울산지방법원-2009-구합-892 (2009.11.18)

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2007. 10. 1. 원고에 대하여 한 2004사업연도, 2005사업연도 및 2006사업연도 법인세 및 농어촌특별세 경정청구에 대한 각 거부처분은 이를 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 선박건조 및 수리판매, 산업기계 제조판매 등을 목적사업으로 하여 설립된 회사로서 상장법인인 소외 ●●종합금융 주식회사(이하 ‘●●종금’이라고만 한다)의 주식 21,446,770주(장부가액 112,211,334,080원)를 보유한 주주였다.

나. 한편, ●●종금, 소외 주식회사 ★★은행(이하‘★★은행’이라고만 한다), 소외 주식회사 ◆◆은행(이하‘◆◆은행’이라고만 한다)은, IMF 외환위기가 계속되던 1998.12.17. 위 3개 금융기관이 합병하되 그 합병 방식은 1차로 ★★은행이 ●●종금을 합병하고, 2차로 ◆◆은행이 ★★은행을 합병하여 ◆◆은행이 존속법인이 되는 방식으로 하며, 주식교환비율은 각 금융기관의 1998.12.31. 기준 순자산가액과 기준주가를 적절히 감안하여 산출하기로 하는 내용의 합병 합의를 하였다.

다. ★★은행은 위 합병 합의에 따라 1998.12.31. ●●종금과의 사이에, ★★은행이 ●●종금을 흡수합병하고, ●●종금의 주주에 대하여 ●●종금의 기명식 보통주식 1주(액면가 5,000원)당 ★★은행의 기명식 보통주식(액면가 5,000원) 5.38839주씩(●●종금 주식 총 68,824,844주에 대하여 ★★은행 주식 총 370,855,640주, 합병비율은 각 회사의 1주당 순자산가액과 위 기준주가를 각 2대1로 가중 산술평균한 값에 따라 계산)을 신주 발행하여 합병대가로 교부하며, 합병기일은 1999. 2. 9.로 하는 내용의 합병계약을 체결하였는데, ★★은행과 ●●종금은 각 주주총회의 결의를 거쳐 1999. 2. 11.을 합병기일로 하여 ●●종금을 흡수합병(이하‘제1차 합병’이라 한다)하고 1999. 2. 26. 이를 등기하였다.

라. ◆◆은행은 1999. 5. 10. ★★은행과의 사이에, ◆◆은행이 ★★은행을 흡수합병하고, ★★은행의 주주에 대하여 ★★은행의 기명식 보통주식(액면가 5,000원) 9,587주 당 원고의 기명식 보통주식(액면가 5,000원) 1주씩(★★은행 주식 총 375,855,640주에 대하여 원고 주식 39,204,718주, 합병비율은 각 회사의 1주당 순자산가액과 기준주가를 각 1대 1로 산술평균한 값에 따라 계산)을 신주 발행하여 합병대가로 교부하며, 합병기일은 1999. 7. 16.로 하는 내용의 합병계약을 체결하였는데, ◆◆은행과 ★★은행은 각 주주총회의 결의를 거쳐 1999. 9. 14.을 합병기일로 하여 ★★은행을 흡수합병(이하‘제2차 합병’이라 한다)하고 1999. 9. 15. 이를 등기하였다.

마. 원고는 제1차 합병에 따라 ●●종금 보유주식에 대한 합병대가로 ★★은행 주식 115,563,560주(액면가액 577,817,800,000원)과 합병교부금 2,220원을 교부받았고, 다시 제2차 합병에 따라 ★★은행 보유주식에 대한 합병대가로 ◆◆은행 주식 12,089,238주(액면가액 60,446,190,000원, 이하‘이 사건 ◆◆은행 주식’이라 한다)과 합병교부금 10,662원을 교부받았다.

바. 그 후 원고는 2004. 5. 21.과 2004. 6. 18. 이 사건 ◆◆은행 주식 전부를 합계 38,449,692,416원에 매각하고, 2005. 3.경 2004사업연도 법인세 및 농어촌특별세(이하‘농특세’라고만 한다) 과세표준과 세액을 신고하면서 이 사건 ◆◆은행 주식의 매각과 관련한 처분손실 80,258,842,439원(= 이 사건 ◆◆은행 주식의 장부가액 118,708,534,855원 - 매각대금 38,449,692,416원)을 손금에 산입하였다.

사. 한편, 원고는 2007. 6. 29. 피고에게, 이 사건 ◆◆은행 주식의 취득가액에는 ① 제1차 합병시 ★★은행 주식 취득으로 인해 발생한 의제배당금액 465,606,468,140원(=★★은행 주식 액면가액 577,817,800,000원 - ●●종금 주식의 장부가액 112,211,334,080원 + 제1차 합병교부금 2,220원)과 ② 뒤에서 보는 바와 같이 원고가 ★★은행의 농특세 납부의무와 관련하여 ◆◆은행에게 지급한 30,780,019,720원(이하‘이 사건 지급금’이라 한다)이 각 포함됨에도 위 2004사업연도 법인세 및 농특세 과세표준과 세액 신고 당시 이를 손금에 산입하지 않았다고 주장하면서, 원고의 2004사업연도, 2005사업연도 및 2006사업연도 법인세 및 농특세를 감액경정하여 줄 것을 청구하였다.

아. 이에 피고는, ① 위 의제배당금액 465,606,468,140원 부분에 대하여는 2007. 7. 23. 원고의 청구를 받아들여 2004사업연도 귀속손금으로 인정하여 환급결정을 하였으나, ② 이 사건 지급금 부분에 대하여는 2007. 10. 1. “원고가 피합병법인(★★은행)의 주주로서 합병법인(◆◆은행)에게 지급하기로 한 이 사건 지급금은 합병에 의하여 주주가 취득하는 주식의 취득가액에 포함되지 아니한다.”는 이유로 원고의 경정청구를 거부하는 이 사건 처분을 하였다.

자. 원고는 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2008. 12. 31. 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실 및 갑 제3, 7, 8호증, 갑 제6호증의 1 내지 3의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 아래와 같은 이유에서 이 사건 지급금은 사업상 필요경비로서 2004사업연도 귀속손금 내지 적어도 2005사업연도 귀속손금으로 산입되어야 한다.

(가) ◆◆은행은 제2차 합병이 진행 중이던 1999. 6.경 제1차 합병에 따라 피합병법인인 ●●종금의 청산소득이 비과세됨으로써 ★★은행에게 거액의 농특세납부의무가 발생한다는 사실을 발견하였다. 그런데 ◆◆은행은 제2차 합병비율을 재산정하는 대신 원고를 포함한 ★★은행의 법인주주인 구 ●●그룹 계열사들에게 위 농특세를 보전해 달라고 요구하였고, 나아가 금융기관의 신속한 구조조정을 위해 위 3자합병을 강력하게 추진하던 정부 역시 위 구 ●●그룹 계열사들에게 ◆◆은행과 농특세 보전에 관한 합의를 하라고 사실상 강요하였다.

(나) 이에 원고는 1999. 8. 16. 뒤에서 보는 바와 같이 ★★은행의 법인주주인 구 ●●그룹 계열사들과 사이에 ◆◆은행이 납부할 농특세를 ★★은행 지분비율에 따라 분담하기로 하는 내용의 약정을 체결하고, 2000. 12. 29.과 2001. 12. 29. 위 분담약정에 따라 ◆◆은행에게 이 사건 지급금을 지급하였다.

(다) 이러한 경위에 비추어 볼 때, 이 사건 지급금은 당초 합병비율에 따라 산정된 이 사건 ◆◆은행 주식을 그대로 보유하고(만일 합병비율을 재산정한다면 원고가 취득할 ◆◆은행 주식은 상당부분 감소될 것이다), 위 합병절차의 조기종결이라는 정부 정책에 협조함으로써 안정적인 사업환경을 조성하기 위한 비용으로서, ‘원고의 사업을 위해 지출한 통상적이고 필요불가결한 경비’로서 손금성을 갖는다.

(라) 한편, ◆◆은행은 과세관청을 상대로 농특세 부과처분의 취소를 구하는 소송을 제기하였는데, 위 소송에서 ◆◆은행의 청구를 기각하는 취지의 대법원 판결(2002두5573호)이 선고된 2004. 4. 8. 내지 적어도 그 파기환송심에 대한 대법원 판결(2005두1220호)이 선고된 2005. 4. 15. 무렵에야 비로소 원고가 ◆◆은행으로부터 이 사건 지급금을 더 이상 반환받을 수 없는 것으로 법률상 확정되었다 할 것이다. 따라서, 이 사건 지급금은 권리의무확정주의에 따라 2004사업연도 귀속손금 내지 적어도 2005사업연도 귀속손금으로 산입되어야 한다.

(2) 가사 그렇지 않다 하더라도, 아래와 같은 이유에서 이 사건 지급금은 이 사건 ◆◆은행 주식의 매입가액 또는 기타 부대비용으로서 그 취득가액에 산입되어야 한다.

(가) 제2차 합병비율의 산정은 당초 ★★은행의 우발채무인 ●●종금의 청산소득 농특세가 반영되지 아니한 채 정해진 것이고, 원고를 포함한 ★★은행 법인주주인 구 ●●그룹 계열사들이 당초의 합병비율에 따라 교부받은 ◆◆은행 주식은 정당한 합병비율에 따라 교부받을 주식보다 상당부분 과다하게 교부받은 것이다. 즉 이 사건 ◆◆은행 주식 중에는 정당한 합병비율에 따라 취득한 주식과, 당초 합병비율을 형식적으로 유지하기 위하여 이 사건 지급금을 ◆◆은행에게 지급하고 그 대가로 추가취득한 주식이 혼재되어 있다.

(나) 따라서, 이 사건 ◆◆은행 주식은 형식적으로는 모두 제2차 합병에 따른 합병신주라 할 것이나, 정당한 합병비율에 따라 합병신주를 초과하는 부분은 실질적으로는 원고가 ◆◆은행으로부터 매입한 자산이므로, 취득원가에 관한 법인세법의 일반규정에 따라 이 사건 지급금은 매입가액 또는 이 사건 ◆◆은행 주식 전체를 조기에 취득하기 위하여 지출한 기타 부대비용으로서 그 취득가액에 산입되어야 한다.

나. 관련 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) ★★은행은 제1차 합병의 존속법인으로서 ●●종금이 ★★은행에 흡수합병됨으로 인하여 얻은 청산소득에 관하여 농특세를 납부할 의무가 성립되었고, 이에 원고를 포함한 ★★은행의 법인주주인 구 ●●그룹 계열사를(원고, 소외 ●●건설 주식회사, ●●캐피탈 주식회사, ●●자동차 주식회사, ●●산업개발 주식회사)은 1999. 8. 16. 아래와 같은 내용의 농특세 분담약정(이하‘이 사건 분담약정’이라 한다)을 체결하였다.

제1조(목적)

이 합의서는 제1차 합병에 따른 ●●종금의 청산소득에 대한 농특세 및 ●●종금 주주의 의제배당소득에 대한 농특세 부과처분의 효력을 다툼에 있어 ★★은행의 법인주주 당사자 간의 권리와 의무를 정함에 있다.

제3조(세금보전의무의 분담)

이 합의서 당사자들과 ◆◆은행 및 ★★은행 사이에 1999.8.10.자로 체결된‘농어촌특별세 보전합의서’상 이 합의서 당사자들이 연대하여 부담하기로 한 청산소득에 대한 농특세 상당액 및 그 이자 상당액은 제반 쟁송절차에도 불구하고 세금을 납부하여야 하는 것으로 최종확정되거나 2000. 12. 31.까지 이 건 세금부과가 면제되는지 여부가 최종 확정되지 않는 경우 1999. 8. 9. 현재 이 합의서 당사자들이 보유하는 ★★은행 주식수의 비율에 의하여 각 당사자들이 분담하여 ◆◆은행에 지급한다. 2000. 12. 31.이후 세금납부의무가 없는 것으로 최종 확정되는 경우에는 그 환급금액을 ◆◆은행으로부터 동 분담비율에 의거 수취하도록 한다.

(나) 그 후 소외 ▼▼▼세무서장은 ●●종금이 ★★은행에 흡수합병됨으로 인하여 얻은 청산소득에 관한 법인세를 조세특례제한법 제49조의 규정에 따라 비과세하면서, 1999. 10. 2. ★★은행에 대하여 위 감면받은 법인세액을 과세표준으로 하여 결정한 1999년 귀속분 농특세 78,860,603,601원, 무납부가산세 7,886,060,360원 등 합계 86,746,663,960원을 부과하였고, ◆◆은행은 제2차 합병의 존속법인으로서 1999. 11. 1. 이를 납부하였다.

(다) 원고는 2000. 12. 29.과 2001. 12. 29. 이 사건 분담약정에 따라 ◆◆은행에게 농특세 분담액 및 그에 대한 이자 명목으로 합계 54,276,470,263원을 지급하였는데, 위 지급액 중 원고의 ★★은행 지분비율로 안분한 금액은 30,780,019,720원 상당이다(이 사건 지급금).

(라) 한편, ◆◆은행은 소외 ▼▼▼세무서장을 상대로 서울행정법원 2000구10822호로 위 (나)항 기재 농특세 부과처분의 취소를 구하는 소송을 제기하여, 2001. 7. 13. 위 법원으로부터 “피고(▼▼▼세무서장)가 1999. 10. 2. ★★은행에 대하여 한 1999년 귀속분 농특세 86,746,663,960원의 부과처분 중 54,887,982,805원을 초과하는 부분을 취소한다.”는 내용의 일부승소판결을 선고받았다. 그 항소심인 서울고등법원(2001누13920호)은 2002. 5. 9. 항소기각판결을 선고하였으나, 상고심인 대법원(2002두5573호)은 2004. 7. 8. ▼▼▼세무서장 패소부분의 파기환송을 명하여 2004. 12. 28. 서울고등법원 2004누15200호로 “제1심 판결 중 피고(▼▼▼세무서장) 패소부분을 취소하고, 원고(◆◆은행)의 청구를 기각한다.”는 내용의 패소판결이 선고되었으며, 최종적으로 대법원(2005두1220호)이 2005. 4. 15. ◆◆은행의 상고에 대하여 상고기각판결을 함으로써 위 환송심판결이 그대로 확정되었다.

[인정근거]갑 제1,2,4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 이 사건 지급금이 사업상 필요경비로서 2004사업연도 귀속손금 내지 적어도 2005사업연도 귀속손금으로 산입되어야 한다는 주장에 관하여

(가) 손금성 인정 여부

1) 법인세법 제19조는, 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 법인세법에서 규정한 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 하고, 이러한 손비는 법인세법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다고 규정하고, 제20조 이하에서 손금불산입 항목을 열거하고 있는바, 위와 같은 법인세법 규정들과 법인세법 시행령 제19조의 내용, 형식 및 취지들을 종합하면, 법인세법은 손금의 범위를 완결적으로 규정한 것이 아니라 그 범위를 예시하면서 포괄적으로 규정하고, 그 특례규정으로서 손금불산입과 손금산입의 각 사항을 열거하여 규정하고 있으므로, 원칙적으로 자산총액을 감소시킨 것은 손금불산입 등으로 열거되어 있지 않은 한 손금이 된다고 보아야 한다(대법원 2009. 6. 23. 선고 2008두7779 판결 취지 등 참조).

2) 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 본 처분의 경위와 인정사실에 나타난 다음과 같은 사정 즉, 제1, 2차 합병은 IMF 외환위기 당시 ‘부실금융기관 통폐합 정책’의 일환으로 정부 주도로 적극 추진되었던 점, 원고는 제2차 합병절차가 조속히 마무리될 수 있도록 정부정책에 적극협조하는 것이 향후 사업운영에 유리하다는 경영판단 아래 이 사건 분담약정을 체결하고, 위 분담약정에 따라 ◆◆은행에게 이 사건 지급금을 지급하였던 점, 이 사건 지급금은 원고를 포함한 ★★은행의 법인주주인 구 ●●그룹 계열사들의 ★★은행 지분비율에 따라 산정되었는바, 그 산정기준이 불합리하다거나 산정금액이 부당하게 과다하다고 볼 수도 없는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 지급금의 지출은 사업상 필요할 뿐만 아니라 통상적인 것이었다고 봄이 상당하고, 달리 법인세법 제20조 이하에서 정한 손금불산입 항목에도 해당하지 아니하는 이상, 이 사건 지급금은 손금으로 산입함이 타당하다.

3) 이에 대하여 피고는, 이 사건 지급금은 투자유가증권인 합병주식에 관한 것으로 원고의 고유 목적사업과 직접 관련성이 없는 일종의 기부금에 불과하다는 취지로 주장하나, 법인세법 제19조에서 말하는 ‘사업관련성’은 법령이나 정관에 기재된 목적사업에 한정되지 아니므로, 피고의 위 주장은 받아들이지 아니한다.

(나) 손금의 귀속시기

1) 법인세법 제40조 제1항은 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속 사업연도는 그 익금과 손금이 확정되는 날이 속하는 사업연도로 한다고 규정하여 손금의 귀속시기에 관하여 권리의무확정주의를 채택하고 있는바, 어떤 채무가 확정되었다고 하기 위해서는 사법상 채무성립의 요건을 갖추어야 하고 나아가 현실적으로 급부를 하여야 할 상태에 있어야 할 것이므로, 통상 채무의 이행기가 확정일이 될 것이다.

2) 이 사건에 관하여 보건대, 원고는 1999. 8. 16. ★★은행의 법인주주인 구 ●●그룹 계열사들과 사이에 이 사건 분담약정을 체결하였는데, 위 분담약정에는 “2000. 12. 31.까지 ★★은행(또는 ◆◆은행)의 농특세납부의무가 면제되지 여부가 최종 확정되지 않는 경우 원고는 ◆◆은행에게 이 사건 지급금을 지급하되, 2000. 12. 31. 이후 위 농특세납부의무가 없는 것으로 최종 확정되는 경우에는 그 환급금액을 ◆◆은행으로부터 약정분담비율에 따라 수취한다.”(제3조)는 취지의 특약이 포함된 사실, 소외 ▼▼▼세무서장은 1999. 10. 2. ★★은행에 대하여 1999년 귀속분 농특세 등으로 합계 86,746,663,960원을 부과한 사실, 이후 원고는 2000. 12. 29.과 2001. 12. 29. 이 사건 분담약정에 따라 ◆◆은행에게 이 사건 지급금을 지급한 사실은 앞서 본 바와 같은바, 이 사건 지급금은 이 사건 분담약정에 따라 2000. 12. 31.까지는 그 지급액 등 구체적인 이행의무의 내용이 확정되었고, 원고로서도 그 무렵에는 손금의 인식이 가능하였다고 봄이 상당하므로, 특별한 사정이 없는 한 이 사건 지급금은 2000사업연도, 늦어도 이 사건 지급금의 구체적인 지출행위가 종료된 2001사업연도의 손금으로 산입되어야 할 것이다.

3) 이와 관련하여 원고는, 이 사건 분담약정상의 특약(제3조)에 따라 이 사건 지급금은 ◆◆은행으로부터 반환이 예정되어 있었으므로 ◆◆은행의 농특세납부의무의 존부가 확정되지 아니하는 한 원고의 이 사건 지급금 이행의무 역시 확정되지 않은 상태에 있었다는 취지로 주장하나, 위 분담약정상의 특약은 2000. 12. 31.까지 ◆◆은행의 농특세 납부의무가 면제되지 아니하는 한 원고가 ◆◆은행에게 이 사건 지급금을 지급하여야 하고, 다만 그 이후 과세관청의 환급결정이 있을 경우 ◆◆은행으로부터 이 사건 지급금을 반환받을 수 있다는 취지에 불과할 뿐이고(더욱이 ◆◆은행은 이 사건 분담약정의 당사자가 아니다), 달리 이 사건 분담약정 당시 입법 혹은 쟁송절차를 통해 이 사건 지급금의 반환이 예정되어 있었다고 볼 만한 객관적인 사정이 엿보이지 아니하므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 이유 없다.

(다) 소결론

따라서, 이 사건 지급금은 손금으로 인정되나 그 귀속시기는 2000사업연도 내지 늦어도 2001사업연도 손금에 산입되어야 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 이 사건 지급금이 이 사건 ◆◆은행 주식의 매입가액 또는 기타 부대비용으로서 그 취득가액에 산입되어야 한다는 주장에 관하여

(가) 법인세법 제41조 제1항 제3호는 타인으로부터 매입한 자산, 자기가 제조· 생산 또는 건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산 외의 자산은 취득 당시 대통령령이 정하는 금액을 그 취득가액으로 한다고 규정하고 있고, 구 법인세법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17033호로 개정되기 전의 것) 제72조 제1항 제1호는 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에서 취득세· 등록세 기타 부대비용을 가산한 금액을, 같은 항 제4호는 합병에 의하여 주주 등이 취득한 주식 등은 종전의 장부가액에 법인세법 제16조 제1항 제5호의 금액(의제배당금액)을 가산한 가액을 자산의 취득가액으로 한다고 규정하고 있다.

(나) 이 사건에 관하여 보건대, 원고가 제2차 합병에 따라 이 사건 ◆◆은행 주식을 취득한 사실은 앞서 본 바와 같은바, 이 사건 ◆◆은행 주식은 구 법인세법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17033호로 개정되기 전의 것) 제72조 제1항 제4호에서 말하는 ‘합병에 의하여 주주 등이 취득한 주식’에 해당하여 특별한 사정이 없는 한 그 취득가액은 종전의 장부가액에 의제배당금액을 가산한 가액으로 한다 할 것인데, 앞서 본 처분의 경위와 인정사실에 나타난 다음과 같은 사정 즉, 제2차 합병비율은 당초 ★★은행과 ◆◆은행의 1998. 12. 31. 기준 순자산가액과 기준주가를 각 1 대 1로 산술 평균한 값에 따라 계산되었는바, ◆◆은행이 ★★은행의 우발채무인 농특세납부의무를 발견하였다고 하여 합병비율을 재산정할 수 있는지, 나아가 재산정한다면 새로운 합병비율이 어떻게 결정될지 확인할 만한 아무런 자료가 제출되지 아니한 점, 이에 따라 원고 주장과 같이 이 사건 ◆◆은행 주식 중 정당한 합병비율에 따라 취득한 주식과 당초 합병비율을 유지하기 위하여 이 사건 지급금을 ◆◆은행에게 지급하고 그 대가로 추가취득한 주식을 구분하기도 어려운 점, 원고는 이 사건 ◆◆은행 주식의 매각과 관련한 처분손실을 이미 손금에 산입하였는바, 다시 이 사건 지급금을 이 사건 ◆◆은행 주식의 취득가액으로 산입하게 되면 손금의 이중계산이 초래될 우려가 있는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 지급금을 이 사건 ◆◆은행 주식의 매입가액 또는 기타 부대비용으로서 그 취득가액에 산입하여야 할 특별할 사정이 있다고 보기 어려우므로, 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.