청주지방법원-2022-구합-50484 (2023.05.11)

사 건

2022구합50484 가산세 부과 처분 취소 청구의 소

원 고

AA종중

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2023. 3. 16.

판 결 선 고

2023. 5. 11.

주 문

1. 피고가 2021. 4. 16. 원고에 대하여 한 2018 사업연도 법인세 신고불성실가산세

XX,XXX,XXX원 및 납부불성실가산세 XX,XXX,XXX원의 각 부과처분을 모두 취소한다.1)

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 XXXX XXX의 후손들로 구성된 종중이다.

나. 원고는 주식회사 한국XXXX에게 XX XXX XXX XXX 산 XXX-XX 임야 XX,XXX㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 X,XXX,XXX,000원에 매도하기로 하고, 2018. x. XX. 위 주식회사에 대하여 2017. XX. xx.자 매매(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다)를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.

다. 원고는 2018. X. XX. 원고의 대표자 주소지 관할관청인 XX세무서장에게 2018년 귀속 양도소득세 XXX,XXX,XXX원을 예정신고하고 2018. X. XX. 이를 자진납부하였다

(이하 통틀어 ‘이 사건 양도소득세 신고’라 한다).

라. 원고는 2019. X. XX. 원고의 당시 관할관청이었던 XX세무서장에게 이 사건 토지의 이전등기일이 이 사건 양도소득세 신고와 달리 이 사건 토지의 취득시기라고 주장하면서, 이를 기준으로 재산정한 양도소득세와 원고가 기신고·납부한 2018년 귀속 양도소득세의 차액에 해당하는 XXX,XXX,XXX원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구(이하 ‘이 사건 경정청구’라 한다)를 하였다.

마. 이 사건 경정청구를 이관받은 XX세무서장은 2019. X. X. 이를 거부하는 결정을 하였고, 원고는 2019. X. XX. 이에 불복하여 조세심판을 청구하였다.

바. 조세심판원은 2020. X. XX. ‘만약 ㉠ 원고가 법인으로 보는 단체에 해당하고, ㉡이 사건 토지가 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용되었다면 원고의 주장과 같이 양도소득세 및 법인세 납세 의무가 없다‘고 판단하고, 원주세무서장에게 위 각 요건의 충족 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하라는 취지의 재조사결정을 하였다(조심 20XX중XXXX).

사. 원고는 2020. X. XX. 세적변경에 따라 원고의 관할관청이 된 피고에게 이 사건 토지의 양도소득을 원고의 2018 사업연도 소득금액에 산입하여 산정한 법인세XXX,XXX,XXX원을 기한후 신고·납부(이하 ’이 사건 법인세 신고‘라 한다)하였다.

아. 한편 XX세무서장은 2020. X. XX. 위 재조사결정에 따라 양도소득세 부분을 취소하고, 법인세법을 적용하여 과세하기로 하는 결정을 하고, 2020. X. XX. 원고에 대하여 기납부한 양도소득세 XXX,XXX,XXX원(기납부한 양도소득세액 XXX,XXX,XXX원 중 일부 환급받은 X,XXX,XXX원을 공제한 금원 XXX,XXX,XXX원 + 환급가산금 X,XXX,XXX원)을 환급하였다.

자. 피고는 이 사건 법인세 신고에 관하여 법인세법 제62조의2의 비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례규정을 적용할 수 없다고 보아 2021. X. XX. 원고에 대하여 이 사건 법인세 신고시 누락한 무신고 가산세 XX,XXX,XXX원(세율 20.00%) 및 납부불성실가산세 XX,XXX,XXX원(세율 0.025%, 일수 XXX일)의 합계 XX,XXX,XXX원을 경정·고지하였다.

차. 원고는 이에 불복하여 20XX. X. XX. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 20XX. XX. X. 이를 기각하는 결정이 내려졌다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 7, 8호증, 을 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론

전체의 취지

2. 본안전 항변에 관한 판단

가. 피고의 주장

원고는 이 사건 소 제기와 관련하여, 총회의 결의가 있었다거나 원고 규약에 별도로 규정된 내부적 절차가 존재함을 입증할 자료를 제출하지 아니하였다.

나. 판단

1) 종중소유의 재산은 종중원의 총유에 속하는 것이므로 그 관리 및 처분은 먼저 종중규약에 정한 바가 있으면 이에 따라야 하고, 그 점에 관한 종중규약이 없으면 종중총회의 결의에 의하여야 한다(대법원 1994. 9. 30. 선고 93다27703 판결 등 참조). 종중이 적법한 총회결의를 거치지 않고 총유재산에 관한 소송을 제기하였다고 하더라도, 이후에 적법한 총회결의를 거쳐 앞서 진행된 소송행위를 추인하게 되면 행위 시에 소급하여 효력을 갖게 된다(대법원 2016. 7. 7. 선고 2013다76871 판결 등 참조).

2) 갑 제15호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2023. X. XX.에 열린 2023년도 정기총회에서 이 사건 처분과 관련하여 행정소송 제기와 기존 심판 및 소송절차를 모두 추인하기로 결의하였는바, 결국 이 사건 소는 적법하게 제기되었다고 봄이 타당하다. 따라서 피고의 본안전항변은 이유 없다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

다음과 같은 이유에서 원고에게 가산세를 부과할 수 없으므로, 이 사건 처분은 위법하다.

1) 법인세법은 비영리내국법인이 양도소득세과세표준 예정신고를 한 경우 법인세 과세표준을 신고한 것으로 간주하도록 규정하고 있다. 원고의 이 사건 양도소득세 신고도 양도소득과세표준 예정신고로서 법인세법에 의한 과세표준 신고로 볼 수 있으므로, 법인세 신고 및 납부가 지연되었다고 볼 수 없다.

2) 원고는 이 사건 토지의 양도차익에 관하여 이 사건 양도소득세 신고를 통하여 이미 납세의무를 이행하였고, 이는 당시 불리한 규정을 적용하여 더 많은 세액을 납부한 것이다. 이후 경정청구와 조세심판에서 주위적으로 위 양도소득세의 과세요건(토지의 취득시기)에 대하여 다투고, 예비적으로 법인세로 세목 변경을 주장하였으며, 조세심판원의 결정과 세무서장의 판단이 있은 이후 동일한 사실관계에 대하여 단지 적용 법률을 달리하여 법인세로 기한 후 신고를 하였는바, 원고가 납세의무를 성실하게 이행하였고, 그 상태에서 구제절차를 거쳐 다른 결정을 받은 것이어서, 원고에게 조세의무를 면탈하거나 위법한 방법으로 조세의무를 면할 목적이 있었던 것이 아니다. 달리 원고에게 의무를 해태한 사정이 있다고 볼 수 없고, 법인세를 신고· 납부할 수 있을 것으로 기대할 수 없다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 가산세 감면의 정당한 사유가 인정되는지 여부

먼저 원고에게 구 국세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제48조 제1항 제2호의 가산세 감면의 정당한 사유가 인정되는지 여부에 관하여 본다.

가) 관련 법리

가산세는 과세권의 행사와 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정적 제재로서, 정당한 사유가 있는 때에는 이를 부과하지 않는다(구 국세기본법 제48조 제1항 제2호). 따라서 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법 해석상 견해가 대립하는 등으로 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것에 책임을 귀속시킬 수 없는 합리적인 이유가 있을 때 또는 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하기 어려운 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리한 점을 비난할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 가산세를 부과할 수 없다(대법원 2002. 8. 23. 선고 2002두66 판결, 대법원 2016. 10. 27. 선고 2016두44711 판결, 대법원 2017. 7. 11. 선고 2017두36885 판결 등

참조).

또한 가산세는 세법에서 규정한 신고·납세 등 의무 위반에 대한 제재인 점, 구 국세기본법이 세법에 따른 신고기한이나 납부기한까지 과세표준 등의 신고의무나 국세의납부의무를 이행하지 않은 경우에 가산세를 부과하도록 정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 가산세를 면할 정당한 사유가 있는지 여부는 특별한 사정이 없는 한 개별 세법에 따른 신고·납부기한을 기준으로 판단하여야 한다(대법원 2022. 1. 14. 선고 2017두41108 판결 참조).

나) 인정 사실

(1) 원고는 2018. 4.경 2018년 귀속 양도소득세 XXX,XXX,XXX원을 예정신고·납부(이 사건 양도소득세 신고)한 후 2018. XX. XX. 당시 원고의 관할 관청이었던 XX세무서장으로부터 국세기본법 제14조 제3항의 ‘법인으로 보는 단체’로 승인을 받았다.

(2) 원고가 20XX. X. XX. XX세무서장에게 한 이 사건 경정청구는 원고가 기납부한 양도소득세의 일부 환급을 내용으로 하는 것으로서, 그 이유는 ‘이 사건 토지의 취득시기는 (등기원인일을 기준으로 하여 관련 법령에 따라 취득일로 의제되는) 당초 신고일(19XX. X. X.)이 아닌 소유권이전등기일(19XX. X. XX.)이므로 위 이전등기일을 기준으로 양도소득세의 환산취득가액을 다시 산정하여야 한다’는 것이었다.

(3) XX세무서장은 이 사건 경정청구를 이관받고 2019. X. X. 위 청구를 거부하는 결정을 하였는데, 이는 ‘이 사건 토지의 등기원인일에 매매가 이루어지지 않았거나 이 사건 토지가 원고가 명의신탁한 부동산이 아니라는 증거가 없으므로, 이 사건 토지는 종중원인 XXX 외 5인으로 명의신탁한 것을 종중명의로 취득한 것으로 추정된다’는 취지로, 양도소득세의 환급 여부에 관한 내용이었다.

(4) 원고는 2019. X. XX. 이에 불복하여 조세심판을 청구하면서 ① 양도소득세와 관련하여 ‘소득세법 제98조, 소득세법 시행령 제162조 제1항 제1호에 따라 이 사건 토지의 취득시기를 소유권이전등기일(19XX. X. XX.)로 보아야 한다’고 주장하였고(이하 ‘양도소득세 쟁점’이라 한다), ② 추가로 이 사건 토지의 양도차익을 원고 법인의 최초사업연도의 손익에 산입할 수 있음을 전제로 ‘이 사건 토지는 처분일 현재 3년이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산에 해당한다’면서, 이 사건 토지의양도차익은 법인세법 적용을 받으므로 원고에게 양도소득세 및 법인세 납세의무가 없다는 주장(이하 ‘추가 쟁점’이라 한다)을 하였다. 구체적인 내용은 아래와 같다.

(5) 위 과정에서 XX세무서장은 ① 양도소득세 쟁점에 관하여는 이 사건 토지의 취득시기를 당초 원고의 신고와 같이 19XX. XX. XX.(의제취득일 19XX. X. X.)로 보아야 하고, ② 추가 쟁점에 관하여는 원고가 법인으로 보는 단체로 승인받은 20XX. XX. XX.은 이 사건 매매계약일(20XX. XX. XX.) 기준 1년이 경과한 때이므로, 원고가 이 사건 토지를 처분함으로써 발생한 양도차익은 사실상 법인으로 보는 단체인 원고에게 귀속시킬 수 없다고 주장하였다.

(6) 조세심판원은 20XX. X. XX. ① 양도소득세 쟁점에 관하여는 이 사건토지의 취득시기는 의제취득일(19XX. X. X.)이라 하여 원고의 주장을 받아들이지 않았다. 다만 앞서 처분의 경위에서 본 바와 같이 ② 추가 쟁점과 관련하여 ‘만약 ㉠ 원고가 법인으로 보는 단체에 해당하고, ㉡ 이 사건 토지가 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용되었다면 원고의 주장과 같이 양도소득세 및 법인세 납세의무가 없다‘고 판단하고, XX세무서장에게 위 각 요건의 충족 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하라는 취지의 재조사결정(조심 20XX중XXXX, 이하 ’이 사건 재조사결정‘이라 한다)을 하였다. 자세한 내용은 아래와 같다.

(7) 앞서 처분의 경위에서 본 바와 같이 원고가 2020. 8. 19. 피고에게 이 사건 법인세 신고를 하자, 원주세무서장은 2020. 8. 20. 이 사건 재조사결정에 따라 ① 양도소득세 부분을 취소하고, ② 법인세법을 적용하여 과세하기로 결정하면서, 2020. 8. 24. 원고가 기납부한 양도소득세 280,021,120원을 환급하고, 청주세무서장에게 과세자료를 송부하였다. 자세한 내용은 아래와 같다.

연도·

기분

세목

구분

당초결정

경정

결정

감소된

금액

결정내용

2018년

양도

소득세

과세

표준

733,533,659

0

733,533,659

○ 원고를 법인으로 보는 단체로 보아 쟁점 양도소득세는 결정 취소하고, 법인세법을 적용하여 과세

○ 이 사건 토지 양도일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하지 않아 법인세법 제4조 및 동법 시행령 제3조에 의거 법인의 과세소득으로 결정

세액

272,684,136

0

272,684,136

(8) 원고는 20XX. X. XX. 이 사건 재조사결정에 불복하여 XX세무서장의 양도소득세경정거부처분에 대하여 취소를 구하는 소(XX지방법원 20XX구합XXXXX호, 이하 ’선행 소송‘이라 한다)를 제기하였다. XX세무서장은 위 선행소송에서 원고가 신고·납부한 양도소득세를 환급하여달라는 취지의 이 사건 소는 이미 모두 환급결정으로 더 이상 다툴 소의 목적물이 없어 부적법하다며 본안전항변을 하였고, 원고는 20XX. X. X. 선행 소송을 취하하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 앞서 든 각 증거, 갑 제12호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

다) 구체적 판단

이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 원고가 이 사건 토지의 양도소득에 관하여 2018 사업연도 법인세 법정신고ㆍ납부기한인 2019. 4. 1.까지 법인세로 신고ㆍ납부하지 아니하였다고 하더라도 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 봄이 타당하다. 그 구체적 이유는 다음과 같다.

(1) 원고의 2018 사업연도 법인세의 신고ㆍ납부의무는, 이 사건 토지의 양도차익에 관하여 이를 비영리내국법인인 원고의 2018 사업연도의 소득에 해당하는 것으로 평가할 수 있어 법인세법의 적용 대상이 되는 경우 성립한다. 즉 양도소득세와 법인세 모두 기본적으로 이 사건 토지의 양도차익을 과세대상으로 한다는 공통점이 있다. 그런데 원고가 법인으로 보는 단체로 승인을 받은 것은 20XX. XX. XX.로, 이는 원고가 이 사건 토지의 양도차익에 관하여 소득세법에 따라 양도소득세의 신고ㆍ납부를 완료한 20XX. X.경 이후의 일이다. 또한 뒤에서 보는 바와 같이 이 사건 토지의 양도차익에 관하여 법인세법의 적용 여부가 명확하지 아니하고, 원고가 소득세법에 따라 기납부한 양도소득세 금액은 원고가 법인세법의 적용 대상이 될 경우 납부해야 할 2018 사업연도 법인세 세액을 초과하고 있기도 한 상황이었으므로, 원고가 스스로 이 사건 토지의 양도차익이 법인세법상 과세대상에 해당한다고 보아 2018 사업연도 법인세로 신고·납부할 것을 기대하기는 어렵다.

(2) 원고의 경우 이 사건 토지의 양도차익에 관하여 이 사건 토지의 처분시기를 매매계약일 혹은 이전등기일 중 어느 것으로 볼 것인지에 따라 법인세법의 적용을 받을 수 있는지 여부가 달라질 수 있었고, 실제로 원고가 양도소득세 일부 환급을 구하는 과정에서 20XX. X. XX. 조세심판원에 XX세무서장의 경정거부처분에 대하여 심판청구를 하였을 당시, XX세무서장은 위 인정사실에서 본 것처럼 ’법인세법상 소득 발생시점을 이 사건 매매계약일을 기준으로 해야 한다‘는 이유로 원고가 법인세법의 적용을 받아 법인세를 납부할 수는 없다는 의견을 밝힌 바 있다. 이러한 사정은 세법 해석상의 견해가 대립하는 경우에 해당한다고 볼 여지를 제공한다.

(3) 또한 원고는 이 사건 경정청구까지는 양도소득세 쟁점, 즉 이 사건 토지의 취득일을 등기경료일로 보아야 하고 그에 따라 소득세법상 양도소득세의 환급이 이루어져야 한다는 점에 대하여만 주장하였을 뿐 법인세법의 적용을 주장한 바 없었는데, XX세무서장이 이 사건 경정청구를 거부하는 결정을 함에 따라 조세심판 단계에서 추가 쟁점으로 ’법인세법의 적용을 받을 경우 이 사건 토지 양도차익에 관하여 문제되는 양도소득세 내지 법인세가 면제될 수 있다‘는 취지의 예비적 주장을 추가하였다. 따라서 원고는 적어도 조세심판원이 20XX. X. XX. 양도소득세 부분에 관한 경정청구는 받아들이지 않으면서도, 위 예비적 주장을 일부 받아들여 ’법인세 과세대상이 될 수 있다‘고 판단하고, 원고의 법인 해당 여부 등을 조사하여 법인세 면제 또는 부과여부를 결정하라는 취지의 재조사결정을 할 때까지는 이 사건 토지의 양도차익에 관하여 법인세를 적용할 수 있는지 명확히 알 수 없었다고 봄이 타당하다.

(4) 한편 원고가 법인세법의 적용을 받을 경우, 법인세법 제62조의2가 정한 비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례에 따라 소득세법 제105조부터 제107조까지의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부 방식을 택할 수도 있었는데, 이는 원고가 기납부한 양도소득세 납부 방식과 과세표준, 세율 등 산정에 있어 방식이 동일하고, 다만 신고서식의 차이가 있을 뿐이다. 여기에다가 앞서 본 법인세의 납부 경위 및 원고가 이 사건 양도차익에 대하여 법인세가 아닌 양도소득세 신고를 함으로써 법인세 신고를 하였을 경우보다 더 많은 세액을 신고·납부한 것으로 나타나는 점 등을 감안할 때 원고에게 가산세까지 부과하는 것은 현실적으로도 가혹한 측면이 있다.

(5) 피고는 XX세무서장이 원고의 양도소득세 관련 기납부세액뿐만 아니라 가산금을 더하여 환급하여 준 점, 원고로서는 법인세 신고를 하면서 기납부한 양도소득세에 관하여 환급 충당청구를 할 수 있었던 점 등을 들어 가산세를 감면하여 주는 것은 부당하다고 주장한다. 그러나 앞서 본 원고의 양도소득세 환급 및 법인세 납부 경위, 즉 원고는 이 사건 재조사결정 뒤에도 이에 불복하고 선행 소송 등을 통하여 줄곧 양도소득세의 납부 및 (일부 조정에 따른) 환급을 희망하였으나, XX세무서장이 이 사건 재조사결정에 따라 법인세법을 적용하여 과세하기로 결정하여 피고에게 해당 과세자료를 통지하였고, 이후 양도소득세 환급결정은 원고가 피고에게 법인세를 신고·납부한 후에야 이루어진 것이며, 원고의 선행 소송 취하 또한 위 양도소득세 환급결정으로 인하여 불가피하게 이루어진 사정 등을 고려할 때 양도소득세 경정을 처리한 XX세무서에서 잘못 신고·납부된 양도소득세를 전부 환급하기보다는 그 일부를 선제적으로 원고의 법인세에 충당할 수도 있었던 점, 납부불성실가산세는 납세의무자로 하여금 성실하게 세액을 납부하도록 유도하여 그 납부의무의 이행을 확보함과 아울러 신고 납부기한까지 미납부한 금액에 대하여 금융혜택을 받은 것으로 보아 그 납부의무 위반에 대하여 가하는 행정상의 제재로서 명목에 맞는 정확한 납부행위를 하지 않은 것을 제재하기 위한 것이 아니라 조세채권 이상의 납부세액을 확보하는데 그 취지가 있는 것으로 보이는 점 등을 종합할 때, 피고의 위 주장만으로는 가산세를 면할 정당한 사유가 있다는 점을 부정하기 어렵다.

2) 소결

원고에게 법인세 신고·납부를 지연한 데 정당한 사유가 인정되는 이상, 그와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 원고의 나머지 주장에 관하여 살펴볼 필요 없이 구 국세기본법 제48조 제1항을 위반하여 위법하므로, 취소되어야 한다.

4. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이

판결한다.

관계법령

■ 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전)

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. "비영리내국법인"이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.

다. 「국세기본법」 제13조제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)

제3조(과세소득의 범위)

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

5. 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

제62조의2(비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례)

① 비영리내국법인(제3조제3항제1호에서 규정하는 수익사업을 하는 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조제3항제4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 "자산양도소득"이라 한다)이 있는 경우에는 제60조제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 소득은 제14조에 따른 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다.

1. 「소득세법」 제94조제1항제3호에 해당하는 주식등과 대통령령으로 정하는 주식등

2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)

3. 「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호의 자산

② 제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 「소득세법」 제92조를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 같은 법 제104조제4항에 따라 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의2를 적용하지 아니한다.

③ 제2항을 적용할 때 「소득세법」 제92조를 준용하여 계산한 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 이 조에서 "양도가액"이라 한다)에서 필요경비를 공제하고, 공제한 후의 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 「소득세법」 제95조제2항 및 제103조에 따른 금액을 공제하여 계산한다.

④ 제3항에 따른 양도가액, 필요경비 및 양도차익의 계산에 관하여는 「소득세법」 제96조부터 제98조까지 및 제100조를 준용한다. 다만, 「상속세 및 증여세법」에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연(出捐)받은 비영리내국법인이 대통령령으로 정하는 자산을 양도하는 경우에는 그 자산을 출연한 출연자의 취득가액을 그 법인의 취득가액으로 하며, 「국세기본법」 제13조제2항에 따른 법인으로 보는 단체의 경우에는 같은항에 따라 승인을 받기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다.

⑤ 자산양도소득에 대한 과세표준의 계산에 관하여는 「소득세법」 제101조 및 제102조를 준용하고, 자산양도소득에 대한 세액계산에 관하여는 같은 법 제93조를 준용한다.

⑥ 제2항에 따른 법인세의 과세표준에 대한 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관하여는 자산양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 그 밖의 법인세액에 합산하여 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수한다. 이 경우 제76조제1항을 준용한다.

⑦ 제2항에 따라 계산한 법인세는 「소득세법」 제105조부터 제107조까지의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 「소득세법」 제112조를 준용한다.

⑧ 비영리내국법인이 제7항에 따른 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. 다만, 「소득세법」 제110조제4항 단서에 해당하는 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다.

⑨ 제1항부터 제8항까지의 규정에 따른 자산양도소득에 대한 특례의 적용방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

■ 구 법인세법 시행령(2019. 2 . 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것)

제2조(수익사업의 범위)

② 법 제3조제3항제5호 단서에서 "대통령령으로 정하는 수입"이란 해당 고정자산의 처분일(「국가균형발전 특별법」 제18조에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다. (이하 생략)

제3조(사업연도의 개시일)

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 최초사업연도의 개시일전에 생긴 손익을 사실상 그 법인에 귀속시킨 것이 있는 경우 조세포탈의 우려가 없을 때에는 최초사업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니하는 범위내에서 이를 당해 법인의 최초사업연도의 손익에 산입할 수 있다. 이 경우 최초사업연도의 개시일은 당해 법인에 귀속시킨 손익이 최초로 발생한 날로 한다.

제99조의2 [비영리내국법인의 자산양도소득 과세특례]

② 법 제62조의2제1항 각호의 규정에 의한 자산의 양도소득에 대한 과세특례는 동조제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도 단위별로 이를 적용한다. 이 경우 각 사업연도 단위별로 이를 적용하지 아니한 때에는 당해 사업연도의 양도소득에 대하여는 법 제62조의2의 규정을 적용하지 아니한다.

③ 법 제62조의2제4항 단서에서 "대통령령으로 정하는 자산"이란 출연받은 날부터 3년 이내에 양도하는 자산을 말한다. 다만, 1년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(보건업 외에 제2조제1항에 해당하는 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 자산을 제외한다.

1. 법령에서 직접 사업을 정한 경우에는 그 법령에 규정된 사업

2. 행정관청으로부터 허가· 인가 등을 받은 경우에는 그 허가· 인가 등을 받은 사업

3. 제1호 및 제2호외의 경우에는 법인등기부상 목적사업으로 정하여진 사업

④ 「상속세 및 증여세법」에 의하여 상속세과세가액 또는 증여세과세가액에 산입되지 아니한 출연재산이 그 후에 과세요인이 발생하여 그 과세가액에 산입되지 아니한 상속세 또는 증여세의 전액 상당액이 부과되는 경우에는 제3항의 규정을 적용하지 아니한다.

⑤ 비영리내국법인이 법 제62조의2제7항의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 한 경우에도 법 제60조제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 할 수 있다. 이 경우 예정신고납부세액은 법 제64조의 규정에 의한 납부할 세액에서 이를 공제한다.

⑥ 법 제62조의2제7항의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고를 하는 경우에는 기획재정부령이 정하는 양도소득과세표준예정신고서를 제출하여야 한다.

■ 구 법인세법 시행규칙(2019. 3. 20. 기획재정부령 제730호로 개정되기 전의 것)

제82조 [서식]

① 법인세 및 법인세에 부가되는 농어촌특별세의 신고 및 납부에 관한 서식은 다음 각 호와 같다. 이 경우 영 제97조제5항제1호에 따른 세무조정계산서 부속서류는 제4호, 제5호, 제6호, 제6호의2, 제7호부터 제13호까지, 제15호 및 제16호, 제16호의2, 제17호부터 제29호까지, 제32호부터 제35호까지, 제37호부터 제40호까지, 제40호의2, 제41호부터 제44호까지, 제44호의2 및 제44호의3, 제45호부터 제50호까지, 제50호의2부터 제50호의4까지, 제52호부터 제56호까지, 제60호의 서류 중 해당 법인과 관련된 서류로 한다.

56의2. 영 제99조의2제6항의 규정에 의한 별지 제57호의2서식의 비영리내국법인의 양도소득 과세표준예정신고서

■ 구 국세기본법

제13조(법인으로 보는 단체 등)

② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.

④ 제1항과 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자나 관리인이 이행하여야 한다.

제47조의2(무신고가산세)

① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」 제9조에 따른 신고 중 금융·보험업자가 아닌 자의 신고와 「농어촌특별세법」 및 「종합부동산세법」에 따른 신고는 제외한다)를 하지 아니한 경우에는 그 신고로 납부하여야 할 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "무신고납부세액"이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 금액을 가산세로 한다.

1. 부정행위로 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고를 하지 아니한 경우: 100분의 40(국제거래에서 발생한 부정행위인 경우에는 100분의 60)

2. 제1호 외의 경우: 100분의 20

제47조의4(납부지연가산세)

① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 법정납부기한까지 국세(「인지세법」 제8조제1항에 따른 인지세는 제외한다)의 납부(중간예납·예정신고납부·중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 "초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 법정납부기한의 다음 날부터 납부일까지의 기간(납부고지일부터 납부고지서에 따른 납부기한까지의 기간은 제외한다) × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

제48조(가산세 감면 등)

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우. 끝.

1) 소장 청구취지에는 “2021. 4. 16. 원고에 대하여 한 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세 부과처분”라고만 기재되어 있으

나, 청구원인을 고려하여 위와 같이 특정하여 선해한다.