광주고등법원-2015-누-6001 (2015.12.17)

사 건

2015누6001 법인세경정거부처분취소

원고, 피항소인

0000 주식회사

피고, 항소인

00세무서장

제1심 판 결

광주지방법원 2015. 6. 18. 선고 2014구합11267판결

변 론 종 결

2015.11. 19.

판 결 선 고

2015.12. 17.

주 문

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

- 2 -

증설투자차수 투자연도 증가생산능력(톤) 총생산능력(톤) 비고

최초 1992 40,000 40,000 법인세 감면대상 외국인투자

1차 1995 10,000 50,000

2차 1997 30,000 80,000 내부자본 투자

3차 2001 20,000 100,000

1. 청구취지

피고가 2013. 12. 23. 원고에 대하여 한 2011 사업연도 법인세 206,203,199원 및

2012 사업연도 법인세 435,069,027원의 경정거부처분을 취소한다.

2. 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

이 유

1. 기초사실

가. 원고의 지위

원고는 1988년 독일국에 있는 BASF Beteiligungsgesellschaft mbH(이하 ‘독일바

스프’라 한다)가 100% 지분을 출자하여 화학제품, 의약품 및 기타 제품의 제조업 등을

사업목적으로 하는 외국인투자기업이다.

나. 원고의 MDI1) 시설 투자

원고는 1992년 여수시에 생산능력 40,000톤 규모의 MDI 생산공장을 설립하여

운영하면서, 1995년부터 2012년까지 아래와 같이 6차례에 걸쳐 MDI 생산설비를 증설

투자하여 MDI 생산능력을 증가시켜 왔다(이하 각 증설 투자를 ‘이 사건 1차 증설 투

자’와 같이 표시한다).

1) 메틸렌 디페닐 디이소시아네이트(Methylene diphenyl diisocyanate)의 약자로 주로 우레탄을 만드는 원료로 사용되는 화학제

품이다.

- 3 -

4차 2004 60,000 160,000

법인세 감면대상 외국인투자

5차 2005 30,000 190,000

6차 2011, 2012 60,000 250,000 내부자본 투자

구 분 일반적 감면세액 계산방법(=총 산출세액×①×②×③)

① 감면대상

사업 소득비율 총과세표준  사업으로부터 발생한 총과세표준

② 외국인

투자비율 증자전 총자본금 증자분 총자본금

증자전 외국인투자본금 증자분 외국인투자본금

③ 감면비율 증자전 외국인투자본금 증자분 외국인투자본금

증자전 외국인 투자본금× 당해사업연도감면율  증자분 외국인투자본금× 당해사업연도감면율

다. 원고의 각 사업연도 법인세 신고

1) 2008 사업연도까지의 법인세 신고

원고는 피고에게 2008 사업연도까지 법인세를 신고하면서 다음과 같이 기존감

면율과 증가감면율을 가중평균한 단일감면비율을 적용하는 방법(이하 ‘일반적 감면세액

계산방법’이라 한다)으로 구 조세특례제한법(2008. 12. 29. 법률 제9276호로 개정되기

전의 것) 제121조의4 제1항, 제121조의2 제1항에 따라 이 사건 4, 5차 증설 투자에 관

하여 외국인투자로 감면될 세액을 계산하였다.

2) 원고의 2008 사업연도 법인세 경정청구

외국인투자로 감면될 법인세액을 신고할 경우 작성하여 제출하여야 하는 법인세

법 시행규칙 별지 제8호의 공제감면세액계산서 서식이 개정(2008. 3. 31. 기획재정부령

제10호)되면서 각 증설 투자별로 감면받을 세액을 계산할 수 있는 법적 근거가 마련되

자, 원고는 피고에게 ① MDI 총 생산능력에서 위 각 증설 투자별로 늘어난 MDI 생산

능력이 차지하는 비율을 안분하는 방법으로 각 증설 투자별 과세표준을 산출하고, ②

- 4 -

구분 증자분 감면세액 계산방법(=총 산출세액×①×②×③)

① 감면대상사업 소득비율 총과세표준  사업으로부터발생한 총 과세표준 ×  총생산능력

해당설비투자로증가된 생산능력

② 외국인투자비율 증자분 총자본금

증자분 외국인투자본금

③ 감면비율 증자분 외국인투자본금

증자분 외국인투자본금×해당사업연도감면율

위 각 증설 투자별 과세표준을 기준으로 다음과 같이 증설 투자분별로 감면비율을 적

용하는 방법(이하 '증자분 감면세액 계산방법’이라 한다)으로 외국인투자로 감면될 세

액을 계산하여 2008 사업연도 법인세에 대한 경정청구를 하였다. 이에 피고는 2010.

2. 3.경 원고의 위 경정청구를 인용하고 원고에게 해당 법인세를 환급하였다.

3) 원고의 2009 사업연도 법인세 신고 및 피고의 법인세 부과처분 등

원고는 피고에게 2009 사업연도 법인세를 신고하면서 이 사건 4, 5차 증설 투

자에 관하여 위 2)항과 같이 증자분 감면세액 계산방법에 따라 외국인투자로 감면될

세액을 계산하였다.

이에 대하여 피고는 2010. 10. 1. “증자분 감면세액 계산방법으로 감면세액을 계산하

기 위해서는 구분경리가 가능하여 증자분별 과세표준을 산출할 수 있어야 하는데, 이

사건 4, 5차 증설 투자는 별도의 설비가 아닌 기존 사업에 대한 증설투자이고, 생산능

력을 기준으로 과세표준을 안분한 것은 구분경리에 해당하지 않는다”는 이유로 일반적

인 감면세액 계산방법을 적용하여 원고에게 2008 및 2009 사업연도 법인세 부과처분

을 하였다.

원고는 위 부과처분에 불복하여 2010. 12. 28. 조세심판원에 심판을 청구하였고, 조

세심판원은 2013. 5. 28. 생산능력에 따라 안분하는 방법으로 구분경리를 하는 것도 가

능하므로 증자분 감면세액 계산방법에 따라 외국인투자로 감면될 세액을 계산한 것은

- 5 -

정당하다는 이유로 원고의 위 청구를 받아들여 피고의 위 부과처분을 모두 취소하였다.

4) 원고의 2011 및 2012 사업연도 법인세 신고

원고는 위 3)항 조세심판 결정이 있기 전에 피고에게 2011 및 2012 사업연도

법인세 과세표준 및 세액을 신고하면서, ① 이 사건 4, 5차 증설 투자에 관하여는 일반

적 감면세액 계산방법에 따라 외국인투자로 감면될 세액을 계산하고, ② 이 사건 6차

증설 투자 중 2011년 투자액에 대하여는 조세특례제한법(2010. 12. 27. 법률 제10406

호로 개정된 것) 부칙 제14조 제1항, 제2항, 구 조세특례제한법(2010. 12. 27. 법률 제

10406호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 구 조세특례제한법’이라 한다) 제26조에

따라 공제되어야 할 임시투자세액공제금을 계산하고, 2012년 투자액에 대하여는 구 조

세특례제한법(위와 같이 개정된 후 2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것,

이하 ‘개정 후 구 조세특례제한법’이라 한다) 제26조에 따라 각 공제되어야 할 고용창

출투자세액공제금을 계산하였으며, 위와 같이 계산된 2011 및 2012 사업연도 각 금액

에 조세특례제한법 제127조 제3항2)의 중복지원 배제규정에 따라 내국인투자비율을 곱

한 금액을 최종적인 세액공제금액으로 계산하였다.

라. 원고의 경정청구 및 피고의 거부처분

원고는 위 다. 3)항 조세심판 결정 후인 2013. 10. 28. 피고에게 ① 이 사건 4, 5

차 증설 투자에 관하여는 증자분 감면세액 계산방법에 따라 계산한 금액이 외국인투자

로 감면될 세액이라는 이유로, ② 이 사건 6차 증설 투자에 관하여는 개정 전 구 조세

특례제한법 제26조와 개정 후 구 조세특례제한법 제26조에 따라 계산한 세액에 조세

특례제한법 제127조 제3항의 중복지원의 배제규정에 따른 내국인투자비율을 곱한 금

2) 2010. 3. 12. 법률 제10068호로 개정된 후 현재까지 개정되지 않고 시행되고 있다.

- 6 -

액(2011사업연도 : 455,864,193원, 2012 사업연도 : 1,334,248,778원)이 아니라 위와 같

이 계산한 세액 전체(2011 사업연도 : 662,067,392원, 2012 사업연도 : 1,769,317,805

원)가 공제될 금액이므로, 위 각 금액의 차액[2011 사업연도 : 206,203,199원(=

662,067,392원 - 455,864,193원), 2012 사업연도 : 435,069,027원(= 1,769,317,805원 -

1,334,248,778원)]만큼 더 공제되어야 한다는 이유로, 2011 및 2012 사업연도 법인세

감액경정 청구를 하였다.

이에 대하여 피고는 2013. 12. 23. 원고의 위 경정청구 중 외국인투자로 감면될 세액

에 대해서는 인용하고, 임시투자 및 고용창출투자로 공제될 세액에 대해서는 원고가

동일한 과세연도에 외국인투자 감면을 적용받았으므로 조세특례제한법 제127조 제3항

의 중복지원 배제규정에 의하여 내국인 비율만큼만 세액공제가 가능하다는 이유로 기

각하는 내용의 처분(이하 기각하는 부분을 ‘이 사건 거부처분’이라 한다)을 하였다.

마. 전심절차

원고는 2014. 3. 24. 조세심판원에 이 사건 거부처분에 불복하여 조세심판을 청구

하였으나, 조세심판원은 2014. 5. 20. 원고의 위 청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 당사자의 주장과 관계법령

가. 당사자의 주장

1) 원고의 주장 요지

가) 이 사건 6차 증설 투자로 추가된 설비(이하 ‘이 사건 설비’라 한다)로 인한 사

업과 그 증설 투자 전의 설비(이하 ‘종전 설비’라 한다)로 인한 사업의 매출액 비율은 총

생산능력에서 각 설비가 차지하는 비율과 같으므로, 위 각 설비로 인한 사업은 매출액에

- 7 -

비례하여 공통손금과 공통익금을 안분하는 방법으로 구분경리하는 것이 가능하다.

나) 위와 같이 구분경리가 가능하다면 종전 설비에 관하여는 외국인투자 세액감

면을, 이 사건 설비에 관하여는 임시투자세액공제 또는 고용창출투자세액공제를 받을 수

있고, 그렇게 하더라도 하나의 투자에 중복하여 세제혜택을 주는 것이 아니므로, 조세특

례제한법 제127조 제3항이 규정하는 중복지원 배제규정에 어긋나지 않는다.

2) 피고의 주장 요지

가) 구분경리라 함은 이 사건 설비와 종전 설비로 인한 각 과세표준을 산출할 수

있음을 의미하는데, 이를 위해서는 각 설비별 매출액에서 매출원가를 차감하고 각 설비

의 비용을 차감하여 계산하여야 한다. 그런데 이 사건 설비와 종전 설비는 구분되지 않는

하나의 연속공정설비로서 위와 같은 매출액, 비용을 산출하는 것이 불가능하므로, 이 사

건 설비와 종전 설비로 인한 사업을 구분경리하는 것은 불가능하다.

나) 조세특례제한법은 ‘내국인 또는 거주자’를 기준으로 중복지원을 배제하는 취

지이고, 내국인인 원고를 기준으로 하면 원고는 2011 및 2012 사업연도에 MDI 사업에

관하여 외국인투자 세액감면을 받았으므로, 또 다시 세액공제를 하는 것은 중복지원에

해당한다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

3. 처분의 적법 여부

가. 구분경리 가능 여부

1) 관련규정

① 개정 후 구 조세특례제한법 제121조의4, 같은 법 시행령(2012. 12. 28. 대통

- 8 -

령령 제24271호로 개정되기 전의 것) 제116조의6 제2항은 외국인투자기업이 증자하여

조세감면을 받고 있는 사업을 위하여 증액투자하는 경우에도 위 법 제121조의2를 준

용하여 그 증자분에 대한 조세감면을 받을 수 있도록 규정하고 있다.

② 조세특례제한법 제143조 제1항, 조세특례제한법 시행령 제136조 제1항은

세액감면을 받는 사업과 그 밖의 사업을 경영하는 경우에는 법인세법 제113조를 준용

하여 구분경리하도록 규정하고 있다.

③ 법인세법 제113조 제1항, 법인세법 시행령 제156조 제1항, 법인세법 시행규

칙 제75조 제2항은 법인세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 법인은 법인세

법 시행규칙 제76조 제6항을 준용하여 구분경리하도록 규정하고 있다.

법인세법 제76조 제6항 본문은, 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 수

익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통익금은 수익사업과 기타의 사

업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산하고, 수익사업과 기타의 사업의 업종

이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례

하여 안분계산하도록 규정하고 있다.

2) 인정사실

앞에서 본 사실관계와 갑 제3, 5호증, 을 제1호증의 1, 2, 을 제2, 3호증의 각

기재 또는 영상에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① MDI는 주요원료가 배관을 통하여

연속적으로 투입된 뒤 드럼, 반응기, 증류탑 등의 설비 내부에서 합성되는 연속공정의

형태로 생산되는 사실, ② 원고는 각 증설 투자를 하면서 별도의 생산시설을 설치하는

것이 아니라 기존의 설비 중 일부를 용량이 큰 최신설비로 교체하는 방식으로 생산능

력을 증가시켜 온 사실, ③ 한편, 원고가 개정된 법인세법 시행규칙 별지 제8호의 서식

- 9 -

에 따라 증자분 감면세액 계산방법으로 이 사건 4, 5차 증설 투자와 관련하여 외국인

투자로 감면될 세액을 계산한 뒤 2008 사업연도 법인세에 대한 경정청구를 하자, 피고

는 원고의 위 경정청구를 인용하고 원고에게 해당 법인세를 환급한 사실, ④ 피고가

원고의 2009 사업연도 법인세와 관련하여 “이 사건 4, 5차 증설 투자는 별도의 설비가

아닌 기존 사업에 대한 증설투자이고, 생산능력을 기준으로 과세표준을 안분한 것은

구분경리에 해당하지 않는다”는 이유로 일반적인 감면세액 계산방법을 적용하여 법인

세 부과처분을 하자, 원고는 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판

원은 2013. 5. 28. “기존사업에 대한 증설투자도 법인세 감면규정을 적용할 수 있고,

연속공정인 MDI공정은 생산량과 매출액이 비례관계에 있어 생산능력에 따라 안분하는

방법으로 구분경리하는 것도 가능하므로, 증자분 감면세액 계산방법에 따라 외국인투

자로 감면될 세액을 계산한 것은 정당하다”라는 이유로 피고의 위 부과처분을 취소한

사실, ⑤ 이에 따라 원고는 2013. 10. 28. 피고에게 2011 및 2012 사업연도 법인세에

대한 경정청구를 하면서 ㉠ 2011 사업연도는 감면사업(이 사건 4, 5차 증설투자 부분)

과 비감면사업의 과세표준을 연간생산능력에 따라 90,000톤과 100,000톤3)으로 나누어,

㉡ 2012 사업연도는 2012. 7.경부터 이 사건 6차 증설부분이 생산을 개시하였으므로

감면사업(이 사건 4, 5차 증설투자 부분)과 비감면사업의 과세표준을 연간생산능력에

따라 90,000톤과 130,000톤4)으로 나누어 매출액, 공통손금, 공통익금을 안분하는 방식

으로 산정하여 소득구분계산서를 첨부한 뒤 증자분 감면세액 계산방법에 따라 계산한

금액으로 경정청구를 한 사실, ⑥ 피고는 2013. 12. 23. 이 사건 4, 5차 증설투자 부분

은 외국인투자로 감면될 세액에 해당함을 이유로 원고가 청구한 내용대로 ‘외국인투자

3) 이 사건 6차 증설투자 부분이 완공되기 전이다.

4) 이 사건 6차 증설투자 부분의 연간생산능력이 6만 톤이지만, 2012. 7.부터 생산을 개시하였으므로 3만 톤으로 계산하였다.

- 10 -

지역내 외국인 투자세액감면’을 인용한 사실을 인정할 수 있다.

2) 판단

위와 같은 관련규정과 인정사실들에 의하여 알 수 있는 바와 같이, 관련규정이

감면사업에 대하여 구분경리를 요구하는 이유는 감면사업에 대해서만 세액감면규정을

적용하기 위한 것인 점, 피고도 연간 생산능력에 따라 매출액을 안분한 원고의 2013.

10. 28.자 경정청구에 대하여 앞서 본 관련규정에 따른 구분경리가 이루어졌음을 전제

로 위와 같이 증자분 감면세액 계산방법에 따른 외국인 투자세액감면을 인용한 것으로

보이는 점, 연속공정에 의하여 생산되는 MDI 생산량은 감면사업에 해당하는 이 사건

4, 5차 증설투자로 증가된 생산능력(90,000톤5))과 비감면사업에 해당하는 증설투자로

증가된 생산능력의 비율에 따라 안분할 수 있는데, 특별한 사정이 없는 한 MDI사업의

매출액은 MDI 생산량과 비례관계에 있다고 보이는 점, 위 설비의 특성상 개별손익을

산정하는 것이 불가능한 점 등을 종합하면, 원고가 기존의 감면사업에 대한 증설투자

를 한 뒤 외국인 투자세액감면을 받기 위하여 감면사업에 해당하는 증설투자와 그 밖

의 증설투자의 생산능력 비율에 따라 과세표준을 안분계산하여 구분경리한 것은 조세

특례제한법 제143조 제1항에 따른 구분경리에 해당한다고 봄이 상당하다.

따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

나. 조세특례제한법이 정한 중복지원 해당 여부

1) 앞서 본 사실관계와 관계법령의 내용에 변론 전체의 취지를 종합하면 다음과 같

은 사정들을 인정할 수 있다.

가) 조세특례제한법 제127조는 ‘중복지원의 배제’에 관하여 규정하고 있는데, 제2

5) 이 사건 4, 5차 증설투자로 인하여 설비의 생산능력이 거의 2배가 되었다.

- 11 -

항에서 동일한 과세연도 투자자산에 대한 세액공제가 동시에 적용되는 경우 그 중 하나

만을 선택하도록 하고 있고, 제3항에서 내국인에 대하여 동일한 과세연도에 세액공제를

적용할 때 외국인투자에 대한 세액감면을 받는 경우 공제세액에 해당 기업의 총주식 또

는 총지분에 대한 내국인투자자의 소유주식 또는 지분의 비율을 곱하여 계산한 금액을

공제한다고 제한하고 있으며, 제5항에서 내국인이 동일한 사업장에 대하여 동일한 과세

연도에 세액감면 규정 중 둘 이상의 규정이 적용될 수 있는 경우 그 중 하나만 선택하도

록 하고 있고, 제6항에서 내국인의 동일한 사업장에 대하여 동일한 과세연도에 취득세

및 재산세의 감면규정 중 둘 이상의 규정이 적용될 수 있는 경우에 그 중 하나만 선택하

도록 하고 있으며, 제7항에서 거주자가 토지 등을 양도하여 둘 이상의 양도소득세의 감

면규정을 동시에 적용하는 경우에는 그 거주자가 하나의 감면규정만을 선택하도록 하되,

토지 등의 일부에 대하여 특정의 감면규정을 적용받는 경우에는 남은 부분에 대하여 다

른 감면규정을 적용받을 수 있다고 하고 있다.

이와 같이 조세특례제한법 제127조 각 항은 조세혜택의 중복지원인지 여부에 관하

여, 내국인이나 거주자 단위로 중복지원 여부를 판단하는 것이 아니라, 투자자산, 외국

인투자지분, 사업장, 사업장 내 부동산, 감면대상 부동산 등을 기준으로 조세혜택의 중

복 여부를 판단하고 있다. 즉 하나의 투자행위 또는 부동산 취득행위가 수 개의 조세

혜택의 요건을 동시에 충족하는 경우 하나의 혜택만 지원받을 수 있다는 취지의 규정

이지 수 개의 투자행위 또는 부동산취득행위가 각각 별도로 세액감면과 세액공제 요건

을 충족하는 경우에도 동일한 내국인이나 거주자라는 이유로 하나의 혜택만 지원하겠

다는 취지의 규정은 아니다(대법원 2015. 5. 14. 선고 2014두47662 판결 참조).

나) 조세특례제한법 제127조 제3항은 내국인에 대한 투자세액공제와 외국인투자

- 12 -

세액감면이 중복되는 경우 공제될 세액에 내국인투자자 지분의 비율을 곱하여 계산한 금

액을 공제하도록 규정하고 있다. 그런데 이는 앞에서 살펴본 바와 같이 2008 사업연도

이전의 일반적 감면세액 계산방식으로 외국인투자 감면세액을 계산하는 경우 감면사업

의 과세표준이 아닌 총 과세표준에 일정한 방법으로 계산한 외국인투자비율과 감면비율

을 적용하여 내국인투자로 인한 과세표준에도 외국인투자 세액감면이 적용될 수밖에 없

으므로, 내국인투자로 세액을 공제하는 경우 외국인투자 비율에 대해서는 세액공제를 배

제하여 동일한 투자에 대하여 세액감면과 세액공제를 동시에 적용하게 되는 결과를 최대

한 배제하기 위한 입법적 장치로 보인다.

따라서 위와 같은 점에서도 위 규정은 하나의 투자에 대하여 세액감면과 세액공제의

혜택을 중복하여 지원하지 않겠다는 취지이지 동일한 내국인이나 거주자라는 이유로

하나의 혜택만 지원하겠다는 취지는 아니다.

다) 이 사건 6차 증설 투자로 세액공제를 받을 수 있는 금액은 해당 투자액의 일

정비율로 산정된 금액이고, 외국인투자로 인한 세액감면은 증자분 세액감면 계산방법으

로 계산하는 경우 납세의무자의 전체 소득을 기준으로 하는 것이 아니라 ‘외국인투자기

업의 증자로 인하여 발생하는 소득(즉 이 사건 4, 5차 증설 투자로 발생하는 소득)’에 한

하여 세액감면을 받는다. 이 경우 세액감면과 공제의 중복지원 여부도 내국인의 전체 소

득이 아니라 위 각 규정에서 정한 이 사건 4, 5차 증설 투자 및 이 사건 6차 증설 투자로

발생한 각 소득을 기준으로 판단하여야 한다.

그런데 원고가 증자분 세액감면 계산법을 사용하여 2011 및 2012 사업연도 법인세

경정청구를 하고 피고가 이를 인용함으로써 이 사건 6차 증설 투자로 인한 소득에는

외국인투자 세액감면을 받지 않은 이상 이 사건 6차 증설 투자로 인한 소득에 대해 법

- 13 -