예규판례 — TaxHub 조세법령

제목: 재건축 조합원 입주권 변환 시기는 관리처분인가일로 봄이 타당함
요지: 재건축 조합원 입주권 변환 시기는 관리처분일가일이라 봄이 타당함

판결문

사 건

2022구합71684 양도소득세등부과처분취소

원 고

AAA 외 8명

피 고

BB세무서장 외 5명

변 론 종 결

2023. 03. 17.

판 결 선 고

2023. 08. 18.

주 문

1. 원고 CCC, DDD의 피고 서울특별시 JJ구청장에 대한 소 및 원고 EEE, FFF, GGG, HHH의 피고 서울특별시 KK구청장에 대한 소를 각 각하한다.

2. 피고 II세무서장, JJ세무서장, KK세무서장, LL세무서장이 각 원고들에 대하여 한 [별지 1] 기재 양도소득세 부과처분(가산세 포함)을 각 취소한다.

3. 소송비용 중 원고 CCC, DDD과 피고 서울특별시 JJ구청장 사이에 생긴 비용은 원고 CCC, DDD이, 원고 EEE, FFF, GGG, HHH과 피고 서울특별시 KK구청장 사이에 생긴 비용은 원고 EEE, FFF, GGG, HHH이 각 부담하고, 원고 AAA, GGG, HHH과 피고 II세무서장 사이에 생긴 비용은 피고 II세무서장이, 원고 CCC, DDD과 피고 JJ세무서장 사이에 생긴 비용은 피고 JJ세무서장이, 원고 EEE, FFF과 피고 KK세무서장 사이에 생긴 비용은 피고 KK세무서장이, 원고 MMM, NNN과 피고 LL세무서장 사이에 생긴 비용은 피고 LL세무서장이 각 부담한다.

청 구 취 지

주문 제2항1) 및 피고 서울특별시 JJ구청장이 원고 CCC, DDD에 대하여, 피고 서울특별시 KK구청장이 각 원고 EEE, FFF, GGG, HHH에 대하여 한 [별지 2] 기재 부과처분을 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

1.1. 원고들의 주택 양도

1.1.1. 원고들은 서울 KK구 II동 2-1 소재 신II1차아파트(이하 ‘기존주택’이라 한다)를 소유하고 있던 자들로서 기존주택이 도시 및 주거환경정비법(이하 ‘도시정비법’이라 한다)에 따른 주택재건축사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)에 따라 OOOOOOO 아파트(이하 ‘신축주택’이라 한다)로 신축되자 신축주택의 소유권을 취득한 후 양도하였다. 원고들의 기존주택 취득일과 각 신축주택 양도일을 정리하면 아래 표1 기재와 같다.

1.1.2.

표1. 원고들의 기존주택 취득일 및 신축주택 양도일

원고

기존주택

취득일

신축주택

양도일

AAA

4동 303호

2009. 10. 7.

106동 1702호

2019. 3. 28.

CCC

4동 206호

(각 1/2지분)

2005. 7. 18.

112동 905호

(각 1/2지분)

2018. 4. 25.

DDD

EEE

18동 106호

(각 1/2지분)

2009. 7. 20.

114동 1402호

(각 1/2지분)

2017. 1. 13.

FFF

GGG

5동 204호

(각 1/2지분)

2008. 1. 29.

114동 2001호

(각 1/2지분)

2018. 3. 20.

HHH

MMM

8동 401호

(각 1/2지분)

2009. 10. 7.

111동 1004호

(각 1/2지분)

2018. 3. 30.

NNN

1.1.3. 한편 신II1차아파트 재건축 주택조합(이하 ‘이 사건 조합’이라 한다)은 이 사건 사업에 관하여 200x. 5. 16. 최초 사업시행인가를, 201x. 8. 24. 관리처분계획인가를 각 받았고, 201x. 8. 23. 1차 사업시행변경인가를, 201x. 11. 8. 1차 관리처분계획변경인가를 받았으며, 201x. 7. 1. 2차 사업시행변경인가 및 201x. 9. 3. 2차 관리처분계획변경인가를 거쳐 이 사건 신축주택이 201x. 8. 30. 준공되었다.

1.2. 원고들의 양도소득세 신고 및 납부

1.2.1. 원고들은 아래 표2 기재와 같이 양도소득세를 각 신고하였다. 이는 기존주택이 조합원분양권으로 전환되는 시점은 도시정비법에 따른 관리처분계획인가일이고 그 관리처분계획에 중대한 변경이 발생한 경우에는 변경된 인가일을 기준으로 하여야 하는데, 1차 관리처분계획변경인가로 중대한 내용의 변경이 이루어졌으므로 이를 기준으로 기존주택이 조합원분양권으로 변경되었다고 본 뒤, 원고들이 1차 관리처분계획인가일 전에 기존주택을 취득하였으므로 조합원분양권이 아닌 주택을 취득한 것이고 원고들이 청산금을 납부하고 신축된 주택을 양도한 것이므로 소득세법 시행령 제166조 제2항 제1호, 제5항 제2호에 따라 그 보유기간을 기존주택의 취득일로부터 신축주택을 양도한 시점까지를 통산하여 산정한 후 구 소득세법(2019. 12. 31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것2), 이하 같다) 제95조 제2항 단서 [표 2] 세율에 따라 1세대 1주택 양도에 대한 장기보유특별공제 규정을 적용한 것이다.

표2. 원고들의 양도소득세 신고내역

원고

귀속/세목

신고일

산출세액(원)

비고

AAA

201x년 귀속

양도소득세

201x. 5. 14.

xxx,xxx,xxx

을 제3호증의 1

CCC

201x년 귀속

양도소득세

201x. 4. 30.

xx,xxx,xxx

을 제3호증의 2

DDD

201x. 4. 30.

xx,xxx,xxx

을 제3호증의 3

EEE

201x년 귀속

양도소득세

201x. 2. 16.

xx,xxx,xxx

을 제3호증의 4

FFF

201x. 2. 16.

xx,xxx,xxx

을 제3호증의 5

GGG

201x년 귀속

양도소득세

201x. 4. 10.

xx,xxx,xxx

을 제3호증의 6

HHH

201x. 4. 10.

xx,xxx,xxx

을 제3호증의 7

MMM

201x년 귀속 양도소득세

201x. 4. 16.

xx,xxx,xxx

을 제3호증의 8

NNN

201x. 4. 16.

xx,xxx,xxx

을 제3호증의 9

1.2.2. 그 후 원고 MMM, NNN은 201x. 7. 31. ○○세무서장에게, 당해 양도가 1세대 2주택 양도임을 전제로 1세대 1주택 고가주택 양도소득금액 계산특례규정을 적용하지 아니하고, 보유기간 8년 이상 9년 미만의 양도에 대한 장기보유특별공제율 24%를 적용하되, 세율은 구 소득세법 제55조 제1항에 따른 일반세율을 적용하는 것으로 하여 201x년 귀속 양도소득세 xxx,xxx,xxx원(가산세 포함)을 각 추가로 수정신고·납부하였다. 원고 MMM, NNN은 201x. 10. 1. 다시 당해 양도가 1세대 1주택 양도라고 주장하면서 이미 납부한 201x년 귀속 양도소득세 xxx,xxx,xxx원(가산세 포함)의 환급을 구하는 각 경정청구를 하였고, 이에 대하여 ○○세무서장은 201x. 11. 20.경 1세대 1주택 고가주택 양도소득금액 계산특례규정을 적용하고 보유기간 8년 이상 9년 미만의 1세대 1주택 양도에 대한 장기보유특별공제율 64%를 적용하되, 세율은 다주택자 중과세율(일반세율에 100분의 10을 더한 세율)을 적용하는 것으로 하여, 원고 MMM, NNN의 201x 귀속 양도소득세를 xx,xxx,xxx원(가산세 포함)으로 각 경정하였으며, 그 무렵 원고 MMM, NNN에게 초과납부한 세액 xxx,xxx,xxx원을 각 환급하였다.

1.3. 세무조사 및 경정처분 등

1.3.1. PPPP국세청장은 2021. 2. 25.부터 202x. 3. 16.까지 원고 AAA에 대한 201x년 귀속 양도소득세 세무조사를 실시하였다. 그 결과 “이 사건 사업은 200x. 5. 16. 최초 사업시행인가가 있었는데 소득세법 시행령 부칙(2005. 5. 31.) 제4항(이하 ’이 사건 부칙조항‘이라 한다)은 ’이 영 시행전에 도시 및 주거환경정비법에 의하여 사업시행인가를 받은 주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대 1주택 특례적용 및 양도차익의 산정에 관하여는 제155조 및 제166조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다‘고 규정하고 있고, 구 소득세법 시행령(2005. 5. 31. 대통령령 제18850호로 개정되기 전의 것, 이하 ’200x년 개정 전 시행령‘이라 한다) 제155조 제16항은 주택재건축사업의 경우 사업시행인가일을 기준으로 기존주택의 조합원입주권으로의 전환 여부가 결정되는 것을 전제하고 있는데, 이 사건 사업이 최초 사업시행인가 이후 사업 내용에 중대한 변화가 없었던 점 등에 비추어 보면 기존주택이 조합원입주권으로 전환되는 시점은 최초사업시행인가 고시일인 200x. 5. 16.로 보아야 하고, 그 이후 기존주택을 취득한 원고 AAA은 주택이 아닌 조합원입주권을 승계취득한 것에 해당하며, 구 소득세법 제95조 제4항에 따라 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지이므로 원고 AAA의 신축주택 보유기간은 준공인가일인 201x. 8. 30.부터 기산되어 양도일인 201x. 3. 28.까지 약 2년 7개월에 불과한바, 보유기간 3년을 요구하는 장기보유특별공제가 적용될 수 없다. 그럼에도 9년 이상 10년 미만의 1세대 1주택 양도에 대한 장기보유특별공제율 72%를 적용한 잘못이 있다”고 판단하여, 장기보유특별공제를 배제한 과세자료를 피고 II세무서장에게 통보하였다. 그에 따라 피고 II세무서장은 202x. 4. 5. 원고 AAA에게 2019년 귀속 양도소득세 xxx,xxx,xxx원(가산세 포함)3)의 증액경정처분을 하였다.

1.3.2. 한편 PPPP국세청장은 ‘이 사건 조합에 대한 사업시행인가일 이후 종전 조합원으로부터 조합원입주권을 취득한 자들로서 신축주택을 준공 이후 양도한 자들’에 대하여 양도소득세 신고내용 검토를 진행한 후, 원고 CCC, DDD, EEE, FFF, GGG, HHH, MMM, NNN에 대하여 위 원고 AAA과 같은 취지로 각 신축주택을 보유한 기간은 2년 미만이므로 1세대 1주택 고가주택 양도소득금액 계산특례 및 장기보유특별공제의 적용 대상이 아니라고 보아 이를 배제한 과세자료를 피고 II세무서장, JJ세무서장, KK세무서장, LL세무서장(이하 ‘피고 세무서장들’이라 한다)에게 각 통보하였다. 이에 따라 피고 세무서장들은 아래 표3 기재와 같이 위 위 원고들에 대하여 양도소득세(가산세 포함) 증액경정처분을 하였다.

표3. 원고 AAA을 제외한 나머지 원고들의 양도소득세 증액 처분(금액 단위: 원)

원고

처분청(피고)

귀속/세목

처분일

양도소득세 증액 금액

(가산세 포함)

CCC

JJ세무서장

2018년 귀속

양도소득세

202x. 11. 1.

xxx,xxx,xxx

DDD

202x. 11 .1.

xxx,xxx,xxx

EEE

KK세무서장

2017년 귀속

양도소득세

202x. 11. 1.

xxx,xxx,xxx

FFF

202x. 11. 1.

xxx,xxx,xxx

GGG

II세무서장

2018년 귀속

양도소득세

202x. 11. 1.

xxx,xxx,xxx

HHH

202x. 11. 1.

xxx,xxx,xxx

MMM

LL세무서장

2018년 귀속 양도소득세

202x. 1. 6.

xxx,xxx,xxx

NNN

202x. 1. 6.

xxx,xxx,xxx

1.3.3. 한편 피고 서울특별시 JJ구청장 및 피고 서울특별시 KK구청장(이하 합하여 ‘피고 구청장들’이라 한다)은 피고 세무서장들로부터 원고들에 대한 양도소득세(가산세 포함) 부과처분 사실을 통지받았고 이에 원고 CCC, DDD, EEE, FFF, GGG, HHH에 대하여 별지 2 기재와 같이 각 지방소득세(가산세 포함) 부과처분을 하였다[이하 피고 구청장들의 지방소득세(가산세 포함) 부과처분을 통칭하여 ‘이 사건 지방소득세 부과처분’이라 한다].

1.4. 전심절차

1.4.1. 원고 MMM, NNN을 제외한 나머지 원고들은 피고 세무서장들의 양도소득세(가산세 포함) 부과처분에 불복하여 아래 표4 기재와 같이 각 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 이를 각 기각하였다.

표4. 조세심판원 심판청구 및 결정일

원고

피고

심판청구일

심판결정일

AAA

II세무서장

202x. 6. 21.

202x. 6. 15.

CCC

JJ세무서장

202x. 11. 25.

202x. 4. 4.

DDD

EEE

KK세무서장

202x. 11. 30.

202x. 4. 4.

FFF

GGG

II세무서장

202x. 12. 17.

202x. 4. 4.

HHH

1.4.2. 원고 MMM, NNN은 202x. 3. 21. 조세심판원에 양도소득세(가산세 포함) 부과처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 ‘당초 환급경정결정 통지일인 201x. 11. 29. 다음날부터 그 부과처분일까지는 증액된 세액이 납부되지 아니한 것에 정당한 사유가 있다’고 보아 원고 MMM, NNN의 양도소득세(가산세 포함) 부과처분 중 위 기간에 대하여 납부불성실가산세를 부과하지 않는 것으로 세액을 경정하고 나머지 심판청구는 기각하는 내용의 결정을 하였다. 그에 따라 피고 LL세무서장은 202x. 10. 26. 원고 MMM, NNN에 대하여 각 납부불성실가산세 xx,xxx,xxx원을 감액하는 결정을 하였다. 그 결과 피고 LL세무서장의 원고 MMM, NNN에 대한 양도소득세(가산세 포함) 증액 부과처분은 202x. 1. 6.자 xxx,xxx,xxx원(가산세 포함)4)이 남아 있다[이하 원고 MMM, NNN에 대한 양도소득세(가산세 포함) 증액 부과처분 및 202x. 4. 5. 원고 AAA에 대한 양도소득세(가산세 포함) 증액경정처분, 표3 중 연번 2 내지 7 기재 양도소득세(가산세 포함) 증액 부과처분을 합하여 ‘이 사건 양도소득세 부과처분’이라 한다].

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을가 제1 내지 13호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 가지번호를 포함한다. 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 지방소득세 부과처분 취소 청구 부분 적법 여부

2.1. 지방세법 제86조 제1항은 “소득세법에 따른 소득세의 납세의무가 있는 자는 지방소득세를 납부할 의무가 있다.”라고 규정하고, 같은 법 제87조 제1항 제3호는 개인지방소득에 양도소득이 포함되는 것으로 규정하고 있다. 또한 지방세법 제103조 제2항은 “양도소득에 대한 개인지방소득세 과세표준은 소득세법 제92조에 따라 계산한 소득세의 과세표준과 동일한 금액으로 한다.”라고 규정하고 있고, 제103조의2 제1호는 “양도소득에 대한 개인지방소득세는 제103조에 따른 과세표준에 제103조의3에 따른 세율을 적용하여 양도소득에 대한 개인지방소득세 산출세액을 계산한다.”라고 규정하고 있으며, 제103조의9 제1항, 제97조 제3항은 “납세지 관할 지방자치단체의 장은 개인지방소득세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 소득세법에 따라 납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장이 결정 또는 경정한 자료, 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다.”라고 규정하고 있다. 그리고 지방세법 제103조의59 제1항 제5호는 “세무서장 또는 지방국세청장은 소득세법에 따라 소득세를 환급한 경우 대통령령으로 정하는 지방자치단체의 장에게 통보하여야 한다.”라고 규정하고, 같은 조 제3항에서는 “지방자치단체의 장은 제1항 제5호에 따른 통지를 받은 경우 해당 소득세와 동일한 과세표준에 근거하여 산출한 지방소득세를 다시 계산하여 환급세액이 발생하는 경우 이를 환급하여야 한다.”라고 규정하고 있다.

2.2. 위와 같은 지방소득세 관련 규정에 비추어 보면 소득세법상 양도소득세 납세의무자는 양도소득에 대한 지방소득세를 납부할 의무가 발생하고 양도소득에 대한 지방소득세의 과세표준은 양도소득세의 과세표준과 동일하므로, 관련 납세의무자로서는 세무서장을 상대로 한 항고소송에서 소득세 부과처분의 취소판결을 받으면 족하고 이와 별도로 지방소득세 소득세분 부과처분의 취소를 구하는 소를 제기할 필요는 없다(대법원 2016. 12. 29. 선고 2014두205 판결 참조). 그렇다면 피고 세무서장들을 상대로 이 사건 양도소득세 부과처분의 취소를 구하고 있는 원고 CCC, DDD, EEE, FFF, GGG, HHH으로서는 피고 구청장들을 상대로 이 사건 지방소득세 부과처분의 취소를 별도로 구할 소의 이익이 있다고 보기 어렵다. 따라서 원고 CCC, DDD, EEE, FFF, GGG, HHH의 피고 구청장들에 대한 소는 부적법하다.

3. 이 사건 양도소득세 부과처분의 적법 여부

3.1. 원고들의 주장

이 사건 양도소득세 부과처분은 아래와 같은 이유로 위법하므로 모두 취소되어야 한다.

3.1.1. 피고 세무서장들은 200x년 개정 전 시행령 제155조 제16항을 근거로 장기보유특별공제 보유기간 산정을 위한 기존주택의 조합원입주권 변환시점 역시 사업시행인가일로 본 것이나, 위 규정은 조합원입주권이 주택이 아님에도 불구하고 일정한 요건 하에 이를 주택으로 보아 1세대 1주택 비과세 혜택을 부여하는 취지의 규정, 즉 ‘1세대 1주택 비과세’에 관한 규정일 뿐이므로, 그와 다른 ‘장기보유특별공제’에 위 규정을 근거로 기존주택의 조합원입주권으로의 변환시점을 판단하거나 장기보유특별공제가 적용되는 보유기간을 산정할 수 없다. 그럼에도 피고 세무서장들이 위 규정을 근거로 장기보유특별공제 보유기간을 산정하는 것은 위법한 유추해석에 의한 것으로서 조세법률주의에 반한다. 오히려 상위법령인 구 소득세법 제95조 제2항은 명시적으로 조합원입주권 변환시기를 ‘관리처분계획인가일’로 보는 것을 전제로 개정되었으므로, 위와 같은 소득세법 개정 이후에는 그와 다른 내용의 시행령은 법령의 위임범위를 벗어난 것이어서 무효라 보아야 하고, 사업시행인가일을 기준으로 주택과 조합원입주권 여부를 나누도록 규정한 2005년 개정 전 시행령 제155조 제16항을 적용하도록 한 이 사건 부칙조항 역시 효력이 없다.

3.1.2. 설령 원고들의 장기보유특별공제 적용 여부를 판단함에 있어 ‘기존주택의 조합원입주권으로의 변환시기’를 200x년 개정 전 시행령 제155조 제16항에 따라 ‘사업시행인가일’을 기준으로 판단하여야 한다고 보더라도, 이 사건 사업의 최초사업시행인가는 이후 1차 사업시행변경인가로 주요 내용이 실질적으로 변경되면서 실효되었으므로 유효한 사업시행인가는 1차 사업시행변경인가라 보아야 하고, 원고들은 기존주택을 위 1차 사업시행변경인가 이전에 취득하였으므로 원고들이 취득한 기존주택의 법적 성격은 여전히 주택일 뿐 조합원입주권이라고 볼 수 없다. 이 사건 양도소득세 부과처분은 그와 달리 원고들이 취득한 것을 ‘조합원입주권’이라고 본 것으로 전제사실을 오인한 것이어서 위법하다.

3.1.3. 설령 이 사건 양도소득세 부과처분이 적법하다고 하더라도, 소득세법에서 장기보유특별공제 적용상 조합원입주권으로의 변환시기를 ‘관리처분계획인가일’로 정하고 있음에도 원고들이 2005년 개정 전 시행령 제155조 제16항과 이 사건 부칙조항에 따라 장기보유특별공제의 적용을 배제하고 신고하는 것을 기대하기는 어려운바, 원고들에게는 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다. 특히 원고 MMM, NNN의 경우 강남세무서장이 201x. 12. 3. 장기보유특별공제의 적용을 인정하는 취지의 양도소득세 감액경정 결정을 한 바도 있다.

3.2. 관계 법령

별지 3 관계 법령 기재와 같다.

3.3. 관련 규정의 개정 경위

3.3.1. 장기보유특별공제 대상 규정의 개정 경위

구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것) 제95조 제2항은 장기보유특별공제를 규정하면서 그 대상을 ‘제94조 제1항 제1호에 따른 자산’ 즉 토지와 건물로 한정하고 있었다. 이에 종래 대법원은 “재건축조합의 조합원이 기존주택과 토지를 재건축조합에 제공하고 승인된 사업계획에 따라 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 2005년 개정 전 시행령 제154조 제1항 소정의 1세대 1주택 비과세 요건을 갖춘 경우에는 그 분양권은 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리’에 해당함에도 불구하고 시행령 제155조 제16항이 정하는 바에 따라 ‘주택’으로 의제되고, 그 양도당시 실지거래가액이 6억 원을 초과하는 고가주택에 해당하여 양도소득세가 부과되는 경우에는 장기보유특별공제를 받을 수 있다(대법원 2007. 6. 14. 선고 2006두16854 판결).”라고 판시하여 2005년 개정 전 시행령 제155조 제16항에 따라 1세대 1주택으로 의제되는 조합원입주권의 경우 명시적인 규정이 없더라도 장기보유특별공제 대상이 된다고 보았다.

이후 2013. 1. 1. 법률 제11611호로 개정된 소득세법 제95조 제2항 본문에서 “조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시정비법」 제48조에 따른 관리처분계획 인가 전 주택분의 양도차익으로 한정한다)”도 장기보유특별공제 대상이 된다고 명시적으로 규정하였는데, 그 개정 취지는 양도소득세 장기보유특별공제 적용 대상을 조합원입주권까지 확대하기 위함이었다.

즉 2013. 1. 1. 개정 전의 소득세법 아래에서 장기보유특별공제는 토지ㆍ건물의 양도시에만 적용될 뿐 부동산을 취득할 수 있는 권리에는 원칙적으로 적용되지 않고, 다만 대법원 판례에 따라 ‘1세대 1주택의 특례’를 규정한 구 소득세법 시행령 제155조 제16항에 따라 주택으로 의제되는 분양권의 경우에만 적용가능하였다. 2013. 1. 1. 이후 소득세법이 개정되면서, 재개발ㆍ재건축으로 인하여 주택이 멸실되고 조합원입주권을 보유하게 된 경우에도 멸실된 토지나 건물이 존재했다고 볼 수 있는 관리처분계획인가일 전에 주택을 취득한 경우에는 줄곧 주택을 보유한 것과 달리 볼 근거가 없다는 고려 아래 장기보유특별공제의 대상으로 이를 명시적으로 추가하였고, 이로써 조합원입주권이 1세대 1주택 특례로 주택으로 의제되는 것인지 여부와 상관없이 관리처분계획인가일 전 취득의 경우 모두 장기보유특별공제의 적용 대상이 되었다.

3.3.2. 소득세법 시행령 제155조 제16항 규정의 개정 경위

3.3.2.1. 시행령 개정 내용

구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것) 제89조 제1항 제3호는 ‘대통령령이 정하는 1세대 1주택과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 비율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니한다’고 규정하고 있었다. 그 위임을 받은 구 소득세법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15969호로 개정되기 전의 것)은 제154조에서 1세대 1주택의 범위에 관하여 규정하면서 제155조에서 위 제154조 제1항 소정의 1세대 1주택에는 해당하지 않지만 예외적으로 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항의 규정을 적용받을 수 있는 특례에 관하여 규정하고 있었는데, 분양권 양도에 관한 특례규정은 없었다.

소득세법 시행령이 1998. 12. 31. 대통령령 제15969호로 개정되면서 분양권의 경우에도 주택과 마찬가지로 취급하여 1세대 1주택에 관한 구 소득세법 시행령 제154조 제1항의 규정을 적용받을 수 있도록 제155조 제16항이 신설되었고 해당 조항의 일부가 개정되면서 2005년 개정 전 시행령에서는 제155조 제16항이 아래 표5 기재와 같이 규정되었다. 위 조항의 신설 취지는 종전에 분양권은 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리’에 불과하여 이를 ‘주택’으로 취급할 법령상의 근거가 없었기 때문에 ‘1세대 1주택’에 관한 비과세규정(소득세법 시행령 제154조 제1항)을 적용하는데 어려움이 있었으므로, 이러한 어려움을 해소하여 일반 ‘주택’의 양도와 형평성을 유지하고 서민가계를 지원할 목적으로 조합원입주권에 관하여도 소득세법 시행령 제154조 제1항의 규정을 적용하여 양도소득세를 비과세하려는 것이었다. 이에 따라 재건축조합의 조합원입주권 양도의 경우 사업계획승인일을 기준으로 1세대 1주택 여부가 결정되게 되었다.

이후 2005. 5. 31. 대통령령 제18850호로 소득세법 시행령 제155조 제16항이 아래와 같이 재차 개정되었다(이하 ‘2005년 개정 시행령’이라 한다). 위 개정에 따라 종전 사업시행인가일에서 관리처분계획 인가일을 기준으로 주택과 조합원입주권을 구분하게 되었는데, 이 사건 부칙조항은 ‘위 개정령 시행 전에 도시정비법에 의하여 사업시행인가를 받은 주택재건축사업의 조합원의 경우 종전의 규정에 의한다’고 규정하였다. 그 뒤 2005년 개정 시행령 제155조 제16항은 2006. 2. 9. 대통령령 제19327호로 다시 개정되면서 소득세법 시행령 제155조 제17항으로 위치를 이동하였다.

표5. 소득세법 시행령 제155조 제16항, 제17항의 개정 연혁

2005년 개정 전 시행령

2005년 개정 시행령

구 소득세법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19327호로 개정되어 2008. 11. 28. 대통령령 제21138호로 개정되기 전의 것)

구 소득세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27829호로 개정되어 2022. 2. 15. 대통령령 제32420호로 개정되기 전의 것)

제155조(1세대1주택의 특례)

⑯「도시 및 주거환경정비법」에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원(주택재개발사업의 경우 동법 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일, 주택재건축사업의 경우 동법 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일이나 그 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일 현재 제154조제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자에 한한다)이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(이에 부수되는 토지를 포함한다)를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 법 제94조제1항제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조제1항의 규정에 의한 1세대1주택으로 본다.

제155조(1세대1주택의 특례)

⑯ 「도시정비법」에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원(동법 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 그 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일 현재 제154조제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자에 한한다)이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(이에 부수되는 토지를 포함한다)를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 법 제94조제1항제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조제1항의 규정에 의한 1세대1주택으로 본다.

부칙(2005. 5. 31.)

④ (주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대1주택 특례적용 및 양도차익의 산정에 관한 경과조치) 이 영 시행전에 「도시정비법」에 의하여 사업시행인가를 받은 주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대1주택 특례적용 및 양도차익의 산정에 관하여는 제155조 및 제166조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.

제155조(1세대1주택의 특례)

⑰ 법 제89조제2항 본문의 규정에 따른 조합원입주권(이하 "조합원입주권"이라 한다)을 1개 소유한 1세대[「도시정비법」 제48조의 규정에 따른 관리처분계획의 인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제154조제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대에 한한다]가 당해 조합원입주권을 양도하는 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 법 제94조제1항제2호가목의 규정에 불구하고 이를 제154조제1항의 규정에 따른 1세대1주택으로 본다. 다만, 제2호의 경우에는 당해 1주택을 취득한 날부터 1년 이내에 당해 조합원입주권을 양도하는 경우에 한한다.

1. 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우

2. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우

제155조(1세대1주택의 특례)

⑰ 법 제89조제1항제4호 각 목 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우"란 조합원입주권의 양도 당시의 실지거래가액의 합계액이 9억원을 초과하는 경우를 말한다.

3.3.2.2. 법 조항 신설

한편, 소득세법이 2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되면서 비과세양도소득을 규정한 제89조에 제2항을 신설하여 “제1항의 규정에 불구하고 동항 제3호의 규정은 대통령령이 정하는 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 도시정비법 제48조의 규정에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[동법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)에 한하며, 이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 "조합원입주권"이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 이를 적용하지 아니한다. 다만, 도시정비법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.”라고 규정함으로써 조합원입주권의 전환시기를 법률로 규정하였다[이후 소득세법은 2020. 8. 18. 법률 제17477호로 개정되면서 제88조 정의 규정에 제9호로 ‘조합원입주권’을 “도시정비법 제74조에 따른 관리처분계획의 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위를 말한다. 이 경우 도시정비법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다.”라고 별도로 정의 규정도 두었다].

그 뒤 소득세법이 2016. 12. 20. 법률 제14389호로 재차 개정되면서 제89조 제1항 제4호를 신설하여 “제2항에 따른 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[도시정비법 제48조에 따른 관리처분계획의 인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호 가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.”라고 하여 구 소득세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27829호로 개정되기 전의 것) 제155조 제17항(2005년 개정 시행령 제155조 제16항의 내용과 실질적으로 같다)을 문구 등을 일부 수정하여 법률로 상향 입법하였고, 그에 따라 위 소득세법 시행령 제155조 제17항은 2017. 2. 3. 대통령령 제27829호로 개정되면서 “법 제89조 제1항 제4호 각 목 외의 부분 단서에서 ‘대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우’란 조합원입주권의 양도 당시의 실지거래가액의 합계액이 9억 원을 초과하는 경우를 말한다.”라고만 규정하였다.

3.4. 기존주택의 조합원입주권 변환 시기

3.4.1. 앞서 든 사실들로 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고들의 각 양도차익에 대한 장기보유특별공제를 적용하기 위한 기존주택 취득 여부 판단의 기준이 되는 조합원입주권 변환시기는 관리처분계획인가일이라고 봄이 타당하다.

3.4.1.1. 도시정비법이 2002. 12. 30. 법률 제6852호로 제정되어 2003. 7. 1.부터 시행됨에 따라 주택재건축사업의 경우에도 2003. 7. 1. 이후부터는 도시정비법의 적용을 받게 되었고, 사업시행인가 이외에도 관리처분계획인가를 받아야 비로소 기존 건물을 철거하고 조합원에게 정비사업으로 조성된 토지와 축조된 건축시설에 대한 권리로 변환시켜 줄 수 있게 되었다[구 도시정비법(2009. 2. 6. 법률 제9444호로 개정되기 전의 것) 제48조, 현행 도시정비법 제74조, 제81조 등]. 따라서 도시정비법이 시행된 이후에는 사업시행인가 이외에도 관리처분계획인가를 받아야 비로소 ‘입주자로 선정된 지위’, 즉 조합원입주권을 취득하게 된다.

3.4.1.2. 1세대 1주택의 양도로 인하여 발생한 소득에 대하여 소득세를 부과하지 아니하는 취지는, 주택은 국민의 주거생활의 기초가 되는 것이므로 1세대가 국내에 소유하는 1개의 주택을 양도하는 것이 양도소득을 얻거나 투기할 목적으로 일시적으로 거주하거나 소유하다가 양도하는 것이 아니라고 볼 수 있는 일정한 경우에는 그 양도소득에 대하여 소득세를 부과하지 아니함으로써 국민의 주거생활의 안정과 거주이전의 자유를 보장하여 주려는 데에 있다(대법원 1997. 4. 8. 선고 96누16391 판결 등 참조). 반면 장기보유특별공제제도는 자산의 보유기간이 3년 이상인 장기보유자산에 대한 양도소득금액 산정 시 일정액의 공제를 통하여 부동산의 건전한 투자 내지 소유를 유도하고, 물가상승에 따른 명목소득의 성격이 강한 양도소득에 대하여 물가상승분을 공제하여 주기 위한 취지에서 마련된 것이고, 1세대 1주택을 장기간 보유하는 경우 최대 100분의 80에 이르는 고율의 공제율을 적용하는 취지는 1세대 1주택이 국민의 주거생활 안정에 필수적인 요건임을 감안하여 1세대 1주택의 장기보유자에 대한 양도소득세의 부담을 해소하는 데에 있다(대법원 2015. 4. 23. 선고 2014두36921 판결 참조).

3.4.1.3. 위와 같은 판결 취지 및 앞서 본 법령의 개정 내용에 비추어 보면, 1세대 1주택 양도의 비과세와 장기보유특별공제제도는 그 목적이 다르므로, 특별한 사정이 없는 한 1세대 1주택 양도의 비과세 요건이 그대로 장기보유특별공제제도에 적용되는 것이라고 볼 수는 없다. 즉 2005년 개정 전 시행령 및 2005년 개정 시행령 제155조 제16항은 주택재건축 정비사업의 조합원 중 1세대 1주택 비과세 특례를 적용받을 수 있는 조합원을 규정하기 위한 것이라 할 것이고, 이를 조합원의 ‘입주자로 선정된 지위’의 취득시기에 관한 일반적인 규정이라고 확대해 볼 것은 아니다. 즉 종래에는 조합원입주권이 소득세법 시행령으로 1세대 1주택으로 의제되는 경우 주택에 적용되는 장기보유특별공제도 적용된다고 해석하였을 뿐이고, 이후 소득세법에서 명시적으로 조합원입주권에 관한 정의 규정을 두는 한편 조합원입주권에 장기보유특별공제가 적용되는 것으로 규정하였으므로, 그 이후에는 양도시점에 적용되는 소득세법에 따르면 충분하다.

3.4.1.4. 구 소득세법령에 따르면 도시정비법 제74조에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위를 조합원입주권이라고 정의하고(구 소득세법 제89조 제2항), 부동산을 취득할 수 있는 권리로서 조합원입주권을 명시하고 있으며(구 소득세법 제95조 제2항), 조합원입주권의 양도소득에 대하여는 구 소득세법 제89조 제1항 제4호 및 구 소득세법 시행령 제155조 제17항에 따라 9억 원을 초과하는 금액에 관하여 양도소득세가 과세되는 것이므로, 구 소득세법령에 따르더라도 기존주택의 조합원입주권 변환 시점은 관리처분계획 인가일로 봄이 타당하다.

3.4.2. 이에 대하여 피고 세무서장들은, 설령 기존주택이 조합원입주권으로 변환되는 시점을 관리처분계획인가일로 보더라도, 구 소득세법 제95조 제2항 단서 [표 2]에서 정한 1세대 1주택에 대한 높은 장기보유특별공제율을 적용받기 위해서는 다시 1세대 1주택에 해당하는 자산인지 여부를 별개로 살펴보아야 하고, 이 사건 부칙조항에 따라 1세대 1주택 비과세혜택을 적용받을 수 있는 대상자 요건에 관하여 규정하고 있는 2005년 개정 전 시행령 제155조 제16항이 적용되어 사업시행인가일을 기준으로 그 이전에 기존주택을 보유하였어야 하는데, 원고들은 사업시행인가일 이후에 기존주택을 취득하였으므로 1세대 1주택의 장기보유 특별공제 규정이 적용될 수 없다고 주장한다.

살피건대, 앞서 본 법리 및 증거들로 인정할 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고들에게는 1세대 1주택의 장기보유 특별공제액 규정이 적용된다고 봄이 타당하다. 이와 다른 전제에 선 피고 세무서장들의 주장은 받아들이지 않는다.

3.4.2.1. 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다(대법원 2004. 5. 27. 선고 2002두6781 판결 등 참조). 한편 법률을 개정하면서 종전 법률 부칙의 경과규정을 개정하거나 삭제하는 명시적인 조치가 없다면 개정 법률에 다시 경과규정을 두지 않았다고 하여도 부칙의 경과규정이 당연히 실효되는 것은 아니지만, 개정 법률이 전부 개정인 경우에는 기존 법률을 폐지하고 새로운 법률을 제정하는 것과 마찬가지이어서 종전의 본칙은 물론 부칙 규정도 모두 소멸하는 것으로 보아야 하므로 종전 법률 부칙의 경과규정도 모두 실효되는 것이 원칙이다(대법원 2012. 3. 29. 선고 2011두27919 판결 등 참조).

3.4.2.2. 조합원입주권의 양도에 해당하면 원칙적으로 구 소득세법 제95조 제2항 본문에 따라 [표 1]의 세율이 적용되고, 1세대 1주택에 해당하는 경우에는 같은 조 제2항 단서에 따라 [표 2]의 세율이 적용된다. 원고들은 기존주택의 취득일부터 신축주택의 양도일까지의 기간 전체에 구 소득세법 제95조 제2항 단서 [표 2]의 1세대 1주택에 대한 높은 장기보유특별공제율을 적용한 것인데, 구 소득세법 제95조 제2항 단서의 위임에 따른 구 소득세법 시행령(2018. 10. 23. 대통령령 제29242호로 개정되기 전의 것5)) 제159조의3은 “법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 ‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택’이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조·제155조의2·제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다.”라고 규정하고 있으며, 이 사건에서는 구 소득세법 시행령(2019. 12. 31. 대통령령 제30285호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제155조의 1세대 1주택에 해당하는지가 문제된다.

3.4.2.3. 구 소득세법 시행령(2003. 6. 30. 대통령령 제18044호로 개정되기 전의 것), 2005년 개정 전 시행령 및 2005년 개정 시행령의 각 제155조 제16항과 부칙(2003. 6. 30.) 제1조 및 이 사건 부칙조항에 의하면, 주택재건축사업을 시행하는 정비사업의 조합원이 ‘당해 조합을 통하여 입주자로 선정된 지위’를 양도하는 경우 1세대 1주택 비과세혜택을 적용받을 수 있는 대상자 기준은 ① 2003. 6. 30.까지는 주택건설촉진법에 따른 사업계획승인일, ② 2003. 7. 1.부터 2005. 5. 30.까지는 도시정비법에 따른 사업시행인가일, ③ 2005. 5. 31.부터는 도시정비법에 따른 관리처분계획인가일 전에 각 기존주택을 소유하는 사람으로 각 1세대 1주택으로 보는 시점을 구분하고 있었고, ’② 2003. 7. 1.부터 2005. 5. 31.까지의 기간‘ 중에 도시정비법에 따른 사업시행인가를 받은 주택재건축사업조합원의 경우 사업시행인가일 전에 기존주택을 보유하고 있었어야 조합원입주권 양도 시 1세대 1주택 비과세혜택을 적용받을 수 있었다. 그러나 위와 같은 조합원입주권 양도 시 비과세혜택에 관한 시행령 규정이 2016. 12. 20. 법률 개정으로 소득세법 제89조 제1항 제4호로 상향 입법되었음은 앞서 본 바와 같고, 소득세법 부칙(2016. 12. 20.)은 제2조로 ’2017. 1. 1. 이후 양도하는 자산으로부터 발생하는 소득분부터 적용한다‘고만 규정하고 있을 뿐 위 조항의 신설에도 불구하고 그 전에 취득한 조합원입주권 양도에 관하여는 종전의 소득세법 시행령 규정에 따른다는 취지의 규정은 별도로 두고 있지 않다. 또한 위 상향 입법 이후 개정된 구 소득세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27829호로 개정되어 2022. 2. 15. 대통령령 제32420호로 개정되기 전의 것) 제155조 제17항은 위와 같이 개정된 법 제89조 제1항 제4호 단서의 “대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우”에 관하여만 규정하고 나머지 내용들은 모두 삭제되었고, 해당 부칙(2017. 2. 3.)에도 “양도소득에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.”라고만 규정하였을 뿐 그 전에 취득한 조합원입주권 양도에 관하여 개정 전 시행령 규정을 적용한다는 내용이 없다.

3.4.2.4. 즉 관리처분계획인가일을 기준으로 하여 입주자로 선정된 지위가 취득된 것으로 보는 “조합원입주권” 정의 규정은 2016. 12. 20. 법률에 명시적으로 규정되었고, 양도소득금액(제95조), 양도소득세의 세율(제104조) 등 나머지 조항에서도 “조합원입주권”이라는 용어를 사용하면서 통일적으로 규정하였으며, 위와 같은 소득세법 개정 이후 종전의 소득세법 시행령의 해당 조항 역시 전혀 다른 내용으로 개정되었는바, 그 이후에 이루어진 조합원입주권 양도에 관하여는 양도시점의 법령을 적용하면 충분하다. 위와 같은 소득세법 시행령의 개정이 일부개정의 형식으로 이루어졌으나, 그 개정이 법률로의 상향 입법에 따른 것으로서 전부 개정과 그 실질이 동일하고, 상위법으로의 입법에도 불구하고 2017. 2. 3. 개정 전의 소득세법 시행령의 부칙이 그대로 적용된다고 본다면 상위법 우선의 원칙 등에도 어긋나 부당하다.

3.4.2.5. 원고 EEE, FFF의 경우 신축주택을 양도한 것이 2016. 12. 20.자 소득세법 개정 후이고, 나머지 원고들의 경우 2017. 2. 3.자 소득세법 시행령까지 개정된 이후이므로, 2016. 12. 20. 개정된 구 소득세법 제89조 제1항 제4호에 따라 조합원입주권의 전환 여부를 판단하면 되고, 원고들이 관리처분계획인가일 전에 기존주택을 취득․보유한 이상 1세대 1주택 장기보유특별공제를 적용하기 위한 보유기간도 기존주택 취득시점부터 진행되어 구 소득세법 제95조 제2항 단서 [표 2]가 적용된다. 그와 달리 과거 소득세법 시행령 부칙으로써 과세요건 성립 시 시행 중인 법률의 적용을 배제하는 것은 개정 전 시행령으로써 개정된 상위법령의 규정을 달리 해석하는 것이 되어 위법하고, 오히려 시행령 부칙의 과도한 확장해석이자 조세법률주의, 상위법 우선의 원칙에 반하는 것으로 통일적인 법령의 해석을 저해한다고 보일 뿐이다.

3.4.3. 소결

이 사건 양도소득세 부과처분은 그 적용되는 법령을 오인한 위법이 있다. 따라서 원고들의 나머지 주장에 관하여 더 나아가 살필 필요 없이 피고 세무서장들이 원고들에 대하여 한 이 사건 양도소득세 부과처분은 모두 취소되어야 한다.

4. 결론

그렇다면 원고 CCC, DDD, EEE, FFF, GGG, HHH의 피고 서울특별시 JJ구청장, 서울특별시 KK구청장에 대한 소는 부적법하므로 각 각하하고, 원고들의의 피고 II세무서장, JJ세무서장, KK세무서장, LL세무서장에 대한 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

별지 3

관계 법령

▣ 구 소득세법(2019. 12. 31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것)

제55조(세율)

① 거주자의 종합소득에 대한 소득세는 해당 연도의 종합소득과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “종합소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다.

제89조(비과세 양도소득)

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

4. 제2항에 따른 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[「도시정비법」 제74조에 따른 관리처분계획의 인가일 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.

가. 양도일 현재 다른 주택을 보유하지 아니할 것

나. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도할 것(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)

② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 「도시정비법」 제74조에 따른 관리처분계획의 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[같은 법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 "조합원입주권"이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 「도시정비법」에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모재건축사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

제95조(양도소득금액)

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다.

⑤ 양도소득금액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

▣ 구 소득세법 시행령(2018. 10. 23. 대통령령 제29242호로 개정되기 전의 것)

제159조의3(장기보유특별공제) 법 제95조제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조·제155조의2·제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다.

부칙(제29242호, 2018. 10. 23.)

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제159조의3의 개정규정은 2020년 1월 1일부터 시행한다.

제2조(1세대 1주택 비과세 요건에 관한 적용례 등)

① 제155조제1항의 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제155조제1항의 개정규정 및 이 조 제1항에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

1. 조정대상지역에 종전의 주택을 보유한 1세대가 2018년 9월 13일 이전에 조정대상지역에 있는 신규 주택(신규 주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 취득한 경우

2. 조정대상지역에 종전의 주택을 보유한 1세대가 2018년 9월 13일 이전에 조정대상지역에 있는 신규 주택을 취득하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우

제3조(장기보유특별공제에 관한 적용례) 제159조의3의 개정규정은 부칙 제1조 단서에 따른 시행일 이후 양도하는 분부터 적용한다.

▣ 구 소득세법 시행령(2019. 12. 31. 대통령령 제30285호로 개정되기 전의 것)

제155조(1세대1주택의 특례)

① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 “종전의 주택”이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 “신규 주택”이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 그 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내[종전의 주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규 주택을 취득{조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 신규 주택(신규 주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 취득하거나 신규 주택을 취득하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우는 제외한다}하는 경우에는 2년 이내]에 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 제154조제1항제1호, 제2호가목 및 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 아니하며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조제1항제2호가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다.

⑰ 법 제89조제1항제4호 각 목 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우”란 조합원입주권의 양도 당시의 실지거래가액의 합계액이 9억원을 초과하는 경우를 말한다.

▣ 소득세법 제89조

구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것)

구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되어 2009. 12. 31. 법률 제9897호로 전문개정되기 전의 것)

구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되어 2018. 12. 31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것)

구 소득세법(2019. 12. 31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것)

제89조(비과세양도소득) 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 "讓渡所得稅"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 일세대 일주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득

제89조(비과세양도소득)

① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 "讓渡所得稅"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 일세대 일주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

② 제1항의 규정에 불구하고 동항제3호의 규정은 대통령령이 정하는 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 「도시정비법」 제48조의 규정에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[동법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)에 한하며, 이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 "조합원입주권"이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 이를 적용하지 아니한다. 다만, 「도시정비법」에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

제89조(비과세 양도소득)

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

4. 제2항에 따른 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[「도시정비법」 제48조에 따른 관리처분계획의 인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.

가. 양도일 현재 다른 주택을 보유하지 아니할 것

부칙(2016. 12. 20.)

제1조(시행일) 이 법은 2017년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제97조의2제2항의 개정규정은 2017년 7월 1일부터 시행하고, 제81조제1항 및 제3항, 제105조제1항제2호 및 제3장제11절(제118조의9부터 제118조의18까지)의 개정규정은 2018년 1월 1일부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례)

① 이 법은 이 법 시행 이후 발생하는 소득분부터 적용한다.

② 이 법 중 양도소득에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 양도하는 자산으로부터 발생하는 소득분부터 적용한다.

제89조(비과세 양도소득)

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

가. 양도일 현재 다른 주택을 보유하지 아니할 것

▣ 소득세법 제95조

구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것)

구 소득세법(2013. 1. 1. 법률 제11611호로 개정되기 전의 것)

구 소득세법(2013. 1. 1. 법률 제11611호로 개정되어 2014. 1. 1. 법률 제12169호로 개정되기 전의 것)

제95조 (양도소득금액)

② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이라 함은 제94조제1항제1호에 규정하는 자산(제104조제1항제2호의3의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산 및 동조제3항에 規定하는 未登記讓渡資産을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다.

1. 당해 자산의 보유기간이 3년 이상 5년 미만인 것

: 양도차익의 100분의 10

2. 당해 자산의 보유기간이 5년 이상 10년 미만인 것

: 양도차익의 100분의 15[제89조제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 면적기준 미만인 주택(이하 이 항에서 "기준면적 미만 고가주택"이라 한다)에 해당하는 경우에는 100분의 25]

3. 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것

: 양도차익의 100분의 30(기준면적 미만 고가주택에 해당하는 경우에는 100분의 50)

제95조(양도소득금액)

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

(표 생략)

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조제4항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)한다.

⑤ 양도소득금액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제95조(양도소득금액)

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시정비법」 제48조에 따른 관리처분계획 인가 전 주택분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

(표 생략)

⑤ 양도소득금액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

▣ 소득세법 시행령 제155조 제16항, 제17항

구 소득세법 시행령(2005. 5. 31. 대통령령 제18850호로 개정되기 전의 것)

구 소득세법 시행령(2005. 5. 31. 대통령령 제18850호로 개정되어 2005. 12. 31. 대통령령 제19254호로 개정되기 전의 것)

구 소득세법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19327호로 개정되어 2008. 11. 28. 대통령령 제21138호로 개정되기 전의 것)

구 소득세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27829호로 개정되어 2022. 2. 15. 대통령령 제32420호로 개정되기 전의 것)

제155조 (1세대1주택의 특례)

제155조(1세대1주택의 특례)

부칙(2005. 5. 31.)

제155조(1세대1주택의 특례)

1. 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우

2. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우

제155조(1세대1주택의 특례)

끝.

1) 원고 MMM, NNN은 202x. 3. 17.자 청구취지 및 청구원인 변경신청서 첨부 별지1-수정 표에서 xxx,xxx,xxx원이라고 표기하였으나, 종래 증액경정 세액인 xxx,xxx,xxx원(을가 제11호증의 7, 8)에서 납부불성실 가산세 감액분인 xx,xxx,xxx원(을가 제13호증)을 빼면 xxx,xxx,xxx원이 되는바, 청구원인 변경신청서에 기재된 설명에 의하더라도 오기임이 명백하므로 이를 정정하여 기재한다.

2) 원고들의 신축주택 양도일이 각 201x. 1. 13.부터 201x. 3. 28.까지로 그 사이에 소득세법이 개정되어 각 양도시점마다 적용되는 소득세법이 다르나, 그 실질적인 내용이 대동소이하므로 이하 본문에서는 가장 마지막에 양도된 201x. 3. 28.을 기준으로 적용되는 법령을 기재한다. 이하 나머지 법령도 이와 같다.

3) 을가 제9호증에 의하면 원고 AAA의 양도소득세 증액세액이 xxx,xxx,xxx원(가산세 포함)이나 원고 AAA에게 고지된 금액은 xxx,xxx,xxx원(갑 제8호증의 1)인바, 그 차액은 원 단위 조정에 의한 것이고, 나머지 원고들의 세액도 모두 동일하다. 이하에서는 원고들에 대한 납부고지서를 기준으로 금액을 기재한다.

4) 각주 1) 기재와 같이 원고 MMM, NNN에 대한 종래 증액경정 세액인 xxx,xxx,xxx원에서 감액분인 xx,xxx,xxx원을 빼면 xxx,xxx,xxx원이 된다.

5) 소득세법 시행령 부칙(2018. 10. 23.) 제1조는 제159조의3 개정규정의 시행일을 2020. 1. 1.부터로 정하고 있다.

판결문

관련자료

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