대전지방법원-2015-구합-100128 (2016.10.05)

사 건

2015구합100128 법인세등부과처분취소

원 고

주식회사 AAA

피 고

아산세무서장

변 론 종 결

2016. 7. 20.

판 결 선 고

2016. 10. 5.

주 문

1. 피고가 2013. 3. 28. 원고에 대하여 한 2007 사업연도 법인세 1,038,095,855원의 부과처분 중 768,064,388원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 3/4은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2013. 3. 28. 원고에 대하여 한 2007 사업연도 법인세 및 가산세 1,038,095,855원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2004. 11. 1. 설립된 회사로 서울 강남구 논현동 85-9에 본사를 두고 도

매업, 무역업, 광고대행업 등을 영위하다가 2007. 11. 5. 본사를 아산시 배방읍 세교리293-5 제2동으로 이전하였다(이하에서는 위와 같이 이전한 본사를 ‘이전본사’라 한다).

나. 원고는 위와 같이 본사를 이전한 후 bbb, ccc, ddd, eee을 직원으로

신규 채용하였고, 원고의 2007 사업연도 법인세에 대하여 구 조세특례제한법(2007. 12.31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제63조의2에 의한 임시특별세액감면 규정을 적용하여 2007 사업연도에 이전본사 근무인원이 이전 후에 받은 급여총액이 원고의 전체인원이 받는 연간급여총액에서 차지하는 비율인51.1%를 감면비율로 산정하였으며, 이에 따라 피고에게 원고의 2007 사업연도 법인세1,843,046,768원 중 941,808,050원을 감면받는 것으로 신고하였다가, 누락된 비과세 급여를 산입하여 감면비율을 49.31%로, 감면세액을 908,871,124원으로 수정신고하였다.

다. 중부지방국세청장은 2013. 3.경 원고에 대한 세무조사를 실시하여 원고의 직원들

중 bbb, ccc은 원고가 본사이전 후 새로 영위한 사업인 제조업에 종사하였고, eee, ddd, fff, ggg는 이전본사에서 근무하지 않았음을 확인하고, 위 직원들

을 이전본사 근무인원에서 제외하여 원고의 2007 사업연도 법인세 감면비율을 재산정

하라는 취지의 과세자료를 피고에게 통보하였다.

라. 이에 따라 피고는 2013. 3. 28. 아래 <표1> 기재와 같이 원고의 법인세 감면비율

을 재산정하여 원고에게 아래 <표2> 기재와 같이 재산정한 2007 사업연도 법인세

1,038,095,855원(가산세 포함)을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

<표1>

성 명 입사일 퇴사일 연간급여총액(원) 이전 후 급여총액(원)

ggg 2005. 1. 1. 50,634,820 22,500,000

fff 2006. 9. 1. 85,162,618 이전본사 근무부인

iii 2007. 7. 9. 11,675,861 6,574,577

ggg 2005. 1. 1. 34,548,000 이전본사 근무부인

xxx 2006. 3. 1. 2007. 3. 31. 5,233,568 -

xxx 2005. 1. 1. 2007. 3. 31. 8,055,330 -

xxx 2003. 11. 1. 2007. 5. 31. 12,460,727 -

xxx 2004. 11. 1. 2007. 5. 31. 17,578,640 -

합 계 225,349,564 29,074,577

※ 감면비율 : 이전본사 근무인원비율 50%(= 2/4)와 이전본사 근무인원 급여비율

12.90%(= 29,074,577/225,349,564) 중 더 작은 비율인 12.90%

<표2>

(단위 : 원)

산출세액 감면세액 가산세 총결정세액 기납부세액 차감징수세액

1,843,046,768 237,789,699 368,822,667 1,974,079,736 935,983,881 1,038,095,855

라. 이에 불복하여 원고는 2013. 6. 26. 대전지방국세청장에게 이의신청을 하였으나

위 이의신청은 2013. 7. 25. 기각되었고, 2013. 10. 25. 조세심판원장에게 심판청구를

하였으나 위 심판청구는 2014. 10. 17. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 6호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체

의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고의 직원들 중 fff, ggg는 본사 이전 전부터 근무하던 직원으로 권

재령은 광고관련 기획업무, 광고매체사 관리 등의 광고대행업무를 수행하였고, 본사 이전 후에도 주로 거래처 및 광고매체사 관리 업무를 수행하였으며, ggg는 국내외 상

표권 관리 및 등록, 거래처 광고제작관련 업무, 각종 기획, 서무업무를 수행하였고, 본

사 이전 후에는 신규 광고 거래처 개척을 위한 광고영업업무도 수행하였다. fff과

ggg는 위와 같은 업무의 특성상 사무실에 상시 근무하지 아니하였을 뿐 원고의 이

전본사에서 근무하였다. 그럼에도 fff, ggg가 이전본사에서 근무하지 않았다고

보아 이전본사 근무인원에서 제외하여 법인세 감면비율을 산정한 이 사건 처분은 위법

하다.

2) 원고의 직원들 중 eee, ddd은 원고가 본사를 이전하면서 신규 채용한

직원으로 eee은 해외유학 경험을 살려 해외유통업무를 수행하였고, ddd은 스튜

어디스로 근무한 경험을 살려 국내 도․소매, 서비스 부문 업무를 수행하였으므로, ccc과 ddd은 이전본사에서 근무한 인원에 해당한다. 그럼에도 위 직원들이 이전본

사에서 근무하지 않았다는 이유로 이전본사 근무인원에서 제외하여 법인세 감면비율을

산정한 이 사건 처분은 위법하다.

3) 원고의 직원들 중 bbb, ccc은 원고가 본사를 이전하면서 신규 채용한

직원으로 bbb은 원고의 총괄이사로서 이전본사가 아산시 현지에 무리 없이 정착할

수 있도록 하는 전반적인 업무를 수행하였고, bbb의 부인인 ccc은 bbb의 비

서역할 및 경영지원부서에서 필요로 하는 일반적인 업무를 수행하였다. 그럼에도 이은

용, ccc이 제조업 또는 제조업을 영위하기 위한 준비업무를 수행하였고, 제조업은

원고가 본사를 이전한 후 새로이 영위한 업종이라는 이유로 위 직원들을 이전본사 근

무인원에서 제외하여 법인세 감면비율을 산정한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 관련 법리

구 조세특례제한법 제63조의2 제1항 제2호, 제2항 제2호, 제3항에 의하면, 법인

이 본사를 수도권 외의 지역으로 대통령령이 정하는 바에 따라 2008. 12. 31.까지 이전하여 사업을 개시하는 경우에는 ‘당해 과세연도의 과세표준에서 토지․건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익을 차감한 금액’에 ‘당해 과세연도 이전본사 근무인원이 이전 후에 받는 급여총액이 법인 전체인원이 받는 연간급여총액에서 차지하는 비율’과 ‘당해 과세연도 이전본사 근무인원이 수도권안의 본사 근무인원과 이전본사 근무인원의 합계인원에서 차지하는 비율’ 중 작은 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는소득에 대하여, 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 법인세 전액을, 그 다음 2년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 법인세의 50/100에 상당하는 세액을 감면하도록 규정하면서, 여기서 ‘이전본사 근무인원’이라 함은 수도권 외의 지역으로 이전한 본사에서 본사업무에 종사하는 상시근무인원의 연평균인원에서 이전일부터 소급하여 3년이 되는 날이 속하는 과세연도에 이전본사에서 본사업무에 종사하던 상시근무인원의 연평균인원을 차감하여계산한 인원을 말하며, ‘수도권 안의 본사 근무인원’이라 함은 본사의 이전 후 수도권 안에서 본사업무에 종사하는 상시근무인원의 연평균인원을 말한다고 규정하고 있는바,

위 각 규정에 의한 법인세 감면의 요건에 관한 증명책임은 그 감면사유를 주장하는 납

세의무자에게 있다고 할 것이고(대법원 1996. 4. 26. 선고 94누12708 판결, 1968. 10.8. 선고 68누161 판결 등 참조), 한편 ‘수도권 외의 지역으로 이전한 본사에서 본사업무에 종사하는 상시근무인원’에 해당하는지 여부는 구체적인 사건에서 당해 직원들의 근무장소, 근무형태, 업무내용 및 업무의 지시 복명 관계 등 제반 사정을 종합하여 판단하여야 한다(대법원 2008. 10. 23. 선고 2008두7830 판결 등 참조).

그리고 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건

을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리

적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건

규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세

공평의 원칙에도 부합한다 할 것이다(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결, 대법원 2008. 10. 23. 선고 2008두7830 판결 등 참조).

2) fff, ggg가 이전본사 근무인원에 해당하는지 여부

을 제2호증, 을 제3호증의1, 2, 을 제4호증의1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취

지를 보태어 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고의 본사가 이전할 당시 fff

의 주소는 서울 강남구 논현동이었고, 2007. 12. 24. 서울 강남구 압구정동으로, 2008. 4. 22. 다시 서울 강남구 논현동으로 주소를 옮겼으며, 원고의 본사가 이전할 당시 ccc의 주소는 서울 구로구 구로동이었고, 2008. 1. 28. 용인시 수지구 풍덕천동으로, 2008. 3. 11. 서울 용산구 한강로2가로 주소를 옮겼는바, 원고의 본사가 2007. 11. 5. 서울 강남구 논현동에서 아산시로 소재를 옮겼음에도 fff, ggg는 계속 서울에거주한 것으로 보이는 점, ② 이전본사에서 근무한 bbb은 ‘fff, ggg를 만난적이 없고, fff, ggg가 이전본사에서 일한 적도 없다’라고 진술하고 있는 점, ③ 이전본사 근무인원이라 함은 수도권 외의 지역으로 이전한 본사에서 본사업무에 종사하는 상시근무인원을 의미하는바, 가사 서울 또는 수도권에서 주로 근무하는 fff, ccc가 가끔 아산시로 이전한 원고의 본사에 들러 업무를 수행하였다고 하더라도 그러

한 사정만으로 fff, ggg가 이전본사에서 상시근무하였다고 볼 수는 없는 점, ④

fff, ggg가 이전본사에서 수행한 구체적인 업무가 무엇인지 알 수 있는 아무런

자료가 없는 점 등에 비추어 보면, 갑 제10호증의 기재만으로는 fff, ggg가

2007. 11. 5.부터 2007. 12. 31.까지 이전본사에서 근무하였다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 fff, ggg는 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항, 제3항에서 정한 이전본사 근무인원에 해당하지 아니하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3) eee, ddd이 이전본사 근무인원에 해당하는지 여부

을 제2호증, 을 제3호증의1, 2, 을 제4호증의3, 4의 각 기재에 변론 전체의 취

지를 보태어 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고의 본사가 이전할 당시 eee

의 주소는 서울 강남구 논현동이었고, 2008. 5. 8. 천안시 신방동으로 주소를 옮겼으며, ddd의 주소는 2005. 10. 28.부터 계속 서울 강남구 개포동이었는바, eee, ddd은 2007. 11. 5. 원고 회사에 입사하였음에도 계속 서울에 거주한 것으로 보이는 점,

② 이전본사에서 근무한 bbb은 ‘eee, ddd을 만난적이 없고, eee, ddd이

이전본사에서 일한 적도 없다’라고 진술하고 있는 점, ③ 이전본사 근무인원이라 함은

수도권 외의 지역으로 이전한 본사에서 본사업무에 종사하는 상시근무인원을 의미하는

바, 가사 eee이 원고의 해외유통업무를 수행하였고, ddd이 원고의 국내 도․소

매, 서비스 부문 업무를 수행하였다고 하더라도 아산시로 이전한 원고의 본사에서 지

속적으로 근무하지 않은 이상 이전본사에서 상시근무하였다고 볼 수는 없는 점, ④ ccc, ddd이 이전본사에서 수행한 구체적인 업무가 무엇인지 알 수 있는 아무런 자

료가 없는 점 등에 비추어 보면, 갑 제10호증의 기재만으로는 eee, ddd이 2007.

11. 5.부터 2007. 12. 31.까지 이전본사에서 근무하였다고 인정하기에 부족하고, 달리

이를 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 eee, ddd는 구 조세특례제한법 제63조의

2 제2항, 제3항에서 정한 이전본사 근무인원에 해당하지 아니하므로, 원고의 이 부분

주장도 이유 없다.

4) bbb, ccc이 이전본사 근무인원에 해당하는지 여부

수도권 외의 지역으로 본사를 이전한 법인에 대한 법인세액 감면 비율을 산정

함에 있어 법인이 본사를 이전하기 전부터 영위하던 사업과 동일한 업종에 종사한 직

원만이 ‘이전본사 근무인원’에 포함되는지에 관하여 살피건대, ① 앞서 본 구 조세특례

제한법 제63조의2 제2항 제2호, 제3항, 같은 법 시행령 등 관련 법령의 문언을 살펴보

아도 본사 이전 전부터 영위하던 사업과 동일한 업종에 종사한 직원만이 ‘이전본사 근

무인원’에 해당한다고 볼 만한 아무런 근거를 찾을 수 없는 점, ② 구 조세특례제한법

(2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정되기 전의 것) 제63조의2 제2항 제2호는 ‘본사를 이전한 경우에는 당해 사업에서 발생하는 소득에 수도권생활지역 외의 지역으로 이전한 본사근무인원의 연간급여총액이 법인 전체인원의 연간급여총액에서 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득’에 대한 법인세를 감면한다고 규정하여 본사이전 전부터 영위하던 사업에서 발생하는 소득만을 법인세 감면 대상으로 규정하였다

가 2000. 12. 29.자로 위 법률을 개정하면서 ‘당해 사업에서 발생하는 소득’ 부분을 삭제하였는바, 본사 이전 후 새로이 개시한 사업에서 발생한 소득도 법인세 감면대상 과세표준에 해당한다고 보이는 점, ③ 구 조세특례제한법 제63조의2 등의 취지는 법인의수도권 외 지역으로의 이전을 장려하여 수도권 외 지역의 고용창출 및 경제활성화를 도모하기 위한 것인데, 수도권 외의 지역으로 본사를 이전한 법인이 이전 후에 새로운 영업을 개시하여 사업을 확장하고 추가적인 소득을 거두는 것이 위와 같은 취지에 반한다고 보기도 어려운 점 등을 종합하여 보면, 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항 제2호 나목의 ‘이전본사 근무인원’이 본사 이전 전 영위하던 사업에 종사하는 직원에 한정된다고 볼 수 없고, 본사 이전 후 새로 개시한 사업에 종사하는 직원 또한 ‘이전본사근무인원’에 포함된다고 할 것이다.

이 사건에 관하여 보건대, 갑 제8호증의1, 2, 갑 제9, 11호증, 을 제3호증의1, 2

의 각 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 보면, bbb, ccc은 2007. 11. 5.경부터

원고의 이전본사에서 자동차부품 제조업 및 위 제조업을 영위하기 위한 준비업무를 수

행한 사실, 원고는 bbb으로부터 공장 등 자동차부품 제조업을 영위하기 위한 시설

을 양수하여 자동차부품 제조업을 시작하였고, 2008. 3.경부터 그로 인한 매출이 발생

한 사실을 인정할 수 있는바, bbb, ccc은 원고의 이전본사에서 원고가 본사 이전

후 새로 개시한 업종인 자동차부품 제조업에 종사한 직원으로서 구 조세특례제한법 제

63조의2 제2항, 제3항에서 정한 이전본사 근무인원에 포함된다고 할 것이다.

이에 대하여 피고는, 원고가 2007. 11. 5.부터 2007. 12. 31.까지 bbb, bbb에게 지급한 40,100,000원(= bbb 26,800,000원 + ccc 13,300,000원)은 공장인

수 대가일 뿐 근로제공의 대가라고 볼 수 없으므로 이를 ‘이전본사 근무인원이 이전

후에 받은 급여’라고 볼 수 없다고 주장하나, 갑 제9, 11, 12, 13호증, 을 제3호증의1,

2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① bbb은 ‘원고에 입사하기 전 아내인 ccc과 자동차부품 제조업을 영위하고 있었는데,

원고에게 공장 등 자동차부품 제조시설을 양도한 후 원고의 직원으로 입사하였고, 입

사 후에도 이전과 같이 자동차부품 만드는 일을 계속하였다’고 진술하고 있는 점, ②

원고는 bbb, ccc에게 2007. 11. 5.부터 2007. 12. 31.까지 40,100,000원의 급여를

지급한 것 외에 별도로 bbb에게 공장 등 자동차부품 제조시설을 양수한 대가로

48,100,000원을 지급한 것으로 보이는 점, ③ 원고의 급여규정 제10조, 제11조 제1항은 상여금 지급일 현재 1개월 이상 재직한 사원에게는 상여금을 전액 지급하고, 정기상여급의 지급시기는 매월 12월 26일로 한다고 규정하고 있는바, 원고가 bbb, ccc에게 2007. 12.경 상여금을 지급한 것이 조세를 회피하기 위하여 지급한 것이라고 볼 수 없는 점 등을 종합하여 보면, bbb, ccc은 2007. 11. 5.부터 2007. 12. 31.까지 원고의 직원으로서 자동차부품 제조 업무를 수행하여 원고로부터 합계 40,100,000원의 급여를 받았다고 보이고, 을 제6호증의1, 2, 을 제7호증, 을 제10호증의1, 2, 을 제11호증의1 내지 4, 을 제13, 14, 15호증의 각 기재만으로는 이를 뒤집기에 부족하다.

결국 bbb, ccc은 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항, 제3항에서 정한

이전본사 근무인원에 포함된다고 할 것이므로, bbb, ccc이 2007. 11. 5.부터

2007. 12. 31.까지 받은 급여 40,100,000원은 이전본사 근무인원이 이전 후에 받은 급 여로서 법인세 감면대상 소득을 산출하기 위한 비율에 포함되어야 할 것인바, 그럼에도 이를 제외하여 감면비율을 산정한 이 사건 처분은 위법하다.

5) 정당한 세액

bbb, ccc이 2007. 11. 5.부터 2007. 12. 31.까지 받은 급여를 이전본사 근

무인원이 이전 후에 받은 급여에 포함하여 아래 <표3> 기재와 같이 산정한 원고의

2007 사업연도 법인세 감면비율은 22.31%이므로, 이를 적용하여 아래 <표4> 기재와

같이 산정한 원고의 2007 사업연도 법인세(가산세포함)는 768,064,388원이다. 따라서

피고가 2013. 3. 28. 원고에 대하여 한 2007 사업연도 법인세 1,038,095,855원의 부과처분 중 768,064,388원을 초과하는 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.

(별지)

관계 법령

■ 구 조세특례제한법(2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것)

제63조의2(법인의 공장 및 본사의 수도권외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면)

① 다음 각호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 "수도권외 지역이전법인"이라 한다)은 제2항

내지 제4항의 규정에 의하여 법인세를 감면 받을 수 있다. 다만, 소비성서비스업, 대통령령

이 정하는 부동산업 및 건설업을 영위하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 수도권 과밀억제권역안에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 영위하거나 3년

이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 "본사"라 한다)를 둔 법인일 것

2. 공장시설의 전부 또는 본사를 수도권외의 지역(공장시설을 광역시로 이전하는 경우에는

「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 의한 산업단지에 한한다. 이하 이 조에서 같다)으로

대통령령이 정하는 바에 따라 2008년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나 수도

권외의 지역에 2011년 12월 31일까지 공장 또는 본사를 신축하여 사업을 개시할 것(공

장 또는 본사의 부지를 2008년 12월 31일까지 보유하고 2008년 12월 31일이 속하는 과

세연도의 과세표준신고시에 이전계획서를 제출하는 경우에 한한다)

② 수도권외 지역이전법인은 다음 각호의 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음

과세연도의 개시일부터 4년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 법인세의 전액을, 그 다

음 2년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감

면한다.

1. 공장을 이전한 경우에는 당해 공장에서 발생하는 소득

2. 본사를 이전한 경우에는 과세연도별로 가목의 금액에 나목 또는 다목중 작은 비율을 곱

하여 산출한 금액에 상당하는 소득

가. 당해 과세연도의 과세표준에서 토지·건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차

익을 차감한 금액

나. 당해 과세연도 이전본사 근무인원이 이전 후에 받는 급여총액이 법인 전체인원이 받

는 연간급여총액에서 차지하는 비율

다. 당해 과세연도 이전본사 근무인원이 수도권안의 본사 근무인원과 이전본사 근무인원

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의 합계인원에서 차지하는 비율(동 비율이 100분의 50 미만인 경우에는 이를 영으로

본다)

3. 공장과 본사를 함께 이전한 경우에는 제1호 및 제2호의 소득을 합하여 산출한 금액에

상당하는 소득. 다만, 당해 과세연도의 소득금액을 한도로 한다.

③ 제2항 제2호의 규정을 적용함에 있어서 이전본사 근무인원이라 함은 수도권 외의 지역으로

이전한 본사(이하 이 조에서 "이전본사"라 한다)에서 본사업무에 종사하는 상시근무인원의

연평균인원(매월 말 현재의 인원을 합하고 이를 해당 월수로 나누어 계산한 인원을 말하며,

이전일부터 소급하여 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 이후 수도권 외의 지역에서 본사업

무에 종사하는 근무인원이 이전본사로 이전한 근무인원을 제외한다)에서 이전일부터 소급

하여 3년이 되는 날이 속하는 과세연도에 이전본사에서 본사업무에 종사하던 상시근무인원

의 연평균인원을 차감하여 계산한 인원을 말하며, 수도권 안의 본사 근무인원이라 함은 본

사의 이전 후 수도권 안에서 본사업무에 종사하는 상시근무인원의 연평균인원을 말한다. 이

경우 이전일이 속하는 과세연도에는 이전 후 근무인원을 기준으로 연평균인원을 계산한다.

끝.