의정부지방법원-2021-구합-15279 (2022.12.13)

사 건

의정부지방법원 2021구합15279 양도소득세경정거부처분취소

원 고

박AA

피 고

OO세무서장

변 론 종 결

2022.9.20.

판 결 선 고

2022.12.13.

주 문

1. 피고가 2020. 9. 23. 원고에게 한 2019년 귀속 양도소득세 329,972,242원의 경정거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분 경위

가. 원고의 과천 아파트 취득과 양도

원고는 1995. 2. 27. OO시 OO동 AA아파트 0동 0호를(재건축 이후 원고는 BB아파트 0동 0호를 보유하게 되었다. 이하 재건축 전후를 불문하고 위 주택을 ‘이 사건 주택’이라 한다) 취득하여 보유하다가 2019. 12. 16. 12억 8,000만 원에 양도하였다(이하 ‘이 사건 양도’라 한다).

나. 원고의 CC동 오피스텔, DD동 아파트 취득

원고는 이 사건 양도 당시 이 사건 주택 외에도 ① 장기임대주택으로 등록한 서울OO구 CC동 CC오피스텔 0호(2018. 10. 30. 취득. 원고는 2018. 11. 9. 위 오피스텔을 장기일반민간임대주택으로 등록하고 임대사업자등록을 마쳤다. 이하 ‘장기임대주택’이라 한다)와, ② 2019. 9. 11. 매수하여 2019. 10. 24. 소유권이전등기를 마친 서울 OO구 DD동 DD아파트 0동 0호 아파트(매매대금: 893,000,000원, 이하 ‘대체주택’이라 한다)를 보유하고 있었다.

다. 양도소득세 신고 및 경정청구

1) 원고는 2020. 2. 29. 이 사건 양도를 ‘1세대 3주택의 양도’로 보아 중과세율을 적용하고, 장기보유특별공제를 적용하지 않은 양도소득세 596,918,610원을 신고․납부

하였다.

2) 원고는 2020. 7. 25. “이 사건 양도에 1세대 3주택에 해당하는 중과세율을 적용하고, 장기보유특별공제 적용을 배제하는 것은 위법하다.”라는 취지로 아래와 같이 양도소득세 경정청구를 하였는데, 피고는 2020. 9. 23. 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

3) 원고는 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2021. 7. 21. 심판청구가 기각되었다.

[인정근거] 갑 제1, 2, 3, 4, 5, 7, 8호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

가. 원고는 대체주택을 취득하면서 매도인 EEE이 2020. 12.경까지 대체주택에서 전세로 거주할 수 있도록 하였는바, 대체주택 매매계약에 따라 원고가 EEE에게 매매대금 잔금 4,000만 원을 지급한 2019. 12. 17.을 대체주택 취득시기로 보아야 한다.

나. 원고가 이 사건 주택을 약 24년이나 소유하였고 그중 23년을 1주택을 소유하였던 점, 이 사건 주택을 팔고 대체주택을 취득한 목적은 대체취득 목적이지 투기 목적이 아닌 점, 형식적으로 3주택을 보유한 기간이 55일로 극히 짧고, 그마저도 이 사건 주택의 매수인에게 잔금지급시기를 여유 있게 주었기 때문인 점 등에 비추어 보면, 원고에게는 투기의 목적이 없었고, 위 55일은 주택거래 현실에서 사회통념상 일시적이라고 볼 수 있다. 따라서 이 사건 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 중과세율을 적용하여서는 안 되고, 장기보유특별공제는 적용하여야 한다.

다. 특히 이 사건 양도에서 장기보유특별공제를 배제하는 근거가 된 2017. 12. 29. 개정된 소득세법 제95조 제2항 본문의 괄호 “제104조 제7항 각호에 따른 자산은 제외한다.” 부분은, 재산권의 최소 침해의 원칙에 반하고, 부동산 장기보유자에 대한 신뢰보호의 원칙, 평등의 원칙, 자기책임의 원칙(납세의무자의 행위와 상관관계가 없는 부분까지 책임을 가중하는 것이다)에 반하여 위헌이다. 따라서 위헌인 법률조항을 근거로 한 이 사건 처분은 위법하다.

3. 판단

가. 대체주택의 취득시기

1) 관련 법령 등

2) 관련 법령의 취지

가) 소득세법상 “자산의 양도”란, 등기 또는 등록과 관계없이 당해 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다(소득세법 제88조 제1호). 이는 양도소득세 과세에 있어서는 소유권의 법률상 이전 여부보다 양도로 인하여 소득이 발생하였는지 여부,즉 경제적 측면에 중점을 둔 것으로 이해된다.

나) 같은 취지로 소득세법 제98조는 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기와 양도시기를 원칙적으로 “해당 자산의 대금을 청산한 날”로 보고 있고, 그것이 분명하지 않은 경우에 한하여 대통령령으로 구체적 기준을 규정하고 있다.

다) 이는 납세의무의 성립시기, 양도차익의 산정, 과세요건 내지 면제요건의 충족 여부, 자산양도차익 예정신고기한, 부과제척기간의 기산일 및 적용법령의 결정 등의기준이 되는 자산의 취득시기와 양도시기를 통일적으로 파악하고 관계 규정들을 모순없이 해석․적용하기 위하여 세무계산상 자산의 취득시기 및 양도시기를 정한 것으로 볼 수 있다.

3) 구체적 판단

피고는, 대체주택의 취득시기인 ‘매매대금을 청산한 날’을 그 매매계약서상 잔금일자인 2019. 10. 23.로 봄에 따라 2019. 12. 16. 있었던 이 사건 양도가 1세대 3주택자의 양도에 해당한다고 판단하였다. 그러나 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 아래의 사실 및 사정에 비추어 보면, 대체주택의 매매대금을 청산한 날은 2019. 12. 17.인 것으로 보아야 하므로, 이 사건 양도(2019. 12. 16.)는 ‘1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도’에 해당하지 않는다.

가) 원고는 대체주택의 매매계약을 체결하면서 그 매도인 EEE과 사이에, 대체주택의 매매대금 8억 9,300만 원의 지급방법에 관하여 ① 계약금 8,000만 원 중 2,000만 원은 계약일인 2019. 9. 11. 지급하고, 나머지 6,000만 원은 2019. 9. 16. 지급하며, ② 잔금 8억 1,300만 원 중 ㉠ 5억 3,000만 원은 EEE이 전세로 2020. 12. 5.까지 거주하며 이를 전세보증금을 지급한 것으로 취급하기로(이른바 ‘집주인전세’) 하고, ㉡ 다만 2019. 10. 23.자로 보증금 5억 7,000만 원인 전세계약을 체결하였다가 4,000만 원을 2019. 12. 31. EEE에게 지급하면서 보증금 5억 3,000만 원으로 전세계약서를 재작성하기로 합의하였다.

나) 이에 따라 계약금이 지급되었고, 2019. 10. 23. 2억 4,300만 원(= 계약서상 잔금 8억 1,300만원 - 5억 7,000만 원)이 지급되었으며, 위 ㉡항의 4,000만 원은 원고가 이 사건 양도 대금의 잔금을 받은 다음날인 2019. 12. 17. EEE에게 지급하였다(결과적으로 전세보증금이 5억 3,000만 원만 남은 셈이다).

다) 이러한 거래내용을 전체적으로 고찰하면 대체주택을 매수한 계약은, 매매대금 8억 9,300만 원 중 5억 3,000만 원은 소유자이던 EEE이 임차인이 됨에 따라 전세보증금을 지급한 것으로 갈음하고, 나머지 3억 6,300만 원은 원고가 현실로 지급하기로 정한 것으로 볼 수 있다. 따라서 위 3억 6,300만 중 최종잔액인 4,000만 원이 지급된 2019.12. 17.에 이르러서야 비로소 대체주택의 매매대금이 모두 청산되었다고 할 수 있다

라) 위와 같은 합의 사항은 당사자들이 사후적으로 변경한 것이 아니라 대체주택의 매매계약 시부터 정한 것이고, 그 내용도 일의적이고 분명하다.

마) 피고는, 원고가 2019. 12. 17. EEE에게 4,000만 원을 지급한 것을 ‘임대보증금의 차액 지급’이라고 보고 위 일자에 매매대금이 청산된 것으로는 볼 수 없다고 주장한다(심판결정문 10쪽, 답변서 7쪽). 그러나 앞서 본 바와 같이 대체주택 매매계약당시 쌍방이 의욕한 사항은 ‘임대차보증금을 5억 7,000만 원으로 하였다가 2019. 12.17.이 되면 그중 4,000만 원을 임대차기간 종료 전임에도 미리 반환해주는 것’이 아니라, ‘원고가 현실 지급하기로 정한 매매대금은 3억 6,300만 원인데, 원고의 자금사정으로 인해 계약서상 잔금일자인 2019. 10. 23. 이를 모두 지급하기 어려우니 그중 4,000만 원은 2019. 12. 17. 지급하기로 한 것’으로 해석함이 타당하다(피고는 위 4,000만 원 지급 후 매매계약서를 재작성하지 않은 점도 지적하고 있으나, 매매대금이 변경되지 않았는데 매매계약서를 재작성해야 할 이유가 없다).

바) 피고가 명시적으로 주장하고 있지는 않으나 피고가 대체주택의 양도일을 2019. 10. 23.로 본 것은, ① 계약서상 잔금일자가 2019. 10. 23.이고, 원고가 대체주택의 소유권이전등기를 그다음날인 2019. 10. 24. 마친 점, ② 지급을 유예한 4,000만 원이 대체주택의 매매대금 전체에서 차지하는 비중이 크지 않으므로, 원고가 EEE과 전세계약을 체결한(= 임대차보증금만큼의 매매대금을 지급한) 2019. 10. 23.을 “대금의대부분이 청산된 날”로 본 점을 근거로 한다고 추측할 수 있다.

사) 그러나 매매계약서에 기재된 잔금일자와 실제 잔금수령일이 다를 경우에는 후자를 잔금청산일로 보아야 하고(소득세법 기본통칙 98-162…1), 앞서 보았듯이 등기를 요하는 자산의 경우에도 그 취득시기는 대금청산일이며, 소득세법 시행령 제162조 제1항 제1호는 ‘대금청산일이 분명하지 않을 때’ 소유권이전등기일을 취득시기로 보는 보충적 규범에 불과하므로 위 ① 사정은 이 법원의 판단을 뒤집을 근거가 되지 못한다. 또한 자산의 양도시기와 취득시기는 조세법률주의와 법적 안정성 및 예측가능성에 비추어 명확해야 하는데, ‘대금의 대부분’이라는 불확정개념을 기준으로 이를 판단한다면 어느 정도가 ‘대부분’인지가 불명확하게 되므로 위 ② 사정도 이 법원의 판단을 뒤집을 근거가 되지 못한다.

4) 결론

원고가 대체주택을 취득한 시기는 이 사건 양도 이후이므로, 이 사건 양도가 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도임을 전제로 20%의 중과세율을 적용하고 장기보유특별공제 적용을 배제한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 가정적 판단

1) 투기목적의 주택 소유를 억제하여 주택 가격의 안정과 주거생활의 안정을 도모하려는 취지에서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에 대하여 중과세율을 적용하도록 하는 한편, 임대주택의 공급을 활성화함으로써 서민과 중산층의 주거안정을 지원하기 위하여 장기임대주택과 더불어 일반주택도 중과세율의 적용 대상에서 제외하는 소득세법 관련 규정의 입법 취지 등에 비추어 보면, 일반주택(종전주택)과 장기임대주택을 소유한 거주자가 대체주택을 취득함으로써 장기임대주택을 제외하고도 2주택을 소유하게 되었더라도, 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로서 거주자에게 투기목적이 없고 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에는 종전주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수 없다(대법원 2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결 등 참조).

2) 설령 위 가.항과 같이 보지 않는다고 가정하더라도, 앞서 든 증거와 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사정에 비추어 보면, 이 사건 양도는 ‘1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도’로 보아 양도소득세를 중과할 수 없는 특별한 사정이 인정되는 경우로서 장기보유특별공제도 적용되어야 한다. 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

가) 원고는 2018. 6. 30. 정년퇴직한 공무원으로, 이 사건 주택보다 저렴한 주거로 이사하기 위해 대체주택을 매수하기로 계획하였고, 대체주택 매수계약(2019. 9. 11.)과 이 사건 주택 매도계약(2019. 9. 16.)의 시간적 간격이 불과 5일밖에 되지 않는다. 대체주택 매수 과정에서 원고에게 투기목적 등 다른 목적이 있었다고 볼만한 사정은 보이지 않는다.

나) 각 매매계약의 체결일은 5일밖에 차이가 나지 않는데, 각 계약에서 ‘계약일과 잔금일 사이의 간격’이 3달(이 사건 주택)과 42일(대체주택)로 차이가 나는 바람에원고는 55일간 1세대 3주택을 보유하게 되었다[위와 같은 간격의 차이가 나게 된 것은, 각 매매대금의 다과(多寡), 대금지급방식의 차이(앞서 보았듯 대체주택은 매매대금의 상당 부분을 집주인전세의 전세금으로 돌렸으므로 현실로 바로 지급하여야 할 매매대금이 적어 잔금지급의 부담이 비교적 덜하다)에서 비롯된 것으로 추측된다].

다) 이 사건 양도 대금으로 받은 돈은 당일 또는 그다음 날 바로 대체주택 매수대금으로 지급되었다(양도 대금의 일부는 원고가 이 사건 주택을 담보로 빌린 대출금 변제에도 사용되었다).

라) 피고는 원고에게 투기목적이 있었다고 보아야 한다고 주장하나, 모두 받아들이기 어렵다. 그 주장의 요지와 그에 관한 판단은 아래와 같다.

① [주장: 원고는 이 사건 주택에 거주한 적이 없다] → 판단: 투기목적의 주택양도인지를 판단함에 있어서 ‘보유기간’을 고려하지 않고 ‘거주여부’만으로 투기목적을 추인할 수는 없다(피고가 인용한 대법원 1993. 1. 19. 선고 92누12988 판결도 “일시적으로 거주하거나 소유하다가 양도하는 것이 아니라고 볼 수 있는 일정한 경우…”라고 판시함으로써 보유기간에 방점을 두고 있다). 원고가 1995년부터 약 24년간 이 사건 주택을 보유하다가 정년퇴직을 계기로 매도하였는데, 이 사건 주택에 거주하지 않았다는 사실만으로 투기 목적을 추인할 수는 없다.

② [주장: 원고는 대체주택을 거주목적이 아니라 임대목적으로 취득한 것이고, 조세심판청구서에도 그렇게 기재하였다] → 판단: 원고가 심판청구서에 “대체주택 취득계약 당시 잔금일을 쟁점주택 잔금일과 동일한 2019. 12. 16.으로 설정하여 대체주택 매도인에게 전세로 전환하여 임대할 계획이었습니다.”라고 기재한 것은, 대체주택을 집주인전세로 취득하였다는 대체주택의 매매방식을 설명한 것으로 이해될 뿐이고, 임대목적으로 대체주택을 취득하였다는 뜻으로 이해되지는 않는다. 또한 원고가 2020. 12.경까지 이른바 집주인전세 방식으로 대체주택을 매수한 이상, 원고에게 거주목적이 없었다고 볼 수도 없다(임대차계약이 있는 주택을 매수하면서 그 임대차기간이 종료하면 거주를 시작할 목적으로 그 주택을 매수하였을 경우, 그 남은 임대차기간 동안 매수인이 거주하지 못했다고 하여 그 매수인에게 거주 목적 없이 주택을 매수하였다고 할 수는 없는 것과 같은 이치이다).

③ 오히려 다음과 같은 사정들, ㉠ EEE의 퇴거예정일은 2020. 12.경이어서 원고로서 그때까지 5억 3,000만 원을 그에게 반환할 자금을 마련하여야 하는데 2020. 2.경 이 사건 양도소득세로 596,918,615원을 납부하는 바람에 자금이 부족하게 되어 대체주택에 새로운 임차인을 받아 그 보증금으로 EEE에게 5억 3,000만 원을 돌려준 것으로 보이는 점(국토교통부 실거래가 공시시스템 조회 결과, 대체주택에 관하여 2020. 11. 7. 보증금 5억 3,000만 원/월세 40만 원인 새로운 임대차계약이 체결되었다), ㉡ 이 때문에 원고는 대체주택에서 거주하는 것을 포기하고 2020. 2. 24. OO시 OO구 OO동 소재 아파트에서 보증금 1억 원, 월세 90만 원으로 살기로 계획한 것으로 보이는 점, ㉢ 장기임대주택을 임대목적으로 취득하였다는 점은 원고가 임대사업자 등록을 마침으로써 분명해진 점 등에 비추어 보면, 원고에게 투기목적을 인정하기 어렵다.

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.