제주지방법원-2025-구합-589 (2025.11.11)

사 건

2025구합589 종합소득세부과처분취소

원 고

양AA

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2025. 9. 23.

판 결 선 고

2025. 11. 11.

주 문

1. 피고가 2024. 2. 1. 원고에 대하여 한 2022년 종합소득세 287,941,110원(가산세 포함)에 대한 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

○ 원고는 1988. 3. 1.부터 제주시 ○○읍 ○○ 외 10개 토지 및 그 지상 돈사 건물 (이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)에서 ‘BB농장’이라는 상호로 돼지 양돈장(이하 ‘이 사건 사업체’라 한다)을 운영하다가 2022. 12. 30. 이 사건 사업체를 폐업하였다.

○ 원고의 자녀인 양CC은 2022. 11. 8. 이 사건 부동산에서 ‘BB농장’ 상호로 양돈농장을 개업하였다.

○ ○○지방국세청장(이하 ‘조사청’이라 한다)은 2023. 9. 19.부터 2023. 11. 27.까지원고에 대한 개인통합조사를 실시하여, 원고가 이 사건 사업체의 재고자산인 돼지12,101두를 자녀인 양CC에게 무상으로 지급한 것으로 보아, 그 평가 금액에 해당하는 ○○원이 총 수입금액에 합산되어야 한다고 판단하였고, 이에 따라 피고에게 과세자료를 통보하였다.

○ 피고는 2024. 2. 1. 조사청의 조사 결과에 따라 원고에게 수익항목 누락액 3,633,363,108원에 대한 2022년도 귀속 287,941,110원(가산세 포함)의 종합소득세를 추가로 부과․고지하였다(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다).

○ 원고는 이 사건 부과처분에 대하여 조세심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2024. 12. 12. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 9호증, 을 제1호증의 기재(가지번호 있는 것은 가

지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

원고는 이 사건 부동산, 양돈시설 일체 및 이 사건 사업체에서 사육하는 돼지(이하 ‘이 사건 돼지’라 한다)를 포함하여 이 사건 사업체 전체를 양CC에게 임대하는 내용의 임대차계약을 체결한 것이고, 양CC은 위 임대차계약이 종료되면 재고자산인 돼지에 관하여도 임대차계약에서 정한 원상회복 내용에 따라 원고에게 반환할 의무를 부담한다. 그럼에도 불구하고 원고가 양CC에게 이 사건 사업체에서 사육하던 돼지들을 무상으로 양도하였다고 단정하여 소득세법 제25조 제2항 소정의 자가공급에 해당한다고 본 이 사건 부과처분은 위법하다.

3. 처분의 적법 여부

가. 관계 법령

소득세법 제25조 제2항은 ‘거주자가 재고자산(在庫資産) 또는 임목을 가사용으로 소비하거나 종업원 또는 타인에게 지급한 경우에도 이를 소비하거나 지급하였을 때의 가액에 해당하는 금액은 그 소비하거나 지급한 날이 속하는 과세기간의 사업소득금액 또는 기타소득금액을 계산할 때 총수입금액에 산입한다.’고 규정한다. 거주자가 재고자산 등을 종업원 또는 타인에게 지급하는 경우란 재고자산 등을 무상으로 지급하는 경우, 즉 증여하는 경우를 가리킨다.

나. 관련 법리

1) 종합소득세과세처분 취소소송에서 과세근거로 되는 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있다(대법원 2007. 10. 26. 선고 2006두16137 판결 참조).

2) 처분문서는 그 진정성립이 인정되면 특별한 사정이 없는 한 그 처분문서에 기재되어 있는 문언의 내용에 따라 당사자의 의사표시가 있었던 것으로 객관적으로 해석하여야 하고, 당사자 사이에 계약의 해석을 둘러싸고 이견이 있어 처분문서에 나타난 당사 자의 의사해석이 문제 되는 경우에는 문언의 내용, 그와 같은 약정이 이루어진 동기와 경위, 약정에 의하여 달성하려는 목적, 당사자의 진정한 의사 등을 종합적으로 고찰하여 논리와 경험칙에 따라 합리적으로 해석하여야 한다(대법원 2024. 8. 1. 선고 2024다 227699 판결). 그리고 위와 같은 특별한 사정에 대한 증명책임은 처분문서의 문언과 배치되는 사실을 주장하는 측에 있다(대법원 2015. 9. 10. 선고 2015다31308 판결 등 참조).3) 소득세법 제25조 제2항이 재고자산을 가사용(家事用)으로 소비하거나 이를 종업원 또는 타인에게 지급한 경우 이를 소비 또는 지급한 때의 가액에 상당하는 금액을 그날이 속하는 연도의 사업소득금액 등의 계산에 있어서 이를 총수입금액에 산입하도록 규정하고 있는 이유는, 거주자가 사업과는 관계없이 개인적인 목적으로 재고자산을 소비하거나 지급한 경우 경제적으로는 그 거주자가 재고자산의 가액 상당의 사업소득을 취한 것과 동일하기 때문에 그 가액 상당의 금액을 수입금액으로 보아 과세하기 위한 것이라고 할 것이므로, 위 조항이 적용되기 위해서는 당해 자산이 사업용 재고자산이어야 할 뿐만 아니라 그 자산이 원래의 사업용도와 달리 사업자의 개인적 용도로 소비되어야 할 것이다(대법원 2005. 12. 22. 선고 2004두534 판결 참조).

다. 인정사실

○ 원고는 2022. 6. 1. ○○도의회 의원으로 당선되었다. 원고는 지방의회의원은 소관 상임위원회 직무와 관련된 영리행위를 할 수 없어 이 사건 사업체를 계속 운영하기 어렵다고 판단하고, 원고의 자녀인 양CC이 지방의회의원 임기 동안 이 사건 사업체를 운영하기로 하였다.

○ 원고는 2022. 11. 3. 양CC과 사이에 아래와 같은 내용의 임대차계약서를 작성하였다(이하 ‘제1차 임대차계약서’라 한다).

○ 제1차 임대차계약서 작성 후 원고는 양CC과 사이에 계약일자를 2022. 11. 3.로 하여 임대차계약서를 추가로 작성하였는데(이하 ‘제2차 임대차계약서’라 한다), 제2차 임대차계약서는 제1차 임대차계약서와 동일한 양식과 내용으로 작성되었고, 계약서 하단의 특약사항에 아래의 내용이 추가되었다.

[특약사항]

1-3. 생략

4. 임대료 관련

임대료는 연간 2억 원으로 하되 적정 임대료 산정을 위해 추후 감정평가법인에 감정평

가를 의뢰한 후 감정평가금액을 최종 연간 임대료로 한다.

5. 재고 관련

임대인과 임차인은 첨부된 2022. 10. 31. 현재 농장 종합일보상의 재고를 확인하며 임차인은 임대차 기간 만료시 확인한 종합일보상의 재고의 복구의무를 진다. 현재시점과

만료시점의 재고에서 가감되는 부분은 만료시점의 시세에 의해 정산한다.

6. 임차인은 2022. 10. 31. 현재 모든 직원을 승계한다. (이하 생략)

○ 원고는 2022. 12. 29. 이 사건 부동산의 임대료 산정을 위해 감정평가를 실시하였고, 감정평가 결과 이 사건 부동산의 임대료가 384,773,386원으로 산정되었다.

○ 원고는 위 감정결과를 바탕으로 2023. 11. 15. 양CC과 사이에 2022. 11. 3.자 임대차계약의 내용을 보충하는 내용의 ‘영업임대차 계약서’를 작성하였고, 양CC은 증액된 임대료 및 임대차 보증금을 원고에게 추가로 지급하였다. 위 계약서의 구체적인 내용은 아래와 같다(이하 ‘이 사건 영업임대차 계약서’라 하고, 제1, 2차 임대차계약서와 합하여 ‘이 사건 계약서’라 한다)

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2 내지 7호증의 기재, 변론 전체의 취지

라. 이 사건 돼지의 이전이 무상 양도에 해당하는지

앞서 든 증거, 앞서 인정한 사실에 변론 전체의 취지를 더하여 인정․판단되는 아래와 같은 근거들을 종합하면, 원고와 양CC 사이에 체결된 임대차계약은 원고가 이 사건 사업체가 위치한 부동산은 물론, 농장에 설치된 설비, 인력 및 재고자산인 이 사건 돼지 전부를 포함하여 조직화된 유기적 일체로서의 기능적 재산인 양돈업 일체를 양CC에게 임대하기로 하는 것으로, 일종의 영업임대차 목적으로 체결된 혼합계약(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다)에 해당하고, 다만 이 사건 계약 종료시 영업의 반환 방법으로 재고자산인 돼지에 관하여는 종료 당시를 기준으로 사육 중인 돼지를 반환하되, 돼지 두수의 증감분은 추가로 정산하기로 약정한 것으로 판단된다. 그렇다면 이 사건 돼지는 이전 당시 반환․정산이 예정된 자산일 뿐, 피고가 제출한 증거만으로는 원고가 이 사건 돼지만을 분리하여 양CC에게 무상으로 증여하였고 인정하기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이 사건 돼지의 이전에 대하여 소득세법 제25조 제2항을 적용할 수 없다.

⑴ 원고는 양CC과 사이에 계약기간을 5년으로 하여 이 사건 사업체를 임대하는 내용의 계약을 체결하였는데, 제1차 임대차계약서에는 임대차 목적물로 ‘토지, 건물, 시설 전부’라고 표시되어 있고, 제2차 임대차계약서를 체결하면서 특약사항으로 재고자산인 이 사건 돼지의 반환방법, 직원승계, 감정평가 후 적정 임대료의 재산정에 관한 내용을 추가하였다. 위 특약사항을 기초로 실시된 감정평가는 조사청의 원고에 대한 개인통합조사 전에 이루어졌고, 감정평가결과를 바탕으로 임대료가 증액된 이 사건 영업 임대차 계약서가 작성되었으며, 이에 따라 양CC은 증액된 임대료를 원고에게 추가로 지급하였다. 원고는 이 사건 사업체를 폐업한 후 2023. 1. 1. 부동산임대업을 개업하여 위 임대소득에 대한 부가가치세를 납부하고 있고, 양CC은 개업한 양돈농장에서 이 사건 돼지를 이용하여 양돈업을 계속 운영하고 있다. 이와 같은 이 사건 계약서 작성 경위와 내용, 계약 전후의 사정 등에 비추어 보면, 이 사건 계약은 원고가 운영하던 ‘BB농장’의 영업을 양CC에게 임대하는 일종의 영업임대차계약 목적의 혼합계약으로

보이고, 이 사건 돼지를 양CC에게 이전한 것은 이 사건 계약에 따른 것으로서, 이를 두고 소득세법 제25조 제2항에서 규율하는 ‘사업과는 관계없는 개인적인 목적으로 재고자산을 제3자에게 지급하여 경제적으로 사업소득을 취한 것과 동일’하다고 평가하기 어렵다.

⑵ 피고는 제2차 임대차계약서와 이 사건 영업 임대차계약서는 원고에게 유리한 자료로 조사청에 제출하기 위하여 작성된 것이므로, 제1차 임대차계약서의 기재를 기준으로 임대목적물을 판단하여야 하고, 따라서 이 사건 돼지는 임대차 목적물에 포함되지 않는다고 주장한다. 그러나 앞서 본 이 사건 계약서 작성 시기, 경위 및 내용 등 에 비추어 보면, 제2차 임대차계약서는 단순히 조사청 조사에 대응하기 위한 목적만으로 작성한 것이 아니라, 이 사건 사업체의 임대차에 관한 원고와 양CC 사이의 권리의무 내용을 보다 구체화하기 위하여 작성된 것으로서, 번식과 출하로 수량이 증감변동 되는 돼지의 특성상 원상회복 방식에 관한 분쟁을 방지하기 위하여 종료시점을 기준으로 돼지를 반환하되, 쌍방의 편의에 따라 두수 증감분을 추가로 정산하기로 하는 내용의 특약을 추가하여 계약서를 새로 작성한 것으로 보는 것이 자연스럽다.

⑶ 피고는 또, 이 사건 돼지는 출하 등으로 소비되는 것이어서 임대차 종료시 반환이 불가능한 상태이므로, 임대차의 목적이 될 수 없는 양도의 대상에 해당한다고 주장한다. 그러나 원고와 양CC은 앞서 본 돼지의 특성을 감안하여 계약 종료 시점의 수량을 기준으로 돼지를 반환할 의무를 부담하도록 정하였고, 변동된 수량에 관하여 추가 정산의 의무를 정한바, 이는 실질적․경제적으로 이전한 재고자산에 상응하는 물건을 반환할 의사의 약정이라고 해석된다. 위와 같은 거래당사자의 의사에도 불구하고 “이전된 돼지 그 자체”의 반환이 이루어질 수 없다는 이유로, 이 사건 돼지의 이전 부분만 떼어내어 “무상 양도”에 해당한다고 보는 것은 임의로 계약 내용을 재구성하는 것과 다름없고, 당사자의 의사나 계약의 실제 모습에 비추어 지나치게 도식적이다.

⑷ 이 사건 부동산 임대료의 감정평가금액을 크게 상회하는 이 사건 계약의 임대료 액수를 고려하면, 이 사건 돼지가 “무상”으로 이전되었다고 보기도 어렵다.

마. 소결론

원고가 양CC에게 이 사건 돼지를 무상으로 양도하였음을 전제로 한 이 사건 부과처분은 위법하다.

4. 결론

원고의 청구는 이유 있으므로 인용한다.