서울고등법원 2019누67823 (2020.09.11)

【심급】

2심

【세목】

지방소득세

【주문】

1. 피고들의 항소를 모두 기각한다.

2. 항소비용은 피고들이 부담한다.

【이유】

▣청구취지 및 항소취지

1.청구취지

피고들이 원고에 대하여 한 별지 목록 기재 각 법인지방소득세 경정거부처분을 모두 취소한다.

2.항소취지

제1심판결을 취소한다.원고의 피고들에 대한 청구를 모두 기각한다.

▣이 유

1.제1심판결 이유의 인용

이 법원이 이 판결에 기재할 이유는 제1심 판결문 제4면 제18행과 제12면 제7행의 각“제4조”를“제3조”로,제9면 제2행과 제17행의 각“최저한세”를“최저한세액”으로 각 고쳐 쓰고,원고와 피고들이 당심에서 추가하거나 강조하여 주장하는 부분에 대한 판단을 아래 제2항에서 추가하는 이외에는 제1심 판결문의 이유 기재와 같으므로,행정소송법 제8조 제2항,민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

2.추가하는 부분

가.당사자의 주장

1)원고의 주장

조세법령은 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하는 것이 원칙이라고 할 것이나,조세법령의 개정으로 납세의무자에게 불리하게 변경된 경우 납세의무 성립일 이전에 납세의무자에게 부여된 신뢰를 보호하기 위하여 특별규정으로 이 사건 경과규정과 같은 부칙을 규정하고 있다면 그와 같은 경과규정에 의하여 납세의무 성립일 이전의 종전 규정을 적용할 수 있다.그런데 종전에 법인세법에 따라 납부하여야 할 법인세액을 과세표준으로 하여 부가세 방식으로 법인세분 지방소득세가 산정되던 구 지방세법과는 달리 개정 지방세법은 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액을 과세표준으로 하여 과세표준 구간에 따른 누진세율을 적용한 세액을 법인지방소득세 산출세액으로 규정하면서 독자적으로 세액감면 규정을 지방세특례제한법 등에 규정하는 독립세 방식으로 변경하고,개인지방소득세와 달리 법인지방소득세에 대하여는 구 조세특례제한법 제10조,제144조에 따라 세액감면 및 이월공제를 받을 수 있었던 규정을 지방세특례제한법에 신설하지 않음으로써 원고로서는 개정 지방세법 시행 이전에 이미 구 조세특례제한법 제10조에 규정된 이 사건 연구비 등을 지출하였음에도 법인지방소득세에서 이를 공제받지 못하게 되었다.따라서 이는 지방세법의 개정으로 납세의무자에게 불리하게 변경된 경우에 해당하고,원고의 이 사건 연구비 등의 지출에 대한 신뢰는 보호하여야할 가치가 충분하므로,이 사건 경과규정에 따라 종전 규정인 구 지방세법 제85조,제89조,구 법인세법(2018. 12. 24.법률 제16008호로 개정되기 이전의 것,이하‘구 법인세법’이라 한다)제13조,제55조,구 조세특례제한법 제10조,제144조가 적용되어야 한다.

2)피고들의 주장

조세법령은 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하는 것이 원칙이라고 할 것이고 개정 지방세법 부칙 제2조 단서도 지방소득세에 대해서는 이 법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다고 규정하고 있다.따라서 개정 지방세법 시행 이후에 과세기간이 시작되는2015년 법인지방소득세부터는 개정 지방세법이 적용되어야 할 뿐 이 사건 경과규정이 적용될 수 없다.한편 견해를 달리하여 개정 지방세법 시행 이후에도 이 사건 경과규정이 적용될 수 있다고 하더라도①이 사건 경과규정의‘종전 규정’은 구 지방세법만을 의미할 뿐 구 지방세법에 따라 법인세분 지방소득세의 과세표준을 산정하는 산식에 불과한 구 법인세법 및 구 조세특례제한법의 규정들은‘종전 규정’에 해당하지 아니하며,②구 지방세법의 법인세분 지방소득세는 법인세액을 과세표준으로 함에 따라 지방세 부과 주체의 의사와 무관하게 이 사건 연구비 등이 감면되었을 뿐만 아니라,이 사건 경과규정에 따라 종전 규정을 적용하려면 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 감면한다는 등의 내용을 명시적으로 규정하고 있어야 하는데 구 조세특례제한법 제10조 및 제144조는‘법인세’에 대하여 감면한다는 내용을 명시하고 있을 뿐‘법인세분 지방소득세’에 대하여는 감면한다는 내용을 규정하고 있지 아니하여 이는 부가세 형태의 부과방식에 따른 반사적 이익에 불과할 뿐 법적으로 보호되는 이익이라고 할 수 없어 개정 지방세법을 적용할 수 있을 뿐 구 지방세법 및 구 법인세법,구 조세특례제한법의 규정을 적용할 수 없다.

나.관련 규정의 내용

1)구 지방세법 제85조는‘지방소득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다’고 규정하고,제1호에서‘"소득분"이란 소득세분 및 법인세분을 총칭하는 것을 말한다’고,제4호에서‘"법인세분"이란 법인세법에 따라 납부하여야 하는 법인세액을 과세표준으로 하는 지방소득세를 말한다’고 규정하고 있었다.그리고 구 지방세법 제89조 제1항은 법인세분 지방소득세의 표준세율을 법인세액의100분의10으로 규정하고 있었다.

한편 구 법인세법 제13조,제55조는 법인세액을 이 법과 다른 법률에 따른 비과세소득과 소득공제액을 모두 공제한 과세표준에 일정한 세율을 적용하여 계산하도록 규정하고 있었다.그리고 구 조세특례제한법 제10조는 일정한 요건을 충족한 연구·인력개발비는 법인세에서 공제하도록 규정하고 있었으며,제132조 제1항은 법인세 최저한세액에 미달하는 경우에는 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대하여는 감면을 하지 않되,제144조는 제10조에 따라 공제한 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 법인세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 경우에 상당하는 금액은,해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일로부터5년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 법인세에서 공제할 수 있도록 규정하고 있었다.

2)개정 지방세법 제85조는‘지방소득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다’고 규정하면서 제2호에서‘"법인지방소득"이란 법인세법 제3조에 따른 내국법인 또는 외국법인의 소득을 말한다’고 규정하고,제103조의19는 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액으로 규정하였다.그리고 제103조의20은 법인지방소득세의 세율을 규정함으로써 법인지방소득세는 법인세 과세표준에 법인지방소득세 표준세율을 곱하여 산출되게 되었고,한편 지방세법 제103조의22에 따라 지방소득세에 대한 세액공제·감면 등은 지방세특례제한법에 별도로 규정하게 되었다.

그리고 개정 지방세법 부칙 제2조(일반적 적용례)단서에서 지방소득세에 대해서는 이 법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다고 규정하면서,이 사건 경과규정인 제15조(일반적 경과조치)에서 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다고 규정하였다.

다.판단

1)개정 지방세법 부칙 제2조 및 이 사건 경과규정의 관계

조세법의 영역에 있어서는 국가가 조세·재정정책을 탄력적·합리적으로 운용할 필요성이 매우 큰 만큼,조세에 관한 법규·제도는 신축적으로 변할 수밖에 없다는 점에서 납세의무자로서는 원칙적으로 세율 등 현재의 세법이 변함없이 유지되리라고 기대하거나 신뢰할 수 없다.따라서 조세법령의 개정이 있는 경우 개정 전·후의 법령 중에서 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하는 것이 원칙이라고 할 것이다.개정 지방세법 부칙 제2조 단서는 이를 반영하여 지방소득세에 대해서는 개정 지방세법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다고 규정하였다.

그러나 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 개정된 법령이‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하여야 할…세에 대하여는 종전의 규정에 따른다’는 경과규정을 두고 있고,납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 감면한다는 등의 내용을 명시적으로 규정한 것으로 볼 수 있다면,이러한 경과규정은 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용하도록 한 특별규정에 해당하므로,납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하여 종전 규정의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에는 예외적으로 납세의무 성립 당시의 법령이 아니라 그 원인행위가 이루어진 당시의 법령인 종전 규정이 적용된다고 할 것이나,이러한 정도에 이르지 않은 경우에는 설령 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였더라도 이는 단순한 기대에 불과하므로,원칙으로 돌아가 종전 규정이 아니라 납세의무 성립 당시의 법령이 적용된다고 할 것이다(대법원1994. 5. 24.선고93누5666전원합의체 판결,대법원2001. 5. 29.선고98두13713판결,대법원2015. 9. 24.선고2015두42152판결 등 참조).

그런데 이 사건 경과규정은 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있으므로,앞서 본 법리에 따라 지방세법이 납세의무자에게 불리하게 변경되고 납세의무자에게 보호할 정도의 신뢰가 형성되었다면 개정 지방세법 부칙 제2조의 특별규정인 이 사건 경과규정에 의하여 납세의무 성립 당시의 법령이 아닌 그 원인행위가 이루어진 당시의 법령인 종전 규정이 적용될 수 있다.

2)이 사건 경과규정의 종전 규정의 의미 및 불리한 개정 여부

가)구 지방세법 제85조,제89조에 의하면 법인세분 지방소득세는‘법인세법에 따라 납부하여야 할 법인세액’을 과세표준으로 한다고 규정하고 있을 뿐 구 지방세법과 구 지방세특례제한법(2014. 1. 1.법률 제12175호로 개정되기 이전의 것,이하‘구 지방세특례제한법’이라 한다)에서는 법인세분 지방소득세의 부과 및 감면에 관한 별도의 규정을 두지 않고 있었다.따라서 구 지방세법 시행 당시 법인세분 지방소득세의 과세표준을 산출하여 부과하려면 구 법인세법 제13조,제55조 등 법인세액을 산출하는 규정과 구 조세특례제한법 제10조,제144조 등과 같은 법인세액을 감면하는 규정을 모두 적용하여야만 가능하였다.그렇다면 법인세액 산정 규정인 구 법인세법 제13조,제55조와 이 사건 연구비 등에 대한 세액공제 및 이월공제에 관한 규정인 구 조세특례제한법 제10조,제144조는 모두 구 지방세법 관련 조항과 일체로서 법인세분 지방소득세의 세액을 확정하는 규정들이므로 이 사건 경과규정에서 말하는‘종전 규정’,즉 법인세분 지방소득세를 부과 또는 감면하는 규정이라고 할 것이다.

이에 대하여 피고들은,구 지방세법 제85조 및 제89조에 따라 법인세분 지방소득세의 과세표준을 산정함에 있어 구 법인세법 및 구 조세특례제한법을 적용하더라도 이는 과세표준을 산정하는 규정에 불과하므로,이 사건 경과규정의‘종전 규정’에 해당하지 아니하고 구 지방세법의 규정만이 이 사건 경과규정의‘종전 규정’에 해당한다고 주장한다.그러나 구 지방세법이 법인세분 지방소득세에 관하여 그 과세표준을‘법인세법에 따라 납부하여야 할 법인세액’으로 규정하여 법인세의 부가세 방식을 취하고 있다는 점에서 최종적인 세액을 확정하기 위해서는 법인세법의 과세표준 및 구 조세특례제한법의 세액감면 규정 등을 모두 유기적 일체로서 결합하여 적용하여야 비로소 그 최종적인 세액을 확정할 수 있는 것이므로,구 법인세법 제13조,제55조 등 법인세액을 산출하는 규정과 구 조세특례제한법 제10조,제144조의 법인세액 감면규정 등은 모두 지방세법 개정 전의 법인세분 지방소득세를 산정하기 위한‘종전 규정’에 해당한다.

나)한편 구 지방세법은 법인세분 지방소득세의 과세표준을‘법인세법에 따라 납부하여야 하는 법인세액’으로 규정함으로써 구 법인세법 및 구 조세특례제한법에 따른 과세표준 규정과 세액감면 규정을 모두 적용한 이후에 확정된 법인세액이 법인세분 지방소득세의 과세표준이 되었다.또한 구 조세특례제한법 제10조,제132조,제144조에 의하면 이 사건 연구비 등 중 일정금액을 법인세에서 공제하되 최저한세액의 제한에 의하여 당해 과세연도에 공제를 할 수 없으면 해당 과세연도의 다음 과세연도 다음 개시일로부터5년 이내에 끝나는 과세연도에 이월하여 공제할 수 있었다.

그런데 개정 지방세법은 법인지방소득세의 과세표준을‘법인세법 제13조에 따라 계산한 금액‘으로 규정함으로써 구 법인세법 및 구 조세특례제한법에 따른 세액감면 규정이 적용되기 이전의 금액을 과세표준으로 하면서 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면 사항은 지방세특례제한법에 정하도록 규정하였다.한편2014. 1. 1.개정된 지방세특례제한법에는 구 조세특례제한법에 존재하던 세액감면 규정들과 유사한 규정들로서 지방소득세 특례규정이 신설되었으나,구 조세특례제한법에 존재하던 법인세 세액공제 및 세액감면 규정에 대하여는 지방자치단체의 독립성과 재원확보를 위한다는 목적으로 이를 새로이 신설된 지방소득세 특례 항목에 규정하지 않음으로써 그 적용을 배제하였다.

이로 인하여 지방세법 개정 이전인2013년까지 이 사건 연구비 등을 지출하고도 최저한세액의 제한으로 당해 과세연도에 법인세분 지방소득세에서 이를 공제받지 못한 원고로서는 지방세법의 개정으로 그 이월공제를 받지 못하게 되었으므로,이러한 점에서 지방세법의 개정은 원고에게 불리한 개정이라고 할 것이다.

3)이 사건 경과규정의 적용 여부

앞서 인정한 법리 및 사실관계에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래와 같은 사정에 비추어 보면,원고는 지방세법이 개정되기 이전에 이 사건 연구비 등을 지출함으로써 그 원인행위를 완료하여 법적 지위 또는 법률관계를 형성하였으므로,그 원인행위의 시점에 시행 중이던’종전 규정‘이 적용되어야 하고,구 조세특례제한법 제132조 및 제144조에 의하여 최저한세액의 제한에 의하여 당해 과세연도에 공제를 받을 수 없으나 해당 과세연도의 다음 과세연도 다음 개시일로부터5년 이내에 끝나는 과세연도까지 한정된 기간 동안 이월하여 공제받을 수 있을 것이라는 원고의 신뢰는 법적으로 보호받을 수 있는 신뢰라고 보기 충분하므로,개정 지방세법 시행 이후에 납세의무가 성립한 원고의2014, 2017사업연도 법인지방소득세에 대하여는 종전 규정인 구 지방세법 제85조,제89조,구 법인세법 제13조,제55조,구 조세특례제한법 제10조,제132조,제144조를 적용하여 이 사건 연구비 등이 이월공제되어야 한다고 봄이 타당하다.따라서 이와 달리 개정 지방세법을 적용한 이 사건 각 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

가)원고는 지방세법이2014. 1. 1.개정되기 이전인2009년부터2013년까지 이 사건 연구비 등을 지출하였는데 구 조세특례제한법 제132조의 최저한세액 규정에 의하여 당해 과세연도에 이 사건 연구비 등 중 일정금액을 공제받지 못하였으나,구 조세특례제한법 제144조에 의하여 향후 일정기간 법인세 및 이를 과세표준으로 하는 법인세분 지방소득세에서 이를 공제받을 수 있을 것이라고 신뢰하게 되었다.

나)구 조세특례제한법 제144조는 제132조의 최저한세액 제한으로 인하여 공제를 받지 못한 금액에 대하여 명시적으로‘해당 과세연도의 다음 과세연도 다음 개시일로부터5년 이내에 끝나는 과세연도까지’한정된 기간으로 세액공제의 이월공제를 허용하고 있다.

이에 대하여 피고들은,구 조세특례제한법 제144조는 최저한세액의 제한으로 이월된 세액공제 금액을‘법인세’에서 공제한다고 규정하고 있을 뿐‘법인세분 지방소득세’에서 공제한다는 취지를 규정하지 않았으므로,위 조항을 종전 규정에서 법인세분 지방소득세에 관하여 장래 일정 기간 면제한다는 내용을 명시적으로 규정한 것으로 볼 수 없다고 주장한다.

그러나 앞서 본 바와 같이 구 지방세법 제85조,제89조,구 법인세법 제13조,제55조,구 조세특례제한법 제10조,제132조,제144조는 모두 유기적으로 결합되어 이 사건 경과규정의‘종전 규정’에 해당된다.또한 구 지방세법이 법인세분 지방소득세의 과세표준을‘법인세법에 따라 납부하여야 할 법인세액’으로 규정하고 있어 구 지방세법 또는 지방세특례제한법에 이월공제 규정을 추가로 규정하게 되면 구 조세특례제한법에 의하여 이월공제된 금액이 지방세특례제한법에 의하여 또다시 이월공제되는 이중 이월공제의 우려가 있었다.이에 지방세특례제한법은2014. 1. 1.개정 전까지는 법인세분 지방소득세와 소득세분 지방소득세를 포함한 모든 지방소득세에 대하여 지방소득세 특례 규정을 두고 있지 아니하였다.따라서 구 조세특례제한법 제144조가 이월공제 대상을‘법인세’라고만 규정하였더라도 이는 구 지방세법 제85조,제89조,구 법인세법 제13조,제55조,구 조세특례제한법 제10조,제132조,제144조의 유기적 결합에 의하여‘법인세분 지방소득세’에 관하여도5년이라는 장래의 한정된 기간 동안 이월세액공제가 적용됨을 명시적으로 규정한 것이라고 볼 수 있다.따라서 이와 다른 전제에 선 피고들의 주장은 이유 없다.

다)한편 피고들은,구 지방세법이 법인세분 지방소득세의 과세표준을‘법인세법에 따라 납부하여야 하는 법인세액’으로 규정함으로써 지방자치단체의 의사와 무관하게‘법인세분 지방소득세’의 경우에도 이 사건 연구비 등이 세액공제됨으로써 그 혜택을 받는 것에 불과하고,원고로서는 기술개발을 통한 경쟁력을 확보하기 위하여 이 사건 연구비 등을 지출한 것이고 그 금액도 법인세액의1/10에 불과하여,법인세분 지방소득세에서 이 사건 연구비 등에 상당하는 세액이 감면되는 효과가 있었다고 하더라도 이 사건 연구비 등을 지출할 직접적인 유인이나 동기가 되었다고 보기 어려우므로 이와 같은 혜택은 단순한 기대이익 또는 반사적 이익에 불과하다고 주장한다.

그러나 구 조세특례제한법 제10조는 기업의 기술인력개발을 장려하는 목적에서 일정 범위의 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 하는 취지의 규정(대법원2014. 3. 13.선고2013두22147판결 참조)이라고 할 것이나,구 지방세법이 법인세분 지방소득세의 과세표준을‘법인세법에 따라 납부하여야 하는 법인세액’으로 규정함으로써 납세의무자로서는 법인세뿐만 법인세분 지방소득세도 일정 금액이 공제될 것이라는 신뢰가 형성되었다고 할 수 있고,법인세액의1/10에 불과한 금액이라도(이 사건 원고의 경우 그 금액이 서울사업장에서 한정하더라도3억 원이 넘는 금액이다)기업에게는 기술인력개발을 위한 연구비 등을 지출할 유인 또는 동기가 되었다고 할 것이므로 이로 인한 이익을 단순한 기대이익 또는 반사적 이익에 불과하다고 볼 수 없다.

라)피고들은 또한 지방세법의 개정에 따라 지방소득세에 대하여 세액공제 및 세액감면을 규정하고 있는 지방세특례제한법은 구 조세특례제한법과 달리 법인지방소득세에 대하여는 세액공제 및 세액감면 규정을 두고 있지 않는 것으로 보아 입법자는 개인지방소득세와는 달리 법인지방소득세에 대하여는 세액공제 및 세액감면을 배제하려는 의사였으므로 이러한 입법자의 의사도 고려하면 이 사건 연구비 등으로 인한 이월세액공제에 대한 원고의 신뢰는 단순한 기대이익 또는 반사적 이익에 불과하다고 주장한다.

그러나 피고들 주장과 같이 입법자의 의사가 법인지방소득세에 대하여 향후 세액공제 및 세액감면을 배제하려는 것이었다고 하더라도 이는 지방세법 개정 이후에 법인에 대한 지방소득세의 과세를 강화하고자 하는 취지를 넘어서서 이미 원인관계가 완료되어 신뢰가 형성된 납세의무자의 신뢰이익까지 배제하겠다는 명시적인 의사를 포함하고 있다고 단정할 수 없다(한편 개정 지방세법 및 지방세특례제한법이 개정될 당시 국회 행정안전위원회 전문위원이 작성한 검토보고서에“구 지방세법 하에서 법인세 세액공제 및 세액감면에 연동하여‘부가적으로’법인세분 지방소득세도 세액공제·세액감면을 받았으나,지방세법의 개정으로 더 이상 이와 같은 혜택이 유지되지 않는다”라고 기재되어 있으나,위 검토보고서에 기재된‘부가적’이라는 의미는 법인세분 지방소득세의 과세표준이 법인세액에 부가되는 방식으로 산정됨으로써 법인세액에 연동된다는 의미라고 보이고, ‘혜택’이라는 표현이 있다고 하여 단순한 반사적 이익이라고 볼 수도 없을 뿐만 아니라 위와 같은 검토보고서의 내용이 법원을 구속하는 것도 아니므로 국회 행정안전위원회 전문위원 작성 검토보고서를 이유로 납세의무자에게 형성된 신뢰를 단순한 기대이익 또는 반사적 이익에 불과하다고 볼 수는 없다).

3.결론

원고의 피고들에 대한 청구는 이유 있어 인용한다.제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로,피고들의 항소는 이유 없어 이를 모두 기각한다.

목록

피고처분일귀속연도세액(원)서울특별시 종로구청장2018. 11. 6.2017894,708서울특별시 강남구청장2018. 11. 7.2014328,440,419