광주고등법원-2023-누-12599 (2025.02.20)

사건

광주고등법원 2023누12599 양도소득세부과처분취소

원고, 항소인

AAA

피고, 피항소인

○○세무서장

제1심판결

광주지방법원 2023. 11. 17. 선고 2022구합13923 판결

변론종결

2025. 1. 23.

판결선고

2025. 2. 20.

주 문

1. 제1심판결 중 아래에서 취소하는 부분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소한다.

2. 피고가 0000. 00. 00. 원고에 대하여 한 0000년 귀속 양도소득세 부과처분 중 납부지연가산세(000,000,000원) 부분을 취소한다.

3. 원고의 나머지 항소를 기각한다.

4. 소송총비용 중 70%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 0000. 00. 00. 원고에 대하여 한 0000년 귀속 양도소득세 000,000,000원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 아래와 같이 추가하는 외에는 제1심판결 중 해당란 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결 4면 7행 다음에 아래의 내용을 추가한다.

『3) 이 사건 처분에 따른 세액은 구체적으로 본세 000,000,000원, 부당과소신고가산세 000,000,000원, 납부지연가산세 000,000,000원1)으로 구성되어 있다.』

2. 당사자들의 주장 요지

가. 원고

1) 원고는 DDD에게 이 사건 주식을 액면가액에 따라 000,000,000원에 양도했기 때문에 양도소득이 발생하지 않았고, 甲토건은 실제 이 사건 토목공사를 시공하고 그 대가로 이 사건 금원을 지급받았다. 그런데 피고는 이 사건 금원2)이 이 사건 주식 양도대금 명목으로 지급되었다고 판단하여 주식양도대금에 포함해 합계 0,000,000,000원(= 000,000,000원 + 0,000,000,000원)의 양도소득이 발생하였음을 전제로 양도소득세를 부과하는 이 사건 처분을 하였다. 따라서 이 사건 처분은 원고에게 실재하지 않은 양도소득에 대하여 이루어진 것으로서 소득세법상 실지거래가액에 따른 양도소득세 부과가 아니므로 조세법률주의에 위반된다.

2) 원고는 원고 가족들이 운영하는 甲토건의 자금을 원고 가족들의 계좌를 통해 운용했을 뿐, 0000년경 甲토건으로부터 돈을 차용한 적이 없으므로, 피고 주장과 같이 甲토건이 乙건설로부터 지급받은 이 사건 금원이 원고에게 귀속되었다고 볼 만한 사정이 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.

3) 설령 이 사건 금원을 이 사건 주식 또는 지분의 양도대금이라 하더라도, 甲토건이 乙건설로부터 수령한 금원 중 부가가치세 명목의 합계 00,000,000원은 국가에 납부하는 것이므로, 양도소득세 과세표준에 포함될 수 없다.

4) 원고는 0000년 DDD에게 丁개발의 이 사건 주식뿐 아니라 丙개발의 이 사건 지분도 양도했는데, 피고는 위 각 주식 및 지분 양도대금을 개별적으로 특정하지 않은 채 이 사건 금원 전부를 丁개발에 관한 주식양도대금으로만 보아 이 사건 처분을 하였다. 또한 이 사건 금원을 이 사건 주식 및 지분 양도대금으로 나누어 특정하는 경우 각 양도행위의 양도소득세에 대한 납부지연가산세 기산일이 달라져 세액이 변동될 수 있다. 위와 같은 점들에도 불구하고 피고는 이 사건 금원 전부를 丁개발에 관한 주식 양도대금으로만 보아 양도소득세를 부과하였으므로 이 사건 처분은 위법하다.

나. 피고

1) 원고는 이 사건 주식을 양도한 무렵 원고가 최대주주로 있는 甲토건이 이 사건 토목공사를 시공한 사실이 없음에도 甲토건을 통해 이 사건 주식 양수인인 DDD가 운영하는 乙건설로부터 이 사건 토목공사대금 명목으로 이 사건 금원을 받았는데, 이는 실질적으로 丁개발의 이 사건 주식 및 丙개발의 이 사건 지분 양도대금에 해당하고, 이를 원고가 甲토건에 대한 차용금채무 0,000,000,000원의 변제로써 甲토건에 귀속시킨 것이므로, 결과적으로 위 0,000,000,000원은 원고의 양도소득에 해당한다고 보아야 한다. 따라서 이 사건 처분은 실질과세 원칙에 따른 것으로 적법하다.

2) 이 사건 금원을 丁개발의 이 사건 주식 및 丙개발의 이 사건 지분 양도대금으로 구분하지 않았다 하더라도, 원고가 같은 과세기간 내에서 이 사건 주식 및 지분을 양도한 것에 대한 양도소득은 결국 합산 과세되므로, 과세 결과에는 아무런 변동이 없어 이 사건 처분이 위법하다고 볼 수 없다.

3. 관계 법령

[별지] 기재와 같다.

4. 판단

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 아래와 같이 고치는 것 외에는 제1심판결 중 해당란 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결 7면 하1행부터 8면 9행까지를 아래와 같이 고친다.

『구 소득세법(2017. 12. 19. 법률 제15225호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제1항은 자산의 양도로 인하여 발생하는 총 수입금액을 양도 가액으로 규정하고 있는바, 여기서 “총수입금액”이란 당해 자산의 객관적인 가액을 가리키는 것이 아니라 구체적인 거래에 있어서 양도인이 당해 자산을 양도하는 대가로 취득하는 모든 수입을 뜻하고, 대가에 해당하는지 여부는 실질과세의 원칙상 그 명목여하에 관계없이 경제적 실질이 당해 자산의 양도와 대가관계에 있는지 여부에 의하여 판단하여야 할 것이다(대법원 1992. 7. 14. 선고 92누2967 판결 등 참조).』

○ 제1심판결 10면 19행부터 11면 16행까지를 아래와 같이 고친다.

다. 부가가치세 명목의 금원이 과세표준에서 제외되어야 하는지 여부

위 대법원 1992. 7. 14. 선고 92누2967 판결 법리에 비추어 살피건대, 앞서 본 바와 같이 甲토건이 이 사건 토목공사를 시공하지 않았고, 이 사건 금원 전체가 이 사건 주식 및 지분의 대가로 지급된 것으로 판단하는 이상, 해당 금원 중 일부가 부가가치세 명목으로 지급되었다고 하여 이를 양도소득세 과세표준에서 제외할 수 없다. 또한 을 제31호증의 기재에 따르면, ○○○세무서장은 甲토건과 乙건설 사이에 이 사건 토목공사에 관한 가공세금계산서가 발급된 사실을 확인하여, 이 사건 금원 중 공급가액 부분(합계 000,000,000원)을 부가가치세 과세표준에서 제외하는 경정처분을 하기까지 하였으므로, 결국 甲토건이 위 부가가치세 명목의 금원을 세금으로 납부한 것으로 볼 수도 없다.

따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

라. 이 사건 금원을 모두 이 사건 주식 양도대금으로 본 것이 위법한지 여부

1) 관련 법리

과세처분의 취소를 구하는 소송에서 그 과세처분의 위법 여부는 그 과세처분에 의하여 인정된 세액이 정당한 세액을 초과하는지 여부에 의하여 판단하여야 할 것이므로, 과세관청이 과세표준과 세액의 산출결정과정에서 잘못을 저질러 과세처분이 위법한 경우라도 그와 같이 하여 부과고지된 세액이 정당한 산출 세액의 범위를 넘지 아니하고 잘못된 방식이 과세단위와 처분사유의 범위를 달리하는 정도의 것이 아니라면 정당세액 범위 내의 부과고지처분이 위법하다 하여 이를 취소할 것은 아니다(대법원 2006. 6. 15. 선고 2004두3823 판결 등 참조).

2) 본세 및 부당과소신고가산세 부분에 관한 검토

먼저 앞서 본 바와 같이 이 사건 금원은 丁개발의 이 사건 주식뿐만 아니라 丁개발의 이 사건 주식 및 丙개발의 이 사건 지분 양도대금을 합산한 금원에 해당하는 것으로 보이는데, 피고가 원고에게 발부한 양도소득세 납부고지서(갑 제3호증)에는 양도소득세 과세표준이 0,000,000,000원이라는 것만 표시되어 있을 뿐 양도소득이 이 사건 주식 또는 이 사건 지분 중 어느 것을 대상으로 하는지는 별도로 특정되어 있지 않고, 양도소득세 조사종결 보고서(갑 제5호증)에 의하면, 피고는 이 사건 금원이 丁개발의 이 사건 주식 및 丙개발의 이 사건 지분 양도대금을 합산한 것에 해당함을 인식하고 관련 조사 및 과세 결정을 하였던 것이 명백하고, 다만 추징예상세액 등을 산정하는 항목에서 ‘특정주식 양도소득 누락‘ 등의 마치 丁개발의 이 사건 주식 양도대금에 관하여만 양도소득세가 부과된 것으로 오해될 수 있을 듯 한 표현 등이 존재하는 것으로 보인다.

또한 위 법리에 비추어 보건대, 양도소득세는 기간과세로 과세기간의 양도소득을 합산하여 과세하도록 되어있고, 원고가 같은 과세기간 내인 0000. 00. 00.에 이 사건 주식을, 0000. 00. 00. 이 사건 지분을 각 양도한 이상, 이 사건 금원을 모두 이 사건 주식 양도대금으로 보든지 이 사건 주식 및 지분의 합산 양도대금으로 보든지 원고가 최종 부담하는 양도소득세액(본세)은 이 사건 처분에 따른 양도소득세액(본세)과 다르지 않을 것으로 보인다.

그리고 설령 피고가 이 사건 금원을 모두 丁개발의 이 사건 주식 양도대금으로 보고 양도소득세액(본세)을 산출하였다 하더라도, 이 사건 주식 및 지분의 양도는 모두 소득세법 제94조 제1항 제4호 다목 소정의 기타자산의 양도에 해당하고 동일한 양도소득세율을 적용받으므로, 과세단위나 처분사유의 범위를 달리하는 정도의 하자라고 보기는 어렵다. 또한 부당과소신고가산세는 과소신고 납부세액에 일률적으로 가산세액 40%를 적용하여 부과되는 것이므로, 위와 같이 이 사건 금원의 양도대금 특정 여부와 관계없이 과소신고 납부세액 산출에 변동이 없는 이상, 이 사건 처분 중 부당과소신고가산세 부분 또한 같은 금액이 산출되게 된다.

따라서 위와 같은 사유로 이 사건 처분 중 본세 및 부당과소신고가산세 부분이 취소되어야 한다고 볼 수 없으므로, 이에 관한 원고 주장을 받아들일 수 없다.

3) 납부지연가산세 부분에 관한 검토

앞서 본 바와 같이 丁개발의 이 사건 주식 양도시점은 0000. 00. 00.이므로 양도소득세 예정신고 및 납부기한은 0000. 00. 00.이고, 丙개발의 이 사건 지분 양도시점은 0000. 00. 00.이므로 양도소득세 예정신고 및 납부기한은 0000. 00. 00.이다(구 소득세법 제105조 제1항 제1호, 제106조 제1항 참조). 따라서 원칙적으로 이 사건 처분 중 납부지연가산세의 기산일은 위 각 예정신고 및 납부기한 다음날이 된다.

피고는 이 사건 처분 중 납부지연가산세의 기산일을 위 각 예정신고 및 납부기한 다음날 이후인 0000. 00. 00.로 하여 산정한 결과, 이 사건 금원의 해당 양도대금 특정 여부와 관계없이, 부과된 납부지연가산세가 정당한 세액을 초과하지 않게 되므로, 이 사건 처분 중 납부지연가산세 부분 과세도 적법하다는 취지로 주장한다.

그러나 앞서 든 증거들과 을 제30호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 피고는 이 사건 처분 중 납부지연가산세 기산일을 그 주장과 달리 0000년 00월 말경으로 삼았던 것으로 보인다. 그런데 앞서 본 바와 같이 이 사건 금원은 이 사건 주식 및 지분의 양도대금으로 보아야 하고, 이 사건 지분에 관한 양도소득세 지연납부가산세 기산일은 0000. 00. 00.이므로, 피고가 그 이전인 0000년 00월 말경을 기산일로 삼아 납부지연가산세를 산정하여 부과한 부분은 위법하다.

① 납부지연가산세는 ‘납부하지 아니한 세액 × 납부기한 다음날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율[구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것) 제47조의4 제1항 제1호 참조]’로 산정된다.

② 국세기본법 제47조의4 제1항 제1호의 위임을 받아 국세기본법 시행령 제27조의4는 납부지연가산세의 이자율을 정하고 있는데, 납부지연 기간에 따라 아래와 같은 이자율이 적용된다.

납부지연 기간

이자율

비고

2019. 2. 11. 이전

1일 1만분의 3

구 국세기본법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령

제29534호로 개정되기 전의 것) 제27조의4

2019. 2. 12.부터

2022. 2. 14.까지

1일 10만분의 25

구 국세기본법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령

제32424호로 개정되기 전의 것) 제27조의4

2022. 2. 15. 이후

1일 10만분의 22

현행 국세기본법 시행령 제27조의4

③ 이 사건 처분 관련 서류[납세고지서(갑 제3호증), 양도소득세 조사종결 보고서(갑 제5호증), 세무조사 결과 통지서(을 제30호증)]들에는 이 사건 처분 중 납부지연가산세의 최종 산정금액만이 기재되어 있어, 납부지연가산세 계산의 기초가 된 구체적인 기간을 파악할 수 없다.

④ 그런데 국세기본법 제47조의4 제1항 제1호에 따라 통상 납부고지일을 납부지연가산세 산정의 종기로 삼는 점을 고려하여, 이 사건 처분에 따른 납부고지일인 0000. 00. 00.을 납부지연가산세 산정의 종기로 보아 역산한 기산일은 0000년 00월 말경이 된다.3)

마. 소결론

과세처분 취소소송에서 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단하는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결 시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 할 것이지만, 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 2015. 9. 10. 선고 2015두622 판결 등 참조).

앞서 본 바와 같은 이유로 이 사건 처분 중 납부지연가산세 부분은 위법하므로 납부지연가산세 부분의 취소 범위에 관하여 위 법리에 비추어 보건대, 피고가 이 사건에서 납부지연가산세의 기산일을 0000. 00. 00.로 삼았다고 주장하고 있는데 앞서 본 바와 같이 이 사건 처분에 따른 납부지연가산세의 기산일을 역산한 결과는 0000년 00월 말경으로 추단되는 점, 피고가 0000. 00. 00.을 기산일로 하여 납부지연가산세를 부과하겠다는 의사를 명백히 밝히고 있는데 이 법원에서 그 기산일을 임의로 선택하는 것은 적절하지 아니한 점, 피고가 선택할 수 있는 납부지연가산세의 기산일은 0000. 00. 00. 이후부터의 기간이므로 피고가 구체적인 과세결정 과정에서 기산일을 위 0000. 00. 00. 이외의 다른 날로 변경할 가능성도 있는 점 등을 종합해 보면, 납부지연가산세 기산일의 특정은 결국 과세관청인 피고가 이 사건 처분과 관련하여 보유한 자료 및 결정에 따라 이루어져야 될 것으로 보인다.

따라서 이 사건 처분 중 납부지연가산세 부분의 정당한 세액을 산출할 수 없으므로, 납부지연가산세 부분은 그 전부를 취소할 수밖에 없고, 그 이외 부분의 세액은 정당하게 산출된 것으로 보이므로 취소대상에 해당하지 않는다.

5. 결론

원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로, 원고의 항소를 일부 받아들여 제1심판결 중 위 인용 부분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소하고 그 부분에 해당하는 이 사건 처분을 취소하며, 원고의 나머지 항소는 이유 없어 이를 기각한다.

1) 납부지연가산세 산출근거란에는 000,000,000원으로 기재되어 있으나, 최종 고지세액을 산정하며 원 단위는 버린 것으로 보이므로, 납부지연가산세로 위 000,000,000원이 부과됨을 전제로 판단한다.

2) 甲토건이 乙건설로부터 이 사건 토목공사대금 명목으로 지급받은 0,000,000,000원

3) 납부지연가산세 총액 000,000,000원에서 ‘0000. 00. 00.부터 0000. 00. 00.까지의 납부지연가산세’ 00,000,000원[= 대상금액 000,000,000원 × 미납일 000일(0000. 00. 00.부터 0000. 00. 00.까지의 일수) × 이자율 0.025%]을 공제하면 00,000,000원이 된다. 나머지 00,000,000원을 기준으로 피고가 납부지연가산세 산정의 기초로 삼은 남은 미납기간을 역산하면 약 000일[≒00,000,000원 ÷ 대상금액 000,000,000원 ÷ 0.03%, 소수점 이하 버림]이 된다.

그렇다면 피고가 이 사건 처분의 납부지연가산세 산정 기산일로 삼은 시점은 0000. 00. 00.로부터 000일 전인 0000년 00월 말경으로 추정된다.