인천지방법원-2019-구합-55952 (2022.10.27)

사 건

2019구합55952 부가가치세 부과처분 취소청구

원 고

주식회사 AAA

피 고

BB세무서장

변 론 종 결

2022.06.30

판 결 선 고

2022.10.27

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 원고에 대하여 한 별지 1 목록 기재 각 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고의 지위 및 협력계약 체결

1) 원고는 1998년경 주식회사 CCC의 출자로 설립된 후 주식회사 CCC의 백신사업부를 인계받아 백신의 제조 및 판매업을 영위하고 있다.

2) 원고는 2001. 4. 30. 글로벌 제약회사인 DDD Vaccines G○○○(당시의 상호는‘C○○○ B○○○ G○○○ & Co’였다) 및 DDD Vaccines S.○.○(당시의 상호는 ‘C○○○ S.○.○.’였다. 이하 ‘DDD Vaccines G○○○’와 ‘DDD Vaccines S.○.○’을 통틀어 ‘DDD’라 한다)과 사이에 5대 소아질병에 대한 액상 형태의 백신인 EEE의 공동개발 및 제조를 위한 협력계약을 체결하였다(이하 ‘이 사건 협력계약’이라 한다).

3) 원고는 이 사건 협력계약에 따라 DDD로부터 EEE의 원재료인 4가 백신을 수입하고 이에 원고가 보유하고 있는 1가 백신을 혼합하여 5가 백신인 EEE을 생산, 판매하였다(이하 이 사건 협력계약에 의한 EEE 개발 및 생산ㆍ판매 거래를 ‘이 사건 거래’라 한다).

나. DDD에 대한 법인세 부과처분

○○지방국세청장은 2015. 12. 14.부터 2016. 4. 29.까지 원고의 2013 사업연도에 대한 법인제세 통합조사를 실시하여, 원고가 DDD와 EEE을 공동개발하여 판매한 거래형태를 공동사업(이하 ‘EEE 공동사업’이라 한다)으로 보아야 한다고 결정하였다(이하 ‘이 사건 세무조사’라 한다). 이후 DDD에 대하여 직권으로 사업자등록을 하고, 해당 사업장에 대하여 2016. 8. 12.부터 2016. 10. 25.까지 2009 내지 2015 사업연도에 대한 법인제세 통합조사를 실시하여, DDD가 4가 백신 원재료를 원고에게 공급하고 수취한 금액에서 원재료 공급가액, 관련 연구비, 판매관리비 등을 공제한 금액을 EEE 공동사업에서 발생한 수익으로 보아 그 사업소득에 대하여 법인세를 부과하였다.

다. 국세청 감사관실의 ○○지방국세청에 대한 감사 경과

1) 국세청 감사관실은 2017. 11. 27.부터 2017. 12. 15.까지 ○○지방국세청에 대한 종합감사를 실시하고, 원고와 DDD의 EEE 공동개발ㆍ판매 거래를 공동사업으로 보았으면 원고와 DDD 중 1인을 대표자로 한 공동사업자(이하 ‘EEE 공동사업자‘라 한다)를 직권등록하여야 하고, EEE 공동사업자를 거래 당사자로 보아 부가가치세 납세의무를 부담하도록 하여야 한다는 취지의 지적을 하였다.

2) ○○지방국세청장은 국세청 감사관실의 위 권고에 따라, 원고의 2013년 제1기부터 2015년 제2기까지 각 매입세액 중 4가 백신 수입과 관련한 매입세액을 불공제하고, 원고가 1가 백신을 EEE 공동사업자에게 공급한 것으로 보아 그 거래 금액을 공급가액에 산입하며, 2012년 제1기부터 2015년 제2기까지 기간에 대하여 EEE 공동사업자의 영세율 과세표준 무신고 및 사업자 미등록에 대한 각 가산세를 부과할 것을 피고에게 통보하였다.

3) 한편, ○○지방국세청장은 2018. 5. 23. 원고에게 ‘원고가 DDD로부터 매입한 4가백신의 2012년 1기~2015년 2기 과세기간별 매입금액’, ‘원고가 EEE 제조를 위해 사용한 1가 백신의 2012년 1기~2015년 2기 과세기간별 사용량 및 사용금액’, ‘원고가 판매한 EEE 제품의 2012년 1기~2015년 2기 과세기간별 매출액’ 등의 자료를 제출할 것을 요구하였다(이하 ’이 사건 자료제출요구‘라 한다).

라. 피고의 원고에 대한 부가가치세 및 가산세 경정ㆍ고지

1) 피고는 ○○지방국세청장의 피고에 대한 위 통보에 따라, 별지 1 목록 기재와 같이 원고에게, 2018. 7. 9. 2013년 제1기 부가가치세 5,xxx,xxx,xxx원을, 같은 해 10. 1. 2013년 제2기 내지 2015년 제2기 부가가치세 22,xxx,xxx,xxx원을 각 경정ㆍ고지하는 한편, 2018. 12. 3. 2012년 제1기 내지 2015년 제2기 영세율무신고가산세 합계 2,xxx,xxx,xxx원을, 2019. 2. 1. 2012년 제1기 내지 2015년 제2기 사업자미등록가산세 8xx,xxx,xxx원을 각 경정ㆍ고지하였다(위 각 과세처분을 통틀어 이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

2) 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 2018. 10. 5., 2018. 12. 27., 2019. 2. 27. 조세심판원에 각 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2020. 6. 8. 원고의 심판청구를 모두 기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6, 11호증, 을 제1, 3, 6, 7, 8호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 당사자들의 주장 요지

가. 원고의 주장

1) 원고와 DDD는 다음과 같은 이유로 공동사업자에 해당하지 아니하므로, 공동사업자에 해당함을 전제로 한 이 사건 각 처분은 모두 취소되어야 한다.

가) 이 사건 거래는 원재료 물질의 판매 거래에 해당하는 것으로서 이를 출자에 해당하는 것으로 볼 수 없고, EEE 생산에 있어 가장 핵심적이고 중요한 부분은 각 구성백신 자체에 대한 연구ㆍ개발 및 생산인데, 원고와 5가 백신을 구성하는 원재료 백신에 관한 연구개발은 단독ㆍ독립적으로 완료한 상태였으며, 원고가 수행하는 2차 배합 등 그 이후의 과정은 단지 5개의 백신을 단순결합하는 부수적인 공정에 불과한 것이었고, 5가 백신을 만들어내는데 공동으로 부담한 연구개발비는 극히 제한적인 부분일 뿐이므로, 일부 공동개발비를 부담하였다고 하여 이를 공동출자에 이르는 것이라고 볼 수는 없다.

나) 원고는 DDD로부터 수입한 4가 백신의 이전가격을 원고의 매출액에서 EEE 제품의 제조 및 판매 과정에서 발생한 원재료비를 차감한 매출총이익의 60%로 산정하였는데, 이는 이익분할법을 활용한 원재료 대가 지급방식으로 사업의 성과에 따른 이익분배에 해당한다고 보기 어렵다. 또한 원고와 DDD를 공동사업자에 해당한다고 보기 위해서는 EEE 판매로 인한 손실을 포함한 모든 위험을 원고와 DDD가 공동으로 부담하여야 하나, 손실을 이익분배와 같은 방식으로 분담한다는 내용의 약정이 존재하지 않고, 마케팅 비용 및 판매관리비도 공동으로 부담하지 아니하였다.

다) 이 사건 협력계약서상 원고와 DDD가 EEE과 관련한 모든 협업기술과 협업재료를 공동으로 소유하도록 규정하고 있으나, 실제로 생성된 협업기술이나 협업재료는 존재하지 아니한다. 원고와 DDD의 협업으로 인해 생성된 것은 오로지 EEE 자체인데, 이는 당초 세계 공공시장에 판매된 때부터 원고가 단독으로 소유하였다.

라) 원고는 EEE 유통, 판매에 관한 영업을 독점적으로 영위하였고, DDD는 원고의 EEE 제조 및 판매 사업에 전혀 관여한 적이 없는바, 각 당사자의 사업운영에 대한 내부적 공동관여가 존재하지 아니한다.

마) 피고는 EEE에 원고와 DDD의 상호를 표기하고 있다고 하여 공동으로 제품판매의 주체로서 활동하고 있다는 취지로 주장하나, 이는 원고가 원재료의 공급자임을 표시하는 것에 불과하고, 원고와 DDD가 각 제품의 판매지역부터 구별되어 있어 대외적으로 공동으로 활동하고 있다고 볼 수 없으며, 각종 마케팅 활동 역시 원고와 DDD의 명의로 각각 이루어졌다.

2) 이 사건 세무조사는 당초 2010 사업연도부터 2015 사업연도까지의 기간을 대상으로 한 것이었는데, 피고가 다시 원고에 대하여 한 이 사건 자료제출요구는 국세기본법이 금지하는 위법한 중복조사에 해당하므로, 그에 기초한 이 사건 각 처분은 위법하다.

3) 설령 이 사건 각 처분 중 본세 부분이 적법하더라도, 원고에게는 공동사업체를 형성한다는 의사가 없었으므로, 피고가 재구성한 내용으로 부가가치세를 신고ㆍ납부할 것을 기대할 수 없어, 가산세를 면제받아야 할 정당한 사유가 존재한다. 그러므로 이 사건 각 처분 중 가산세 부분은 위법하다.

나. 피고의 주장

1) 원고와 DDD는 다음과 같은 이유로 공동사업자에 해당하므로, 이 사건 각 처분은 적법하다.

가) 원고와 DDD는 이 사건 대량공급계약 및 이 사건 공급 및 제조계약에서 EEE의 이전가격을 산정하면서, EEE의 예상 매출총이익을 기준으로 하여 60%는 DDD가, 나머지 40%는 원고가 나누어 가지기로 약정하였으므로, 원고와 DDD는 이익과 손실을 분배ㆍ분담하는 공동사업 관계에 있었다고 보아야 한다.

나) 원고와 DDD는 4가 백신의 가격과 1가 백신을 투입하여 EEE을 제조하는 용역의 가격을 산정함에 있어 기준으로 삼은 매출총이익은 매출액에서 매출원가, 즉 비용을 공제한 것이므로 원고와 DDD 사이에 비용 내지 손실의 분담이 있었다고 보아야 한다.

다) 원고와 DDD가 연구개발 비용을 40:60의 비율로 분담하기로 하고, 협력의 결과 협력 기술이나 협력 재료를 창출하게 될 경우 이를 공동으로 소유하기로 하였으며, 각자 보유하는 기여 기술에 대하여 서로 라이센스(license)를 부여하기로 하였던 점에 비추어, 원고와 DDD가 공동사업을 위해 출자를 한 것으로 보아야 한다.

라) 이 사건 협력계약에 의하면 원고와 DDD는 운영위원회(Steering Committee)를 구성하여 연구개발, 판매관리 등 사업 전반에 관하여 논의를 하였고, 이 사건 대량공급계약 및 이 사건 공급 및 제조계약은 “제품 리콜이 원고와 DDD 어느 한쪽의 귀책사유로 인한 것이 아닐 경우에는 원고와 DDD가 공동으로 리콜의 비용과 경비를 부담한다.”는 취지로 정하고 있으며, 이 사건 대량공급계약 부속서 G 제3조에 의하면 원재료 이전가격이 6개월마다 조정되도록 되어 있는바, 이와 같은 사정들에 비추어 보면 원고와 DDD는 EEE의 제조ㆍ판매를 위하여 공동사업을 영위하면서 이익과 손실을 분배하였다고 보아야 한다.

2) 이 사건 자료제출요구는 세무조사에 해당되지 아니하는 것이고, 설령 ○○지방국세청이 원고에게 이와 같이 자료를 요청하는 내용의 공문을 발송한 것을 세무조사로 본다 하더라도, 이는 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에 해당하거나 각종 과세자료의 처리를 위한 것으로서 재조사가 허용되는 경우라고 보아야 한다.

3. 관계 법령

별지 2 기재와 같다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고와 DDD 사이의 공동사업 인정 여부

1) 인정사실

가) 이 사건 협력계약의 주요 내용은 별지 3 기재와 같다. 또한 원고는 2001. 4. 30. DDD와 사이에 이 사건 협력계약에 따라 DDD로부터 4가 백신을 매수하는 내용의 계약을 체결하였는데(이하 ‘이 사건 대량공급계약’이라 한다) 그 주요 내용은 별지 4 기재와 같다. 그리고 원고는 2021. 4. 30. DDD와 사이에 이 사건 협력계약에 따라 DDD와 사이에 이 사건 협력계약에 따라 DDD가 공급하는 백신물질 4가지(디프테리아, 파상풍, 백일해, B형 헤모필투스 인플루엔자, 이하 ‘4가 백신’이라 한다)와 원고가 보유한 백신물질 1가지(B형 간염, 이하 ‘1가 백신’이라 한다)를 결합하여 EEE을 제조하고 이를 DDD에게 공급하는 내용의 계약을 체결하였는데(이하 ‘이 사건 공급 및 제조계약’이라 한다) 그 주요 내용은 별지 5 기재와 같다.

나) 원고는 2013. 6. 15. DDD와 사이에 이 사건 협력계약, 이 사건 대량공급계약, 이 사건 공급 및 제조계약을 일부 수정하는 내용의 변경계약을 체결하였는데(이하 ‘이 사건 변경계약’이라 한다), 이에는 원고가 연간 일정량 이상의 4가 백신을 DDD로부터 의무적으로 구입하여야 한다는 내용이 포함되어 있다.

다) 원고는 2011년경 EEE을 제조하는 원고의 ○○공장 폐쇄가 지연됨에 따라 부지 소유자에게 지급한 약 89억 원을 영업 외 비용으로 원고의 매출원가에 포함시켰고, 2015년부터 2018년까지 사이에 이 사건 변경계약에 따른 의무구입량을 지키지 못한데 대한 손해배상금으로 DDD에게 미화 합계 3,500만 달러를 지급하였다.

라) 원고는 2014. 1. 6. 유니세프와 사이에 EEE 공급계약을 체결하였는데, 해당 계약의 공급자는 원고로 되어 있다. 그리고 피고가 EEE 공동사업자의 사업장으로 직권 등록한 ○○ ○○구 ○○로 ○○○번길 ○○에는 EEE을 제조하는 공장이 위치해 있는데, 위 공장은 원고가 소유하고 있다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 앞서 든 증거, 갑 제8, 12, 16, 20, 21호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2) 공동사업의 존재 여부에 관한 판단

피고는, 원고와 DDD가 공동사업을 영위하였다고 보아 이 사건 각 처분을 하기에 이르렀던 것이므로, 이 사건의 쟁점은 원고와 DDD 사이에 EEE 개발ㆍ판매를 그 내용으로 하는 이 사건 거래에 관하여 공동사업관계가 존재하는지에 있다고 할 것인바, 이하 이에 관하여 본다.

가) 공동사업의 의미 및 판단 기준

(1) 구 부가가치세법(2016. 12. 20. 법률 제14387호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 그 제2조 제3호에서 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자, 즉 사업자는 부가가치세를 납부할 의무가 있다고 규정하고 있고, 구 부가가치세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31445호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제14조 제1항 제6호가 사업자의 인적사항, 사업자등록의 변경 사항 및 그 밖의 필요한 사항을 적은 사업자등록 정정신고서를 관할 세무서장이나 그 밖에 신고인의 편의에 따라 선택한 세무서장에게 제출해야 하는 경우의 하나로 ‘공동사업자의 구성원 또는 출자지분이 변경되는 경우’를 규정하고 있을 뿐, 공동사업 또는 공동사업자에 관하여 명시적인 규정을 두고 있지 아니하다.

그런데 구 국세기본법(2016. 12. 20. 법률 제14382호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제25조 제1항은 “공유물, 공동사업 또는 그 공동사업에 속하는 재산에 관계되는 국세․가산금과 체납처분비는 공유자 또는 공동사업자가 연대하여 납부할 의무를 진다.”고 규정하고 있다. 그리고 소득세법 제2조의2 제1항은 공동사업에 관한 소득금액을 계산하는 경우에는 해당 공동사업자별로 납세의무를 지되, 제43조 제3항에 따른 주된 공동사업자에게 합산과세되는 경우 그 합산과세되는 소득금액에 대해서는 주된 공동사업자의 특수관계인은 같은 조 제2항에 따른 손익분배비율에 해당하는 그의 소득금액을 한도로 주된 공동사업자와 연대하여 납세의무를 진다고 규정하고 있고, 제43조 제1항은 사업소득이 발생하는 사업을 공동으로 경영하고 그 손익을 분배하는 공동사업의 경우에는 해당 사업을 경영하는 장소(이하 ‘공동사업장’이라 한다)를 1거주자로 보아 공동사업장별로 그 소득금액을 계산하도록 규정하고 있으며, 같은 조 제2항은 이 경우 공동사업에서 발생한 소득금액은 해당 공동사업을 경영하는 각 거주자(이하 ‘공동사업자’라 한다) 간에 약정된 손익분배비율에 의하여 분배되었거나 분배될 소득금액에 따라 각 공동사업자별로 분배하도록 규정하고 있다. 한편, 국세기본법 기본통칙 25-0-2는 “‘공동사업’이라 함은 그 사업이 당사자 전원의 공동의 것으로서, 공동으로 경영되고 따라서 당사자 전원이 그 사업의 성공 여부에 대하여 이해관계를 가지는 사업을 말한다.”고 정하고 있고, 부가가치세법 기본통칙 8-14-1은 “2인 이상의 사업자가 공동사업을 하는 경우 사업자등록신청은 공동사업자 중 1인을 대표자로 하여 대표자명의로 신청하여야 하며, 공동사업자 중 일부의 변경 및 탈퇴, 새로운 공동사업자 추가의 경우에는 사업자등록을 정정하여야 한다.”고 정하고 있다.

이와 같은 관련 규정 등의 문언과 내용, 취지에 비추어 보면, 구 부가가치세법의 적용에 있어 공동사업이라 함은 민법 제703조 제2항에 의한 조합계약에 의하여 2인 이상이 서로 출자하여 공동사업을 경영할 것을 약정하고, 그 지분 또는 손익분배의 비율 등을 정하여 당사자 전원이 그 사업의 성공 여부에 관하여 직접적으로 이해관계를 가지는 동업형태를 의미한다고 보아야 한다.

(2) 한편, 어떤 사업이 공동사업인지 여부는 계약서의 형식이 동업계약 혹은 조합계약의 형태를 취하고 있는지 여부뿐만 아니라 당사자 사이의 개별적인 출자 여부, 사업의 성과에 따른 이익이나 손실 분배약정의 유무, 공동사업에 필요한 재산에 대하여 합유적 귀속 유무, 사업운영에 내부적인 공동관여 유무, 사업의 대외적인 활동 주체와 형식 등 구체적ㆍ실질적 사정을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다.

나) 구체적 판단

앞서 본 법리와 위 인정사실 및 앞서 든 각 증거를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 원고는 DDD와 사이에서 EEE의 제조ㆍ판매를 위하여 공동사업을 영위하였다고 봄이 타당하다. 그러므로 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들이지 아니한다.

(1) 원고와 DDD는 이 사건 이 사건 협력계약, 이 사건 대량공급계약, 이 사건 공급 및 제조계약과 이 사건 변경계약에서 정한 바에 따라, DDD는 4가 백신을 원고에게 판매하고 원고는 직접 생산한 1가 백신에 위 4가 백신을 배합하여 EEE 제품을 생산한 후 이를 DDD에 공급하며(이 사건 협력계약 제5.2조, 이 사건 대량공급계약 제3.1조, 이 사건 공급 및 제조계약 제3.1조), 원고와 DDD는 각자의 판매 지역에서 당사자들을 위하여(on behalf of Parties) 제품을 판매할 독점적인 권한을 가지되, 원고는 생산된 EEE 제품을 세계보건기구(WHO)나 범미보건기구(PAHO)을 비롯한 전세계 초국가기관(Supranational Institution) 등에 판매하고, DDD는 전세계 민간시장(Private Market) 등에서 원고로부터 공급받은 EEE 제품을 판매하며(이 사건 협력계약 제5.1조), DDD가 원고에게 공급하는 위 4가 백신의 이전가격(Transfer Price)을 정함에 있어 매출원가에 예상 총 마진(Projeted Gross Margin)의 60%를 곱하고 이에 DDD의 예상 원가를더하여 계산하며[이 사건 대량공급계약 부속서 G 제2조 및 제3조 각 (a)항], 원고가 DDD에 제공하는 EEE 제품의 이전가격은 매출원가에 예상 총 마진의 40%를 곱하고 이에 원고의 예상 원가를 더하여 계산하는 것으로 정하였다[이 사건 공급 및 제조계약부속서 G 제2조 및 제3조 각 (a)항]. 이와 같이 원고와 DDD가 이 사건 거래에 관하여 이 사건 이 사건 협력계약, 이 사건 대량공급계약, 이 사건 공급 및 제조계약과 이 사건 변경계약에서 정한 내용에 비추어 보면, 원고와 DDD가 체결한 위 각 계약은 단순히 EEE의 제조ㆍ판매를 위한 위탁가공의 목적을 가진 것이라기보다는 EEE의 제조ㆍ판매를 위해 원고와 DDD가 공동으로 사업을 영위하고자 하는 데에 그 의의와 목적이 있다고 보인다.

(2) 원고와 DDD는 이 사건 협력계약 제3조에 ‘관리(Management)’라는 제호의 조항을 두고 원고와 DDD가 2명씩 지명하여 총 4명의 위원으로 구성되는 운영위원회(Steering Committee)를 설립하기로 정하였다(이 사건 협력계약 제3.1조). 그런데 이 사건 협력계약에 의하면 그 운영위원회는, ① 매년 11월 30일까지 차기 연도의 연간계획 및 예산의 지시ㆍ승인(이를 위하여 원고와 DDD는 각 당사자의 관할 지역에서의 제품 출시 일정, 예상 판매 목표, 예상 자본 지출, R&D 비용 등에 관한 자료를 운영위원회에 제출할 의무를 부담하였다), ② 협력 및 개발 계획과 연간 계획 및 예산에 관한 결과 검토, 협력 및 개발 계획이나 연간 계획 및 예산에 대한 수정 승인, ③ 급여, 수당, 실험실 재료 및 비품, 연구개발 활동과 관련된 직접 비용 등을 포함한 각 당사자의 연구ㆍ개발활동 직접 참여인력(FTE)에 할당되는 금액 결정, ④ 제품의 인체 임상연구실시 여부 및 시기에 관한 검토ㆍ결정, ⑤ 제3자의 지적재산이나 기술에 대한 이용권한의 취득 여부 결정 및 계약 조건 검토, ⑥ 협력 기술의 공표 여부 및 특허 전략 검토ㆍ결정, ⑦ 제품의 연구, 개발 및 상업화 관장, ⑧ 이 사건 대량공급계약서, 이 사건 공급 및 제조계약서의 각 부속서 G에 따른 결정 검토, ⑨ 각 당사자가 적용하는 전반적인 가격 정책의 정기적 검토 등의 업무를 수행하도록 하였다(제3.2조). 또한 이 사건 협력계약에 의하면, 운영위원회는 분과위원회를 설립하여 일정 업무를 위임할 수 있고(제3.3조), 최소한 6개월마다 회의를 개최하여야 하고(제3.4조), 분과위원회의 검토로도 의견일치에 이르지 아니하는 경우 운영위원회에 회부하여 이를 표결로 정하기로 하였다(제3.5조). 이와 같이 원고와 DDD가 이 사건 협력계약에서 EEE 제품의 연구ㆍ개발ㆍ상업화의 전반을 관장하고 각 당사자의 가격 정책을 검토하며 연간 계획을 지시ㆍ승인하고 그 이행의 진척도와 결과를 검토하는 등의 업무를 수행하도록 정하는 한편, 그 의사결정 방법에 관해서까지 정해두었던 것은, 원고와 DDD는 이 사건 협력계약에 따라 EEE을 제조하여 판매하는 사업의 성공 여부에 관하여 직접적인 이해관계를 가지는 공동사업을 영위하기로 하였음을 보여주는 모습이라 할 수 있다(이와 관련하여 원고의 대표이사인 안○○ 또한 원고에 대한 세무조사 당시 “양사 간 협의가 필요한 부분에 대하여 운영위원회에서 검토, 협의하는 것으로 알고 있습니다. 상용화 단계에서 Bulk 공급에 관한 조정 등이 이루어지고 있습니다.”라고 진술하는 한편, ‘상용화 과정’이 운영위원회에서 다루어지고 재무와 구매 부분에서 그 활동이 있다는 취지로 진술하기도 하였다).

(3) 이 사건 협력계약 제5.1조는, 원고와 DDD가 각자의 판매 지역에서 제품을 판매할 독점적인 권한을 가진다고 정하면서도, 그와 같이 제품을 판매할 독점적 권한은 당사자들을 위한 것(on behalf of Parties)임을 분명히 하였는데(위 ‘on behalf of Parties’가 ‘당사자들을 대표하여’의 의미라고 해석할 여지도 있다), 이 사건 협력계약 부속서 A 제1.48조에 의하면 위 ‘당사자들(Parties)’이란 원고와 DDD 모두를 지칭하는 것으로서 이 사건 협력계약에서는 그중 일방을 의미하는 ‘당사자(Party))’와는 구별되어 사용되고 있다. 만약 원고와 DDD가 이 사건 협력계약을 체결함에 있어, 단지 원고가 DDD로부터 공급받은 원재료인 4가 백신에 자신이 제조한 1가 백신을 배합하여 EEE 제품을 제조한 후, 원고는 스스로, DDD는 원고로부터 공급을 받은 EEE 제품을 각자 정해진 판매 지역에서 판매하는 것만을 이 사건 거래의 내용으로 삼겠다는 의사를 가졌을 뿐이라면, 위와 같이 원고와 DDD가 각자의 판매 지역에서 원고와 DDD 모두를 위해(또는 원고와 DDD 모두를 대표하여) EEE 제품을 판매한다는 취지를 명시할 이유는 없었을 것으로 보인다.

(4) 원고와 DDD는 앞서 본 바와 같이 이 사건 협력계약에서, DDD가 원고에게 공급하는 위 4가 백신의 이전가격을 정함에 있어 매출원가에 예상 총 마진의 60%를 곱하고 이에 DDD의 예상 원가를 더하여 계산하며, 원고가 DDD에 제공하는 EEE 제품의 이전가격은 매출원가에 예상 총 마진의 40%를 곱하고 이에 원고의 예상 원가를 더하여 계산하는 것으로 정하였다. 원고와 DDD가 이와 같이 이 사건 협력계약에서 예상 총 마진의 일정 비율을 감안하여 DDD의 4가 백신 및 EEE 제품의 각 이전가격을 정하도록 한 것은, 예상 이익을 이전가격에 반영하는 방법을 통하여 EEE 제품의 판매로 인하여 발생하는 이익의 일정 부분을 분배하려는 데에 목적이 있었던 것으로 보이고, 이를 이전가격의 산출에 있어 거래순이익을 합리적인 배부기준에 의하여 측정된 거래당사자들 간의 상대적 공헌도에 따라 배부하고 이와 같이 배부된 이익을 기초로 가격을 산출한 거래가격을 정상가격으로 보는 ‘이익분할방법’과 유사한 방식을 따른 것이라고 볼 수 있다 하더라도, 그러한 사정만으로는 원고와 DDD가 이 사건 거래로써 영위한 사업이 공동사업의 성격을 가지고 있음을 부인할 수는 없다고 보인다. 또한 원고와 DDD가 이 사건 변경계약 체결에 앞서 2013. 2. 1. 작성한 화해합의서에는 원고와 DDD 모두 이익의 분배(profit split) 방식이 조정되기를 바란다는 취지의 내용이 포함되어 있는 점에 비추어 보더라도, 원고와 DDD는 이 사건 거래에서 발생하는 이익을 분배하는 관계에 있었다고 보아야 한다.

(5) 이 사건 대량공급계약 부속서 G 제3조에 의하면 원재료 이전가격이 6개월마다 조정되도록 되어 있어 매출단가가 하락하더라도 그 손실이 어느 일방에만 발생하지 아니하게 되어 있고, 원고는 ○○공장 폐쇄 지연에 따른 비용 89억 원 상당을 매출원가에 포함시킨 사실도 존재하는바, 이와 같은 사정들에 비추어 보면 원고와 DDD는 이 사건 거래에 있어 EEE의 제조ㆍ판매로 발생하는 손실을 일정한 정도로 분배하였다고 볼 여지도 있다(이와 관련하여 원고의 대표이사 안○○은 원고에 대한 세무조사 당시 “EEE 개발에 있어 DDD도 상당한 금액을 사용한 것으로 알고 있고, 결과적으로 계약에 따라 6;4의 금액을 부담하였다.”고 진술한 바 있다). 나아가, 설령 위와 같은 원고와 DDD 사이의 약정 내용이 이 사건 거래의 손실분담에 관한 내용에 해당하지 아니한다고 본다 하더라도, 이러한 사정만으로 곧바로 원고와 DDD의 관계가 공동사업에 해당하지 아니한다고 단정하기도 어렵다.

(6) 이 사건 협력계약은 원고와 DDD가 EEE 제조ㆍ판매를 위해 서로에게 각자의 기여 기술과 관련한 라이센스를 부여하고(제8.1조, 제8.2조), EEE과 관련한 모든 협력기술(Collaboration Technology)과 협력재료(Collaboration Materials)를 공동으로 소유하도록 정하고 있다(제7.2조, 제9.4조). 이와 같이 원고와 DDD가 이 사건 협력계약에서 EEE의 제조ㆍ판매를 위해 각자의 기여 기술에 라이센스를 부여한 것은 이 사건 거래로써 공동사업을 영위하기 위한 일종의 출자의 측면을 가진다고 볼 수 있고, 협력기술과 협력재료를 공동으로 소유하기로 정한 것은 공동사업에 필요한 재산이 원고와 DDD에게 합유적으로 귀속되도록 하는 것에 그 목적이 있는 것으로 보인다.

(7) 나아가, 원고와 DDD는 이 사건 협력계약에서 각자의 판매 시장에서 EEE에 대한 다중상표(multiple trademarks)를 사용할 권리를 가지는 것으로 정하였는데(제7.6조), 실제로 EEE 제품 용기에는 원고(당시 ‘B○○○’)와 DDD(당시 ‘N○○○’)의 상호가 모두 표기되기도 하였던 점, DDD의 2014년 연간보고서 중 ‘제품(Product)’ 항목에는 EEE이 원고와 협력한(in collaboration with) 제품이라는 취지로 기재되어 있고, EEE의 약물프로필에는 원고와 DDD가 EEE을 공동으로 개발하였다는 취지로 기재되어 있는 점 등에 비추어 보더라도, 원고와 DDD는 이 사건 거래와 관련하여 EEE을 제조ㆍ판매하는 사업의 성공 여부에 관한 이해관계를 가지고 이를 공동으로 경영하였음을 추단할 수 있다.

나. 이 사건 자료제출요구가 중복 세무조사에 해당하는 것인지

1) 관련 법리

세무조사는 국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사의 일종으로서 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하고 장부ㆍ서류 그 밖의 물건을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 일체의 행위를 말하며, 부과처분을 위한 과세관청의 질문조사권이 행하여지는 세무조사의 경우 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등(이하 ‘납세자 등’이라 한다)은 세무공무원의 과세자료 수집을 위한 질문에 대답하고 검사를 수인하여야 할 법적 의무를 부담한다. 한편 같은 세목 및 과세기간에 대한 거듭된 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있다. 그러나 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증 등을 위한 과세관청의 모든 조사행위가 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 볼 경우에는 과세관청으로서는 단순한 사실관계의 확인만으로 충분한 사안에서 언제나 정식의 세무조사에 착수할 수밖에 없고 납세자 등으로서도 불필요하게 정식의 세무조사에 응하여야 하므로, 납세자 등이 대답하거나 수인할 의무가 없고 납세자의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무조사권이 남용될 염려가 없는 조사행위까지 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당한다고 볼 것은 아니다. 그리고 세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단할 수밖에 없을 것이다. 그런데 세무공무원의 조사행위가 사업장의 현황 확인, 기장 여부의 단순 확인, 특정한 매출사실의 확인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자 등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보기 어렵지만, 그 조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실ㆍ사업장ㆍ공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부ㆍ서류ㆍ물건 등을 검사ㆍ조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보아야 할 것이다(대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8360 판결, 대법원 2017. 4. 13. 선고 2016두64043 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

살피건대, 갑 제4호증의 기재에 의하면, ○○지방국세청장은 2018. 5. 23. 원고에게 자료제출 기한을 같은 해 5. 29.로 정하여 ‘원고가 DDD로부터 매입한 4가 백신의 2012년 1기~2015년 2기 과세기간별 매입금액’, ‘원고가 EEE 제조를 위해 사용한 1가 백신의 2012년 1기~2015년 2기 과세기간별 사용량 및 사용금액’, ‘원고가 판매한 EEE 제품의 2012년 1기~2015년 2기 과세기간별 매출액’ 등의 자료를 제출할 것을 요구하는 공문을 보낸 사실을 인정할 수 있다. 그러나 위 인정사실만으로는, 피고가 그와 같이 원고에게 일정한 자료제출을 요구하는 수준을 넘어, 원고의 사무실 등에서 원고의 임ㆍ직원 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부ㆍ서류ㆍ물건 등을 검사ㆍ조사하는 행위로 나아갔다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

또한 당초의 세무조사가 다른 세목이나 다른 과세기간에 대한 세무조사 도중에 해당 세목이나 과세기간에도 동일한 잘못이나 세금탈루 혐의가 있다고 인정되어 관련 항목에 대하여 세무조사 범위가 확대됨에 따라 부분적으로만 이루어진 경우와 같이 당초 세무조사 당시 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무리였다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 당초 세무조사를 한 항목을 제외한 나머지 항목에 대하여 향후 다시세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하지 아니한다고 보아야 할 것이고(대법원 2015. 9. 10. 선고 2013두6206 판결 등 참조), 구 국세기본법(2016. 12. 20. 법률 제14382호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의4 제2항 제3호는 ‘2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우’에는 같은 세목 및 같은 과세기간이라 하더라도 재조사가 예외적으로 허용되는 것으로 규정하고 있다. 그런데 앞서 든 각 증거와 변론 전체의 취지에 의하면, 이 사건 세무조사에서는 단지 2011 내지 2015 사업연도의 법인세에 대해서만 조사가 이루어졌을 뿐, 이 사건 처분에 따라 부과된 부가가치세에 관하여는 조사가 이루어지지 아니한 사실을 인정할 수 있고, 나아가 이 사건 처분에 따라 부과된 부가가치세는 2013년 제1기부터 2015년 제2기까지의 기간을 대상으로 하는 것으로서 ‘2개 이상의 과세기관과 관련하여 잘못이 있는 경우’에 해당한다고 보아야 할 것이어서, 결국 이 사건 자료제출요구가 위법한 중복조사에 해당한다는 원고의 이 부분 주장은 어느 모로 보더라도 받아들이기 어렵다.

다. 가산세를 면제받아야 할 정당한 사유가 존재하는지

1) 관련 법리

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의․과실은 고려되지 아니하며(대법원 1999. 9. 17. 선고 98두16705 판결, 대법원 1999. 12. 28. 선고 98두3532판결 등 참조), 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없는 것이지만, 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립 등이 있다고 할 수 없음에도 납세의무자가자기 나름의 해석에 의하여 납세 등의 의무가 면제된다고 잘못 판단한 것은 단순한 법률의 부지나 오해에 불과하여 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2013. 6. 27. 선고 2011두17776 판결, 대법원 2021. 1. 28. 선고 2020두44725 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

앞서 인정한 사실과 앞서 든 각 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고는 DDD와 이 사건 협력계약에 따라 이익을 분배하고 운영위원회를 구성하여 EEE 제조 및 판매에 관한 전반적인 사항들을 협의하는 등으로 공동사업을 영위하여 왔는바, 그와 같은 공동사업의 운영 방식이나 내용 등에 비추어 원고가 공동사업체에 관한 사업자등록을 하고 조세를 신고ㆍ납부할 것을 기대할 수 없다고 단정하기는 어려운 점, ② 이 사건 처분은 원고와 DDD 간의 이 사건 협업계약에 비추어 내국법인인 원고와 외국법인인 DDD 사이에 공동사업을 영위하였음이 인정되어 이루어진 것으로서, 피고가 거래를 사후적으로 재구성함으로써 이 사건 처분에 이르렀다고 보기는 어려운 점, ③ 이 사건 협력계약에 따른 원고와 DDD 사이의 협력관계의 내용은 원고 스스로가 가장 잘 알고 있었다고 보아야 할 것인 점 등에 비추어 보면, 원고에게 그 의무이행을 기대하는 것이 무리라거나 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 아니한다.

라. 소결론

그러므로 원고와 DDD가 공동사업을 영위한 사실이 없고, 이 사건 처분이 위법한 중복조사에 터 잡아 이루어진 것이며, 원고에게는 가산세를 면제받아야 할 정당한 사유가 존재한다는 원고의 위 각 주장은 모두 받아들이지 아니한다.

5. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.