서울행정법원-2017-구합-6457 (2018.08.23)

사 건

2017구합6457 종합소득세부과처분취소

원 고

류OO

피 고

△△세무서장

변 론 종 결

2018. 7. 5.

판 결 선 고

2018. 8. 23.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2015. 5. 6. 원고에 대하여 한 2009년 귀속 종합소득세 000,000,000원(가산세 포함, 이하 같다)의 부과처분 및 2016. 2. 1.1) 원고에 대하여 한 2010년 귀속종합소 득세 00,000,000원, 2011년 귀속 종합소득세 000,000,000원, 2012년 귀속 종합소득 세 000,000,000원, 2013년 귀속 종합소득세 000,000,000원의 각 부과처분을 모두 취 소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 주식회사 AA(변경 전 상호 : aa 주식회사, 이하 ‘AA’라 한다)은 곡물 제분·제조업 등을 목적으로 하는 법인이고, 영농조합법인 BB(이하 ‘BB’라 한다)는 AA가 제조한 사료를 공급하는 사업 등을 목적으로 2002. 10. 21. 설립된 법인이며, 농업회사법인 CC 주식회사(이하 ‘CC’라 한다)는 농·수·축산업의 경영 등을 목적으로 하는 법인으로, 원래 AA가 직영으로 운영하던 시험농장을 보다 효율적으로 경영하기 위해 2004. 2. 26. 법인으로 설립한 것이다. 원고는 2014. 12. 24.까지 AA의 대표이사로 재직하였다.

나. □□지방국세청장은 2013. 9. 27.부터 2014. 2. 19.까지 AA, BB, CC에 대하여 법인세 조사를 실시하였고, 그 결과 ① AA에서 0,000,000,000원(2009년 00,000,000 원, 2010년 000,000,000원, 2011년 000,000,000원, 2012년 000,000,000원)이, ② BB에서 0,000,000,000원(2009년 000,000,000원, 2010년 000,000,000원, 2011년 000,000,000원, 2012년 000,000,000원, 2013년 000,000,000원)이, ③ CC에서 0,00 0,000,000원(2009년)이 각 사외유출되어 원고에게 귀속된 것으로 보아 원고에 대한 상여 또는 배당으로 소득처분을 하고 위 각 법인들에게 소득금액변동통지를 하였는데, ① AA와 관련하여 사외유출된 것으로 본 위 금액에는 AA에서 현금시재액으로 계상한 자금 중 원고가 개인 용도로 사용한 000,000,000원(2009년 00,000,000원, 2010년 00 0,000,000원, 이하 ‘이 사건 현금시재액’이라 한다)이 포함되어 있고, ② BB와 관련하 여 사외유출된 것으로 본 위 금액은 BB에서 매출금액을 원고에게 대여한 후 법인장부 에 가지급금으로 계상하지 않은 0,000,000,000원에 대한 인정이자(이하 ‘이 사건 인정 이자’라 한다)이며, ③ CC와 관련하여 사외유출된 것으로 본 위 금액에는 CC이 폐업 일까지 회수하지 않은 원고에 대한 가지급금 등 합계 0,000,000,000원(원고에게 지급 된 것으로 계상된 가지급금 중 미회수된 0,000,000,000원, 원고에게 지급되었지만 미 계상된 가지급금 00,000,000원, 원고에게 지급된 양돈 매출대금 중 장부에 미계상된 가지급금 000,000,000원, 이하 ‘이 사건 가지급금 등’이라 한다)이 포함되어 있다.

다. 피고는, □□지방국세청장의 위 소득처분 및 소득금액변동통지에 따라 원고에게 2015. 5. 6. 2009년 귀속 종합소득세 0,000,000,000원(가산세 포함, 이하 같다), 201 6. 2. 1. 2010년 귀속 종합소득세 00,000,000원, 2011년 귀속 종합소득세 000,000, 000원, 2012년 귀속 종합소득세 000,000,000원, 2013년 귀속 종합소득세 000,000, 000원을 각 결정․고지하였고, 이후 위 2009년 귀속 종합소득세에서 기납부세액 및 이 를 공제하여 재계산한 가산세 차액분 합계 000,000,000원을 감액경정하였으며, 청림 축산 원천세 고지납부분을 기납부세액으로 공제하여 000,000,000원을 추가 감액경정 하였다.

라. 원고는 이 사건 처분 중 2009년 귀속 종합소득세 부과처분에 불복하여 2015. 8.11., 2010년부터 2013년 귀속 각 종합소득세 부과처분에 대해서는 2016. 5. 2. 각 이의신청을 하였으나 기각되었고, 이 사건 처분 중 2009년 귀속 종합소득세 부 과처분에 대하여는 2015. 12. 17., 2010년부터 2013년 귀속 각 종합소득세 부과처 분에 대해서는 2016. 9. 8. 각 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2017. 7. 11. 기 각되었다

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

피고의 이 사건 처분 중 이 사건 현금시재액, 이 사건 인정이자 및 이 사건 가지급 금 등과 관련한 부분은 아래와 같은 사유로 위법한데, 피고가 제출한 자료만으로는 정 당한 세액을 산출할 수 없으므로 이 사건 처분의 전부 취소를 구한다.

1) AA의 재무팀은 각 현업부서에서 긴급하게 현금을 요청하는 경우 인수증을 받고 현금을 지급하여 준 다음 동액을 반환하거나 지출증빙을 제출하면 인수증을 돌려주는 방식으로 업무처리를 하고 있다. 원고 또한 인수증을 작성하여 주고 AA의 현금시재를 일시적으로 사용하였고, 이후 이를 모두 반환하였는바, 원고가 사용한 현금시재액은 회수를 전제로 한 가지급금에 해당하는 것으로 봄이 타당하므로, 원고가 AA의 현금시 재를 일시적으로 사용하였다거나 이 사건 현금시재액이 원고의 횡령금액으로 인정되었 다는 것만으로, 위 현금시재액이 사외유출되어 원고에게 귀속된 것으로 볼 수 없다.

2) 피고는 원고가 BB의 지분 55%를 보유하고 있는 출자자로서 법인세법 시행령 제87 조 제1항 제2호에서 정하고 있는 BB의 특수관계인에 해당하는 것으로 보았다. 그러나 원고는 BB의 주식을 소유하거나 그 주주권을 행사한 사실이 없으므로, 원고가 BB로부 터 0,000,000,000원의 자금을 무상으로 대여받았다고 하더라도, 법인세법상 부당행위 계산부인 규정을 적용하여 그 인정이자를 BB의 익금에 산입하고 이를 다시 원고에 대 한 배당으로 소득처분할 수 없다. 설령 원고가 BB의 특수관계인에 해당한다고 하더라 도, 위 0,000,000,000원 전부를 BB가 원고에게 대여한 가지급금으로 볼 수는 없다.

3) 피고는 CC의 폐업일에 원고와의 특수관계가 소멸한 것으로 보아 폐업일까지 회수 하지 않은 이 사건 가지급금 등을 CC의 익금에 산입한 후 위 가지급금등이 사외유출 되어 원고에게 귀속된 것으로 보아 2009년 귀속 종합소득세 부과처분을 하였다. 그러 나 업무무관 가지급금은 특수관계인에 대한 채권일 뿐이므로 이를 특수관계가 소멸할 때까지 회수하지 않았다고 해서 법인의 순자산이 증가하거나 감소하지는 않으므로, 구 체적인 법령의 근거 없이 특수관계가 소멸하는 날까지 회수하지 않은 업무무관 가지급 금을 당해 법인의 익금에 산입하는 내용의 세무조정을 할 수 없고, CC가 폐업하였다 고 하더라도 주주인 원고와의 특수관계가 소멸한 것으로 볼 수도 없으므로, 이 사건 가지급금 등이 CC의 폐업일까지 회수되지 않았음을 이유로 이를 CC의 익금에 산입하 거나 원고에 대한 배당으로 소득처분할 수 없다. 설령 CC의 폐업일에 이 사건 가지급 금 등이 사외유출되어 원고에게 귀속된 것으로 볼 수 있다고 하더라도, 법인세법 시행 령(2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것) 제106조 제1항 제1호 나목 에서 상여처분의 대상으로 정하고 있는 ‘임원’에는 사실상 임원까지 포함된다고 할 것 인데, 원고는 CC이 설립될 당시부터 그 경영전반의 의사결정과 집행에 적극적으로 참 여하고 회계와 업무에 관한 감독권을 행사한 ‘사실상 임원’에 해당하므로, 이 사건 가 지급금 등은 원고에 대한 ‘상여’로 소득처분하여야 한다. 그런데, 피고는 이 사건 가지 급금 등을 CC의 2008 사업연도 익금에 산입하였으므로, 이를 원고에 대한 상여로 소 득처분함에 있어서도 그 귀속시기를 2008년으로 보아야 하고, 그 경우 이 사건 가지급 급 등에 관한 종합소득세의 부과제척기간 기산일은 2009. 6. 1.이 됨에도, 피고는 위 부과제척기간의 기산일로부터 5년 이상 경과한 2015. 5. 6. 원고에 대하여 종합소득세 를 경정·고지하였으므로, 이 사건 처분 중 이 사건 가지급금 등에 관한 종합소득세 부 과처분은 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호에 따른 5년의 부과제척기간이 도과하여 무효이다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 원고는 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(횡령)죄 등으로 징역 0년을 선고받 았는데, 위 법원은 공소사실에 대하여는 BB 자금에 대한 원고의 업무상 보관자의 지 위를 인정하기 어려움을 이유로, 제2, 3항 기재 각 공소사실에 대하여는 범죄의 증명 이 없는 경우에 해당함을 이유로 각 무죄로 판단하였다(다만, 제2, 3항 기재 각 공소 사실의 경우 그와 각 일죄관계에 있는 [유죄 부분]란 기재 각 범죄사실을 유죄로 인정 하여 주문에서 따로 무죄를 선고하지는 않았다).

2) 원고와 검사 모두 제1심 판결에 불복하여 항소하였는데, 검사는 항소심에서 BB에 대한 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(횡령)의 점과 관련하여 예비적으로 ‘원고 가 ㅈㅈㅈ와 공모하여 BB 자금을 횡령하였다’는 취지의 공소사실을 추가하는 내용으 로 공소장변경허가신청을 하였고, 항소심은 이를 허가한 후 제1심 판결을 파기하고 원고에 대하여 징역 0년에 집행유예 0년을 선고하였다.

3) 원고와 검사 모두 위 항소심 판결에 불복하여 상고하였으나 원고와 검사의 상고가 모두 기각됨에 따라 위 항소심 판결이 확정되었다(이하 원고에 대한 위 확정 판결과 관련한 형사사건을 ‘이 사건 관련 형사사건’이라 한다).

4) □□지방국세청장의 BB에 대한 세무조사 과정에서 그 대표이사였던 ㅈㅈㅈ은 진술 을 하였다

5) BB의 관할 과세관청인 bb세무서장은 2014. 3. 11.부터 2015. 2. 3.까지 BB에 대 한 세액 중 55%에 해당하는 세액에 대해 원고를 BB의 제2차 납세의무자로 지정하였 는데, 원고는 조세심판원에 위 제2차 납세의무자 지정처분의 취소를 구하는 심판청구 를 하였으나 2015. 12. 29. 기각되었고, 이후 2016. 3. 29. 위 제2차 납세의무자 지 정처분 등의 취소를 구하는 행정소송을 제기하였다가 2016. 7. 6. 위 소를 취하하고, 원고에게 부과된 세액을 납부하였다.

6) □□지방국세청장은 이 사건 관련 형사 사건 판결에서 원고가 ㅈㅈㅈ와 공모하여 횡령한 것으로 인정된 BB의 자금 0,000,000,000원(이하 ‘이 사건 BB자금’이라 한다) 을 원고에 대한 가지급금으로 보아 산정된 인정이자 0,000,000,000원을 BB에 대한 법인세 경정시 익금산입하고, 원고에게 배당으로 소득처분을 하였다.

7) □□지방국세청장은 CC 폐업시 미회수한 가지급금 합계 0,000,000,000원을 CC에 대한 법인세 경정시 익금산입하고, 원고에 대한 배당으로 소득처분하였다.

8) 원고가 실질적으로 CC의 지분 100%를 보유하고 있고, 등기사항전부증명서상 200 5년 이후 CC의 임원 현황은 아래와 같으며, 원고가 CC의 임원으로 등재된 내역은 존재하지 않는다.

9) CC는 2008. 12. 1. 보유한 양돈 및 유형자산 일체를 2008. 3.경부터 CC농장을 위 탁받아 운영하였던 ㅎㅎㅎ에게 매각하고, 2008. 12. 31. 폐업하였다.

라. 판단

1) 이 사건 처분 중 AA(이 사건 현금시재액) 관련 부분에 대한 판단

가) 법인의 대표이사 또는 실질적 경영자 등의 횡령 등 법인의 자금을 유용하는 행위 는 애당초 회수를 전제로 하여 이루어진 것이 아니어서 그 금액에 대한 지출 자체로서 이미 사외유출에 해당하고, 그 사외유출금 중 대표이사 또는 실질적 경영자 등에게 귀 속된 부분에 관하여 일단 소득세 납세의무가 성립하면 사후에 그 귀속자가 소득금액을 법인에게 환원시켰다고 하더라도 이미 발생한 납세의무에 영향을 미칠 수 없다(대법원 2001. 9. 14. 선고 99두3324 판결 등 참조).

나) 살피건대, 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정 들을 종합하면, 이 사건 현금시재액이 사외로 유출되어 원고에게 귀속된 것으로 봄이 상당하므로, 피고가 위 현금시재액이 원고에 대한 상여로 소득처분되어야 함을 전제로 이 사건 처분을 한 것은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 이유 없다.

① AA의 대표이사였던 원고는 AA의 현금시재로 계상된 이 사건 현금시재액을 개인적 용도로 사용하였고, 이와 관련하여 이 사건 관련 형사 사건에서 원고가 이 사건 현금 시재액을 횡령하였다는 범죄사실을 유죄로 인정한 판결이 확정되었다. 또한 이 사건 관련 형사 사건의 제1심에서 원고 및 변호인은 AA의 현금시재를 개인적인 용도로 사 용하기는 하였으나 그 직후에 즉시 반납하였으므로 횡령의 고의나 불법영득의 의사가 없다는 주장을 하였으나, 원고가 현금시재로부터 사용한 돈을 즉시 반환하였다고 인정 하기 어렵고, 설령 개인적인 용도로 이를 사용한 후 변제하였다고 하더라도 회사를 위 한 목적으로만 사용하여야 할 현금시재를 개인적인 용도에 사용하기 위하여 출금한 이 상 이미 업무상 횡령은 기수에 이르렀다는 이유로, 위 주장이 받아들여지지 않았다.

② 원고는 AA에 인수증을 작성하여 주고 이 사건 현금시재액을 인출한 후 이를 모두 반환하였으므로, 위 현금시재액은 회수를 전제로 한 가지급금에 해당하는 것으로 보아 야 하고, 위 현금시재액이 사외유출되어 원고에게 귀속된 것으로 볼 수 없다고 주장한 다. 그러나 현금시재는 현금성 경비지출이 필요한 경우를 대비하여 법인이 보관하고 있는 현금 및 그 등가물로서 지출시 증빙서류를 갖추어 회계처리하는 항목으로, 실제 현금의 지출은 있었지만 거래의 내용이 불분명하거나 거래가 완전히 종결되지 않아 계 정과목(용도)이나 금액이 미확정인 경우에 그 지출액에 대한 일시적인 채권을 표시하 는 과목인 가지급금과 구별되는 것이므로, 원고가 AA의 현금시재로 계상된 자금을 개 인적인 용도로 사용한 이상, 원고의 위 주장과 같이 AA에 인수증을 작성하여 주고 현 금시재를 사용하였다는 등의 사정만으로 이 사건 현금시재액이 가지급금에 해당한다고 할 수 없으므로, 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

③ 나아가, 원고는 이 사건 현금시재액 전부를 AA에 반환하였으므로, 위 현금시재액이 사외유출되어 원고에게 귀속되었다고 할 수 없고, AA 재무팀은 현업부서에서 현금을 요청하는 경우 인수증을 받고 현금을 지급하여 준 다음 동액을 반환받거나 지출증빙이 제출되면 인수증을 돌려주는 방식으로 업무처리를 하고 있으므로, 이 사건 현금시재액 중 적어도 검찰에서 원고의 집무실을 압수수색 하던 중 발견된 인수증(이하 ‘이 사건 인수증’이라 한다)에 기재된 금액 합계 000,000,000원은 AA에 반환한 것으로 보아야 한다고 주장한다. 그러나, 원고가 이 사건 현금시재액 전부 또는 일부를 AA에 반환하 였다고 볼 만한 객관적인 증빙 자료가 존재하지 않는 점, 이 사건 현금시재액 중 일부 에 대하여는 법인 경비로 사용된 것처럼 허위의 전표가 작성되기도 한 것으로 보이는 점, AA의 재무팀 직원이었던 ㄷㄷㄷ가 수사기관에서 원고로부터 현금시재 관련한 돈을 실제로 돌려받은 적이 없고, 원고가 시키는 내용대로 입금 부분을 기재하였을 뿐이라 고 진술한 점, 검찰에서 압수한 이 사건 인수증이 어떠한 경위로 작성되어 원고가 보 관하게 된 것인지 불분명한 점, 이 사건 관련 형사 사건의 판결에서도 원고가 이 사건 현금시재액을 AA에 반환한 것으로 보기 어렵다고 판단한 점 등을 고려할 때, 원고의 위 주장 역시 받아들이기 어렵다.

2) 이 사건 처분 중 BB(이 사건 인정이자) 관련 부분에 대한 판단

가) 법인세법 제52조 제1항은 ‘납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법 인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인과의 거래로 인하 여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에 는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계 없이 그 법인의 각 사업연도의 소득 금액을 계산할 수 있다’고 규정하고 있고, 그 위임에 따른 법인세법 시행령 제87조 제 1항은 ‘법 제52조 제1항에서 대통령령으로 정하는 특수관계인이란 법인과 다음 각호의 어느 하나의 관계에 있는 자를 말한다’고 규정하면서, 제2호에서 ‘주주(소액주주 등을 제외한다) 등과 그 친족’을 들고 있다.

한편, 민사나 행정재판에 있어서는 형사재판의 사실인정에 구속을 받는 것은 아니라고 하더라도 동일한 사실관계에 관하여 이미 확정된 형사판결이 유죄로 인정한 사실은 유 력한 증거자료가 되므로 민사나 형사재판에서 제출된 다른 증거들에 비추어 형사재판 의 사실 판단을 채용하기 어렵다고 인정되는 특별한 사정이 없는 한 이와 반대되는 사 실은 인정할 수 없다(대법원 2012. 5. 24. 선고 2011두28240 판결 등 참조).

나) 위와 같은 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정들을 종합하면, 원고는 BB의 지분 55%를 실질적으로 보유한 주주로서 BB의 특수관계인에 해당하고, 이 사건 BB 자금 0,000, 000,000원이 원고에게 가지급금으로 지급된 것으로 봄이 상당하므로, 피고가 그에 대 한 이 사건 인정이자가 원고에 대한 배당으로 소득처분되어야 함을 전제로 이 사건 처 분을 한 것은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 이유 없다.

① 이 사건 관련 형사 사건에서 제1심과 항소심 모두 원고를 BB의 지분 55%를 보유 한 주주로 인정하였고, 제1심은 BB의 자금에 대한 원고의 업무상 보관자 지위가 인정 되지 않음을 이유로 ‘원고가 BB 자금 0,000,000,000원을 횡령하였다’는 공소사실을 무죄로 판단하였으나, 항소심은 검사가 공소장 변경을 통해 예비적으로 추가한 ‘원고 가 2005. 4. 1.경부터 2010. 4. 23.경까지 총 83회에 걸쳐 ㅈㅈㅈ와 공모하여 ㅈㅈㅈ 가 업무상 보관 중인 BB의 법인자금 합계 0,000,000,000원을 횡령하였다’는 공소사실 을 유죄로 인정하였고, 이후 위 항소심 판결이 그대로 확정되었다.

② BB의 대표자였던 ㅈㅈㅈ은 이 사건 관련 형사 사건의 수사과정 및 □□지방국세청 장의 BB에 대한 세무조사 과정에서 원고가 BB설립 당시부터 그 지분 55%를 실질적 으로 보유하고 있고, 원고의 요구에 따라 BB의 자금 00억 원 가량이 원고에게 지급되 었다고 일관되게 진술하였다.

③ bb세무서장은 원고가 BB의 지분 55%를 보유한 것으로 보아 원고를 제2차 납세의 무자로 지정하였는데, 원고는 그에 따른 납세의무를 이행하였고, 원고는 이 사건 관련 형사 사건의 수사 과정에서 BB로부터 00억 원 정도를 받은 사실을 인정하였던 것으로 보이며, 재판 과정에서도 BB로부터 원고에게 지급된 법인 자금의 액수에 대하여는 다 투지 않았다. 또한 □□지방국세청장은 BB가 원고에게 무상으로 가지급금 0,000,000, 000원을 지급한 것이 부당행위계산부인 대상에 해당한다고 보아 이 사건 인정이자를 익금산입하여 BB에게 법인세를 과세하였는데, BB는 위 가지급금의 액수 및 그에 대한 인정이자를 익금산입한 것에 대하여는 다투지 않은 것으로 보인다.

④ 원고는, ㅈㅈㅈ이 사건 관련 형사 사건의 수사 과정에서 원고에게 지급한 BB의 자 금 중 0억 0,000만 원 내지 0억 원 가량은 AA에 대한 사료대금의 이자 명목으로 지급 한 것이라고 진술한 점 등을 들어 0,000,000,000원 전부를 원고에 대한 가지급금으로 볼 수 없다고 주장한다. 그러나 ㅈㅈㅈ은 이 사건 관련 형사 사건의 수사 과정에서 원 고 측에서 외상으로 준 사료대금의 이자를 내놓으라면서 가져간 돈이 0억 0,000만원 에서 0억 원 가량 된다고 진술하였을 뿐, 위 돈을 실제로 외상 사료대금의 이자로 지 급하였다는 것이 아니고, 오히려 ㅈㅈㅈ은 수사 과정에서 일관되게 원고의 요구에 따 라 BB의 자금 00억 원 가량을 원고에게 지급하였다고 진술하였을 뿐만 아니라, 이 사 건 관련 형사 사건에서 원고가 BB의 자금 0,000,000,000원을 교부받아 횡령한 것으로 인정한 판결이 확정되었으므로, 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

3) 이 사건 처분 중 CC(이 사건 가지급금 등) 관련 부분에 대한 판단

가) 이 사건 가지급금 등 관련 소득처분의 적법 여부(부당행위계산의 존부)

⑴ 법인세법 제52조 제1항은 ‘납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장은 내국법 인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인과의 거래로 인하 여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에 는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 ’부당행위계산‘이라 한다)에 관계 없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다’고 규정하고 있고, 제67조에서 제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여·배당·기타사외유출·사내유보 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다’고 규정하고 있다. 또한 법인세법 시행령 제87조 제1항은 ‘법 제52조 제1항 에서 대통령령으로 정하는 특수관계인이란 법인과 다음 각 호의 어느 하나의 관계에 있는 자를 말한다’고 규정하면서, 제2호에서 ‘주주 등(소액주주 등을 제외한다)과 그 친족’을 들고 있다.

⑵ 위 각 규정에 의하면, 법인세법상의 부당행위계산이 성립하기 위해서는 ① 법인과 특수관계자와의 거래일 것, ② 법인의 부당한 행위 또는 소득금액의 계산이 있을 것, ③ 그 행위 또는 소득금액의 계산이 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 감소시킬 것 등의 요건을 갖추어야 할 것인데, 원고가 CC의 주식 100%를 보유한 주주로서 CC와 사이에 특수관계에 있는 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다. 나아가, CC이 법인세법상 부당행위계산에 해당하는 ‘부당한 행위 또는 소득금액의 계산’을 하였는지 여부 및 그 러한 부당한 행위 내지 소득금액의 계산이 CC의 법인소득에 대한 조세의 부담을 감소 시켰는지의 여부에 관하여 보건대, 주식회사가 장부상 특수관계자에 대하여 ‘가지급금’ 으로 계상하여 둔 것은 그 특수관계자로부터 그 가지급금을 회수할 것이 전제된 것이 므로, 만일 주식회사가 특수관계자로부터 그 가지급금을 회수하지 않는 등으로 인하여 사실상 회수를 포기하거나 회수가 불가능한 상황으로 놓이게 한다면, 이는 법인세법상 ‘부당행위계산 부인’의 대상이 되는 ‘부당행위’의 한 행위유형으로서 법인세법 시행령 (2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것) 제88조 제1항 제9호의 ‘그 밖에 제1호 내지 제7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우’에 해당하고[부당행위에는 적극적 인 작위행위뿐만 아니라 출자자 등에 금전을 대여하고 그 이자수익을 포기하는 것과 같이 발생한 권리를 포기하는 소극적인 부작위행위도 포함한다(대법원 1989. 1. 17. 선고 87누901 판결 참조)], 그 가지급금은 결국 사외로 유출되어 특수관계자에게 확정 적으로 귀속된 것으로 평가함이 상당하다.

이 사건에 관하여 보건대, 위에서 인정한 사실 및 변론 전체의 취지에 의하면,

① CC는 2008. 12. 31. 폐업을 하면서 그 폐업일까지는 물론 그 이후에도 원고로부터 이 사건 가지급금 등을 회수하지 않은 사실, ② 오히려 CC는 이 사건 가지급금 중 일 부는 원고로부터 이를 회수하지 않았음에도 원고가 상환한 것으로 장부에 계상하였고, 나머지는 가지급금으로 계상하지 않은 사실, ③ CC는 2008. 12.1. 보유한 양돈 및 유 형자산 일체를 ㅎㅎㅎ에게 매각하였고, 폐업한 이후에는 더 이상 목적 사업을 영위하 고 있지 않은 사실을 인정할 수 있는바, 이에 의하면, CC이 폐업하여 아무런 사업을 영위하지 아니하고 해산 및 청산절차를 밟지 않고 있으므로, CC는 폐업 무렵에 이미 사실상 청산되었고, 그 때에 CC와 원고 사이의 특수관계도 소멸되었다고 할 것이며, 그럼에도 CC는 폐업 당시는 물론 그 이후에도 원고로부터 이 사건 가지급금 등을 회 수하지 않고, 오히려 장부에 이 사건 가지급금 등을 원고로부터 상환받은 것으로 기재 하거나 미기재함으로써 사실상 이 사건 가지급금 등의 회수를 포기하였거나 회수가 불 가능한 상황으로 놓이게 하였다고 할 것이므로, 결국 이러한 CC의 이 사건 가지급금 등 회수의 포기 등은 법인세법상 부당행위계산 부인의 대상이 되는 ‘부당행위’라 할 것이다[한편, 법인세법 기본통칙 4-0…6(가지급금 등의 처리기준)3)에서 ‘특수관계자 와의 자금거래에서 발생한 가지급금 등과 동 이자상당액이 특수관계가 소멸할 때까지 회수되지 아니한 경우에는 이를 법인세법시행령 제106조의 규정에 의하여 처분한 것 으로 본다. 다만, 회수하지 아니한 정당한사유가 있거나 회수할 것이 객관적으로 입증 되는 경우에는 그러하지 아니하다’고 규정하고 있는바, 국세청의 기본통칙이 과세관청 내부에 있어서 세법의 해석기준 및 집행기준을 시달한 것으로서 행정청 내부를 규율하 는 행정규칙에 불과할 뿐 법원이나 국민을 기속하는 효력이 있는 법규가 아니므로, 기 본통칙 그 자체가 과세처분의 적법한 근거가 될 수 없음은 조세법률주의의 원칙상 당 연하다 할 것이나(대법원 2007. 2. 8. 선고 2005두5611 판결 등 참조), 사외유출된 가 지급금 등의 처리에 관한 세부적인 기준을 정하고 있는 위 기본통칙은 법인세법 시행 령 제106조의 규정을 구체화한 것에 불과하므로, 법원으로서는 기본통칙에 구속되지는 않으나, 부당행위계산 해당 여부를 판단함에 있어 기본통칙의 관련 규정을 그 기준의 하나로 적절히 참고할 수 있고, 이 사건 가지급금 등의 미회수와 관련한 CC의 행위가 법인세법상의 부당행위계산에 해당하는 것으로 볼 수 있는 이상 기본통칙의 법규성 여 부 등에 관계 없이 이 사건 가지급금 등과 관련한 이 사건 처분은 일응 적법하다고 할 것이다].

또한, 법인세법상 부당행위계산 부인에 있어 ‘법인소득에 대한 조세 부담의 감소’는 그 부당한 행위로 인하여 당해 사업연도의 법인세 부담의 감소가 바로 있는 경우는 물론, 당장에는 조세 감소가 없지만 부당행위계산이 부인되지 않고 그대로 유지된다면 장차 법인세 부담의 감소가 있게 되는 경우도 포함된다고 할 것인데, CC이 2008 사업연도 에 원고로부터 이 사건 가지급금 등의 회수를 포기하였는바, 이 사건 가지급금 등의 회수 포기가 당해 사업연도의 법인세 등 조세 부담을 현실적으로 감소시켰는지에 관계 없이, CC는 2008 사업연도부터 이 사건 가지급금 등을 회수하는 때가 속하는 사업연 도까지 CC의 익금으로 소득금액의 계산대상이 되는 이사건 가지급금 등에 대한 이자 를 회수하지 못하게 되었고, 이러한 결과는 결국 이 부분에 관한 법인세 부담의 감소 로 이어진다 할 것이다

따라서 이 사건 가지급금 등은 사외로 유출되어 특수관계자인 원고에게 확정적으로 귀 속되었다고 봄이 상당하므로, □□지방국세청장은 CC이 2008. 12. 31. 폐업함에 따라 원고와의 특수관계가 소멸하였음에도 불구하고 원고로부터 이 사건 가지급금 등을 회 수하지 아니한 행위를 법인세법 제52조에 따라 부당행위로서 부인하고, 제67조의 규정 에 따라 소득처분을 할 수 있다고 할 것이다.

나) 부과제척기간의 도과 여부

⑴ 이 사건 가지급금 등 관련 소득처분의 성격

㈎ 법인세법 제67조 및 법인세법 시행령(2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되 기 전의 것) 제106조 제1항 제1호는 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 ① 귀속 자가 주주 등(임원 또는 사용인인 주주 등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 ‘배당’(가목), ② 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 ‘상여’(나 목)로 소득처분을 하도록 규정하고 있다.

㈏ 그런데, ① 법인세법 시행령 제42조 제1항은 ‘임원’을 ‘1. 법인의 회장, 사장, 부사 장, 이사장, 대표이사, 전무이사 및 상무이사 등 이사회의 구성원 전원과 청산인, 2. 합명회사, 합자회사 및 유한회사의 업무집행사원 또는 이사, 3. 유한책임회사의 업무 집행자, 4. 감사, 5. 그 밖에 제1호부터 제4호에 준하는 직무에 종사하는 자’라고 규 정하여 ‘임원’에 대한 정의규정을 두고 있는 점, ② 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 나목 소정의 ‘임원’을 이와 다르게 볼 이유가 없고, 임원에 관한 위 정의규정에 서 ‘그 밖에 제1호부터 제3호에 준하는 직무에 종사하는 자’도 임원에 포함시키고 있 는 점, ③ 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서에서 ‘법인의 경영을 사실상 지 배하고 있는 자를 대표자로 한다’는 취지로 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 법인 등기나 정관에 기재된 임원은 아니지만 사실상 경영에 참여하여 경영전반의 의사결정 과 집행에 적극적으로 참여하거나 회계와 업무에 관한 감독권을 행사하는 자는 법인세 법 시행령 제106조 제1항 제1호의 ‘임원’에 포함된다고 할 것이다.

㈐ 위와 같은 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 이 사건 관련 형사사건의 판결 에서는, ① 원고가 CC이 설립된 후 실질적으로 100%의 지분을 보유하고 있는 사실, ② 원고가 CC 설립 이후 AA 직원 ㄹㄹㄹ, 원고의 처조카 사위 ㅂㅂㅂ, 동생 ㅊㅊㅊ를 순차적으로 CC의 대표이사로 등재하고, AA의 직원들로 하여금 CC의 법인 통장 관리 와 작업일보 수령 등 CC의 자금 관리·집행 및 운영에 관련된 모든 업무를 담당하게 하는 방법으로 CC를 운영한 사실, ③ 원고가 CC의 수익금을 관리하던 AA의 자산관리 부 임직원에게 CC의 법인자금을 대표이사 가지급금 명목으로 인출하여 원고의 개인 용도로 사용할 것을 지시한 사실 등을 인정한 후 원고가 CC의 대표이사 혹은 그에 준 하여 CC의 자금 보관이나 운영에 관한 사실상의 사무를 처리하여 온 자로서 CC 자금 의 업무상 보관자의 지위에 있었다고 보아 원고의 CC 자금에 대한 업무상 횡령죄의 성립을 인정하였는바, 이에 의하면 원고는 CC의 경영전반의 의사결정과 집행에 적극 적으로 참여하고 회계와 업무에 관한 감독권을 행사하는 자로서 법인세법시행령 제10 6조 제1항 제1호의 ‘임원’에 해당한다고 봄이 상당하다

㈑ 따라서 이 사건 가지급금 등이 원고에게 귀속되었음을 전제로 한 소득처분은 주주 등에 대한 ‘배당’이 아닌 임원에 대한 ‘상여’로 이루어졌어야 한다.

⑵ 부과제척기간의 도과 여부

㈎ 국세기본법(2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26 조의2 제1항 제1호는 국세의 부과제척기간에 관하여 ‘납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간’이라고, 같은 항 제3호는 ‘제1호 등에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세 를 부과할 수 있는 날부터 5년간’이라고 규정하고 있었다. 그런데 2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정된 국세기본법은 제26조의2 제1항 제1호 후단에 ‘이 경우 부정행위 로 포탈하거나 환급·공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 법인세법 제67조에 따 라 처분된 금액에 대한 소득세에 대해서도 그 소득세를 부과할 수 있는 날부터 10년간 으로 한다’는 규정(이하 ‘개정규정’이라 한다)을 신설하였다. 개정규정의 적용과 관련하 여 국세기본법 부칙(2011. 12. 31. 법률 제11124호) 제2조 제1항은 ‘제26조의2 제1항 제1호 후단의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 최초로 법인세법 제67조에 따라 처분 하는 금액부터 적용한다’고 규정하고 있다.

위와 같은 개정규정은, 판례가 법인의 사기 기타 부정한 행위로 인하여 법인세의 부과 제척기간이 10년에 해당하더라도 법인의 대표자가 귀속분명으로 인한 상여처분 또는 귀속불분명으로 인한 상여처분을 받을 것까지 모두 예상하여 그로 인해 부과될 소득세 를 포탈하기 위하여 행한 것으로 보기 어렵다는 이유로 상여처분 또는 인정상여처분으 로 인한 종합소득세에 관한 부과제척기간이 원칙적으로 5년이라고 판시하자(대법원 20 10. 1. 28. 선고 2007두20959 판결, 대법원 2010. 4. 29. 선고 2007두11382 판결 등 참조), 법인세법에 의하여 소득처분된 금액에 대한 조세범처벌법의 적용을 배제한 구 조세범처벌법(2010. 1. 1. 법률 제9919호로 전부 개정되기 전의 것) 제9조의2 제2호 를 삭제함과 아울러 사기 기타 부정행위로 포탈한 법인세와 관련하여 상여, 배당 등으 로 처분한 금액에 대한 소득세의 부과제척기간도 법인세와 마찬가지로 10년으로 삼기 위하여 마련된 것이다.

한편 조세법률주의를 규정한 헌법 제38조, 제59조의 취지에 의하면 국민에게 새로운 납세의무나 종전보다 가중된 납세의무를 부과하는 규정은 그 시행 이후에 부과요건이 충족되는 경우만을 적용대상으로 삼을 수 있음이 원칙이고 특별한 예외규정이 없는 한 그 시행시기 이전에 이미 종결한 과세요건사실에 소급하여 적용하는 것은 허용될 수 없지만(대법원 2011. 9. 2. 선고 2008두17363 전원합의체 판결 등 참조), 헌법 제13 조 제2항 내지 국세기본법 제18조 제2항에서 말하는 소급입법은 이미 과거에 완성된 사실․법률관계를 규율의 대상으로 하는 이른바 진정소급효를 가지는 입법만을 말하는 것이므로, 개정 법률 시행 후 최초로 제척기간의 진행이 시작되는 것부터 새로운 입법 을 적용하는 경우에는 진정소급효 또는 부진정소급효의 입법에 속하지 아니하고(대법 원 2001. 9. 14. 선고 2000두406 판결, 헌법재판소 2003. 6. 26. 선고 2000헌바82 결정 등 참조), 개정 법률 시행 당시 사실관계가 진행 중이거나 부과제척기간이 진행 중에 있는 것에 관하여는 이른바 부진정소급효의 입법에 불과하여 원칙적으로 새로운 법령의 적용이 가능하다(대법원 1983. 4. 26. 선고 81누423 판결, 대법원 1999. 9. 3. 선고 98두7060 판결, 대법원 2002. 7. 26. 선고 2001두11168 판결, 헌법재판소 199 7. 6. 26. 선고 96헌바94 결정 등 참조).

개정규정의 부칙규정을 문언대로만 해석하면 법인세법 제67조에 따른 처분이 2012. 1. 1. 이후에 있기만 하면 그 소득처분에 따른 소득세나 법인세의 부과제척 기간은 언제나 10년이 될 수 있지만, 앞서 본 바와 같이 진정소급입법은 허용되지 않으므로 2012. 1. 1. 이후 소득처분이 이루어진 경우라고 하더라도 개정규정의 시행일 전에 이미 부과제척기간이 도과한 경우에는 개정규정의 부칙규정을 적용할 수 없다고 보 아야 한다(대법원 2014. 3. 27.자 2013두25627 판결 등 참조). 그러나 개정규정의 시행일 당시 아직 부과제척기간이 도과하지 아니한 상태에서 2012. 1. 1. 이후 소득처 분이 이루어졌다면 개정규정의 부칙규정이 적용되어 그 포탈한 법인세에 관한 상여처 분으로 인한 소득세의 부과제척기간은 10년이 된다고 보아야 할 것이다(대법원 2015. 10. 15.자 2015두45274 판결 등 참조).

㈏ 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에서 말하는 ‘사기 기타 부정한 행위’라고 함은 조세의 포탈을 가능하게 하는 행위로서 사회통념상 부정이라고 인정되는 행위, 즉 조 세의 부과징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극인 행위를 말 하는 것으로서, 어떤 다른 행위를 수반함이 없이 단순한 세법상의 신고를 하지 아니하 거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 이에 해당하지 않는다 할 것이나, 과세대상의 미신고나 과소신고와 아울러 장부상의 허위기장 행위, 수표 등 지급수단의 교환반복 행위, 여러 개의 차명계좌를 반복적으로 이용하는 행위 등 적극적 은닉의도가 나타나 는 사정이 덧붙여진 경우에는 조세의 부과징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 만든 것 으로 인정할 수 있다(대법원 2011. 3. 24. 선고 2010도13345 판결 등 참조). 여기서 적극적 은닉의도가 객관적으로 드러난 것으로 볼 수 있는지 여부는 수입이나 매출 등 을 기재한 기본 장부를 허위로 작성하였는지 여부뿐만 아니라, 당해 조세의 확정 방식 이 신고납세방식인지 부과과세방식인지, 미신고나 허위신고 등에 이른 경위 및 사실과 상위한 정도, 허위신고의 경우 허위 사항의 구체적 내용 및 사실과 다르게 가장한 방 식, 허위 내용의 첨부서류를 제출한 경우에는 그 서류가 과세표준 산정과 관련하여 가 지는 기능 등 제반 사정을 종합하여 사회통념상 부정이라고 인정될 수 있는지에 따라 판단하여야 한다(대법원 2014. 2. 21. 선고 2013도13829 판결 등 참조).

㈐ 위와 같은 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 원고는 이 사건 처분 중 이 사 건 가지급금 등에 관한 소득처분의 성격이 ‘상여’인 경우 그와 관련한 종합소득세 부 과AAAA처분은 부과제척기간을 도과하여 무효라고 주장하나, 이 사건 가지급금 등과 관련한 원고의 2009년 귀속 종합소득세 납세의무는 원고의 주장에 의하더라도 그 부과 제척 기간 기산일이 2009. 6. 1.이므로, 개정규정이 시행된 2012. 1. 1. 당시 5년의 부과제 척기간이 도과하지 않았고, 또한 앞에서 본 바와 같이 CC는 폐업 당시는 물론 그 이 후에도 원고로부터 이 사건 가지급금 등을 회수하지 않고, 오히려 장부에 이 사건 가 지급금 등을 원고로부터 상환받은 것으로 기재하거나 미기재함으로써 사실상 이 사건 가지급금 등의 회수를 포기하였거나 회수가 불가능한 상황으로 놓이게 하는 방법으로 법인세의 부담을 감소시켰는데, 이는 조세의 부과징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위로서 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호가 정한 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈한 경우’에 해당한다고 보아야 하므로, 이 사건 가지급금 등의 소득처분과 관련한 원고의 2009년 귀속 종합소득세 에 관하여는 개정규정이 적용되어 그 부과제척기간이 10년이 된다. 그런데 위 종합소득세 부과제척 기간 기산일인 2009. 6. 1.로부터 10년이 경과하기 전에 이 사건 가지급금 등과 관련 한 피고의 이 사건 처분이 이루어졌으므로, 위 종합소득세의 부과제척기간이 경과하였 다는 원고의 위 주장은 이유 없다

다) 소결

따라서, 피고가 이 사건 가지급금 등이 원고에게 소득처분되어야 함을 전제로 이 사건 처분을 한 것은 적법하므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 이유 없다.

3. 판단

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한

다.