서울고등법원-2023-누-61907 (2025.01.16)

문서번호

서울고등법원-2023-누-61907

결정유형

국패

세목

양도

생산일자

2025.01.16

귀속연도

2015

제목

임대주택법에 따른 건설임대주택 해당 여부

요지

구 택지소유상한에 관한 법률에 따른 사업자등록을 마친 것을 들어 구 조세특례제한법 제97조 제1항 단서에서 정한 ‘임대주택법에 따른 건설임대주택’이라는 요건을 충족한다고 볼 수 있음

내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

관련법령

조세특례제한법 제97조 【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】

상세내용

사 건

2023누61907 양도소득세경정거부처분취소

원 고

임AA

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2024. 11. 21.

판 결 선 고

2025. 1. 16.

주 문

1. 제1심판결을 취소한다.

2. 피고가 2021. 1. 25. 원고에게 한 2015년 귀속 양도소득세 292,618,250원의 경정거부처분을 취소한다.

3. 소송 총비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고와 그 어머니 김**은 1988. 5. 19.1) 서울 **구 ○○로 대지 318.67㎡ 지상의 다가구주택(지하1층/지상3층. 이하 ‘①쟁점주택’이라 한다) 중 각 1/2 지분을 취득했다. 이에 관해 1993. 7. 1. 사용이 승인되었다. ①쟁점주택은 총 12개 호실(101호, 102호, 103호, 201호, 202호, 203호, 301호, 302호, 202호, 지하1호, 지하2호, 지하3호)로 구성되어 있다.

나. 한편 원고는 1988. 5. 18. 서울 **구 ○○로 대지 182㎡ 지상의 주택(지하1층/지상2층. 이하 ‘②쟁점주택’이라 하고, ①쟁점주택과 합하여 ‘쟁점주택’이라 한다)을 취득했다. 이에 관해 1988. 4. 30. 사용이 승인되었다. ②쟁점주택은 총 9개 호실(101호, 102호, 103호, 104호, 1층2호, 1층3호, 2층1호, 2층2호, 2층3호)로 구성되어 있다.

다. 원고는 2015. 3. 9. 부BB에게 ①쟁점주택에 관하여 2015. 2. 10. 자 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를, 2015. 3. 9. 주식회사 **종합건설에 ②쟁점주택에 관하여 2015. 1. 5. 자 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 각 마쳐주어 양도하였다.

라. 원고는 2015. 5. 31. 피고에게 쟁점주택의 양도에 관하여 2015년 귀속 양도소득세 292,618,250원(이하 ‘쟁점세액’이라 한다)을 예정신고․납부하였다.

마. 원고는 2020. 11. 24. 피고에게 쟁점주택이 구 조세특례제한법(2015. 8. 28. 법률 제13499호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제97조의 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면적용대상에 해당한다는 사유로 쟁점세액의 환급을 구하는 경정을 청구했다. 하지만 피고는 2021. 1. 25. 원고에게 감면 요건에 해당하지 않는다는 이유로 경정청구를 거부한다고 통지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

바. 원고는 이에 불복하여 2021. 4. 9. 조세심판원에 심판을 청구했다. 그러나 조세심판원은 2022. 5. 23. 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 5, 7호증, 을 제1, 2호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 1 기재와 같다.

3. 원고의 주장 요지

쟁점주택의 양도에 관해서는 다음과 같이 구 조세특례제한법 제97조 제1항을 적용하여 양도소득세가 면제 또는 감면되어야 한다. 그와 같은 경정을 거부한 이 사건 처분은 위법하다.

가. 구 조세특례제한법 제97조 제1항 단서는 ‘2000. 12. 31. 이전 임대 개시’를 요건으로 하지 않는다. 쟁점주택은 임대주택법에 따른 건설임대주택으로서 5호 이상을 5년 이상 임대․양도되었으므로, 구 조세특례제한법 제97조 제1항 단서의 면제조항을 적용하여 양도소득세를 면제해야 한다.

나. 설령 쟁점주택의 양도에 관해 구 조세특례제한법 제97조 제1항 단서의 면제조항이 적용되지 않는다고 보더라도, 쟁점주택은 국민주택으로서 2000. 12. 31. 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대된 후 양도되었으므로, 구 조세특례제한법 제97조 제1항 본문의 감면조항을 적용하여 양도소득세액의 50%를 감면해야 한다.

4. 인정되는 사실관계

위 인정사실 및 당사자 사이에 다툼 없는 사실과 함께 갑 제3, 4, 6호증, 갑 제8 ~25호증, 갑 제39 ~ 45호증, 을 제3, 4, 7, 8호증의 각 기재, **세무서장에 대한 제1심 법원의 과세정보제출명령 회신에 변론 전체의 취지를 더하면, 아래와 같은 사실을 인정할 수 있다.

가. 원고의 사업자등록 등

1) 원고와 김**은 1994. 3. 18. ①쟁점주택에 관하여 당시의 택지소유상한에 관한 법률 시행규칙4) 제5조 제2항에 따라 부동산임대를 사업내용으로 하는 사업자로 등록하였다. 이들은 ①쟁점주택에서 주택임대 사업을 1996. 1. 1. 개시하여 2015. 3. 31. 폐업했다(***세무서장의 폐업사실증명원).

2) 원고는 2005. 12. 12. ②쟁점주택에 관하여 임대주택법 제6조에 따라 임대사업

자로 등록하였다. 원고는 ②쟁점주택에서 주택임대 사업을 1996. 1. 1. 개시하여 2015. 3. 31. 폐업했다(***세무서장의 폐업사실증명원).

나. 쟁점주택의 상수도와 전기 사용내역

1) ①쟁점주택에서 발생된 상수도 사용료는 1998. 12.경부터 2015. 4.경까지 2개월 단위로 101호 0원 ~ 61,610원, 102호 0원 ~ 40,840원, 103호 0원 ~ 38,400원, 201호 0원 ~ 16,120원, 202호 0원 ~ 24,350원, 203호 0원 ~ 62,130원, 301호 0원 ~ 18,240원, 302호 0원 ~ 20,730원, 303호 0원 ~ 24,810원 가량에 이른다. 지하에 위치한 3개 호실의 수도요금은 확인되지 않는다.

2) ①쟁점주택에서 발생된 전기요금은 2005. 1.경부터 2015. 2.경까지 매월 12개

호실에서 200원 ~ 215,530원 정도에 이른다. 지하의 3개 호실, 203호 호실 등에서는 일정 기간 동안 전기요금 내역이 확인되지 않는다.

3) ②쟁점주택에서 발생된 상수도 사용료는 1개의 계량기에서 발생된 것으로서, 1998. 12.경부터 2001. 10.경까지 2개월 단위로 0원 ~ 47,580원 가량에 이른다.

4) ②쟁점주택에서 9개의 계량기에서 발생된 전기요금은 2005. 1.경부터 2014. 12.경까지 매월 200원 ~ 334,730원 정도에 이른다. 그중 3개 계량기에서는 전기가 거의 사용되지 않았다.

5) 전국 및 시․도별 1인당 1일 가정용수 사용량(L/인/일)5)은 다음과 같다.

다. 원고의 소득금액 등

1) 소득금액증명원(종합소득세 과세대상급여액)에 나타난 원고의 소득금액은 다음과 같다.

2) 업태는 ‘부동산’, 종목은 ‘주택임대’로 하여 발급된 부가가치세 면세사업자 수입금액 증명원에 나타난 원고의 수입금액은 다음과 같다.

라. 쟁점주택에 관한 임대차 내역 등

1) 원고의 주택임대사업자 수입금액 검토표 및 **세무서장에 대한 제1심법원의 과세정보제출명령 회신에 따르면, ①쟁점주택에 관하여 2007년도 9개 호실, 2008년도 11개 호실, 2009년도 9개 호실, 2010년도 11개 호실, 2011년도 11개 호실, 2012년도 10개 호실, 2013년도 9개 호실, 2014년도 9개 호실의 임대차 내역이 존재한다.

2) 원고의 주택임대사업자 수입금액 검토표 및 **세무서장에 대한 제1심법원의 과세정보제출명령 회신에 따르면, ②쟁점주택에 관하여 2005년도 7개 호실, 2006년도 8개 호실, 2007년도 7개 호실, 2008년도 7개 호실, 2009년도 6개 호실, 2010년도 6개 호실, 2011년도 7개 호실, 2012년도 7개 호실, 2013년도 6개 호실, 2014년도 6개 호실의 임대차 내역이 존재한다.

3) 김**이 손으로 쓴 장부에는 1996. 11.경부터 2004. 1.경까지 월별로 쟁점주택의 임대 내역에 관해 호실별로 성명, 수금일자, 금액 등이 기재되어 있다.

4) 원고는 이 법원에 이르러 ①쟁점주택 중 10개 호실6), ②쟁점주택 중 7개 호실에 관하여 체결한 임대차계약의 계약서 사본을 서증으로 제출하였다. 아울러 ①쟁점주택의 전체 호실, ②쟁점주택의 8개 호실에 관하여 1989.경부터 2015.경까지 임차인들의 전입ㆍ전출 내역도 이 사건 기록에서 확인할 수 있다.

5. 이 법원의 판단 요지

앞서 본 인정사실과 증거들에 변론 전체의 취지에 의하여 인정ㆍ추론할 수 있는 아래 6 ~ 9항 기재 사실ㆍ사정들을 종합하면, 원고의 쟁점주택 양도에 관해서는 구 조세특례제한법 제97조 제1항 단서의 면제조항을 적용하여 양도소득세가 면제되어야 한다.

이와 달리 쟁점주택의 양도에 관해 구 조세특례제한법 제97조 제1항이 적용되지 않는다는 이유로 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 적법하다고 할 수 없다.

6. 구 조세특례제한법 제97조 제1항 단서의 경우에도 ‘2000. 12. 31. 이전 임대 개시’요건이 적용되는지 여부에 대한 판단

가. 일반적인 해석 원칙

과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석해야 한다. 납세자에게 유리하다고 해서 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추적용하는 것은 허용되지 않는다. 특히 감면요건 가운데 명백히 특례규정으로 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석함이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2008. 2. 14. 선고 2007두21242 판결 등 참조).

나. 쟁점 법령의 내용

구 조세특례제한법 제97조 제1항 본문, 구 조세특례제한법 시행령(2015. 12. 28. 대통령령 제26763호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제97조 제1항에 따르면, ➊ 임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자가 ➋ ‘1986. 1. 1.부터 2000. 12. 31.까지의 기간 중 신축된 주택’, ‘1985. 12. 31. 이전에 신축된 공동주택으로서 1986. 1. 1. 현재 입주된 사실이 없는 주택’의 어느 하나에 해당하는 국민주택(이에 딸린 해당 건물 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 ➌ 2000. 12. 31. 이전에 임대를 개시하여 ➍ 5년 이상 임대한 후 ➎ 양도하는 경우에는 그 임대주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다(이하에서 구 조세특례제한법 제97조 제1항 본문의 각 요건은 해당 순번별로 ‘○ 요건’이라고 칭한다).

다. 쟁점 법령의 해석

1) 일반적으로 같은 법률 조항 내에서 본문과 단서의 관계는 본문이 원칙을, 단서가 예외를 규정하는 것이고, 단서는 본문을 전제로 한다. 구 조세특례제한법 제97조의 취지 및 제97조 제1항 본문이 양도소득세 감면 요건을 정함에 비하여 같은 항 단서는 양도소득세의 완전 면제의 특례를 정하는 점에 비추어, 제97조 제1항 본문보다 같은 항 단서의 요건은 엄격하게 해석함이 옳다.

2) 그러므로 구 조세특례제한법 제97조 제1항 단서는 구 조세특례제한법 제97조 제1항 본문의 ➊ ~ ➎ 요건을 갖춘 사람 중, 그 임대주택이 ㉠ 임대주택법에 따른 건설임대주택 중 5년 이상 임대한 것이거나, ㉡ 같은 법에 따른 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 것(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택만 해당한다)이거나 ㉢ 10년 이상 임대한 것인 경우에는 양도소득세를 면제한다는 내용으로 새김이 타당하다(이하에서는 구 조세특례제한법 제97조 제1항 단서의 위 각 경우를 ‘㉠ 사유’, ‘㉡ 사유’, ‘㉢ 사유’라고 칭한다).

라. 작은 결론

이에 반하는 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

7. 구 조세특례제한법 시행령 제97조 제4항 소정의 서류 제출에 관련된 쟁점에 대한 판단

가. 관계 법령

구 조세특례제한법 제97조 제3항은 “제1항에 따라 양도소득세를 감면받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 세액의 감면신청을 해야 한다.”고 정한다. 그 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령 제97조 제4항은 세액의 감면신청을 하려는 사람이 과세연도의 과세표준신고와 함께 세액감면신청서에 “임대주택법 제6조의 규정에 의한 임대사업자등록증”(제1호), “임대차계약서 사본”(제2호), “임차인의 주민등록표등본 또는 주민등록증 사본”(제3호), “기타 기획재정부령이 정하는 서류”(제5호)를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출해야 한다고 규정한다.

따라서 원고가 쟁점주택의 양도에 관해 구 조세특례제한법 제97조 제1항을 적용하여 양도소득세를 감면받으려면, 원칙적으로 피고에게 구 조세특례제한법 시행령 제97조 제4항 각호가 정하는 서류들을 제출해야 한다.

나. 구 조세특례제한법 시행령 제97조 제4항의 취지와 해석

1) 앞서 본 대로 특례규정은 엄격하게 해석해야 한다. 양도소득세 감면 신청을 위해 소정의 서류들을 제출할 의무를 신청자에게 부과한 조세특례제한법 시행령 제97조 제4항이 훈시규정에 불과하다고 볼 수도 없다.

2) 다만 이 규정은 결국, 구 조세특례제한법 제97조 제1항이 정하는 양도소득세 감면(면제)의 요건이 실체법적으로 충족되는지 여부를 확인하려는 데에 그 취지가 있다. 과세관청이 그와 같은 요건의 충족 여부를 심사할 때 자의적 판단을 방지하고, 감

면신청자에게도 필요한 서류가 무엇인지 예측가능성을 부여하는 기능이 있다고 할 수도 있다. 즉 구 조세특례제한법 제97조 제4항은, 구 조세특례제한법 제97조 제1항이 정하는 조세실체법적 사실관계의 심사를 위한 행정절차적 규정이라고 이해할 수 있다.

3) 이와 같은 법령의 문언, 체계 및 성격 등을 감안하면, 감면신청자로서는 위 시행령 소정의 서류들을 제출해야 할 의무를 부담하되, 감면신청 당시에 그 서류들을 전부 제출하지 못했다는 이유만을 들어 곧바로 구 조세특례제한법 제97조 제1항의 적용이 배제된다고 할 수는 없다.

4) 나아가 항고소송에서 행정처분의 위법 여부는, 행정처분이 있을 때의 법령과 사실 상태를 기준으로 판단하여야 한다. 이는 처분 후에 생긴 법령의 개폐나 사실 상태의 변동에 영향을 받지 않는다는 뜻이지, 처분 당시 존재하였던 자료나 행정청에 제출되었던 자료만으로 위법 여부를 판단한다는 의미는 아니다. 따라서 법원은 행정처분 당시 행정청이 알고 있었던 자료뿐만 아니라 사실심 변론종결 당시까지 제출된 모든 자료를 종합하여, 처분 당시 존재하였던 객관적 사실을 확정하고 그 사실에 기초하여 처분의 위법 여부를 판단할 수 있다(대법원 2018. 6. 28. 선고 2015두58195 판결 등 참조).

5) 그러므로 원고가 이 법원의 변론종결 당시까지 구 조세특례제한법 시행령 제97조 제4항 각호가 정하는 서류 내지는 이에 준하는 객관적 자료 등을 통해 감면(면제) 요건의 충족을 증명한다면, 구 조세특례제한법 제97조 제1항을 적용하여 양도소득세의 면제 또는 감면 대상이 될 수 있다.

다. 원고의 서류 제출 등

1) 원고는 피고에게 경정청구를 할 당시 ①쟁점주택에 관한 택지소유상한에 관한 법률에 따른 사업자등록증과 ①쟁점주택 중 일부 호실에 대한 임대차계약서(1995년 ~ 2014년 사이) 사본만 제출했다.

2) 다만 원고는 이 사건 소의 제기 이후 제1심법원에 ①쟁점주택의 택지소유 상한에 관한 법률에 따른 사업자등록증(갑 제3호증), ②쟁점주택의 임대주택법에 따른 사업자등록증(갑 제8, 9호증)을 제출하였다.

3) 나아가 원고는 이 법원에 쟁점주택 중 17개 호실에 대한 임대차계약서 사본(갑 제39, 40호증)을 제출했고, 쟁점주택 임차인들의 주민등록표 초본들도 이 사건 기록과 변론에 현출되었다.

4) 더불어 원고는 쟁점주택의 임대와 관련하여 김**이 손으로 썼던 장부(갑 제21호증), 쟁점주택의 상수도․전기 사용내역(갑 제10, 11, 13, 14호증), 2005년 ~ 2014년 사이의 소득금액증명원(갑 제25호증)과 부가가치세 면세사업자 수입금액 증명원(갑제17, 18호증) 등 임대 사실을 증명하기 위한 자료들을 다수 제출하기도 했다.

5) 이처럼 원고는 이 법원 변론종결시까지 구 조세특례제한법 시행령 제97조 제4항 각호에서 정하는 서류를 제출하였다. 이 법원으로서는 이처럼 이 법원의 변론종결 당시까지 제출된 자료들을 모두 종합하여 이 사건 처분 당시 존재했던 사실을 인정하고 그 사실에 기초하여 이 사건 처분의 위법 여부를 판단함이 마땅하다.

라. 피고의 주장과 이에 대한 판단

1) 이에 대해 피고는 ①쟁점주택과 관련하여, 원고가 택지소유상한에 관한 법률에 따른 사업자등록증을 제출한 데에 불과하므로, 구 조세특례제한법 시행령 제97조 제4항 제1호가 정하는 ‘임대주택법 제6조의 규정에 의한 임대사업자등록증’을 제출한 것은 아니라는 취지로 주장한다.

2) 살피건대, 원고가 제출한 ①쟁점주택에 관한 사업자등록증은 ‘택지소유상한에 관한 법률 시행규칙 제5조 제2항‘에 따라 발급되었다. 이에 따르면, 원고는 ①쟁점주택에 관해 구 택지소유상한에 관한 법률(1994. 12. 22. 법률 제4796호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제11조 제1항 제2호, 제2항9)에 따라 구 택지소유상한에 관한 법률 시행령(1994. 8. 19. 대통령령 제14363호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제11조 제1항 각호의 어느 하나에 해당하는 사업자로서 사업자등록증을 발급받았다.

2) 구 택지소유상한에 관한 법률 시행령 제11조 제1항은 각호에서 ‘주택건설촉진법 제6조의 규정에 의한 등록업자’(제1호), ‘택지개발촉진법ㆍ산업입지및개발에관한법률 기타 관계법령에 의하여 택지를 조성하거나 주택을 건설하기 위하여 관계행정관청으로부터 허가ㆍ인가ㆍ면허 또는 승인을 얻은 자’(제2호), ‘임대주택건설촉진법 제2조의 규정에 의한 임대주택사업자’(제3호), ‘연간 5호 이상의 주택을 건설하여 분양하거나 또는 전용면적 85제곱미터이하의 주택을 상시 5호 이상 임대하는 사업자’(제4호)를 규정했다. 그런데 우선, 원고가 제1호, 제2호, 제4호 전단의 사업자에 해당하지 않는다는 점은 이 사건 기록상 분명하다.

3) 한편 ‘임대주택건설촉진법’은 임대주택의 건설을 촉진하기 위해 1984. 12. 31. 제정되었다. 이후 임차가구의 보호를 위한 임대사업자 및 임대주택의 관리 등에 관한 사항을 보완하는 등의 목적으로 1993. 12. 27. 법률 제4629호로 개정되면서 그 명칭이 ‘임대주택법’으로 변경되어 1994. 4. 1.부터 시행되었다. 구 택지소유상한에 관한 법률 시행령 제11조 제1항 제3호도 1994. 8. 19. 대통령령 제14363호로 개정되면서, 임대주택건설촉진법의 명칭 변경에 따라 ‘임대주택법 제6조의 규정에 의하여 등록을 한 임대사업자’로 변경되었다. 그러므로 원고가 만약 구 택지소유상한에 관한 법률 시행령 제11조 제1항 제3호의 사업자로서 사업자등록을 했다면, 구 조세특례제한법 시행령 제97조 제4항 제1호에서 말하는 ‘임대주택법’ 소정의 사업자등록을 한 것과 다름이 없다.

4) 나아가 구 조세특례제한법 제97조 제1항은 ‘국민주택을 5호 이상 임대하는 거주자’(➋ 요건)에게 적용된다. 그런데 위 규정에서의 ‘국민주택’은 구 조세특례제한법 제55조의2 제4항, 구 조세특례제한법 시행령 제51조의2 제3항에 따라 주택법 제2조 제6호가 정하는 ‘국민주택규모’인 ‘세대당 85㎡ 이하인 주택’에 해당한다. 이러한 점에 비추어 볼 때, 만약 원고가 구 조세특례제한법 시행령 제97조 제4항 제4호 후단의 사업자로서 사업자등록을 했다면, 실질적으로 구 조세특례제한법 제97조 제1항이 적용될 수 있는 임대사업자로서 사업자등록을 한 것과 다름이 없다. 그러므로 원고가 임대주택법이 아닌 택지소유상한에 관한 법률에 따른 사업자등록을 했다고 하더라도, 구 조세특례제한법 시행령 제97조 제4항 제1호에서 말하는 ‘임대주택법’ 소정의 사업자등록을 한 것과 마찬가지 결과가 된다.

5) 결국 원고가 택지소유상한에 관한 법률에 따라 ①쟁점주택에 관한 사업자등록증을 발급받았다 해도, 이는 구 조세특례제한법 시행령 제97조 제4항 제1호가 정하는 서류 즉 임대주택법에 따른 사업자등록증과 실질적으로 동일하거나 이에 준한다고 파악함이 타당하다.

8. 구 조세특례제한법 제97조 제1항 본문이 적용될 수 있는지 여부

가. ➋ 요건의 충족 여부

1) 앞서 본 대로 구 조세특례제한법 제97조 제1항 본문의 ‘국민주택’은 ‘세대당 85㎡ 이하인 주택’을 말한다. ①쟁점주택은 각 세대별 면적이 51.84㎡,10) ②쟁점주택은 각 세대별 면적이 27.41㎡11)이므로 이에 해당한다. 원고는 ①쟁점주택을 1988. 5. 19.에, ②쟁점주택을 1988. 5. 18.에 각 취득했다. 따라서 쟁점주택은 ‘1986. 1. 1.부터 2000. 12. 31.까지의 기간 중 신축된 주택에 해당하는 국민주택’에 해당한다. 이 사건에서 ➋ 요건은 충족되었다.

2) 이에 대해 피고는 다음과 같은 취지로 다투면서, ②쟁점주택이 ‘국민주택’에 해당하지 않는다고 주장한다.

「②쟁점주택은 일반건축물대장과 부동산등기부등본에 ‘다가구주택’이 아닌 ‘주택’으로 기재되어 있고 연면적이 246.69㎡이므로 국민주택의 규모에 해당하지 않는다. 1세대당 면적이 27.41㎡에 불과하므로, 소득세법 제88조 제7호, 소득세법 시행령 제152조의4 소정의 주택 즉 ‘세대별로 구분된 각각의 공간마다 별도의 출입문, 화장실, 취사시설이 설치되어 있는 구조를 갖추고 세대의 구성원이 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조를 갖추어 사실상 주거용으로 사용하는 건물’에 해당하지 않는다. 번화가인 상봉역 인근에 위치하고 있어, 실제 주택으로 사용했는지 알 수도 없다.」

그러나 ②쟁점주택이 공부(公簿)에 ‘주택’으로 적혀 있어도, 그 실질은 건축법 시행령 [별표1] 제1호 다목12)이 정하는 ‘다가구주택’에 해당한다. 따라서 ‘다가구주택’으로서 세대별 면적을 기준으로 국민주택규모에 해당하는지 여부를 판단해야 한다. ②쟁점주택의 각 세대별 면적은 27.41㎡이므로, 국민주택규모에 해당한다. ②쟁점주택 각 호실의 면적이 소규모라거나 번화가 인근에 있다는 사정으로부터, ②쟁점주택 각 호실이 영세하다거나 쾌적한 삶의 영위에 다소 지장이 있을 것이라는 짐작이 가능할지는 몰라도, 이를 넘어 ②쟁점주택이 아예 주택으로 사용될 수 없는 구조라거나 주거용이 아닌 다른 용도로 사용되었다고 섣불리 추론할 수는 없다. 아래 나.항에서 보듯이 쟁점주택 중 상당수의 호실에 관한 임대차계약의 체결 내지 이에 기한 세입자들의 거주가 있었던 것으로 보이는 사정에 비추어 보더라도 그렇다.

나. ➌ 요건의 충족 여부

1) 원고가 이 법원에 제출한 쟁점주택에 관한 임대차계약서 사본(갑 제39, 40호증)의 각 기재와 변론 전체의 취지에 의하면, ①쟁점주택 중 10개 호실,13) ②쟁점주택의 경우 7개 호실14)에 대해서는 2000. 12. 31. 이전에 임차인과 임대차계약을 체결하고 그에게 주택을 인도한 사실을 인정할 수 있다. 따라서 쟁점주택 중 위 17개 호실에 관해 ➌ 요건이 충족되었다.

2) 이에 대하여 피고는 아래와 같은 사정 등을 내세워, 원고가 제출한 임대차계약서들은 그 진정성립 내지 신빙성이 없으므로 원고가 2000. 12. 31. 이전 임대를 개시한 것이 아니라는 취지로 주장한다.

「피고에게 경정청구를 할 당시에는 원고가 임대차계약서를 제출하지 않았다가 약 2년이 지난 후에야 이 법원에 제출하였다. 대부분의 임대차계약서에 임차인의 주민등록번호와 중개업자가 기재되어 있지 않다. ①쟁점주택은 원고와 김**이 각 1/2 지분을 보유했음에도 ①쟁점주택의 임대차계약서 임대인 란에는 원고만 적혀 있다. 임대차계약서에 사용된 원고의 인영이 한글로 된 인영과 한자로 된 인영이 혼재되어 있어, 원고의 실제 인장에 의한 인영인지 의심스럽다. ①쟁점주택 중 102호에 관한 최**와 의 1993. 4. 10. 자 임대차계약서(갑 제39호증의 2)와 ①쟁점주택 중 303호에 관한 안**과의 1993. 6. 12. 자 임대차계약서(갑 제39호증의 9)의 기재에 의하면, ①쟁점주택의 사용승인일 이전에 임대차계약을 체결했고, 계약 체결일과 같은 날에 주택을 인도하였으며, 임차인 최**, 안**의 주소지가 ①쟁점주택인 것으로 기재되어 있는 등 사후적으로 작성한 것으로 강하게 의심된다.」

3) 하지만 아래와 같은 사실․사정 등을 종합할 때, 이 법원에 제출된 임대차계약서들의 증거가치를 섣불리 부정할 수는 없다.

가) 이 법원은 제3회 변론기일(2024. 6. 20.)의 법정에서 원고 소송대리인으로부터 임대차계약서 원본을 제시받아 그 형상과 내용 등을 살펴보았다. 그 결과 계약서의 진정성립이나 내용, 사후적 조작의 가능성(종이의 연식) 등을 특별히 의심할 만한 흔적은 발견하기 어려웠다.

나) 원고가 제출한 임대차계약서의 내용은, 원고의 어머니 김**이 손으로 썼던 장부의 내용이나 임차인들의 주민등록표 초본상 기재에 상당 부분 부합한다.

다) 원고가 이 법원에 제출한 임대차계약서 중 일부는, 원고가 경정청구를 할 당시 피고에게 제출했던 임대차계약서와 동일한 것으로 보인다.

라) 임차인의 주민등록번호나 중개업자 기재의 흠결, 원고만이 임대인으로 기재된 사정, 원고 도장의 인영(印影)들 중 한글과 한자 형상의 혼재, 계약체결일이나 임차인 주소에 나타나는 비합리성 등 피고가 내세우는 사정들만으로는, 이 법원에 제출된 임대차계약서가 위조되었다거나 그 계약의 내용이 거짓이라고 섣불리 단정할 수 없다.

이러한 사정들은 원고가 상당 기간에 걸쳐 다수의 임차인들에게 쟁점주택을 임대하고 임대차계약서를 작성해 오면서 자연스럽게 발생할 수 있는 사정들로서, 당시의 일반적 거래관념이나 실태에 반한다고 보기 어렵다. 계약 체결일이 대부분 1990년대로서 지금과는 20년 이상의 시간적 차이가 있는 점, 쟁점주택의 규모나 이에 관한 접근성, 거래금액의 영세성 등에 비추어 중개업자의 중개가 없었다고 해서 특별히 부자연스럽다고 할 수도 없으며 법률전문가의 조력이 없는 상태에서 대부분의 계약서가 작성되었을 것으로 보이는 점, 민법적으로 임대목적물의 공유자 모두가 반드시 임대차계약서의 임대인이 되어야만 그 임대차계약이 유효한 것도 아니고 공유자 중 1인만 임대인으로 계약서에 적는 경우도 거래상 빈번한 점 등을 고려해야 하기 때문이다.

4) 처분문서는 그 성립의 진정함이 인정되는 이상 법원은 그 기재 내용을 부인할만한 분명하고도 수긍할 수 있는 반증이 없으면 처분문서에 기재된 문언대로 의사표시의 존재와 내용을 인정하여야 한다(대법원 2021. 3. 11. 선고 2020다253430 판결 등 참조). 진정성립이 인정된 처분문서의 증명력을 배척하기 위해서는, 이에 대한 반증이 있거나 그 문서에 기재된 내용이 객관적 진실에 반하는 것으로 볼 만한 합리적 이유가 있어야 한다(대법원 1994. 2. 8. 선고 93다57117 판결 등 참조). 이러한 법리에 비추어보더라도, 원고가 제출한 임대차계약서들의 기재 내용을 부인할 만한 분명한 반증이나 합리적 이유가 있다고 볼 만한 자료는 이 사건 기록에서 찾기 어렵다.

다. ➊, ➍, ➎ 요건의 충족 여부

1) 조세특례제한법 시행령 제97조 제1항이 2019. 2. 12. 대통령령 제29527호로 개정되면서 제2문으로 “이 경우 임대주택을 여러 사람이 공동으로 소유한 경우에는 공동으로 소유하고 있는 임대주택의 호수에 지분비율을 곱하여 호수를 산정한다.”는 규정이 추가되었다. 그 부칙 제14조는 “위 개정 시행령 조항은 이 영 시행(2019. 2. 12.) 이 후 결정․경정하는 분부터 적용”하도록 규정한다. 앞서 본 대로 원고는 김**과 ①쟁점주택을 각 1/2 지분 비율로 소유했다. 원고는 피고에게 2020. 11. 24. 경정을 청구했고, 2021. 1. 25. 이 사건 처분이 있었다. 그러므로 ①쟁점주택의 임대 호수를 산정할때에는 개정된 시행령을 적용하여 호수를 산정해야 한다.

2) 원고의 부가가치세 면세사업자 수입금액 증명원(갑 제17, 18호증)은 객관성과 합리성이 인정되는 증거자료이다. 이에 따르면, 원고가 1995년부터 2014년까지 매년 쟁점주택의 임대로 수입을 얻은 사실을 인정할 수 있다. 한편 원고가 제출한 쟁점주택의 임대와 관련하여 김**이 작성한 장부(갑 제21호증)는 1996. 11.부터 2004. 1.까지 각 월마다 각 호실별로 임차인의 이름, 임차인이 월세를 낸 일자와 월세 금액, 임차인이 이사를 간 일자 등이 상세히 기재되어 있어, 거기에 상당한 정도의 증거가치를 부여할 수 있다. 그러므로 장부, 임대차계약서(갑 제39, 40호증), 임차인들 주민등록표 초본을 대조하여 그 전부 내지 일부가 서로 일치하는 부분에 관해서는, 원고가 해당 월에 쟁점주택 중 해당 호실을 임대한 사실을 인정할 수 있다(다만 임차인의 이름을 확인할 수 없거나 임대 사실이 분명하지 않은 경우 등의 사례에서는, 보다 엄격하게 그임대 사실의 증명이 부족하다고 판단했다).

3) 이러한 방식으로 쟁점주택의 각 호실별로 임대 사실을 인정하고 그 임대 기간과 호수를 산정하면, 쟁점주택 중 2000. 12. 31. 이전 임대를 개시한 17개 호실 가운데 1996. 11.부터 2004. 1.까지 5호 이상을 임대한 기간은, ①쟁점주택의 경우 5년 1개월(61개월), ②쟁점주택의 경우 7년 3개월(87개월)로 각 5년 이상에 해당한다(별지 2, 3참조). 따라서 원고가 쟁점주택에 대해 임대를 개시한 때부터 쟁점주택을 양도할 때까지 5호 이상을 임대한 기간이 5년 이상에 해당한다는 점은, 충분히 증명되었다. 그러므로 ➊, ➍, ➎ 요건 역시 충족되었다.

라. 작은 결론

이상에서 본 대로, ➊ ~ ➎ 요건은 모두 충족되었다. 이에 더하여 ㉠, ㉡, ㉢ 사유 중 어느 하나에 해당할 경우 구 조세특례제한법 제97조 제1항 단서를 적용하여 양도소득세 전액이 면제되므로, 아래에서 구 조세특례제한법 제97조 제1항 단서를 적용할 수 있는지 여부를 살펴본다.

9. 구 조세특례제한법 제97조 제1항 단서의 적용 여부에 대한 판단

앞서 본 대로 ‘5년 이상 임대’ 요건은 충족되므로, 쟁점주택이 ‘임대주택법에 따른 건설임대주택’에 해당하면 ㉠ 사유에 해당한다고 볼 수 있다.

아래와 같은 사실ㆍ사정들을 종합하면, 쟁점주택은 ‘임대주택법에 따른 건설임대주택’에 해당하므로, 원고가 쟁점주택을 양도한 것은 ㉠ 사유를 충족한다. 따라서 구 조세특례제한법 제97조 제1항 단서를 적용하여 양도소득세를 면제해야 한다고 봄이 타당하다[원고가 ㉠ 사유에 해당한다는 점을 인정하므로, ㉡, ㉢ 사유에 해당하는지 여부에 대해서는 별도로 판단하지 않는다. 아울러 양도소득세 자체를 면제해야 한다는 원고의 1차적 주장을 받아들이는 이상, 양도소득세액의 일부를 감액(감면)해야 한다는 2차적 주장에 대해서도 더 이상의 판단을 하지 않는다].

가. 관계 법령

구 임대주택법(2015. 1. 6. 법률 제12989호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제2조 제2호에 따르면, 건설임대주택은 “임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는

주택”[(가)목]이나 “주택법 제9조에 따라 등록한 주택건설사업자가 같은 법 제16조에 따라 사업계획승인을 받아 건설한 주택 중 사용검사 때까지 분양되지 아니한 주택으로 서 제6조에 따른 임대사업자 등록을 마치고 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 임대하는 주택”[(나)목] 중 어느 하나에 해당하는 주택을 뜻한다.

나. 건설임대주택의 해당 여부

쟁점주택 총 21개 호실은 각 세대별 전용면적이 ①쟁점주택의 경우 51.84㎡, ②쟁점주택의 경우 27.41㎡인 소형 주택이다. 원고는 쟁점주택에 관하여 모두 ‘임대’를 사업내용으로 하여 사업자등록을 하였다. 원고는 쟁점주택에 관하여 1988. 5.경 소유권보존등기를 마친 때부터 2015. 3. 9. 양도할 때까지 쟁점주택의 각 호실을 한 채도 매각하지 않았다. 원고가 쟁점주택의 분양을 시도하였다거나 쟁점주택에서 거주했다고 볼 만한 증거도 없다. 이러한 사실․사정들을 종합하면, 쟁점주택은 원고가 임대를 목적으로 건설하여 임대한 주택으로서 구 임대주택법 제2조 제2호 (가)목이 정하는 건설임대주택에 해당한다고 봄이 옳다.

다. 피고의 주장과 이에 대한 판단

1) 이에 대해 피고는, 원고의 소유권보존등기 이후 쟁점주택에 관한 사업자등록이 있었고, 특히 ②쟁점주택은 이에 관한 원고의 사업자등록증(갑 제9호증)에 ‘매입임대주택’이라고 적혀 있으므로, 건설임대주택으로 볼 수 없다는 등의 취지로 주장한다.

가) 하지만 구 임대주택법 제2조 제2호 (가)목은 ‘임대를 목적으로 건설’하였는지 여부에 관해 더 이상의 구체적인 판단기준을 제시하지 않는다. 그 위임을 받은 시행령과 시행규칙에서, 임대를 목적으로 건설했는지 여부를 판단할 때 소유권보존등기를 마친 시점을 기준으로 삼도록 정한 것도 아니다. 소유권보존등기 시점까지 해당 주택에 관해 임대사업자등록을 마쳤는지 여부가 임대 목적의 존부에 관한 하나의 정황적 판단요소가 될 여지는 있겠지만, 소유권보존등기를 마치기 전에 임대사업자 등록을 신청하거나 그 등록을 마친 경우에 한해서만 그 목적이 인정되어 ‘건설임대주택’이라고 볼 법리적 근거는 없다. 해당 주택이 건설되기 전후의 여러 사정들을 종합하여 그 주택이 ‘임대를 목적으로 건설’된 것인지 여부를 구체적ㆍ개별적으로 판단해야 한다.

나) ②쟁점주택에 관한 원고의 임대사업자등록이 ‘매입임대주택’으로 되어 있기는 하다. 다만 원고는 이에 대해 다음과 같은 취지로 주장한다.「②쟁점주택이 실제로는 다가구주택임에도 공부상 단독주택으로 등재되어 있어 2005년에야 임대사업자로 등록할 수 있었다. 이때 ②쟁점주택과 매입임대주택인 다른 주택을 함께 임대주택으로 하여 사업자등록을 하는 과정에서, **구청에서 ②쟁점주택도 매입임대주택에 해당한다고 오기(誤記)한 것이다.」

살피건대 2005년 당시의 국토교통부에는 ‘소유권보존등기 전까지 임대사업자를 등록한 경우에 한정하여 건설임대주택으로 본다’는 지침이 있었다. 이에 따라 임대사업자 등록을 담당하는 대다수의 행정청은 국토교통부 지침에 따라, 소유권보존등기 이후에는 ‘매입임대주택’으로만 사업자등록을 할 수 있도록 그 실무를 운용했던 것으로 보인다. 이러한 사정 등에 비추어, 원고의 위 주장을 가볍게 배척할 수는 없다. 그러므로 ②쟁점주택이 ‘매입임대주택’의 명목으로 등록되었다는 사정을 더해 보더라도, ②쟁점주택이 건설임대주택에 해당한다는 판단을 흔들기는 어렵다.

2) 피고는 한편, ㉠ 사유도 ㉡ 사유와 마찬가지로 ‘1995. 1. 1. 이후 취득 및 임대개시’ 요건이 적용되는 것으로 해석해야 한다는 취지로도 주장한다.

그러나 구 조세특례제한법 제97조 제1항 단서는 “임대주택법에 따른 건설임대주택 중 5년 이상 임대한 임대주택과 같은 법에 따른 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택”으로 규정하고 있다. 그 문언상 ‘1995. 1. 1. 이후 취득 및 임대 개시’ 요건은 ㉡ 사유에만 적용된다고 새김이 합당하다. 달리 위 요건이 ㉠ 사유에도 적용되는 것으로 해석해야 한다고 볼 만한 법적 근거도 찾기 어렵다.

10. 결론

이 사건 처분은 적법하다고 할 수 없다. 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 받아들인다.

이와 결론이 다른 제1심판결은 그대로 유지될 수 없다. 그러므로 제1심판결을 취소하고, 이 사건 처분을 취소한다(피고는 ②쟁점주택에 관한 세액을 전액 면제하는 경우 그 세액의 일부에 해당하는 농어촌특별세를 납부해야 하므로 쟁점세액 전부를 취소할 수 없다는 취지로도 주장한다. 하지만 이는 이 사건 처분과 별도의 세목에 관한 것으로서, 이 판결이 확정되는 경우 행정청인 피고가 또다른 처분을 할 것인지의 문제에 불과하다). 이상의 이유로 주문과 같이 판결한다.

판결 내용은 붙임과 같습니다.