인천지방법원-2023-구합-51094 (2023.11.03)

사 건

2023구합51094 부가가치세 부과처분 등 취소

원 고

AAA

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2023. 8. 25.

판 결 선 고

2023. 11. 3.

주 문

1. 이 사건 소 중 피고 ○○세무서장이 2021. 12. 13. 원고에게 한 경정처분의 취소를 구하는 부분을 각하한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고 ○○세무서장이 2021. xx. xx. 원고에게 한 2016년 귀속 부가가치세 xx,xxx,xxx

원, 2022. xx. xx. 원고에게 한 2016년 귀속 부가가치세 xxx,xxx,xxx원의 각 부과처분 및 피고 BB세무서장이 2022. xx. xx. 원고에게 한 2016년 귀속 종합소득세 xxx,xxx,xxx원, 2016년 귀속 종합소득세 xx,xxx,xxx원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고와 BBB의 사업 시행 및 종합소득세 신고

1) 원고와 BBB는 2015. xx. xx. 공동으로 사업을 시행하기로 하는 내용의 계약을

체결하고(지분은 동등하게 보유하기로 하였다), 2015. xx. xx. 사업자등록(상호 ‘○○건설’, 사업자등록번호 xxx-xx-xxxxx, 업태․종목 도소매업 및 주택신축판매업, 이하, ‘제 1 사업장’이라 한다)을 하고 ○○시 ○○구 ○○동 xxx-xx 토지에 오피스텔 및 아파트를 신축․판매하는 사업을 시행하였다(이하, ‘제1 사업’이라 한다). 원고와 BBB는 2015년 발생한 도소매업 매출액 x,xxx,xxx원의 절반인 각 x,xxx,xxx원에 대하여 2015년 귀속 종합소득세를 신고하였다.

2) 원고와 BBB는 2016. xx. xx. 사업자등록(상호 ‘○○건설’, 사업자등록번호xxx-xx-xxxxx1), 이하, ‘제2 사업장’이라 한다)을 하고 ○○시 ○○구 ○○동 xxx-xx 토지에 오피스텔 및 다세대주택을 신축․판매하는 사업을 시행하였다(이하, ‘제2 사업’이라 한다).

3) 원고는 제1 사업 관련 2016년 수입금액(매출액의 절반인 x,xxx,xxx,xxx원) 및 제2 사업 관련 2016년 수입금액(매출액의 절반인 x,xxx,xxx,xxx원)에 대하여 ｢2016년 귀속 경비율 고시｣제3조에 규정된 ‘건설/주거용 건물건설업’(업종코드 451101)의 단순경비율(91.6%)을 적용하여 2016년 귀속 종합소득세를 신고하였다.

나. BB세무서의 세무조사 및 2014년, 2015년 귀속 종합소득세 경정처분

BB세무서는 2017. xx. xx.부터 2018. xx. xx.까지 원고에 대한 세무조사(조사대상과세기간: 2014. xx. xx.부터 2015. xx. xx.까지)를 실시하였고(조사유형: 개인통합조사, 이하, ‘이 사건 1차 조사’라 한다), 피고 BB세무서장은 이 사건 1차 조사에 기초하여 원고에 대한 2014년, 2015년 귀속 종합소득세를 경정하였다.

다. ○○지방국세청의 세무조사 및 피고들의 경정처분

1) ○○지방국세청은 2021. xx. xx.부터 원고에 대한 세무조사(조사대상 세목: 종합소득세, 기간: 2016. xx. xx.부터 2020. xx. xx.까지)를 실시한 결과 제1, 2 사업 중 오피스텔을 판매한 부분을 부가가치세 과세대상으로 보는 한편 오피스텔 판매에 관한 수입금액에 대하여 ｢2016년 귀속 경비율 고시｣제3조에 규정된 ‘비주거용 건물신축판매(토지보유 5년 미만)’(업종코드 703021)의 단순경비율(85.6%)을 적용하도록 과세자료를 피고들에게 통보하였다(이하, 위 세무조사를 ‘이 사건 2차 조사’라 한다).

2) 이에 따라 피고 ○○세무서장은 2021. xx. xx. 원고에게 제1 사업과 관련하여 2016년 2기 부가가치세(가산세 포함) xxx,xxx,xxx원(≒ 부가가치세 xxx,xxx,xxx원 +

가산세 xxx,xxx,xxx원)을 경정․고지하였고(이하, ‘2021. xx. xx.자 처분’이라 한다), 2022. xx. xx. 원고에게 제2 사업과 관련하여 2016년 2기 부가가치세(가산세 포함) xxx,xxx,xxx원[≒ 부가가치세 xxx,xxx,xxx원 + 가산세 xxx,xxx,xxx원(= 일반무신고가산세 xx,xxx,xxx원 + 납부불성실가산세 xxx,xxx,xxx원 + 세금계산서미발급등가산세xx,xxx,xxx원)]을 경정․고지하였다.

3) 피고 BB세무서장은 2022. xx. xx. 수입금액에 대한 단순경비율을 정정하는 등제1 사업 관련 2016년 귀속 종합소득세(가산세 포함) xxx,xxx,xxx원[≒ 종합소득세xxx,xxx,xxx원 + 가산세 xx,xxx,xxx원(= 납부․환급 불성실가산세 xx,xxx,xxx원 + 성실신고확인서미제출가산세 xx,xxx,xxx원) - 기납부세액 xxx,xxx,xxx원] 및 제2 사업 관련 2016년 귀속 종합소득세(가산세) xx,xxx,xxx원(≒ 토지 등 매매차익 예정신고 불성실가산세 xx,xxx,xxx원 + 납부․환급 불성실가산세 12,805,072원)을 원고에게 경정․고지하였다.

라. 전심절차 경유 및 피고들의 감액경정

1) 원고는 2022. xx. xx. 조세심판원장에게 심판청구를 하였다. 조세심판원장은 2022. xx. xx. 심판청구 중 2021. xx. xx.자 처분에 대한 부분을 각하하고, 나머지 처분은 세금계산서미발급등가산세 xx,xxx,xxx원, 일반무신고가산세 xx,xxx,xxx원, 토지 등 매매차익 예정신고 불성실가산세 xx,xxx,xxx원을 적용하지 않는 것으로 세액을 경정하며, 나머지 심판 청구를 기각하는 결정을 하였다.

2) 이에 따라 피고 ○○세무서장은 제2 사업 관련 2016년 2기 부가가치세(가산세포함)를 xxx,xxx,xxx원[= 부가가치세 xxx,xxx,xxx원 + 가산세 xxx,xxx,xxx원 =xxx,xxx,xxx원 –xxx,xxx,xxx원(= 세금계산서미발급등가산세 xx,xxx,xxx원 + 일반무신고가산세 xx,xxx,xxx원) ]으로, 피고 BB세무서장은 제2 사업 관련 2016년 귀속 종합소득세(가산세) xx,xxx,xxx원을 xx,xxx,xxx원(기존 가산세에서 토지 등 매매차익 예정신고 불성실가산세 xx,xxx,xxx원을 공제하고 남은 납부․환급 불성실가산세)으로 감액경정하였다.

3) 위 2)항 기재 감액경정에 따라 남은 부분을 정리하면 다음 표 기재와 같다[이하, 2021. xx. xx. 자 처분을 제외한 나머지 처분(피고들이 2022. xx. xx.과 2022. xx. xx. 원고에게 한 처분) 중 감액경정되고 남은 부분을 ‘이 사건 각 처분’이라 한다].

【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1에서 4, 갑 제2, 3, 4호증, 갑 제5호증의

1, 2, 을 제1호증의 1에서 4, 을 제7, 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 당사자들의 주장

가. 원고

① 이 사건 1차 조사 시 피고 BB세무서장이 2017. xx. xx. 및 2017. xx. xx. 원고에게 소득세법 제170조에 따라 매입비용 등과 관련된 자료 및 종합소득세 신고 적정 여부를 확인할 수 있는 자료의 제출을 요구하였는데, 이는 개별세법에 근거하여 질문․조사하는 것으로서 세무조사의 범위에 포함되고, 이에 따라 원고와 BBB가 두차례에 걸쳐 2016년 귀속 종합소득세 신고 시 신고한 수입금액이 적정하였음을 소명한 점, ② 피고 BB세무서장이 원고가 2016년 귀속 종합소득세 신고 시 제1, 2 사업에 관하여 신고한 과세표준과 세액을 확인한 다음 2016년 귀속 종합소득세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위해 수입금액에 대하여 단순경비율을 적용하는 것이 적정한지 여부에 대하여 국세청에 과세기준자문 신청을 한 점, ③ 피고 BB세무서장은 원고의 2014년, 2015년 귀속 오피스텔 판매수입금액을 부가가치세 면제대상으로 보아 원고에 대하여 2014년, 2015년 귀속 종합소득세만 경정하고 부가가치세는 경정하지 않았는데, 이는 피고 BB세무서장이 이 사건 1차 조사 시 원고의 2016년 귀속 오피스텔 판매수입금액에 대하여 세무조사를 하였음에도 이를 부가가치세 면제대상으로 보았기 때문인 것으로 추정되는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 1차 조사 시 이미 원고의2016년 귀속 수입금액에 대하여 세무조사가 이루어졌다고 보아야 하므로, 이 사건 2차조사 시 원고의 2016년 귀속 종합소득세 및 부가가치세에 대하여 재조사가 이루어진 것은 중복세무조사금지의 원칙에 반한다.

따라서 2021. xx. xx. 자 처분 및 이 사건 각 처분은 위법한 세무조사에 기초하여 이루어진 것으로서 취소되어야 한다.

나. 피고들

① 피고 BB세무서장이 이 사건 1차 조사 시 단순경비율 적정 여부에 관한 자료수집 업무를 수행한 것은 2017. xx. xx. 서울지방국세청으로부터 원고(2015년 과세기간), BBB(2016년 과세기간)에 대한 자료 수집을 요청 받은 데 따른 것으로, 단순히단순경비율 적정 여부에 관한 자료를 제출받는 행위는 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문․조사에 그치는 것이어서 세무조사에 해당하지 않는 점, ② 피고 BB세무서장은 BBB에게 2015년 과세기간 매출의 적정 여부에 대한 소명자료를 제출할 것을 요구하였을 뿐이고, BBB도 2016년이 아닌 2015년 과세기간에 대한 소명자료를 제출한 점, ③ 피고 BB세무서장이 2016년 귀속 종합소득세를 결정 또는 경정하기 위하여 과세기준자문 신청을 하였더라도 이는 내부적 절차에 불과할 뿐 세무조사로 볼 수는 없는 점, ④ 이 사건 1차 조사에 관한 종결보고서의 적출내역에 2016년 귀속분이 기재되어 있지 않은 점 등에 비추어, 이 사건 2차 조사가 중복세무조사금지의 원칙에 반한다고 볼 수 없다.

3. 관계 규정

별지 기재와 같다.

4. 이 사건 소 중 2021. xx. xx. 자 처분의 취소를 구하는 부분의 적법 여부(직권 판단)

가. 관계 규정의 내용 및 관련 법리

구 국세기본법(2022. 12. 31. 법률 제19189호로 개정되기 전의 것, 이하, ‘구 국세기본법’이라 한다) 제55조, 제56조, 제68조에 따르면, 국세기본법 또는 세법(국세의 종

목과 세율을 정하고 있는 법률)에 따른 처분으로서 위법한 처분에 대한 행정소송은 국세기본법에 따른 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하면 제기할수 없고, 그중 심판청구는 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.

한편 어떤 행정심판청구가 기간도과로 인하여 부적법한 경우에는 행정소송 역시 전치의 요건을 충족치 못한 것이 되어 부적법각하를 면치 못한다(대법원 1983. 4. 26.선고 83누36 판결, 대법원 1991. 6. 25. 선고 90누8091 판결 등 참조).

나. 판단

2021. xx. xx. 자 처분은 세법(국세인 부가가치세의 종목과 세율을 정하고 있는 법률)에 따른 처분에 해당하므로, 위 처분에 대한 행정소송은 국세기본법에 따른 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하면 제기할 수 없다.

그런데 갑 제2호증의 기재에 따르면, 원고가 2021. xx. xx. 자 처분을 2021. xx. xx. 송달 받은 사실이 인정되고, 원고가 그로부터 90일이 경과한 후인 2022. xx. xx. 조세심판원장에게 2021. xx. xx. 자 처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였으나 조세심판원장이 해당 심판청구를 각하하는 결정을 한 사실은 앞서 본 바와 같다.

이처럼 원고가 2021. xx. xx. 자 처분의 통지를 받은 날(2021. xx. xx.)부터 90일이지난 후 심판청구를 한 이상 해당 심판청구는 부적법하므로, 이 사건 소 중 2021. xx. xx.자 처분의 취소를 구하는 부분은 적법한 전심절차를 거치지 않은 채 제기된 것으로서 부적법하다.

5. 이 사건 각 처분의 적법 여부(이 사건 1차 조사 당시 원고의 2016년 귀속 종합소득

세 및 부가가치세에 대한 세무조사가 이루어졌는지 여부)

가. 관련 법리 및 관계 규정의 내용

1) 세무조사는 기본적으로 적정하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위 안에서만 행하여져야 하고, 더욱이 같은 세목 및 같은 과세기간에 대한 재조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지할 필요가 있다. 같은 취지에서 구 국세기본법은 재조사가 예외적으로 허용되는 경우를 엄격히 제한하고 있는바, 그와 같이 한정적으로 열거된 요건을 갖추지 못한 경우 같은 세목 및 같은 과세기간에 대한 재조사는 원칙적으로 금지되고, 나아가 이러한 중복세무조사금지의 원칙을 위반한 때에는 과세처분의 효력을 부정하는방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재한다고 보아야 한다.

이러한 관련 규정들의 문언과 체계, 재조사를 엄격하게 제한하는 입법 취지, 그 위반의 효과 등을 종합하여 보면, 구 국세기본법 제81조의4 제2항에 따라 금지되는 재조사에 기하여 과세처분을 하는 것은 단순히 당초 과세처분의 오류를 경정하는 경우에 불과하다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 자체로 위법하다(대법원 2017. 12. 13. 선

고 2016두55421 판결 참조).

2) 세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단할 수밖에 없을 것인데, 세무공무원의 조사행위가 사업장의 현황 확인, 기장 여부의 단순 확인, 특정한 매출사실의 확인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등(이하, ‘납세자 등’이라 한다)이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보기 어렵지만, 그 조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실․사업장․공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부․서류․물건 등을 검사․조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보아야 할 것이다(대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8360판결 참조).

3) 소득세법 제80조 제3항 단서는 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득금액을 추계조사결정할 수 있다고 규정하고 있고, 위 규정의 위임을 받은 구 소득세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28637호로 개정되기 전의 것,

이하, ‘구 소득세법 시행령’이라 한다) 제143조 제4항은 직전 과세기간의 수입금액(결정 또는 경정으로 증가된 수입금액을 포함)의 합계액이 특정 금액에 미달하는 사업자를 단순경비율 적용대상자로 규정하고 있다.

나. 인정 사실

갑 제4호증, 갑 제5호증의 1, 2, 갑 제6호증의 1, 2, 갑 제7호증의 1, 2, 갑 제8호증, 을 제3, 4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음 사실이 인정된다.

1) 피고 BB세무서장은 2017. xx. xx. 원고에게 2014. xx. xx.부터 2015. xx. xx.까지의 기간에 대하여 개인통합조사(이 사건 1차 조사)를 실시한다고 통지하였다.

2) 피고 BB세무서장은 2017. xx. xx. 원고에게 소득세법 제170조에 따라 매입비용 등과 관련된 자료를 2017. xx. xx.까지 제출할 것을 요청하였다.

3) BBB는 2017. xx. xx.경 다음과 같은 소명서를 제출하였다.

본인은 2016년 귀속 종합소득세를 추계-단순율로 신고하였으며 BB세무서의 2015년도 수입금액을 허위로 신고 후 2016년도 종합소득세를 단순경비율을 적용하여 종합소득세 신고한 혐의에 대하여 아래와 같이 소명합니다.

1) 본인은 ○○건설을 2015. xx. xx. ○○동 xxx-x번지에서 원고와 공동사업자로 사업을 개시하여 사업을 하던 중 2015. xx. xx. 사업장을 ○○동 xxx-xx번지로 이전하여 건설/주택신축판매업을 추가하여 사업을 영위하였습니다.

2) 당초에는 공동사업을 하는 원고의 사업장인 ○○타운의 주택신축판매업에 건축자재를 납품할 예정이었으나 ○○건설과 특수관계인에 해당되어 향후 세무조사 등을 받을 수있다는 세무대리인의 조언에 따라 납품을 예정대로 하지 못하다가 본인이 알고 있는 건축자재상에서 납품의뢰가 와서 건축자재를 납품하게 되었습니다.

3) 그 후 2016. xx. xx. ○○건설 ○○동 xxx-xx번지를 원고와 공동사업자로 사업장을 추가하여 건설/주택신축판매업을 하였습니다.

4) 2015년도 수입금액 x,xxx,xxx원은 허위의 매출이 아닌 정상적인 매출임을 관련자료를첨부하여 소명합니다.

별첨 1. 해명자료 제출 안내문

2. 2015년 매입, 매출 세금계산서

3. 2015년 매입, 매출 금융자료

4. 토지매입계약서

5. 은행대출금 통장

6. 건축물 관리대장

4) 피고 BB세무서장은 2017. xx. xx. 원고에게 소득세법 제170조에 따라 종합소득세 신고 적정 여부를 확인할 수 있는 자료(소명서 등)를 2017. xx. xx.까지 제출할것을 요청하였고, BBB는 2018. xx. xx.경 피고 BB세무서장에게 다음과 같은 소명서를 제출하였다.

4) 2016년 귀속 분양매출에 대하여 종합소득세 신고 시 2015년 기준으로 도매업 매출 기준 수입금액에 미달하여 추계-단순율로 신고하였는데, 세무서에서는 2015년 매출이 소액이며 건수도 적다고 하여 허위 매출 혐의를 적용하고 있지만 실제로 건축자재를 매입하여 판매하면서 매출 및 매입세금계산서도 정상적으로 수수하였으며 최초 별도의 도매사업장도 임차하여 사용하고 있었습니다. 그러나 현실적으로 계속 사업을 하기에 어려움이 있다 보니 매출건수가 적을 수밖에 없었습니다.

5) 소득금액 추계 신고 시 사업자가 직전년도 수입금액이 있는 경우에는 직전년도 수입금액에 의하여 단순경비율 적용여부를 판단하여 종합소득세를 신고할 수 있으며, 2016년귀속 종합소득세 추계-단순율 신고에 대하여 2015년도 도매매출이 허위가 아닌 실지정상 거래하였음을 인정하여 주실 것을 부탁드립니다.

5) BB세무서는 2018. xx. xx. BB세무서로 출석한 원고에 대한 조사를 하였는데,해당 조사 중 이 사건과 관련 있는 부분은 다음과 같다.

문 2015년에 공동사업 관련하여 7,500,000원의 매출거래가 발생하였는데 거래 경위, 과정 등을 설명하여 주십시오.

답 제가 건축업을 계속하다 보니 공사와 관계된 도소매업을 해 보고자 소규모로 시작하게 되었습니다. 타우세라믹스에서 공사 관련 타일 4,510,000원, 엘비라우드에서 3,432,000원 공사 내장재 등을 매입하여 하연세라믹과 선영하우스에 총 8,250,000원에 팔았습니다.

문 그렇다면 실제 거래가 있었다는 것인데, 맞습니까?

답 실제 거래가 맞습니다. 매입, 매출처 모두 영업 중입니다.

6) 피고 BB세무서장은 2018. xx. xx.경 국세청에 ‘① 원고가 2015년에 신고한 수입금액(x,xxx,xxx원) 관련 업종은 도소매업인 반면 2016년에 신고한 수입금액 관련 업종은 주택신축판매업으로 업종이 서로 다른데, 이 경우 구 소득세법 시행령 제143조제4항 제1호와 제2호 중 어느 규정이 적용되는지, ② 공동사업장이 2015년에 1개(제1사업장)였다가 2016년에 구성원과 지분이 같은 공동사업장(제2 사업장)이 추가되어 각 공동사업장에서 매출이 발생하였는데, 이 경우 구 소득세법 시행령 제143조 제4항 제1호와 제2호 중 어느 규정이 적용되는지’에 관하여 과세기준자문 신청을 하였다.

7) 이 사건 1차 조사가 종결된 이후인 2018. 2.경 BB세무서가 작성한 조사종결 보고서의 조사적출내용란에는 다음과 같이 기재되어 있고, 피고 BB세무서장은 이에따라 원고의 2014년, 2015년 귀속 종합소득세를 경정하였다.

과목

금액(백만 원)

적출내용

부동산 임대소득

49

(2014년 귀속) 전년도 임대소득 신고 누락

기준경비율 적용

2,839

(2015년 귀속) 단순경비율→기준경비율 적용

중소기업특별세액감면

150

(2015년 귀속) 중소기업특별세액 감면 부인

다. 판단

① 원고와 BBB가 제1 사업장에서 2015년 발생한 도소매업 매출액 x,xxx,xxx원의 절반인 각 x,xxx,xxx원에 대하여 2015년 귀속 종합소득세를 신고한 사실, ② 원고가 제1 사업 관련 2016년 수입금액 및 제2 사업 관련 2016년 수입금액에 단순경비율(91.6%)을 적용하여 2016년 귀속 종합소득세를 신고한 사실은 앞서 본 바와 같고, 구소득세법 시행령 제143조 제4항은 직전 과세기간의 수입금액이 있을 경우 그 합계액이 특정 금액에 미달하는 사업자를 단순경비율 적용대상자로 분류하고 있으므로, 제1사업장에서 2015년 발생한 도소매업 매출액 x,xxx,xxx원이 실제 발생한 매출인지 여부는 원고의 2016년에 대한 종합소득을 추계산정함에 있어 단순경비율을 적용할 수 있을 지에 영향을 미치고, 결국 원고에 대한 2016년 귀속 종합소득세의 산정에 영향을 미치게 된다.

그러나 앞서 본 처분의 경위와 위 인정 사실 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음 사정에 비추어 보면, BB세무서가 이 사건 1차 조사 당시 원고의 2016년 귀속 종합소득세나 부가가치세에 대하여 세무조사를 하였다고 볼 수 없으므로, ○○지방국세청이 이 사건 2차 조사를 하면서 원고의 2016년 귀속 종합소득세 및 부가가치세에 대하여 세무조사를 하였다고 하여 이 사건 2차 조사가 구 국세기본법 제81조의4제2항에 따라 금지되는 재조사에 해당한다고 볼 수 없다.

1) 피고 BB세무서장이 2017. xx. xx. 원고에게 매입비용 등과 관련된 자료를 제출할 것을 요청함에 따라 BBB가 2017. xx. xx.경 2015년도 수입금액 x,xxx,xxx원이 허위매출이 아닌 정상적인 매출이라는 내용의 소명서를 제출하였고, 피고 BB세무서장이 2017. xx. xx. 원고에게 종합소득세 신고 적정 여부를 확인할 수 있는 자료를 제출할 것을 요청함에 따라 BBB가 2018. xx. xx.경 ‘2016년 귀속 종합소득세 신고 시 2015년 기준 도매업 매출이 구 소득세법 시행령 제143조 제4항에 규정된 기준에 미달하여 단순경비율을 적용하였고, 2015년 발생한 매출은 허위가 아닌 정상 매출이다’라는 내용의 소명서를 제출하였으며, BB세무서가 2018. xx. xx. 원고에 대하여 2015년 발생한 매출(x,xxx,xxx원)이 실제 거래인지 여부에 대하여 문답하는 방식으로 조사를 진행한사실이 인정되기는 한다.

2) 그렇지만 ① 피고 BB세무서장은 2017. xx. xx. 원고에 대하여 세무조사통지를하면서 과세기간을 2014. xx. xx.부터 2015. xx. xx.까지로 하여 개인통합조사를 실시한다고 통지하였을 뿐 2016년 귀속 부가가치세와 종합소득세는 세무조사 대상에 포함시키지 않았고, ② 위 세무조사 과정에서 원고 및 BBB에게 2015년 매출내역의 진정성 여부에 대하여 확인 조치를 하였을 뿐, 2016년분 매출액의 적정성과 관련하여 원고 또

는 BBB와 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 장부․서류․물건 등을 검사․조사한 사실이 없으며, ③ 위 세무조사결과 2014년분에 대하여는 부동산임대소득 과소신고분을 과세표준에 포함시켰고 2015년분에 대하여는 기준경비율을 적용하여 소득을 새로 추계산정하고 일부 세액감면조항을 배제하여 2014년과 2015년 귀속 종합소득세를 경정처분하였을 뿐 2016년 귀속 부가가치세나 종합소득세에 대하여는 아무런 처분을 한 사실이 없다.

3) 피고 BB세무서장이 2018. xx. xx.경 국세청에 과세기준자문 신청을 한 행위의경우, 과세관청 내부에서 이루어진 행위에 불과할 뿐 원고 또는 BBB를 상대로 한 조사 행위에 해당하지 않으므로 세무조사에 해당한다고 볼 수 없고, 피고 BB세무서장이 한 내부 검토행위로 인하여 2015년 매출의 진정성 여부에 대한 조사가 2016년 귀속 종합소득세 또는 부가가치세에 대한 세무조사로서의 성격을 가지게 된다고 볼 수도 없다.

4) 그 밖에 원고는 ‘피고 BB세무서장이 원고의 2014년, 2015년 귀속 오피스텔 판매수입금액을 부가가치세 면제대상으로 보아 원고에 대하여 2014년, 2015년 귀속 종합소득세만 경정하고 부가가치세는 경정하지 않았는데, 이는 피고 BB세무서장이 이 사건 1차 조사 시 원고의 2016년 귀속 오피스텔 판매수입금액에 대하여 세무조사를 하였음에도 이를 부가가치세 면제대상으로 보았기 때문인 것으로 추정된다’는 이유로 이 사건 1차 조사 당시 원고의 2016년 귀속 종합소득세에 대한 세무조사가 이루어졌다고도 주장하나, 이러한 사정만으로 피고 BB세무서장이 이 사건 1차 조사 당시 원고의 2016년 귀속 부가가치세 및 종합소득세에 대하여 세무조사를 하였던 것으로 볼 수는 없으므로, 원고의 위 주장도 받아들일 수 없다.

라. 소결

이 사건 2차 조사가 구 국세기본법 제81조의4 제2항에 따라 금지되는 재조사에 해당한다고 볼 수 없으므로, 피고들이 이 사건 2차 조사에 기초하여 이 사건 각 처분을 하였다고 하여 이 사건 각 처분이 위법하다고 볼 수 없다.

6. 결론

이 사건 소 중 2021. xx. xx. 자 처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하므로 각하하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없으므로 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1) 원고와 피고는 사업자등록번호가 ‘xxx-xx-xxxxx’이라고 주장하나, 납부고지서(갑 제1호증의 2), 부가가치세재경정결의서(을 제1호증의 2)의 각 기재에 따르면 사업자등록번호가 ‘xxx-xx-xxxxx’인 사실이 인정된다.