부산지방법원-2014-구합-21098 (2016.08.11)

사 건

2014구합21098 종합소득세부과처분취소

원 고

강OO

피 고

XX세무서장

변 론 종 결

2016. 6. 30.

판 결 선 고

2016. 8. 11.

주 문

1. 피고가 2013. 2. 15. 원고에 대하여 한 2009년 귀속 종합소득세 000,000,000원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 관련 회사

주식회사 AAAAAGGG(주식회사 aaaaGGG에서 2007. 3. 23. 상호변경)는

인쇄회로기판 제조업 등을 주요 사업목적으로 하는 회사였는데, 2007. 12. 31. 인쇄회

로기판 제조업 부문을 분리하여 주식회사 AAAAAGGG를 존속법인으로 하고, 주

식회사 AAAAAOOO를 신설법인으로 하는 분할을 하였다.

2008. 12. 31. 현재 주식회사 AAAAAGGG의 국내 자회사로는 BBBBB 주식

회사를 비롯하여 주식회사 AAAAAOOO, 주식회사 CCC, 주식회사 DDDDD가

있었다.

나. 원고의 지위 등

1) 원고는 주식회사 AAAAAGGG의 주식 7.64%를 보유한 최대주주로서 2008.

7. 1.부터 2009. 6.경까지 위 회사의 상무이사(미등기 이사)로서 경영총괄 업무를 담당

하면서 실질적으로 위 회사를 경영하였다.

2) 원고는 2008. 6. 10. 위 회사가 발행한 사채권면액 000억 원인 신주인수권부사

채(발행가격 : 사채권면액 000억 원의 100%, 전환 시 발행할 주식 : 기명식 보통주식,

신주인수권 행사가격 : XXX원, 신주인수권 행사시 발행주식 수 : 15,503,875주)를 인수하였다.

다. 원고와 주식회사 EEEE와의 주식양수도계약

1) 주식회사 EEEE(이하 ‘EEEE’라고만 한다)는 기업경영에 관한 자문, 기업

의 인수·합병·분할 및 영업양수도 등의 주선·중개·자문 등을 주요 사업목적으로 하여

2007. 7. 25. 설립된 회사이다.

2) 원고는 2009. 6. 3. EEEE와 사이에 EEEE가 원고로부터 원고가 보유한

주식회사 AAAAAGGG의 기명식 보통주식 2,442,870주와 주식회사 AAAAAGGG가 2008. 6. 10.자로 발행한 제5회 신주인수권부사채의 신주인수권 증권 중 가

000001호, 나000001호, 나000002호, 나000003호, 나000004호를 대금 XX억 원에 양수하기로 하는 내용의 주식양수도계약(이하 ‘선행계약’이라고 한다)을 체결하였는데, 주요내용은 다음과 같다.

원고(양도인)와 EEEE(양수인)는 주식회사 AAAAAGGG(이하 ‘회사’라고 한다)의

주식 중 양도인이 보유한 주식 및 경영권의 양수도와 관련하여 다음과 같이 합의한다.

제2조 (대상주식)

양도인이 양수인 또는 양수인이 지정하는 자에게 매각할 주식 및 신주인수권 증권(이

하 ‘대상주식등’)의 종류와 수는 다음과 같다.

(1) 회사의 발행주식 총 68,979,840주 중 기명식 보통주식(1주당 액면가액 : XXX원)

2,442,870주(총 발행주식의 3.54%)

(2) 2008. 6. 10.자로 회사가 발행한 제5회 무기명식무보증이권부분리형신주인수권부사

채의 신주인수권 증권 중 가000001호(신주인수권 행사가능금액 00억 원), 나

000001호(신주인수권 행사가능금액 0억 원), 나000002호(신주인수권 행사가능금액

0억 원), 나000003호(신주인수권 행사가능금액 0억 원), 나000004호(신주인수권 행

사가능금액 0억 원)

제3조 (양수도대금)

대상주식등을 양수하기 위해 양수인이 양도인에게 지불해야 할 총 양수대금은 00억 원

으로 한다.

(1) 기명식 보통주식 인수대금

- 1주당 인수가격 XXX원(소수점 이하 반올림)

- 인수하는 주식 수 : 2,442,870주

- 인수대금 : 0,000,000,000원

(2) 신주인수권 증권 인수대금

- 인수대금 : 0,000,000,000원

제4조 (주식양수도대금의 지급방법)

(1) 양수인은 주식양수도대금을 본 조에서 정하는 방법에 따라 양도인에게 현금 또는

양도인이 인정하는 기타의 방식으로 지급하여야 한다.

(2) 양수인은 본 계약 체결일에 주식양수도 대금의 10%에 해당하는 0억 0,000만 원을

계약금으로 양도인에게 지급한다.

(3) 양수인은 본 계약 체결 후 임원선임 등을 결의하기 위하여 최초로 도래하는 주주총회(이하 ‘최초주총’) 3영업일 전까지 양도인과 양수인이 합의하여 지정하는 법무법인에 주식양수도대금 중 잔액 00억 0,000만 원 전액을 에스크로로 보관하도록 한다.

동시에 양도인은 본 계약의 목적물인 FFFF의 대상주식등을 최초주총일 3영업일

전까지 상기 법무법인에 에스크로로 보관하도록 한다.

(4) 상기 제2항에 따라 에스크로로 보관된 주식양수도대금은 다음의 조건이 충족되었을 때 양도인에게 지급된다.

1. 하기 제5조 제1항 제6호의 선행조건 충족

2. 하기 제9조 제1항의 원고의 특별의무 이행

제5조(선행조건)

(1) 제4조 제3항 내지 제5항에 따른 최초주총일의 양수인의 의무 이행은 최초주총일 이전까지 다음의 각 사항이 충족될 것을 조건으로 한다. 단, 아래의 제6호 및 제7호

는 최초주총일까지 충족되는 것을 조건으로 한다.

6. 회사의 최초주총에서 양수인이 지명한 자 전원이 회사의 이사 및 감사로 선출될

것

제9조 (양도인의 특별의무)

(1) 양도인은 회사의 경영권 양도와 관련하여 아래에 명기된 회사의 부채 및 우발채무

가 모두 소멸되도록 조치한다.(표생략)

(2) 양도인은 경영권 양수도 후에 회사에 대하여 직접 또는 간접적인 방법을 불문하고,

회사의 최대주주가 되지 않도록 확약한다.

제10조 (배상 및 우발채무)

(2) 상기 제9조에서 명기된 우발채무 이외에 양도인의 고의, 과실로 제시하지 않은 최

초주총일 이전의 원인행위로 인한 우발채무가 확정된 경우에는 양도인이 회사에 대

해 책임을 진다.

3) 한편 원고와 EEEE는 위 계약 체결과 동시에 이를 보충하는 내용의 합의(이

하 ‘보충합의’라고 한다)를 하였는바, 그 주요 내용은 다음과 같다.

제1조 (목적)

EEEE(“갑”)와 원고(“을”)는 2009. 6. 3. 주식회사 AAAAAGGG 주식 양수도계약

서의 내용을 보충하고 보다 명확히 하고자 본 합의서를 작성한다.

제3조 (신주인수권부사채의 상환)

(1) “갑”은 회사가 2008. 6. 10. 발행한 “을” 명의의 신주인수권부사채(000억 원)의 원금과 이자를 “을”과 협의한 날짜에 상환하기로 한다.

제4조 (투자지분의 매각)

(1) “을”은 “갑”과 협의한 날짜에 회사가 보유한 BBBBB 지분 100%를 회사로부터

매입하기로 한다.

(2) BBBBB의 총 매각 금액은 00억 원으로 한다.

(3) 상기 매각금액의 지불은 “갑”과 “을”의 협의 하에 상기 제3조의 “을”의 신주인수권

부 사채의 원금 및 이자와 상계할 수 있다.

제5조 (“을” 명의의 채권과 상환)

(1) 본 계약의 완료 이후에 회사에 남아있는 “을” 명의의 채권(신주인수권부사채의 원금 및 이자와 대여금 원금 및 이자)이 있을 경우, “갑”이 경영권을 인수한 회사는 본계약 완료 이후 최초로 행하는 회사의 유상증자 대금이 납입되는 날로부터 1주일

이내에 이를 전부 상환하도록 한다.

(2) 상기의 유상증자 대금 납입일로부터 1주일 이후까지 상환되지 않은 “을” 명의의 채권에 대해서는 “갑”이 경영권을 인수한 회사는 남아있는 채권 잔액에 대하여 연

20%의 비율로 연체이자를 지불하도록 한다.

제6조 (주식의 추가매입)

(1) “갑”은 본 계약 당사자 외 회사의 전 대표이사인 이HH 명의의 주식회사 AAAAAGGG 기명식 보통주식 2,557,130주(총 발행주식의 3.71%)를 2009. 6. 30.까지 00억 원에 매입하도록 한다.

제10조 (회사의 순자산 확보를 위한 노력)

“을”은 본 계약 체결일로부터 최초주총소집일까지 회사의 자산유동화 및 순자산 확보

를 위해 최대한의 노력을 기울이며, 이를 위해 다음 사항에 대해 “갑”에게 적극 협력한다.

(1) 회사의 계열사인 주식회사 CCC의 매각

(2) 회사가 보유하고 있는 러시아 IIIII의 지분(35%) 매각

(3) 인도네시아 JJJJJJ Industires에 대한 대여금 미화 000,000달러의 회수

4) EEEE는 2009. 6. 3. 김KK, 양LL, 주식회사 MM철강으로부터도 주식회사

AAAAAGGG의 주식과 전환사채권을 양수하였고, 2009. 6. 26.에는 주식회사 AAAAAGGG의 전 대표이사였던 이HH로부터 주식회사 AAAAAGGG의 주식

2,557,130주를 양수하였다. EEEE는 위와 같은 거래를 통해 주식회사 AAAAAGGG의 발행주식 중 27.2%의 지분을 보유하게 되었다.

5) 주식회사 AAAAAGGG는 2009. 7. 22. 주주총회를 개최하여 대표이사로 한

NN이 취임하는 등 이사진을 개편하고, 상호를 주식회사 FFFF(이하 ‘에듀아

크’라고만 한다)로 변경하였으며, 주요 사업목적에 교육서비스업, 학원 운영·컨설팅·프

랜차이즈업, 해외연수 및 유학알선업 등을 추가하였다.

라. 원고와 FFFF 사이의 이 사건 주식양수도계약

원고는 2009. 7. 24. FFFF와 사이에, 원고가 FFFF로부터 FFFF가 보유

하고 있는 BBBBB 주식회사의 기명식 보통주식 7,030,000주(총 발행주식의 99.43%,

이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 대금 00억 원에 양수하기로 하는 내용의 이 사건 주

식양수도계약(이하 ‘이 사건 거래계약’이라고 하고, 위 거래를 ‘이 사건 거래’라고 한다)을 체결하였는바, 그 주요 내용은 다음과 같다.

FFFF(양도인)과 원고(양수인)은 BBBBB 주식회사(이하 회사라고 한다)의 주식 중

양도인이 보유한 주식 양수도와 관련하여 다음과 같이 합의한다.

제2조 (대상주식)

양도인이 양수인에게 매각할 주식(이하 ‘대상주식등)의 종류와 수는 다음과 같다.

회사의 발행주식 7,070,000주 중 기명식 보통주식(1주당 액면가액 : 000원) 7,030,000주: 총 발행주식의 99.43%

제3조 (양수도대금)

대상주식등을 양수하기 위해 원고가 FFFF에게 지불해야 할 총 양수대금은 00억 원

으로 한다.

[기명식 보통주식 인수대금]

- 1주당 인수가격 000.000원(소수점 이하 3자리까지 계산하되, 대상주식수 × 1주당 인수가격으로 산출된 금액에서 천원 미만은 천원으로 절상함)

제4조 (주식양수도대금의 지급방법)

(1) 주식양수도대금의 지불은 양수인이 보유한 신주인수권부 사채의 원금 및 이자와 상계한다.

(2) 상계내역은 아래와 같다.

- 2008. 6. 10. FFFF가 발행한1) 신주인수권부 사채권 000억 원 원금 중 00억 원

제10조 (기타)

(2) 본 계약에 따른 경영권 변경에도 불구하고 본 계약체결일 이전에 발생한 회사와 관

련된 세무조사 등을 포함한 모든 우발채무는 양수인이 부담하기로 한다.

마. 이 사건 처분

PP지방국세청은 2012. 7. 19.부터 2012. 11. 14.까지 시행한 주식회사 QQQQQQQ(BBBBB 주식회사는 2009. 10. 28. 상호를 ‘주식회사 QQQQQQQ’로 변경

하였다. 이하 ‘QQQQQQQ’라고만 한다)에 대한 주식변동조사 결과를 바탕으로 이

사건 거래가 FFFF의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되

는 경우에 해당한다고 판단한 다음, 구 상속세 및 증여세법(2010. 1. 1. 법률 제9916호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상증세법’이라 한다) 제63조에 따라 평가한 이 사건 주식의 가액 0,000,000,000원(1주당 0,000원)과 이 사건 거래계약상 대금 00억 원의 차액 0,000,000,000원을 FFFF의 2009 사업연도 익금에 산입하고 이를 원고에 대한 배당으로 소득처분하였다.

그에 따라 피고는 2013. 2. 15. 원고에 대하여 2009년 귀속 종합소득세 000,000,000

원을 결정·고지하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

원고는 이 사건 처분에 불복하여 2013. 5. 15. 조세심판원에 심판청구를 하였으나

2014. 3. 12. 위 심판청구는 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 5, 6, 15호증, 을 제1, 2, 15, 20호증의 각 기

재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

가. 부당행위계산 부인은 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산

을 함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것인데,

이 사건 거래가액은 특수관계 없는 원고와 EEEE 측과의 거래에서 결정된 가액으로

QQQQQQQ의 향후 발생할 손실을 고려한 것으로 시가에 해당하고, FFFF는 이

사건 거래를 통하여 조세부담을 부당하게 감소시키지 않았을 뿐만 아니라 조세부담을

감소시킬 필요도 없었으며, EEEE가 원고에게 QQQQQQQ 지분을 저가로 양도

할 이유가 없었고, 이 사건 거래는 원고가 EEEE에게 FFFF를 매각하는 과정에

서 FFFF의 재무건정성을 높이기 위한 일련의 거래에서 발생하였고 원고가 보유하

고 있는 채권을 포기한 금액까지 더한다면 결코 저가로 거래한 것으로 볼 수 없는 점

등 이 사건 거래가 이루어진 경위 등 제반 사정을 고려할 때, 이 사건 거래가 경제적

합리성을 무시한 경우에 해당한다고 볼 수 없으므로, 이 사건 거래에 대하여 부당행위

계산 부인 규정을 적용한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 또한, 이 사건 거래에 근접한 2009. 7. 29. 특수관계 없는 제3자 간에 QQQQQQQ의 주식을 1주당 0,000원에 거래한 사례가 존재하므로, 이를 무시한 채 구 상증세법상 보충적 평가방법에 따라 이 사건 주식의 시가를 산정한 것 또한 위법하다.

3. 관계 법령

별지 기재와 같다.

4. 인정사실

가. FFFF의 운영상태 등

1) FFFF는 2007년에 영업손실 약 00억 원, 당기순손실 약 000억 원이, 2008년

에 영업손실 약 00억 원, 당기순손실 약 000억 원이, 2009년에 영업손실 약 00억 원,

당기순손실 약 00억 원이 발생하였다.

2) FFFF의 최근 3사업연도 중 2사업연도가 자기자본의 50%를 초과하는 법인

세비용 차감 전 계속사업손실이 발생되자 2009. 3. 24. 관리종목으로 지정되었다가

2009. 12. 8.에는 주된 영업의 정지로 인한 상장폐지 실질심사대상으로 결정되었다. 이후 상장폐지 실질심사위원회가 2010. 2. 10. FFFF에 대하여 상장폐지기준에 해당하

는 것으로 결정하자 FFFF는 2010. 2. 23. 위 결정에 대하여 이의신청서를 제출하였

으나 FFFF는 2010. 4. 상장폐지되었고, 한NN은 2011. 8. 31. FFFF의 대

표이사직을 사임하고 2012. 초경 미국으로 출국한 후 연락이 두절되었다.

3) 한편, EEEE 측은 FFFF의 재무구조 개선을 위해서 원고에게 FFFF에

대한 채권을 포기해 달라고 요청하였고, 그에 따라 원고는 2009. 12. 28. FFFF에

대한 신주인수권부 채권 등 약 00억 0,000만 원의 채권을 포기하였다.

나. QQQQQQQ의 운영 상태 등

1) QQQQQQQ는 2007년에 영업손실 약 00억 원, 당기순손실 약 00억 원이,

2008년에 영업손실 약 00억 원, 당기순손실 약 00억 원이, 2009년에 영업손실 약 00억원, 당기순손실 약 00억 원이 발생하였다.

2) 원고는 이 사건 거래를 통해 QQQQQQQ의 최대주주가 되었고, 2009. 8.

12. QQQQQQQ의 사내이사로 취임한 다음 2010. 12. 17.에는 QQQQQQQ의 대

표이사로 취임한 이래 현재까지 QQQQQQQ를 운영하고 있다.

다. QQQQQQQ 주식에 대한 거래현황

1) 2008. 7. 22. QQQQQQQ의 주식이 1주당 0,000원에서 000원으로 액면분할

되었는데, FFFF는 2008. 6. 12.부터 2009. 2. 17.까지 구주매입 및 유상증자 참여

등을 통하여 QQQQQQQ 발행주식 총 7,070,000주 중 7,030,000주(지분율 99.43%)

를 보유하게 되었는바, 그 구체적인 내역은 다음과 같다.(표생략)

2) 이RR 외 7명은 2007.경 약 00억 원(주당 00,000원, 액면분할 후 주당 0,000원

에 해당)으로 QQQQQQQ 주식 133,366주를 인수하였다가 2009. 1. 23. 같은 가격

으로 QQQQQQQ 주식을 FFFF에 매각하였고, 위와 같은 경위로 확보한 현금

약 00억 원으로 FFFF가 발행한 같은 가액 상당의 전환사채를 인수하였다. 그 후

이RR 외 7명은 보유 중이던 FFFF 전환사채 중 약 00억 원 상당을 EEEE와 QQQQQQQ에 매각하였고, 이를 통해 마련한 돈 중 약 0억 원으로 2009. 7. 29. QQQQQQQ 유상증자에 참여하게 되었는데, 위 유상증자 시 이RR 외 7명과 QQQQQQQ는, 위 이RR 외 7명이 최초 QQQQQQQ에 투자한 주식인수대금 00억 원

중 00억 원을 회수한 결과가 되었음을 전제로 이를 QQQQQQQ 주식수 1,333,660

주 중 50%인 666,830주로 보고, 나머지 회수하지 못한 투자금에 해당하는 주식수가 약 666,000주이고 이RR 외 7명이 QQQQQQQ 신주인수에 참여하는 가액이 0억 원인

점을 감안하여 1주당 가액을 0,000원(= 0억원 / 666,000주)으로 결정하여 위 이RR 외 7명은 QQQQQQQ의 주식 667,051주를 1주당 0,000원에 매수하였다.

3) FFFF는 위 1)항 표 순번 7, 8 기재와 같이 2009. 1. 23. 이RR 외 7명으로

부터 QQQQQQQ의 주식 1,333,660주를, 2009. 2. 17. 김KK 외 5명으로부터 QQQQQ의 주식 360,000주를 1주당 가액 각 0,000원으로 하여 매수하였다.

4) FFFF는 이RR 외 7명 및 김KK 외 5명으로부터 QQQQQQQ의 주식을

매입하기로 하여 2009. 1. 12. WW회계법인에게 위 이RR 등으로부터 QQQQQQQ

의 주식을 1주당 0,000원에 양수할 예정임을 밝히면서 QQQQQQQ의 주식가치 평

가를 의뢰하였는데, WW회계법인은 2009. 1. 16. FFFF에게 현금흐름 할인법에 따

라 QQQQQQQ의 주식가치를 1주당 0,000원에서 0,000원의 범위로 평가하는 내용

의 평가의견서를 제출하였다.

5) 그런데 과세 당국은 FFFF가 양LL(이RR 외 7명 중의 한 명)과 김KK로

부터 각각 QQQQQQQ의 주식을 1주당 0,000원에 매수한 것을 ‘고가매입’에 해당한

다고 보아 상증세법상 보충적 평가방법으로 평가한 가액과 1주당 0,000원으로 계산한

거래금액의 차액에 관하여 FFFF의 주주인 김KK에게는 배당으로 소득처분을 하

고, FFFF의 주주가 아닌 양LL에게는 증여세를 부과하는 처분을 하였다.

라. 이 사건 거래 당시 QQQQQQQ 주식 평가

FFFF는 이 사건 거래계약 체결 전인 2009. 7. 16. YY회계법인에게 2009. 7.

23.을 기준으로 한 QQQQQQQ의 주식가치 평가업무를 의뢰하였다.

YY회계법인은 2009. 7. 23. 자산가치와 수익가치를 각각 1과 1.5로 하여 가중산

술평균한 가액을 유사주권상장법인 또는 코스닥상장법인을 기준으로 산정한 상대가치

와 단순평균하여 산정하되, 상대가치 산정의 기준이 되는 유사주권상장법인 또는 코스

닥상장법인이 2개사 이상 없을 경우 본질가치로만 평가하도록 하는 방법인 본질가치

평가방법에 따라 QQQQQQQ의 1주당 주식가치를 0원(-0,000원)으로 평가하는 내용의

평가의견서를 FFFF에게 제출하였는바, 그 요지는 다음과 같다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2 내지 17, 22, 26 내지 30, 33호증(각 가지번호 포

함, 이하 같다), 을 제4 내지 12, 14 내지 18호증의 각 기재, 증인 백낙영, 김00의 각 증언, 변론 전체의 취지

5. 이 사건 처분의 적법 여부에 대한 판단

가. 법리

구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세

법’이라 한다) 제52조, 구 법인세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22035호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라 한다) 제88조 제1항 제3호는 부당행위계산부인 대상의 하나로 특수관계 있는 자에게 자산을 시가보다 낮은 가액으로 양도한 경우를 들고 있고, 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 제1호, 제2호는 법인세법 제52조를 적용함에 있어서 시가가 불분명한 비상장주식은 상증세법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다고 규정하고 있다.

그런데 구 법인세법 제52조에 정한 부당행위계산 부인이란 법인이 특수관계에 있

는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 구 법인

세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고

법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제

하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로

인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제

적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연

그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적

인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한

사정 등도 고려하여야 하며(대법원 2007. 12. 13. 선고 2005두14257 판결 등 참조), 법인과 특수관계자 사이의 거래가 법인세법상 부당행위계산 부인 사유에 해당한다는 사실의 증명책임은 과세관청에 있고(대법원 2007. 2. 22. 선고 2006두13909 판결 등 참조), 과세관청은 거래 당사자들이 그 거래가격을 객관적 교환가치가 적절하게 반영된 정상적인 가격으로 믿을 만한 합리적인 이유가 없다는 점과 그러한 합리적인 이유가 없다고 할지라도 양수인이 그 거래가격으로 재산을 양수하는 것이 합리적인 경제인의 관점에서 비정상적이었다고 볼 수 없는 객관적인 사유도 없다는 점을 모두 입증하여야

한다.

나. 판단

1) 이 사건으로 돌아와 살피건대, 이 사건 거래는 FFFF와 그 주주인 원고 사이에 이루어진 것임은 앞서 본 바와 같으므로 이는 법인이 특수관계에 있는 자와 거래

를 한 경우에 해당한다 할 것이다.

2) 그런데, 앞서 본 이 사건 거래 전후에 이루어진 QQQQQQQ 주식에 대한

각 거래(아래 (1)항의 1주당 0,000원으로 이루어진 거래 2건, 1주당 0,000원으로 이루어진 거래 1건)에서의 각 거래가액은 그 거래당사자, 거래의 경위 및 거래가액 결정 과정 등에 비추어 볼 때 법인세법 시행령 제89조 제1항이 규정한 ‘시가’의 개념, 즉 “해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격”에 해당한다고 보기는 어렵다.

3) 그러므로 이 사건 거래가 법인세법상 부당행위계산 부인 사유에 해당하는지 보

건대, 위 인정사실에다가 앞서 든 각 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다

음과 같은 사정들에 비추어 보면 FFFF를 실질적으로 지배하고 있던 원고가 형식상

으로 EEEE를 거쳐 이 사건 거래를 하는 듯한 외관을 작출하여 QQQQQQQ의

주식을 저가양수한 것이 아닌가 하는 의심이 들기는 한다.

(1) FFFF는 2009. 1. 23. 이RR 외 7인으로부터 QQQQQQQ 주식을 1주

당 0,000원에 매수하였고, 2009. 2. 11. 김KK 외 5인으로부터 1주당 0,000원에 매입

하였으며 이 사건 거래 직후인 2009. 7. 29. 김00외 5인에게 1주당 0,000원에 매도하

였음에도 이 사건 거래 당시 주당 000원에 매도하였다.

(2) 원고는 2008. 7. 1.부터 선행계약과 이 사건 거래 직전인 2009. 6.경까지 FFFF의 최대주주로서 위 회사를 실질적으로 경영하였다.

(3) EEEE는 설립등기 시점인 2007. 7. 25.부터 이 사건 거래 이후까지 2008.

4.경 ZZZZ의 주식 보통주 27만 3972주를 장외매수하고 2009. 5. 29. XXXXXX의 보유주식 전량을 장외 매도한 외에 별다른 거래실적이 발견되지 않는다.

(4) FFFF는 이 사건 거래 이전인 2009. 3. 24.부터 관리종목으로 지정되었고,

상장폐지를 면하기 위하여 이면계약을 체결하는 방식으로 2009년말 재무제표에 자산

수증이익을 000억원 허위 계상하였다가 결국 상장폐지되었는바, 위와 같은 사정하에서

EEEE가 위 회사를 인수할 만한 동기가 있었는지 의문이 든다.

(5) FFFF의 대표이사였던 한NN은 2011. 8. 31. 대표이사직에서 사임

하고 2012. 초경 미국으로 출국한 후 연락이 두절되었고, 그 뒤를 이어 2011. 8. 31.

법인등기부상 FFFF의 대표이사로 등재된 변00은 한NN의 부탁으로 명의

만 빌려주었고 FFFF에 출근하거나 실제로 운영하지는 않았다는 내용의 확인서를

작성하였다(을 제14호증).

(6) 원고가 EEEE와의 주식양수도계약을 체결하고 현실적으로 지급받은 금원

은 계약금 000,000,000원에 불과하다.

4) 그러나 위에서 인정한 사실들과 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여

인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 피고가 제출한 각 증거들만으로는 이

사건 거래가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인

것으로서 법인세법상 부당행위계산 부인 사유에 해당한다고 보기에 부족하다.

(1) 원고와 EEEE 사이에 구 법인세법 시행령 제87조 제1항 각 호 소정의 특

수관계가 있음을 인정할 아무런 증거가 없고, 이 사건 거래는 원고와 EEEE 사이의

선행계약 및 보충합의에 따라 이루어진 것으로 보이는데, 위에서 본 여러 사정들만으

로 선행계약과 보충합의가 가장된 것이라고 단정하기도 어렵다.

이에 관하여 피고는, 원고와 EEEE 사이에 실제 선행계약과 보충합의가 체결

된 바 없고, 선행계약서와 보충합의서는 이 사건 거래가 경제적 합리성이 있는 것처럼

꾸미기 위해 사후적으로 작성된 것에 불과하다고 주장하나, 이에 부합하는 듯한 증인

전OO의 증언은 믿기 어렵고, 을 제11 내지 14호증, 을 제21, 24, 25호증의 각 기재,

감정인 황OO의 감정결과만으로는 이를 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거

가 없다.

(2) 원고는 FFFF의 대표이사였던 박PP의 친구인 이TT으로부터 EEEE

를 운영하고 있던 한NN을 소개받아 선행계약을 한 것으로 당초 원고와 한NN과 사이에 특별한 관계가 있었던 것으로 보이지 않는다.

(3) EEEE는 2008. 4.경 ZZZZZ의 주식 보통주 27만 3972주를 장외매수하

고, 2009. 5. 29. XXXXXX의 보유주식 전량을 장외 매도하였으며, 양LL, 김KK

등의 전환사채를 매수하는 등 주식매수, 매도 등의 영업활동을 하였다.

(4) QQQQQQQ는 2007년에 영업손실 약 10억 원, 당기순손실 약 00억 원이,

2008년에 영업손실 약 00억 원, 당기순손실 약 00억 원이, 2009년에 영업손실 약 00억원, 당기순손실 약 00억 원이 발생하는 등 적자가 지속되었다.

(5) 이 사건 처분의 전제가 된 과세 관청의 구 상증세법 제63조 소정의 보충적

평가방법에 의한 QQQQQQQ 주식의 1주당 평가액(2009. 7. 23. 기준)은 0,000원인

데, 이 금액은 QQQQQQQ의 순자산가액(0,000,000,000원)을 발행주식총수(7,070,000

주)로 나눈 금액이다. 그리고 과세 관청의 QQQQQQQ 주식에 대한 비상장주식평가

조서(을 제20호증)에 의하면, QQQQQQQ의 최근 3년간 순손익액 가중평균에 의한

1주당 가액은 0원임이 확인된다.

한편 이와 같은 결과는 FFFF의 의뢰에 따라 QQQQQQQ의 주식가치를

평가한 YY회계법인의 2009. 7. 23.자 평가의견서(갑 제17호증)에서도 거의 유사하게

확인되는바, 위 평가의견서에 의하면, 2009. 7. 23. 기준 QQQQQQQ 주식의 1주당

가치는 자산가치 평가방법에 의할 때 0,000원(과세 관청의 보충적 평가방법에 따른 평

가액과 거의 유사하다)이고, 수익가치 평가방법에 의할 때는 0원(과세 관청의 비상장주식평가조서 중 최근 3년간 순손익액의 가중평균에 의한 1주당 가액과 일치한다)이다.

그런데 기업이 현재 보유하고 있는 순자산가액을 발행주식총수로 나누어 주식

가치를 평가하는 방법, 즉 자산가치 평가방법은 그 평가방법이 비교적 단순하고 객관

적이라는 장점을 가지고 있으나, 기업이라는 실체가 미래의 수익 또는 현금흐름창출을

목적으로 존재하는 영속체라는 점에서 수익창출능력을 반영하지 못하는 단점을 가지고

있는바, 이 사건 거래를 통해 수년간 계속하여 결손금이 발생하고 있었던 QQQQQQQ를 인수한 후 이를 청산하는 것이 아니라 계속 운영하고자 했던 원고의 입장에서는 오히려 자산가치 평가방법에 따라 평가한 가액으로 이 사건 주식을 거래하는 것이 비합리적인 것으로 보인다.

(6) 이 사건 거래 이후 양OO 외 7인, 김KK 외 5인이 QQQQQQQ의 주식

을 1주당 0,000원에 매수한 것은 양OO외 7인, 김KK외 5인의 투자 및 투자금의 회

수 경위 등 그 특수관계에서 비롯된 것으로 보인다.

(7) 부당행위계산 부인에 있어 경제적 합리성은 거래 전체를 기준으로 판단해야

하는바(대법원 2013. 9. 27. 선고 2013두10335 판결 등 참조), 이 사건 거래가 이루어진 경위가 위에서 본 바와 같다면, 경제적 합리성 유무를 판단함에 있어서 이 사건 거래와 선행계약 및 보충합의를 종합적으로 고려하여야 할 것인데, 위와 같은 전체 거래로서 경제적 합리성이 있는지 여부에 대해서는 피고의 아무런 주장, 입증이 없다.

라. 따라서 이 사건 거래가 부당행위계산 부인의 대상이 됨을 전제로 한 이 사건 처

분은 위법하다.

6. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한

다.