부산고등법원-99-누-3553 (2000.03.24)

【원심판결】

창원지방법원 1999. 9. 22. 선고 99구2922 판결

【주 문】

1. 원고의 항소를 기각한다.2. 항소비용은 원고의 부담으로 한다.

【이 유】

1. 처분의 경위

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑1호증, 갑2호증, 갑6호증, 갑7호증, 을1호증의 1 내지 10, 을2호증의 1 내지 7, 을 제3호증의 1 내지 11, 을4호증의 1 내지 7의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.

가. 원고의 1995년도 및 1996년도 법인세 과세표준 및 세액 신고

(1) 1991. 6. 13. 설립된 법인인 원고는 1996. 3.경 1995년도의 법인세 과세표준 및 세액을 피고에게 신고하면서, 구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 개정되어 1995. 12. 29. 법률 제5038호로 개정되기 전의 것) 제9조 제1항에서 정한 '기술·인력개발비'로 1995년도에 금157,505,750원을 지출하였다고 하여, 그에 따른 기술·인력개발비 세액공제액으로 금23,625,862원(157,505,750원×15/100)을 신고하였다.

(2) 원고는 또 1997. 3.경 1996년도의 법인세 과세표준 및 세액을 피고에게 신고하면서, 구 조세감면규제법(1995. 12. 29. 법률 제5038호로 개정되어 1996. 12. 30. 법률 제5195호로 개정되기 전의 것) 제9조 제1항에서 정한 '기술·인력개발비'로 1996년도에 금175,347,878원을 지출하였다고 하여, 그에 따른 기술·인력개발비 세액공제액으로 금26,302,181원(175,347,878원×15/100)을 신고하였다.

나. 피고의 증액경정고지

피고는 원고가 신고한 위 각 법인세 과세표준 중 노무비 및 외주용역비의 손금산입에 오류 또는 탈루가 있다고 하여 1997. 10. 20.자로 원고에 대하여, (1) 1995년도 법인세에 대하여는 그 과세표준을 금423,384,463원으로 증액한 다음, 원고가 신고한 기술·인력개발비 세액공제액 금23,625,862원 전액과 기납부세액 등을 공제한 후 법인세를 금75,707,496원으로 증액경정고지하고, (2) 1996년도 법인세에 대하여는 그 과세표준을 금1,040,570,669원으로 증액한 다음, 원고가 신고한 기술·인력개발비 세액공제액 금26,302,181원 전액과 기납부세액 등을 공제한 후 법인세를 금188,217,378원으로 증액경정고지하였다(이하 1995년도분 법인세경정고지를 '이 사건 제1처분', 1996년도분 법인세경정고지를 '이 사건 제2처분'이라 하고, 이를 합하여 '이 사건 각 처분'이라 한다).

2. 이 사건 각 처분의 적법여부

가. 당사자의 주장

피고가 이 사건 각 처분의 경위와 관계법령에 비추어 이 사건 각 처분은 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는, 위 각 구 법률은 '기술·인력개발비'의 세액공제방법으로 두 가지 방법을 규정하면서 그 적용을 받고자 하는 납세의무자로 하여금 세액공제신청을 하도록 규정하고 있으나, 이는 법인세 과세표준과 세액을 결정함에 필요한 서류를 과세관청에 제출하도록 협력의무를 부과한 것에 불과하므로, 원고가 비록 '당해 과세연도에 지출한 기술·인력개발비의 15/100에 상당하는 금액'을 법인세에서 공제하는 방법으로 세액공제신청을 하였다 하더라도, 피고는 원고가 신청한 세액공제방법보다 세액공제액이 더 많게 되는 방법인 '당해 사업연도 직전 2년간 지출한 기술·인력개발비의 연평균지출액을 초과하는 금액의 50/100에 상당하는 금액'을 법인세에서 공제하는 세액공제방법을 선택하여 세액공제를 하여야 함에도 불구하고 그렇게 하지 않은 이 사건 각 처분은 위법하다고 주장한다.

나. 관계 법령

'기술·인력개발비의 법인세 세액공제 제도'는 민간주도의 기술개발에 의한 생산성 향상으로 국제경쟁력의 제고를 유도하기 위하여 1981. 12. 31. 법률 제3481호 조세감면규제법개정법률 제17조에 신설된 제도로서, 위 개정법률 이후 이 사건 각 처분에 적용될 법률에 이르기까지의 개정연혁 및 그 후의 개정내용은 별지 '법률 개정 연혁 목록'과 같다.

그런데 이 사건 제1처분에 대하여는 별지 목록 (6)항의 법률 제4666호가, 이 사건 제2처분에 대하여는 별지 목록 (7)항의 법률 제5038호가 각 적용되어야 할 것인바, 위 각 법률은 이 사건과 같이 중소기업인 원고에 대하여는 법인세 세액공제방법에 있어서 아무런 차이가 없으므로, 이하에서는 이 사건 각 처분에 적용될 위 각 법률을 '구 법률'이라고만 한다.

다. 판단

그러므로 과연 원고가 법인세 과세표준 및 세액을 신고하면서 구 법률 제9조 제1항, 제2항에 규정된 세액공제방법 중의 한 가지 방법에 의하여 세액공제신청을 하였음에도, 피고가 원고의 세액공제방법과는 달리 원고에게 더 유리한 세액공제방법을 선택하여 세액공제를 하여야 하는지에 대하여 살펴본다.

조세감면규제법의 개정연혁에 의하면, ① '기술·인력개발비 세액공제제도'는 1981. 12. 31. 법률 제3481호에서 최초로 신설되었고, 그 당시에는 '당해 과세연도 지출금액의 100분의 10에 상당하는 금액'을 공제(이하 '당해 지출금액 공제방법'이라 한다)하도록 하였다가, ② 그 후 1986. 12. 26. 법률 제3865호는 위 금액에다가 다시 '당해 과세연도 지출금액 중 직전 2년간의 연평균지출액을 초과하는 금액에 대하여는 당해 초과금액의 100분의 10에 상당하는 금액'을 추가로 공제(이하 '초과금액 공제방법'이라 한다)하도록 하였으며, ③ 1990. 12. 31. 법률 제4285호는 당해 지출금액 공제방법의 산출비율을 100분의 10에서 100분의 15로 상향조정하였고, ④ 그 후 1992. 12. 8. 법률 제4521호는 초과금액 공제방법의 산출비율을 100분의 10에서 100분의 25로 상향조정하였으며, ⑤ 1993. 12. 31. 법률 제4666호는 초과금액 공제방법의 산출비율을 100분의 25에서 100분의 50으로 다시 상향조정하는 한편, 당해 지출금액 공제방법과 초과금액 공제방법의 두 가지 세액공제방법을 따로 규정하였으며, ⑥ 그 후 1996. 12. 30. 법률 제5195호는 위 두 가지 세액공제방법의 선택적 적용관계를 명시적으로 규정하고 있음을 알 수 있다.

그렇다면, 비록 구 법률에서 두 가지 세액공제방법의 적용관계를 1996. 12. 30. 법률 제5195호와 같은 정도로는 명시적으로 규정하고 있지 않다 하더라도, 기술·인력개발비 세액공제 제도에 대한 법률의 위와 같은 개정연혁 및 이 사건 각 처분에 적용될 구 법률 제9조 제1항 내지 제4항의 규정형식과 내용, 특히 구 법률 제9조 제2항 전단에서 "… … 제1항의 규정에 불구하고 … …"라고, 같은 조항 후단에서 "이 경우 제1항의 규정은 적용하지 아니한다"라고 각 규정하고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 구 법률에서도 두 가지 세액공제방법의 상호 적용관계는 위 법률 제5195호와 마찬가지로 납세의무자의 신청에 따른 선택적 적용관계라고 해석함이 상당하다 할 것이고, 따라서 이 사건에서와 같이 원고가 두 가지 세액공제방법 중 하나를 선택하여 세액공제신청을 하였으며, 그 후 국세기본법 제45조의2에서 정한 과세표준과 세액의 경정 등을 청구한 바가 없음에도 불구하고, 원고가 선택하지 않은 다른 공제방법에 의하여 피고가 세액공제액을 결정할 수는 없다 할 것이므로, 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없어 이를 기각할 것인바, 원심판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하고 원고의 항소는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.