제주지방법원-2020-구합-5472 (2024.06.25)

사 건

2020구합5472 양도소득세경정거부처분취소

원 고

A

피 고

Z

변 론 종 결

2024. 4. 9.

판 결 선 고

2024. 6. 25.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2019. 9. 5. 원고에 대하여 한 49,634,035원의 양도소득세 경정청구 거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2013. 7. 11. 000시 00면 00리 000-1 지상 철근콘크리트구조 슬래브지붕 2층 숙박시설 지0층 00.00㎡, 1층 000.00㎡, 2층 000.00㎡(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)를 신축하여 2013. 0. 00. 취득한 후 그로부터 5년 이내인 2018. 0. 00. 제3자에게 양도하였다(이하 ’이 사건 양도‘라 한다).

나. 원고는 피고에게 이 사건 양도에 관하여 양도소득세(가산세 포함)를 신고ㆍ납부하였다. 원고가 피고에게 신고ㆍ납부한 위 양도소득세 중 가산세의 산정 경위 및 근거는 다음과 같다.

1) 원고는 이 사건 건물의 취득가액과 관련하여, 구 소득세법(2018. 12. 31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제97조 제1항 제1호 나목 및 구 소득세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30395호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제163조 제12항에 따라 양도가액으로부터 취득 당시와 양도 당시의 기준시가의 비율에 따라 환산한 금액인 000,000,000원을 취득가액으로 산정하였다.

2) 구 소득세법은 2017. 12. 19. 법률 제15225호로 개정되면서 제114조의2 규정이 신설되어 제1항에서는 “거주자가 건물을 신축하고 그 신축한 건물의 취득일부터 5년 이내에 해당 건물을 양도하는 경우로서 제97조 제1항 제1호 나목에 따른 환산가액을 그 취득가액으로 하는 경우에는 해당 건물 환산가액의 100분의 5에 해당하는 금액을 제93조 제2호에 따른 양도소득결정세액에 더한다.”고 규정하고, 제2항에서는 “제1항은 제93조 제1호에 따른 양도소득 산출세액이 없는 경우에도 적용한다.”고 규정하고 있으며, 위 규정은 부칙 제1조에 따라 2018. 1. 1.부터 시행되었다(이하 위 규정을 ‘이 사건 조항’이라 한다).

3) 원고는 이 사건 양도에 이 사건 조항을 적용하여, 이 사건 조항에 따라 이 사건 건물의 환산취득가액의 100분의 5에 해당하는 00,000,000원을 가산세(이하 ‘이 사건 가산세’라 한다)로 신고ㆍ납부하였다.

다. 원고는 2019. 7. 17. 이 사건 건물은 이 사건 조항이 시행되기 이전에 신축하여 취득한 것이므로 이 사건 양도에 관하여 이 사건 조항을 적용하여 가산세를 부과하는 것은 소급과세금지원칙에 위반되어 부당하다고 주장하면서 이미 납부한 이 사건 가산세의 환급을 구하는 경정청구를 하였다. 피고는 2019. 9. 2. 이 사건 양도에 이 사건 조항을 적용하는 것이 적법하다는 이유로 원고의 경정청구를 거부하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2019. 12. 13. 이 사건 양도에 이 사건 조항을 적용하는 것이 적법하고 원고에게 가산세를 감면할 정당한 사유도 없다고 보아 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 5, 갑 제2호증의 5, 갑 제3호증의 3, 을 1내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

환산취득가액 제도는 실지취득가액을 확인할 수 없는 경우 납세의무자나 과세관청 모두에게 유용한 취득가액 산정방법으로서 약 17년간 기능해왔다. 원고가 이 사건 건물의 취득가액을 환산가액으로 신고한 것은 구 소득세법 제97조 제1항 제1호에 따른 것으로 세법상 의무위반 행위에 해당하지 않는다. 또한 구 소득세법상 양도소득세 납세의무자에 대해서는 일반적인 장부 등의 비치․보존의무를 규정하고 있지 않으므로 원고는 취득가액 증빙서류를 비치․보관하지 않은 것이고, 이 사건 조항은 장부 등의 비치․보존 등의 전제로 규정된 의무조항이 없어 어떠한 의무위반이 인정되지 않음에도 가산세를 부과하는 입법상 문제점이 있으므로, 이 사건 조항을 적용하여 납세의무자에게 가산세 납부 책임을 부담시키는 것은 가혹하다.

이와 같은 점을 고려하면, 원고가 어떠한 의무이행을 다하지 못한 것을 탓할 수 없고, 원고가 이 사건 건물을 취득할 당시 환산가액을 취득가액으로 신고하는 것이 적법하였으나 이 사건 조항의 신설ㆍ시행으로 소급적으로 부적법한 것이 되었으므로, 원고가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있다고 보아야 한다. 따라서 원고는 국세기본법 제48조 제1항 제2호에서 정한 ‘납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우’에 해당하므로 이 사건 가산세는 감면되어야 한다. 그럼에도 원고의 경정청구를 거부한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 국세기본법 제48조 제1항은 ‘정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.’고 규정하고 있다. 이에 따라 가산세를 면할 정당한 사유가 있는지가 문제될 때에는 가산세 부과의 근거가 되는 개별 법령 규정의 취지를 충분히 고려하면서, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다거나 의무의 이행을 기대하는 것이 무리라고 할 만한 사정이 있어 납세의무자가 의무이행을 다하지 못한 것을 탓할 수 없는 경우에 해당하는지 여부에 따라 판단하여야 한다(대법원 2016. 10. 13. 선고 2014두39760 판결 등 참조).

2) 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고에게 이 사건 가산세를 감면할 정당한 사유가 있다고 볼 수 없으므로, 이 사건 가산세를 감면하여 달라는 취지의 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 적법하다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다.

① 2006. 1. 1.부터 시행된 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정된 것) 제96조 제1항에서, 양도가액을 양도 당시의 기준시가에 의하여 산정하도록 한 기존 규정을 실지거래가액에 의하여 산정하도록 개정하여 현재까지 이어지고 있으므로, 원고가 이 사건 건물을 취득할 당시 시행 중이던 소득세법에 따르더라도 실지거래가액을 확인하여 양도가액을 산정함이 원칙이었다는 점에는 아무런 차이가 없다. 따라서 원고가 환산가액을 취득가액으로 선택하여도 특별한 불이익이 없거나 당시의 법령이 바뀌지 않을 것이라고 기대하여 만연히 실질거래가액에 따라 신고할 준비를 하지 않았다 하더라도 이는 보호가치 있는 신뢰라고 보기 어렵다.

② 양도소득세는 양도행위를 과세요건으로 하고 양도차익을 과세대상으로 하므로 양도자산이 과세요건 및 감면요건에 해당하는지 여부는 양도시기를 기준으로 판단하여야 한다(대법원 2008. 6 . 12. 선고 2007두15124 판결 등 참조). 원고는 이 사건 조항이 신설ㆍ시행된 후 이 사건 건물을 양도하였으므로, 이 사건 양도에 이 사건 조항을 적용하는 것이 원고에게 소급적으로 불이익을 주는 것이 아니다.

③ 앞서 본 바와 같이 원고가 이 사건 건물을 취득할 당시 시행 중이던 소득세법에 따르더라도 실지거래가액을 확인하여 양도가액을 산정함이 원칙이었던 점, 원고가 취득가액 증빙서류를 구비하지 못하였더라도 사후적으로 세금계산서 등 신빙성 있는 관련 자료를 제출하여 이를 증빙할 여지가 남아있었던 점, 신축한 건물의 취득일로부터 5년이 경과하면 이 사건 조항의 적용에서 벗어날 수 있는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 조항을 적용하면서 경과규정 등을 두지 않았다고 하더라도 이를 위법하다고 볼 수 없다. 헌법재판소도 같은 취지로 이 사건 조항이 과잉금지원칙에 위반하여 재산권을 침해하지 않고 평등원칙에도 위반되지 않는다고 보아 이 사건 조항에 대하여 합헌결정을 하였다(헌법재판소 2024. 2. 28. 선고 2020헌가15 결정 참조).

④ 원고는 이 사건 조항이 어떠한 의무위반에 대한 행정상의 제재로 이 사건 가산세를 부과하는 것이라고 주장한다. 이 사건 조항은 양도소득세의 납세의무자에 대한 가산세 부과를 규정하면서도 세법상 의무위반이라고 보기 어려운 환산가액 적용을 그 과세대상으로 정하고 있어 국세기본법의 규정들과 가산세의 법적 성격에 부합하지 않는 문제가 있기는 하다. 그러나 이 사건 조항은 건물을 신축한 뒤 5년 내 양도하는 경우 해당 건물을 건축ㆍ취득하기 위해 실제 지출한 비용을 확인할 수 있음에도 불구하고 환산취득가액을 사용하여 양도소득세의 부담을 회피하는 사례가 다수 발생하자, 건물의 취득가액을 실지거래가액으로 신고한 사례와 환산취득가액으로 신고한 사례의 평균적 세액 차이가 환산취득가액의 5% 수준이라는 객관적 근거를 토대로 환산취득가액으로 신고하는 경우 환산취득가액의 5%를 추가로 납부하도록 하여 실지거래가액으로 신고한 경우와의 차액만큼을 징수하여 신고방법에 따른 납부세액의 편차를 줄이기 위해 신설되었다. 이와 같은 입법취지 및 앞서 살펴본 바와 같이 이 사건 조항 내용에 위헌적 요소는 없는 점, 위 헌법재판소 결정의 보충의견은 이 사건 조항을 합헌으로 보면서도 이 사건 조항이 가산세의 개념 및 조세법의 체계에 부합하지 않아 체계정당성 등에 관한 ‘불필요한’ 논란이 반복될 우려가 크므로 세법상 가산세 개념에 부합할 수 있도록 이 사건 조항을 개정하는 등 관련 규정들을 합리적, 체계적으로 정비하기 위한 입법개선의 필요가 있다는 것을 지적한 점 등에 비추어 볼 때, 이 사건 조항은 가산세라는 형식을 빌려 건물의 취득가액 신고방법에 따른 납부세액의 편차를 조정한 것일 뿐 환산가액 적용을 어떠한 의무의 위반이라고 보아 이를 제재하려는 것은 아니라고 봄이 타당하다.

3. 결론

원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.