대전지방법원-2021-구단-102937 (2022.06.23)

사 건

2021구단102937 양도소득세부과처분취소

원 고

이MM

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2022. 05. 26

판 결 선 고

2022. 06. 23

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2020. 11. 5. 원고에 대하여 과세한 2019년 귀속 양도소득세 163,129,003원의 부과처분을 취소한다. 피고는 원고가 2020. 11. 5. 제출한 취득가액 경정청구에 대하여 거부한 2020. 11. 19. 경정청구 거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1996. 3. 16. 아버지인 이CC(이하 ‘망인’이라 한다)가 사망함에 따라 ○○시 ◇◇면 ▲▲리 ***-1 답 1,833㎡, 같은 리 ***-2 답 2,331㎡, 같은 리 ***-3 답 437㎡ 합계 4,601㎡(이하 ‘이 사건 농지’라 한다)를 상속으로 취득하였다가, 2019. 12. 30. 6억 2,600만 원에 양도(이하 ‘이 사건 양도’라 한다)하였다.

나. 원고는 2020. 2. 28. 이 사건 농지가 구 조세특례제한법(2021. 12. 28. 법률 제18634호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제69조 제1항에 따른 ‘8년 이상의 직접 경작 농지’에 해당한다는 이유로 양도소득세 감면을 적용하여 2019년 귀속 양도소득세 37,796,564원을 신고·납부하였다.

다. 피고는 2020. 8. 19.부터 2020. 9. 7.까지 원고에 대한 양도소득세 세무조사를 실시한 결과, 2020. 11. 5. 원고에게 ‘이 사건 농지가 구 조세특례제한법 제69조에 따른재촌요건 및 자경요건을 충족하지 아니하며 비사업용토지에 해당한다’고 보아 2019년귀속 양도소득세를 163,503,006원으로 경정·고지하였다.

라. 원고는 위 처분에 불복하여 2020. 11. 5. 피고에게 당초 이 사건 농지의 취득가액을 환산취득가액으로 신고하였으나, 망인이 이 사건 농지를 취득할 당시의 매매계약서에 따른 45,990,000원을 실지취득가액으로 인정하여 2019년 귀속 양도소득세 6,944,652원을 감액하여 달라는 취지의 경정청구(이하 ‘이 사건 경정청구’라 한다)를 하였다. 이에 대하여 피고는 2020. 11. 19. 위 매매계약서에 따른 가액은 상속세 및 증여세법 시행령 제49조 제1항, 제2항에 따른 상속개시일 기준 평가기간내의 취득가액이 아니라는 이유로 원고의 경정청구를 거부하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 거부처분’ 이라 한다).

마. 이에 원고는 2020. 12. 21. 조세심판을 청구하였고, 조세심판원은 2021. 10. 6. ‘이 사건 농지가 구 조세특례제한법 제69조에 따른 감면요건을 충족하지 못한 비사업용 토지에 해당한다고 본 위 처분에 잘못이 없고, 원고가 주장하는 매매계약서에 따른가액은 상속세 및 증여세법 제60조 및 같은 법 시행령 제49조 제1항, 제2항에 따른 평가기간 내의 거래가액이 아닐 뿐만 아니라 평가심의위원회의 심의를 거쳐 시가로 인정된 사실도 없어 이를 취득가액으로 인정할 수 없다. 다만 원고는 이 사건 농지의 취득가액을 1996년 개별공시지가를 기준으로 계산하여 신고하였으나, 상속개시일은 1996. 3. 16.인 반면 1996년 개별공시지가의 공시일자는 1996. 6. 29.이므로 개별공시지가는 1996년이 아닌 1995년 개별공시지가가 적용되어야 한다’는 이유로 ‘이 사건 농지의 취득가액을 29,906,500원으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다’는 결정을 하였다. 이에 따라 피고는 2019년 귀속 양도소득세를 163,129,003원으로 374,003원을 감액경정(당초 양도소득세 부과처분 중 위와 같이 감액되고 남은 부분을 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 26, 27호증(가지번호 있는 것은 가지번호

포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 부과처분에 대한 부분

가) 원고는 2003년부터 2005년까지, 2008년에서 이 사건 양도 전까지 2019년까지 8년 이상 이 사건 농지 인근에서 거주하면서 스스로 경작을 하여 왔는바, 그럼에도 재촌 및 자경 요건을 모두 불인정하고 이 사건 농지가 비사업용 토지에 해당함을 전제로 한 이 사건 부과처분은 위법하여 취소되어야 한다(이하 ‘제1주장’이라 한다).

나) 원고는 2009년에 망인으로부터 상속받은 농지에 대하여 양도세를 신고하였고 당시 ※※세무서에서 현지 확인을 통해 양도소득세를 감면하여 주었는데, 그럼에도 이 사건 농지에 관하여 다시 한 세무조사는 중복조사로서 위법하다. 또한 이 사건 양도소득세에 관한 세무조사 과정에서 원고와 원고의 배우자의 카드사용내역까지 조회하는 등 조사권을 남용하였는바, 위법한 세무조사를 기초로 한 이 사건 부과처분은 위법하여 취소되어야 한다(이하 ‘제2주장’이라 한다).

2) 이 사건 거부처분에 대한 부분

이 사건 농지의 취득가액은 당초 신고한 기준시가가 아닌 원고의 피상속인인 망인이 취득한 가액에 따라야 하는데, 이와 다른 전제에서 그 경정을 거부한 이 사건 거부처분은 위법하여 취소되어야 한다(이하 ‘제3주장’이라 한다).

나. 관계 법령

별지 기재와 같은데, 그 주요 내용은 다음과 같다.

구 조세특례제한법 제69조 제1항은 “농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.”라고 규정하고, 구 조세특례제한법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30390호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법 시행령’이라 한다) 제 66조 제13항은 “법 제69조 제1항 본문에서 ‘대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작’ 이란 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생 식물의 재배에 상시 종사하거나 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기̇의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.”고 규정하고 있다.

구 소득세법(2019. 8. 27. 법률 제16568호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법’이라 한다)에 의하면, 비사업용 토지는 농지의 경우 ‘토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 대통령령이 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지’가 이에 해당하고(제104조의3 제1항 제1호 가목), 이를 양도할 경우에는 구 소득세법 제104조 제1항 제8호에 따른 세율을적용하여 계산한 양도소득 산출세액을 부과하도록 규정하고 있다. 여기에서 ‘대통령령으로 정하는 기간’이란 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 ① ‘양도일 직전 5년중 2년을 초과하는 기간’, ② ‘양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간’, ③ ‘토지 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간(기간 계산은 일수로 한다)’ 모두에 해당하는 기간[구 소득세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30395호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법 시행령’이라 한다) 제168조의6 제1호]을 의미하고, ‘소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지’란 농지의 소재지와 동일한 시·군·구, 연접한 시·군·구 또는 농지로부터 직선거리 30㎞ 이내에 있는 지역에 사실상 거주하는 자가 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제13항에 따른 직접경작(이하 ’자경‘이라고 한다)을 하는 농지를 제외한 농지(구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 가목, 구 소득세법 시행령 제168조의8 제2항)를 의미한다.

다. 이 사건 부과처분의 적법 여부

1) 제1주장에 관한 판단

가) 관련 법리

과세처분에 관한 행정소송에 있어 과세원인 및 과세표준금액 등 과세요건이 되는 사실에 관하여는 특별한 사정이 없는 한 과세관청에 그 입증책임이 있는데(대법원 2007. 2. 22. 선고 2006두6604 판결 등 참조), 양도소득세의 감면요건에 해당하는 사실에 대한 입증책임은 양도소득세의 감면을 주장하는 납세의무자에게 있다고 할 것이나(대법원 1993. 7. 13. 선고 92누11893 판결 등 참조), 양도소득세 감면대상에서 제외되는 비사업용 토지에 해당한다는 사실에 대한 입증책임은 이를 주장하는 과세관청에 있다. 다만 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사정이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 아니하는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수 없다. 특히 과세요건사실 중 ‘원고가 이 사건 농지의 소재지에 거주하지 않았고 자경한 토지가 아니다’는 부분은 ‘거주하고 자경하였다’는 적극사실과 달리 ‘거주하지 않고 자경하지 않았다’는 소극사실을 직접 입증한다는 것은 통상 용이하지 아니하고, 이러한 경우 결국 간접사실 특히 그 중에서도 객관적인 정황에 근거하여 경험칙에 따라 그 입증 여부를 판단할 수밖에 없다(대법원 2012. 10. 25. 선고 2012두7899 판결 등 참조).

나) 인정사실

(1) 원고는 1991. 5. 4.부터 ☆☆시 ●●구 ÅÅ동에 주소를 두었다가 2009. 5. 4. ◆◆ △△군 ∇∇면 §§1길 **-5로 전입신고를 하였고, 이 때 세대주는 원고의 어머니 손FF로 되어 있다. 한편, 원고의 배우자인 이PP은 ☆☆시 ♤♤구 ♧♧동 소재 주택을 임차하는 내용의 임대차계약서를 작성하였고 2009. 10. 28.부터 2011. 10. 27.까지는 전세계약, 2017. 11. 8.부터 2018. 11. 7.까지는 월세계약을 각 체결하였다.

(2) 원고는 2005. 9. 2. ☆☆ ●●구에서 ‘WWW공인중개사사무소‘를 개업하였다가 2010. 9. 24. 폐업하였다. 또한 원고는 2017. 7.부터 현재까지 ☆☆ ♤♤구에서 ‘법무사 이MM 사무소‘를 운영하고 있다.

(3) 2009. 5. 12. 최초로 작성된 농지원부에는 농업인으로 원고가 기재되어 있고 4,601㎡ 면적의 이 사건 농지의 주재배작물로 벼가 표기되어 있다. 한편 2009. 6. 9. 최초로 농업경영체에 등록할 당시 경영주는 원고의 어머니인 손FF로 되어 있고 원고는 경영주 외 농업인으로 기재되었다. ▷▷농업협동조합이 발급한 농약비료구입내역에 따르면 2005년부터 2019년까지 농약비료는 원고의 어머니인 손FF가 구입하였고 2010년, 2014년, 2016년, 2019년의 구입이력은 없으며, 원고가 이를 구입하였다는 내역은 없다. 2006년부터 2008년까지, 2016년부터 2018년까지 쌀 직불금은 모두 손FF가 수령하였다(2008년부터 2016년까지는 수령내역이 없다).

[인정근거] 앞서 든 증거들, 갑 제3, 4, 8, 25호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

다) 구체적 판단

위 인정사실에 앞서 든 증거들과 갑 제8, 12, 15호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 위에서 본 법리에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 원고가 이 사건 농지 소재지에 생활근거지를 두고 거주하면서 8년 이상의 기간 동안 이 사건 농지를 직접 경작하였다고 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다.

① 원고는 2003.경부터 이 사건 농지 소재지에 생활근거지를 두고 이 사건 농지를 직접 경작하였다고 주장하나, 원고는 원고가 주장하는 때로부터 훨씬 이후인 2009. 5.경에 이르러서야 비로소 이 사건 농지 소재지인 ◆◆ △△군 ∇∇면 §§1길 **-5로 전입신고를 하였다.

② 원고는 2009. 5.경 이 사건 농지 소재지로 전입신고를 하기 전까지 가족들과 함께 ☆☆ ♤♤구에 주소지를 두었고, 2005.부터 이 사건 농지 소재지로 전입신고를 한 이후인 2010.경까지는 가족들이 거주하는 ☆☆ ♤♤구 소재에서 공인중개사사무소를 운영하였다. 또한 원고의 가족들은 2009. 10.경부터 2011. 10.경까지, 2017. 11.경부터 2018. 11.경까지 ☆☆ ♧♧구에 거주하였는데, 원고는 2017. 7.부터 현재까지 ☆☆ ♧♧구에서 법무사 사무소를 운영하고 있다.

원고는, 원고가 위 기간 동안 공인중개사사무소를 운영한 사실은 인정하나, 2009년에 50만 원, 2010년에 30만 원의 매출만이 있었던 것(갑 제12호증의2)처럼 지인들의 기본적인 임대차계약 갱신만 1년에 1건 정도 하였을 뿐 사업장에 상주하면서 정상적인 영업을 한 것이 아니고 2009년부터 공인중개사협회 정례회비를 미납해 온 사실(갑 제12호증의 1)로 볼 때도 그러하다고 주장하고, 또한 법무사 사무소를 운영하던 때에도 2017년에는 매달 5건이 안 되는 업무를 하였고 2018년 이후에는 농사일이 바쁠 때에는 일주일 정도 상주하면서 농사를 하였으며 다른 때에는 주말에 농사를 하는 등 이 사건 농지 소재지에 생활근거지를 두면서 자경하였다고 주장한다. 그러나 원고의 주장대로라면 원고가 ☆☆에 소재한 사무소를 운영하면서도 그에 따른 매출은 거의 없고 판매용이 아닌 형제들에게 나누어질 식량을 위해 거의 모든 시간을 농사를 위해 할애하였다는 것인데, 이는 사회통념에 비추어 상당히 이례적이어서 그대로 믿기 어렵다. 또한 원고의 주장에 의하더라도 원고는 2018년 이후에는 농사일이 바쁠 때만 일주일 정도씩 이 사건 농지 소재지에 거주하였다는 것이고, 원고가 자신의 거주기간을 정리하여 제출한 서증(갑 제15호증의 2 내지 10)에 의하더라도 2010년부터까지 ○○에 1,787일을, ☆☆에서 1,135일을 보냈다고 기재되어 있는 것으로 볼 때, 원고가 특별히 이 사건 농지 소재지에 생활근거지를 두고 상시 거주하였던 것은 아닌 것으로 보인다.

③ 원고가 ○○시로 전입한 2009년부터 2018년까지 사용한 신용카드 사용내역의 대다수는 ▩▩권에서 사용된 것이고 ◐◐권역에서 사용된 건수는 매우 적다.

이에 대하여 원고는 원고의 배우자가 신용불량으로 카드거래가 정지되어 원고의 카드를 사용한 것이라고 주장하나, 원고의 배우자 이PP 명의의 CC카드가 거래정지된 사실 및 SS카드의 사용내역이 없다는 점(갑 제16호증의 1, 2)만으로 이PP이 ▩▩권에서 원고의 위 카드를 모두 사용하였다고 단정할 수는 없다.

④ 원고는 2005년부터 2019년까지 농약비료를 자신의 명의로 구입한 바 없고 원고의 어머니인 손FF 명의의 구입내역만이 있을 뿐이다. 또한 그것마저 총 293,900원일뿐이어서, 원고 주장 자경기간이나 이 사건 농지의 면적에 비하여 그 양이 상당히 미미하고, 2010, 2014, 2016, 2019년에는 구입내역마저 없다. 또한 ○○시 ◇◇면에서 정부지원 사업으로 토양개발비료를 지원받았다는 내역에서도 2008년과 2011년 지원대상자는 원고의 어머니인 손FF로 기재되어 있다. 이에 대하여 원고는 원고가 이 사건 농지에서 판매목적으로 농사를 한 것이 아니고 원고와 원고의 형제들이 나누어 갖기 위함이어서 농약 사용을 자제하고 퇴비를 많이 사용하였기에 농약및 화학비료 구입은 최소한으로 한 것이라고 주장하나, 원고는 그 외에도 구입한 종자의 구매내역을 제출한 바 없고 농작물의 구체적인 산출내역에 관하여 주장한 바도 없는바, 원고의 위 주장을 그대로 믿기는 어렵다.

⑤ 원고에 관한 농지원부에 원고가 이 사건 농지를 자경하였다는 취지로 기재되어 있기는 하나, 농지원부가 농지관리 및 농업정책의 효율적인 추진을 위해 작성·비치하는 행정내부자료인 점을 고려할 때 농지원부의 기재만으로 원고가 이 사건 농지를 자경하였다고 인정하기에는 부족하다.

⑥ 설령 원고가 이 사건 농지에서 직접 경작을 하였다고 하더라도, 원고가 ☆☆에서 앞서 본 바와 같은 사무소를 운영하면서 총 면적 4,601㎡라는 상당한 면적의 이 사건 농지에서 농작업의 1/2 이상을 자기의 노동력으로 손수 경작하였다고 보기는 어렵고, 원고의 주장에 의하더라도 원고는 조T 등 동네주민들로부터 농기계의 도움을 받았다는 것인바 원고가 직접 작업한 부분은 전체 농작업 중 2분의 1에는 미치지 못할 것으로 보인다.

⑦ 한편, 원고는 망인이 1980. 1. 22. ◆◆ △△군 ∇∇면 §§리 65 답 3,428㎡를 취득하여 직접 경작하다가 이 사건 농지와 대토하였으므로, 망인의 자경기간을 원고의 자경기간에 산입해야 한다는 취지로 주장하나, 이 사건 농지의 취득 경위에 비추어 위 토지와 이 사건 농지의 동일성을 인정하기 어렵고, 망인은 이 사건 농지를 취득한 1995. 10. 14.로부터 약 5개월 후인 1996. 3. 16. 사망하였는데 망인이 위 기간 중 이 사건 농지를 자경하였다는 점을 인정할 만한 증거도 없다.

2) 제2주장에 관한 판단

가) 피고가 이미 조사했던 토지를 다시 조사하였으므로, 였고 이는 중복조사에 해당하여 위법하다는 주장에 관하여 살피건대, 원고가 주장하는 토지들(◆◆ △△군 ∇∇면 §§리 ***-3, **-1 토지)은 이 사건 농지와는 별개의 토지이고 과세기간 또한 2009년으로 다르므로, 위 토지에 대한 피고의 양도소득세 조사가 있었다고 하더라도 이 사건 양도에 관한 조사는 별개의 과세대상에 관한 것으로 중복조사에 해당하지 않는다.

나) 피고가 세무조사 과정에서 원고와 원고의 배우자의 카드사용내역을 조회한 것이 조사권 남용으로 위법하다는 주장에 관하여 살피건대, 피고는 구 금융실명거래및 비밀보장에 관한 법률(2020. 12. 29. 법률 제17758호로 개정되기 전의 것) 제4조 제1항 제2호의 규정에 따라 양도소득세 탈루 혐의에 대한 세무조사 목적으로 원고 및 그의 배우자의 금융거래내역을 조회할 수 있는 권한이 있는바, 달리 피고가 그 권한을 남용하여 위법한 세무조사를 하였다고 인정할 만한 증거가 없다.

3) 따라서 이 사건 부과처분은 적법하고, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

라. 이 사건 거부처분의 적법 여부: 제3주장에 관한 판단

1) 구 소득세법 제97조 제1항 제1호, 구 소득세법 시행령 제163조 제9항 본문에 의하면, 양도차익 계산에 있어서 필요경비로 공제되는 취득가액이란 그 자산 취득 당시의 실지거래가액을 의미하는데, 상속받은 자산의 경우 ‘상속개시일 현재 상속세 및 증여세법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액’을 취득 당시의 실지거래가액으로 의제하고 있다.

구 상속세 및 증여세법(2020. 12. 22. 법률 제17654호로 개정되기 전의 것) 제60조 제1항, 제2항에 의하면, 상속세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 현재의 시가에 따르되, 그 시가는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상 성립된다고 인정되는 가액으로, 수용가격․공매가격 및 감정가격 등 대통령령이 정하는 바에 의하여 시가로 인정되는 것을 포함한다. 구 상속세 및 증여세법 시행령(2021. 1. 5. 대통령령 제31380호로 개정되기 전의 것) 제49조 제1항 제1호는 위 ‘대통령령이 정하는 바에 의하여 시가로 인정되는 가액’ 중 하나로 상속개시일 전후 6개월 이내의기간 중 매매가 있는 경우에 그 거래가액을 규정하면서, 다만 평가기간에 해당하지 아니하는 기간으로서 평가기준일 전 2년 이내의 기간 중 매매가 있는 경우에도 상속개시일부터 매매계약일까지의 기간 중에 가격변동의 특별한 사정이 없는 경우 납세자나 지방국세청장 또는 관할세무서장이 평가심의위원회의 심의를 거쳐 해당 매매가액을 시가로서 인정할 수 있다고 규정하였다.

2) 살피건대, 원고가 주장하는 시가는 이 사건 농지의 피상속인인 원고의 아버지가 이 사건 농지를 취득할 당시의 거래가액인데, 원고의 아버지가 이 사건 농지를 취득한 매매계약일은 1995. 8. 12.로서 평가기준일인 이 상속개시일 1996. 3. 16.까지의 기간이 6개월을 초과하였고 평가심의위원회의 심의를 거쳐 가액으로 인정된 바도 없다. 따라서 이 사건 농지는 구 상속세 및 증여세법 제61조 제1항에 따라 개별공시지가로 평가되어야 하는바, 원고의 경정청구를 거부한 피고의 이 사건 거부처분은 적법하고, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다