수원지방법원-2021-구단-6823 (2023.03.08)

사 건

2021구단6823 양도소득세등부과처분취소

원 고

AAA

피 고

BB세무서장

변 론 종 결

2022. 11. 23.

판 결 선 고

2023. 03. 08.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2020. 5. 15. 원고에 대하여 한 2018년 귀속 양도소득세 176,115,320원(가산세포함) 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고의 세대는 아래와 같이 주택을 보유하고 있었다. 원고는 2018. 4. 25. 아래이 사건 쟁점주택을 13억 5천만 원에 양도하고, 2018. 5. 11. 피고에게 1세대 1주택 고가주택으로 보아 9억 원 초과분 양도차익에 대하여 장기보유특별공제를 하고 일반세율

을 적용하여 양도소득세 7,973,554원을 신고·납부하였다.

<표 생략>

나. 피고는 2020. 5. 15. 원고에게, 원고가 1세대 3주택자이고 이 사건 쟁점주택은 조정대상지역에 소재하므로 소득세법 제104조 제7항 제3호에 따라 중과세율을 적용하고, 같은 법 제95조 제2항에 따라 장기보유특별공제를 배제하여 2018년 귀속 양도소득세 176,115,320원(가산세 포함)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

다. 원고의 신고내역과 피고의 경정내역은 다음과 같다.

<표 생략>

라. 원고는 2020. 8. 5. 이 사건 처분에 불복하여 심판청구를 하였으나, 조세심판원은

2020. 12. 8. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 10호증, 을 제1호증의 각 기재 및 변론 전

체의 취지.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

1) 이 사건 임대주택들은 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 장기임대주택에 해당하므로, 같은 항 제10호에 따라 원고 세대의 소유주택 수에서 제외되고, 이 사건쟁점주택을 취득한 지 1년이 지난 후 이 사건 ○○동주택을 취득하였고, 그로부터 3년

이내에 이 사건 쟁점주택을 양도하였으므로, 원고는 1세대 3주택자가 아니라 소득세법

시행령 제155조 제1항에 따른 1세대 1주택의 특례(일시적 2주택자)에 해당한다. 따라

서 ① 소득세법 제89조 제1항 제3호 가목, 소득세법 시행령 제154조 제1항에 따라 비

과세대상이다. ② 소득세법 제104조 제7항 제3호의 중과세율이 적용되지 아니한다. 소

득세법 시행령 제167조의10 제1항 제14호 신설의 취지도 그러한 것이다. ③ 소득세법

제95조 제2항 단서, 소득세법 시행령 제159조의3에 의해 장기보유 특별공제가 적용되

어야 한다.

2) 국세기본법 제18조 제3항 위배

국세청은 2012년부터 2018년까지 질의회신을 통하여 장기임대주택과 그 외 일시적으로 2주택을 소유하고 있는 경우에는 구 소득세법 제155조, 제154조 제1항이 적용되어 비과세된다고 반복적으로 일관되게 회신하였고, 1세대 3주택자 중과세율 규정인 소득세법 제104조 제7항이 신설되어 2018. 4. 1.부터 시행된 후에도 이러한 해석을 유지하였으며, 이러한 세법의 해석은 일반적으로 납세자들에게도 받아들여졌다. 그런데 국세청은 2019. 11. 1. 돌연 위 해석을 변경하여, 장기임대주택 특례와 일시적 2주택 특례가 중첩 적용되는 경우 9억 초과분에 대하여 중과세율이 적용되고 장기보유특별공제가 적용되지 않는다는 사전법령해석을 생산하였고, 피고는 이에 기초하여 이 사건 처분을 하였다. 이는 국세기본법 제18조 제3항에 위배되고, 법령이 아닌 새로운 해석에 의해 과세하는 것이며, 소급해석에 의한 과세처분으로서 위법하다.

3) 대법원 2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결

대법원은 이 사건과 같이 장기임대주택을 포함하여 일시적 3주택의 경우 거주자에게 투기목적이 없고 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에는 종전주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수 없다고 보고 있다.

4) 가산세 부과 부분

1세대 3주택자에 대한 중과세율을 정한 소득세법 제104조 제7항이 신설되었지만, 소득세법 시행령 제155조 제1항(일시적 2주택 비과세) 및 제20항(임대사업자의 거주주택 비과세) 규정은 삭제되지 않고 여전히 존재하였으며, 임대주택 사업자가 일시적으로 2주택이 된 경우 1세대 1주택의 특례가 적용된다는 국세청의 세법해석 또한 위 신설조항에도 불구하고 유지되었던 점 등을 감안하면, 세법해석상의 의의(疑意)가 있는 경우로서 가산세 부과를 면제할 정당한 사유가 있다고 보아야 한다. 납세자에게 과세관청보다 높은 수준의 세법해석을 기대하기는 어렵고, 예정신고 후 2년이나 지나서 이 사건 처분이 이루어진 점에서도 가산세를 부과하는 것은 위법하다.

5) 이 사건 쟁점주택을 원고가 13년 동안 보유하면서 가액이 급상승하였는데 이는 원고와 아무런 관련이 없음에도 그로 인해 막대한 양도소득세와 가산세까지 부담하게 되었다. 이 사건 처분은 원고에게 지나치게 가혹하므로 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지와 같다(이하에서 구법의 법령 연혁은 이에 따르고 따로 표시하지 아니한다).

다. 판단

1) 관련 규정의 내용

조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).

구 소득세법 제89조 제1항 제3호, 제95조 제3항 및 구 소득세법 시행령 제156조 제1항, 제160조 제1항은 ‘양도 당시의 실지거래가액이 9억 원을 초과하는 고가주택’의 경우 1세대 1주택 비과세 특례 대상에서 제외하고 있다.

한편 구 소득세법 제104조 제7항 제3호에서는 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도’의 경우 양도소득세율을 제55조 제1항에 따른 일반세율에 20%를 더한 중과세율을 적용하도록 규정하고 있고, 제95조 제2항 본문의 괄호 규정에서는 ‘제104조 제7항 각 호에 따른 자산’은 장기보유특별공제 대상에서도 제외하도록 규정하고 있다. 이러한 규정들은 2017. 12. 19. 소득세법이 개정되면서 신설된 것이다.

그리고 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항은 ‘소득세법 제104조 제7항 제3호에서 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택이라 함은 국내에 주택을 3개 이상 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지아니하는 주택을 말한다’고 규정하면서 제2호에서 장기임대주택을, 제10호에서 1세대가 제2호 등에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당주택을 들고 있다. 즉 1세대 3주택자라 하더라도 위 각 호에 해당하는 주택을 양도하는 경우에는 구 소득세법 제104조 제7항에 따른 중과세율 적용에서 제외된다.

그러나 ‘중과세율이 적용되는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’에 해당하는지를 판단하기 위하여 1세대가 소유하는 주택의 수를 계산할 때에는 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호에 해당하는 주택(수도권 및 광역시․특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택)만을 산입하지 아니할 뿐 나머지 각 호에 해당하

는 주택은 장기임대주택 등이라 할지라도 모두 산입한다.

한편 1세대 1주택 비과세 특례 규정, 1세대 2주택 중과세 규정 및 1세대 3주택 이상 중과세 규정 상호간에는 그 적용 대상 및 주택 수 계산에 관한 규정을 각각 독립적으로 두고 있으므로, 원칙적으로 각 비과세 또는 중과세 사유를 개별적으로 검토하여 그 해당 여부를 따져 보아야 한다.

2) 1세대 3주택 이상에 해당하는지 여부

이 사건 쟁점주택은 9억 원을 초과하는 고가주택으로서 양도 당시 조정대상지역에 있고, 원고의 세대가 그 외에도 이 사건 ○○동주택과 임대주택 6채를 소유하고 있었음은 앞서 본 바와 같다. 이들은 모두 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호에 정한 주택에 해당하지 아니하므로, 원고 세대의 소유주택 수를 계산함에 있어서는 이를 모두 포함하여야 한다. 결국 원고는 1세대 3주택 이상인 경우에 해당한다.

따라서 6채의 임대주택이 소유주택 수에서 제외되어야 한다는 원고의 주장이나 더나아가 이를 전제로 원고가 이 사건 쟁점주택과 ○○동 주택만을 소유한 것으로 보아 구 소득세법 시행령 제155조 제1항의 1세대 1주택 특례(일시적 2주택)가 적용되어야 한다는 주장, 이를 전제로 소득세법 제95조 제2항 단서, 소득세법 시행령 제159조의3에 의해 장기보유 특별공제가 적용되어야 한다는 주장은 모두 이유 없다.

다음으로, 이 사건 쟁점주택은 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 각 호에서 정한 주택에 해당하지 아니하므로 중과세율 적용에서 제외되지 아니한다. 원고 세대는 이 사건 쟁점주택을 양도할 당시 이 사건 임대주택들 외에도 ○○동주택도 소유하고 있었으므로, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제10호 ‘장기임대주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우’에도 해당하지 아니한다. 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항에서는 원고가 주장하는 유형인 ‘장기임대주택을 제외하고 일시적 2주택에 해당하는 경우’를 ‘양도소득세가 중과되는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’의 예외로 규정하고 있지도 않다. 이는 양도소득세가 중과되는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 범위를 규정하고 있는 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 제8호에서 일시적 2주택에 해당하는 경우 종전 주택을 예외로 규정하고 있는 것과도 대비된다.

2021. 2. 17. 소득세법 시행령 개정으로 신설된 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 제14호는 ‘법 제104조 제7항 제1호에서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택’에 관한 규정이지 1세대 3주택자에 관한 것이 아니고, 조세감면의 특례규정을 유추적용할 수 있는 것도 아니며, 1세대 2주택자보다 1세대 3주택자에 대한 규제가 더 강하다는 점에서도 양자를 동일한 기준으로 해석할 것도 아니다.

따라서 이 사건 쟁점주택의 양도는 구 소득세법 제104조 제7항 제3호에서 정한 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도’에 해당하므로 중과세율이 적용되고, 구 소득세법 제95조 제2항 괄호 부분에 따라 장기보유특별공제가 배제된다.

3) 국세기본법 제18조 제3항 주장에 대하여

국세기본법 제18조 제3항에서 정하는 ‘새로운 해석이나 관행에 의한 소급과세 금지의 원칙’은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의의 관념에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용되는 것으로서, 위 법규정에서 말하는 ‘일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석이나 관행’의 존재에 대한 증명책임은 납세자에게 있고(대법원 2006. 6. 29. 선고 2005두2858 판결, 대법원 1992. 9. 8. 선고 91누13670 판결 등 참조), 어떠한 국세행정의 관행이 국세기본법 제18조 제3항의 적용대상이 되는 관행으로 성립된다고 하려면 그러한 관행에 따른 과세 또는 비과세의 사실상태가 장기간에 걸쳐 지속되어야 한다. 따라서 법원의 최종적인 판결이 있기 전까지는 어떠한 국세행정의 관행이 국세기본법 제18조 제3항의 적용대상이 되는 관행으로 성립되었는지가 명백히 밝혀졌다고 단정할 수 없다(대법원2013. 12. 26. 선고 2011다103809 판결 참조).

조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택자 또는 1세대 3주택자 이상에 해당하는 주택의 양도의 경우 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하도록 규정한 구 소득세법 규정은 2017. 12. 19. 소득세법이 개정되면서 신설된 것으로 해당 소득세법 부칙에 따라 2018. 4. 1.부터 시행된 것인데, 위 조항의 신설이유는 조정대상지역 내의 부동산 투기를 억제하기 위하여 2주택 이상 보유자가 조정대상지역 내의 주택을 양도하는 경우에 양도소득세를 중과하고 장기보유특별공제를 배제하여 과세형평을 제고하기 위한 것으로서 2018. 4. 1. 이후에 양도된 주택에 대하여 적용된다.

원고가 주장하는 국세청의 질의회신 등은 위와 같이 개정된 소득세법이 시행되기 이전의 사안들로서 위 개정법이 적용되지 않는 것들이다. 나아가 원고가 제출한 증거만으로는 원고가 주장하는 비과세관행이 있었다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

덧붙여, 이 사건 처분은 앞서 본 바와 같이 법령에 근거한 것이고, 법령에 없는 해석에만 기초한 것이 아니며, 이 사건 쟁점주택의 양도는 위 근거법령의 시행일 이후에 있었으므로 소급과세라 할 수 없다.

4) 대법원 판례 주장에 대하여

가) 대법원 2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결의 내용 구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제104조 제1항 제2호의3은 ‘대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’의 양도에 대하여 60%의 중과세율을 적용하도록 규정하고, 그 위임을 받은 구 소득세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것) 제167조의3 제1항은 “법 제104조 제1항 제2호의3의 규정에서 ‘대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’이라 함은 국내에 주택을 3개 이상 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 1에 해당하지 아니하는 주택을 말한다”라고 규정하면서 제2호 (가)목에서 ‘같은 시․군에서 5호 이상의 국민주택을 임대하고 있는 거주자가 10년 이상 임대하는 등의 일정한 요건을 갖춘 임대주택’(이하 ‘장기임대주택’이라 한다)을, 제10호에서 ‘1세대가 제2호 등에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 당해 주택’(이하 ‘일반주택’이라 한다)을 각 들고 있다.

구 소득세법 제104조 제1항 제2호의3, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 (가)목, 제10호 등은, 투기 목적의 주택 소유를 억제하여 주택 가격의 안정과 주거생활의 안정을 도모하려는 취지에서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에 대하여 원칙적으로 60%의 중과세율을 적용하도록 하는 한편, 임대주택의 공급을 활성화함

으로써 서민과 중산층의 주거안정을 지원하기 위하여 장기임대주택과 더불어 일반주택

도 중과세율의 적용 대상에서 제외하고 있다. 이러한 입법 취지와 관련 규정의 체계등에 비추어 보면, 일반주택(이하 ‘종전주택’이라 한다)과 장기임대주택을 소유한 거주자가 다른 주택(이하 ‘대체주택’이라 한다)을 취득함으로써 장기임대주택을 제외하고도 2주택을 소유하게 되었더라도, 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로서 거주자에게 투기목적이 없고 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에는 종전주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수는 없다고 봄이 상당하다.

나) 위 대법원 판례 사안은 장기임대주택을 포함하여 1세대 3주택자인 사람이 대체주택을 취득한 지 4개월만에 종전주택을 양도한 경우이다. 그와 달리 이 사건 ○○동주택(대체주택)의 취득일은 2016. 2. 23.이고 이 사건 쟁점주택의 양도일은 2018. 4. 25.로서 2년 2개월이나 지난 점, 원고는 이 사건 쟁점주택(종전주택)을 양도한 후에도

여전히 그곳에서 2020. 2. 20.까지 22개월 가량 거주하였고, 그 후 다른 주택을 임차하여 2020. 11.경까지 9개월 가량 거주한 후인 2020. 11.경에서야 위 ○○동주택으로 전입한 사정을 감안하면, 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우라고 보기 어렵다.

5) 가산세 부과 부분

가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재이다. 따라서 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 납세의무자가 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없다(대법원 2016. 10. 27. 선고 2016두44711 판결 참조). 그러나 세법 해석상 의심스러운 부분으로 인한 견해의 대립 등이 있다고 할 수 없음에도 납세의무자가 자기 나름의 해석에 의하여 납세 등의 의무가 면제된다고 잘못 판단한 것은 단순한 법령의 부지나 오해에 불과하여 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2004. 6. 24. 선고 2002두10780 판결 등 참조).

이 사건에서 원고가 주장하는 사정을 감안하더라도, 원고의 경우 앞서 본 바와 같이 1세대 3주택 이상을 소유하였음이 명백하므로 소득세법 시행령 제155조 제1항(일시적 2주택 비과세) 및 제20항(임대사업자의 거주주택 비과세)은 적용되지 않는 점, 원고가 들고 있는 국세청 회신은 이 사건 처분의 근거가 된 신설 규정이 시행되기 이전의 사안들에 대한 것인 점 등을 종합하여 보면, 원고가 위 정당세액에 관한 양도소득세 신고·납부의무를 이행하지 않은 것은 단순한 법률의 부지나 오해로 인한 것으로서 가산세 부과를 면제할 정당한 사유가 있는 때에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 이 부분 원고의 주장은 이유 없다.

6) 이 사건 쟁점주택의 양도로 인해 상당한 양도차익(8억 6천여만 원)이 발생하였는데, 이는 원고 주장처럼 원고와 무관하게 시세변동으로 인한 것으로 보인다. 그럼에도 불구하고 그 양도차익과 이 사건 처분의 세액을 비교해보면, 이 사건 처분이 원고에게 가혹하다고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.