서울고등법원-2023-누-58345 (2024.10.17)

서 울 고 등 법 원

제 3 행 정 부

판 결

사 건 2023누58345 양도소득세등부과처분취소

원고, 피항소인 한AA 외 8명

피고, 항소인 BB세무서장 외 3명

제1심판결 서울행정법원 2023. 8. 18. 선고 2022구합71684 판결

변론 종결 2024. 5. 16

판결선고 2024. 10. 17

주 문

1. 제1심판결 중 피고 BB세무서장, CC세무서장, DD세무서장, EE세무서장의 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고들의 청구를 기각한다.

2. 소송총비용은 원고들이 각 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

피고 BB세무서장, CC세무서장, DD세무서장, EE세무서장이 각 원고들에 대하여 한 [별지 1] 기재 양도소득세 부과 처분(가산세 포함) 및 서울특별시 CC구청장이 원고 송00, 황00에 대하여, 00특별시 00구청장이 각 원고 송00, 이00, 전00, 김00에 대하여 한 [별지 2] 기재 부과처분을 각 취소한다.

2. 항소취지

주문 제1항과 같다.

이 유

1. 이 법원의 심판범위

제1심 법원은 원고 송00, 황00의 제1심 공동피고 00특별시 CC구청장에 대한 소 및 송00, 이00, 전00, 김00의 제1심 공동피고 00특별시 DD구청장에 대한 소를 각 각하하였고, 피고 BB세무서장, CC세무서장, DD세무서장, EE세무서장이 각 원고들에 대하여 한 [별지 1] 기재 양도소득세 부과처분 취소 청구(이하 ‘양도소득세 부과처분 취소 청구’라고 한다)를 인용하였다.

이에 대하여 피고 BB세무서장, CC세무서장, DD세무서장, EE세무서장만이 패소 부분에 대하여 항소하여, 제1심판결 중 원고 송00, 황00의 제1심 공동피고 00특별시 CC구청장에 대한 소 및 원고 송00, 이00, 전00, 김00의 제1심 공동피고 00특별시 DD구청장에 대한 소는 그대로 분리 ㆍ확정되었다. 따라서 제1심판결 중 양도소득세 부과처분 취소 청구 부분만이 이 법원의 심판범위에 해당한다.

2. 처분의 경위

이 법원이 이 부분에 적을 이유는 제1심판결문 3면 17행부터 10면 1행까지 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

3. 이 사건 양도소득세 부과처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장

이 사건 양도소득세 부과처분은 아래와 같은 이유로 위법하므로 모두 취소되어야 한다.

1) 피고 세무서장들은 2005년 개정 전 시행령 제155조 제16항을 근거로 장기보유특별공제 보유기간 산정을 위한 기존주택의 조합원입주권 변환시점 역시 사업시행인가일로 본 것이나, 위 규정은 조합원입주권이 주택이 아님에도 불구하고 일정한 요건 하에 이를 주택으로 보아 1세대 1주택 비과세 혜택을 부여하는 취지의 규정, 즉 '1세대 1주택 비과세'에 관한 규정일 뿐이므로, 그와 다른 '장기보유특별공제'에 위 규정을 근거로 기존주택의 조합원입주권으로의 변환시점을 판단하거나 장기보유특별공제가 적용되는 보유기간을 산정할 수 없다. 그럼에도 피고 세무서장들이 위 규정을 근거로 장기보유특별공제 보유기간을 산정하는 것은 위법한 유추해석에 의한 것으로서 조세법률주의에 반한다. 오히려 상위법령인 구 소득세법 제95조 제2항은 명시적으로 조합원입주권 변환시기를 '관리처분계획인가일'로 보는 것을 전제로 개정되었으므로, 위와 같은 소득세법 개정 이후에는 그와 다른 내용의 시행령은 법령의 위임범위를 벗어난 것이어서 무효라 보아야 하고, 사업시행인가일을 기준으로 주택과 조합원입주권 여부를 나누도록 규정한 2005년 개정 전 시행령 제155조 제16항을 적용하도록 한 이 사건 부칙조항 역시 효력이 없다.

설령 위와 같이 납세의무 발생 당시의 소득세법령 해석에 따라 조합원입주권 변화시점을 정할 수 없다고 하더라도, 도시정비사업에 관한 개념인 '조합원입주권 변환시점'은 도시정비사업에 관한 기본법이자 일반규정인 도시정비법 자체의 해석을 통하여 도출함이 타당한데, 도시정비법에 의하면 관리처분계획인가를 받아야 기존주택이 조합원입주권으로 변환될 수 있으므로, 도시정비법이 정하는 바에 따라 조합원입주권 변환시점은 '관리처분계획일'로 보아야 한다.

2) 원고들에 대한 장기보유특별공제 적용 여부를 판단함에 있어 '기존주택의 조합원입주권으로의 변환시기'를 2005년 개정 전 시행령 제155조 제16항에 따라 '사업시행인가일'을 기준으로 판단하여야 한다고 보더라도, 이 사건 사업의 최초사업시행인가는 이후 1차 사업시행변경인가로 주요 내용이 실질적으로 변경되면서 실효되었으므로 유효한 사업시행인가는 1차 사업시행변경인가라 보아야 하고, 원고들은 기존주택을 위 1차 사업시행변경인가 이전에 취득하였으므로 원고들이 취득한 기존주택의 법적 성격은 여전히 주택일 뿐 조합원입주권이라고 볼 수 없다. 이 사건 양도소득세 부과처분은 그와 달리 원고들이 취득한 것을 '조합원입주권'이라고 본 것으로 전제사실을 오인한 것이어서 위법하다.

3) 이 사건 양도소득세 부과처분이 적법하다고 하더라도, 구 소득세법에서 장기보유특별공제 적용상 조합원입주권으로의 변환시기를 '관리처분계획인가일'로 정하고 있음에도 원고들이 2005년 개정 전 시행령 제155조 제16항과 이 사건 부칙조항에 따라 장기보유특별공제의 적용을 배제하고 신고하는 것을 기대하기는 어려운바, 원고들에게는 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다. 특히 원고 조00, 서00의 경우 강남세무서장이 2018. 12. 3. 장기보유특별공제의 적용을 인정하는 취지의 양도소득세 감액경정 결정을 한 바도 있다.

나. 관계법령

별지 3 기재와 같다

다. 판단

1) 기존주택의 조합원입주권 변환 시기

가) 구 소득세법 제95조 제1항은 '양도소득금액은 양도가액에서 필요경비를 공제하고, 그 금액(양도차익)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다'고 규정하고, 같은 조 제2항은 '장기보유특별공제액이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시정비법 제74조에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다'고 규정하고 있다.

나) 이처럼 구 소득세법 제95조 제2항은 '장기보유특별공제액'에 관하여 규정하면서 조합원입주권에 대하여는 본문 괄호 부분에서 '조합원으로부터 취득한 것은 제외한다'고 규정하고 있다. 따라서 만일 원고들이 기존주택의 취득 당시 '조합원입주권'을 승계 취득한 것이라면 위 괄호부분에 따라 장기보유특별공제가 적용될 수 없음이 분명한 반면, 부동산인 기존주택을 취득한 것이라면 다른 요건의 구비여부에 따라 장기보유특별공제를 받을 가능성이 있어 양자 간 차이가 있으므로 먼저 이에 관하여 본다.

다) 도시정비법이 2002. 12. 30. 법률 제6852호로 제정되어 2003. 7. 1.부터 시행됨에 따라 주택재건축사업의 경우에도 2003. 7. 1. 이후부터는 도시정비법의 적용을 받게 되어 사업시행인가 이외에도 관리처분계획인가를 받아야 비로소 기존 건물을 철거하고 조합원에게 정비사업으로 조성된 토지와 축조된 건축시설에 대한 권리로 변환시켜 줄 수 있게 되었다. 따라서 도시정비법이 시행되는 2003. 7. 1. 이후부터는 재건축조합이 사업시행인가를 받았다고 하더라도 도시정비법 제48조의 규정에 따른 관리처분계획의 인가를 받지 않은 이상, 조합원들은 '입주자로 선정된 지위'를 취득하였다고 할 수 없다. 이와 같은 도시정비법 규정에 비추어 보면, 사업시행인가 이외에도 관리처분계획인가를 받아야 비로소 '입주자로 선정된 지위', 즉 조합원입주권을 취득하게 된다고 보아야 한다.

라) 한편, 구 소득세법 시행령(2003. 6. 30. 대통령령 제18044호로 개정되기 전의 것) 제155조 제16항, 2005년 개정 전 시행령 제155조 제16항, 2005. 5. 31. 대통령령 제18850호로 개정된 구 소득세법 시행령(이하 '2005년 개정 시행령'이라 한다) 제155조 제16항 및 부칙<대통령령 제18044호, 2003. 6. 30.> 제1조, 이 사건 부칙조항의 규정은 주택재건축사업을 시행하는 정비사업의 조합원이 '당해 조합을 통하여 입주자로 선정된 지위'를 양도하는 경우 1세대 1주택 비과세혜택을 부여함에 있어 위 규정이 적용되는 정비사업의 조합원에 해당하는 자를 ① 2003. 6. 30.까지는 사업계획승인일에, ② 2003. 7. 1.부터 2005. 5. 30.까지는 사업시행인가일에, ③ 2005. 5. 31.부터는 관리처분계획인가일에 각 기존 주택을 소유하는 자로 달리 규정하기는 하였다. 그러나 위 규정의 취지는 아래 2) 나) (1) (나)항에서 보는 바와 같이 주택재건축 정비사업의 조합원 중 위 제155조 제16항의 적용을 받을 수 있는 조합원을 규정하기 위한 것이라고 할 것이고, 이와 달리 '입주자로 선정된 지위'의 취득시기에 대한 일반적인 규정이라고 할 수 없다.

마) 이 사건에서 원고들은 도시정비법에서 기존주택이 조합원입주권으로 전환되는 기준일에 해당하는 관리처분계획인가일인 2010. 8. 24. 이전에 이미 기존주택을 취득하였으므로, 부동산으로서의 기존 주택을 취득한 것이지 조합원으로부터 조합원입주권을 승계취득하였다고 볼 수는 없으므로, 원고들은 장기보유특별공제가 원천적으로 배제되는 구 소득세법 제95조 제2항 본문의 괄호 부분에 해당하지 않는다. 다만, 원고들이 취득한 기존주택의 소유권이 조합원입주권 및 신축주택의 소유권으로 변경되는 과정에서 조합원입주권의 보유기간이 장기보유특별공제가 인정되는 보유기간으로 인정될 수 있을지 여부에 관하여는 아래 2)항에서 살핀다.

2) 2005년 개정 전 시행령 제155조 제16항의 의미와 조합원입주권의 1세대 1주택 장기보유특별공제 적용 여부

가) 관련 법리

(1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).

(2) 장기보유특별공제제도는 자산의 보유기간이 3년 이상인 장기보유자산에 대한 양도소득금액 산정 시 일정액의 공제를 통하여 부동산의 건전한 투자 내지 소유를 유도하고, 물가상승에 따른 명목소득의 성격이 강한 양도소득에 대하여 물가상승분을 공제하여 주기 위한 취지에서 마련된 것이고, 1세대 1주택을 장기간 보유하는 경우 최대 100분의 80에 이르는 고율의 공제율을 적용하는 취지는 1세대 1주택이 국민의 주거생활 안정에 필수적인 요건임을 감안하여 1세대 1주택의 장기보유자에 대한 양도소득세의 부담을 해소하는 데에 있다(대법원 2015. 4. 23. 선고 2014두36921 판결 등 참조).

(3) 구 소득세법(2012. 1. 1. 법률 제11146호로 개정되기 전의 것) 제94조 제1항 제1호, 제95조 제2항, 제4항 본문, 구 소득세법 시행령(2010 12. 30 대통령령 제22580호로 개정되기 전의 것) 제154조 제8항 제1호, 제159조의2 등 관계 법령의 규정 내용과 1세대 1주택에 대하여 별도로 더 높은 비율의 장기보유특별공제율을 정한 취지 등에 비추어 보면, 장기보유특별공제를 적용하기 위한 보유기간은 위 법 제94조 제1항 제1호에 규정된 자산을 계속하여 보유한 기간만을 통산하여야 하므로 그것이 멸실되었다가 신축되거나 다른 공제율을 적용하여야 하는 자산으로 변동된 경우에는 그 보유기간을 통산할 수 없음이 원칙이라고 할 것이나, 다만 재건축ㆍ재개발 조합원이 기존주택과 토지를 제공하고 취득한 조합원입주권에 기하여 새로운 주택을 취득한 경우에는 위 시행령 제159조의2에서 정한 1세대 1주택에 해당하면 기존주택과 조합원입주권 등의 보유기간까지 통산하여 위 법 제95조 제2항의 표 2에 규정된 장기보유특별공제율을 적용할 수 있다(대법원 2014. 9. 4. 선고 2012두28025 판결 등 참조).

나) 구체적 판단

(1) 관련 법리에 비추어 보건대, 원고들이 기존주택의 취득 시부터 신축주택의 양도 시까지의 기간을 통산하여 장기보유특별공제를 받기 위해서는 기존주택의 소유권이 조합원입주권 및 신축주택의 소유권으로 변경되는 과정에서 조합원입주권이 주택으로 의제됨으로써, 위 대상 간 동일성이 인정되어야 하고, 조합원입주권의 주택 의제 여부는 2005년 개정 전 시행령 및 2005년 개정 시행령 제155조 제16항(이하 '이 사건 조항'이라 한다)에 의해 결정된다.

(가) 조합원입주권에 대한 장기보유특별공제 입법 경위

이 사건 조항은 조합원입주권을 주택으로 의제하여 1세대 1주택의 비과세 혜택을 부여하는 규정으로, 장기보유특별공제를 직접적으로 규율하고 있지 않다. 그러나 아래와 같이 구 소득세법에서 조합원입주권에 대한 장기보유특별공제를 규정하게 된 입법 과정과 그 취지에 비추어보면, 이 사건 조항을 통해 주택으로 의제되는 조합원입주권을 취득한 경우 그로부터 신축주택 양도 시까지의 보유기간을 통산하여 장기보유특별공제를 받게 된다.

① 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것) 제95조 제2항은 장기보유특별공제를 규정하면서 그 대상을 '제94조 제1항 제1호에 따른 자산' 즉 토지와 건물로 한정하고 있었다. 이에 종래 대법원은 "재건축조합의 조합원이 기존주택과 토지를 재건축조합에 제공하고 승인된 사업계획에 따라 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 2005년 개정 전 시행령 제154조 제1항 소정의 1세대 1주택 비과세 요건을 갖춘 경우에는 그 분양권은 '부동산을 취득할 수 있는 권리'에 해당함에도 불구하고 2005년 개정 전 시행령 제155조 제16항이 정하는 바에 따라 '주택'으로 의제되고, 그 양도당시 실지거래가액이 6억 원을 초과하는 고가주택에 해당하여 양도소득세가 부과되는 경우에는 장기보유특별공제를 받을 수 있다(대법원 2007. 6. 14. 선고 2006두16854 판결)."라고 판시하여 2005년 개정 전 시행령 제155조 제16항에 따라 1세대 1주택으로 의제되어, 기존주택과 동일성이 인정되는 조합원입주권의 경우 명시적인 규정이 없더라도 장기보유특별공제 대상이 된다고 보았다.

② 이후 2013. 1. 1. 법률 제11611호로 개정된 소득세법 제95조 제2항 본문은

조합원입주권에 대해서도 장기보유특별공제 대상이 된다고 명시적으로 규정하였다. 그 개정 취지는 주택이 조합원입주권으로 변환된 것으로 볼 수 있는 경우 양도소득세 장기보유특별공제 적용 대상을 조합원입주권까지 확대하기 위한 것으로, 조합원입주권이 주택으로 의제되어야 함을 전제한다는 점에서 위 종래 대법원 판결의 취지와 같다.

(나) 이 사건 조항 및 부칙의 내용

앞서 본 바와 같이 주택재건축사업을 시행하는 정비사업의 조합원이 '당해 조합

을 통하여 입주자로 선정된 지위'를 양도하는 경우 1세대 1주택 비과세혜택을 적용받을 수 있는 대상자 기준은 ① 2003. 6. 30.까지는 사업계획승인일에, ② 2003. 7. 1.부터 2005. 5. 30.까지는 사업시행인가일에, ③ 2005. 5. 31.부터는 관리처분계획인가일에 각 기존주택을 소유하는 사람이다.

위와 같이 부칙 규정을 두어 비과세 혜택 대상자가 되는 기준 시점을 달리 한 이유는, 주택재개발사업을 규정한 도시재개발법과 재건축사업을 규정한 주택건설촉진법이 2003. 7. 1.부터 시행된 도시정비법으로 통합되면서 주택건설촉진법상 필수적 절차가 아니었던 관리처분계획이 도시정비법상 재건축사업에서는 필수적 절차가 되는 등 차이가 발생하였기 때문이다1). 즉 2003. 7. 1. 도시정비법 시행 당시 여전히 주택건설촉진법상 정비사업 구역이 남아있고, 구법에 의해 이미 상당히 재건축이 진행된 조합도 도시정비법상 절차를 거쳐야 하는지 명확하지 않았던 과도기적 상황에서 도시정비법의 시행 경과에 맞추어 소득세법상 비과세혜택 대상자를 정하는 입법적 결단을 내린 것이다. 입법자는 조합원 재산권 보호를 인식하면서도 재건축사업이 부동산 시장의 투기와 결부될 수 있음을 우려하여, 비과세혜택을 부여하는 시점을 달리 설정하는 정책적 판단을 한 것으로 볼 수 있다.

(다) 조세법률주의에 부합하는 해석

2005년 개정 전 시행령 제155조 제16항에서 주택재건축사업의 경우 조합원입주권을 1세대 1주택으로 인정받기 위해서는 '사업시행인가일' 이전에 기존주택을 소유하고 있어야 한다. 반면 2005년 개정 시행령 제155조 제16항에서는 기존주택 보유자가 1세대 1주택 특례규정을 적용받기 위한 기준일이 '관리처분계획일'로 변경되었다. 그런데 2003. 7. 1.부터 시행된 도시정비법에서는 조합원입주권 취득시기를 '관리처분계획인가일'로 규정하고 있으므로, 이 사건 조항에서 정하는 1세대 1주택 비과세혜택 적용 대상자를 결정하는 기준일과 도시정비법에서 정하는 조합원입주권 취득시기를 동일하게 해석해야 하는 것이 아닌가 하는 의문이 들기도 한다.

그러나 이 사건 부칙조항은 '주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대 1주택 특례

적용 및 양도차익 산정에 관한 경과조치'라는 제목으로, 2005년 개정 시행령이 시행(2005. 5. 31.)되기 전에 이미 사업시행인가를 받은 주택재건축사업 조합원에 대하여는 2005년 개정 전 시행령을 적용한다고 명시적으로 규정하고 있다. 이 사건 조항이 조합원입주권을 주택으로 취급하여 비과세나 장기보유특별공제 등 혜택을 부여하는 전제가 되는 규정이라는 점에서, 위와 같은 명시적인 경과조치에도 불구하고 이 사건 조항 및 부칙 법문을 그 문언에 반하여 확장하거나 유추하여 해석할 수는 없다.

(2) 이 사건 부칙조항의 실효 또는 상위법 우선의 원칙 위반 여부

(가) 재건축조합의 조합원입주권을 주택으로 보는 기준시점과 관련하여, 2005년

개정 전 시행령 제155조 제16항은 사업시행인가일로, 2005년 개정 시행령 제155조 제16항은 관리처분계획인가일로 정하였음은 앞서 본 바와 같다. 2005년 개정 시행령 제155조 제16항은 2006. 2. 9. 대통령령 제19327호로 다시 개정되었는데, 그 내용은 그대로 유지하면서 제155조 제17항으로 조문의 위치만 이동되었다. 이후 소득세법이 2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되면서 비과세 양도소득의 유형으로 제89조 제1항 제4호가 신설되었다. 이는 2005년 개정 시행령 제155조 제16항과 같이 '관리처분계획인가일'을 기준으로 그 이전부터 보유하고 있는 조합원입주권은 주택으로 보아 이를 양도하더라도 1세대 1주택의 비과세혜택을 부여하겠다는 것이어서, 결과적으로 이 사건 조항, 특히 2005년 개정 시행령 제155조 제16항이 문구 등을 일부 수정하여 법률로 상향 입법된 것으로 볼 수 있다. 또한 구 소득세법의 양도소득금액(제95조), 양도소득세의 세율(제104조) 등 다른 조항에서도 조합원입주권을 주택으로 볼 것인지 여부에 관한 기준시점을 '관리처분계획인가일'로 정하거나 이를 전제로 '조합원입주권'이라는 용어를 사용하고 있다.

(나) 그러나 개정 법률이 전부 개정된 경우에는 기존 법률을 폐지하고 새로운 법

률을 개정하는 것과 마찬가지이어서 종전의 본칙은 물론 부칙 규정도 모두 소멸하는 것으로 보아야 하므로 종전 법률 부칙의 경과규정도 모두 실효되는 것이 원칙이다. 그러나 법률을 개정하면서 종전 법률 부칙의 경과규정을 개정하거나 삭제하는 명시적인 조치가 없다면 개정 법률에 다시 경과규정을 두지 않았다고 하여도 부칙의 경과규정이 당연히 실효되는 것은 아니다(대법원 2012. 3. 29. 선고 2011두27919 판결의 취지 참조).

(다) 이 사건 양도소득세 부과처분의 근거가 되는 이 사건 부칙조항은 이후 다시

개정되거나 삭제되는 등의 명시적인 조치가 취해진 바 없으므로, 앞서 본 바와 같이 원고들의 이 사건 신축주택 양도에 대하여 2005년 개정 전 시행령 제155조 제16항이 적용되는 법적 근거가 된다. 비록 위에서 본 바와 같이 2005년 개정 시행령 제155조 제16항과 실질적으로 동일한 내용이 구 소득세법 2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정된 것) 제89조 제1항 제4호로 입법되었고, 이후 소득세법에서 '조합원입주권'에 관한 내용을 추가로 규정하였다고 하더라도, 이는 구 소득세법 시행령 부칙<대통령령 제18044호, 2003. 6. 30.> 및 이 사건 부칙조항에 따른 경과규정 기간이 모두 지난 후 도시정비법에 따라 재건축사업이 진행되는 사안에 관한 것으로 봄이 타당하다. 도시정비법 시행 초기 과도기적 상황에서 기존주택 또는 조합원입주권을 매수하였다가 이후 이를 양도함에 있어서는 여전히 이 사건 조항의 적용 여부가 문제될 수 있다는 점에서, 원고들이 주장하는 바와 같은 상향 입법 등과 같은 조치만으로 이 사건 조항이나 이 사건 부칙조항이 실효된다고 볼 수는 없다. 만약 이와 달리 이 사건 부칙조항이 실효되었다고 해석한다면, 재건축조합이 도시정비법 시행 당시 이미 사업시행계획승인을 받는 등 사업이 상당한 정도로 진행되어 도시정비법상 관리처분계획인가 등에 따른 절차를 진행할 필요가 없는 사안에서2), 재건축조합원이 신축주택을 양도할 때 1세대 1주택인지 여부를 판단하는 기준이 되는 시점이 존재하지 않게 되어 법령 적용에 혼란이 가중될 여지가 있다는 점에서도 그러하다.

(3) 2005년 개정 전 시행령 제155조 제16항의 '사업시행인가일'의 의미

(가) 이에 대하여 원고들은, 장기보유특별공제 적용여부를 판단함에 있어서 2005

년 개정 전 시행령 제155조 제16항에 따라 '사업시행인가일'을 기준으로 판단하여야 한다고 보더라도, 이 사건 사업의 최초사업시행인가는 이후 1차 사업시행변경인가로 주요 내용이 실질적으로 변경되면서 실효되었으므로 유효한 사업시행인가는 1차 사업시행변경인가라 보아야 한다고 주장한다.

(나) 개정 전 2005년 시행령 제155조 제16항은 위 규정이 적용되는 정비사업의

조합원에 해당하는지 여부를 '사업시행인가일'을 기준으로 판단하도록 하면서, 사업시행계획이 변경된 경우 기준시점에 관하여는 규정하고 있지 아니하다. 그런데 원고들의 주장과 같이 최초 사업시행인가가 실효되어 사업시행변경인가일을 기준으로 개정 전 시행령 제155조 제16항을 적용하여야 한다고 본다면, 문제된 최초 사업시행인가가 유효한 것임을 전제로 형성된 다수의 조세법률관계가 향후 사업시행변경인가가 발생하였다는 우연한 사정에 의해 영향받아 그 납세의무의 존부 내지 범위가 소급적으로 변경되는 결과가 초래될 수밖에 없다. 또한 물리적으로 사업시행변경인가가 불가능한 시점이 도래하기 전까지는 위 규정에 따른 납세의무의 존부와 범위를 확정할 수 없을 것으로 보이는데, 비교적 장기간에 걸쳐 진행되는 도시정비사업의 특성에 비추어 보면, 상당한 기간 납세의무자의 지위가 불안정한 상태에 놓이게 된다. 최초 사업시행계획의 주요 부분에 해당하는 공동주택의 면적, 세대수 및 세대별 면적 등이 실질적으로 변경되어 최초 사업시행계획이 효력을 상실한다고 하더라도, 이는 사업시행계획 변경시점을 기준으로 최초 사업시행계획이 장래를 향하여 실효된다는 의미이므로(대법원 2015. 11. 26. 선고 2014두15528 판결 등 참조), 비록 1차 사업시행변경인가로 최초 사업시행계획의 내용이 실질적으로 변경되어 최초 사업시행계획이 그 효력을 상실하였다고 하더라도, 이는 사업시행계획 변경시점을 기준으로 장래를 향하여 실효되는 것이어서 최초 사업시행계획이 소급하여 존재하지 않는 것으로는 볼 수 없다. 따라서 2005년 개정 전 시행령 제155조 제16항의 '사업시행인가일'이란 '최초 사업시행인가일'을 의미한다고 봄이 상당하므로, 원고들의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

(4) 이 사건 기존주택 재건축사업의 사업시행인가일은 2005. 5. 16.이고, 관리처분계획인가일이 2010. 8. 24.임은 앞서 본 바와 같다. 이 사건 부칙조항에 따라, 2005년 개정 시행령의 시행일인 2005. 5. 31. 이전에 이미 도시정비법에 의하여 사업시행인가를 받은 주택재건축사업의 조합원인 원고들에게는 2005년 개정 전 시행령이 적용된다. 따라서 원고들이 위 사업시행인가일인 2005. 5. 16.에 기존주택을 보유하였어야 1세대 1주택 특례적용을 받을 수 있는데, 원고 송00, 황00은 2005. 7. 18, 원고 전00, 김00은 2008. 1. 29., 원고 송00, 이00은 2009. 7. 20, 원고 조00, 서00, 한AA은 2009. 10. 7.에 각 기존주택을 취득하였는바, 그 취득일이 사업시행인가일 이후이다. 결국 원고들은 2005년 개정 전 시행령 제155조 제16항 특례적용을 받지 못하게 되는바, 조합원입주권 보유기간에는 1세대 1주택으로 인정될 수 없어 기존주택 취득 시부터 신축주택 양도 시까지의 보유기간을 통산할 수 없으므로, 원고들이 주장하는 1세대 1주택 장기보유특별공제율을 적용받을 수 없다.

3) 가산세 면제의 정당한 사유 존부

가) 관련 법리

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재이다. 따라서 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법 해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없다. 그러나 세법 해석상 의의로 인한 견해의 대립 등이 있다고 할 수 없음에도 납세의무자가 자기 나름의 해석에 의하여 납세 등의 의무가 면제된다고 잘못 판단한 것은 단순한 법령의 부지 내지 오해에 불과하여 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않는다(대법원 2005. 1. 27. 선고 2003두13632 판결 등 참조).

나) 구체적 판단

위 법리에 비추어 살피건대, 원고들이 주장하는 사정 즉, 개인인 원고들이 양도 시점으로부터 수년 전에 개정된 이 사건 부칙조항 및 2005년 개정 전 시행령 제155조 제16항 등에 따라 장기보유특별공제가 적용되지 아니함을 알고 양도소득세 신고를 할 것을 기대하기 어렵다는 점은 법령의 부지 또는 오해가 있었다는 사정에 불과하다. 원고들이 당초 장기보유특별공제를 적용하여 각 양도소득세 신고를 하였을 때 피고 세무서장들이 시정지시 등을 하지 아니하고 이를 받아주었다고 하더라도 그러한 사정만으로 원고들의 납세의무 위반에 정당한 사유가 인정되는 것도 아니다. 따라서 원고들에게 가산세 부과를 감면할 정당한 사유가 있는 때에 해당한다고 볼 수 없으므로, 원고들의 이 부분 주장 또한 받아들이지 아니한다.

4. 결론

그렇다면 원고들의 양도소득세 부과처분 취소 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 피고들의 항소를 받아들여 제1심판결 중 양도소득세 부과처분에 관한 부분(피고들 패소 부분)을 취소하고, 그 취소부분에 해당하는 원고들의 양도소득세 부과처분 취소 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1) 도시재개발법상 주택재개발사업의 경우에는 관리처분계획을 필수적 절차로 정하고 있고, 도시정비법도 같은 입장을 취하고 있으나[구 도시정비법(2002. 12. 30. 법률 제6852호로 제정되어 2003. 7. 1. 시행된 것)제48조], 주택건설촉진법(2002. 12. 30. 법률 제6836호로 개정된 것)상 재건축사업은 법 제44조의3 제5항에 의해 도시재개발법(2002. 2. 4. 법률 제6656호로 개정된 것) 제33조 내지 36조에서 정한 관리처분계획 인가 및 그에 따른 분양처분 고시 등의 절차를 준용하기는 하되, 임의적인 절차로 규정하고 있었다.

2) 대법원 2013. 7. 25. 선고 2011다19768, 19775 판결은 도시정비법이 시행되기 전의 재건축사업에 대하여 사업계획승인을 얻으면 원칙적으로 행정청의 관여는 종료되고 조합원은 이로써 분양받을 권리(입주자로 선정된 지위)를 취득하게 되므로, 위와 같은 재건축조합에 대해서는 도시정비법에 따른 절차나 방식에 따라 잔존 사업을 시행할 필요성이 없다고 보아, 도시정비법 시행에도 불구하고 도시정비법의 적용이 배제된다는 취지로 판시하였다.