서울고등법원-2006-누-17101 (2007.10.16)

주 문

1. 제1심 판결을 다음과 같이 변경한다.

가. 피고가 2001. 3. 1. 원고에 대하여 한, 1999년 제1기 부가가치세 5,245,694,830원의 부과처분 중 5,234,850,220원, 1999년 제2기 부가가치세 512,832,080원 중 506,387,640원, 2000년 제1기 부가가치세 99,798,220원 중 1,523,690원을 각 초과하는 부분을 각 취소한다.

나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송총비용은 이를 20분하여 그 중 19는 원고의, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

피고가 2001. 3. 1. 원고에 대하여 한 1999년 제1기 부가가치세 5,245,694,830원, 제2기 부가가치세 512,832,080원, 2000년 제1기 부가가치세 99,798,220원의 부과처분을 각 취소한다.

2. 항소취지

원고 : 제1심 판결 중 원고 패소부분을 취소한다. 피고가 2001. 3. 1. 원고에 대하여 한, 1999년 제1기 부가가치세 5,245,694,830원의 부과처분 중 1,335,228,900원, 1999년 제2기 부가가치세 512,832,080원 중 3,212,490원, 2000년 제1기 부가가치세 99,798,220원 중 1,523,690원에 해당하는 부분을 각 취소한다.

피고 : 제1심 판결 중 피고 패소부분을 취소하고, 그 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 모두 기각한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고의 대표이사인 권○○은 1983년경부터 국내 최대의 금 도매시장인 ○○시 ○○에서 지금(地金, Gold Ingot) 도매업에 종사하여 오다가 1993. 6. 23. 금 ․ 은 도소매업 등을 목적으로 하는 원고를 설립하였는데, 원고는 국내 1-2위를 다투는 대형 지금 도매업체로서 원고가 고시하는 지금의 내수판매단가는 다른 업체들의 내수판매단가에 결정적 기준이 되어 왔다.

나. 원고는 1999. 2. 4.부터 2000. 6. 30.까지 사이에 주식회사 ○○, 주식회사 ○○무역, 주식회사 ○○실업, ○○쥬얼리(박○○), 주식회사 ○○쥬얼리, 주식회사 ○○쥬얼리, 주식회사 ○○, 주식회사 ○○쥬얼리, 주식회사 ○○(이하 위 업체들을 함께 지칭할 때에는 ‘이 사건 매출업체들’이라 하고, 개별적으로 지칭할 때에는 ‘주식회사’ 명칭을 생략한다)에게 지금을 공급하는 거래를 하면서 지금이 그 상태로 혹은 가공되어 수출될 것이라는 이유로 영세율을 적용하여 이 사건 매출업체들로부터 부가가치세 상당액을 거래징수하지 않았다.

다. 피고는, 원고가 이 사건 매출업체들에 지금을 공급한 거래 중 공급가액이 합계 36,997,958,377원(1999년 제1기 매출분 32,921,260,437원, 1999년 제2기 매출분 3,315,646,646원, 2000년 제1기 매출분 761,051,294원) 상당인 거래(이하 ‘이 사건 거래’라 한다)에 관하여, 이 사건 매출업체들이 그에 기하여 취득한 지금을 실제로 수출하지 않았을 뿐만 아니라, 수출을 전제로 한 거래임을 이유로 영세율이 적용되기 위하여는 해당 거래에 관하여 외국환은행의 장이 발급한 외화획득용 원료(물품) 구매승인서를 제출받아야 함에도, 원고가 ○○쥬얼리로부터는 구매승인서를 제출받지도 않았고, 나머지 매출업체들로부터 제출받은 구매승인서(이하 ‘이 사건 구매승인서’라고 한다)도 구매승인서 자체가 위조된 것이거나, 허위의 수출계약서 등을 토대로 발급된 것으로서 기재사항에 하자가 있거나 거래가 속한 과세기간이 경과한 후 제시받는 등의 하자가 있다는 이유로, 이 사건 거래에 대하여 부가가치세법상의 영세율 적용을 부인하여, 2001. 3. 1. 원고에게 별지 세액계산표 ‘이 사건 처분세액’란 기재와 같이 1999년 제1기 부가가치세 5,245,694,830원, 1999년 제2기 부가가치세 512,832,080원, 2000년 제1기 부가가치세 99,798,220원을 각 부과하는 이 사건 처분을 하였다. (다만, 피고는 이 사건 처분에서 원고와 ○○ 사이의 1999. 7. 31. 자 41,657,692원 상당의 지금 거래, 원고와 ○○쥬얼리와 사이의 2000. 3. 31. 자 20,688,456원 상당의 지금 거래에 대하여는 지금이 공급된 시기가 속하는 과세기간이 지난 후에 발급된 구매승인서를 제출받았다는 이유로 영세율 적용을 부인한 것이었으나, 그 후 위 각 구매승인서가 지금이 공급된 시기가 속하는 과세기간 내에 발급된 것으로 확인되었다는 이유로, 위 거래들을 부가가치세 일반 과세표준에서 제외하여 다시 영세율 적용대상에 포함시키기로 하였으나, 그에 따라 가산세도 조정하는 등의 정식 감액결정에까지 나아가지는 않았다).

〔인정근거〕 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 3, 을 제1호증의 1, 2, 3의 각 기재, 변론의 전 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고의 주장

원고가 ○○쥬얼리와 거래할 당시 영세율 적용을 위하여는 구매승인서를 제출받아야 한다는 사정을 몰랐고, ○○쥬얼리는 원고로부터 매수한 지금을 실제로 수출하였으므로, 구매승인서의 제출여부와 관계없이 ○○쥬얼리와 사이의 거래에 관하여도 영세율이 적용되어야 한다.

한편, 원고가 다른 매출업체들로부터 제출받은 이 사건 구매승인서는 외국환은행의장에 의하여 적법하게 발급되었고, 세부적인 사항에 관하여 하자가 있더라도 원고가 이를 유효한 것으로 믿고 영세율을 적용한 이상 이 사건 거래에 관한 영세율 적용 요건은 충족된 것이며, 그 이후 구매승인서의 기초된 근거서류가 적법하지 못한 것으로 판명되거나 이 사건 매출업체들이 지금을 실제로 수출하지 아니하였다는 사정만으로 이 사건 구매승인서에 기한 이 사건 거래가 영세율 적용대상에서 제외된다고 할 수는 없다.

(2) 피고의 주장

(가) 수출을 전제로 한 거래임을 이유로 영세율이 적용되기 위하여는 구매승인서가 반드시 제출되어야 한다.

(나) 또한, 제출된 구매승인서에 기하여 영세율이 적용되기 위하여는, ㉠ 구매승인서등의 발급 주체가 ‘외국환은행의 장’이어야 하고, ㉡ 발급 시기는 재화의 공급시기가 속하는 과세기간 내이어야 하며, ㉢ 신청방식은 구 대외무역관리규정(이하 ‘대외무역관리규정’이라 한다)별지 제4-2호 서식인 ‘외화획득용 원료(물품 등) 구매(공급) 확인신청서’에 의한 신청이어야 하고, ㉣ 위 신청 시에 수출신용자 등과 외화회득용 물품공급계약서 또는 물품매도확약서를 첨부하여야 한다.

그런데 이 사건 구매승인서 중 상당수가 ‘외국환은행의 장’이 아닌 지점장 등이 발행한 것이어서 구매승인서의 작성주체에 관한 요건을 갖추지 못하였고, 상당수는 공급시기가 속하는 과세기간이 지난 후에 발급되었다.

또한 대외무역관리규정의 구매확인서 서식에 따르면, 구매승인서 발급 시 단가, 금액란의 기재는 생략할 수 있으나, ‘근거서류 및 번호, HS번호, 품명 및 규격, 수량, 유효기일, 선적기일’란은 모두 기재되어야 함에도, 이 사건 구매승인서 중 상당수는 근거서류명 및 번호란, 유효기일, 선적기일 등이 기재되어 있지 않거나 유효기일이 지난 후에 발급된 것으로서, 유효하다고 할 수 없다.

(다) 영세율 적용을 위하여 구매승인서를 제출하도록 하는 취지는 수출을 전제로 한 거래임을 입증하도록 하는 것으로서 지금이 그 상태 혹은 가공된 상태로 수출된다는 이유로 예외적으로 영세율이 적용되는 것이나, 이 사건 매출업체들은 유효하지 못한 거래승인서에 기하여 지금을 매입하여 수출하는 대신 국내에 판매하였으므로, 이 사건 거래승인서에 기한 이 사건 거래는 영세율 적용대상에 해당하지 않는다고 보아야 한다.

(라) 원고는 이 사건 구매승인서가 유효하고, 그에 기하여 매도된 지금이 수출될 것으로 믿었다고 하나, 원고는 위에서 든 이 사건 구매승인서의 하자들을 알면서도 이 사건 매출업체들과 세금을 포탈할 것을 공모하여 이 사건 거래를 한 것이므로, 이 사건 거래는 영세율의 적용대상이 아니다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 이 사건 거래별 영세율의 적용 여부

(1) 구매승인서가 제출되지 않은 경우(원고와 ○○쥬얼리 사이의 거래)

을 제5호증의 1, 2의 각 기재에 변론의 전 취지를 종합하면, 원고가 1999. 2. 4.부터 같은 해 5. 7.까지 ○○쥬얼리에게 5회에 걸쳐 합계 119,127,270원 상당의 지금을 공급하는 거래를 하면서 구매승인서를 제출받지 않은 사실을 인정할 수 있는바, 부가가치세법 제11조 제1항 제1호, 구 부가가치세법 시행령 제24조 제2항의 각 규정에 의하면, 수출하는 재화에 한하여 영세율을 적용함을 원칙으로 하되, 사업자가 내국신용장과 대외무역법에서 정하는 구매승인서에 의하여 공급하는 재화인 경우에는 예외적으로 위 수출하는 재화에 포함시켜 영세율을 적용하는 것이므로, 이 사건 거래 중 원고가 ○○쥬얼리에게 위와 같이 지금을 공급하면서 구매승인서를 제출받지 않은 거래에 관하여 영세율 적용을 부인한 피고의 이 사건 처분은 적법하다.

(2) 구매승인서 발급 시기에 하자가 있는 경우

한편, 구 부가가치세법 시행규칙 제9조의2 제2항은 영세율 적용을 위한 구매승인서라 함은 외국환은행의 장이 재화의 공급시기가 속하는 과세기간 내에 발급하는 승인서를 말한다고 규정하고 있는데, 갑 제3호증의 5, 6, 7, 갑 제8호증의 2, 8, 갑 제9, 10호증의 각 2, 3의 각 기재에 의하면, ○○은 1999. 6. 29. 원고로부터 20,433,984원 상당의 지금을 구입하고 그 공급시기가 속하는 과세기간이 지난 후인 1999. 7. 1. 구매승인서(다만, 구매승인서상 금액은 19,660,800원이다)를 발급받았고, ○○쥬얼리는 1999. 12. 15. 원고로부터 21,402,364원 상당의 지금을 구입하고 역시 과세기간이 지난 후인 2000. 1. 4. 구매승인서(다만, 구매승인서상 금액은 미화 18,307불이다)를 발급받았으며, ○○쥬얼리는 2000. 6. 30. 원고로부터 10,806,319원 상당의 지금을 구입하고 과세기간이 지난 후인 2000. 7. 1. 구매승인서(다만, 구매승인서상 금액은 10,508,266원이다.)를 발급받은 사실을 각 인정할 수 있고, 반증이 없다.

원고는, 지금 공급 시기가 속하는 과세기간 내에 발급된 것이 아니라도 구매승인서에 기한 거래인 이상 영세율이 적용되어야 하고, 거래 관행상 구매승인서 교부 전에 지금이 교부되는 경우도 흔하다고 다투지만, 부가가치세제 하에서 영세율의 적용은 이중과세를 방지하기 위하여 수출의 경우에만 원칙적으로 인정되고 국내의 공급소비에 대하여는 위 수출에 준하는 경우로서, 외국환의 관리 및 부가가치세의 징수질서를 해하지 않는 범위 내에서 외화획득의 장려라는 국가정책상의 목적에 부합되는 경우에만 예외적 ․ 제한적으로 인정되어야 함에 비추어 보면(대법원 1983. 12. 27. 선고 83누409 판결 등 참조), 피고가 위 시행규칙에 따라 위 거래들에 대하여 영세율 적용을 부인한 이 사건 처분은 적법하다.

(3) 구매승인서가 위조된 경우

갑 제4호증의 1 내지 7, 갑 제41호증, 을 제4호증의 1, 2의 각 지재에 변론의 전 취지를 종합하면, 원고가 1999. 5. 19.부터 6. 30.까지 사이에 ○○무역에게 43회에 걸쳐 10,626,520,080원 상당의 지금을 공급하면서 7장의 구매승인서(다만, 구매승인서상 금액의 합계는 9,967,279,915원이다)를 제출받았는데, 위 구매승인서들은 외국환은행의 장에 의하여 발급된 것이 아니라 위조된 것인 사실을 인정할 수 있는바, 위와 같이 영세율 적용의 전제가 되는 구매승인서가 위조된 것인 이상 위 거래들에 관하여 영세율 적용을 부인한 이 사건 처분은 적법하다(다만, 원고는 위 구매승인서들이 위조된 것임을 몰랐다는 취지로 주장하나, 갑 제41호증, 을 제29호증, 을 제30, 31호증의 각 1, 2의 각 기재에 변론의 전 취지를 종합하면, 뒤에서 보는 바와 같이 1999년 이래 국내 최대의 금 도매시장인 ○○시 ○○에서 부가가치세 포탈을 목적으로 설립된 속칭 ‘폭탄업체’가 대형 도매업체로부터 단기간에 많은 지금을 영세율로 매입한 후 이를 과세로 저렴하게 매출하면서 징수한 부가가치세를 포탈하는 범행이 성행하여 왔는데, ○○무역(1999. 3. 4. 설립, 같은 해 6. 30. 폐업)은 그와 같은 ‘폭탄업체’의 위치에 있고, 원고 대표이사인 권○○과 ○○무역의 대표자인 김○○가 공모하여 부가가치세 포탈을 목적으로 위 거래를 한 사정을 인정할 수 있을 뿐이다).

(4) 구매승인서 내용에 하자가 있는 경우

갑 제3호증의 1 내지 4, 8, 갑 제5호증의 3 내지 22, 갑 제6호증의 3 내지 9, 11 내지 15, 갑 제7호증의 3 내지 11, 갑 제8호증의 4, 을 제3호증의 1 내지 6의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① ○○월드, ○○실업, ○○쥬얼리가 발급받은 이 사건 구매승인서 중 일부(갑 제5호증의 3 내지 22, 갑 제6호증의 3, 4, 갑 제7호증의 3, 8 내지 11는 ‘외국환은행의 장’이 아닌 지점장 등에 의하여 발행된 사실, ② ○○실업, ○○쥬얼리, ○○가 발급받은 이 사건 구매승인서(갑 제6호증의 3 내지 9, 11 내지 15, 갑 제7호증의 3 내지 11, 갑 제8호증의 4, 갑 제9호증의 3, 4는 근거 서류명 및 번호란, 유효기일, 선적기일 등이 기재되어 있지 않고, ○○월드가 1999. 5. 30.에 발급받은 구매승인서(갑 제5호증의 17)는 유효기일(1999. 5. 29.)이 지난 후에 발급된 사실을 각 인정할 수 있고, 반증이 없다.

살피건대, 대외무역법 제53조 제1항, 구 대외무역법 시행령 제38조 제4항, 제116조 제1항에 의하면, 구매승인서의 발급 및 사후관리에 관한 권한은 산업자원부장관 소관인데 외국환은행의 장에게 그 권한을 위탁한다고 규정하고 있는 바, 외국환은행의 장이 위 권한을 반드시 직접 수행하여야 할 필요도 없고 법령에 그와 같은 제한도 없으므로 외국환은행의 장은 위 권한을 대행할 대리인을 선임하여 그를 통하여 이를 수행할 수 있다고 할 것이다. 따라서 이 사건 구매승인서 중 일부가 외국환은행의 장이 아닌 지점장 등에 의하여 발급되었다고 하더라도 그 구매승인서에 하자가 존재한다고 할 수 없다.

또한, 구 부가가치세법 시행령 제24조 제2항 제1호, 구 부가가치세법 시행규칙 제9조의2 제2항, 대외무역관리규정 제4-2-7조 제1항에 의하면, 구매승인서는 외국환은행의 장이 수출신용장, 수출계약서, 외화매입 증명서, 내국신용장 등을 근거로 신청인이 구매하는 물품이 외화획득용 원료 또는 물품인지 여부를 확인하는 서류로서 재화의 공급시기가 속하는 과세기간 내에 발급되면 충분하고, 그밖에 위 서류의 필요적 기재사항 또는 그 명칭 등 형식적 요건의 제한이 있는 것은 아니므로, 위 인정사실과 같이 원고가 이 사건 매출업체들에게 지금을 공급하면서 제출받은 이 사건 구매승인서 상당수에 근거 서류명 및 번호란, 유효기일, 선적기일 등이 기재되어 있지 않고, 일부는 유효기일이 지난 후에 발급된 하자가 있다고 하더라도, 위와 같이 그 발급과정에 하자가 있는 구매승인서에 대하여 이를 발급한 외국환은행의 장이 그 발급을 취소할 수 있는지 여부는 별론으로 하고, 구매승인서의 발급과정에 위와 같은 하자가 있는 정도만으로는 위 구매승인서가 당연 무효가 된다고 볼 수 없고, 재화의 공급자인 원고가 이 사건 구매승인서의 발급에 하자가 있음을 알고 있었다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그와 같은 발급과정의 하자만을 이유로 곧 바로 그 구매승인서에 의하여 이루어진 이 사건 거래를 부가가치세법상의 영세율 적용대상에서 제외할 수는 없다 할 것이다.(대법원 2006. 1. 26. 선고 2005두13735 판결 등 참조).

한편, 부가가치세법령은 영세율 적용 요건으로 영세율로 공급되는 재화가 거래 이후에 실제로 수출되었어야 하는 것까지를 요구하고 있지는 아니하고, 부가가치세법 기본통칙 11-24-9에 의하더라도 내국신용장 또는 대외무역법에서 정하는 구매승인서에 의하여 공급하는 재화는 공급된 이후 당해 재화를 수출용도에 사용하였는지의 여부에 불구하고 영의 세율을 적용한다고 규정하고 있으므로, 원고가 이 사건 매출업체들에게 공급한 지금이 실제로 수출되었는지 여부는 영세율의 적용 여부에 아무런 영향을 미칠 수 없어, 이 사건 매출업체들이 지금 또는 그 가공물을 실제로 수출하지 아니하였다고 하더라도 이를 이유로 원고의 이 사건 지금 거래가 영세율의 적용대상에서 제외된다고 할 수는 없다.

(5) 구매승인서 내용상의 하자를 원고가 알았는지 여부

결국 앞에서 본 바와 같이, 원고와 ○○월드, ○○실업, ○○쥬얼리, ○○루밴스와 사이의 거래는 구매승인서 내용상의 하자만을 이유로 영세율 적용을 부인할 수는 없고, 재화의 공급자인 원고가 이 사건 구매승인서의 발급에 하자가 있음을 알고 있었다는 등의 특별한 사정이 인정되어야 영세율 적용을 부인할 수 있으므로, 위 거래들에 있어 원고가 그와 같은 하자를 알고 있었는지에 관하여 본다.

(가) 원고와 ○○월드 사이의 거래

갑 제3호증의 2, 갑 제41호증, 을 제29호증, 을 제30, 31호증의 각 1, 2의 각 기재의 각 기재에 변론의 전 취지를 종합하면, 1999년 이래 국내 최대의 금 도매시장인 ○○시 ○○에서는 재화를 수출하거나 구매승인서에 의하여 수출용 원재료로 국내 거래하는 경우에는 부가가치세 부과 시 영의 세율을 적용하여 부가가치세를 부담하지 않게 하는 영세율 제도를 악용하여, 대형 도매업체가 속칭 ‘폭탄업체’에게 지금을 영세율로 매출하고, ‘폭탄업체’는 허위 수출계약서를 금융기관에 제출하고 발급받은 수출용 원재료 구매승인서에 의하여 위와 같이 금지금을 영세율로 매입한 다음 이를 과세로 매출하면서 매출처로부터 부가가치세를 징수하되 징수한 부가가치세를 포탈할 계획으로 단가를 현저히 낮추어 매출하고(매출단가에 징수하여 포탈하는 부가가치세를 더하면 결국 차익을 얻는다). 매출처는 다시 대형 도매업체에 일정한 차익을 남기며 매출하는 형태의 거래가 성행하여 온 사실, ○○월드는 ‘폭탄업체’로서 허위 수출계약서를 작성하여 구매승인서를 발급받은 후 원고와 공모하여 1999. 4. 21.부터 같은 해 6. 29.까지 63회에 걸쳐 70,993,653,701원 상당의 지금을 매수한 후 그 중 대부분을 매수 직후에 다른 업체에 61회에 걸쳐 매입단가보다 낮은 가격으로 과세로 매출하면서 징수한 부가가치세 6,311,528,123원을 포탈하였고, 피고가 영세율 적용을 부인한 원고와 ○○월드 사이의 거래(1999. 4. 27.부터 6. 16.까지 23회에 걸친 합계 22,094,097,555원 상당의 지금 거래)는 위 거래에 포함되는 사실을 인정할 수 있고, 그에 반하는 갑 제42 내지 44호증의 각 기재는 믿지 아니하며, 달리 반증이 없는 바, 위 인정사실에 의하면 원고와 ○○월드 사이의 이 사건 거래는 부가가치세를 포탈할 목적으로 공모하여 이루어진 것으로서, 원고는 위 거래에서 제출된 거래승인서가 하자 있는 것임을 알았다고 볼 것이므로, 원고와 ○○월드 사이의 위 거래에 관하여 영세율 적용을 부인한 이 사건 처분은 적법하다.

(나) 원고와 ○○실업 사이의 거래

갑 제3호증의 3, 갑 제40호증의 기재에 변론의 전 취지를 종합하면, 피고가 영세율 적용을 부인한 것은 원고가 1999. 7. 27.부터 같은 해 8. 24.까지 13회에 걸쳐 ○○실업에게 공급한 합계 3,252,586,590원 상당의 지금 거래에 관한 것인데, 원고는 위 거래에 관하여 ○○실업에게 관세 환급을 위한 분할증명서를 교부하지 않은 사실, 원고는 위 거래 이전에 지금을 매입하면서 3％의 관세가 포함된 가격을 지불하였고, ○○실업에 지금을 매도하는 위 거래에 관하여도 지금 가격에 3%의 관세를 포함하였는데, ○○실업이 위 지금을 타에 매도하여 얻을 수 있는 수익률은 통상 0.3 내지 0.5%인 사실, ○○실업은 1999. 6. 27. 개업한 후 2000. 5. 29. 폐업하였고, 부가가치세 포탈액이 1억 2,400만 원에 이르는 사실, 한편, 원고는 영세율 적용이 부인된 ○○월드와 사이의 거래 대부분에 관하여 분할증명서를 교부하지 않았고, ○○무역과 사이의 거래에 관하여는 전혀 분할증명서를 교부하지 않은 사실을 인정할 수 있고, 반증이 없는 바, 수출용 원재료에 대한 관세 등 환급에 관한 특례법 제9조, 등 시행령 제10조 제2, 3항, 수출용 원재료에 대한 관세 등 환급사무 처리에 관한 고시 제1-1-2조, 4-3-1조에 따라, 수출용 원재료인 지금에 대한 관세를 환급받기 위하여는 매입업체가 매출업체로부터 분할증명서를 발급받아야만 하는 점, ○○실업이 위 거래로 얻을 수 있는 이익이 약 0.3 내지 0.5%이고 원고로부터 3%의 관세가 포함된 가격에 지금을 구입하였으므로, ○○실업이 분할증명서를 발급받지 않게 되면 약 2.7 내지 2.5%의 손해를 입고 수출하는 상황에 직면하게 되며, 오랜 기간 동안 지금 거래에 종사하여 온 원고로서도 그와 같은 사정을 충분히 알고 있었던 것으로 보이므로 결국 원고가 분할증명서를 발급하여 주지 않은 것은 위 지금이 수출되지 않고 국내에 유통될 것이라는 사정을 알고 있었던 것으로 추측되는 점, 더구나 원고는 앞에서 본 바와 같이 1993년에 설립된 국내 최대의 지금 도매업체로서 부가가치세 포탈을 목적으로 허위 구매승인서를 이용한 지금 거래가 성행하고 있는 사정을 잘 알고 있었고, 원고 스스로도 ○○월드와 ○○무역과 공모하여 부가가치세 포탈을 목적으로 한 지금 거래에 직접 참여하였는데, ○○월드와 ○○무역과 사이의 거래에서도 대부분 분할증명서를 교부하지 않은 점, ○○실업은 지금거래업을 시작한 직후 원고와 위 거래를 하였고, 1년이 지나지 못한 시점에 폐업하면서 상당한 액수의 부가가치세를 포탈한 점 등을 종합하여 보면, 원고는 ○○실업이 제출한 구매승인서에 하자가 있고 ○○실업이 이를 수출하지 않을 것임을 알면서도 영세율을 적용하여 이 사건 거래를 하고 그와 함께 분할증명서도 교부하지 않았다고 보여지고, 따라서 원고와 ○○실업 사이의 위 거래에 관하여 영세율 적용을 부인한 이 사건 처분은 적법하다 할 것이다.

이에 대하여 원고는 분할증명서 발급은 매입업체가 요구하는 경우에 발급하는 것이고, 거래 이후라도 수출 후 2년 내에는 분할증명서를 발급하는 데 아무 지장이 없으며, 분할증명서 없이도 간이정액환급 제도를 이용하여 관세를 환급받는 것이 가능하므로, 분할증명서 교부가 없었다는 사정만으로 해당 지금이 수출되지 않을 것으로 알았다고 보기는 힘들다고 다투나, 위 분할증명서의 성격에 비추어 수출용 지금을 영세율로 매입하는 업체가 분할증명서를 요구하지 않는 경우는 상정하기 어려울 뿐만 아니라, 위거래 당시 이미 부가가치세 포탈을 목적으로 한 불법 영세율 거래가 성행하고 있었으며, 원고 또한 ○○월드, ○○무역과 불법 거래를 하면서 대부분의 거래에 관하여 분할증명서를 교부하지 않았던 점, ○○실업은 단기간 내 영업을 한 후 부가가치세를 포탈하면서 폐업한 업체인 점, 위 시행령 제16조 제2항에 의하면, 간이정액환급을 위하여는 수출업체가 생산한 물품임을 요하나 ○○실업이 위 거래로 취득한 지금을 가공하여 수출하였다는 점을 입증할 아무런 증거가 없어 해당 요건을 충족하지 못하는 점 등에 비추어 보면 원고의 위 주장은 받아들이지 아니한다.

(다) 원고와 ○○쥬얼리, ○○ 사이의 거래

피고는, 원고와 ○○쥬얼리, ○○ 사이의 거래에 관하여도, 원고가 ‘폭탄업체’들과 공모하여 허위 구매승인서를 이용한 부가가치세 포탈 거래에 대규모로 관여한 점 등에 비추어 원고가 위 거래에 관한 구매승인서의 하자를 알았을 것이라고 주장하나, 위 주장사실만으로는 원고가 ○○쥬얼리, ○○ 사이의 거래에서 제출된 구매승인서의 하자를 알았다거나 해당 지금이 수출되지 않을 것으로 알았다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 입증할 만한 구체적 증거가 없으므로, 위 거래에 관하여 영세율 적용을 부인한 이 사건 처분은 위법하다.

라. 정당한 세액

이 사건 거래 중 원고가 부가가치세 포탈을 목적으로 공모한 ○○월드와 사이의 거래, 위조된 구매승인서가 제출된 ○○무역 사이의 거래(원고가 부가가치세 포탈을 목적으로 공모한 사정도 보인다). 구매승인서에 하자가 있을 뿐만 아니라 분할증명서가 교부되지 아니한 ○○실업과 사이의 거래, 과세기간 경과 후에 구매승인서가 발급된 ○○쥬얼리(2000. 6. 30.자 10,806,319원 상당 거래에 한한다), ○○(1999. 6. 29.자 20,433,984원 상당 거래에 한한다), ○○쥬얼리와 사이의 거래, 구매승인서 자체가 제출되지 아니한 ○○쥬얼리와 ○○의 거래에 관하여 부가가치세법상의 영세율 적용을 부인하고, 나머지 거래, 즉 ○○쥬얼리, ○○와 ○○의 거래 및 구매승인서상 아무런 하자도 없어 영세율 적용대상으로 다시 포함시키기로 한 원고와 ○○과 사이의 1999. 7. 31. 자 41,657,692원 상당의 거래, ○○쥬얼리와 사이의 2000. 3. 31. 자 20,688,456원 상당의 거래에 관하여만 영세율을 적용하여 이 사건 각 부가가치세를 산정하면, 별지 세액계산표 ‘정당한 세액’란 기재와 같이 1999년 제1기 부가치치세액은 5,234,850,220원, 1999년 제2기 부가가치세액은 506,387,640원, 2000년 제1기 부가가치세액은 1,523,690원이 된다. 따라서 이 사건 각 처분 중 위 정당한 세액을 초과하는 부분은 위법하다 할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없이 이를 기각할 것인 바, 제1심 판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로 제1심 판결을 위와 같이 변경하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

관계법령

1. 부가가치세법 제11조 【영세율적용 】 ①다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 영의 세율을 적용한다.

1. 수출하는 재화

③제1항에 규정하는 재화와 용역의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

2. 구 부가가치세법 시행령 (1999. 12. 31. 대통령령 제16661호로 개정되기 전의 것) 제24조 【 수출의 범위 】②법 제11조제1항 제1호에 규정하는 수출하는 재화에는 사업자가 내국신용장과 대외무역법에서 정하는 구매승인서에 의하여 공급하는 재화를 포함한다.

3. 구 부가가치세법 시행령 (2001. 3. 31. 대통령령 제17186호로 개정되기 전의 것) 제24조 【 수출의 범위 】②법 제11조 제1항 제1호에 규정된 수출하는 재화에는 다음 각호의 재화가 포함되는 것으로 한다.

1. 사업자가 재정경제부령이 정하는 내국신용장 또는 구매승인서에 의하여 공급하는 재화

4. 구 부가가치세법 시행규칙(2000. 3. 31. 재정경제부령 제133호로 개정되기 전의 것) 제9조의2 【 내국신용장등의 범위 】 ①영 제 24조제2항 및 제26조제1항 제2호에서 규정하는 내국신용장이라 함은 사업자가 국내에서 수출용원자재 ․ 수출용완제품 또는 수출재화임가공용역을 공급받고자 하는 경우에 당해사업자의 신청에 의하여 외국환은행의 장이 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간 내에 개설하는 신용장을 말한다.

②영 제24조제2항에서 규정하는 구매승인서라 함은 외국환은행의 장이 제1항의 내국신용장에 준하여 재화의 공급시기가 속하는 과세기간 내에 발급하는 승인서를 말한다.

5. 구 부가가치세법 시행규칙(2001. 04. 03. 재정경제부령 제193호로 개정되기 전의 것) 제9조의2 【 내국신용장등의 범위 】 ①영 제24조제2항 제1호 및 제26조제1항 제2호에서 규정하는 내국신용장이라 함은 사업자가 국내에서 수출용원자재 ․ 수출용완제품 또는 수출재화임가공용역을 공급받고자 하는 경우에 당해사업자의 신청에 의하여 외국환은행의 장이 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간 내에 개설하는 신용장을 말한다.

②영 제24조제2항 제1호에서 규정하는 구매승인서라 함은 외국환은행의 장이 제1항의 내국신용장에 준하여 재화의 공급시기가 속하는 과세기간 내에 발급하는 승인서를 말한다.

부가가치세법 기본통칙 11-24-9 (내국신용장 또는 구매확인서에 의하여 공급하는 재화)

내국신용장 또는 대외무역법이 정하는 구매확인서에 의하여 공급하는 재화는 공급된 이후 당해 재화를 수출용도에 사용하였는지의 여부에 불구하고 영의 세율을 적용한다.

6. 대외무역법 제53조 【 권한의 위임 ․ 위탁 】 ①이 법에 의한 산업자원부장관의 권한은 그 일부를 대통령령이 정하는 바에 의하여 소속기관의 장, 시 ․ 도지사에게 위임하거나, 관계행정기관의 장, 세관장, 한국은행총재, 한국수출입은행장, 외국환은행의 장 기타 대통령령이 정하는 법인 또는 단체에 위탁 할 수 있다.

7. 구 대외무역법 시행령 (2001. 3. 31. 대통령령 제17186호로 개정되기 전의 것)

제38조 【 외화획득용 원료 ․ 기재의 사용목적변경승인 등】 ④법 제20조제2항의 규정에 의하여 외화획득용 원료 ․ 기재 또는 그 원료 ․ 기재로 제조된 물품의 양도 ․ 양수 승인을 얻고자 하는 자는 신청서에 산업자원부장관이 정하는 서류를 첨부하여 산업자원부장관에게 제출하여야 한다.

7.구 대외무역법 시행령 (2001.3.31. 대통령령 제17186호로 개정되기 전의 것) 제116조 【 권한의 위임 ․ 위탁 】 ①산업자원부장관은 법 제53조제1항의 규정에 의하여 다음 각호의 권한을 그 대상물품의 품목에 따라 당해 물품을 관장하는 중앙행정기관의 장에게 위탁한다. 다만, 산업자원부장관이 관장하는 물품에 대한 권한을 제외한다.

4. 외화획득용 원료 ․ 기재 또는 그 원료 ․ 기재로 제조된 물품(산업자원부장관이 정하여 고시하는 품목에 한한다)에 대한 다음 각목의 권한

다. 법 제20조제2항의 규정에 의한 양도 ․ 양수의 승인에 관한 권한

8. 구 대외무역관리규정 (2001. 6. 26. 산업자원부 고시 제2001-71호로 개정되기 전의 것) 제4-2-7조 【 구매확인서의 발급신청등 】 ①외국환은행의 장은 다음 각호의 1에 의하여 구매승인서를 발급할 수 있다.

1. 수출신용장

2. 수출계약서

3. 외화매입(예치)증명서(외화획득이행관련 대금일이 관계서류에 의해 확인되는 경우에 한함)

4. 내국신용장

5. 구매승인서

6. 영 제34조 각호의 규정에 의한 외화획득에 제공되는 물품등을 생산하기 위한 경우임을 입증할 수 있는 서류

②구매승인서를 발급하고자 하는 자는 별지 제4-2호 서식에 의한 외화획득용원료(물품등)구매(공급)확인신청서 3부에 다음 각호의 서류를 첨부하여 외국환은행의 장에게 신청하여야 한다.

1. 제1항 각호의 1에 해당하는 서류 1부

2. 외화획득용원료(물품등)공급계약서 또는 물품매도확약서 1부

③외국환은행의 장은 제1항의 규정에 의하여 발급된 구매승인서에 의하여 2차 구매승인서를 발급할 수 있으며 외화획득용 원료 또는 물품의 제조 ․ 가공 ․ 유통(완제품의 유통 포함)과정이 여러단계인 경우에는 각 단계별로 순차로 발급할 수 있다.

9. 수출용원재료에 대한 관세 등 환급에 관한 특례법 제9조 【 관세등의 환급 】 ①세관장은 물품이 수출등에 제공된 때에는 대통령령이 정하는 날부터 소급하여 2년 이내에 수입된 당해 물품의 수출용원재료에 대한 관세등을 환급한다.

10. 구 수출용원재료에 대한 관세 등 환급에 관한 특례법 시행령 (2000. 10. 23. 대통령령 제16985호로 개정되기 전의 것) 제10조 【 내국신용장등에 의한 거래시의 기간산정등 】 ②세관장은 수입(내국신용장등에 의한 거래시는 매입을 말한다)된 상태 그대로 거래된 물품에 대하여는 관세등의 납부세액을 증명하는 서류를 발급할 수 있다.

③제2항의 규정에 의하여 관세등의 납부세액을 증명하는 서류를 발급받고자 하는 자는 다음 각호의 사항을 기재한 신청서를 관할지세관장에게 제출하여야 한다.

1. 양도자 및 양수자

2. 양도일자

3. 품명 및 규격

4. 양도한 물량 및 세액

5. 기타 납부세액의 증명에 필요한 사항으로서 관세청장이 정하는 사항

10.구 수출용원재료에 대한 관세 등 환급에 관한 시행령 (2000. 10. 23. 대통령령 제16985호로 개정되기 전의 것) 제16조 【 간이정액환급 】 ①관세청장은 법 제13조제1항의 규정에 의하여 중소기업의 수출물품에 적용하는 정액환급율표(이하 “간이정액환급율표”라 한다)를 정할 때에는 최근 6월이상 기간동안의 수출품품의 품목번호별 평균환급액 또는 평균납부세액등을 기초로 하여 적정한 환급액을 정하여야 한다.

②제1항의 규정에 의한 간이정액환급율표는 재정경제부령이 정하는 자의 수출물품에만 적용한다. 이 경우 수출자와 수출물품의 생산자가 다른 경우에는 생산자를 기준으로 하여 간이정액환급물표의 적용여부를 결정하여야 한다.

11. 수출용원재료에 대한 관세 등 환급사무처리에 관한 고시 제1-1-2조 【 용어의 정의 】 이 고시에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. “평균세액증명서”라 함은 매월 수입(구매)한 수출용원재료의 품목번호(HSK 10단위)별 관세 등의 합계액을 물량으로 나누어 수출용원재료 1단위당 평균세액을 증명한 서류(이하 “평세증”이라 한다)를 말한다.

2. “기초원재료납세증명서”라 함은 내국신용장 등에 의하여 공급된 수출용원재료의 납부세액을 증명한 서류(이하 ‘기납증’이라 한다)를 말한다.

3. “분할증명서”라 함은 수입 또는 구매한 상태 그대로 공급된 물품에 대한 납부세액을 증명하기 위하여 수입신고필증 ․ 평세증 ․ 기납증을 분할하여 증명한 서류(이하 “분증” 이라 한다)를 말한다.

11.수출용원재료애 대한 관세 등 환급사무처리에 관한 고시 제4-3-1조 【분증의 발급대상 】 명 제10조제2항의 규정에 의하여 분증을 발급할 수 있는 경우는 다음 각호의 1과 같다.

1. 원재료를 수입 또는 구매한 상태 그대로 수출자 및 수출물품의 생산자 또는 수출물품을 생산하는데 사용할 중간원재료를 생산하는 자에게 양도한 경우

2. 제4-1-2조의 규정에 의하여 평세증이 발급된 물품의 전부 또는 일부를 제조 ․ 가공하지 아니하고 제1호와 같이 양도한 경우

3. 제4-2-1조제1항에서 정한 원재료를 양수한 자가 구매한 상태대로 제1호와 같이 양도한 경우

세액계산표

1. 1999년 제1기 부가가치세 (단위 : 원)

구분

① 이 사건 처분세액

②정당한 세액

과세표준

일반

142,914,867,117

142,853,827,569

영세율

82,911,411,627

82,972,451,175

세율(%)

10.00

10.00

납부세액

매출세액

14,291,486,711

14,285,382,756

매입세액

10,696,925,452

10,696,925,452

차가감계

3,594,561,259

3,588,457,304

가산세

1,953,568,787

1,948,828,133

공제세액

302,435,216

302,435,216

차감고지세액

5,245,694,830

5,234,850,221

2.1999년 제2기 부가가치세

(단 위: 원)

구분

① 이 사건 처분세액

②정당한 세액

과세표준

일반

195,929,502,058

195,887,844,366

영세율

116,497,073,166

116,538,730,858

세율(%)

10.00

10.00

납부세액

매출세액

19,592,950,205

19,588,784,436

매입세액

18,792,310,244

18,792,310,244

차가감계

800,639,961

796,474,192

가산세

181,267,420

178,988,744

공제세액

469,075,294

469,075,294

차감고지세액

512,832,087

506,387,642

3. 2000년 제1기 부가가치세

( 단 위: 원)

구분

① 이 사건 처분세액

②정당한 세액

과세표준

일반

89,968,657,857

89,218,412,882

영세율

46,740,006,736

47,490,251,711

세율(%)

10.00

10.00

납부세액

매출세액

8,996,865,785

8,921,841,288

매입세액

10,745,659,042

10,745,659,042

차가감계

-1,748,793,257

-1,823,817,754

가산세

23,693,097

443,058

공제세액

-1,824,898,387

-1,824,898,387

차감고지세액

99,798,227

1,523,691