서울행정법원-2015-구합-74395 (2016.09.01)

사 건

2015구합74395 법인세등부과처분취소

원 고

주식회사 ○○은행 외1

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2016. 8. 11.

판 결 선 고

2016. 9. 1.

주 문

1. 피고가 2014. 11. 7. 원고 주식회사 〇〇은행에 대하여 한 별지 1 목록 ①항 기재 세목의 ②항 기재 과세기간에 대한 ③항 기재 세액(가산세 포함)의 부과처분 중 ④항 기재 세액을 초과하는 부분, 원고 주식회사 〇〇금융지주에 대하여 한 별지 2 목록 ①항 기재 세목의 ②항 기재 과세기간에 대한 ③항 기재 세액(가산세 포함)의 부과처분 중 ④항 기재 세액을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고들의 지위

원고 주식회사 〇〇금융지주(이하 ‘원고 금융지주회사’라 한다)는 구 금융지주회사법(2013. 8. 13. 법률 제12099호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항에 따른 금융지주회사로서, 원고 주식회사 〇〇은행(이하 ‘원고 은행’이라 한다)의 지분 100%를 보유하고 있으며, 원고들은 법인세법상 연결납세방식을 적용하여 2010 사업연도부터는 원고 금융지주회사가 연결 법인세를 신고․납부하고 있다.

나. 대위변제와 관련하여

1) 원고 은행은 신용보증기금, 〇〇신용보증기금, 각종 신용보증재단 등(이하 이를 합하여 ‘신용보증기관’이라 한다)이 발급한 신용보증서를 담보로 은행여신거래기본약관에 따라 원고 은행의 고객인 채무자에게 여신을 제공하고 있는데, 채무자의 부도․연체 등 신용보증부실사유가 발생하면, 이를 신용보증기관에 통지하고 보증채무의 이행을 청구한다. 이러한 경우 신용보증기관은 위 청구의 당부를 심사하고 그 결과를 원고 은행에 통지하게 되는데, 위 통지를 받으면 원고 은행은 신용보증기관에 대위변제증서 등의 서류를 제공하고 채권의 원금과 이자를 수령한다.

2) 피고는, 원고들이 충당 순서에 관하여 약정한 사실이 없음에도 임의로 원금을 먼저 회수한 것으로 회계처리를 함으로써, 이자 전액을 먼저 회수한 것으로 회계처리를 하였을 경우 추가로 발생할 수 있었던 이자수입을 누락하였다고 판단하고, 이자수입 누락액(이하 ‘이 사건 이자수입 누락분’이라 한다)을 2009 사업연도에 약 5,645,000,000원, 2010 사업연도에 약 2,725,000,000원, 2011 사업연도에 약 2,314,000,000원, 2012 사업연도에 약 1,581,000,000원, 2013 사업연도에 약 2,016,000,000원을 각 익금에 산입하여 2014. 11. 7. 원고 은행에 대하여 별지 1 목록‘법인세’ 세목란 기재와 같이 2009 사업연도 법인세 9,570,730,580원(가산세 포함)을, 원고 금융지주회사에 대하여 별지 2 목록 기재와 같이 2010 사업연도 법인세 8,143,858,160원(가산세 포함), 2011 사업연도 법인세 1,565,713,670원(가산세 포함), 2012 사업연도 법인세 4,981,120,610원(가산세 포함), 2013 사업연도 법인세 1,024,132,800원(가산세 포함)을 각 경정․고지하였다1).

또한 피고는 원고 은행의 수익금액 증가에 따라 교육세 과세표준도 증가한다고 보아 2014. 11. 7. 원고 은행에 대하여 별지 1 목록 중 ‘교육세’ 세목란의 ②항 기재 각 과세기간에 대하여 ③항 기재와 같은 교육세액(가산세 포함)을 각 경정․고지하였다(이하 원고들에 대한 위와 같은 대위변제와 관련된 처분들을 합하여 ‘이 사건 제1처분’이라한다)2).

다. 기업어음과 관련하여

1) 피고는 원고 은행이 2011년 내지 2013년에 지급한 기업어음 중 약 8조 2,545억원 상당의 기업어음(이하 ‘이 사건 기업어음’이라 한다)이 약 444억 원(이하 ‘이 사건 할인액’이라 한다) 할인발행되었으나, 원고 은행이 이 사건 기업어음금을 지급하면서 이 사건 할인액에 대하여 원천징수를 하지 아니하였다고 판단하였다.

2) 이에 피고는 원고 은행이 이 사건 할인액에 대한 원천징수를 하지 않았다는 이유로 2014. 11. 7. 원고 은행에 대하여 별지 1 목록 ‘원천징수불이행가산세’란 기재와 같이 2011 사업연도 원천징수불이행가산세 303,401,110원, 2012 사업연도 원천징수불이행가산세 265,468,430원, 2013 사업연도 원천징수불이행가산세 52,721,810원을 부과 하였고, 원고 금융지주회사에 대하여 2011 사업연도 지급명세서미제출가산세 99,821,006원, 2012 사업연도 지급명세서미제출가산세 99,661,389원, 2013 사업연도 지급명세서미제출가산세 75,316,875원3)을 부과하였다(이하 원고들에 대한 위와 같은 원천징수와 관련된 처분들을 합하여 ‘이 사건 제2처분’이라 하고, 이 사건 제1, 2 각 처분을 합하여 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

라. 전심 절차

원고들은 2015. 2. 5. 이 사건 각 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2015. 6. 24. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 25, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장

1) 이 사건 제1처분에 대하여

이 사건에 적용되는 신용보증약관에는 공통적으로 ‘보증채무 이행범위’라는 제목으로 ‘① 보증부대출잔액에 보증비율을 곱한 금액으로 보증금액을 초과하지 아니하는 원금과 ② 위 이행액에 대하여 보증채무이행일까지의 약정이자율에 의한 미수이자액을 보증채무로 이행한다’는 규정이 포함되어 있다. 위 약관 규정에 의하면, 신용보증기관은 전체 채무 중 원금채무와 이자채무를 구분하여 보증하였고, 각 일정 금액을 한도로 정해 두었으므로, 변제금의 성격 역시 처음부터 특정되어 있어 변제충당 순서의 문제가 생길 여지가 없다.

설령 위 약관 규정을 원금채무와 이자채무를 구분하여 보증하는 내용으로 해석할 수 없다 하더라도, 원고들과 신용보증기관은 원금채무와 이자채무에 대해 일정한 금액을 각 변제한다는 변제충당 순서에 대하여 명시적 내지 묵시적 합의가 있었다. 따라서 위 보증채무 이행금을 채무 중 이자, 원금 순서로 법정충당되어야 함을 전제로 한 이 사건 제1처분은 위법하다.

2) 이 사건 제2처분에 대하여

구 법인세법(2013. 1. 1. 법률 제11607호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다) 제73조 제4항에 따라 ‘원천징수의무자를 대리하거나 그 위임을 받은 자’는 같은 조 제1항 각 호의 소득금액을 지급해야 할 자로부터 법인세를 원천징수하는 업무와 원천징수한 법인세를 관할 세무서에 납부할 업무 등을 수권 또는 위임받은 자를 의미하고, 이러한 원천징수업무의 위임은 명시적으로뿐만 아니라 묵시적으로도 이루어질 수 있으나, 묵시적 위임이 있다고 하기 위하여는 명시적 위임이 있는 경우와 동일시할 수 있을 정도로 위임 의사를 추단할 만한 사정이 있어야 한다.

그런데, 이 사건의 경우 원고 은행은 기업어음 발행기업에게 당좌계좌를 개설하여 주고 발행기업이 발행한 기업어음의 만기가 도래하여 지급제시되면 당좌계좌에서 해당 기업어음의 어음금 액면액을 인출하여 주기로 약정하였을 뿐으로(갑 제5호증), 원고 은행은 단순히 어음금의 지급을 위탁받은 것에 불과할 뿐이며, 기업어음의 할인발행액에 대한 원천징수업무 그 자체를 위탁받거나 원천징수대상 소득의 발생 원인이 되는 기업어음 할인발행 업무를 담당한 사실이 전혀 없으므로, 원고와 위 발행기업들 사이에 원천징수의무를 대리하거나 그 업무를 위임하였다고 보기 어렵다.

그리고 원고 은행의 입장에서는 기업들이 어음을 언제, 누구에게, 얼마만큼 할인하여 발행하였는지, 어음을 제시한 자가 할인기관인지 아니면 할인기관으로부터 어음을 매수한 투자자인지, 어음을 제시한 자가 할인기관이라면 어음금을 지급받아 투자자에게 그 어음금을 지급할 예정인지, 어음을 제시한 자가 할인기관으로부터 어음을 매수한 투자자라면 그 매수한 시점에 이미 원천징수를 당하였는지 등을 전혀 알 수 없으므로, 원고 은행에게 기업어음 할인액에 대한 원천징수의무의 이행을 기대하는 것은 불가능하다. 따라서 원고 은행이 구 법인세법 제73조 제4항의 ‘원천징수의무자를 대리하거나 그 위임을 받은 자’에 해당함을 전제로 한 이 사건 제2처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 3 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 변제충당과 관련하여

가) 여신거래약정의 체결

원고 은행은 고객(주채무자)에게 금전을 대여하는 경우 여신거래약정서를 작성하는데, 위 약정서에는 대여원금과 이자율 계산방법, 은행여신거래기본약관이 적용된다는 점 등이 기재되어 있다.

나) 신용보증서의 수령

원고 은행은 대여원리금의 회수를 담보하기 위해 고객들로부터 신용보증기관이 발급한 신용보증서를 교부받는다. 신용보증서에는 대출예정금액과 보증비율 등이 기재되어 있다. 위 신용보증에 적용되는 신용보증기관의 약관(이하 ‘신용보증약관’이라 한다) 중주요 내용은 아래와 같다.

<신용보증기금>

제18조(보증채무이행범위)

① 신용보증기금은 아래 각 호 금액의 합계액을 보증채무로 이행한다.

1. 보증부대출잔액에 보증비율을 곱한 금액으로 보증금액을 초과하지 아니하는 원금. 다만, 지급보증의 대지급이 발생한 경우에는 이 대지급금에 보증비율을 곱한 금액으로 보증금액 범위 내의 대지급금

2. 제1호에 의한 이행액에 대하여 보증채무이행일까지의 약정이자율(이자납입기일에 적용되는 이자율로서 연체이자율은 제외)에 의한 미수이자액. 다만, 제1호 단서의 대지급금에 대하여는 한국금융투자협회가 공시한 91일물 양도성 예금증서 유통수익률(보증채무이행 전일 종가 기준)에 2%를 가산한 이자율에 의한 미수이자액

3. 채권자가 보증부대출 채권회수를 위하여 지급한 비용 중 신용보증기금법령이 정한 금액

<기술신용보증기금>

제14조(보증채무이행범위)

① 기술신용보증기금은 다음 각 호 금액의 합계액을 보증채무로 이행한다.

1. 제10조에서 정하는 회수금을 우선충당한 후의 미회수 보증부대출원금 중 기술신용보증기금 책임분담부분과 보증잔액 중 적은 금액. 다만, 지급보증의 대지급이 발생한 경우에는 동 미회수대지급금 중 기술신용보증기금 책임분담부분과 보증잔액 중 적은 금액

2. 제1호의 이행금액에 대하여 보증채무이행전일까지 보증부대출의 이행기가 도래되지 아니하였을 경우에 적용될 이자율(연체이자율 제외)에 의한 미수이자액. 다만, 제1호 단서의 대지급금에 대하여는 한국증권업협회가 공시한 91일물 양도성 예금증서 유통수익률(보증채무이행 전일 종가 기준)에 2%를 가산한 이자율에 의한 미수이자액

3. 채권자가 보증부대출(초과실행부분 제외)의 회수를 위하여 지급한 비용 중 기술신용보증기금법령이 정한 금액에 보증비율을 곱한 금액

<신용보증재단>

제16조(보증채무이행범위)

① 재단은 아래 각 호 금액의 합계액을 보증채무로 이행한다.

1. 제13조에서 정하는 회수금을 우선충당한 후의 미회수 보증부대출원금 중 재단책임분담부분과 보증잔액 중 적은 금액. 다만, 지급보증의 대지급이 발생한 경우에는 동 미회수 대지급금 중 재단책임분담부분과 보증잔액 중 적은 금액

2. 제1호에 의한 이행액에 대하여 보증채무이행전일까지의 약정이자율(이자납입기일에 적용되는 이자율로서 연체이자율은 제외)에 의한 미수이자액. 다만, 제1호 단서의 대지급금에 대하여는 한국증권업협회가 공시한 91일물 양도성 예금증서 유통수익률(보증채무이행 전일 종가 기준)에 2%를 가산한 이자율에 의한 미수이자액

3. 채권자가 보증부대출(초과실행부분 제외) 채권회수를 위하여 지급한 비용 중 지역신용보증재단법령이 정한 금액에 보증비율을 곱한 금액

다) 보증채무의 이행청구

주채무자가 채무를 변제하지 못하는 경우 원고 은행은 신용보증기관이 정한 양식에 따라 신용보증기관에 보증채무 이행을 청구하는데, 위 이행청구서에는 신용보증약관에 따라 계산한 원금과 이자의 액수가 명확히 구분되어 있다.

라) 대위변제증서 등의 교부

신용보증기관으로부터 보증채무 이행금을 수령한 경우, 원고 은행은 신용보증기관에 대위변제증서 등의 서류를 교부하는데, 위 서류에는 변제된 원금과 이자의 액수가 구분되어 있다.

마) 주채무자에 대한 통지

그 후 원고 은행은 주채무자에게 연체로 인하여 신용보증기관으로부터 대위변제금을 수령하였음을 통지하고, 그 결과 남은 원금과 이자의 액수를 구분하여 통지한다.

바) 회계 처리

원고 은행은 주채무자에게 통지한 잔액 그대로 원금과 이자를 나누어 회계 처리한다.

2) 원천징수의무와 관련하여

가) 원고 은행은 기업어음 발행기업들과 사이에 위 기업들에게 당좌계좌를 개설하여 주고 위 기업들이 발행한 기업어음의 만기가 도래하여 지급제시되면 당좌계좌에서 해당 기업어음의 어음금의 액면액을 인출하여 주기로 약정하였다. 원고 은행과 위 발행기업들 사이에 체결된 입출금이 자유로운 예금약관의 주요 내용은 다음과 같다.

입출금이 자유로운 예금약관

제1조 적용범위

① 입출금이 자유로운 예금(이하 ‘이 예금’이라 한다)이란 예치기간을 정하지 아니하고 자유로이 입출금하는 예금을 말한다.

② 이 약관에서 정하지 아니한 사항은 예금거래기본약관의 규정을 적용한다.

제3조 은행제공 수표, 어음용지에 의한 거래 및 어음발행내역 등록

① 거래처는 은행이 내어준 수표, 어음용지로 거래하여야 하며, 1,000만 원 이상의 어음을 발행하였을 경우 발행내역(발행일, 지급기일, 발행금액 등)을 금융결제원의 어음발행 관련 네트워크에 등록하여야 한다.

② 제①항의 용지는 거래처가 요청할 때 은행이 내어준다. 다만, 거래처가 요청한 양이 많다고 판단될 때에는 이를 필요하다고 인정되는 양으로 제한할 수 있다.

제5조 수표, 어음금 지급 및 지급위탁 취소

① 은행은 제3조 제①항에 따라 내어준 수표나 어음에 적힌 금액을 거래처에서 지급위탁받아 그 제시인에게 지급한다.

② 은행은 수표나 어음이 지급제시 기간 안에 제시된 때에만 지급한다. 다만, 수표는 지급제시 기간이 지난 뒤에도 지급할 수 있다.

③ 거래처가 이미 발행한 수표나 어음의 지급위탁을 취소할 때에는 은행이 마련한 서식으로 신청하여야 하고 어음교환업무규약에 따라 수표나 어음에 적힌 금액을 담보금으로 예치 하여야 한다.

제11조 당좌, 가계당좌예금 계약의 해지

② 은행은 거래처가 신용정보관리규약상 신용거래 정보 중 연체정보·대위변제 대지급정보·부도정보·관련인정보·금융질서 문란정보 및 공공기록정보에 등록되고, 은행이 정한 당좌, 가계당좌예금계약 해지사유에 해당할 때 이 예금을 해지하고 그 사실을 거래처에 통지한다.

나) 원고가 기업어음에 관하여 기업들과 당좌계좌 개설계약을 한 후 어음금을 실제로 지급하는 과정은 대체로 다음과 같다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제5, 7 내지 11호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 이 사건 제1처분에 대하여

가) 변제충당 규정의 적용 여부

이 사건 제1처분의 근거가 된 법인세법 시행규칙 제56조는 ‘원천징수의 대상이 되는 이자소득금액을 계산함에 있어서 차입금과 이자의 변제에 관한 특별한 약정이 없이 차입금과 그 차입금에 대한 이자에 해당하는 금액의 일부만을 변제한 경우에는 이자를 먼저 변제한 것으로 본다’고 규정하고 있고, 민법 제479조 제1항 역시 ‘채무자가 1개 또는 수개의 채무의 비용 및 이자를 지급할 경우에 변제자가 그 전부를 소멸하게 하지 못한 급여를 한 때에는 비용, 이자, 원본의 순서로 변제에 충당하여야 한다’고 규정하고 있다.

위 각 규정에 따른 변제충당 순서(이자→원금)를 적용하기 위해서는 ‘변제자가 원금 및 이자의 일부에 해당하는 금원만을 지급하였을 것’이라는 요건을 충족해야 하는데, 위 인정사실 및 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사정을 종합하여 보면, 이 사건의 경우에는 위와 같은 변제충당 규정의 적용 요건을 갖추었다고 보기 어렵다.

① 원고 은행이 주채무자로부터 교부받는 신용보증서에는 대출예정금액과 보증비율이 기재되어 있고, 위 보증비율 및 대출잔액을 신용보증약관에서 정하고 있는 산식에 대입할 경우 신용보증기관이 부담하여야 할 보증채무의 총액을 원금과 이자로 구분하여 특정할 수 있다.

② 원고 은행은 위와 같이 특정된 원금과 이자 전액을 신용보증기관에 청구하였고, 신용보증기관도 위 청구액 전부를 원고 은행에 지급하였다.

③ 법인세법 시행규칙 및 민법에서 변제충당의 순서에 관한 규정을 둔 취지는, 변제자가 원금 및 이자 전부에 미치지 못하는 금원을 지급하였을 경우, 위 금원이 어느 채무에 충당되는 것인지 특정할 수 없어 납세의무자와 과세관청, 변제자와 변제수령자 사이에 이해관계의 충돌 등이 발생할 우려가 있기 때문인데, 이 사건의 경우 신용보증기관이 변제하여야 할 보증채무의 총액이 원금과 이자로 나뉘어 명확하게 특정되고, 신용보증기관이 그 전액을 지급하고 있으므로, 위와 같은 염려가 없다.

따라서 이와 다른 전제에서 이 사건 이자수입 누락분을 추가로 익금 산입한 피고의 이 사건 제1처분은 위법하다.

나) 변제충당의 합의(예비적 판단)

또한 이 사건의 경우, 원고 은행과 신용보증기관이 아래와 같이 수차례에 걸쳐 원금과 이자의 변제 액수를 확정하는 과정을 거쳤음은 앞서 본 바와 같으므로, 두 기관 사이에 변제충당의 순서에 관한 합의가 있었다고 봄이 상당하다.

① 원고 은행과 신용보증기관은 사전에 신용보증약관을 통해 신용보증기관이 보증책임을 지게 될 원금과 이자의 범위에 관한 합의를 마쳤다.

② 원고 은행은 위 합의내용에 따라 원금 및 이자를 산정하여 이를 신용보증기관이 제시한 보증채무이행청구서 양식(원금과 이자의 산정 내역이 구분되어 있음)에 따라 기재한 후 이를 신용보증기관에 교부하였다.

③ 신용보증기관은 위 청구서에 기재된 원금 및 이자의 산정 내역을 확인한 후 원고 은행에 위 청구액 전부를 지급하였다.

④ 원고 은행은 위 보증채무 이행금을 수령한 후 변제된 원금과 이자의 액수를 최종 확정하고(통상 보증채무 이행청구 다음날부터 실제 대위변제일까지의 이자가 추가 지급된다), 이를 대위변제증서 등의 서류에 기재하여 신용보증기관에 교부하였다.

따라서 이 사건은 법인세법 시행규칙 제56조가 규정하고 있는 ‘차입금과 이자의 변제에 관한 특별한 약정이 있는 경우’에 해당하고 원고 은행과 신용보증기관 사이에 변제충당 합의가 명시적 또는 묵시적으로 존재하므로, 위 규정에 따른 변제충당 순서(이자→원금)가 적용되어서는 아니 된다. 이러한 점에서도 피고의 원고들에 대한 이 사건 제1처분은 위법하다.

2) 이 사건 제2처분에 대하여

피고는 이 사건 제2처분의 근거를 구 법인세법 제73조 제4항이라고 주장하고 있으므로, 원고 은행에게 구 법인세법 제73조 제4항, 제1항에 따른 원천징수의무가 있는지 여부를 본다4).

구 법인세법 제73조 제4항, 제1항 제1호에 의하면, 원천징수의무자를 대리하거나 그 위임을 받은 자는 수권 또는 위임의 범위 안에서 내국법인에 지급되는 소득세법 제127조 제1항 제1호의 이자소득금액에 대한 법인세를 원천징수하여 그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 납세지 관할세무서등에 납부하여야 한다.

한편, 소득세법 제127조 제2항에 의한 ‘원천징수의무자를 대리하거나 그 위임을 받은 자로서 그 수권이나 위임의 범위 안에서 원천징수의무를 부담하는 자’는 소득세법 제127조 제1항 각 호의 소득금액을 지급해야 할 자로부터 원천납세의무자에 대한 소득금액의 지급과 아울러 원천징수업무, 즉 원천납세의무자로부터 소득세를 원천징수하는 업무와 원천징수한 소득세를 관할 세무서에 납부할 업무 등을 수권 또는 위임받은 자를 말한다. 그리고 이러한 원천징수업무의 위임은 명시적으로뿐만 아니라 묵시적으로도 이루어질 수 있으나, 원천징수의 성격과 효과 등에 비추어 볼 때 묵시적 위임이 있다고 하기 위하여는 명시적 위임이 있는 경우와 동일시할 수 있을 정도로 위임 의사를 추단할 만한 사정이 있어야 하는바(대법원 2014. 7. 24. 선고 2010두21952 판결 참조), 이러한 법리는 구 법인세법 제73조 제4항에 따라 원천징수의무를 부담하는 자가 누구인지 해석하는 경우에도 적용된다고 할 것이다.

살피건대, 원고 은행이 기업어음 발행기업에게 당좌계좌를 개설하여 주고 발행기업이 발행한 기업어음의 만기가 도래하여 지급제시되면 당좌계좌에서 해당 기업어음의 어음금 액면액을 인출하여 주기로 약정한 사실은 앞서 본 바와 같지만, 위 인정사실 및 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사정 등을 종합하면, 이 사건의 경우 위 인정사실에서 더 나아가 원고 은행이 기업들로부터 기업어음의 할인발행액에 대한 원천징수업무 그 자체를 명시적 또는 묵시적으로 대리하거나 그 업무를 위임받았다고 보기는 어렵다.

① 원천징수제도는 납세의무자가 아닌 소득의 지급자로 하여금 납세의무자에게 지급할 소득금액 등으로부터 납세의무자가 납부할 세액을 공제하여 납부하도록 하는 예외적인 징수방법으로서 원천징수제도를 통하여 조세포탈을 방지하고 징세의 편의를 도모할 수 있으나, 원천징수의무자로서는 반대급부 없이 원천징수에 소요되는 비용을 부담하여야 하고, 원천징수의무를 위반하는 경우 가산세뿐만 아니라 원천징수하여 납부하여야 할 세액에 상당하는 금액까지 징수당하는 위험을 부담하게 된다. 따라서 이러한 원천징수의무자의 재산권 제한의 측면 등을 고려하면, 원천징수의무는 원천징수의무의 존부와 원천징수세액, 그 시기 등을 쉽고 분명하게 파악할 수 있는 자에게만 부과되어야 하고, 원천징수의무를 규정하는 조세법령을 해석할 때에는 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석해서는 안 된다.

② 원고 은행은 기업어음 발행기업들과 당좌예금계약을 체결하였고, 위 당좌예금계약에는 원고 은행의 ‘입출금이 자유로운 예금약관’이 적용되는데, 원고 은행은 위 약관에 따라 거래처에서 지급을 위탁받아 자신들이 거래처에 내어준 어음용지로 발행된 어음이 지급제시 기간 안에 제시된 때에만 그 어음에 적힌 금액을 그 제시인에게 지급하였다. 한편, 원고 은행과 기업어음 발행기업들이 기업어음에만 국한하여 그 발행, 지급 등에 관한 업무위탁계약을 따로 체결하였다고 볼 자료는 없다. 따라서 원고 은행은 기업어음 발행기업들로부터 이 사건 기업어음을 포함한 모든 어음의 액면금액 지급을 위탁받았을 뿐이고, 원천징수대상 소득인 이 사건 할인액 발생의 원인이 되는 이 사건 기업어음의 할인 발행에 관여한 바가 없다. 또한 원고 은행으로서는 어음금액, 만기, 지급지, 지급받을 사람, 발행일 등만을 확인할 수 있고, 기업어음 발행기업들이 언제, 누구에게, 어음을 얼마만큼 할인하여 발행하였는지, 어음을 제시한 자가 할인기관인지 아니면 할인기관으로부터 어음을 매수한 투자자인지 여부 등의 구체적 사정은 알 수 없다.

③ 본래의 원천징수의무자는 소득금액을 지급하는 때에 원천징수의무를 부담하므로 소득금액의 지급과 원천징수는 시간적으로 인접하지만, 사법상 소득금액 지급의무와 공법상 원천징수의무는 별개의 의무이다. 따라서 원고 은행이 기업어음 발행기업들로부터 이 사건 기업어음의 어음금 지급을 위탁받았다는 사정만으로 공법상 원천징수의무까지 위임받았다고 보기 어렵다.

④ 원고 은행은 기업어음 발행기업들로부터 약속어음 지급 위탁에 관한 수수료로 어음용지 책 1권당 약 10,000원 등 정도의 실비만 수령하였는데, 원고 은행이 이러한 대가만을 지급받으면서 약속어음 지급 업무 외에 원천징수 업무까지 대행하는 것에 합의하였다고 볼 수 없다.

⑤ 원고 은행이 기업어음 발행기업들과 체결한 당좌예금계약의 내용을 살펴보더라도 원천징수업무의 위임 의사를 추단할 만한 사정을 발견하기 어렵다.

따라서 이와 다른 전제에서 원고 은행이 어음할인액 상당에 관한 원천징수의무를 이행하지 않았음을 이유로 한 피고의 원고들에 대한 이 사건 제2처분은 위법하다.

3) 소결

과세처분취소소송에 있어서 세액의 산출과정에 잘못이 있어 과세처분이 위법한 것으로 판단되는 경우라도 사실심 변론종결 당시까지 제출된 자료에 의하여 적법하게 부과될 세액이 산출되는 때에는 법원은 과세처분 전부를 위법한 것으로 취소할 것이 아니라 과세처분 중 정당한 산출세액을 초과하는 부분만을 위법한 것으로 보아 그 위법한 부분만을 취소하여야 한다(대법원 2000. 9. 29. 선고 97누19496 판결 등 참조).

따라서, 이 사건 제1처분과 관련하여 이 사건 이자수입 누락분을 익금에 산입하지 아니하여야 하므로, 이 사건 제1처분 중 이 사건 이자수입 누락분이 포함되지 않았을 경우의 금액을 초과하는 부분은 위법하다. 또한 이 사건 제2처분과 관련하여 원고 은행이 이 사건 할인액 상당 이자소득금액에 대한 법인세를 원천징수하여 납부할 의무를 부담함을 전제로 한 피고의 원고들에 대한 원천징수불이행가산세 및 지급명세서미제출가산세 부과처분도 위법하다.

그러므로, 이 사건 각 처분 중 원고 은행에 대하여 한 별지 1 목록 ①항 기재 세목의 ②항 기재 과세기간에 대한 ③항 기재 세액(가산세 포함)의 부과처분 중 ④항 기재세액을 초과하는 부분, 원고 금융지주회사에 대하여 한 별지 2 목록 ①항 기재 세목의 ②항 기재 과세기간에 대한 ③항 기재 세액(가산세 포함)의 부과처분 중 ④항 기재 세액을 초과하는 부분은 각 취소되어야 할 것이다.

3. 결론

그렇다면 원고들의 이 사건 청구는 모두 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

별지 3

관계 법령

■ 구 금융지주회사법(2013. 8. 13. 법률 제12099호로 개정되기 전의 것)

제2조(정의)

① 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. "금융지주회사"라 함은 주식(지분을 포함한다. 이하 같다)의 소유를 통하여 금융업을 영위하는 회사(이하 "금융기관"이라 한다) 또는 금융업의 영위와 밀접한 관련이 있는 회사를 대통령령이 정하는 기준에 의하여 지배(이하 "지배"라 한다)하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서 다음 각 목에 모두 해당하는 것을 말한다.

가. 1 이상의 금융기관을 지배할 것

나. 자산총액이 대통령령으로 정하는 기준 이상일 것

다. 제3조에 따라 금융위원회의 인가를 받을 것

■ 민법

제479조(비용, 이자, 원본에 대한 변제충당의 순서)

① 채무자가 1개 또는 수개의 채무의 비용 및 이자를 지급할 경우에 변제자가 그 전부를 소멸하게 하지 못한 급여를 한 때에는 비용, 이자, 원본의 순서로 변제에 충당하여야 한다.

② 전항의 경우에 제477조의 규정을 준용한다.

■ 구 법인세법(2011. 12. 31. 법률 제11128호로 개정되기 전의 것)

제71조(징수 및 환급)

③ 납세지 관할 세무서장은 제73조에 따른 원천징수의무자가 그 징수하여야 할 세액을 징수하지 아니하였거나 징수한 세액을 기한까지 납부하지 아니하면 지체 없이 원천징수의무자로부터 그 원천징수의무자가 원천징수하여 납부하여야 할 세액에 상당하는 금액에 제76조 제2항에 따른 가산세액을 더한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 다만, 원천징수의무자가 원천징수를 하지 아니한 경우로서 납세의무자가 그 법인세액을 이미 납부한 경우에는 원천징수의무자에게 그 가산세만 징수한다.

제76조(가산세)

② 제73조에 따른 원천징수의무자가 원천징수하였거나 원천징수하여야 할 세액을 납부기한까지 납부하지 아니하거나 부족하게 납부하는 경우에는 다음 각 호에 해당하는 금액 중 큰 금액을 가산세로서 더한 금액을 납부하여야 한다. 다만, 원천징수의무자가 국가나 지방자치단체인 경우에는 예외로 한다.

1. 납부하지 아니한 세액(부족하게 납부한 경우에는 그 부족한 세액) × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율. 이 경우 그 금액은 납부하지 아니한 세액(부족하게 납부한 경우에는 그 부족한 세액)의 100분의 10을 한도로 한다.

2. 납부하지 아니한 세액(부족하게 납부한 경우에는 그 부족한 세액)의 100분의 5

⑦ 납세지 관할 세무서장은 제120조, 제120조의2 또는 「소득세법」 제164조, 제164조의2에 따른 지급명세서를 제출하여야 할 내국법인이 「소득세법」 제164조 제1항·제164조의2 제1항에 따른 기한까지 제출하지 아니하였거나 같은 조에 따라 제출된 지급명세서가 대통령령으로 정하는 불분명한 경우에 해당하는 경우에는 그 제출하지 아니한 분의 지급금액 또는 불분명한 분의 지급금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수한다.

■ 구 법인세법(2013. 1. 1. 법률 제11607호로 개정되기 전의 것)

제1조(정의)

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

6. "연결납세방식"이란 둘 이상의 내국법인을 하나의 과세표준과 세액을 계산하는 단위로 하여 제2장의3에 따라 법인세를 신고·납부하는 방식을 말한다.

제73조(원천징수)

① 다음 각 호의 금액(금융보험업을 하는 법인의 수입금액을 포함하되, 대통령령으로 정하는 금융회사 등에 지급되는 소득으로서 대통령령으로 정하는 것과 법인세가 부과되지 아니하거나 면제되는 소득 등 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)을 내국법인에 지급하는 자(이하 이 조에서 "원천징수의무자"라 한다)가 그 금액을 지급하는 경우에는 지급하는 금액에 100분의 14 (「소득세법」 제16조 제1항 제11호의 비영업대금의 이익인 경우에는 100분의 25)의 세율을 적용하여 계산한 금액에 상당하는 법인세를 원천징수하여 그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 납세지 관할 세무서등에 납부하여야 한다.

1. 「소득세법」 제127조 제1항 제1호의 이자소득금액

④ 원천징수의무자를 대리하거나 그 위임을 받은 자의 행위는 수권 또는 위임의 범위에서 본인 또는 위임인의 행위로 보아 제1항을 적용한다.

⑤ 제1항에 따라 대통령령으로 정하는 금융회사 등이 내국법인(거주자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)이 발행한 어음이나 채무증서를 인수·매매·중개 또는 대리하는 경우에는 금융회사 등과 그 내국법인 간에 대리 또는 위임의 관계가 있는 것으로 보아 제1항을 적용한다.

제76조의8(연결납세방식의 적용 등)

① 내국법인(비영리법인 등 대통령령으로 정하는 법인은 제외한다)과 해당 내국법인이 완전 지배하는 다른 내국법인[청산중인 법인 등 대통령령으로 정하는 법인은 제외한다. 이하 이 장에서 "완전자법인"(完全子法人)이라 한다]은 대통령령으로 정하는 바에 따라 국세청장의 승인을 받아 연결납세방식을 적용할 수 있다. 이 경우 완전자법인이 둘 이상일 때에는 해당 법인 모두가 연결납세방식을 적용하여야 한다.

■ 법인세법 시행령

제111조(원천징수)

⑥ 법 제73조를 적용할 때 이자소득금액의 지급시기는 「소득세법 시행령」 제190조 각 호에 규정된 날로 한다. 다만, 제61조 제2항 제1호부터 제7호까지 및 제10호의 법인이 같은 법 시행령 제190조 제1호에 따른 조건의 어음을 발행하여 매출하는 경우에는 해당 어음을 할인매출하는 날에 이자등을 지급하는 것으로 보아 원천징수하고, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 신탁업자가 운용하는 신탁재산에 귀속되는 소득금액은 「소득세법」 제155조의2에 따른 특정일에 지급하는 것으로 보아 원천징수한다.

■ 법인세법 시행규칙

제56조(원천징수대상 이자소득금액의 계산)

법 제73조의 규정을 적용함에 있어서 차입금과 이자의 변제에 관한 특별한 약정이 없이 차입금과 그 차입금에 대한 이자에 해당하는 금액의 일부만을 변제한 경우에는 이자를 먼저 변제한 것으로 본다. 다만, 비영업대금의 이익의 경우에는 「소득세법 시행령」 제51조 제7항의 규정을 준용한다. 끝.

1) 다만, 아래에서 보듯이 원고 금융지주회사에 대한 법인세(가산세 포함) 중 2011 사업연도 지급명세서 미제출 가산세 99,821,006원, 2012 사업연도 지급명세서 미제출 가산세 99,661,389원, 2013 사업연도 지급명세서 미제출 가산세 75,316,875원은 위와 같은 대위변제와 관련되는 것이 아니라 아래에서 보는 원천징수와 관련된다.

2) 한편, 위 교육세 부과처분 중 2010년 제2기분 교육세와, 2012년 제4기분의 경우 원고 은행이 이미 신고 · 납부한 금액에 신용보증 관련 교육세액이 포함되어 있었고, 이에 따라 피고는 원고 은행이 이미 신고 · 납부한 금액에 포함되어 있는 교육세액을 반영하여 이를 초과하는 부분에 대하여만 교육세액을 증액 · 경정하였다(갑 제1호증의 9, 18). 피고의 교육세 과세표준·세액 증액경정이 있는 경우 당초 신고나 결정은 증액경정처분에 흡수됨으로써 독립한 존재가치를 상실하므로(대법원 2009. 5. 14. 선고 2006두17390 판결 등), 별지 1 목록의 ③항 중 2010년 제2기분, 2012년 제4기분 각 교육세는 당초신고 내용과 증액경정된 내용을 합한 부분이다.

3) 원고 금융지주회사에 대한 2011 내지 2013 사업연도 지급명세서미제출가산세는 별지 2 목록 중 ③항 기재 세액 중 일부이다.

4) 피고는 답변서 제9면에서 이 사건 제2처분의 근거는 구 법인세법 제73조 제5항이 아니라 같은 조 제4항이라고 명시적으로 밝혔다.