서울행정법원-2008-구합-19178 (2008.10.30)

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2007. 4. 16. 원고에 대하여 한 별지 경정청구세액 일람표 기재 부가가치세 합계 1,640,876,584원의 감액경정청구 거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분 경위

가. 원고는 사립학교법에 의하여 설립된 비영리법인으로 1946. 12. 19. 부가가치세 면세사업자로서 고유번호(A)를 부여받아 부가가치세 면세사업을 영위하고 있고 산하에 고등교육을 실시하는 ○○대학교를 설립ㆍ운영하고 있는데, ○○대학교는 1946. 12. 18. 별도의 고유번호(B)를 부여받아 부가가치세 면세사업을 영위하고 있다.

나. 원고는 ○○대학교 내에서 수익사업을 하기 위하여 2003년 초부터 주차장 신축공사를, 2004년 초부터 종합복지관 신축공사를 각각 착공하고(2건의 공사를 합하여 ‘이 사건 공사’라 한다) 2004. 3. 1. 부가가치세 과세사업자로 사업자등록(사업자등록번호 : A)을 신청하였으나, 이 사건 공사에 관련된 매입세금계산서(이하 ‘수정 전 세금계산서’라 한다)를 원고의 등록번호로 수취하지 않고 ○○대학교 명의의 면세사업자 고유번호로 수취하였다.

다. 수정 전 세금계산서상 공급받는 자는 원고가 아니었기 때문에 원고는 2004년 1기부터 2006년 1기까지 부가가치세 신고를 하면서 그에 해당하는 매입가액을 신고서에 기재하지 않았고 매입세액 공제도 받지 않았다.

라. 원고는 2006. 10. 20. 수정 전 세금계산서의 매입처로부터 ‘착오 경정’을 이유로 공급받는 자를 원고로 고친 수정세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 교부받고 2007. 1. 23. 피고에게 이 사건 세금계산서상의 매입세액을 공제하여 원고가 기납부한 2004년 1기부터 2006년 1기가지의 부가가치세 중 아래와 같이 계산한 ‘경정청구대상 매입세액’ 합계 1,640,876,584원을 환급해 달라는 취지의 경정청구를 하였다.

과세기간

주차장 관련

매입세액 ①

종합복지관 관련 매입세액

경정청구대상

매입세액

(①+④)

공통매입세액

②

과세분 비율

③

과세분 매입세액

(④=②×③)

2004년 1기

889,570,454

12,450,000

29.50%

3,672,435

893,242,889

2004년 2기

776,668,183

29.50%

229,097,527

229,097,527

2005년 1기

623,486,364

29.50%

183,912,754

183,912,754

2005년 2기

830,868,182

29.50%

245,085,160

245,085,160

2006년 1기

303,545,454

29.50%

89,538,254

89,538,254

합계

889,570,454

2,547,018,183

29.50%

751,306,130

1,640,876,584

마. 피고는 2007. 4. 16. 원고에 대하여 공급받는 자를 ○○대학교에서 원고로 고친 이 사건 세금계산서는 착오에 의한 수정세금계산서 교부 대상이 아니어서 경정청구에 의한 매입세액 공제 대상에 해당되지 않는다는 이유로 경정을 거부하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

[인정 근거] 갑 제2, 3호증, 제6호증의 1, 2, 제11호증의 1-5, 제13호증의 각 기재

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 공사를 위하여 설계ㆍ감리 및 건축공사계약을 체결하고 건설용역을 제공받은 것은 원고이나 공급받는 자를 원고 산하 ○○대학교로 기재한 세금계산서를 교부받은 것은 부가가치세법 시행령 제59조 제5호의 “필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 기재된 경우”로서 아래와 같이 수정세금계산서를 교부할 수 있는 사유에 해당한다. 따라서 이 사건 세금계산서로 매입세액 공제를 하여 달라는 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다.

(1) 착오란 표시의 내용과 내심의 의사가 일치하지 않음을 표의자 자신이 알지 못한 경우를 말하므로 실제 공급받는 자가 원고인데 공급하는 자가 착각하여 ○○대학교를 공급받는 자로 기재한 것은 착오 기재에 해당한다.

(2) ○○대학교는 학교에 속하는 회계를 원고에 속하는 회계와 별도로 구분ㆍ관리하기 위하여 편의상 원고와 별도로 고유번호를 부여받았지만 별개의 법인격이 없을 뿐만 아니라 사립학교법상 수익사업을 할 수 있는 주체는 학교법인인 원고로 되어 있고, 용역 제공의 근거가 되는 공사도급계약서, 공사감리계약서에도 원고가 계약당사자로 표시되어 있으며, 대주차장 및 종합복지관 신축 부지의 소유권자로서 관할관청으로부터 건축공사를 위한 각종 인ㆍ허가를 득하고 공사대금을 지급한 자도 원고이므로 건설용역을 공급받는 자는 원고임이 분명하다.

(3) 이 사건 세금계산서에 의한 매입세액 공제가 이루어지지 않는다면 원고는 주차장 및 종합복지관을 운영하여 발생하는 주차료 및 임대료 수입에 관하여 부가가치세 매출세액은 계속 발생하는데 반해 그 과세사업용 자산의 취득과 관련한 매입세액은 전혀 공제되지 않는 부당한 결과가 된다.

(4) 세금계산서의 공급받는 자의 상호와 등록번호를 착오로 기재한 경우 수정세금계산서 교부를 허용하지 않는 것은 수정세금계산서에 관한 부가가치세법의 규정에 정면으로 반하는 해석으로 조세법률주의의 원칙상 허용될 수 없다.

나. 관련 법령

부가가치세법 제5조 (등록)

부가가치세법 제16조 (세금계산서)

부가가치세법 제17조 (납부세액)

부가가치세법 시행령 제8조 (등록번호)

부가가치세법 시행령 제53조 (세금계산서)

부가가치세법 시행령 제59조 (수정세금계산서)

부가가치세법 시행령 제60조 (매입세액의 범위)

다. 인정사실

(1) 이 사건 공사에 관하여 ○○대학교 총장과 주식회사 ○○씨앤씨건축사사무소(이하 ‘○○씨앤씨’라 한다) 대표이사 사이에 2002. 1. 16. 건축설계 및 공사감리계약이 체결되었고, ○○대학교 총장과 ○○건설 주식회사(이하 ‘○○건설’이라 한다) 대표이사 사이에 2003. 2. 19. 주차장 신축공사의, 2004. 3. 11. 종합복지관 신축공사의 각 공사 도급계약이 체결되었다.

(2) 원고는 신축되는 주차장과 종합복지관 운영을 위하여 2004. 3. 1. 성북세무서장에게 사업자등록신청을 하여 2004. 3. 9. 사업자등록증이 교부되었다.

(3) 원고는 사업자등록을 마친 후 2004년 1기부터 부가가치세를 신고하면서 2006년 1기에 이르기까지 수정 전 세금계산서에 의한 매입세액 공제를 받은 사실이 없다.

(4) 각 과세기간 중 부가가치세 신고내용에 의하면 원고는 ○○대학교(고유번호 : B)에 2004년 2기 425,454원, 2005년 1기 190,909, 2005년 2기 170,001원의 각 매출세금계산서를 발행하고 매출세액을 신고하였다.

(5) 원고는 사업자등록 신청일 이후 이 사건 세금계산서를 원고 명의로 수취하였더라면 자기의 사업을 위하여 사용될 용역의 공급에 대한 세액에 해당하여 매입세액 공제를 받을 수 있었다는 사실을 알고 이 사건 공사에 관련된 각종 계약서의 발주자 명의를 ○○대학교 총장에서 원고로 고쳐 새로 작성하는 한편 ○○씨앤씨와 ○○건설에 요청하여 2004. 3. 30.부터 2006. 1. 27.까지 사이에 ○○대학교를 공급받는 자로 하여 수취한 세금계산서 31장에 관하여 2006. 12.경 ‘거래처 착오분 정정 발행’을 이유로 한 수정세금계산서를 교부받았다. 다만 2004. 3. 2.자 세금계산서 1장은 사업자등록 신청일 이 후 수취한 것으로서 매입세액 공제 대상이 된다고 보아 수정세금계산서를 교부받지는 않았다(편의상 ‘이 사건 세금계산서’에는 2004. 3. 2.자 세금계산서도 포함시키는 것으로 한다).

(6) 이 사건 공사가 이루어진 ○○대학교 내 부지와 이 사건 공사로 신축된 건축물의 소유자는 원고이고, 주차장과 종합복지관의 신축사업의 최종 승인은 원고 이사장이 하였으며, 공사와 관련된 각종 인허가도 원고 명의로 받았다.

(7) ○○건설의 2003년과 2004년 사업연도 감사보고서 중 현장별 중요 건설공사 목록에는 이 사건 공사의 발주처가 ○○대학교로 기재되어 있다.

[인정 근거] 갑 제4호증의 1~3, 제5호증의 1~7, 제6호증의 1, 2, 제7호증, 제8호증의 1, 2, 제9호증의 1~18, 제10호증의 1~14, 제15호증 제16호증의 1, 2, 제17, 18호증, 제19호증의 1, 2, 제20호증, 을 제1호증의 1~5의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

앞서 인정한 사실과 이 사건 변론에 나타난 아래의 제반 사정에 비추어 보면 수정 전 세금계산서상 공급받는 자가 ○○대학교라는 명칭과 그 고유번호로 기재된 부분이 착오로 잘못 기재된 것이라고 볼 수 없어 이는 수정세금계산서 발행사유에 해당하지 않는다. 따라서 이 사건 공사와 관련하여 세금계산서를 수취한 사실이 없는 원고가 수정세금계산서를 교부받아 매입세액 공제를 구하는 취지로 한 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 적법하다.

(1) 사립학교법상 수익사업의 주체가 학교법인인 점, 이 사건 공사에 관련된 계약의 당사자가 원고인 점, 주차장 및 종합복지관 부지와 신축된 건축물의 소유권자도 원고인 점, 관할관청으로부터 각종 인ㆍ허가를 득하고 공사대금을 지급한 자도 원고인 점은 모두가 원고가 주장하는 바와 같으나 이는 인격을 가진 자만이 권리의무의 주체가 된다는 법리상 지극히 당연한 것일 뿐, 그렇다고 하여 막바로 법인격이 없는 ○○대학교를 공급받는 자로 기재하여 발행된 세금계산서가 착오로 발행되었다는 결론이 도출되는 것은 아니다.

(2) 단일한 법인격을 찾는 개인이나 법인이 수 개의 사업장을 가지고 각각 사업자 등록을 하여 별개의 사업을 영위하는 것이 얼마든지 가능하고, 각 사업은 사업자등록번호, 상호, 사업장 소재지 등에 의하여 구분되며 이 경우에도 납세의무자는 법인격의 주체인 1인이 될 것이나 부가가치세의 신고ㆍ납부는 사업장별로 이루어진다.

(3) 부가가치세법 제16조와 같은 법 시행령 제53조 제2항은 재화 또는 용역을 공급받는 자가 사업자가 아닌 경우에는 사업자등록번호에 갈음하여 고유번호 또는 공급받는 자의 주소ㆍ성명 및 주민등록번호를 기재하여야 한다고 규정한다.

(4) 이 사건 공사 이전에는 원고와 ○○대학교가 부가가치세 과세사업을 영위하는 사업자가 아니었으므로 사업자등록을 하지 않고 1946년경부터 각각 고유번호를 부여받아 면세사업을 하여 오다가 2004. 3. 9. 과세사업을 하기 위하여 원고가 사업자등록을 하였다. 이러한 상태는 원고가 원고 본인의 상호로 과세사업과 면세사업을 하고, ○○대학교라는 상호로 면세사업을 하는 것으로서 ○○대학교는 비록 법인격을 갖지 않는 교육시설에 불과하지만 원고의 타 사업과는 별개로 사업주체로서 지위를 보유한다고 보아야 한다.

(5) 원고가 ○○대학교에 대하여 한 매출도 과세거래로 하여 부가가치세를 신고하였는바, 이는 ○○대학교가 법인격이 없어 재화나 용역을 공급받는 자가 될 수 없다는 원고의 주장과 어긋난다.

(6) 세금계산서는 공급하는 자가 법정 사항을 기재하여 공급받는 자에게 교부하는 것이므로 그 기재에 착오가 있었는지 여부는 일차적으로 공급하는 자를 기준으로 가려야 한다. ○○씨앤씨나 ○○건설은 당초 체결한 설계ㆍ감리 또는 공사도급계약에 따라 ○○대학교를 공급받는 자로 하여 수정 전 세금계산서를 발행하였다. ○○씨앤씨나 ○○건설로서는 거래상대방으로부터 부가가치세를 징수하여 납부만 하면 되는 것이지 공급하는 재화나 용역이 과세사업에 사용되는지 면세사업에 사용되는지까지 파악하여 공급받는 자를 기재할 의무는 없으므로 세금계산서 발행에 착오가 개재되었다고 볼 만한 사정이 없다. 원고측의 착오라는 것도 세무처리상의 미숙함을 사후에 발견하였다는 의미일 뿐 수정 전 세금계산서를 수취할 당시 객관적으로 존재하는 사실과 인식한 사실의 불일라는 의미에서의 착오가 있었다고 볼 수 없다.

(7) 원고가 주차장과 종합복지관을 과세사업에 사용하여 매출로 인한 부가가치세 납세의무를 지면서 그 사업을 영위하기 위하여 매입한 용역에 관한 세액을 공제받지 못하게 된 결과는 부가가치세법이 공급시기에 필요적 사항이 정확히 기재된 적법한 세금계산서를 수취하는 것을 매입세액 공제의 요건으로 하고 있음에도 원고가 세금계산서를 수취하지 않음으로 말미암은 것이다. 원고가 주장하는 사정이 있다고 하여 수정세금계산서의 발행을 인정해 주어야 하는 것은 아니다.

(8) 부가가치세법 시행령 제59조에 의하여 수정세금계산서는 세금계산서의 기재사항에 착오 또는 정정사유가 있는 경우에 발행하는 것인데, 이 사건에서 수정 전 세금계산서에 착오나 정정사유가 있다고 인정되지 않으므로, 이 사건 수정세금계산서에 의한 매입세액 공제를 거부하는 것이 조세법률주의에 위배된다고 할 수 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.