】

① 조합은 2인이상이 상호출자하여 공동사업을 경영할 것을 약정함으로써 그 효력이 생긴다.

공동으로 소유한 부동산(이하 “쟁점 사업장”)에서 의료업을 공동으로 영위하는 갑과 을(이하 "공동사업자A")이 의료업을 확장하기 위하여 건물을 증축하면서 관련 매입세액(이하 "면세사업관련 매입세액")을 공제받지 아니하고 이후 건물의 일부에서 부동산임대업을 영위하기 위하여 공동으로 임대사업자등록(이하 "공동임대사업자")을 한 경우로서, 부동산의 일부 지분을 가족에게 증여함에 따라 공동임대사업자는 사업자등록을 폐업하고 갑, 을을 포함한 7인의 부동산임대업을 영위하는 공동사업자(이하 "공동사업자B")를 구성하여 공동사업자B가 쟁점 사업장에서 의료업만을 영위하게 된 공동사업자A와 기존 임차인에게 부동산 임대용역을 제공하는 경우, 공동사업자A가 공제받지 아니한 면세사업관련 매입세액은 「부가가치세법」 제43조에 따른 공동사업자B의 매입세액으로 공제할 수 없는 것입니다.