서울행정법원-2013-구합-2488 (2013.10.18)

사 건

2013구합2488 법인세등부과처분취소

원 고

주식회사 AA씨엔에스

피 고

남대문세무서장

변 론 종 결

2013. 7. 26.

판 결 선 고

2013. 10. 18.

주 문

1. 피고가 원고에 대하여 한 2012. 1. 16.자 2001년 2기분 부가가치세 OOOO원, 2012. 1. 19.자 2001년 2기분 부가가치세 OOOO원, 2012. 3. 26 자 2001 사업연도 법인세 OOOO원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다(원고는 소장에 2001년 2기분 부가가치세 OOOO원의 처분일자를 '2012. 1. 19.'로 기재하였으나, 이는 '2012. 1. 16.'의 오기로 보인다).

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고(변경 전 상호 : 주식회사 AA이디에스시스템)는 전산시스템용역의 제공 및 판매 등을 목적으로 설립된 법인이다.

나. 1) 원고는 2001년경 관세청으로부터 지식관리시스템(KMS) 개발사업을 도급받은 후 이에 필요한 전산장비를 BB정보통신 주식회사(이하 'BB정보통신'이라 한다)로부터 매입(이하 '제1거래'라 한다)하고 2001. 9. 4. 공급가액 OOOO원, OOOO원 합계 OOOO원의 매입세금계산서 2장(이하 '제1세금계산서'라 한다)을 발급받았다는 이유로 2001년 2기분 부가가치세 신고시 위 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고·납부하고, 2001 사업연도 법인세 신고시 위 공급가액을 손금에 산입하여 법인세를 신고·납부하였다.

2) 원고는 2001. 9.26.경 해양수산부로부터 해양수산학술연구 정보망구축사업 (지식정보자원 관리사업)을 도급받은 후 이에 필요한 전산장비를 CCC 주식회사(이하 'CCC'라 한다)로부터 매입(이하 '제2거래'라 한다)하고 2001. 12. 27 공급가액 OOOO원의 매입세금계산서(이하 '제2세금계산서'라 하고, 제1, 2세금계산서를 통틀어 언급하는 경우에는 '이 사건 각 세금계산서'라 한다)를 발급받았다는 이유로 2001년 2기분 부가가치세 신고시 위 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고·납부하였다.

다. BB정보통신의 관할세무서장인 성북세무서장은 BB정보통신에 대한 현지 확인조사 결과, BB정보통신과 원고와의 제1거래가 가공거래에 해당한다고 보고 이를 피고에게 통지하였다. 또한, CCC의 관할세무서장인 서초세무서장은 CCC에 대한 현지 확인조사 결과, 원고에게 실제로 전산장비를 공급한 업체는 CCC가 아니라 주식회사 DDD로직스(이하 'DDD로직스'라 한다)이므로, CCC와 원고와의 제2거래는 위장거래에 해당하여 제2세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라고 보고 이를 피고에게 통지하였다.

라. 1) 이에 따라 피고는 원고에 대하여 2012. 1. 19. 제1세금계산서의 매입세액을 불공제하여 2001년 2기분 부가가치세 OOOO원을 경정·고지(이하 '이 사건 제1차 부가가치세 부과처분'이라 한다)하고, 2012. 3. 26. 매출원가를 손금불산입하여 2001 사업연도 법인세 OOOO원을 경정·고지(이하 '이 사건 법인세 부과처분'이라 한다)하였다.

2) 또한, 피고는 2012. 1. 16. 원고에 대하여 제2세금계산서의 매입세액을 불공제하여 2001년 2기분 부가가치세 OOOO원을 경정·고지(이하 '이 사건 제2차 부가가치세 부과처분'이라 한다)하였다(이하 이 사건 제1, 2차 부가가치세 부과처분을 통틀어 언급하는 경우에는 '이 사건 각 부가가치세 부과처분'이라 하고, 이 사건 각 부가가치세 부과처분과 이 사건 법인세 부과처분을 통틀어 언급하는 경우에는 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

마. 원고는 이 사건 각 부가가치세 부과처분에 불복하여 2012. 4. 13 이의신청을 거쳐 2012. 8. 21. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2012. 11. 23 기각되었고, 이 사건 법인세 부과처분에 불복하여 2012. 4. 13. 이의신청을 거쳐 2012. 6. 5. 국세청장에게 심사청구를 하였으나 2012. 10. 26. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4,7, 10호증(각 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 2, 3, 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) BB정보통신 관련 주장

가) 이 사건 제1차 부가가치세 부과처분 관련 주장

원고는 BB정보통신과 지식관리시스템용 하드웨어와 소프트웨어를 구입하는 계약을 체결하고, BB정보통신으로 하여금 관세청에 전산장비를 설치하도록 한 후 제 1세금계산서를 교부받았으므로, 제1거래는 위장거래에 해당하지 않고, 제1세금계산서는 사실과 다른 세금계산서가 아니다.

설령 BB정보통신이 전산장비의 실제 공급자가 아니라고 하더라도, 원고는 BB정보통신의 사업자등록 여부나 법인인감 등을 확인한 후 계약을 체결하였던 점, BB정보통신이 실제 공급자가 아니라고 의심할 만한 정황이 전혀 없었던 점 등을 고려하면, 원고는 BB정보통신이 전산장비의 실제 공급자가 아니라는 사실을 알지 못하였고, 이러한 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다.

따라서 제1세금계산서의 매입세액은 공제되어야 한다.

나) 이 사건 법인세 부과처분 관련 주장

제1거래는 위장거래가 아니라 실질거래이다. 설령 그렇지 않다고 하더라도 원고가 제1거래에 따라 전산장비를 공급받은 후 카드결제를 통해 BB정보통신에 OOOO원(부가가치세 포함)을 지급하였고, 위 금액이 BB정보통신의 계좌에 입금된 점, 관세청의 검수확인서에 의하면 위 전산장비가 관세청에 공급되었음이 명백한 점 등에 비추어 보면, 제1세금계산서의 공급가액은 원고가 실제로 전산장비를 구매하는데 사용되었고, 이는 원고의 사업과 관련하여 통상적으로 지출된 비용에 해당한다. 따라서 제1세금계산서의 공급가액은 손금에 산입되어야 한다.

다) 부과제척기간 관련 주장

제1세금계산서는 공급자가 사실과 다르게 기재되어 있지 않고, 설령 사실과 다르게 기재되어 있다고 하더라도 원고는 그러한 사실을 알지 못하였으므로 원고에게는 조세회피의 의도가 없었다고 할 것이고, 원고가 조세의 부과·징수를 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 한 사실도 없다.

또한, 원고가 실제 거래 없이 매출실적을 올리기 위하여 공급자를 사실과 다르게 기재하였다고 하더라도, 원고는 이미 납세의무가 성립한 법인세나 부가가치세를 포탈하기 위하여 사실과 다른 세금계산서를 발급받은 것이 아니고, 단지 제1세금계산서의 실제 공급자가 확인되지 않는다는 이유로 매입세액 또는 공급가액이 불공제되거나 손금불산입되는 것일 뿐이므로, 원고가 조세포탈의 의도를 가지고 위계 기타 부정한 행위를 하였다고 볼 수 없다.

따라서 원고는 사기 기타 부정한 행위로 국세를 포탈한 경우에 해당하지 않으므로 5년의 부과제척기간이 적용된다고 할 것인바, 이 사건 제1차 부가가치세 부과처분 및 법인세 부과처분은 부과제척기간이 경과한 이후에 이루어졌으므로 위법하다.

2) CCC 관련 주장

가) 매입세액 공제 주장

원고는 CCC와 전산장비를 구입하는 계약을 체결하였고, 이에 따라 CCC는 원고가 지정한 장소에 전산장비의 공급 및 설치를 완료하였으며, 이후 원고는 CCC로부터 제2세금계산서를 교부받았으므로, 제2세금계산서는 공급자가 사실과 다르게 기재되어 있다고 볼 수 없어 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않는다.

설령 CCC가 전산장비의 실제 공급자가 아니라고 하더라도, 원고는 메타 빌드의 사업자등록 여부나 법인인감 등을 확인한 후 계약을 체결하였던 점, CCC가 실제 공급자가 아니라고 의심할 만한 정황이 전혀 없었던 점 등을 고려하면, 원고는 CCC가 전산장비의 실제 공급자가 아니라는 사실을 알지 못하였고, 이러한 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다.

따라서 제2세금계산서의 매입세액은 공제되어야 한다.

나) 부과제척기간 관련 주장

제2세금계산서는 공급자가 사실과 다르게 기재되어 있지 않고, 설령 사실과 다르게 기재되어 있다고 하더라도 원고는 그러한 사실을 알지 못하였으므로 원고에게 하게 하는 적극적 행위를 한 사실도 없다.

또한, 원고가 실제 거래 없이 매출실적을 올리기 위하여 공급자를 사실과 다르게 기재하였다고 하더라도, 원고는 이미 납세의무가 성립한 부가가치세를 포탈하기 위하여 사실과 다른 세금계산서를 발급받은 것이 아니고, 단지 제2세금계산서의 실제 공급자가 사실과 다르다는 이유로 매입세액을 공제받지 못하게 된 것일 뿐이므로, 원고가 조세포탈의 의도를 가지고 위계 기타 부정한 행위를 하였다고 볼 수 없다.

따라서 원고는 사기 기타 부정한 행위로 국세를 포탈한 경우에 해당하지 않으므로 5년의 부과제척기간이 적용된다고 할 것인바, 이 사건 제2차 부가가치세 부과처분은 부과제척기간이 경과한 이후에 이루어졌으므로 위법하다.

나. 관계

별지 기재와 같다

다.인정사실

1) 원고는 2001년경 관세청으로부터 관세행정업무와 관련된 핵심적인 사항들을 체계적으로 관리하기 위한 지식관리시스템 개발사업을 도급받은 후, 2001. 7. 9. 조달청장과 수요기관을 관세청으로 하여 중형 컴퓨터 등 전산장비에 관한 조달물자구매계약을 체결하였다.

2) 원고는 2001. 7.27. BB정보통신과 지식관리시스템용 서버 등 하드웨어와 프로그램 등 소프트웨어를 매수하는 계약을 체결하였고, BB정보통신은 위 전산장비를 원고가 명시한 장소에 인도·설치하기로 약정하였다.

3) 관세청장은 2001. 10. 15. 원고에게 위 지식관리시스템 개발사업에 대한 용역수행이 완료되었음을 통보하였고, 원고는 2001. 11. 8. BB정보통신에 카드결제를 통해 OOOO원(= OOOO원 + OOOO원, 부가가치세 포함)을 지급하였다.

4) 제1거래 이전의 BB정보통신과 EE에스디에스 주식회사(이하 'EESDS'라 한다), EESDS와 주식회사 FFF미디어(이하 'FFF미디어'라 한다), FFF미디어와 주식회사 GG정보통신(이하 'GG정보통신'이라 한다), GG정보통신과 주식회사 HH소프트웨어(이하 'HH소프트웨어'라 한다) 및 HH소프트웨어와 주식회사 II디지털, JJJ, 주식회사 KKK시스템, 주식회사 LLL 사이의 거래는 세무조사를 통해 모두 가공거래로 확정되었다. 또한, FFF미디어가 EESDS에 교부한 세금계산서의 발행일자는 2001. 10. 22 이고, EESDS가 BB정보통신에 교부한 세금계산서의 발행일자는 2001, 10. 8.로, BB정보통신이 원고에게 교부한 제1세금계산서의 발행일자(2001. 9. 4.)보다 늦다.

5) 제1거래 당시 BB정보통신의 담당 직원이었던 김MM은 2012. 3. 14. 남대문세무서에서 조사를 받으면서 원고가 BB정보통신으로부터 제출받았다고 주장하는 2001 7. 1.자 견적서(갑 제11호증)에 관하여 「위 견적서는 내가 작성한 것이 아닌 것 같다. 위 견적서에 기재되어 있는 메일주소는 내 것이 맞긴 한데 내 필체가 아니다. '영업담당 김MM'이라고 되어 있지만 위 견적서의 내용은 잘 모르겠다. 공식적으로 회사에서 나가는 견적서라면 법인인감 등 도장이 찍혀서 나가야 될 것 같은데 위 견적서에는 그런 것이 없다」 라는 내용으로 진술하였다.

제1거래 당시 BB정보통신의 담당 직원이었던 이NN은 2012. 3. 13. 남대문세무서에서 조사를 받으면서 「BB정보통신은 2001년 원고가 관세청과 계약한 DW 사업에만 참여하였고, KMS(지식관리시스템) 사업에는 참여한 바 없다. 김MM에게 문의 하였더니 회사 상부에서 원고와 KMS 사업건과 관련하여 이야기가 다 진행되었으니 세금계산서 발행 등의 절차를 진행하라고 하였다는 것을 들은 적이 있다. 거래사실 자체가 없었으므로 KMS 사업에 대하여는 별도의 담당자가 없었다. 전산장비를 납품한 일이 없다」 라는 내용으로 진술하였다.

제1거래 당시 BB정보통신의 담당 직원이었던 양PP은 2012. 1. 11. 조사공무원과의 전화통화에서 「상관의 지시에 따라 기안서를 작성하고 견적서를 발송하며 원고에게 세금계산서를 발행해 주었을 뿐 실제 거래한 사실은 없다」 라는 내용으로 진술하였다.

6) 성북세무서의 담당 직원이 BB정보통신에 대한 현지확인조사 후 작성한 '현지 확인 조사보고서(을 제2호증의 3)'에는 「원고 측 실무담당자의 진술과 확보된 증빙 자료를 종합해 볼 때, (생략) 관세청에 최종 납품된 서버는 한국QQQ 주식회사의 제품으로, 총판인 KKK시스템을 통해 사엽에 실제 참여했던 RRR 주식회사와 SSS Solution Diy 등을 거쳐 원고에 납품되었을 것으로 판단되나 원고 측 실무진 은 이런 거래 내용에 대하여 알지 못한다고 진술하고 있으며, 실제 서버 공급업체를 확인할 수 있는 검수확인서 등도 제시하지 못하고 있는바 당해 거래를 실거래로 인정 할 수 없음」 이라고 기재되어 있다.

7) 한편, 원고는 2001. 9. 26 경 해양수산부로부터 해양수산학술연구 정보망구축사업(지식정보자원 관리사업)을 도급받은 후 2001. 11. 5.경 CCC와 위 정보망구축사업에 필요한 전산장비 중 일부를 구매하는 계약을 체결하였고, CCC는 위 전산장비를 원고가 명시한 장소에 인도·설치하기로 약정하였다.

8) 해양수산부의 담당 직원은 2002. 5. 22.경부터 2002. 6. 4.경까지 위 정보망구축 사업에 따른 재화 및 용역이 제대로 공급되었는지 여부를 검사하여 합격으로 판정한 후 원고에게 그와 같은 내용이 기재된 검사확인서(갑 제23호증)를 교부하였다.

9) 원고는 2001. 12. 29. CCC에 OOOO원(부가가치세 포함)을 지급하였다.

10) CCC의 대표이사인 조TT은 2012. 1. 13. 세무공무원에게 「제2세금계산서는 물품의 공급 없이 발행된 것이다」 라는 내용의 확인서(을 제6호증의 1)를 교부하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제5 내지 28호증, 을 제2 내지 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 이 사건 각 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않는다는 주장에 관하여

가) 구 부가가치세법(2003. 12. 30. 법률 제7007호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제2항 제1의2호는 세금계산서의 기재내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는바, 이 경우에 사실과 다르다는 의미는 과세의 대상이 되는 소득·수익·계산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법 제14조 제1항의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키는 것이다(대법원 1996 12. 10. 선고 96누617 판결 참조). 또한, 구 부가가치세법에 의하여 공급하는 사업자로부터 세금계산서를 교부받고, 공급받는 사업자에게 세금계산서를 교부하며, 나아가 부가가치세를 납부하여야 하는 자는, 공급하는 사업자 또는 공급받는 사업자와 명목상의 법률관계를 형성하고 있는 자가 아니라, 공급하는 사업자로부터 실제로 재화 또는 용역을 공급받거나 공급받는 자에게 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 거래행위를 한 자라고 보아야 한다(대법원 2003. 1. 10. 선고 2002도4520 판결 참조).

나) 살피건대, 앞서 본 사실관계 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 제1, 2거래에 따라 원고에게 전산장비 등을 실제로 공급한 자는 BB정보통신이나 CCC가 아니라고 봄이 상당하므로, 제1, 2세금계산서 는 구 부가가치세법 제17조 제2항 제1의2호에서 말하는 '사실과 다른 세금계산서'에 해당한다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① 제1거래 이전의 BB정보통신과 EESDS, EESDS와 FFF미디어, FFF미디어와 GG정보통신, GG정보통신과 HH소프트웨어 사이의 거래 등이 세무조사를 통해 모두 가공거래로 확정되었다.

② BB정보통신이 EESDS로부터 교부받은 세금계산서의 발행일자가 2001. 10. 8로 제1세금계산서의 발행일자인 2001. 9. 4.보다 늦는 등 제1거래에 있어 매입처인 BB정보통신의 매출일자가 매입일자보다 앞서는바, 이는 일반적인 거래형태에 비추어 쉽게 납득하기 어렵다.

③ 제1거래 당시 BB정보통신의 담당 직원이었던 이NN은 남대문세무서에서 조사를 받으면서 'BB정보통신이 관세청의 지식관리시스템(KMS) 개발사업에 참여한 적이 없다. 원고와 거래한 사실이 없고 전산장비를 납품한 적이 없다'라는 취지로 진술하였고, 양PP은 조사공무원과의 전화통화에서 '상관의 지시에 따라 기안서를 작성하고 견적서를 발송하며 원고에게 세금계산서를 발행해 주었을 뿐 실제 거래한 사실은 없다'라고 진술하였다.

④ CCC의 대표이사인 조TT은 세무공무원에게 '제2세금계산서는 물품의 공급 없이 발행된 것이다'라는 내용의 확인서를 교부하였다.

2) 원고가 선의 · 무과실의 거래당사자에 해당한다는 주장에 관하여

살피건대, 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급 받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 이를 입증하여야 할 것인바(대법원 2002.6. 28. 선고 2002두2277 판결 등 참조), 앞서 본 사정에 비추어 보면 원고가 제출한 증거만으로는 원고가 이 사건 각 세금계산서에 기재된 공급자가 실제 공급자와 다르다는 사실을 알지 못하였고, 이와 같이 알지 못한 데에 과실이 없었다는 점을 인정하기 부족하며, 달리 이를 인정 할 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3) 부과제척기간이 도과하였다는 주장에 관하여

가) 피고는 원고와 BB정보통신 사이의 제1거래가 이른바 '가공거래'라고 주장하고 있다. 그러나 앞서 본 사실관계 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고는 2001년경 관세청으로부터 지식관리시스템 개발사업을 도급받은 후 2001. 7. 9. 조달청장과 중형 컴퓨터 등 전산장비에 관한 조달물자구매계약을 체결하였고, 이후 위 지식관리시스템 개발사업에 대한 용역수행을 모두 완료한 점, ② 원고는 2001. 11. 8. BB정보통신에 OOOO원(부가가치세 포함)을 지급 하였는데, 위 금원이 다시 원고에게 반환되었다고 인정할 아무런 증거가 없으므로, 위 금원은 원고가 위 지식관리시스템 개발사업에 필요한 전산장비를 매수하는데 사용되었다고 볼 수 밖에 없는 점, ③ 성북세무서의 담당 직원은 BB정보통신에 대한 현지 확인조사 후 원고가 BB정보통신으로부터 매수하였다고 주장하는 전산장비에 관하여 KKK시스템을 통해 RRR 주식회사와 SSS Solution Diy 등을 거쳐 원고에게 납품되었다고 판단한 점 등을 고려하면, 원고가 BB정보통신으로부터는 아니지만 제3의 업체로부터 전산장비를 공급받은 것으로 보이므로, 제1거래는 '가공거래'가 아니라 '위장거래'에 해당한다고 봄이 상당하다.

한편, 피고가 제2거래와 관련하여 원고에게 실제로 전산장비를 제공한 업체는 CCC가 아니라 DDD로직스라고 보아 제2거래가 위장거래에 해당한다고 판단한 것은 앞서 본 바와 같다.

나) 구 국세기본법(2005. 1. 5 법률 제7329호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항, 구 국세기본법 시행령(2002. 12. 30 대통령령 제17830호로 개정되기 전의 것) 제12조의3 제l항 제1호, 구 부가가치세법 제19조 제1항, 구 법인세법(2007. 12. 31. 법률 제8831호로 개정되기 전의 것) 제60조 제1항에 의하면, 부가가치세 및 법인세의 부과제척기간은 원칙적으로 5년이고, 다만 납세자가 사기 기타 부정한 행위로 이를 포탈하거나 환급·공제받은 등의 경우에는 10년이 되는데, 이때 납세자가 사기 기타 부정한 행위로 국세를 포탈하는 등의 행위를 함으로써 제척기간이 10년이 된다는 점은 납세자의 부과제척기간 완성의 항변에 대한 재항변에 해당하므로, 그 증명책임은 과세관청이 부담한다고 할 것이다. 한편, 구 국세기본법 제26조의2 제l항 제1호에서 말하는 '사기 기타 부정한 행위'는 조세법처벌법 제9조의 '사기 기타 부정한 행위'와 동일한 의미로서 조세의 부과정수를 불가능하게 하거나 또는 현저하게 곤란하게 하는 위 계 기타 부정한 적극적 행위를 말한다(대법원 2000. 2. 8. 선고 99도5191판결 참조) 따라서 납세자가 사기 기타 부정한 행위를 한 것으로 인정되려면 조세포탈의 의도를 가지고 위계 기타 부정한 적극적 행위를 함으로써 과세관청의 과세요건 사실의 발견을 불가능하게 하거나 과세관청으로 하여금 착오 등을 유발하게 하는 것이어야 하고, 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 사실과 다른 신고를 함에 그치는 것은 이에 해당하지 아니한다.

살피건대, 앞서 본 사실관계 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 위장거래에 따라 교부된 이 사건 각 세금계산서가 과세관청에 제출되었다는 사정만으로 원고가 조세포탈의 의도를 가지고 위계 기타 부정한 적극적 행위를 함으로써 과세관청의 과세요건사실의 발견을 불가능하게 하거나 과세관청으로 하여금 착오 등을 유발하게 하였다고 단정할 수 없고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 이 사건 각 부가가치세 및 법인세의 부과제척기간은 5년이다.

① 위장거래에 있어서는 가공거래와는 달리 실질적인 재화의 공급이 있어 가공경비를 계상하는 등의 방법으로 포탈·공제될 수 있는 부가가치세나 법인세가 존재하지 않는다.

② 이 사건 각 세금계산서가 과세관청에 제출됨으로써 과세관청에 의한 부과·징수가 불가능하게 되거나 현저하게 곤란하게 된 조세가 있다고 볼 수 없다.

③ 대법원은 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 규정형식, 입법 취지 및 엄격해석의 원칙상 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출한 납세자가 사기 기타 부정한 행위를 한 경우에도 그로 인하여 국세를 포탈하거나 환급·공제받지 아니하는 경우에는 원칙으로 돌아가 그 부과제척기간은 5년이 되고, 이는 당해 납세자가 다른 납세자의 조세포탈 등에 가담하였더라도 자신의 포탈세액 등이 없는 이상 달리 볼 것은 아니라고 판단하였다(대법원 2009. 12. 24. 선고 2007두16974 판결 참조).

다) 따라서 이 사건 각 부가가치세 및 법인세에 대하여는 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호에서 정한 5년의 부과제척기간이 적용되는데, 이 사건 각 부가가치세 부과처분은 원고에 대하여 부가가치세를 부과할 수 있는 날인 2002. 1. 26.(2001년 2기분 부가가치세 신고기한인 2002. 1. 25의 다음날), 이 사건 법인세 부과처분은 원고에 대하여 법인세를 부과할 수 있는 날인 2002. 4. 1.(2001 사업연도 법인세 신고기한인 2002. 3. 31.의 다음날)로부터 각 5년이 경과하였음이 역수상 명백한 2012년경 이루어 진 것이어서 무효이므로, 위 각 처분의 무효를 선언하는 의미로 그 취소를 구하는 원 고의 위 주장은 이유 있다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.