서울행정법원-2010-구합-39854 (2011.06.02)

사 건

2010구합39854 종합부동사네등부과처분취소

원 고

□□ 주식회사

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2011. 4. 28.

판 결 선 고

2011. 6. 2.

주 문

1. 피고가 2009. 11. 20. 원고에 대하여 한 2009년 귀속 종합부동산세 3,799,913,830원의 부과처분 중 3,420,044,177원을 초과하는 부분 및 농어촌특별세 759,982,760원의 부과처분 중 684,008,835원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 7/10은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청구취지

피고가 2009. 11. 20. 원고에 대하여 한 2009년 귀속 종합부동산세 3,799,913,830원의 부과처분 중 2,450,321,450원을 초과하는 부분 및 농어촌특별세 759,982,760원의 부과 처분 중 490,064,289원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

이 유

1. 기초사실

가. 원고는 주택법에 따라 주택건설사업자 등록을 하고 주택건설업을 영위하는 법인 이다. 원고는 2007. 10. 22. 서울특별시장으로부터 서울 BB구 CC동 000 대 17,138m2 및 같은 동 685-711 대 1,177m2 합계 18,315m2(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 지상에 건축면적 4,587.49m2, 연면적 204,559.92m2인 주상복합건축물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)에 대한 건축허가를 받아 2007. 11. 27. 착공신고 후 건축공사를 진행하고 있다.

나. 이 사건 건물의 용도별 토지면적 및 건축물 면적은 아래와 같다.

<아래 표 생략>

다. 피고는 2009. 11. 20. 원고에게 2009년 귀속 종합부동산세 3,799,913,830원 및 농어촌특별세 759,982,760원 합계 4,559,896,590원의 부과처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다. 그 세액산출 명세는 아래와 같다.

<아래 표 생략>

라. 피고는 이 사건 토지 중 바닥면적의 3배에 해당하는 토지(4,587m2 x 313,762.5 m2)는 별도합산과세대상으로, 나머지 토지(18,315m2 - 13,762.5m2 = 4,552.5m2)는 종합합산과세대상으로 구분하였고, 종합부동산세법 시행규칙(2009. 9. 23. 기획재정부령 제102호로 개정된 것 이하 ‘종합부동산세법 시행규칙’이라 한다) 별지 제3호 서식 부표 (2) 중 작성요령에 따라 공제되는 재산세액을 1,104,083,760원으로 산정하여 이 사건 부과처분을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 2, 3호증, 을 1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 구 종합부동산세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘종합 부동산세법’이라 한다) 제11조는 (i) 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 ‘지방세법’이라 한다) 제182조 제1항 제1호에 의한 종합합산과세대상과 (ii) 같은 법 제182조 제1항 제2호에 의한 별도합산과세대상에 대하여는 종합부동산세를 과세하도록 규정하면서 (iii) 같은 법 제182조 제1항 제3호에 의한 분리 과세대상에 대하여는 종합부동산세의 과세대상에서 제외하고 있다. 그리고 위 (iii)의 분리과세대상에는 주택법상의 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 사업계획의 승인을 받은 토지로서 주택건설사업에 공여되고 있는 토지가 포함되어 있다{지방세법 제182조 제1항 제3호 마목 및 구 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 전문개정되기 전의 것, 이하 ‘지방세법 시행령’이라 한다) 제132조 제5항 제8호 참조}. 위와 같은 법령의 규정은 주택건설을 촉진하여 주택가격을 안정시키려는 정책적인 고려에 따라 주택법에 의한 주택건설사업에 공여되는 토지에 대하여는 저율의 분리과세를 하겠다는 취지로 보인다.

그런데 이 사건 건물은 300세대 미만의 주상복합건물로서 그 건설사업은 도심 내 주택의 원활한 공급에 기여하는 등의 동일한 공익적인 이유로 사업계획 승인 자체가 면 제되었으므로 이 사건 토지 또한 위 (iii)의 분리과세대상에 해당한다고 할 것이다. 따라서 이 사건 부과처분 중 이 사건 토지를 위 (i),(ii)의 종합합산과세 및 별도합산과세 대상으로 판단하여 종합부동산세를 부과한 부분은 위법하다.

(2) 통일한 과세대상에 대하여 재산세와 종합부동산세를 중복하여 부과하면 이중 과세로서 위법하다. 그래서 종합부동산세법 제9조 제3항, 제14조 제3항, 제6항 및 구 종합부동산세법 시행령(2011. 3. 31. 대통령령 22813호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘종합부동산세법 시행령’이라 한다) 제4조의2, 제5조의3 제1항, 제2항은 종합부동산세액을 산정함에 있어 종합부동산세의 과세대상이 되는 부분에 대하여 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 규정하고 있다.

그런데 피고는 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 종합부동산세법 시행규칙 별지 제3호 서식상의 계산방식에 따라 종합부동산세의 과세대상이 되는 부분에 대하여 부과된 재산세액에 다시 (종합부동산세) 공정시장가액비율을 곱하여 산출된 세액만을 공제하고 나머지 세액을 공제하지 않았다. 따라서 이 사건 부과처분 중 재산세액을 일부 공제하지 않은 채 종합부동산세를 부과한 부분은 이중과세에 해당하여 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 먼저, 이 사건 토지가 위 (iii)의 분리과세대상인 토지에 해당하는지 여부에 관하여 살펴보건대, 관계 법령, 위 기초사실에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 조세법률주의 원칙에서 파생되는 엄격해석 원칙은 과세 요건에 해당하는 경우에는 물론이고 비과세 및 조세감면 요건에 해당하는 경우에도 적용되는 것으로서, 납세자에게 유리하다고 하여 비과세 요건이나 조세감면 요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 조세공평주의에 반하는 결과를 가져오게 되므로 허용되지 않는 점(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 등 참조), ② 지방세법 제182조 제1항의 취지는 토지에 대하여 재산세를 부과함에 있어서 원칙적으로 종합합산하여 누진세율을 적용함으로써 과다한 토지 보유를 억제하되, 경제활동에 제공되는 토지로서 그 용도나 업종의 특성상 상당 규모의 토지 보유가 통상적이어서 일률적으로 종합합산과세에 의한다면 납세의무자의 납세 부담이 과중되는 경우 또는 적정 규모를 초과하지 않는 토지의 경우에는 별도합산과세대상으로 하고, 특정한 공익적 목적이 있거나 또는 특별히 소유를 제한할 필요가 있는 경우에는 저율 또는 고율로 분리 과세하고자 하는 것으로 보이는 점, ③ 지방세법 시행령 제132조 제5항 제8호는 주택법에 의한 사업계획의 승인을 받은 토지만을 분리과세대상토지로 규정하고 있는데, 이는 주택법에 의한 사업계획 승인 대상이 되는 주택건설사업의 경우 주택법상의 승인 및 건축과정에서 여러 가지 규제를 받고 주택 공급의 확대를 통하여 주거생활의 안정에 미치는 영향이 매우 크다는 공익적인 이유에서 위 지방세법 제182조 제1항의 취지에 따라 저율로 분리과세함으로써 조세부담의 경감이라는 혜택을 준 것으로, 이 사건 건물과 같이 주택건설 규모가 상대적으로 작고 건축법에 따른 건축허가를 받으면 족한 경우와는 공익적인 측면에서 뚜렷한 차이가 있어 그와 같은 경우에까지 조세부담을 경감시켜주지 않더라도 이를 형평에 반한다고 보기 어려운 점 등에 비추어 보면, 이 사건 토지가 위 (iii)의 분리과세대상인 토지에 포함된다고 보기 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 다음으로, 피고가 종합부동산세법 시행규칙 별지 제3호 서식상의 계산방식에 따라 공제대상 재산세액을 산정한 것이 위법한지 여부에 관하여 살펴보건대, 관계 법령, 위 기초사실에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 종합부동산세는 종합부동산세법상 과세기준일인 매년 6월 1일 현재 일정한 가액을 초과하는 주택과 토지 등 부동산을 보유하는 자에 대하여 그 부동산 가액을 과세표준으로 삼아 과세하는 세금으로서(종합부동산세법 제3조, 제7조, 제8조, 제12조, 제13조, 지방세법 제190조 참조) 일정한 부동산의 보유 자체에 담세력을 인정하여 부과하는 재산보유세에 해당하여 그 과세대상, 과세목적, 과세성격 등이 재산세와 통일한 것이어서, 이미 재산세가 부과된 부동산에 대하여 종합부동산세를 다시 부과하는 것은 동일한 담세력을 가진 하나의 과세대상에 대하여 두 가지 조세를 과세하는 셈이 되어 당해 부동산을 소유한 납세자의 재산권을 침해하거나 헌법상의 조세법률주의에서 파생된 실질과세 원칙에 위배될 가능성이 높은 점, ② 따라서 종합부동산세법 제9조 제3항, 제14조 제3항, 제6항은 종합부동산세 과세대상 부동산의 과세표준 금액에 대하여 ‘해당 과세대상 부동산’(종합부동산세 과세대상 부동산의 ‘과세표준’이 아니라 그 과세표준에 해당하는 ‘과세대상’이라고 규정하고 있다)의 재산세로 부과된 세액은 그 부동산의 종합부동산세 액에서 이를 공제한다고 규정하여 종합부동산세를 산정함에 있어 같은 과세대상 부분 에 대하여 부과된 재산세액을 공제하는 방식으로 즉, 재산세가 부과되어 그만큼 담세력(재산)의 감소가 생긴 부분에 대하여 다시 종합부동산세를 부과하지 않도록 하는 방식으로 이중과세를 방지하여 위헌의 소지를 줄이고 있는 점, ③ 또한 종합부동산세법 시행령 제4조의2. 제5조의3 제1항, 제2항에 의하면 ‘종합부동산세 과세대상인 부동산분 재산세로 부과된 세액의 합계액에 종합부동산세 과세대상인 부동산분 과세표준에 대하여 (해당) 부동산분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액을 곱한 후 다시 종합부동산세 과세대상인 부동산을 합산하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액으로 나누어 계산된 금액’을 공제하도록 되어 있는데, 조례에 의한 세율의 가감이나 세부담 상한 등의 적용이 없는 경우에 종합부동산세 과세대상인 부동산분 재산세로 부과된 세액의 합계액과 종합부동산세 과세대상인 부동산을 합산하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액은 동일하므로 결국 원칙적으로 ‘종합부동산세 과세대상인 부동산분 과세표준에 대하여 (해당) 부동산분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’이 공제대상이 되는 점, ④ 따라서 위 시행령 규정상 종합부동산세 과세대상 부동산 과세표준에 대하여 ‘부동산분’ 재산세 표준세율로 계산한다는 의미는 종합부동산세법 제9조 제3항, 제14조 제3항, 제6항의 규정에 비추어 종합부동산세 과세표준에 해당하는 ‘부동산분(과세대상)’에 대한 재산세액으로 해석함이 상당하여 결국 종합부동산세의 과세대상이 되는 부분에 대하여 부과되어 공제의 대상이 되는 재산세액이라 함은 ‘과세기준 초과분 공시지가에 재산세에 적용되는 공정시장가액비율을 곱한 금액(과세표준)에 재산세 표준 세율을 적용’하여 산출된 금액으로 보이는 점{구 종합부동산세법(2008. 2. 29. 법률 제 9273호로 개정되기 전의 것) 제9조 제3항, 제14조 제3항, 제6항은 공제되는 재산세액에 대하여 ‘부동산분 종합부동산세 과세기준을 초과하는 금액에 대하여 당해 과세대상 부동산의 부동산분 재산세로 부과된 세액’을 종합부동산세에서 공제하도록 규정되어 있어 이 사건에 적용되는 종합부동산세법의 규정과 문언상 다소 차이가 있기는 하나, 이는 재산세의 과세표준을 시가표준액으로 정하고 있던 구 지방세법(2009. 2. 6. 법률 제9422호로 개정되기 전의 것) 제187조가 시가표준액에 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 가액을 재산세의 과세표준으로 하도록 개정됨으로써 종합부동산세법에서도 단순히 이를 반영한 것으로 보일 뿐 공제되는 재산세액을 축소하기 위하여 법령이 개정된 것으로 보이지 아니한다.), ⑤ 그런데 피고가 종합부동산세에서 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 계산방식으로 삼은 종합부동산세법 시행규칙 별지 제3호 서식상의 계산 방식에 따르면 ‘과세기준 초과분 공시지가에 종합부동산세에 적용되는 공정시장가액비율을 곱한 금액에 다시 재산세에 적용되는 공정시장가액비율을 곱한 후 여기에 재산세 표준세율을 적용’하도록 되어 있는바, 위 계산방식에 의하면 종합부동산세의 과세대상 이 되는 부분에 대하여 부과된 재산세액 중 종합부동산세의 공정시장가액비율이 적용된 만큼만 공제되고 나머지 부분{재산세액 x (1 - 공정시장가액비율)}은 공제되지 않게 되는바, 이 부분은 동일한 과세대상에 대한 재산세와 종합부동산세의 이중과세에 해당하는 점, ⑥ 종합부동산세법 시행규칙 별지 제3호 서식상의 계산방식{과세기준금액 초과분 공시지가 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세 표준세율, 구 종합부동산세법 시행규칙(2009. 9. 23. 기획재정부령 제102호로 개정되기 전의 것) 별지 제3호 서식 부표 (2) 중 작성요령 참조}이 개정된 이유가, 과세관청으로서는 종합부동산세의 과세표준이 되는 금액이 과세기준 초과분 공시지가에 공정시장가액비율을 곱한 금액(종합부동산세 법 제8조 제1항, 제13조 제1항, 제2항)이어서 과세기준 초과분 공시지가 전부에 대하여 부과된 재산세액을 종합부동산세액에서 전액 공제하는 경우에는 종합부동산세를 과세하지 않은 부분의 재산세액까지도 공제되는 결과 오히려 과다공제의 효과가 발생한다고 판단한 것으로 보이나, 과세대상과 과세표준은 서로 구별되는 개념인바 종합부동산세의 과세표준을 위와 같이 산정한다고 하더라도 거기에 세율을 적용하여 산출 · 부과되는 종합부동산세액은 위 과세기준 초과분 전부를 과세대상으로 하여 부과된 세금으로 보아야 하고, 종합부동산세의 과세대상 자체가 위 과세표준에 해당하는 금액에 비례하여 축소되었다고 볼 수는 없는 점 등에 비추어 보면, 위 종합부동산세법 시행규칙 별지 제3호 서식상의 계산방식은 종합부동산세법 및 같은 법 시행령에서 정하고 있는 것보다 공제되는 재산세액의 범위를 축소한 것으로 조세법률주의에 위반되고, 이에 근거한 피고의 이 사건 부과처분 중 재산세액을 일부 공제하지 않은 채 종합부동산세를 부과한 부분은 이중과세에 해당하여 위법하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

(3) 따라서 이 사건 부과처분 중 정당한 세액인 종합부동산세 3,420,044,177원을 초과하는 부분 및 농어촌특별세 684,008,835원을 초과하는 부분은 위법하다(세액산출 내역은 별지 목록 기재와 같다).

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.