서울행정법원-2010-구합-42836 (2011.11.04)

사 건

2010구합42836 법인세부과처분취소

원 고

AA자동차 주식회사

피 고

서초세무서장

변 론 종 결

2011. 10. 14.

판 결 선 고

2011. 11. 4.

주 문

1. 피고가 원고에 대하여 한, 2008. 3. 15.자 2002 사업년도 법인세 898，095，570원의 부과처분과 2008. 11. 1.자 2003 사업년도 법인세 632，150，820원의 부과처분을 모두 취소한다.

2 소송비용은 피고가 부담한다.

청구취지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1944년경 설립되어 차량 및 그 부속품의 제조 · 판매를 주된 사업으로 영위하고 있는 법인이고, FFFF 주식회사는 원고, BB자동차 주식회사, BBCCC 주식회사, BB하이스코 주식회사 등 40여개 계열회사들로 구성된 기엽집단인 BB자동차그룹의 물류엽무를 통합하여 효율화할 목적으로 정CC가 40%(10억 원). 그의 장남 정DD이 60%(15억 원)를 출자하여 2001. 2. 22. 설립한 물류전문회사로서(설립 당시의 명칭은 EEEEE 주식회사였으나 2003. 6. 20. 상호가 변경되었다. 이하 상호변경 전후를 통틀어 ’FFFF’라 한다). 역시 BB자동차그룹의 계열회사이다.

나. 원고는 FFFF의 설립 후 그로부터 ① 자체제작부품(MIP. Made in Plant. 완성 차 업체가 자사 공장에서 직접 생산하는 엔진, 변속기, 판넬 공작 기계 등의 핵심부품) 운송용역. ② 장비임대 용역. ③ 사전검사(PDI. Pre-Delivery Inspection) 용역(이하 각 각 ’MIP’, ’장비임대’, ’PDI’라 하며, 통툴어서는 ’이 사건 용역’이라 한다)을 제공받고 용역대가를 제공하였다.

다. 서울지방국세청장은 2007. 3. 23.부터 2007. 10. 31.까지 FFFF에 대하여 세무조사를 실시한 결과, 원고가 2002. 2003 사업년도에 걸쳐 법인세법상 특수관계에 있는 FFFF에서 이 사건 용역을 제공받으면서 시가보다 높은 가격으로 용역대가를 지급함으로써 부당하게 조세를 감소시킨 것으로 보아 구 법인세법(2010.12.30.법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 ’법’이라 한다) 제52조 제1항, 동 시행령(2007.2.28.대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것, 이하 ’시행령’이라 한다) 제88조 제1항 제7호에 의한 부당행위계산 부인대상으로 판단하고, 시행령 제89조 제4항 제2호, 제5항에 따라 이 사건 용역의 시가를 산정한 다음 차액 상당을 익금에 산입하여 재계산한 원고의 소득금액을 피고에게 통보하였다.

마. 피고는 이에 따라 원고에 대하여, 2008. 3. 15. 2002 사업년도 법인세 898，095, 570원의 부과처분을 하였고, 2008. 11. 1. 2003 사업년도 법인세 632，150，820원의 부과 처분을 하였다(이하 통틀어 ’이 사건 부과처분’이라 한다).

바. 원고는 이 사건 부과처분에 대하여 2008. 6. 12.에 조세심판원에 심판청구를 제 기하였으나, 조세심판원은 2010. 8. 13. 이를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제1, 2호증, 을 제3, 4호증(가지번호 포 함), 을 제5호증, 을 제6호증의 1, 2, 을 제18호증의 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장

(1) 원고의 주장

이 사건 부과처분은 다음과 같은 이유에서 위법하다.

(가) 원고 등 BB자동차그룹의 계열회사들은 FFFF가 구축한 통합물류시스템에 의하여 기존의 운송주선업자들이 제공하던 용역에 비하여 월등히 나은 용역을 제공 받고 있고, 그에 따라 발생한 원고의 비용절감 효과는 2002-2006년 합계 약 450억원에 달하였으므로, 종전의 용역 대가에 비하여 더 많은 용역 수수료를 지급하였더라도, 이 사건 용역거래는 경제적으로 합리성이 있는 정상적 거래이다.

(나) FFFF 전체 사업부문의 2002년도 매출 총이익률은 11.43%, 2003년도 매출 총이익률은 9.26% 정도로서 경쟁기업들의 수익률에 비하여 높은 수준이 아니고 각 사업부문 별로 상이한 매출 총이익률을 실혐하고 있음에도, 그 중 매출 총이익률이 10%를 넘는 MIP, 장비임대 용역, PDI, 완성차 운송(TP, Transporter), 사후관리서비스 (A/S) 부품운송 부분만을 따로 떼어 법인세법에 정한 부당행위계산 부인대상으로 보고 이 사건 부과처분 등을 한 것은 부당하다.

(다) 시행령 제89조 제4항 제2에 따르면 이 사건 용역의 시가산정은 매출원가에, ’① 당해 사업년도 중 제공한 용역으로서，② 당해 법인이 특수관계자 외의 자에게 제공한，③ 당해 용역과 유사한’ 용역거래의 수익률을 곱하여 산정하여야 할 것임에도, 피고는 다음과 같은 용역거래의 수익률을 적용하는 등으로 잘못 산정된 시가를 기준으로 이 사건 처분을 한 위법이 있다

① 당해 사업년도가 아닌 사업년도의 용역거래

이 사건 부과처분의 과세대상 사업년도인 2002, 2003 사업년도가 아닌 2001 사업년도의 용역거래의 수익률을 적용하였다.

② 특수관계에 있는 자 간의 용역거래

특수관계에 있는 원고와 FFFF 간의 용역거래 수익률을 적용하였다.

③ 유사성이 없는 용역거래

피고는 단가 인상 전의 원고와 FFFF의 용역거래의 경제적 실질이 BBBB 설립 이전에 원고에게 장비임대，PDI 용역 등을 제공하던 GG다이너스티 주식회사(이하 ’GG’라 한다)의 용역거래, 즉, 특수관계 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공 거래와 동일하기 때문이라고 주장하나, 종전의 GG와의 용역거래와 FFFF와의 용역거래는 형식적으로나 실질적으로나 유사한 용역제공이라고 볼 수 없을 뿐만 아니라, 피고 주장대로라면 시행령 제89조 제1항에 의하여 시가를 산정할 수 있는 것이므로, 보충척 규정인 제89조 제4항 제2호에 의하여 시가를 산정한 것은 어느 모로 보나 위법이다.

④ 자사 장비임대에서 시가 산정의 위법성

장비임대 중 자사 장비임대의 경우에는 타사 장비임대에서 시가로 산정한 금액과 실제 타사 장비임대 매출과의 비율(시가율)을 자사 장비임대 매출에 곱하여 자사 장비임대의 시가를 산정하였는바, 이러한 계산방법은 시행령 제89조 제4항 제2호의 규정에 위배될 뿐 아니라 달리 법적 근거를 찾을 수 없는 산정방식이어서 위법하다.

(2) 피고의 주장

(가) 경제적 합리성과 관련하여

① 원고가 사업능력이 검증되지 않은 FFFF에 물류업무 대부분을 몰아준 점. ② FFFF가 원고에게 제공한 용역은 단순 주선 및 관리용역으로서 종전 수행업체 및 경쟁기업과 비교하여 볼 때, 인적 · 물적 자원에 대한 추가 투입이 없어 새로운 시스템에 의한 용역제공으로 볼 수 없는 점. ③ FFFF가 원고로부터 포괄적으로 위탁받은 업무는 원고의 계열사가 직접 수행하던 업무이거나 제3자를 통해 수행하던 업무로 FFFF가 없더라도 실질적으로 용역수행이 가능한 점 ④ 이 사건 용역을 수행 하는 과정에서 규모의 경제에 따라 단가할인요소, 고정비 감소 효과 등이 발생하였음 에도 원고는 이러한 효과를 반영하지 않은 채 부당한 단가인상으로 FFFF에 계속 상당한 이윤을 보장하여 준 점. ⑤ 원고의 단가인상에도 불구하고 FFFF는 실행사에 단가를 인상해 주지 않아 FFFF의 매출 총이익률이 급증한 점，⑥ 통일한 운송 업무를 수행하는 경우에도 비계열사 거래분과 수익률 차이가 큰 점 등을 고려할 때 이 사건 용역은 건전한 사회통념이나 거래관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 거래라 할 것이다.

(나) 이 사건 용역의 시가 산정과 관련하여

2001년 10월경의 단가인상은 이렇다 할 인상요인 없이 이루어져 합리적인 것으로 볼 수 없고, 원고와 FFFF가 인상 전 단가로 거래하여 실현한 수익률은 FFFF 설립전 원고가 GG 등과 거래하여 실현한 수익률과 동일하므로 이를 FFFF 가 특수관계 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공 거래에 있어서의 수익률에 해당하는 것으로 볼 수 있다.

나. 관계 법령

별지와 같다.

다. 인정사실

(1) BB자동차그룹은 1999년경 계열회사들의 물류업무를 전담하는 회사로 GG와 HH종합상운 주식회사(이하 ’HH’라 한다)를 선정하였고, 이에 따라 GG가 완성차 운송，PDI 등의 판매물류, 수출입물류, 기업물류 중 장비임대업무를, HH가 장비임대 외 의 기엽물류를 각 위탁받아 담당하고 있었고, 주식회사 IIII는 BB자동차그룹의 중고차 사업을 담당하고 있었다. FFFF는 2001년 6월 GG로부터, 2003년 7월 HH로부터, 2003년 9월 주식회사 IIII로부터 각 사업일체를 양수하면서 전산시스템과 종업원을 그대로 승계하여, 전체 사업부문이 유류운송, 조달운송, MIP, 장비임대(자동차, 철강), 사후관리서비스(AtS) 부품운송, 완성차 운송, PDI, 수출팀, 수입팀, 복합물류, 자동차부품의 해외수출운송(CKD, Complete Knock Do뼈), 중고차사업 등에 걸쳐져 있 다.

(2) FFFF는 BB자동차그룹 내 통합물류시스템 구축을 위하여 2002년부터 통합운송관리시스템(iTMS integrated Transportation Management System), 수출입물류 시스템(GOALS Global Overseas Advanced Logistics System), 통합창고관리시스댐 (WMS : Warehouse Management System)등의 물류정보시스템을 개발하기 시작하여 2003년 9월 콜센터를 구축하고, 2003년 10월 관제 및 통신서버를 개발하여, 2004년 1 월부터 본격적으로 가동하기 시작하였다. 이러한 통합물류시스템 구축과 FFFF의 인적 · 물적 시설확충으로 인하여 FFFF가 BB자동차그룹 내 계열사에게 제공하는 운송용역의 수준은 종전에 비하여 크게 개선되었다.

(3) 이 사건 용역의 내용 등

(가) MIP는 자체제작부품을 조립공장으로 이동하기 위한 운송 · 하역 · 보관 · 재고관리 등의 제반 물류 용역으로서, FFFF 설립 전에는 HH오토모티브, JJJJ 등이 용역을 제공하다가 2001년 5월부터 FFFF가 전담하였다(다만 원자재 운송용역 은 2001년 11윌까지 JJJJ이 용역을 계속 제공하였다). 원고는 종전에 JJJJ 등 에 지급하던 용역대가를 FFFF에도 그대로 지급하다가 2001년 9월과 2001년 10월 2차례에 걸쳐 단가를 인상하였다.

(나) 장비임대는 완성차 공장 안에서 완성차 부품의 상 · 하역과 부품의 이동에 필요한 장비(지게차 및 견인차 등)를 임대하는 것으로서 타사(임차) 장비임대와 자사 장비임대로 나둬는데, FFFF 설립 전에는 GG가 장비를 보유하고 있지 않아 타사 장비임대용역만을 제공하였다. 원고는 종전에 GG에 지급하던 용역대가를 FFFF에 도 그대로 지급하다가 2001년 10월 단가를 인상하였다.

(다) POI는 출고된 완성차량의 외관 조립 및 도장 상태, 실내 내장재의 마감상태 등을 확인하고 차량에 탑재된 각종 기기의 기능 점검 등을 수행하며, 완성차량 내에 장착 및 투입되는 매트와 공구세트 및 삼각대 등의 지급품을 확인하고 임시번호를 부착하여 운송 및 고객에의 인도가 가능한 상태로 만드는 점검 작업으로서, FFFF 는 통상적인 POI 외에도 2002년 7월부터 경기도 평택항의 배후야적장을 통하여 수출하는 원고의 완성차에 대한 보관업무, 선적 전 최종 확인작업 및 기타 수출에 필요한 업무, 즉 항만처리센터(PPC, Port Processing Center) 용역을 제공하였다. FFFF 설립 전에는 GG 퉁이 POI 용역을 제공하였고, 원고는 종전에 GG 등에 지급하던 용역 대가를 FFFF에도 그대로 지급하다가 2001년 10월 단가를 인상하였다.

(4) 피고는 원고가 2001년 10월경 행한 위 용역대가 인상을 부당한 단가 인상으로 보고, 시행령 제89조 제4항 제2호에 의하여 2002, 2003 사업년도 이 사건 용역의 시가를 용역 유형별로 산정한 후, 그에 따라 원고의 부당행위계산 부인대상 금액을 산정하 였다. 그 구체적 내역은 다음과 같다.

(가) MIP : 매출원가에 2001년 10월 1달간(1차 단가인상 후 2차 단가 인상 전 기간) 원고와 FFFF 사이의 MIP 부품 운송용역 수익률 6.33을 곱하여 시가를 산정 하였다.

(나) 장비임대 : 타사 장비임대에 대하여 매출원가에 2001년 3-9월(단가 인상 전 기간) 원고와 GG 사이의 장비임대 수익률 6.39을 곱하여 시가를 산정하고, 자사장비 임대의 경우는 인상 전 수익률이 존재하지 아니하고 단가계산 항목별(감가비, 보험료, 유류비, 일반관리비 등) 계산내역도 확인할 수 없어, 자사 장비임대 매출액에 타사 장비임대 용역 시가가 거래금액에서 차지하는 비융(타사 장비임대 시가율)을 곱한 금액으로 시가를 산정하였다.

(다)PDI ‘ 매출원가에 2001년 3-9월(단가 인상 전 기간) 원고와 GG 사이의 POI 수익률 3.48을 곱하여 시가를 산정하였다.

[인정근거] 앞서 든 증거, 갑 제9, 10호증, 을 제9부터 13호증, 을 제17, 19, 25, 26, 33, 35, 40, 47호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 조세법률주의의 원칙상 조세법규(과세요건 및 부과징수절차에 관한 규정)의 해석은 엄격하여야 하고 행정편의적인 확정해석이나 유추해석은 문언의 해석 가능한 범위를 넘어서 과세요건에 관한 법의 흠결을 해석에 의하여 메우는 결과를 초래하므로 허용할 수 없다(대법원 1984. 6. 26. 선고 83누680판결, 2007. 6. 28. 선고 2005두 13537 판결 등 다수 창조).

(2) 법 제52조 제1항에 의하면, 관할세무서장은 사업소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자와 특수관계에 있는 자와의 거래로 인하여 당해 소득에 대한 조세 의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 거주자의 행위 또는 계산에 관계없이 당해 연도의 소득금액을 계산할 수 있다고 규정하고 있는바, 여기서 말하는 부당행위계산의 부인이란 거주자가 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 제반 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하 는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연 스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에만 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 당해 거래행위의 대 가관계만을 따로 떼내어 단순히 특수관계자가 아닌 자와의 거래행태에서는 통상 행하여지지 아니하는 것이라 하여 바로 이에 해당하는 것으로 볼 것이 아니라, 거래행위의 제반 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지에 따라 판단하여야 한다(대법원 1996. 7. 26. 선고 95누8751 판결 등 참조). 여기서 경제적 합리성을 판단하는 구체적 기준으로 우선 고려되어야 할 것은 법 제52조 제2항, 시행령 제89조 제1항 등에서 말하는 ’시가’로 보아야 할 것이다. 즉, 당해 거래가격이 시가와 부합하지 아니함을 과세관청이 입증하지 못하면(부당행위계산 부인의 적용기준이 되는 ’시가’에 대한 입증책임은 부당행위계산 부인을 주장하는 과세 관청에게 있다. 대법원 2005. 5. 12. 선고 2003두15287 판결 등 참조) 다른 요소를 고려할 필요 없이 경제적 합리성이 있는 행위로 보아야 할 것이다. 반면 시가와 상당히 차이가 나는 가액으로 거래가 이루어졌음이 입증된 경우에는 당해 거래가 이루어진 경위 등 다른 사정을 종합하여 경제적 합리성 유무를 판단하여야 한다. 따라서 이 사건 에서 피고가 산정한 시가가 적정한 것인지 여부를 먼저 살펴보기로 한다.

(3) 피고는 시행령 제89조 제1항에서 정한 시가를 알 수 없으므로 같은 조 제4항 제2호에 따라 이 사건 용역의 매출원가에 유사한 용역의 수익률을 적용하여 이 사건 용역의 시가를 계산하는 보충적 평가방법을 적용하였다. 그런데, 다음과 같은 사정들을 종합하면, 피고가 유사한 용역으로 삼은 다음 각 용역은 이 사건 용역과 유사한 용역으로 보기는 어려워, 그 수익률을 기준으로 이 사 건 용역의 시가를 산정한 것은 적법하다고 볼 수 없다.

(가) 당해 사업년도가 아닌 2001 사업년도에 제공된 것

피고가 유사용역으로 삼은 것은 이 사건 용역이 제공된 2002, 2003 사업년도에 제공된 것이 아닌, 단가인상 전의 기간인 2001 사업년도에 제공된 것이어서 시행령 제89조 제4항 제2호의 규정에 명백히 어긋난다. 더욱이 이와 같이 다른 사업년도에 제공된 당해 법인의 당해 용역거래의 수익률을 기준으로 시가를 산정하여 부당행위계산을 부인하게 되면, 특수관계자 사이의 용역거래의 경우에는 원가 절감 등의 사정으로 수익률이 증가하기만 하면 항상 부당행위계산 부인으로 간주될 수밖에 없다는 부당한 결론을 초래하게 된다.

(나) 특수관계자 사이에 제공된 것

피고가 유사용역으로 삼은 용역은 모두 특수관계에 있는 원고와 FFFF 사이에 이루어진 거래이다. 피고는 이에 대하여 2001년 10윌 단가 인상 전의 원고와 FFFF 사이의 용역거래로 실현한 수익률은 FFFF 설립 이전에 원고와 GG 등이 거래하여 실현한 수익률과 동일하므로 경제적 실질이 특수관계외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래와 같다고 주장하나, 앞서 본 조세법규의 엄격해석의 원칙에 따르면 시행령 제89조 제4항 제2호의 특수관계는 법 형식에 따라 판단되어야 하므로 FFFF가 GG를 인수하여 경제적 실질이 같다고 하여 특수관계 외의 자라고 볼 수는 없다.

(다) 법령의 근거 없는 산정방식

장비임대 중 자사 장비임대의 시가를 타사 장비임대의 시가율에 따라 산정한 것은 법적 근거가 없는 산정방식으로서 위법하다.

(라) 기타 사정

피고가 이 사건 부과처분을 하게 된 실질적 이유는 원고의 FFFF에 대한 ’일감 몰아주기’로 인하여 매출 총이익률이 평균 10%를 넘지 않는 운송주선업계의 실태와 달리 이 사건 용역의 매출 총이익률이 15% 이상에 달하게 되었고, 매출규모의 팽창으로 FFFF가 설립된 지 몇 년 만에 업계 1위가 된 점, 원고를 비롯한 BB자동차그룹 계열회사들이 FFFF에 부당한 지원행위를 하였다며 공정거래위원회가 과징금 처분을 한 점 등에 있는 것으로 보인다. 그러나 매출 총이익률은 경제적 합리성 판단에서 있어서 간접적인 요소에 불과하고, 엽계 평균 이상의 이익을 실현하였다는 사정만으로 피고의 이 사건 용역에 대한 시가 산정이 정당화된다고 보기 어려운 점,「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제23조 제1항 제7호, 동 시행령 제36조 제1항 별표 1 제10호 가.목의 부당한 지원행위는 ’현저한 규모’의 용역집중행위를 통하여, 비록 그것이 경제적 합리성이 있는 행위일지라도 FFFF의 경쟁상 지위를 부당하게 제고하여 화물운송주선업 시장의 공정한 거래질서를 저해할 우려가 있는지에 달려있는 것인 바, 이는 당해 거래의 경제적 합리성 및 시가 산정을 판단 기준으로 하는 이 사건의 쟁점과는 다른 차원의 것으로 보인다.

(4) 따라서, 피고가 이 사건 용역의 시가를 적정하게 산정하였음을 입증하지 못하여 원고가 FFFF로부터 고가로 용역을 제공받았음이 인정되지 아니하는 이상, 원고가 주장하는 경제적 합리성과 관련된 나머지 쟁점들에 관하여 더 나아가 판단할 필요 없이 이 사건 부과처분은 위법하다.

3. 결 론

원고의 청구는 이유 있어 인용하고, 소송비용은 패소자인 피고가 부담하게 한다.